The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
472
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structure length |
447
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Chain Sequence |
AMSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQIGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTAFMSSILQCLIHNPYFIRHSMSQIHSNNCKVRSPDKCFSCALDKIVHELYGALNTSTNRQTGFIYLLTCAWKINQNLAGYSQQDAHEFWQFIINQIHQSYVLDLPNNNKQCECIVHTVFEGSLESSIVCPGCQNNSKTTIDPFLDLSLDIKDKKKLYECLDSFHKKEQLKDFNYHCGECNSTQDAIKQLGIHKLPSVLVLQLKRFEHLLNGSNRKLDDFIEFPTYLNMKNYCSTKVPDIIYELIGIVSHKGTVNEGHYIAFCKISGGQWFKFNDSMVSSISQEEVLKEQAYLLFYTIRQVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for histone H2B deubiquitination by the SAGA DUB module.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Histone H3.2
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| molecule tags |
Hydrolase/dna
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| source organism |
Xenopus laevis
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| total genus |
129
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| structure length |
447
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| sequence length |
472
|
| chains with identical sequence |
Z, e, j
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| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2015-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00443 | UCH | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase |
| U | PF02148 | zf-UBP | Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PPO A; 1CJL A; 1QXP A; 4X6H A; 4YYU A; 1EWO A; 1STF E; 2E6R A; 1CPJ A; 1HYI A; 3BPM A; 4N8W A; 3RVV A; 2BDL A; 2PNS A; 3HWN A; 2LGG A; 2YJ2 A; 5TDW A; 2KGI A; 2I50 A; 4YYQ A; 2B1M A; 1HUC B; 3N9L A; 3PUR A; 1FBV A; 2NQA A; 2C2L A; 2DCB A; 4UI9 B; 2KGG A; 5DKA A; 4YAT A; 5FER A; 2KE1 A; 3RPG C; 2KWN A; 2YJ9 A; 2Y1M A; 3HHA A; 4AXM A; 3OIS A; 1RMD A; 1IYM A; 2FSA A; 4R8P K; 1WIM A; 1CSB B; 2JQF R; 1LDK C; 1VD4 A; 5B77 A; 2CKL A; 3O35 A; 4P6G A; 3CBJ A; 1K2F A; 2YQM A; 2HHN A; 3P5X A; 1QDQ A; 4LJN A; 2OZ2 A; 4N4Z A; 1U9X A; 4WZ0 A; 4L58 A; 1X4U A; 2C2V S; 4LAD B; 3GV4 A; 5LKU A; 3KV6 A; 1KXR A; 4PI3 A; 5CHT A; 2G6Q A; 2R9O A; 4QF3 A; 2LGL A; 4I04 A; 4BBQ A; 5D1K B; 1PBH A; 4N79 A; 3SHB A; 4DMY A; 2L0B A; 3U5O A; 5FPW A; 4FO9 A; 4LKA A; 1JM7 B; 1WEE A; 3LQH A; 4I7B A; 2K1J A; 5JA7 A; 1Z60 A; 4CDD B; 4PP1 A; 2F6N A; 5D1L B; 1PPP A; 2VHF A; 3PHD A; 2ECW A; 2NQD B; 2UZG A; 2OP3 A; 1MDW A; 1BGO A; 4X6J A; 2FTD A; 1WGM A; 4N4F A; 4RY2 A; 2FYE A; 5AIT A; 5B75 A; 2CKL B; 2E01 A; 3ZVZ B; 3AI8 A; 3WXF A; 1MHW A; 3MHH A; 1GCB A; 3F75 A; 1PAD A; 4UP0 A; 1WEW A; 3S3R A; 3OF8 A; 1Z6U A; 3KW9 A; 3M99 A; 2Y43 A; 4F52 B; 3RPG B; 1AEC A; 1DEU A; 4V3K C; 5B79 A; 2JQG R; 2RSD A; 4PTB A; 2L5U A; 2ECN A; 3K9M A; 2C0Y A; 5B78 A; 3GL6 A; 2ZET C; 2M85 A; 3PW3 A; 4QBB A; 3PNR A; 3ASL A; 2LDR A; 3HCS A; 3EB5 A; 3M62 A; 4AP4 A; 1CVZ A; 3O70 A; 2LN0 A; 1K3B B; 1KHP A; 3TNX A; 2DCD A; 5K16 A; 1YK7 A; 2YYR A; 3CH2 X; 1ME3 A; 2FUD A; 3PUQ A; 3KWZ A; 2FQ9 A; 1F2A A; 3U5P A; 4B86 C; 4W5B A; 4AXL A; 3BWK A; 1AYW A; 4L7X A; 2KWO A; 4K7C A; 5CVN B; 3OF9 A; 2JMD A; 1WE9 A; 5C13 A; 3ZNI A; 1THE A; 4A0C D; 3PDF A; 4LK9 A; 4AVX A; 1ITO A; 1F2B A; 2IBI A; 3HCU A; 4Q8H A; 3N3K A; 2YUR A; 1WIL A; 3ZYQ A; 3BPF A; 4ZDT A; 4MZS A; 2DCA A; 4R7E A; 4PP2 E; 4QRV A; 2AN6 A; 2CT2 A; 2H7J A; 3O7A A; 1POP A; 1NLJ A; 2ACT A; 2YHO A; 1CV8 A; 4S3O B; 1SNK A; 4GNG A; 2FRQ A; 2ECJ A; 1U9W A; 1WEO A; 5DIN A; 3FL2 A; 3O36 A; 5LCW B; 2G6D A; 2XEU A; 2AS8 A; 4W5C A; 1WFK A; 1JM7 A; 2KWK A; 5TAB A; 4YYW A; 3T6R A; 3ZVY A; 3DF0 A; 5J94 A; 3LQI A; 4PAD A; 4OEL A; 2QIZ A; 2DC8 A; 1MM2 A; 2KU3 A; 2VPB A; 3U5M A; 4QRG A; 2DC7 A; 3K24 A; 3RVW A; 2M1R A; 1S4V A; 1ZCM A; 5AIU A; 1MEM A; 3F5V A; 2P0R A; 1XKG A; 1NB5 A; 4P6E A; 2ATO A; 1U5I A; 2DZZ A; 4FIP A; 2XB1 A; 3CBK A; 2QJ0 A; 4V3L C; 3U5N A; 2PUY A; 3N3G A; 2OXQ C; 3N9P A; 2AVW A; 2R6N A; 4NN2 A; 5PAD A; 1VYX A; 2E00 A; 1ICF A; 5CVO B; 2DZY A; 4YVA A; 2AYO A; 2Y6E A; 3QJ3 A; 8PCH A; 2AUZ A; 2VP7 A; 2R9N A; 2OUL A; 1KFX L; 1PE6 A; 2LRI C; 1WEN A; 3DPL R; 1JOC A; 2MD7 B; 5EF4 A; 3O0U A; 1FP0 A; 4YAB A; 1M6D A; 1YAL A; 2DCC A; 2HXZ A; 3QT4 A; 3N4C A; 2LQ6 A; 3IEJ A; 1XWH A; 3O1G A; 4KLB A; 4GB0 A; 2M3H A; 4GND A; 2FUU A; 1F62 A; 2HYE D; 1CB5 A; 1VJV A; 3V6C A; 3KQI A; 3C6W A; 1NQC A; 3H8B A; 2K17 A; 1EWP A; 2RI7 A; 4XI1 A; 1PPN A; 1KFU L; 5LKZ A; 1NB3 A; 4CZW A; 2R9C A; 1MIR A; 1O0E A; 1TU6 A; 1YT7 A; 2L80 A; 3SOX A; 5TBN A; 1Q6K A; 3KWB X; 4QH6 A; 2G7Y A; 4XUI A; 1ZIV A; 3BOW A; 3ZTG A; 5KH3 A; 3LXS A; 4AUQ B; 1AU3 A; 1E4U A; 2AYN A; 3C9E A; 4I07 A; 2VJF A; 1AYU A; 3IV2 A; 2L43 A; 4MVT A; 3MOR A; 1F2C A; 1ZBD B; 3KKU A; 2K16 A; 4UP5 A; 3H6S A; 2MUM A; 1EWL A; 3MHS A; 2NQI A; 4CDC B; 3HD3 A; 3WXG A; 2MIQ A; 2JMJ A; 3HCT A; 1AU4 A; 2YUC A; 1BQI A; 4IC2 A; 2YRE A; 2JRJ A; 4YAX A; 2MNZ A; 3N9M A; 1WEP A; 2MNY A; 2PAD A; 1WEM A; 2O6X A; 3BC3 A; 4YC9 A; 2YU4 A; 3PBH A; 1A6R A; 4YAD A; 3T7L A; 2L75 A; 2YT5 A; 1Y08 A; 5TRB A; 1G25 A; 1F29 A; 1AU0 A; 3L1X A; 3K8U A; 4QF2 A; 5H1V A; 3O34 A; 3MTN A; 2FT2 A; 4FK5 A; 2ECV A; 4MZO A; 1Z2Q A; 2DC6 A; 2LXP C; 1CS8 A; 3BCN A; 2KRE A; 5CHV A; 1VSN A; 2GFO A; 4YYR A; 3IMA A; 2VJF B; 2CSY A; 1CQD A; 1V87 A; 4CDF B; 2XU1 A; 4IC3 A; 4WZ3 B; 4TKP B; 1ME4 A; 3KNV A; 3I3T A; 3OVZ A; 4ZQL A; 2YHN A; 2R9F A; 5H1T A; 1YK8 A; 2PRE A; 3ZPV 1; 3USV A; 4YV8 A; 3N9Q A; 1PIP A; 5KH7 A; 3HHI A; 3ZPV E; 1WES A; 3KSE A; 4O64 A; 2KIZ A; 2ECG A; 1MS6 A; 2MT5 A; 2BDZ A; 2CB5 A; 2CIO A; 3LRQ A; 4R2Y A; 1BY8 A; 4Q8G A; 1YVB A; 2XU5 A; 1QMY A; 4CDE B; 2VPG A; 3KV5 A; 5FB0 A; 5CVM A; 1AU2 A; 2G43 A; 2VNF A; 1MEG A; 3ERV A; 3P5V A; 3SOW A; 1DVP A; 3IUT A; 4I7D A; 2ECI A; 3H7D A; 3RVX A; 2LV9 A; 4GNF A; 2EA6 A; 2YJB A; 2NQG A; 2XU3 A; 4XR7 A; 3U8E A; 1SP4 B; 2FUI A; 1JQP A; 2G8J A; 9PAP A; 3WXE A; 2E03 A; 2HH5 A; 1PPD A; 4A49 A; 2F1G A; 1VFY A; 5D1M B; 2R9M A; 1WEQ A; 2H0D A; 3V43 A; 1X9Y A; 2K4D A; 3D6S A; 2EGP A; 5LKX A; 3O33 A; 2P7U A; 1IWD A; 2Y1N A; 5B8D A; 2E02 A; 2LGV A; 4X6I A; 1NL6 A; 4G54 A; 4YBS A; 4C9Z A; 2GHU A; 1LDJ B; 1U9V A; 3NG2 A; 2DJF B; 5F02 A; 1T1H A; 1WEV A; 1AYV A; 2PBH A; 6PAD A; 2EOD A; 4P5O B; 5H1U A; 3HTK C; 3NHE A; 3I06 A; 3H8C A; 1WEU A; 3SOU A; 2Y5B A; 2VPD A; 3E1Z B; 4HWY A; 1GLO A; 3OVX A; 1U6G B; 1EWM A; 5EYA F; 2ARY A; 4A4C A; 3O37 A; 3L11 A; 4X3G A; 4LLB A; 5G0F A; 1MM3 A; 2F42 A; 2JMI A; 2YW8 A; 5H9M A; 2IPP B; 2YQL A; 2YJ8 A; 1NPZ A; 2BAY A; 2DC9 A; 2VHS A; 2H0D B; 2D8S A; 2KR4 A; 2HDP A; 4A4B A; 4PPE A; 2QIC A; 5C11 A; 4N3W A; 5G04 B; 2VPE A; 3P5U A; 4AYC A; 4YBM A; 3H89 A; 3V6E A; 1BOR A; 4I05 A; 2F6J A; 2E6S A; 4GNE A; 4Q6F A; 1DF0 A; 1TLO A; 2YJC A; 3VK6 A; 4CCG X; 2NAA A; 1BP4 A; 3GCB A; 3L1Z B; 4BSQ A; 5JH3 A; 4ZUX U; 2KWJ A; 2VJE A; 3B79 A; 4CA1 A; 3KX1 A; 2XU4 A; 1PCI A; 4DMX A; 2MA5 A; 4WA6 A; 2AIM A; 4W4U A; 2YSM A; 5JG6 A; 2PNX A; 5B76 A; 2M6M A; 4S3O C; 4BHW A; 7PCK A; 3C5K A; 2KYU A; 2LGK A; 4BQV A; 2MA6 A; 3CH3 X; 2G8E A; 5I3L A; 1X4I A; 1GMY A; 3S3Q A; 1FH0 A; 4QRX A; 2IDA A; 3N9N A; 2KFT A; 2G45 A; 3LQJ A; 4FJC A; 1HYJ A; 4AYC B; 2AU1 A; 1PXV A; 1N87 A; 1CTE A; 2HD5 A; 3EB6 A; 5TDR A; 4YYV A; 3RTR B; 3DQV R; 3LFY A; 1EF7 A; 2WBF X; 4B7Y C; 2LXH C; 5A24 A; 1GEC E; 3P5W A; 1ATK A; 3IHP A; 1U9Q X; 5LKT A; 4I7C A; 2AUX A; 2VJE B; 1AIM A; 1Y4H A; 3IOQ A; 4YBT A; 2ECT A; 3QZV A; 4WZ2 A; 1KHQ A; 4BS5 A; 5G05 B; 2MD8 C; 3KFQ A; 1TL9 A; 2YSJ A; 2DX8 A; 2DJG B; 4YYS A; 2FO5 A; 4BPV A; 1X4J A; 4OEM A; 3ZUA A; 5FEY A; 3M63 A; 2FRA A; 5KH9 A; 3QSD A; 5FB1 A; 2P86 A; 4MSX A; 2CSZ A; 2B1N A; 1QOL A; 5EGW A; 3I2D A; 2F7D A; 1CHC A; 5J3X A; 4BS6 A; 3N9O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PPO A; 1CJL A; 2CSV A; 1QXP A; 4X6H A; 4YYU A; 4QQ4 A; 1EWO A; 1STF E; 2E6R A; 1CPJ A; 4PT5 A; 1HYI A; 1MBM A; 3FAN A; 3BPM A; 3MTV A; 5EZS A; 4N8W A; 3RVV A; 2BDL A; 2PNS A; 3HWN A; 2LGG A; 2YJ2 A; 5TDW A; 2KGI A; 2I50 A; 4YYQ A; 2B1M A; 1HUC B; 3N9L A; 3PUR A; 1FBV A; 2NQA A; 2C2L A; 5SVI B; 2DCB A; 4UI9 B; 2KGG A; 5DKA A; 4YAT A; 5FER A; 2KE1 A; 3RPG C; 2KWN A; 2YJ9 A; 2Y1M A; 3HHA A; 4AXM A; 3OIS A; 1RMD A; 3BY4 A; 3LVR E; 1IYM A; 2FSA A; 4R8P K; 1YZB A; 2JTC A; 1WIM A; 3E2D A; 1CSB B; 1LDK C; 2JQF R; 1VD4 A; 5B77 A; 2CKL A; 3O35 A; 4P6G A; 3CBJ A; 1K2F A; 2YQM A; 2HHN A; 2M13 A; 3P5X A; 1QDQ A; 4LJN A; 2OZ2 A; 4N4Z A; 1U9X A; 4WZ0 A; 4L58 A; 1X4U A; 2C2V S; 4LAD B; 3GV4 A; 3LVQ E; 5LKU A; 3KV6 A; 1KXR A; 4PI3 A; 5CHT A; 2G6Q A; 2R9O A; 4QF3 A; 2LGL A; 4I04 A; 4R3D A; 4BBQ A; 5D1K B; 1PBH A; 4N79 A; 3SHB A; 4DMY A; 2L0B A; 3U5O A; 5FPW A; 4FO9 A; 4LKA A; 1JM7 B; 1WEE A; 4D8B A; 3LQH A; 4I7B A; 2K1J A; 5JA7 A; 1Z60 A; 4O62 A; 4CDD B; 4RNA A; 4IUM A; 4PP1 A; 2F6N A; 5D1L B; 1PPP A; 2VHF A; 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