The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
326
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structure length |
326
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Chain Sequence |
TLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viewing Human DNA Polymerase beta Faithfully and Unfaithfully Bypass an Oxidative Lesion by Time-Dependent Crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA polymerase beta
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| molecule tags |
Transferase/dna
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
110
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| structure length |
326
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| sequence length |
326
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2014-10-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF10391 | DNA_pol_lambd_f | Fingers domain of DNA polymerase lambda |
| A | PF14716 | HHH_8 | Helix-hairpin-helix domain |
| A | PF14791 | DNA_pol_B_thumb | DNA polymerase beta thumb |
| A | PF14792 | DNA_pol_B_palm | DNA polymerase beta palm |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase beta, N-terminal domain-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 3 | DNA polymerase, thumb domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YD1 A; 1L3T A; 4M6W B; 4YN4 A; 3ISD A; 1F5A A; 4YG2 A; 3OHB A; 2BCR A; 3Q8S B; 2R8G A; 1CEZ A; 5J2A A; 5EOZ A; 2ASL A; 4X4T A; 3Q8P B; 1ZQR A; 1SL2 A; 4B9S A; 2BQU A; 4DS4 A; 3PY8 A; 3Q8M A; 4Q44 A; 4RWQ A; 1Z00 A; 5HRD A; 1IM4 A; 4IG8 A; 3LDA A; 1CUK A; 4WC1 A; 4EBD A; 1L3U A; 5J2F A; 1SKR A; 4IQW A; 4UD5 A; 8ICB A; 5KFM A; 4DLE A; 4DQR A; 4BGD A; 4TQS A; 2R8H A; 5KFL A; 5HP4 A; 5DBC A; 4M04 A; 1MIW A; 4WC4 A; 3BDP A; 7ICL A; 2DRB A; 3QE9 Y; 4RQ5 A; 4UB4 A; 4IR9 A; 4M9L A; 3UXP A; 3M9O B; 3MR3 A; 4Z6E A; 4DO9 A; 1ZQQ A; 3KTQ A; 4PPX A; 3HJ1 A; 2DR5 A; 5DBA A; 4Q43 A; 2ZTD A; 1SKW A; 9ICA A; 4PHE A; 4RPY A; 1ZQM A; 1MSW D; 4J9L A; 4YP3 A; 2XCP A; 4F4W A; 4BWM A; 4QWE A; 3RJJ A; 4QWC A; 2BGW A; 4DL2 A; 1BPY A; 3ZD9 A; 4JV1 A; 5J2E A; 2ZH1 A; 4E80 A; 1ZQT A; 1TVA A; 2W9B B; 3V7L A; 2H5X A; 4ECZ A; 3C5G A; 3C23 A; 1NK6 A; 4DQP A; 4WC0 A; 1RXW A; 4I2C A; 1A76 A; 1XSN A; 2JZB A; 2UVW A; 8ICY A; 1ZQV A; 3UXN A; 3MAB A; 5CWR A; 3RAQ A; 2PI4 A; 4KMU A; 1S77 D; 4Q45 A; 5DQH A; 4P4P A; 1XC9 A; 4EZ6 A; 5KG5 A; 4I2A A; 3AQK A; 4UB5 A; 1NK7 A; 2M9N A; 3C2K A; 1Z3E B; 2A1J B; 3C1Z A; 3RRH A; 5IIL A; 3EYZ A; 3H3A A; 4F5P A; 4J9P A; 4TUP A; 3Q8K A; 2ZH2 A; 1D8L A; 3JPT A; 5KFV A; 5KG0 A; 2P6R A; 2ZH7 A; 1BPE A; 4F8R A; 1RPL A; 4RPZ A; 5KFW A; 3UPS A; 1RZT A; 9ICC A; 1BPD A; 4QZG A; 1NZP A; 4YXJ A; 4RUC A; 7ICT A; 3V7K A; 4F50 A; 1ZQI A; 5KTQ A; 4I2B A; 2AJQ A; 4WC6 A; 4KLJ A; 8ICP A; 1UA1 A; 2M2V A; 3PML A; 1SKS A; 1UET A; 4WC3 A; 3WFR E; 4KN4 A; 2ZH8 A; 5HHH A; 1ZQG A; 4ZH4 A; 2V9W A; 3RJG A; 4WBY A; 1JMS A; 5F9L A; 1BGX T; 3K4G A; 1KLN A; 4ELU A; 7ICN A; 3JPP A; 1JAJ A; 4I2D A; 1U47 A; 3RTV A; 3UQ2 A; 2KN7 A; 4MF2 A; 5CHG A; 1BPB A; 2FPL A; 3TFR A; 2AQ4 A; 1XSL A; 1ZQB A; 2BDP A; 4I2J A; 4ED7 A; 1WOT A; 3B0X A; 4NKT A; 1KFD A; 4TUS A; 8ICR A; 2W9B A; 4YVZ A; 5J0U A; 4MFA A; 3M8R A; 4GC7 A; 4FO6 A; 4O3S A; 4UD4 A; 2M2W A; 3GV7 B; 5CA7 A; 3N4M B; 5DG9 A; 1KDH A; 2IHM A; 5CB1 A; 4K4G A; 3GQC A; 3KHH A; 4PHP A; 3GIM A; 2KFN A; 3NTU A; 2ZTE A; 3V6K A; 3H8S A; 4B9L A; 4F2S A; 1D9F A; 9ICX A; 5KFG A; 5KG4 A; 4ECT A; 4ED2 A; 2O5A A; 5KFR A; 7ICR A; 2MUT B; 4X4S A; 2FLL A; 4MFF A; 2F1J A; 5DEC A; 4RQ8 A; 4F93 B; 4B9V A; 8ICL A; 3Q8Q B; 3H7I A; 2XY6 A; 4GXI A; 4F2R A; 2HHW A; 2XO7 A; 3PW7 A; 1H38 A; 2HW3 A; 9ICU A; 4RQ7 A; 4DSE A; 4X0A A; 4JWM A; 4O9M A; 4F4Z A; 4ECW A; 4KLF A; 1ZJM A; 5BOM A; 3H8W A; 4KN7 A; 5KFN A; 4F4K A; 1ZQK A; 1ZQH A; 4F3O A; 2ISO A; 4WC5 A; 1KSP A; 3RH6 A; 1X2I A; 3AU2 A; 3T5L A; 4KLS A; 9ICB A; 4RNO A; 2Q66 A; 5KT6 A; 5DB9 A; 1TAQ A; 4EBK A; 7ICS A; 3QEB Z; 2ZJ5 A; 2DR7 A; 4DWI A; 5J0R A; 4AT8 A; 3EZ5 A; 1DK2 A; 1XSP A; 8ICQ A; 3HPO A; 3V6H A; 3LWL A; 4CCH A; 4AT7 B; 2AGQ A; 2ZTC A; 1TKD A; 8ICW A; 5KFI A; 2ZH9 A; 1KEJ A; 2ZJ8 A; 9ICK A; 4YCX A; 3MR5 A; 5J2I A; 4DL3 A; 4RNN A; 2XCA A; 3SZ2 A; 2BCU A; 4M2Y A; 7ICM A; 5BOL A; 4Z6C A; 5J0Y A; 5IIN A; 4FBU A; 8ICX A; 4C8M A; 1LB2 B; 1DGS A; 4E7X A; 4EBJ A; 4ECV A; 5HRI A; 2W9A A; 1D8Y A; 5CP2 A; 4UB1 A; 4UB2 A; 4RU9 A; 1N56 A; 1TK0 A; 2FLN A; 3PR5 B; 4I2I A; 4JK1 A; 1BNP A; 4B9M A; 2DFL A; 4DFK A; 3RBD A; 4LZG A; 3PVX A; 5J29 A; 3G6Y A; 3KHR A; 3MFH A; 2W8K A; 4ECX A; 5IIM A; 1JX4 A; 2FLP A; 8ICN A; 1OU5 A; 2UVU A; 4DL7 A; 4QZE A; 4QZA A; 1TFW A; 1JIH A; 2AGP A; 3RB3 A; 3C5F A; 3OUY B; 5KT4 A; 4B9U A; 1X9M A; 5KFP A; 3AQL A; 5DG8 A; 5L9X A; 2ZH3 A; 5DGB A; 5L1L A; 4NXZ A; 5IIK A; 4QZB A; 4AT9 B; 3MR6 A; 3H4B A; 4S3N A; 5HMM A; 4HYK A; 1NK5 A; 1BPZ A; 3JPS A; 1ZQO A; 3BQ1 A; 5III A; 5KG6 A; 4UB3 A; 4FHP A; 4RNM A; 2DPI A; 4M9J A; 4RUA A; 1ARO P; 4C8N A; 5DDY A; 1MIV A; 3TAP A; 2UVR A; 3SI8 A; 4YR0 A; 4RT3 A; 3JZ0 A; 2ZH4 A; 3OJS A; 4NKU A; 7ICJ A; 2V4Q A; 2W9C B; 1LV5 A; 4I2H A; 3WFS C; 4DOB A; 2DRA A; 2BQ3 A; 5C5J A; 1L5U A; 4Q8F A; 1ZQX A; 3OVS A; 9ICT A; 3V7J A; 5HRH A; 2XGP A; 4RPX A; 2Y1I A; 1XS9 D; 4I2F A; 4NLK A; 4IR1 A; 3T3F A; 1UT8 A; 4LT6 A; 2BQR A; 3ZDE A; 7ICV A; 5HC9 A; 5KFU A; 1COO A; 5KFH A; 4UBB A; 3TAN A; 4DOC A; 2BHN A; 4YR3 A; 3AUO A; 2XGQ A; 2OWO A; 3RBE A; 4BXO B; 1EXN A; 4GLX A; 7ICE A; 8ICM A; 4ED6 A; 4DF8 A; 4TUQ A; 3H4D A; 2Q0Z X; 1N48 A; 8ICG A; 1R8B A; 3JPN A; 5HNK A; 2KZZ A; 2ASJ A; 1SZP A; 5KFA A; 3PR4 A; 3M9M B; 2NRK A; 4M6W A; 2DR8 A; 1ZJN A; 4DSK A; 1ZQS A; 2JEI A; 4E8F A; 4P4M A; 4AT9 A; 3PW0 A; 1MQ3 A; 1T7P A; 1HUO A; 3THV A; 1TK8 A; 3TQ1 A; 2HHQ A; 1RYS A; 4O0I A; 2VA2 A; 4EEY A; 5J0P A; 2ID1 A; 3SV4 A; 1ZQU A; 1S97 A; 5HRK A; 7ICQ A; 4ATB B; 1Q78 A; 9ICJ A; 1MC8 A; 2R8J A; 3JPQ A; 3TAR A; 5KG2 A; 4DSJ A; 2BPC A; 5L1K A; 3RRG A; 5DQG A; 4ED8 A; 4P2H A; 4PGX A; 8ICE A; 1S10 A; 4EYH B; 4DSL A; 5HR9 A; 5JUM A; 4KLH A; 2PFQ A; 3MGI A; 3GV5 B; 4QZ8 A; 1PZN A; 5KFC A; 2VA3 A; 8ICO A; 2C2D A; 1SL0 A; 1X9W A; 4QW9 A; 5D46 A; 1TFR A; 1QSY A; 1TFY A; 3OJU A; 4FS1 A; 1WCN A; 1S0N A; 4B9T A; 2KTQ A; 4LVS A; 8ICS A; 2BE3 A; 4P4O A; 4X4V A; 2P66 A; 5DLG A; 3G6X A; 9ICR A; 2NRZ A; 3HJ4 A; 4J9K A; 3WFP A; 4EZ9 A; 5KFJ A; 1U49 A; 4O3R A; 4F4X A; 3FYH A; 4JUZ A; 4RQ4 A; 2KP7 A; 3PW5 A; 4QW8 A; 4YFK A; 1ZQY A; 1JXE A; 3SV3 A; 2ALZ A; 3E2E A; 3GII A; 8ICJ A; 4O3O A; 5KFF A; 3PNC A; 4X4O A; 1T8E A; 1JQR A; 1A77 A; 5HRE A; 4DQI A; 3PX0 A; 1KFS A; 3QEA Z; 4FBT A; 3RR8 A; 3OHA A; 7ICP A; 8ICC A; 1S0V A; 4TUR A; 3BQT A; 4X4P A; 5J0X A; 3OVB A; 5DDM A; 2HVI A; 3LQC B; 2A1J A; 4C8O A; 4QZI A; 3LWM A; 3H8J A; 4FHX A; 2UVV A; 2BCQ A; 3TAQ A; 4WC2 A; 4NY8 A; 2NRT A; 5DLF A; 3RB0 A; 2BR0 A; 3ZDB A; 5DB7 A; 4J9M A; 4X4N A; 3Q8R B; 9ICP A; 5KT5 A; 8ICI A; 2FPM A; 5J2B A; 3RJF A; 4F5Q A; 3NYB A; 1XU4 A; 3ZDC A; 1KNY A; 3GFK B; 3PV8 A; 5J0T A; 3AQM A; 2NRW A; 3H38 A; 4J9O A; 2VA8 A; 5KFZ A; 7ICH A; 5DKW A; 3GV8 B; 4QZC A; 4K4H A; 1NOM A; 3L9D A; 2IMW P; 1S0M A; 5J2D A; 5KFS A; 1UEU A; 9ICH A; 1V4A A; 4FHV A; 3T5J A; 9ICO A; 5KT2 A; 5D49 A; 3MDA A; 3G6V A; 2FMS A; 5DED A; 4WC7 A; 2DR9 A; 1T4G A; 5J2C A; 3TI0 A; 5KFE A; 4F4Y A; 3TFS A; 2I1Q A; 3QZ7 A; 1UT5 A; 4C8K A; 4F91 B; 2KZ3 A; 4EBE A; 1MIY A; 1ZQA A; 5J0S A; 4KTQ A; 4JWN A; 5HRL A; 4PGY A; 2NRX A; 1XWL A; 4R65 A; 4O5C A; 4R63 A; 2I9G A; 3PO4 A; 5J2J A; 4YMO A; 3BQ2 A; 3ZDD A; 2PFN A; 4KLM A; 4YR2 A; 4DSF A; 4RQ0 A; 1Z00 B; 7ICU A; 2C22 A; 1UEV A; 5KG3 A; 1KFT A; 4I2G A; 4RT2 A; 4K4I A; 2BKE A; 3RAX A; 3C1Y A; 4QZ9 A; 2XC9 A; 1FA0 A; 3EW9 A; 2WTF A; 1RYR A; 1TAU A; 2MUT A; 1C7Y A; 9ICN A; 1R8A A; 2ZH5 A; 4I28 A; 3GIJ A; 4AT7 A; 4RWP A; 2V4R A; 2R8I A; 2RDJ A; 4KLE A; 5DBB A; 1ZQF A; 4QZH A; 1QTM A; 3OGU A; 3MGH A; 4I29 A; 7ICF A; 2HHU A; 5HRG A; 3C21 A; 3MFI A; 5HRB A; 2ZHB A; 2AGO A; 3MDC A; 1L3V A; 3B0Y A; 4F5N A; 1NK0 A; 4I27 A; 5F9N A; 4F5O A; 5HRF A; 2IA6 A; 1RXV A; 4IQV A; 4YMN A; 3BJY A; 4G3I A; 4RQ6 A; 4GXK A; 1JXL A; 2AQ0 A; 5J2G A; 4O3N A; 9ICQ A; 4IQT A; 4QWB A; 5IIJ A; 8ICF A; 1ZYQ A; 9ICL A; 1ZQW A; 4DFJ A; 8ICV A; 1K1S A; 1R89 A; 2C2R A; 4NLZ A; 4PHA A; 3PO5 A; 3PW2 A; 3RB4 A; 4UAW A; 2M2U A; 2LYH A; 5DQI A; 4M9G A; 5KT3 A; 3RB6 A; 3JPO A; 4ED3 A; 2DVI A; 1HUZ A; 2PXI A; 3C18 A; 1PX5 A; 1KRP A; 4X0B A; 4NM1 A; 5EWE A; 4R66 A; 4PGQ A; 4DL5 A; 4KLQ A; 3ORY A; 4QZD A; 1VFG A; 5CR0 A; 5KFD A; 4XQ8 A; 4DS5 A; 4RWN A; 2J6S A; 4PHD A; 4YMM A; 4DEZ A; 1T3N A; 1BNO A; 1B22 A; 3KHG A; 2ISP A; 3UPQ A; 4J9Q A; 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