The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
201
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sequence length |
695
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structure length |
695
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Chain Sequence |
HNMKAFLDELKAENIKKFLYNFTQIPHLAGTEQNFQLAKQIQSQWKEFGLDSVELAHYDVLLSYPNKTHPNYISIINEDGNEIFNTSLFEPPPPGYENVSDIVPPFSAFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDMKINCSGKIVIARYGKVFRGNKVKNAQLAGAKGVILYSDPADYFAPGVKSYPDGWNLPGGGVQRGNILNLNGAGDPLTPGYPANEYAYRRGIAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMGGSAPPDSSWRGSLKVPYNVGPGFTGNFSTQKVKMHIHSTNEVTRIYNVIGTLRGAVEPDRYVILGGHRDSWVFGGIDPQSGAAVVHEIVRSFGTLKKEGWRPRRTILFASWDAEEFGLLGSTEWAEENSRLLQERGVAYINADSSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHNLTKELKSPDEGFEGKSLYESWTKKSPSPEFSGMPRISKLGSGNDFEVFFQRLGIASGRARYTKNWETNKFSGYPLYHSVYETYELVEKFYDPMFKYHLTVAQVRGGMVFELANSIVLPFDCRDYAVVLRKYADKIYSISMKHPQEMKTYSVSFDSLFSAVKNFTEIASKFSERLQDFDKSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLPDRPFYRHVIYAPSSHNKYAGESFPGIYDALFDIESKVDPSKAWGEVKRQIYVAAFTVQAAAETLSEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of prostate-specific membrane antigen, a tumor marker and peptidase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Glutamate carboxypeptidase II
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| total genus |
201
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| structure length |
695
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| sequence length |
695
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.17.21: Glutamate carboxypeptidase II. |
| pdb deposition date | 2005-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02225 | PA | PA domain |
| A | PF04253 | TFR_dimer | Transferrin receptor-like dimerisation domain |
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Transcription Elongation Factor S-II; Chain A | Transferrin receptor-like, dimerisation domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | Glucose Oxidase; domain 1 | Glucose Oxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JQG A; 2ZED A; 5I4M A; 3RAM A; 3S9M A; 5DS0 A; 2PIZ A; 1BAV A; 2JEW A; 2OOT A; 2ZEF A; 4NGS A; 1EE3 P; 4RUH A; 4C9U A; 4NJQ A; 1TF9 A; 3CPX A; 2ANP A; 2NSM A; 3V7Z A; 4MHZ A; 3HLP A; 3DLJ A; 4C8P A; 1PCA A; 1XFO A; 1VHO A; 4ZYQ A; 4YU9 A; 1Q7L A; 2PJ3 A; 2GRE A; 3IWW A; 2PJ4 A; 4UEF A; 5JGF A; 1WVM A; 5K8P A; 4OID A; 3B3S A; 2PRQ A; 4H2K A; 1Y7E A; 3KR5 A; 3DGV A; 4C9R A; 1QQ9 A; 3V38 A; 5F09 A; 2F8H A; 3D7H A; 3PB6 X; 3GB0 A; 1NSA A; 2HC9 A; 3KHX A; 4OC0 A; 3NH8 A; 1V6C A; 1YSJ A; 3IEH A; 5HVF A; 3ICU A; 1ZLI A; 3WC7 A; 2EK9 A; 3GUX A; 1TKH A; 2GU2 A; 4MCQ A; 3PB7 X; 3WC5 A; 4OIW A; 3H8F A; 3S9N A; 1IY7 A; 4K3N A; 4EME A; 3D67 A; 5ELY A; 1TXR A; 2PJ1 A; 4DJL A; 3KL9 A; 4FBE A; 2ZOG A; 1YME A; 3SJX A; 1LFW A; 3PB9 X; 3B7I A; 3IIB A; 2AFX A; 4C8T A; 3PBE A; 3VAT A; 3FVL A; 4MHY A; 3CT9 A; 3VTA A; 4BD9 A; 3B3C A; 3SJG A; 3VAR A; 4OC4 A; 3PBB A; 4ONW A; 4P4J A; 4FWU A; 1VGY A; 4YWY A; 4X8I A; 2PJ7 A; 4FUU A; 4F8Z A; 3D7D A; 1AYE A; 4JYW A; 3BI0 A; 3I74 A; 1CPS A; 1CPX A; 3B3T A; 2PJ0 A; 1BLL E; 4MMO A; 4MCS A; 2PJA A; 4NFR A; 4R6T A; 3FED A; 3RZA A; 4NGN A; 3D7F A; 4NGR A; 3D4U A; 2HB6 A; 4ZX9 A; 5JH9 A; 1ZG9 A; 3I6S A; 2V8D A; 3FEE A; 3FJU A; 1IGB A; 5LYL A; 3FF3 A; 2ZEG A; 4MXU A; 3D7G A; 3K2K A; 2V8V A; 4X2T A; 1ARM A; 1LAP A; 2PJ2 A; 3IJ3 A; 1CBX A; 3B3V A; 2GLF A; 2Q4Z A; 3B2Y A; 3B3W A; 1F2O A; 2PVW A; 1AMP A; 4C9A A; 4JZ0 A; 1ARL A; 2RB7 A; 2AFO A; 4GM5 A; 3KHZ A; 2WZN A; 3WC6 A; 4PXD A; 4X3R A; 2V77 A; 2XEJ A; 1Z8L A; 3SI2 A; 2PJC A; 3KQZ A; 3KI9 A; 1RTQ A; 2EK8 A; 1Y0Y A; 5HVH A; 4A39 A; 4C9E A; 2ZEH A; 5K8O A; 3K9T A; 2JBK A; 4YN3 A; 2VL1 A; 2BO9 A; 4IK2 A; 4AXV A; 4NGQ A; 5LYF A; 5LRG A; 2JBJ A; 4C99 A; 4OC2 A; 4P10 A; 4DUK A; 4Q7A A; 3ISX A; 2V8H A; 1CG2 A; 1XRY A; 5LRK A; 2ZEL A; 1BPN A; 1LAN A; 5HXD A; 3H8G A; 4OC5 A; 4ZY2 A; 1PYT B; 2C6P A; 4A38 A; 4P4E A; 3SJF A; 4IHM A; 4LQG A; 3WT4 A; 1BPM A; 3PEI A; 5J1Q A; 1XF1 A; 2PCU A; 3KZW A; 4PXB A; 1Z5R A; 3SI1 A; 5THW A; 3BXM A; 4P44 A; 2PE3 A; 3EIF A; 1YW6 A; 3IFE A; 4ZI6 A; 4OC1 A; 3N5F A; 5CPA A; 4OC3 A; 1HEE A; 2IJZ A; 3PRT A; 3BI1 A; 2AFZ A; 1OBR A; 4MCR A; 3SJE A; 4CDK A; 2PJ6 A; 2O4H A; 3CDX A; 5LYI A; 5LRJ A; 3T8W A; 2ZEN A; 3NA6 A; 5IB9 A; 4A37 A; 1LCP A; 4WJB A; 2NYQ A; 3FX6 A; 4R7M A; 1TKF A; 1F57 A; 2QJ8 A; 4EFD A; 3D68 A; 2WYR A; 2CF4 A; 2OR4 A; 4C84 A; 3NH5 A; 2BCO A; 4KNG E; 4MHP A; 5D8N A; 4PQA A; 2PIY A; 3QNV A; 1Z2L A; 2C1C A; 2C6G A; 4A94 A; 4OKO A; 2G9D A; 4OME A; 4TJX A; 1H8L A; 4EWT A; 1HDQ A; 5D29 A; 3CPA A; 4NGM A; 3KQX A; 1M4L A; 1KWM A; 2PJ9 A; 3PFO A; 2CIJ A; 4R76 A; 2ZEP A; 2PJB A; 1GYT A; 2RFH A; 4C86 A; 2ZEO A; 2PVV A; 3FMC A; 4UIB A; 3I1U A; 3PB4 X; 3RBU A; 1YW4 A; 2J9A A; 3NFZ A; 4P4I A; 2IMO A; 2V8G A; 3H8E A; 1F2P A; 2POK A; 2CTB A; 4C9V A; 3BHX A; 5CBM A; 4C8U A; 1Y9Z A; 1TKJ A; 2EWB A; 4IAV A; 2XEG A; 3VH9 A; 2I3C A; 3PB8 X; 4C8A A; 3TX8 A; 4DYO A; 5LYD A; 4P45 A; 2BOA A; 4C8C A; 2PJ5 A; 4PPZ A; 2C6C A; 4F9V A; 3KAS A; 2FVG A; 4TNU A; 1HDU A; 4C85 A; 1TF8 A; 5JM6 A; 2F7V A; 1CP6 A; 1FT7 A; 3NH4 A; 4O23 A; 1XJO A; 4P6Y A; 2ABZ A; 4F9U A; 3JRU A; 4MCP A; 1R43 A; 4P4D A; 4FAI A; 4CPA A; 2Q51 A; 6CPA A; 4UEZ A; 4NGP A; 3S9L A; 2O53 A; 4NJR A; 2AFS A; 1XMB A; 2ZEE A; 1FNO A; 2GLJ A; 4R8F A; 2DEA A; 4C8F A; 4G1P A; 4WWV A; 3LMS A; 3LWU A; 2XEF A; 1CP7 A; 4UIA A; 1R3N A; 1ZG7 A; 2QYV A; 4TJV A; 3MRU A; 8CPA A; 4MRI A; 4MHN A; 1ZG8 A; 4B6Z A; 4P4F A; 4KSI A; 3FH4 A; 1QMU A; 2AFW A; 4UEE A; 1ELL P; 2QVP A; 5K8M A; 3TC8 A; 3IO1 A; 5K8N A; 1VIX A; 3PFE A; 1CX8 A; 2CTC A; 2XEI A; 3SI0 A; 1XBU A; 3IC1 A; 3D66 A; 3KGQ A; 4PXE A; 1LAM A; 1LOK A; 4Z65 A; 1ELM P; 1Y0R A; 3HUV A; 3WAB A; 1UWY A; 3L2N A; 2ZEM A; 4ZY1 A; 4OP4 A; 2IQ6 A; 1DE4 C; 3KR4 A; 4CDJ A; 1VHE A; 2AFM A; 4NGT A; 2PJ8 A; 1YLO A; 4W9Y A; 3MN8 A; 1DTD A; 1ZLH A; 2ZOF A; 4UF4 A; 4ZX8 A; 3FEC A; 4ZY0 A; 2AFU A; 3GLJ A; 3ISZ A; 4PXC A; 7CPA A; 4TWE A; 3B35 A; 5HVG A; 4P4B A; 2Q43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M1D A; 2VI7 A; 3PFV A; 1JQG A; 3BLN A; 3NFQ A; 2ZED A; 3TE4 A; 1J3L A; 4U9Y A; 2BUE A; 5I4M A; 3RAM A; 1WVM A; 3S9M A; 2QML A; 5DS0 A; 2E28 A; 2P6F A; 2REF A; 5EMI A; 2PIZ A; 1BAV A; 2JEW A; 2AE6 A; 4RS2 A; 2DF5 A; 2OOT A; 2ZEF A; 4NGS A; 1EE3 P; 4RUH A; 5J8C A; 2Z11 A; 4OAD A; 4KUA A; 5DWM A; 1ZRS A; 3TT2 A; 4C9U A; 4NJQ A; 1TF9 A; 3CPX A; 1XMT A; 2ANP A; 1IYK A; 2NSM A; 3EY5 A; 4MHZ A; 3HLP A; 4U5Y A; 3V7Z A; 2C5Q A; 3EZE A; 3PGP A; 3DLJ A; 4KZT A; 1ZO0 A; 4NCZ A; 1EZB A; 1NMT A; 5AG5 A; 2D0O A; 4C8P A; 1PCA A; 1XFO A; 1VHO A; 2GIV A; 2Q7B A; 4A95 A; 4ZYQ A; 4YU9 A; 1VBG A; 4J3G A; 2WPX A; 2EUI A; 1Q7L A; 2PJ3 A; 3N7Z A; 3OB2 B; 4HNX B; 5FVJ A; 5F9M A; 2GP4 A; 1Z4E A; 2F5I A; 2GRE A; 4JJX A; 1JDE A; 3IWW A; 2PJ4 A; 1RO5 A; 2Z10 A; 4UEF A; 5A28 A; 2I00 A; 3SXN A; 5JGF A; 3D3S A; 1KUX A; 2PRQ A; 3B3S A; 4HKF A; 4H2K A; 4OID A; 5K8P A; 1Y7E A; 3KR5 A; 1IYL A; 2AUM A; 5F1Y A; 1QSO A; 3DGV A; 4C9R A; 1QQ9 A; 1Q2Y A; 1SQH A; 3V38 A; 2HQY A; 5F09 A; 1BXR B; 2Z3P A; 2FT0 A; 2RC4 A; 1I12 A; 1LRZ A; 2F8H A; 3D7H A; 3PB6 X; 3GB0 A; 1YQE A; 1NSA A; 3GKR A; 4A30 A; 2HC9 A; 2ZW6 A; 2YNE A; 3RNZ A; 4INJ A; 2Q7S A; 4C7H A; 1CE8 B; 3KHX A; 4YRH A; 4OC0 A; 3NH8 A; 1V6C A; 1YSJ A; 3IEH A; 1QST A; 2BL1 A; 2ODF A; 2VBQ A; 2Z3K A; 4OAE A; 1ZLI A; 4JXQ A; 5AG6 A; 5HVF A; 3S6F A; 3ZJ0 A; 3WC7 A; 4B14 A; 1C3O B; 3SR3 A; 4PK3 A; 2EK9 A; 4LX9 A; 3GUX A; 3PT1 A; 2FM4 A; 4BIN A; 1TKH A; 3TLB A; 2Z0Z A; 2GU2 A; 4MCQ A; 3PB7 X; 3PP9 A; 4OIW A; 3WC5 A; 3H8F A; 3T9Y A; 1S7F A; 3S9N A; 1IY7 A; 2HRO A; 3RYO A; 4K3N A; 4EME A; 3R96 A; 2YJT A; 2GAN A; 3D67 A; 5ELY A; 1TXR A; 2PJ1 A; 2VQY A; 3KL9 A; 2Y1N A; 4MY3 A; 4NSQ A; 3VRR A; 2ZOG A; 3ZNI A; 4JLY A; 3TO7 A; 4FBE A; 1YME A; 3SJX A; 1LFW A; 3PB9 X; 3B7I A; 4QVT A; 2DIK A; 1YX0 A; 3IIB A; 3BUX B; 5JQ4 A; 2AFX A; 1Y9K A; 1X12 A; 4C8T A; 4A32 A; 1YK3 A; 3IGR A; 3PBE A; 2B4D A; 3DDD A; 1CS0 B; 4Q36 A; 1XIX A; 1I21 A; 1S7K A; 1Z9E A; 3KKW A; 3FVL A; 3VAT A; 4MHY A; 5JVL A; 3CT9 A; 3VTA A; 4BD9 A; 2B4B A; 3RO0 A; 3B3C A; 4CAW A; 4KUB A; 3SJG A; 3VRN A; 1L0C A; 3VAR A; 3OB1 B; 4OC4 A; 3PBB A; 4ONW A; 4P4J A; 4FWU A; 2FXF A; 1VGY A; 4E0A A; 4YWY A; 4X8I A; 2PJ7 A; 4FUU A; 4QB9 A; 5C88 A; 3WR7 A; 4F8Z A; 1A9X B; 4KLV A; 4L8A A; 3TO9 A; 4CS0 B; 4R57 A; 3D7D A; 1AYE A; 2ZW4 A; 3D2M A; 4JYW A; 2YND A; 4F6A A; 3BI0 A; 3I74 A; 4BPU B; 4PSW A; 2FIA A; 3CZX A; 3F9K C; 5JYB A; 1CPS A; 1CPX A; 4E2A A; 2P6E A; 1NXJ A; 4UCP A; 1MJA A; 1Z4R A; 3B3T A; 1Z8T A; 2PJ0 A; 2XPN A; 1BLL E; 3FNC A; 4MMO A; 4MCS A; 2PR1 A; 2VEZ A; 2PJA A; 4NFR A; 4QUS A; 4A33 A; 4R6T A; 3FED A; 2PRB A; 1QSN A; 4M6G A; 4NF1 A; 5G22 A; 4NGN A; 3RZA A; 3T90 A; 2EZC A; 3D7F A; 4NGR A; 3D2P A; 3D4U A; 2HB6 A; 2B4D B; 4LQ6 A; 1A2Z A; 1Q2C A; 1ZG9 A; 3GIU A; 4ZX9 A; 5JH9 A; 3I6S A; 2V8D A; 3FEE A; 3FJU A; 1IGB A; 5G20 A; 4B5O A; 4CYO A; 2C27 A; 2Q0Y A; 5LYL A; 4MJX A; 3FF3 A; 1KZF A; 3EIF A; 1VI4 A; 2MP0 A; 2EO8 A; 2ZEG A; 3GYA A; 3EFA A; 4MXU A; 2X0S A; 3D7G A; 3VRO A; 2B58 A; 2HV2 A; 3K2K A; 4JD6 A; 2J8N A; 2V8V A; 1ARM A; 3HMJ G; 1LAP A; 2PJ2 A; 3IJ3 A; 2PSW A; 4UWI A; 4X2T A; 3TTH A; 2CNS A; 2FS5 A; 4HNY B; 1CBX A; 4RR2 B; 2WUU A; 5EC4 A; 3SXO A; 2P0W A; 3B3V A; 2Y1M A; 4QBJ A; 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