The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
477
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sequence length |
1515
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structure length |
1407
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Chain Sequence |
GSGVMVEWLESRSFSPIPFPPLTYKNDTKILVLALEDLKDVYASKVRLNASEREELALIEEAYDNPHDTLNRIKKYLLTQRVFKPVDITPVYSVDPLEKITDAYLDQYLWYEADQRKLFPNWIKPSDSEIPPLLVYKWTQGINNLSEIWDVSRGQSAVLLETTLGEMAEKIDFTLLNRLLRLIVDPNIADYITAKNNVVINFKDMSHVNKYGLIRGLKFASFIFQYYGLVIDLLLLGQERATDLAGPANNPNEFMQFKSKEVEKAHPIRLYTRYLDRIYMLFHFEEDEGEELTDEYLAENPDPNFENSIGYNNRKCWPKDSRMRLIRQDVNLGRAVFWEIQSRVPTSLTSIKWENAFVSVYSKNNPNLLFSMCGFEVRILPRQRMEENDEGVWDLVDERTKQRTAKAYLKVSEEEIKKFDSRIRGILMASTTFTKVAAKWNTSLISLFTYFREAIVATEPLLDILVKGETRIQNRVKLGLNSKMPTRFPPAVFYTPKELGGLGMISASHILIPASDLSWSKQTDTGITHFRAGMTHEDEKLIPTIFRYITTWENEFLDSQRVWAEYATKRQEAIQQNRRLAFEELEGSWDRGIPRISTLFQRDRHTLAYDRGHRIRREFKQYSLERNSPFWWTNSHHDGKLWNLNAYRTDVIQALGGIETILEHTLFKGTGFNSWEGLFWLSQIPNRRFTLWWSPTINRANVYVGFLVQLDLTGIFLHGKIPTLKISLIQIFRAHLWQKIHESIVFDICQILDGELDVLQIESVTKETVHPRKSYKMNSSAADITMESVHEWEVSKPSLLHETNDSFKGLITNKMWFDVQLRYGDYDSHDISRYVRAKFLDYTTDNVSMYPSPTGVMIGIDLAYNMYDAYGNWFNGLKPLIQNSMRTIMKANPALYVLRERIRKGLQIYQEPFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTESSKNEWRKSAIANTLLYLRLKNIYVSADDFVEEQNVYVLPKNLLKKFIEISDVKIQVAAFIYGMSAKDHPKVKEIKTVVLVPQLGHVGSVQISNIPDIGDLPDTEGLELLGWIHTQTEELKFMAASEVATHSKLFADKKRDCIDISIFSTPGSVSLSAYNLTDEGYQWGEENKDIMNVLSEGFEPTFSTHAQLLLSDRITGNFIIPSGNVWNYTFMGTAFNQEGDYNFKYGIPLEFYNEMHRPVHFLQFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Prp8 reveals active site cavity of the spliceosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
A1 cistron-splicing factor AAR2
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| total genus |
477
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| structure length |
1407
|
| sequence length |
1515
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF08084 | PROCT | PROCT (NUC072) domain |
| B | PF10596 | U6-snRNA_bdg | U6-snRNA interacting domain of PrP8 |
| B | PF10597 | U5_2-snRNA_bdg | U5-snRNA binding site 2 of PrP8 |
| B | PF10598 | RRM_4 | RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 |
| B | PF12134 | PRP8_domainIV | PRP8 domain IV core |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytidine Deaminase; domain 2 | Cytidine Deaminase, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | tt1808, chain A | tt1808, chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G8Q A; 1ZAB A; 4LCN A; 2D5N A; 4MSD A; 2P87 A; 4LCP A; 1OI0 A; 4NQL A; 4O8X A; 1YSB A; 2HXV A; 4P9D A; 4LD4 A; 4G3M A; 2ZNR A; 4F3W A; 4QFT A; 3OJ6 A; 3E1U A; 1AF2 A; 2FR6 A; 4WIG A; 4OCL B; 4WIF A; 2Z3H A; 1UX0 A; 3DH1 A; 3SBG A; 4O8Y A; 4E0Q A; 4ZFR A; 4OWP A; 1WN5 A; 4D10 F; 2O3K A; 4LC5 A; 4P9C A; 4MSJ A; 4KIT C; 1UAQ A; 1RB7 A; 1CTT A; 5DCA J; 2A8N A; 3R2N A; 2Z3G A; 2ZNV A; 2O96 A; 1YSD A; 2B3J A; 2OG4 A; 2Z3I A; 2G84 A; 2NX8 A; 2P8R A; 4O8X B; 3RZU A; 5GAO A; 1R5X A; 4MSM A; 2Z3J A; 1TIY A; 4K1R A; 4OCN B; 1VQ2 A; 1WWR A; 1UX1 A; 5M59 B; 1UWZ A; 4OCM A; 3IJF X; 1P6O A; 4O8Y B; 2PW9 A; 2G6V A; 4MSQ A; 4OWP B; 1CTU A; 2O95 A; 4JXE A; 2QLC A; 3EX8 A; 3DMO A; 4PQT A; 4BGD C; 4I43 B; 1WN6 A; 2B3Z A; 1R5T A; 2KKS A; 4ZD5 A; 4HRQ A; 3ZPC A; 2W4L A; 4OCL A; 4HRW A; 3ZPG A; 2RPZ A; 4F7O A; 1Z3A A; 2KCQ A; 5CW6 A; 4LD2 A; 2HVV A; 4ILG C; 3ZEF B; 2FR5 A; 1ALN A; 4P9E A; 2HVW A; 1OX7 A; 2OBC A; 2D30 A; 3OCQ A; 4OCN A; 2NYT A; 5M52 C; 2O7P A; 1WKQ A; 4ZFT A; 3MPZ A; 4EG2 A; 5C2O A; 1JTK A; 3RZV A; 3B8F A; 1MQ0 A; 4ZD4 A; 4OCM B; 4LCO A; 4MS7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3J7Y q; 2NR4 A; 4AQG A; 4ASK A; 5J1G A; 3VR9 A; 2IC6 A; 5LJN A; 3BQI A; 5JRC A; 1MIV A; 3ZJ1 A; 4ZS3 A; 2VL0 A; 4HKA A; 5L4H A; 3OYZ A; 2XQ7 A; 1LKX A; 5L3D B; 3OYX A; 2X9Y A; 2NW7 A; 2DNX A; 4ISS A; 2MOZ A; 4XJX A; 5FXW A; 2D5U A; 4BAY B; 3SFE A; 3HL6 A; 4YSY A; 1XNR T; 1Y64 B; 1UCU A; 4PAG A; 5AQV B; 1SE7 A; 1HCI A; 5LBQ B; 5JDQ A; 4G63 A; 4AXP A; 2ACX A; 1OXZ A; 3RRW A; 2UXB T; 1HNX T; 2Z6E A; 3RRC A; 2W63 A; 4JI7 T; 1P6O A; 4DND A; 3C51 A; 4X64 T; 4OWP B; 4BGD C; 3RIU A; 4V1A v; 2L3L A; 3UFG A; 2RPZ A; 2VKJ A; 3NRY A; 3ZYM A; 4ZXL A; 5HXS A; 1BR0 A; 3N9Q A; 4P9E A; 4IRE A; 5AQU B; 4XAX B; 3C64 A; 3PJA J; 5J2T E; 4NUV A; 5CB4 E; 1WDJ A; 4A56 A; 3UU3 A; 2MAW A; 4B6X A; 4PJL A; 2I6H A; 4I4T E; 1I6Z A; 2XZE A; 4G3M A; 2E9X B; 4AKL A; 4AQF A; 2WQY A; 5L3B B; 1E1H B; 2LKH A; 1G8M A; 3LG7 A; 5AQK B; 3I0O A; 2X9W A; 2VWA A; 4DBR A; 4QWN B; 4D10 F; 5L2L A; 2VAS A; 3PUS A; 3PUG A; 1Z0P A; 4BE7 B; 3JC6 D; 2WZI A; 2A8N A; 1T8B A; 3V5S A; 2WAU A; 4ZI3 C; 4IDO A; 3WI3 A; 2OA5 A; 4IT4 A; 4LMJ A; 1D0Z A; 3EHZ A; 5C8Y E; 2Z3I A; 4OFZ A; 4U33 A; 4YHJ A; 3BQK A; 3AAA B; 3AA7 B; 5LGT B; 1NEK A; 4TZ4 C; 1FEW A; 3KVA A; 3IJF X; 1WR6 A; 2PW9 A; 3K1S A; 2X66 A; 4U31 A; 3I1A A; 4NPP A; 5AQT B; 3ZYK A; 2X51 A; 2YU1 A; 3PE0 A; 4U7I A; 4IE4 A; 5M4Y A; 2W4L A; 5LNK A; 5LP6 E; 4JI5 T; 3ZMZ B; 3T1Y T; 3FZK B; 3UU8 A; 1MMD A; 4JV5 T; 1PKX A; 3AE2 A; 1LVF A; 2W66 A; 4M1P A; 3OCQ A; 4AIU A; 3QOF A; 4H9N C; 2JRK A; 5LBM A; 3O4X E; 2O7P A; 4X65 T; 3H3M A; 4L0R A; 5KDM C; 4IE0 A; 2RA1 A; 5HEG A; 1US7 B; 2XQA A; 4JI1 T; 4LF9 T; 2HXV A; 2LKG A; 3RLF F; 1HNW T; 4NXM T; 3D0T A; 2NW9 A; 2Y8D A; 2NWB A; 4DBQ A; 4OCL B; 4EB6 E; 2YDQ A; 2CM0 A; 2D0T A; 3TKL B; 1OZ0 A; 2QGS A; 3CQC B; 2O3K A; 2XSB A; 4JI8 T; 2CXF A; 3RKG A; 5HEO A; 2LSG A; 2W00 A; 1KNZ A; 2Y48 B; 2A3D A; 3AAE B; 1MMN A; 1W09 A; 1HF8 A; 2XQY A; 3GN5 A; 4X20 E; 4EZ4 A; 4BJM A; 2PFV A; 2XSA A; 1FMV A; 5LA6 E; 4OYK A; 5LGU B; 1J5W A; 3QUJ A; 4G2A A; 2LSK A; 4K1R A; 3SRZ A; 2DWG A; 4EGW A; 1U4Q A; 3UU5 A; 4HFB A; 2ACZ A; 2O95 A; 3P4S A; 4LF8 T; 1VRB A; 2LM9 A; 2AE9 A; 1IZN B; 2KWH A; 5HEH A; 3ZN0 B; 2EHO B; 4COF A; 4JEU B; 2XY8 B; 3JAD A; 4F7O A; 4FI5 A; 3JC6 C; 2E9X D; 4ILG C; 4QH5 A; 4HWH A; 3IEE A; 4QX8 B; 5HAX A; 4ILA A; 2BS4 A; 2W61 A; 1YQ4 A; 4PK5 A; 2NYT A; 1XMQ T; 3O1I A; 4GKJ T; 3UT5 E; 3ZZM A; 3F57 A; 3PUX F; 3FZL B; 4DR5 T; 4OYJ A; 4DV7 T; 3KV6 A; 4F6R C; 3AEC A; 4BEB A; 2C0S A; 4C91 A; 1CUN A; 2V6Y A; 4YTP A; 1IBK T; 4HWI B; 1AF2 A; 4WIG A; 3C4Z A; 2NTY A; 2Z3H A; 4DR2 T; 3DH1 A; 1VOM A; 2M6I A; 1D1A A; 3KV4 A; 1MMG A; 2WMO A; 2LJL A; 2N2N A; 5L4E A; 3CML A; 1LVK A; 3X1D A; 2NTX A; 1N33 T; 5FY0 A; 4GK5 E; 4DUZ T; 3RC3 A; 5C3J A; 2Q9Q A; 2XUE A; 3NWI A; 3QK6 A; 5FL1 A; 2XAS B; 5HXC A; 4KX6 A; 4MSM A; 5LHI B; 1D0Y A; 3U3I A; 3UTK A; 1VQ2 A; 3EDV A; 2BG9 A; 3AED A; 4MFR A; 2KND A; 4HEA A; 3Q5W A; 4ADZ A; 3CK6 A; 3G06 A; 4NIQ A; 2BKP A; 1FMW A; 2N1G A; 4I43 B; 1WN6 A; 1UK5 A; 4ZD5 A; 4YFS A; 5L3E B; 1I94 T; 3ZPG A; 1Z3A A; 4KHP T; 4UF0 B; 1YKE B; 2PG8 A; 4QXH B; 3ZEF B; 3P50 A; 1FIO A; 2BBH A; 4TWH A; 3AE6 A; 4JI6 T; 4F8H A; 2J1D G; 3LK2 B; 2V7K A; 2D0U A; 2ODV A; 2CMR A; 5AQS B; 3PTR B; 2LHR A; 1UGO A; 3EAM A; 2LSI A; 4PW8 A; 3P7I A; 5E0O A; 4DUY T; 3GA8 A; 4Q25 A; 3PUW F; 3AAI A; 3AE3 A; 1O3X A; 3V5U A; 2KZ7 B; 4UEM A; 5DJQ C; 4JUY A; 2KLQ A; 1UUR A; 4EHI A; 4TUY E; 2X0Y A; 4NUU A; 1FJG T; 1HNZ T; 4P9C A; 2VVN A; 2XAJ B; 5DCA J; 2E9X C; 2G0U A; 2VB6 A; 2W67 A; 3GMI A; 2ZNV A; 3ONL C; 4P09 A; 2O96 A; 4IDP A; 4MLK A; 3FBZ A; 5ABF B; 2FUP A; 2HPL A; 2EHO D; 5CFB A; 2YN6 A; 2J62 A; 5LHG B; 2DCF A; 1UX1 A; 4CQI A; 4WNK A; 1UX4 A; 3N9O A; 3ZMS B; 4MSQ A; 2SPC A; 2OV9 A; 1CTU A; 2JMH A; 2LSJ A; 3CVR A; 3MZK B; 1M62 A; 5HXH A; 4MHC A; 1XDO A; 1NWM X; 2XAG B; 1WCR A; 4YT0 A; 1IJ6 A; 3RQW A; 4H9Q C; 3O1J A; 3HKE E; 4JI2 T; 1ALN A; 3N2K E; 2CE7 A; 5F8P A; 2FJA A; 5FL0 A; 4X66 T; 2WM9 A; 3PDY A; 4KP3 C; 2VUR A; 5FP3 A; 2JJ9 A; 3VRA A; 1MQ0 A; 4OCM B; 3RI5 A; 4YTM A; 3ESL A; 4IHJ E; 3OJA A; 3QC9 A; 1THZ A; 4YTN A; 3SWH A; 1WYB A; 2VKD A; 3ZYL A; 2UXN B; 3IBP A; 2H7V C; 2X9H A; 2Y6X A; 5IUX A; 4O8Y A; 5A1L A; 2KMF A; 4H9P C; 4AI6 A; 3ANW A; 1QSD A; 1MND A; 3HA4 A; 2XAQ B; 1DU2 A; 2UUB T; 3H1T A; 2IML A; 3I0Q A; 2Z3G A; 2CCQ A; 2KIN B; 4B3T T; 3N2G E; 4JI4 T; 5JRC B; 4X5T A; 3CPZ A; 1N32 T; 3RZU A; 4OHF A; 1V9D A; 4YSX A; 3PUY F; 1WLX A; 2X9X A; 4UVB B; 5FXX A; 4B3R T; 4OCN B; 4A97 A; 4P0A A; 4GKK T; 1ZHC A; 2V5C A; 4EZH A; 2HN2 A; 3CQG B; 3RH3 A; 2B1E A; 2KWI B; 2H3R A; 4DR1 T; 2K5B B; 4PQT A; 3RPU A; 2MYS A; 3LJC A; 2BZB A; 2JQ9 A; 3FHN A; 2B3Z A; 4O8S A; 2VL8 A; 3KBT A; 5CW6 A; 3Q5D A; 2DWK A; 3RF1 A; 2WU5 A; 2WU2 A; 1SUM B; 1QUU A; 5FXV A; 5FYM A; 3QNU A; 3M65 A; 2VQE T; 4HWF A; 3B8F A; 5H6Q B; 4YSZ A; 4LF6 T; 2EHO C; 3HKC E; 1WFD A; 4YJ2 E; 3G8Q A; 4YXD A; 2YIN A; 2V1D B; 4NQL A; 3VHL A; 3Q2M A; 5JH7 E; 1HG2 A; 3ZSS A; 4E7Z A; 3AXJ A; 2WMN A; 4UEL A; 2JMK A; 4AQY T; 1W0A A; 2DL1 A; 4EOZ B; 3Q9D A; 1RB7 A; 3ZLI A; 1OED A; 4O4I E; 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