The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
337
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structure length |
336
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Chain Sequence |
KGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATFGGSADLEDNMETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYHQKYRGGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for efficient chromophore communication and energy transfer in a constructed didomain protein scaffold.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Fluorescent protein, electron transport
|
| source organism |
Aequorea victoria
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| molecule keywords |
Cytochrome b562 integral fusion with enhanced green fluoresc
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| total genus |
111
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| structure length |
336
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| sequence length |
337
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07361 | Cytochrom_B562 | Cytochrome b562 |
| A | PF01353 | GFP | Green fluorescent protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Cytochrome c/b562 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Green Fluorescent Protein | Green fluorescent protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z1P A; 1XA9 A; 5EXB A; 2XLM A; 5JVE A; 3TOM A; 2Y0G A; 1Q4D A; 4W6I A; 4TZA A; 1KP5 A; 3M24 A; 2DUG A; 3IR8 A; 1Q73 A; 3CFF A; 3A8S A; 4ZF4 A; 5DY6 A; 5DTX A; 3ED8 A; 2YLI A; 3DQD A; 3LVA A; 5BT0 A; 2WHU A; 4DXO A; 3W1C A; 3DQE A; 4LJD C; 3ZTZ A; 4B5Y A; 4W7A A; 1MQV A; 1LM3 B; 1E83 A; 4NWS A; 1YYJ A; 1CPQ A; 3DQ7 A; 3SG4 A; 1E85 A; 2H6V A; 4ER9 A; 3OSR A; 4ORN A; 4W6O A; 3DE8 A; 2HGD A; 3DQH A; 3TOL A; 2PXS A; 4U2V A; 1MYW A; 2DUH A; 2O29 A; 3SSY A; 5H87 A; 5HZU A; 5DPH A; 4I2Y A; 4EDO A; 1YZC A; 4CDA A; 2QU1 A; 1KYS A; 4W6K A; 1GFL A; 1BFP A; 1C4F A; 3NMJ A; 5JSL A; 1Q4A A; 5FVF A; 2QLI A; 4W7F A; 4EDS A; 1RCP A; 3ZUL A; 4W7C A; 2HQZ A; 3ZUJ A; 5HGE A; 3BXB A; 3DQO A; 4Q9X A; 2YL1 A; 1OXE A; 3UG0 A; 1E84 A; 4W7X A; 4W6R A; 5LTQ A; 2DD9 A; 3SS0 A; 3DQN A; 2GX0 A; 4W6A A; 3DQJ A; 3DPX A; 1MOU A; 5HZT A; 3NMI A; 2P4M A; 5JP7 A; 2AWL A; 4W6L A; 4W77 A; 5DQM A; 3C62 A; 3IP2 A; 4KPI A; 2Z6Y A; 4KW9 A; 3CBE A; 3DQU A; 5EB6 A; 3V3D A; 3CFH A; 4IK8 A; 2GW4 B; 1QPU A; 4OQW A; 5BTT B; 2XL8 A; 2A50 B; 3EVU A; 3QW0 A; 3AI5 A; 2C9J A; 3ZWI A; 4JFG A; 4UTS A; 4WGZ A; 3LVD A; 4LQT A; 3EVV A; 2RH7 A; 4JEO A; 4HVF A; 3DQ8 A; 4DXM A; 4B30 A; 1XQM A; 2EMN A; 3IQ5 A; 4RYW A; 1YZA A; 3HNL A; 5J2O A; 3DQ3 A; 1BBH A; 4JEA A; 2QLG B; 5BQL A; 5JUA A; 3SG7 A; 2G5Z B; 4IK9 A; 3GJ1 A; 2A48 A; 5EJU A; 4RTC A; 2YL3 A; 1YHH A; 4JEB A; 2G6Y A; 1QYF A; 3GEX A; 3HNI A; 2YL0 A; 4N4W A; 2HPW A; 2AWK A; 2ZMU A; 4GF6 B; 3SSL A; 4LW5 A; 4BDU A; 3GJ2 A; 3IQ6 A; 2QLA A; 5DQB A; 3M22 A; 3NF0 A; 2VAE A; 4HQ9 A; 2WIQ A; 2YE1 A; 1ZGP A; 3ADF A; 5DRG A; 4W69 A; 4KGE A; 3DQF A; 1XAE A; 4W7E A; 5DPG A; 4R6D A; 4H47 A; 4L12 A; 5EXU A; 1QQ3 A; 4W7D A; 1QY3 A; 4GOB A; 1W7T A; 2Q6P A; 2YLD A; 5DTY A; 4Z4M A; 3VIC A; 5JLI A; 3EK8 A; 2AWJ A; 3U8A A; 3LS3 A; 1MOV A; 3LF4 B; 2XLV A; 3ZTM A; 4CIP A; 1EMF A; 4J8A A; 5JT4 A; 4LJC A; 4PPK A; 1EMA A; 5EBJ A; 3ST2 A; 1G7K A; 4PFE A; 3KCS A; 256B A; 3O77 A; 2DDD A; 4HQ8 A; 2G16 B; 4H3N A; 2IE2 A; 3SVC A; 2J9B A; 4GES B; 4W6J A; 4ZIO A; 2B3Q A; 4KGF A; 2H9W A; 2V4E A; 1YJF A; 1XSS A; 3SG2 A; 2G6X A; 2OKW A; 1H4U A; 4XVP A; 2V4E B; 3ZQY A; 3SG3 A; 2FZU A; 3SST A; 1A7V A; 1GL4 A; 3DQL A; 5DPI A; 1NBB A; 3HNJ A; 4CDV A; 4IAQ A; 2A46 A; 3CD1 A; 2HCG A; 4IK4 A; 2XL6 A; 3DPZ A; 1RMO A; 4AR7 A; 2ARL A; 3GB3 A; 4H48 A; 4AS8 A; 2EMO A; 4D4X A; 2YDZ A; 4DXN A; 4EMQ A; 1KYR A; 1GGX A; 1Q4B A; 2WHT A; 4W73 A; 4HQC A; 2G6E A; 4JGE A; 3LA1 A; 3ZQV A; 1E86 A; 2C9I A; 2Z6Z A; 5FVG A; 2AH8 A; 1YYX A; 2ZMW A; 3H1R A; 3WLC A; 4XGY A; 1EKY A; 1W7U A; 1M6T A; 1H6R A; 3OSQ A; 5T3I A; 2BC5 A; 3OGO A; 4J88 A; 3DQK A; 4OHS A; 5H88 A; 2WUR A; 5BTT A; 3TMT A; 1W7S A; 2IOV A; 2A56 B; 3SSP A; 2AWM A; 1YHG A; 3PJB A; 1CV7 A; 3H1O A; 4DXI A; 5LK4 A; 1CGN A; 4W6N A; 1JAF A; 1HUY A; 2WIS A; 3FOP A; 3AKO A; 4W7R A; 2A54 B; 4N3D A; 3U0N A; 4TZG A; 3EKH A; 2IB6 A; 4U9E A; 4JKV A; 2QLG A; 4XOV A; 3UFZ A; 5AQB B; 3SSV A; 3QVZ A; 3EVR A; 3SV5 A; 1RM9 A; 3SG5 A; 3MGF A; 3M15 A; 4EN1 A; 5JS5 A; 4ZF5 A; 1EMK A; 2GW3 A; 4W6H A; 2HFC A; 3DQ2 A; 5JRA A; 3EK4 A; 2XM0 A; 3DQI A; 5HBD A; 2XLO A; 2WHS A; 4P1Q A; 2FL1 A; 2A47 A; 3PJ5 A; 3SSH A; 3ZUF A; 4JF9 A; 4R6B A; 3ST4 A; 4CX9 A; 1QYQ A; 2POX A; 3VK1 A; 2JAD A; 2XLE A; 5H89 A; 4EUL A; 2B3P A; 2OKY A; 4W6U A; 2GX2 A; 1RMP A; 2VAD A; 4IZN A; 3BXA A; 4XOW A; 2A52 B; 3M4C A; 4L6R A; 3CD9 A; 3DQ9 A; 3CB9 A; 4JE9 A; 2VVI A; 4ZFS A; 1B9C A; 1EMB A; 1JC1 A; 5DU0 A; 2AHA A; 4Q7U A; 4EIY A; 5DRF A; 4N6H A; 3G9A A; 2YFP A; 5EB7 A; 3WLD A; 3NED A; 2FWQ A; 3EKJ A; 4W6T A; 1Z1Q A; 3K1K A; 3SRY A; 3KCT A; 4OJ0 A; 3BXC A; 1ZUX A; 3SG6 A; 4KW4 A; 4LJD A; 2HJO A; 2YLG A; 1YJ2 A; 3M4B A; 2WSN A; 4KW8 A; 4W6P A; 3DQ1 A; 4KF5 A; 2G2S B; 2OTE A; 2QRF A; 2XM4 A; 5KTG A; 3U8P A; 2Z6X A; 3SVN A; 2HGY A; 2VZX A; 2CCY A; 3LSA A; 4HE4 A; 4PPL A; 2XLW A; 4CJG A; 4PPJ A; 3E5V A; 4JC2 A; 3DQM A; 2EMD A; 4L1I A; 2DDC A; 3E5W A; 1ZGQ A; 1EML A; 3RWA A; 3FOO A; 1EMM A; 4W6M A; 5F9G A; 3EVP A; 4U9D A; 1ZGO A; 3W1D A; 3PIB A; 1JBZ A; 4W74 A; 1UIS A; 2YL7 A; 3CGL A; 2YE0 A; 3QVY A; 3E5T A; 3VHT A; 4KF5 C; 2OTB A; 1F09 A; 4IAR A; 1F0B A; 3P28 A; 5EXC I; 5B3I A; 2H5R A; 2V4E C; 5FVI A; 4ANJ A; 1Q4E A; 4LQU A; 4Q7R A; 3VHT B; 4RYS A; 2YKZ A; 1JC0 A; 2ZO7 A; 4JRB A; 2XLH A; 4DXQ A; 2QLH A; 1JBY A; 3P8U A; 3ST3 A; 4CDY A; 4IK3 A; 4Q7T A; 2O2B A; 2A53 B; 4DXP A; 3U0L A; 3SSK A; 5DPJ A; 4W6B A; 3ST0 A; 3S05 A; 2Z1O A; 4H3M A; 3DE9 A; 2H5P A; 3AI4 A; 2Q57 A; 3BX9 A; 3U0K A; 3M79 A; 1XMZ A; 2PXW A; 4H3L A; 3LVC A; 4OY4 A; 4ULV A; 3NEZ A; 4W75 A; 5DTZ A; 3SVO A; 1OXD A; 4W6F A; 3GL4 A; 4Z4K A; 3U0M A; 3C63 A; 5LTP A; 3NT9 A; 4KF4 A; 4W6S A; 4D4N A; 3NMK A; 5AGF A; 3LF3 A; 1S6Z A; 3DQ6 A; 3DQ5 A; 4P76 A; 3SVS A; 1EMG A; 5EHU A; 3QW1 A; 3NT3 A; 1EMC A; 3U8C A; 2DUE A; 4NC3 A; 1YHI A; 1RMM A; 3DPW A; 2O24 A; 1OXF A; 2G3D B; 1CPR A; 2DUF A; 2IB5 A; 3SVB A; 3VRC A; 2BTJ A; 1QYO A; 4W72 A; 3I19 A; 1S05 A; 2ZO6 A; 3DQA A; 4ZIN A; 5FHV A; 4IK5 A; 3SVE A; 3DQ4 A; 1APC A; 2H5Q A; 5HW9 A; 2OGR A; 5HZO A; 1CGO A; 2DUI A; 2VVH A; 3PJ7 A; 5HZS A; 3SVR A; 4J89 A; 4B30 B; 3L1M A; 3TMR A; 2ICR A; 4Q9W A; 1EME A; 4ZF3 A; 4W6G A; 1YZW A; 4DKM A; 3DQC A; 2XLD A; 2J8W A; 2H5O A; 1HCJ A; 2VVJ A; 2QLE A; 2DD7 A; 2OJK A; 2QZ0 A; 4CJO A; 3RWT A; 5DTL A; 2WSO A; 4LJB A; 4W76 A; 2HQK A; 5LTR A; 4IK1 A; 4OGS A; 1YFP A; 3O78 A; 3HNK A; 1RRX A; 2QT2 A; 4ZB1 A; 4ZBL A; 4KA9 A; 4KAG A; 4XL5 A; 2H8Q A; 1GQA A; 4IB4 A; 4L13 A; 3CFA A; 1KYP A; 3ZTF A; 3SVD A; 3WCK A; 3SVU A; 1Q4C A; 4DKN A; 4KEX A; 4W6D A; 4W6C A; 1QXT A; 2G3O A; 3EK7 A; 2HRS A; 4WGY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XA9 A; 4O6Y A; 5EXB A; 1J8M F; 4DBR A; 3TOM A; 4MTO A; 2P1A A; 4DXW A; 1KP5 A; 2DUG A; 2HUJ A; 3POV A; 3IR8 A; 1Q73 A; 4JTD B; 4YT4 A; 3A8S A; 4ZF4 A; 5DY6 A; 1LS4 A; 5DTX A; 1OQC A; 1QLE C; 5BT0 A; 2WHU A; 4DXO A; 4IGG A; 1TFK B; 3UR3 C; 3W1C A; 2XXA A; 2Y3H A; 4LJD C; 3BEH A; 3ZTZ A; 5D91 A; 5COF A; 3JT1 A; 3EZI A; 2GFH A; 1NSG B; 1YYJ A; 1E85 A; 4ER9 A; 3DQH A; 4NY3 A; 2PXS A; 5H87 A; 4G0H A; 1D0Y A; 3B71 A; 3LAY A; 1OCO C; 2QU1 A; 4U5E E; 4XEV A; 3NMJ A; 1C4F A; 4W7F A; 4XLP F; 3B0V C; 4XPX A; 3DQO A; 4Q9X A; 2YL1 A; 2AU5 A; 2NSF A; 3UG0 A; 1E84 A; 1AEP A; 3ITF A; 2GX0 A; 4U5G A; 3ABL C; 3NMI A; 4MND A; 2AWL A; 3NYJ A; 2H7V C; 4KPI A; 2E87 A; 3V5Z A; 3V3D A; 1I4Y A; 5BUO A; 5B3S C; 3CFH A; 2I15 A; 4IK8 A; 2GW4 B; 1NFO A; 2A50 B; 4JUR I; 5IY5 C; 1Y6D A; 4UTS A; 5T3T A; 1RXQ A; 4Q7C A; 3EVV A; 4WJ0 A; 2RH7 A; 1UFB A; 2J46 A; 4DRI B; 3EFO A; 4I1M A; 3DQ8 A; 4B30 A; 2EMN A; 3IQ5 A; 4RYW A; 1HW2 A; 4BPM A; 5J2O A; 1BBH A; 2Y3B A; 3LS1 A; 5JUA A; 4IK9 A; 3SXK A; 4AL1 A; 5EJU A; 4RTC A; 4CS9 C; 5L0G A; 3DZA A; 4JEB A; 2G6Y A; 3GEX A; 2OKU A; 4MVZ A; 4PFO A; 2AWK A; 2ZMU A; 3K1H A; 1QSP A; 1JPJ A; 1K05 A; 2QLA A; 2VAE A; 2OJQ A; 3CSK A; 1WAS A; 1BR4 A; 2WIQ A; 2YE1 A; 1ZGP A; 3ADF A; 5DRG A; 4W69 A; 1XAE A; 4H47 A; 2J9U A; 4CSA C; 4L12 A; 3W2W A; 2AWY A; 5EXU A; 2KW3 C; 2Q6P A; 2YLD A; 1OW8 A; 3EK8 A; 2UUH A; 1Z6A A; 3U8A A; 1MOV A; 2XLV A; 3ZTM A; 4LJC A; 4PPK A; 4PFE A; 5FCL A; 3U0C A; 3EGX B; 256B A; 3AG2 C; 3GAN A; 4XWJ A; 1Z5Z A; 2IE2 A; 1DOW A; 3N2Z B; 3SXY A; 3DM5 A; 1XSS A; 2PF4 E; 3AQC A; 3O39 A; 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5KYU A; 1ZGQ A; 3EH2 A; 1EML A; 2X51 A; 4U5D E; 4W6M A; 3KL4 A; 2EIN C; 3W1D A; 3GM2 A; 4W74 A; 1T5O A; 1MNE A; 2L6F A; 2XXA B; 2X0C A; 1PV3 A; 1Q4E A; 4RYS A; 2YKZ A; 3KH2 A; 1JBY A; 4CDY A; 2LK4 A; 4MS2 A; 2O2B A; 2A53 B; 4DXP A; 3PHF 2; 3ST0 A; 2Q7R A; 3CQZ A; 4H3M A; 4IAO A; 5F5F A; 2Q57 A; 3BX9 A; 4MTF A; 2MHR A; 4PR9 A; 1XMZ A; 2NUT A; 2PXW A; 1ORJ A; 4OY4 A; 4ULV A; 3SVO A; 2VCC A; 5BQH A; 3GL4 A; 3U0M A; 3DXJ F; 4AX2 A; 2V3C C; 4P76 A; 1M2V B; 5AGF A; 2JD3 A; 3NT3 A; 2NUP A; 2DUE A; 2W45 A; 4BJ6 C; 3ZVR A; 2DUF A; 3LEO A; 1XZP A; 1QYO A; 3I19 A; 3TD7 A; 4ZIN A; 5FHV A; 3SVE A; 1Q0K A; 2H5Q A; 1CGO A; 5HZS A; 3EFO B; 1LPE A; 4B30 B; 3L1M A; 3TMR A; 4KNV A; 2EPO A; 4G7Z F; 4ZF3 A; 4NTA A; 3DQC A; 1AVO B; 2YZS A; 5KYW B; 1FNT c; 4OIP F; 2W4M A; 4CJO A; 5DTL A; 2WVQ A; 3C18 A; 3QTH A; 4W76 A; 2HMZ A; 4IK1 A; 4ZB1 A; 4ZBL A; 4KA9 A; 3S27 A; 1ZW2 A; 4L13 A; 3CFA A; 3ZTF A; 1D1B A; 3WCK A; 3SVU A; 2PP4 A; 4JCH A; 2WVN A; 4W6D A; 4JIO A; 4KNW A; 4JRZ A; 2WZL A; 1AUE A; 2EIK C; 2XLM A; 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