The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
199
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structure length |
199
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Chain Sequence |
MKYPPSLVSLIRELSRLPGIGPKSAQRLAFHLFEQPREDIERLASALLEAKRDLHVCPICFNITDAEKCDVCADPSRDQRTICVVEEPGDVIALERSGEYRGLYHVLHGVLSPMNGVGPDKLHIKPLLPRVGQGMEVILATGTTVEGDATALYLQRLLEPLGAAISRIAYGVPVGGSLEYTDEVTLGRALTGRQTVSKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ring-shaped architecture of RecR: implications for its role in homologous recombinational DNA repair
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Recombination protein recR
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| molecule tags |
Recombination
|
| source organism |
Deinococcus radiodurans
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| total genus |
53
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| structure length |
199
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| sequence length |
199
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01751 | Toprim | Toprim domain |
| A | PF02132 | RecR | RecR protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 | Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VDU A; 1DDE A; 3VE5 A; 4EDR A; 1T6T 1; 2Q2E A; 1EQN A; 3VDP A; 3B39 A; 4EDT A; 4JCV A; 1DD9 A; 1D3Y A; 2ZBK A; 1VDD A; 4EE1 A; 4EDV A; 2AU3 A; 5GUJ A; 3D00 A; 4EDK A; 2V1C A; 4EDG A; 4E2K A; 4O6P B; 4O6O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DS3 I; 4WP2 A; 3HHZ A; 2UXB M; 4DR5 M; 2Z3X A; 2EKK A; 1L1T A; 2DWM A; 4X65 M; 2ENZ A; 3JR5 A; 3IG8 A; 1LR7 A; 2VII A; 1RFH A; 3A46 A; 2EO2 A; 1YSY A; 1KSF X; 1TDZ A; 1P3Q Q; 3U61 A; 2ZAN A; 1L2B A; 2QP9 X; 3OXL A; 3FYD A; 4JI0 M; 2E5L M; 5HI7 A; 3K8Z A; 4AG5 A; 4BBA A; 1VQ1 A; 1VEJ A; 3K2L A; 1Z5A A; 4NSO B; 1IXS A; 2XFT A; 1V1H A; 1U5K A; 3R9X B; 3LQQ A; 1Q3C A; 2XF3 A; 1TDH A; 2Q2E A; 3PNY A; 3LCU A; 3MJ5 A; 4EIW A; 2LTU A; 4PT5 A; 1AUA A; 3UJN A; 2G5G X; 1QYR A; 4L16 A; 3VDU A; 4Z8X A; 1OIP A; 4QHS A; 1NJF A; 3HHX A; 2JW6 A; 2MGW A; 1DO2 A; 1TBO A; 1PGY A; 1D2N A; 3F92 A; 4JN6 A; 3E59 A; 5EJC A; 4LJ9 A; 5DYI A; 4FWD A; 3FSX A; 2ZTC A; 4RF0 A; 4FKD A; 4L8R C; 3AOG A; 1CE3 A; 3GLF E; 2LWX A; 2V1C C; 1SGN I; 4JI5 M; 1D0M A; 2FCJ A; 4PD2 A; 3ZH9 B; 4RF1 A; 3I4V A; 1KBE A; 3LMM A; 4OVO A; 1OQY A; 4LY6 A; 2SGE I; 1H6U A; 5HQ8 A; 1IN5 A; 2F3C I; 2C5R A; 3TWM A; 3R8F A; 1T3T A; 1NHG C; 1JR3 A; 8CAT A; 2ZBK A; 2GQF A; 3HKP A; 2X8A A; 4Y28 F; 2OPF A; 2FOI C; 4GKJ M; 1Z5B A; 3AFH A; 2NU3 I; 4AG6 A; 2W0T A; 2DZN B; 3U6P A; 2ERW A; 3J81 S; 2R62 A; 1A5T A; 3C58 A; 2NU2 I; 2DVW B; 5A2Q S; 3UEY A; 3D8B A; 4JV5 M; 4HL4 A; 3ZC7 B; 1OMT A; 2VRW B; 4IBF A; 1LTM A; 1JB0 F; 2QCU A; 4AKG A; 1FY7 A; 4F1I A; 1T6T 1; 4IJF A; 2QEN A; 4FWH A; 2G8L A; 2UUC M; 1GL6 A; 1EIJ A; 4HGU A; 2X3T A; 1YU6 C; 1IQP A; 5IWA M; 2QQ0 A; 3E21 A; 1K82 A; 3RGS A; 2WCY A; 2XSZ A; 2HKJ A; 2V6Z M; 1TUR A; 1HNX M; 3FKE A; 2CJS C; 5ITT A; 3M0E A; 2KCX A; 3U6L A; 3TO9 A; 1WGC A; 3FUU A; 1QUT A; 2M5X A; 1EFU B; 2P5T A; 2CWB A; 2R18 A; 2L09 A; 1IY2 A; 3GP1 A; 3GRR A; 5ITX E; 4LJ6 A; 3RGP A; 1TH3 A; 3HJ8 A; 1WJ7 A; 1IY5 A; 4OVZ A; 4G4Q A; 2JXD A; 1QZM A; 3T1H M; 2LVA A; 1ORY B; 1Y8G A; 2QSF X; 2OU2 A; 2JWS A; 1IW4 A; 2JZ1 A; 3D8L A; 1EQN A; 4KO8 A; 5E3Q A; 1TR8 A; 1C1K A; 2DXI A; 1PJQ A; 3DOA A; 4QOZ C; 1CUK A; 3U6C A; 2SGD I; 1N33 M; 1PPF I; 2CV1 A; 3TO7 A; 5GKN A; 4I81 A; 1PJT A; 2CFO A; 2CWF A; 3GLH B; 3GPX A; 2F5O A; 4AKH A; 3C9P A; 3SAW A; 2N71 A; 5IZ7 D; 5E3P A; 4R71 A; 4W5W A; 1JR3 D; 2V1C A; 3DA1 A; 2FE8 A; 1ZMU A; 4LF6 M; 3FUT A; 3FUX A; 2LH0 A; 2N17 A; 3UZU A; 1QZE A; 2DEN A; 4PDG A; 1UUC A; 1Z7K B; 1W5T A; 4GIT A; 4OU7 A; 1E9S A; 4I8O A; 2CRU A; 4DV5 M; 4NXM M; 4SGB I; 3L26 A; 2EJS A; 1TBR R; 3I51 A; 1Q39 A; 1G8P A; 3TL4 X; 2N1A B; 1TUS A; 2L6O A; 4IIW A; 3FYC A; 1BUS A; 4MGI E; 1FNN A; 3SYK A; 3TOA A; 3QAU A; 4K0K M; 1HNW M; 4GC5 A; 2JNH A; 2DKV A; 3W0L B; 1CSO I; 4CIS A; 2DI0 A; 5C1B A; 1N32 M; 1Y1B A; 1I4W A; 2XSZ D; 5J8C A; 3A42 A; 2M5Z A; 5EP3 A; 1TH4 A; 4QOS A; 3TJQ A; 2NU4 I; 3GLH E; 3T1Y M; 1VG5 A; 2CP8 A; 3EIE A; 5KO3 A; 3PXG A; 4KT0 F; 3VLF B; 1OAI A; 4LZJ A; 3B9P A; 4AKI A; 2P6A C; 3FSY A; 3KS4 A; 3HHY A; 2D7G A; 4JI7 M; 2C96 A; 3PDN A; 2WVJ A; 3GLF A; 4JI3 M; 4JYA M; 3R5C A; 1UFZ A; 3V76 A; 3EIH A; 1PJU A; 2ZAM A; 2G3Q A; 5DFL A; 2KNA A; 4R7G A; 1VDL A; 1QAM A; 1R4G A; 1DGB A; 3HJQ A; 3LQR A; 2RGO A; 1UVG A; 4L4U A; 3FTD A; 5EQT A; 3GLG B; 2QNJ A; 3SMS A; 2DWZ B; 5IRE B; 3FTF A; 3SMP A; 1DD9 A; 1VDD A; 1GJT A; 5LMN M; 3H4J A; 4GKK M; 4EDK A; 4L78 A; 2ZTD A; 2LVQ D; 1D0L A; 2XLJ A; 3SAV A; 2W82 A; 3KS8 A; 3TPZ A; 3KOY E; 1CGJ I; 3RU0 A; 3BOS A; 1KMA A; 3WHL A; 3TE6 A; 4L6V 6; 1WR1 B; 4IBG A; 4MB7 A; 3U6O A; 2CV2 A; 3J7B A; 2UXD M; 5JHW C; 1DGG A; 5GUJ A; 3KP0 E; 2KMR A; 1C7Y A; 2JP7 A; 4P16 A; 1W5S A; 2RIJ A; 1ZV1 A; 2A5Y B; 1V33 A; 2K9D A; 1XA6 A; 1YLA A; 4FW9 A; 4AQY M; 4JCV E; 1XBT A; 2YQZ A; 3ZCB B; 2B0U C; 2LVN C; 2UXC M; 5KPZ A; 1M8C A; 1GLN A; 3GRU A; 3I04 M; 1ZAE A; 2DAI A; 4PCZ A; 1GO5 A; 2SGF I; 4BB9 A; 3MHV C; 2BJW A; 4RNA A; 2J5Y A; 3M7G A; 1QDR A; 2CHV A; 5CCL A; 1Q9B A; 3DFZ A; 4ZPX A; 3GLG E; 4X66 M; 2CE7 A; 2JUJ A; 2HWJ A; 5ITX A; 2GKV A; 1TGU A; 2BWB A; 3W68 A; 3AL0 C; 5E6J A; 3BBZ A; 2V1U A; 4FCT A; 3GPP A; 3GQ5 A; 1N77 A; 4P17 A; 4KLN A; 2J9R A; 3SGB I; 2R0I A; 2WZJ A; 2B8T A; 4LG2 A; 1QAO A; 3LCV B; 1F4I A; 2Z4R A; 4X64 M; 2LEO A; 2JA2 A; 2L7I A; 1Q3B A; 1TTE A; 1L2C A; 1V1I A; 4JI8 M; 3KP1 E; 1ULK A; 3B74 A; 4LF9 M; 1MN3 A; 1NV8 A; 1PJS A; 1K7V A; 3RFW A; 4LGM A; 4FD2 A; 2F5P A; 3SGQ I; 5C18 A; 1SXJ E; 2Z4S A; 3E46 A; 1NUB A; 1DGF A; 4B3T M; 3KSX A; 2D7H A; 2DHR A; 2F5Q A; 5FTM A; 2FFJ A; 3HZJ A; 1V34 A; 4BLC A; 2Y0M A; 3GPU A; 5DYG A; 1XXH A; 1EE8 A; 3HX3 A; 5FSW A; 4YHH M; 4IBB A; 2VF7 A; 1R2Y A; 2O25 A; 3K1J A; 2FNF X; 4D81 A; 2LHG A; 4LFB M; 7CAT A; 3KXE C; 1ZMW A; 2CWH A; 1SGR I; 4MPI A; 3GQ3 A; 5J8F A; 4LJ7 A; 3FRI A; 4OW0 A; 2QPO A; 1DO0 A; 3KW6 A; 4S12 A; 1DGH B; 2LUY A; 1QVR A; 1D3Y A; 4LF4 M; 1T6O A; 2YFQ A; 3FUW A; 5FUV A; 2DWL A; 1UM8 A; 3UMM A; 3T6P A; 2YUU A; 2N52 A; 3U6M A; 2DAE A; 1HPT A; 2L2D A; 4YY3 M; 5FTK A; 2UUA M; 1MJ9 A; 4NXN M; 3GLI B; 2ELI A; 1SGD I; 2QBY A; 2OO9 A; 2OVO A; 2SGQ I; 4LF7 M; 2KXE A; 2LVP C; 2PQ8 A; 4DR3 M; 1IY1 A; 4M9X A; 1IBM M; 3ZQJ A; 3FE3 A; 3J80 S; 3HHW A; 9WGA A; 2D7E A; 2LB7 A; 1UVF A; 1Z59 A; 3WHK A; 4G4O A; 5EP1 A; 4DUY M; 3TOB A; 4M9Z A; 1R2Z A; 2L7H A; 4OX9 M; 5LMU M; 3TWL A; 2ORV A; 1IN4 A; 4G4N A; 3U61 B; 1HNZ M; 4L15 A; 2DZL A; 2R44 A; 2BWE A; 2EKF A; 4G4R A; 3UK6 A; 1G4A E; 2R45 A; 4CHT B; 4RKU F; 3HU3 A; 3TO6 A; 2ENN A; 1LR9 A; 4GI3 C; 1YE9 A; 2VQE M; 3B4V C; 3FRH A; 4GHA A; 1IXS B; 3RE8 A; 2XRC A; 2KRU A; 2OOA A; 3KVW A; 2GKT I; 2L7X A; 1R7R A; 2DAM A; 2R65 A; 2MH8 A; 2H5X A; 4F2L A; 2HHH M; 4ITQ A; 4WP4 A; 2Q2E B; 1KFV A; 1J5E M; 1ULM A; 5FTJ A; 3U6Q A; 1YTP A; 4AW4 A; 2KZS A; 4DV6 M; 4IBD A; 1WTJ A; 3HY5 A; 2OOB A; 4GMQ A; 4GRI A; 2BJV A; 3MEK A; 2R6F A; 3H4M A; 1LR8 A; 2ARP F; 3SFZ A; 1HJP A; 4R3D A; 2KW0 A; 1TOT A; 1E9R A; 3E4R A; 5DNY A; 3B89 A; 3U5Z A; 2JA1 A; 1CHO I; 2DIP A; 2QZ4 A; 4NRV A; 5BR8 M; 4LF5 M; 3ILK A; 2DHY A; 4LCB A; 2GNO A; 4HEO A; 3PVS A; 2VF8 A; 1XMO M; 5EX3 A; 7WGA A; 2WSC F; 2X49 A; 2QQ8 A; 3U60 A; 1NO1 A; 1XB2 B; 4LF8 M; 2ROW A; 3KOW E; 3J7A S; 4MGH A; 3A45 A; 1OMU A; 2QPA A; 2APL A; 2NU0 I; 2K0B X; 1K7U A; 2KMO A; 3UOE A; 1TGS I; 1OVO A; 2RRU A; 3KY9 A; 2I5R A; 2ZBK B; 4EDG A; 5ITY A; 2DAK A; 2UUB M; 2YR0 A; 1GVN A; 4JI6 M; 4IJE A; 5EXP A; 3L2A A; 3IG5 A; 4UXI A; 2V53 A; 4NOO B; 3PNV A; 1JQJ C; 3SC3 A; 4D82 A; 2E73 A; 1XNR M; 3D00 A; 1HEV A; 1GL7 A; 2KMP A; 2C9C A; 4JI1 M; 2XH9 A; 2DB6 A; 1FAR A; 2GKR I; 3VE5 A; 1PJI A; 3NWL A; 3Q8G A; 2DWN A; 5JI2 E; 3B7Z A; 4QNR A; 2KEB A; 2VQF M; 2JZ0 A; 1E32 A; 5DAE A; 4KHP M; 2Z7J A; 3I4Y A; 3OXG A; 1T43 A; 2DKL A; 1SXJ A; 1DS2 I; 3IEC A; 1HR0 M; 2GIV A; 1ZQ9 A; 3UGJ A; 1J09 A; 4UN2 B; 2OZU A; 2Y20 A; 2Y0Q A; 2HL7 A; 1DDE A; 1HQC A; 4TUW A; 1MJG M; 2CWG A; 3JR4 A; 3CXL A; 4OVZ B; 3GO8 A; 5ITQ A; 2JYY A; 1XC8 A; 1ZMV A; 1N34 M; 4IBJ A; 4QHT A; 2VDB B; 4Q7J A; 1PRB A; 1MU5 A; 1X4S A; 5EP2 A; 3B39 A; 2KNV A; 3E9S A; 4FVM A; 2I7N A; 1HQY E; 4I4L A; 3FTE A; 3MK6 A; 3OL0 A; 1GJS A; 4NSR A; 4DUZ M; 1L2D A; 1AN1 I; 2ORW A; 3VKH A; 4MGY E; 1X37 A; 1N36 M; 2KDL A; 1GKI A; 2O5R A; 2XGN A; 2ZM6 M; 3E2I A; 3VFD A; 3UGI A; 1IN6 A; 2I7P A; 2FNA A; 3GRY A; 4UXH A; 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