4R63 | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	329
structure length	327
Chain Sequence	PQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIALIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8024494381343938__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8024494381343938__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4R63/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8024494381343938__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8024494381343938","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4R63/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8024494381343938__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d178f18f59bd00e25cfdb2f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d178f18f59bd00e25cfdb2f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d178f18f59bd00e25cfdb2f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d178f18f59bd00e25cfdb2f/pdb.gz): 710 ms

reading 327 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

327 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:326});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/dna
source organism	Homo sapiens
publication title	Substrate-induced DNA Polymerase beta Activation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA polymerase beta
total genus	108
structure length	327
sequence length	329
ec nomenclature	ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2014-08-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10391	DNA_pol_lambd_f	Fingers domain of DNA polymerase lambda
A	PF14716	HHH_8	Helix-hairpin-helix domain
A	PF14791	DNA_pol_B_thumb	DNA polymerase beta thumb
A	PF14792	DNA_pol_B_palm	DNA polymerase beta palm

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.150.20	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	DNA polymerase; domain 1	5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain	4r63A02
1.10.150.110	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	DNA polymerase; domain 1	DNA polymerase beta, N-terminal domain-like	4r63A01
3.30.210.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Beta Polymerase; domain 3	DNA polymerase, thumb domain	4r63A04
3.30.460.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Beta Polymerase; domain 2	Beta Polymerase, domain 2	4r63A03

4FHVA 3C1ZA 1ZQTA 4I2DA 3H7IA 2ZH1A 8ICHA 4I2FA 4JWNA 2KN7A 4O5EA 1ZJMA 4RQ7A 4JUZA 4X4OA 5DQIA 3ZD9A 4J9PA 4YVZA 3Q8QB 5KT2A 2DPJA 2FMSA 4RQ6A 4J9KA 4IQWA 4M9NA 1SL0A 2BCVA 4NLGA 3BQ0A 4DL3A 4J9OA 2UVRA 1ZQBA 1NK8A 3JPSA 2C2EA 4QZ8A 4UB4A 1ZQNA 3RB4A 4P4OA 2R8GA 4DQQA 3PVXA 3RH4A 7ICJA 3V7KA 9ICWA 1DK3A 1B22A 2Q66A 2ZJAA 2XCAA 3H4BA 5J2IA 5KFSA 3TARA 5J29A 4B9TA 1HUOA 4B9NA 1KSPA 8ICYA 8ICJA 4M9JA 3GIIA 2PI4A 3OGUA 4DS5A 4EZ6A 4ED1A 5D49A 2PBEA 4RWPA 9ICUA 1ZQIA 9ICOA 3RRHA 2BR0A 1KFTA 1MC8A 3V6JA 1MIYA 4UD4A 5KFPA 1XS9D 4BXOA 4S3NA 2R8IA 5IIJA 8ICPA 9ICNA 3MDCA 1NO5A 4UAZA 3RB3A 5J2EA 1JN3A 5J2AA 3E2EA 4DWIA 4E80A 4DFJA 4WC2A 2W9MA 2P66A 4NXZA 4KLOA 1OU5A 2DR8A 1TFYA 3MR6A 1UT8A 2W9CB 4WC0A 1RZTA 4FH5A 4ATBA 2ZH8A 1DGSA 3K4GA 1XSLA 4PH5A 4ELVA 8ICTA 3ORYA 3RJHA 1JIHA 1TKDA 3C23A 4YG2A 4FHYA 4E8FA 2PFOA 4WC1A 2W8KA 5CA7A 4DL6A 4YR2A 4EBDA 3KHGA 1COOA 1IM4A 1ZJNA 4FHXA 4J9LA 7ICFA 1PZNA 5KFZA 1KFDA 3PY8A 2IBKA 2P6UA 5HRLA 2DFLA 4F5PA 1ZQYA 3FDSA 4AT7B 8ICUA 4WC7A 3MABA 4QZAA 1SZPA 2W8LA 4BDPA 1BPXA 4C8KA 2DR5A 3LK9A 4DSJA 5TZVA 5J2BA 2XCPA 4XRHA 4DLGA 5DDYA 2BQUA 4EBJA 4KLUA 4TUQA 4BXOB 3SI8A 2FLNA 2ATLA 4DFPA 1Y88A 4IRKA 1EXNA 4O3OA 2UVUA 4EBKA 5J0PA 2KFZA 1VFGA 1KDHA 3THVA 1XSNA 2Y1IA 5J0XA 3G6XA 1ZQRA 4P2HA 1NJWA 4FBTA 1RYRA 4DEZA 5CB1A 1TAUA 2XC9A 3MFIA 1S0MA 3T3FA 2PI5A 8ICIA 3MR5A 5IILA 4BWMA 4EYHB 5DLFA 1ZQFA 4YMOA 2O5AA 3AQKA 2A1JB 4UB2A 4M6WB 4DFMA 1MIWA 3H39A 4WC4A 4YXJA 5DBAA 4MFAA 4DL4A 1S0VA 4ECVA 3PX0A 9ICRA 4I2IA 3Q8SB 3UXNA 4F5OA 5DGAA 5CP2A 3UXOA 3KHLA 4ECQA 2ISOA 3PW5A 4JWMA 2F1HA 3GV5B 3N97B 2FLLA 4DSKA 2FPMA 9ICIA 4RWQA 1T8EA 4X0AA 2C2DA 1ZQOA 4YMNA 2AGPA 1S9FA 4GC7A 1VJ7A 3RH6A 3JPQA 1ZQKA 5KTQA 4NM1A 3EW9A 3H8WA 5KG1A 1QSYA 3QZ7A 5DBBA 4UQGA 8ICAA 2ZH5A 2V9WA 2AU0A 3RJEA 4J9SA 5KFHA 4F4XA 3KTQA 8ICXA 1WCLA 5HHIA 9ICKA 4F93B 3C2KA 1QTMA 3AQNA 5KFCA 3C21A 4DO9A 3AQMA 4F50A 3H38A 4X4PA 1D9DA 8ICRA 5KFAA 9ICEA 3RB0A 5L1KA 1C7YA 1MIVA 4J9RA 4DF8A 3GIJA 4M9HA 4JK1A 7ICKA 2HHXA 3RR7A 2ZUDA 3Q8RB 1ZQEA 4M2YA 3C1YA 1TV9A 2NRTA 5KFKA 4ED7A 4I2HA 1NZPA 2M2WA 2ZTEA 1JXEA 5HNKA 3N4MB 2R8KA 4O0IA 3PR5B 3SYZA 4QZGA 3AU6A 9ICXA 1MQ3A 4TQSA 4B9SA 4Z6DA 1RYSA 3JPPA 5KFIA 1D9FA 1ZQXA 2RDIA 4I29A 4FO6A 3RAXA 1A77A 4E0DA 4RU9A 2MUTB 2JEFA 4KLMA 4KN4A 4UB5A 4ED0A 5DQHA 3C2MA 4O3QA 1YLQA 3MR3A 3M9OB 3UPQA 2DRBA 4YN4A 4RT2A 2M9NA 1PX5A 3PO5A 3EPGA 1U48A 2FLPA 4AT9B 1TVAA 5DKWA 2W9AA 1N56A 3TANA 4Q8EA 3OHBA 2NRXA 4MF2A 8ICMA 2IA6A 4KMUA 5L1IA 4NY8A 3WFOA 5KG2A 7ICLA 4C8MA 3ISBA 5KFJA 3NTUA 5KFRA 4R63A 2C2RA 2W9CA 2VA8A 4ECSA 7ICPA 1R89A 5J0YA 4NLZA 4NKTA 3GV7B 4GLXA 1ZQQA 4EEYA 5CHGA 3Q8MA 1BPEA 3OV7A 4P4PA 9ICLA 1BPZA 1Z3EB 5DG9A 3BQ2A 1T7PA 2ALZA 3IHQB 4ECUA 3B0YA 4QZEA 4DQSA 3QEBZ 1S97A 5J0RA 2BCSA 1S76D 2KZMA 2J6UA 4YXMA 4KTQA 4KLHA 2ZHBA 4AT7A 5KFEA 1DK2A 7ICTA 9ICHA 4DSFA 3PX4A 1X9SA 3WFSC 2DPIA 4ED2A 3Q8KA 4X0BA 4M5DA 5DLGA 2BQ3A 3BQTA 4B9VA 4PHAA 4O5CA 5J2GA 4KLDA 2F1JA 1SL1A 8ICKA 3EWAA 5BOMA 5IIIA 4PGYA 1ZQDA 5HMMA 4DSEA 3RJIA 1MQ2A 4CCHA 3UPSA 9ICAA 2HVIA 1ZQHA 2ZUCA 8ICEA 3HP6A 4R64A 2XY5A 4FH3A 4F91B 5BOLA 1ZQJA 3H37A 2Y1JA 5HRGA 2I9GA 3G6YA 3RTVA 5J2KA 3LWLA 4X5VA 8ICNA 3B0XA 3ZDDA 5EWGA 5J0OA 4JV2A 4K4IA 1UETA 2ZH2A 2NRZA 2A1JA 4MEYA 5CJ7A 1ZQVA 4M6WA 5J0QA 3JPOA 2PFPA 4KLIA 1NK9A 4YP3A 3KHRA 1TFRA 4RQ1A 1S0NA 5HRHA 2ZJ5A 4QWEA 2ASDA 4UD5A 3WFQE 3HT3A 3T5HA 5DGBA 2H5XA 1NKEA 3ISCA 7ICGA 4XQ7A 5J2FA 3IM1A 3GQCA 5HR9A 1BVSA 2XGQA 1ZYQA 1QLNA 2BKEA 4PGQA 3HPOA 3EYZA 3RH5A 1N48A 5J2CA 1CEZA 2HHUA 1XU4A 1L3VA 5HRFA 3PNCA 2ZTCA 1R8BA 4RUCA 4EZ9A 4KN7A 1ZETA 3RR8A 1FA0A 1NK7A 5KFLA 2XGPA 1XC9A 4QWDA 4X4QA 2RFFA 2PFQA 1K1QA 5CR0A 7ICMA 4DSLA 1WCNA 4ZH4A 4Z6EA 3RBDA 4I2BA 4GXJA 1UEVA 4RQ8A 4X4UA 3LWMA 5HREA 3ZDCA 2M2VA 5KFTA 2I1QA 1XSPA 1L3TA 3OJUA 3NGDA 3TFRA 3RJJA 1V4AA 1R8AA 4J9MA 4O9MA 1V9PA 1KEJA 5J2HA 1ZQSA 1ZQAA 2BPFA 1KFSA 4UB1A 4PHEA 2JEGA 5KG4A 4WC3A 5D46A 5IIMA 3AU2A 3ISDA 4YMMA 1NJZA 2MUTA 1S10A 4KLTA 1WOTA 1X2IA 4X4NA 4Q44A 5DBCA 2KP7A 4F5NA 9ICBA 4AT9A 5EWFA 4QZIA 2WTFA 3PX6A 2J6SA 4GC6A 8ICWA 8ICVA 5KFGA 7ICVA 4Q45A 2ZH4A 1KNYA 5CWRA 4QWBA 2M2TA 4IQVA 5KG6A 4NLKA 4ELUA 3BQ1A 3QZ8A 1RXWA 1HJPA 9ICTA 4IQUA 3WFPA 2ISPA 2BPGA 3EZ5A 4IRCA 3TAPA 4DSIA 1L5UA 7ICHA 4XA5A 4RNOA 1JAJA 5DB9A 4ELTA 2HHQA 1BPDA 4GXKA 5HRIA 3G6VA 3H3AA 4F4ZA 5DB8A 1NOMA 4YR3A 2BCQA 4BWJA 3H8JA 2P6RA 5J0UA 4MF8A 2AGOA 4C8NA 4ECZA 5L1JA 4B9MA 4KLEA 5KT6A 3C2LA 1LV5A 7ICUA 4I2GA 4TQRA 3JPRA 5KFNA 5HMLA 4I2AA 3OVAA 3C66A 4O3RA 3M8RA 3MBYA 3QE9Y 2ZH6A 2MAXA 5HHHA 3ZDAA 1TFWA 5KT3A 4KLJA 4O3PA 3T5JA 1BPYA 3OUYB 5KFBA 3OSNA 4EBCA 4UAWA 4LZGA 5J0TA 4RPYA 1U9LA 5IINA 4F2SA 2HW3A 4UBCA 4RWNA 4RNNA 3PV8A 4Q43A 2IHNA 3GDXA 9ICJA 4X4TA 5L9XA 1NK4A 3OVBA 4PGXA 1ZQWA 4RQ0A 2JZBB 4RPZA 4ECYA 5KT4A 4BGDA 9ICPA 4DOCA 4KITB 1NJXA 2BCRA 4DQPA 2V4QA 4B9UA 4K4GA 2KTQA 4TUPA 3MFHA 3M8SA 4GXIA 4F8RA 4YQWA 4QZFA 5DDMA 7ICOA 1L3UA 3ZDBA 8ICLA 2HVHA 3C18A 4AT8B 5KT5A 1Q79A 3C5FA 2UVVA 3HJ4A 1ZQCA 1X9WA 4O3NA 3MGHA 1JXLA 3V6HA 2DR7A 3RB6A 4WC6A 4QWCA 4DL7A 5EWEA 1Q78A 1ZQPA 2FMQA 4PHPA 3H40A 1RXVA 4EBEA 3LDAA 4DQIA 1MSWD 4Q8FA 7ICIA 7ICNA 4DOBA 3C5GA 1LB2B 4UB3A 5F2VO 2DVIA 3RJGA 3HJ1A 2RDJA 3RJKA 4DS4A 2HHTA 1Z00B 2BPCA 1S0OA 2JEJA 5IIKA 3AUOA 4EYIB 3M9MB 3UXPA 2BCUA 4RWOA 2NRKA 7ICRA 4J9QA 3OSPA 3V7LA 5JUMA 2BDPA 4MFCA 3LQCB 4P4MA 3UQ0A 5IIOA 4M9GA 1R8CA 4X4SA 2J6TA 4R8UB 4X4RA 4RT3A 1XO1A 1UEUA 1ZQZA 3WFRE 4QZCA 2NRWA 1KRPA 4JV1A 4ED6A 1U47A 2HHSA 4FHWA 3ETLA 4LZDA 1IXRA 2B21A 1SKWA 3SV3A 2R8JA 1BNOA 3MGIA 3TAQA 4Z6FA 2PFNA 3K75D 4IR9A 3H8SA 8ICCA 2ZTDA 1KTQA 4R66A 3OHAA 4HYKA 3HWTA 4YCXA 4NKUA 2BHNA 1HUZA 2LYHA 3HIYA 9ICMA 4QW9A 4MEXA 3PMNA 3RBEA 9ICFA 2W9BB 8ICQA 9ICVA 5KFDA 4MFFA 8ICZA 4RQ3A 4Z6CA 5DG7A 8ICGA 5F9NA 2ASJA 4C8OA 4YFKA 5DG8A 5DB7A 3RRGA 4KLFA 3RAQA 3TFSA 4LVSA 4R65A 2M2UA 8ICBA 5F9LA 4F5QA 1T3NA 1NK6A 5C5JA 4O5KA 4F3OA 4KLLA 4IG8A 2KFNA 5KFQA 5HRKA 1H38A 4M9LA 4O3SA 8ICOA 4WC5A 2HHVA 3UQ2A 3NYBA 4YD1A 5EOZA 3TI0A 2FMPA 9ICGA 3KHHA 2BQRA 4IQTA 5HRBA 1TK8A 2NRVA 2VA2A 8ICFA 4IR1A 4I28A 3EPIA 1T4GA 2AQ0A 4ED8A 5KG3A 4C8LA 4WBZA 3PO4A 3JYYA 4K4HA 4F92B 2KZZA 3PW2A 1NK5A 3RJFA 4F4WA 7ICQA 3V6KA 4PHDA 3OVSA 9ICQA 4UBBA 1TK0A 1TK5A 5KFYA 1XWLA 5KG0A 4YR0A 4FHPA 4RZRA 4FS1A 4JV0A 3GIKA 2FPKA 5DQGA 3GILA 2C28A 4KLSA 5HRDA 4B9LA 4EP7A 2ASLA 2AGQA 1NKCA 4NLNA 5DEDA 5KFOA 4M0AA 1X9MA 2C22A 4XUSA 5KG7A 3MR2A 4DL5A 3PW0A 1AROP 1QSSA 2FPLA 2JEIA 1F5AA 2DR9A 2ZH3A 3JPTA 1ZQLA 3JZ0A 1ZQUA 4NM2A 4ECWA 3TQ1A 4E7XA 3OUYA 4YD2A 4DL2A 1S77D 3L9DA 3V72A 1SKSA 1JX4A 4UAYA 2VA3A 1RPLA 2KZ3A 4RQ2A 1D8YA 4ATBB 3HW8A 5D4BA 4LT6A 4RQ5A 4KLGA 2JZBA 4QZ9A 4I2CA 1JQRA 1SKRA 3FYHA 4F4KA 1U45A 1U4BA 4RNMA 1SL2A 1ZQGA 5DECA 4ED3A 4F5RA 4QZDA 4AT8A 3JPNA 4M47A 5J0WA 4DQRA 2BGWA 4ECXA 3GIMA 3T5KA 4ECTA 3QEAZ 1K1SA 5KT7A 3BJYA 2IMWP 5KFXA 1TAQA 2VANA 5KFMA 3SV4A 3V7JA 3SZ2A 7ICSA 5KFUA 4F2RA 4DFKA 2ZUBA 2BE3A 2XY7A 5KFWA 3PR4A 4DOAA 2ZHAA 5HC9A 1NJYA 2UVWA 5DB6A 1B43A 1D8LA 1Z00A 3ZD8A 3GV8B 4J9NA 1NKBA 4M04A 2XY6A 1NK0A 7ICEA 1UA0A 8ICSA 1KLNA 4KLQA 3OJSA 2GWSA 1BGXT 4WCWA 3BDPA 2V4RA 4WBYA 5KFFA 2IHMA 4QWAA 4R8UA 1CUKA 4TURA 4RQ4A 4XQ8A 4FBUA 4PPXA 2Q0ZX 3AQLA 3Q8LA 2PXIA 2XO7A 3H4DA 2F1IA 4ECRA 3ZDEA 1DOQA 4QW8A 1L3SA 3PW7A 3T5LA 1QSLA 2HHPA 3M9NB 1UA1A 5BPCA 1U49A 2ID1A 3Q8PB 2DRAA 5KG5A 3PW4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4R63A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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