The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
MSFELVAYEKLKGSIRESIITLIKSHNEKAKIIEDKLEYSVKEVSRERQPQVLVLLKTIELLDNSSKEPEDKARVLNALAYYIRDQIAATYKYTSPDNSDFYKSLTISLDLNKDNNPNREDLADMYSALEKFLRSHVYKNSDPRKGYLDKQPFAIKHYSVVDDILELSDRVHKLRHEIIIAARDLHLLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Legionella pneumophila subsp. pneumophila
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| total genus |
71
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16848 | SoDot-IcmSS | Substrate of the Dot/Icm secretion system, putative |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | de novo design (two linked rop proteins) | de novo design (two linked rop proteins) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HFV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UV9 B; 4OAV B; 1HS7 A; 3SOL A; 4HFD A; 1T72 A; 2L1L B; 4DMW A; 2WWU A; 2JB3 A; 4U2Y A; 3N5L A; 1WFD A; 2WZH A; 4AIU A; 4BJM A; 3AAA B; 2XQ9 A; 4TNV A; 4ILA A; 1JNZ A; 4PFO A; 1OWA A; 1B7T A; 3A8Y C; 4P0B A; 1BR1 A; 1IJ6 A; 3RGL A; 3L3P A; 4MHC A; 2UXX B; 4YZC A; 2CHO A; 2UUB T; 1ZV4 X; 3ZC0 A; 5LA6 E; 2EHO D; 2ZLY A; 2F4V T; 1US7 B; 1BR2 A; 1MIY A; 4YZD A; 2MJF B; 3I1A A; 5HYA A; 4IDZ A; 2X66 A; 3G06 A; 5AQJ B; 4OAU C; 2JRK A; 5LB7 B; 2CBJ A; 3P8C D; 4YY3 T; 3OYX A; 5JDQ A; 2NW8 A; 4HFE A; 4ZHQ E; 4DR5 T; 4Z91 A; 3UT5 E; 3PTR B; 4ZEY A; 3ZN1 B; 4H9N C; 4UVA B; 3GN5 A; 4B6X A; 2KT9 A; 2RLD A; 3MXZ A; 4GYS A; 2DCF A; 2M67 A; 2XQ8 A; 5AQN B; 5FYM A; 5H6Q B; 2YDR A; 3RYC E; 3LJ2 A; 1YXR A; 2XQ4 A; 4EV6 A; 2QGM A; 2ZM2 A; 4ERR A; 2CXF A; 1BR4 A; 3LK2 B; 2WZI A; 2MYS A; 2PJQ A; 4EIW A; 1YW0 A; 2XUE A; 4O1O A; 3PJA A; 4KX6 A; 3UIT A; 2ZW3 A; 4MBQ A; 2PG8 A; 3IAM 1; 3FBZ A; 3F57 A; 4YSX A; 4JEU B; 2E9X A; 4IE5 A; 4EB6 E; 3KBT A; 1T98 A; 2FJA A; 3LSV A; 2IHR 1; 1R8I A; 1OXZ A; 2YDQ A; 4JI8 T; 1YQ4 A; 2J62 A; 3T8O A; 4FI5 A; 1UX4 A; 5LNK A; 1UX5 A; 2V5C A; 3J9X 1; 5CFB A; 4LML A; 2RPA A; 2LSG A; 3F31 A; 4CI1 B; 1EZ3 A; 3O4X E; 2VWA A; 4IE6 A; 3AEF A; 2UXD T; 5HWY A; 2C5K T; 2MTQ A; 3Q5X A; 1E2A A; 4NXM T; 3OKQ A; 2N9D A; 3AXJ B; 2N1G A; 2HPL A; 4X66 T; 1OED C; 4DV6 T; 3RKO A; 5CA0 E; 4G76 A; 3W15 B; 4KUM B; 1XNR T; 5LXT E; 2JIW A; 3Q2M A; 4I0U A; 4C91 A; 1SE7 A; 4OYK A; 4UEM A; 2VKJ A; 4AQG A; 4HKA A; 3WI3 A; 4MFR A; 4H9Q C; 5DJQ C; 2C5I T; 4EOZ B; 5FXX A; 4QH5 A; 2M6B A; 5DQV A; 2H88 A; 3ZT6 A; 2GSC A; 4YZ9 A; 2OA5 A; 4WBN E; 5HEO A; 3TLS A; 3ZCI A; 3P4P A; 2LM9 A; 2XTL A; 3ABV A; 4UXN B; 3IF8 B; 3VKH A; 1VCT A; 3V5S A; 2SPC A; 5HCM A; 5LHH B; 4PL5 A; 1BR0 A; 3I0O A; 5HEJ A; 4A97 A; 1D0Z A; 2V7M A; 3MA9 A; 1IBK T; 3LJ1 A; 3CWZ B; 3JCF A; 4EED A; 3N9N A; 4X1K E; 4DMV A; 4IT4 A; 4V1A v; 4ZOL E; 3PUG A; 2CE7 A; 5FMN A; 3F2E A; 4ASK A; 3VRB A; 2A2C A; 2VVN A; 2LSY A; 2JMK A; 3E22 E; 3L8R A; 3ZJ2 A; 2VKH A; 4NV2 A; 4H9R C; 5FKY A; 2CEA A; 1UGO A; 1XDO A; 3JC6 D; 2LOP A; 3P7I A; 4PJM A; 4Z7G A; 3C51 A; 4O4J E; 4P1N A; 3U78 A; 3KVB A; 1IAP A; 2MPK A; 2CWO A; 3OYZ A; 4LMK A; 1OED B; 3RYI E; 1X79 A; 1ZHC A; 4KHZ F; 1ZEE A; 2I0M A; 5L2L A; 2NTY A; 1MNE A; 1VOM A; 3FZF B; 3AJF A; 2D5U A; 1NEN A; 4HFH A; 3UUL A; 2X67 A; 4HEA 1; 3BQI A; 3U3I A; 1HNW T; 3ETV A; 4G2A A; 3KBU A; 3ZMT B; 3C64 A; 3N2K E; 4UVC B; 2ETD A; 3ONX A; 3KDS E; 5C3J A; 3WAK A; 2VB6 A; 5LYJ E; 3ESL A; 2V6X A; 2JB2 A; 3NVO A; 3L39 A; 4I4T E; 4WW0 A; 2R6G F; 2BKP A; 4ISS A; 4YJ2 E; 2B1E A; 2ZM6 T; 4YHH T; 1YD8 G; 4TWF A; 4KHP T; 4A98 A; 2EHO C; 3VRA A; 3HI2 A; 4DVD A; 4EZH A; 2VAS A; 2V6Y A; 5FL1 A; 1HTJ F; 2DNX A; 2VL0 A; 2K19 A; 2VQE T; 2YKS A; 2LKG A; 4GK0 E; 3RIU A; 3D0T A; 4ZS2 A; 4CQI A; 4AQF A; 3AAI A; 1XNQ T; 2YIN A; 4HWI B; 3B55 A; 2V8S V; 2ACZ A; 3ONJ A; 3RQU A; 4B3M T; 3H37 A; 4ZS3 A; 2BDE A; 4C90 A; 2XAS B; 3H3A A; 3AA0 B; 2C5J A; 2JB1 A; 3KV4 A; 3UQ4 A; 3O1H A; 2X68 A; 3UFG A; 2K3W A; 4I43 B; 1HF8 A; 2WCA A; 1KEY A; 2JMH A; 5DQW A; 2XSA A; 2BS3 A; 3PUS A; 2L8K A; 3LG7 A; 2XM2 A; 3PUA A; 1IZN B; 2FBW A; 1MMA A; 4DWL A; 4KI0 F; 1AJ3 A; 3NRY A; 3UU4 A; 3I0Q A; 4UEL A; 3CML A; 3H3M A; 2Q9Q A; 4PNI A; 1MIV A; 4NV5 A; 3RRW A; 2V6E A; 2OV9 A; 4PL4 A; 3N9Q A; 5AQQ B; 4AKL A; 3B13 A; 4JBW F; 1HR0 T; 2Y8D A; 5J2U E; 5HEH A; 3ZEF B; 2HN1 A; 3GWH A; 5HXH A; 3ZLI A; 4LFA T; 2V1D B; 2XQ7 A; 2MAW A; 4X20 E; 4A5X A; 2K24 A; 2DL1 A; 5CA1 E; 4LFB T; 4DO0 A; 4CXY A; 2WY2 A; 4F6R C; 3PU8 A; 4JI1 T; 1JNR A; 2XAQ B; 4HEA A; 3IAS 1; 4O2A E; 2A2F X; 2RA1 A; 5ABE A; 3LK3 B; 2JPF A; 3A5X A; 4TWH A; 4WNK A; 2J4G A; 1UUR A; 4GKJ T; 3LFM A; 4JI0 T; 4YSY A; 1NEK A; 2L3L A; 4DV1 T; 3P4S A; 1M62 A; 2KWH A; 3QK6 A; 1M7K A; 2P9B A; 2YFB A; 2HPJ A; 1D1A A; 1KNZ A; 3AB3 B; 1I94 T; 4JI2 T; 5CJ5 A; 1W0B A; 2FJD A; 3RIF A; 5LBQ B; 2DWK A; 3EVY A; 3N2G E; 3N9P A; 3AEE A; 3TLT A; 2LRL A; 3PE0 A; 4H9P C; 4U7I A; 1U5P A; 1HX1 B; 3AVS A; 4XAX B; 1Z0P A; 3AE9 A; 2HGK A; 2BG9 E; 3TLU A; 4QHO A; 5AQG B; 4I1T A; 3QC9 A; 2RIO A; 4BAY B; 3ZPO A; 3ZC1 A; 3PDY A; 2NW9 A; 2BKN A; 2LRK A; 3KVA A; 2KSR A; 4JI6 T; 5JVD E; 4HWH A; 4TN7 B; 5LCY A; 5IYZ E; 3UQ7 A; 4F8H A; 3QNU A; 3NZP A; 4GXT A; 2E5L T; 4GK5 E; 5J0Z A; 3JC6 C; 2FU2 A; 2KWI B; 5HXE A; 4OFZ A; 5LMU T; 1UK5 A; 2WP9 A; 3RQW A; 3IBP A; 3K3Q C; 4HFI A; 1IJ5 A; 4OK0 A; 4ZI3 D; 1WR0 A; 2CRB A; 3UU8 A; 4UVB B; 2NR4 A; 4HWC A; 2N2N A; 2XAJ B; 4DBQ A; 5L3D B; 2W63 A; 5CGM A; 4NUU A; 4AKR B; 2BBJ A; 5AQR B; 2VKD A; 4WZX A; 5J1G A; 3UUM A; 3AE1 A; 5LGN B; 3PU3 A; 3FNB A; 2ES0 A; 3GA8 A; 3SWH A; 3DTO A; 4YTP A; 4PK6 A; 4YLH A; 2BL7 A; 1G8X A; 3NKZ A; 2V7L A; 1ZOY A; 4GOU A; 3M65 A; 5DAB A; 3FZK B; 1J5W A; 5E0O A; 3MJX A; 3AE5 A; 4H63 V; 3CK6 A; 1QLB A; 5LOV E; 4JV5 T; 2W00 A; 1S35 A; 2KZ7 B; 5HXR A; 3KP9 A; 3PUW F; 2IP6 A; 1XMQ T; 5CB4 E; 4QX7 B; 4HGA A; 4IL9 A; 3CPZ A; 4X62 T; 2BKO A; 3RHW A; 5F8P A; 3N9M A; 5LG4 A; 4PW8 A; 4WBO A; 4LF9 T; 2X0Y A; 1HG5 A; 2XJ7 A; 5AQT B; 5LP6 E; 3PUY F; 2WU5 A; 3UU6 A; 2LSJ A; 3FBV A; 2CXD A; 1KNR A; 2ZM8 A; 1GQE A; 3PV0 F; 4YTM A; 5ABF B; 4JLE A; 4DR3 T; 5AQP B; 4ZXL A; 1T8B A; 4AQY T; 2BVL A; 2JAE A; 1ZP0 A; 5FNV E; 2Z6E A; 3P4W A; 2X9H A; 2K48 A; 3I9W A; 4PJL A; 3OVU A; 4ADZ A; 5F3J A; 4HWD A; 2JJ9 A; 3ZYK A; 3AXJ A; 1NAF A; 3EDV A; 1N33 T; 4DV3 T; 2PFV A; 5AQV B; 2X9X A; 2XAF B; 5JR9 A; 2FUG 1; 4OYJ A; 4QXC B; 2V5D A; 4TUY E; 3ZYM A; 3DA4 A; 2JQQ A; 5JQG E; 1D0Y A; 4J2C A; 4DID B; 3QUJ A; 3ANW B; 4DUY T; 5KXJ A; 5HEU A; 1WLX A; 3R6N A; 4DV2 T; 1H7C A; 3IEE A; 2E9X D; 4UF0 B; 2XTQ A; 4IGU A; 4DR4 T; 2VK9 A; 2HN2 A; 3ZMU B; 3KFW X; 3RYF E; 4E7Z A; 3C4X A; 2G0U A; 3EUH A; 2FEF A; 3RX6 A; 2KND A; 4IHJ E; 2W66 A; 5A1L A; 3RIU C; 1VCS A; 2VQF T; 4DV5 T; 5L4H A; 4UR9 A; 2W62 A; 4HWF A; 2IML A; 2WMO A; 4H63 H; 2BVM A; 2CLY C; 4DV4 T; 3DO9 A; 1XZY A; 5H6R B; 3UTK A; 4ZI7 E; 1HG2 A; 1W09 A; 2M6I A; 2AXD S; 2A3D A; 2BS4 A; 2YU2 A; 2HHH T; 3P4Q A; 5FVK A; 2D0U A; 3MZK B; 4HFC A; 3PJA J; 3AE2 A; 5JDG A; 4O1P A; 4E7S A; 3O1I A; 1WR6 A; 4UIG A; 2A2D A; 2JQH A; 4JEH B; 3F4M A; 4IE7 A; 2H89 A; 2IC6 A; 3AEA A; 3ZST A; 4PFP A; 5HXS A; 4L0R A; 3JAF A; 3JSB A; 3AE8 A; 5M4Y A; 4DV0 T; 4LF6 T; 4G63 A; 2LHN A; 5LJM A; 3OTO T; 3SFD A; 1OED A; 5L3C B; 2Y6X A; 2WM9 A; 4KMC A; 3C4W A; 2H7O A; 4NUV A; 4XZC A; 1HX8 A; 1LVK A; 3LBX B; 1O3X A; 3ZYL A; 4AKI A; 1MND A; 2NWB A; 4H9O C; 3SRZ A; 4B3R T; 1D0X A; 1HFA A; 2IC9 A; 3A7M A; 4HE8 A; 2UXN B; 4U2Z A; 2RP4 A; 3C50 A; 2ZMA A; 2V7I A; 5HAX A; 2J1D G; 2CXL A; 1E7P A; 2LEH A; 2W0G A; 3CQC B; 4IRE A; 2KMF A; 4MAL A; 5HEG A; 3HKB E; 5HCJ A; 4HTE A; 3UUB A; 4DR6 T; 4EYU A; 3KV9 A; 2WDR A; 4CI3 B; 1FMW A; 5AQF B; 4FJO A; 2CLY B; 2YU1 A; 1W0A A; 3FBL A; 5JTG A; 5FP3 A; 1FIO A; 2X51 A; 2VUR A; 1MMN A; 3I9V 1; 2XQY A; 2XAH B; 4IIJ E; 3RC3 A; 2XSB A; 3AEC A; 3HKD E; 4Z7H A; 3HKE E; 4JI7 T; 4EAH A; 4ZI2 D; 3TLW A; 4BA9 A; 2J47 A; 1L0V A; 3CIR A; 3ZJ1 A; 4Q25 A; 2BG9 C; 4PJN A; 1E1H B; 3OBV E; 5L3F B; 4K0U A; 5FVL A; 1X9B A; 2V7K A; 4ZI3 C; 1SJ8 A; 2IW5 B; 5JRC B; 5AQL B; 4AIS A; 4H9S E; 1I6Z A; 3AA6 B; 4AKH A; 3L0I A; 3Q9D A; 3Q5E A; 2C0S A; 3SFE A; 4QXB B; 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