9ICS | Genus

Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	ETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__42581448030841__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__42581448030841__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/9ICS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__42581448030841__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"42581448030841","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/9ICS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__42581448030841__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d273add1d0f92ced8a2ecd8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d273add1d0f92ced8a2ecd8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d273add1d0f92ced8a2ecd8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d273add1d0f92ced8a2ecd8/pdb.gz): 580 ms

reading 327 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

327 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:326});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/dna
source organism	Homo sapiens
publication title	A structural basis for metal ion mutagenicity and nucleotide selectivity in human DNA polymerase beta pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(CPAPTPCPTPGP*T)-3')
total genus	98
structure length	327
sequence length	327
ec nomenclature	ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	1995-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10391	DNA_pol_lambd_f	Fingers domain of DNA polymerase lambda
A	PF14716	HHH_8	Helix-hairpin-helix domain
A	PF14791	DNA_pol_B_thumb	DNA polymerase beta thumb
A	PF14792	DNA_pol_B_palm	DNA polymerase beta palm

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.150.20	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	DNA polymerase; domain 1	5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain	9icsA02
1.10.150.110	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	DNA polymerase; domain 1	DNA polymerase beta, N-terminal domain-like	9icsA01
3.30.210.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Beta Polymerase; domain 3	DNA polymerase, thumb domain	9icsA04
3.30.460.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Beta Polymerase; domain 2	Beta Polymerase, domain 2	9icsA03

4QZ9A 3C21A 4PHPA 2M2UA 3HP6A 5CWRA 1T7PA 2ID1A 4KLUA 4DSFA 4EBCA 5L9XA 4Q44A 4J9SA 4F3OA 1ZQEA 9ICEA 4FS1A 1XWLA 4RWQA 2Q66A 4PHDA 3SV3A 2FPLA 4JK1A 4RQ5A 4Z6CA 5J0XA 8ICSA 4MFAA 3MDAA 4IR1A 1R89A 1DOQA 3T5KA 3AQNA 5J2CA 3ZDDA 7ICEA 5D46A 4KMUA 5DKWA 4Q43A 1X2IA 3NGDA 5J0RA 4ED3A 3G6VA 3RR7A 4M2YA 5HRGA 5KFGA 1D8YA 4Q45A 5KG5A 3T3FA 4FHVA 2ZH9A 4YR2A 2M9NA 3TARA 4F2SA 5HRFA 3PR5B 4ECWA 5JUMA 4O3SA 4DF4A 3H39A 4B9LA 4KTQA 3KHLA 3GQCA 2ASLA 4Q8EA 3TAQA 2IA6A 1TK0A 5HRHA 1NK0A 2C28A 4KLMA 3SI8A 1K1QA 1S0OA 1U9LA 2ZUCA 4RQ3A 4AT7B 3OVBA 1TKDA 3H38A 4M04A 2PFOA 4X0BA 5J29A 4RUCA 2KN7A 3EW9A 1NKCA 5J2KA 2LYHA 9ICNA 4B9TA 3C1ZA 4F4XA 3MR5A 5DB7A 3PX0A 3RAXA 2BCRA 4DL5A 4E80A 1S10A 3TQ1A 4YMNA 4HYKA 9ICIA 9ICVA 2I1QA 1JQRA 3AQKA 3OV7A 4WBYA 4RQ7A 2JEGA 7ICMA 2HVIA 5KFDA 2I9GA 3PX4A 8ICXA 4DOCA 5DG7A 4EZ9A 2ZJAA 4UQGA 3OHAA 3AUOA 3V6HA 1TVAA 1ZQPA 2BCQA 3GIKA 4R8UA 4RZRA 3BQ0A 9ICBA 4E8FA 3G6XA 2BPGA 3RJEA 5KFMA 4FO6A 3RJJA 3H3AA 2A1JB 1KEJA 4J9OA 5DGAA 1ZJMA 2FLLA 1NOMA 2W9BB 1XSPA 4O9MA 4RWPA 1Z00B 1ZQLA 5KFOA 5J0QA 4KLEA 3AU2A 9ICCA 2VA3A 2M2WA 4IG8A 3V6JA 8ICRA 4FHXA 4YP3A 4ECVA 5KFWA 3ZDAA 1XU4A 5DBBA 1UEUA 1BPDA 5IILA 4FBTA 3GV7B 1R8CA 1MIWA 2UVWA 1ZQDA 1NJYA 4FH5A 4XUSA 1CUKA 3G6YA 5HHIA 2HHPA 4DSLA 3C2KA 5DQHA 2ZH5A 1ZQRA 4XRHA 2IHMA 4QZCA 2PFPA 3NTUA 3KHRA 4DSIA 8ICGA 3N4MB 4EYIB 4YD1A 4ATBA 2DR8A 3C23A 3EPGA 4RQ0A 4J9QA 1L5UA 4IRCA 5EOZA 5J2FA 2DRBA 2ISPA 1MIVA 9ICUA 2BHNA 5DLGA 5L1JA 4ED6A 1LB2B 2HVHA 4DLEA 1BPBA 2DFLA 5KFCA 3PMNA 2XY5A 1S76D 4DOBA 2KFNA 2KZZA 4WC0A 3ISBA 4DL2A 3UXPA 2M2VA 3KTQA 4MF8A 3Q8QB 4KLLA 1NKBA 4I27A 3T5JA 1ZQMA 4C8LA 1D9FA 7ICJA 3LDAA 5KFIA 4IQWA 4UB4A 3BJYA 4AT7A 2PXIA 1HUZA 4WC2A 3OSPA 1JAJA 4JWMA 5DQGA 4YCXA 2ALZA 4Z6FA 4R63A 3H40A 2XCAA 2ASJA 3V7JA 8ICNA 1KFSA 3M9MB 3PO5A 4NLKA 4Q8FA 4I2GA 3JPTA 5J2EA 1XO1A 3RH6A 1VFGA 3ZD9A 4EBJA 4QWCA 4O3NA 5KT5A 3PR4A 1U4BA 4EP7A 3H8WA 1ZQOA 3UPQA 4S3NA 2R8HA 1JN3A 8ICFA 1SL1A 2A1JA 2F1IA 3ETLA 4O3QA 2WTFA 3UQ0A 1QTMA 9ICMA 4DSKA 5J2JA 5KFXA 3EWAA 4KN4A 3TANA 2AGQA 3Q8LA 1SL2A 4QZ8A 2DPJA 4UD4A 4DS4A 2BCSA 4ECUA 3PW7A 1L3VA 1UT8A 4UB2A 3PY8A 8ICBA 5BOMA 3T5LA 2KFZA 5HMMA 1HJPA 3ZD8A 5KT6A 4ED7A 1UA1A 3KHGA 1ZYQA 4MEXA 1D8LA 4DFKA 2BCVA 2FLPA 1ZQYA 4F91B 1SKRA 4JV1A 9ICHA 1JIHA 1R8AA 3FYHA 2V4RA 1PZNA 4PGQA 1NO5A 2VA8A 4XQ7A 4RWNA 1ZQAA 3EPIA 5DDMA 4R64A 1QSYA 2RDIA 4F93B 4UBBA 4BDPA 1S0MA 1NZPA 1L3TA 4ZH4A 4M9LA 4WC6A 4YXJA 3ZDEA 3RAQA 5CJ7A 5KFTA 4DQSA 4EBEA 3MGIA 4ECZA 2JEIA 2KZMA 5HNKA 4TUPA 3HT3A 3MGHA 3HWTA 5HP4A 3QE9Y 4DSJA 8ICLA 2ZHAA 1TK5A 4WC3A 9ICXA 3HX0A 3GIMA 3GV5B 3MFIA 1FA0A 4XQ8A 3OVAA 4K4IA 5KTQA 1TFWA 9ICFA 4RU9A 4UB5A 4ED1A 5J2GA 5J0TA 1TV9A 2FLNA 2C2RA 4BXOA 1U45A 4X4NA 1ZQNA 1BNPA 4QZHA 1Q78A 4F4YA 4AT8A 5KG7A 3C2LA 2UVVA 9ICJA 2W9MA 1KTQA 1TK8A 1ZQUA 2C2DA 4TUQA 1RYRA 5J2IA 4I2IA 2J6SA 4C8MA 3K75D 4M5DA 4ATBB 4RT2A 5KFSA 5DBAA 3C2MA 4M6WA 3RH5A 3RBDA 5HREA 1MQ2A 2BE3A 3BQTA 3V7LA 1DK2A 2BQUA 2Q0ZX 1QSLA 7ICIA 7ICTA 5J2AA 4NLZA 3MR2A 3JPOA 5HRKA 4X0AA 4QWAA 5J0YA 2VANA 4X4PA 2IMWP 2F1HA 4QZGA 9ICKA 5IINA 2AGPA 2JEFA 1S0NA 2Y1IA 5DECA 4UB1A 3TAPA 3HW8A 2P6UA 4DF8A 4M9JA 1DGSA 3MDCA 4J9PA 1IXRA 3C5FA 2RFFA 4M0AA 3UPSA 4ED2A 4M47A 7ICFA 4GXKA 2AJQA 3RB3A 5C5JA 4M9NA 4EBDA 4MFCA 8ICYA 1MC8A 2FMQA 2ZH4A 4UAWA 3PW2A 4YR0A 3N97B 2ZH6A 1ZQFA 4GXIA 4DOAA 2PI4A 7ICNA 5DEDA 4IRKA 2BQRA 5L1KA 4FHPA 5KG0A 4ECSA 3Q8MA 3GIJA 4IQVA 1HUOA 2R8IA 2B21A 4YN4A 3H37A 4KLJA 2IHNA 4IQTA 4RQ2A 4ELTA 9ICOA 2NRKA 3MR6A 2MAXA 4J9MA 1S9FA 3OHBA 4RQ6A 5DDYA 3RB4A 2P6RA 5KG3A 3PW5A 1KLNA 4NKTA 3H4BA 1WCLA 4DQRA 3HIYA 9ICLA 4Z6EA 2BQ3A 1BPEA 5CA7A 1PX5A 3AQLA 8ICHA 5KFBA 1N48A 1CEZA 1ZQCA 1LV5A 5HR9A 3THVA 2HHVA 3JYYA 4I2AA 1KFDA 4QZDA 1ZQIA 1U47A 4I2DA 3SZ2A 2C2EA 1SZPA 2C22A 2JEJA 4NXZA 1XC9A 4NM2A 2V9WA 3RTVA 1BPZA 5HRDA 8ICJA 7ICKA 3HPOA 3GDXA 9ICGA 5DG8A 3UQ2A 4I2JA 1BNOA 3TFRA 2AQ4A 1RYSA 3GIIA 9ICRA 2ZH7A 4QW9A 4F4WA 5KFHA 1D9DA 1U48A 4UBCA 3K4GA 4DL4A 1ZQGA 8ICZA 1COOA 1UEVA 4EBKA 3LK9A 8ICTA 4Z6DA 2P66A 4UAYA 2J6UA 4K4GA 5BOLA 5KFLA 1RPLA 3RH4A 4DSEA 4DFMA 2BPCA 4BXOB 9ICAA 3Q8SB 3PV8A 5HC9A 4LVSA 3MBYA 4B9SA 4M9HA 2HHUA 4AT8B 1UA0A 3PMLA 1NK5A 4P4PA 5HRBA 4QZBA 1RXWA 5DGBA 4M6WB 4B9NA 3B0YA 5EWFA 4QWEA 3L9DA 5J0SA 4FHWA 3SYZA 1KSPA 4TUSA 4NLNA 5KFRA 4XA5A 1MIYA 4NY8A 4O3RA 3JZ0A 1OU5A 4WC5A 4ELUA 4AT9A 5J0UA 1YLQA 2KP7A 8ICKA 5J2DA 4X4VA 2V4QA 7ICPA 3OJUA 3BQ2A 2IBKA 1BGXT 4GC7A 1XSLA 9ICSA 2BPFA 8ICMA 2ZTDA 4GC6A 1Y88A 3RRHA 5DBCA 3GFKB 2W9CA 4IQUA 4GXJA 1JXEA 4RPXA 1JX4A 1S77D 4KLTA 8ICCA 2PBEA 1NJZA 2KZ3A 5EWGA 4RQ1A 2XCPA 1H38A 1QSSA 2UVRA 4LZDA 4RUAA 4QZFA 4ECRA 2FPKA 4KLOA 4O5CA 2R8KA 3RJHA 4MEYA 4F8RA 1KNYA 3Q8RB 4IR9A 4TURA 4UD5A 4C8KA 7ICQA 2DR9A 3RR8A 4YMOA 2MUTA 2PFNA 4F5QA 4I2BA 4M9GA 1WOTA 7ICHA 3LWLA 4BGDA 2JZBA 1NK4A 3C18A 5KFAA 4JWNA 2BGWA 1QLNA 4K4HA 3MABA 2ZTCA 5J0WA 3NYBA 5IIMA 4WCWA 3ZDCA 4NKUA 4ECQA 4X5VA 5J0PA 3V72A 3LWMA 4RQ8A 2W8KA 1ZETA 1UT5A 5F9NA 5DLFA 4DQPA 1Q79A 4ECYA 4WBZA 4FBUA 4KITB 3AU6A 2XO7A 1ZQKA 4I2HA 4F50A 3RB6A 4B9VA 4NM1A 2W8LA 1ZQXA 1X9SA 1MQ3A 4KLSA 8ICVA 5CB1A 4BWMA 2J6TA 1V4AA 4CCHA 1ZQZA 2ZJ5A 2ZH1A 1U49A 3RRGA 5KFYA 2HW3A 3HJ4A 2ATLA 4FS2A 3Q8KA 1ZQVA 4C8NA 4NLGA 5KT3A 5KG4A 8ICWA 4LT6A 3H8SA 4YR3A 1ZQQA 1MSWD 7ICOA 5HRIA 4PH5A 2ZJ8A 1JXLA 4R65A 1NJXA 2M2TA 5CHGA 5DB6A 2DPIA 1BPYA 3PX6A 3OJSA 4P2HA 1SKWA 4J9KA 5KFKA 2VA2A 4JV0A 2DRAA 4KLDA 2DR5A 3PW0A 7ICSA 4YVZA 1UETA 1NK8A 1Z3EB 4E7XA 5KFUA 4RNOA 5KT2A 4QWDA 3M8SA 4O3OA 3EZ5A 5KG6A 5HMLA 2ZUBA 8ICIA 4YG2A 2XY7A 4RWOA 3JPQA 2NRVA 4TQSA 1ZQTA 4KN7A 5KFFA 1KRPA 7ICUA 4E0DA 5KT7A 4DEZA 4DFJA 4RNMA 5HHHA 2H5XA 4AT9B 4EZ6A 3RB0A 2HHTA 2XGQA 5IIIA 2BDPA 1VJ7A 3AQMA 1WCNA 3B0XA 5L1LA 4ECTA 1DK3A 4DS5A 2BCUA 4DL3A 3HJ1A 5IIKA 2PFQA 5KFQA 2W9CB 3FDSA 4F5RA 1KFTA 3JPRA 3MR3A 1N56A 4C8OA 2BKEA 1A76A 1F5AA 4PGYA 3BDPA 5KFZA 5KT4A 1T3NA 1R8BA 5KFNA 4ELVA 5EWEA 4UB3A 3C5GA 3RBEA 1RZTA 4LZGA 2NRXA 4QZEA 4F92B 5F9LA 3QZ8A 5L1IA 5HRLA 4FH3A 1B22A 5KG1A 2UVUA 1XS9D 3WFOA 2MUTB 4QZAA 3OSNA 5IIOA 2ASDA 3JPSA 2W9AA 2ZH2A 4YQWA 1NKEA 5CP2A 1X9WA 2FMPA 3RJKA 2JZBB 4O3PA 3OUYA 5J0OA 5J2BA 4X4SA 4DO9A 4I2EA 5TZVA 1RXVA 7ICRA 2O5AA 5BPCA 3QZ7A 4DL7A 4DQIA 4QZIA 3ISDA 4IRDA 4EEYA 4I2CA 4EYHB 5DB9A 4B9UA 2ISOA 2HHWA 4F2RA 8ICOA 8ICAA 2DR7A 3WFRE 4X4RA 3BQ1A 1S0VA 3ORYA 4O5KA 3E2EA 9ICTA 4WC4A 1TAUA 3PO4A 5KFJA 4RNNA 7ICGA 4X4QA 4RQ4A 4B9MA 5D49A 4TQRA 1K1SA 4KLHA 4YMMA 3M9NB 1NK9A 3OGUA 3M9OB 2KTQA 2ZH3A 4X4UA 4DL6A 9ICWA 5D4BA 5KG2A 4ED0A 3TFSA 4YXMA 1X9MA 4J9RA 4I29A 8ICQA 3WFSC 4I28A 2XY6A 4X4OA 3C1YA 3KHHA 3JPNA 5IIJA 4PHAA 3TI0A 4F4KA 1IM4A 9ICQA 5F2VO 3SV4A 4FHYA 2XC9A 3C66A 2FMSA 5J2HA 4KLQA 1ZQSA 1ZQBA 2HHXA 8ICPA 4RPYA 3WFQE 4UAZA 4WC1A 4J9NA 1XSNA 4DFPA 1SL0A 8ICUA 1TAQA 2F1JA 5KFPA 1JMSA 5KFVA 1ZQWA 4R66A 4F4ZA 1L3SA 1KDHA 2R8GA 4MF2A 4O5EA 1AROP 5DB8A 4WC7A 1L3UA 5DQIA 4QW8A 2FPMA 3LQCB 4YD2A 4F5NA 4DQQA 1NK7A 5DG9A 2ZTEA 2ZUDA 2HHQA 5CR0A 2HHSA 4KLIA 4F5PA 8ICEA 7ICLA 4O0IA 3MFHA 3UXNA 3ZDBA 3QEBZ 1NJWA 4BWJA 1T8EA 1SKSA 1T4GA 4GLXA 3WFPA 4KLGA 4P4MA 2RDJA 3EYZA 1V9PA 4DWIA 4J9LA 1C7YA 4ED8A 1NK6A 1ZQJA 2OWOA 3V6KA 1S97A 2O1PA 3UXOA 2NRTA 4P4OA 4QWBA 3H8JA 3RJIA 2BR0A 7ICVA 2AQ0A 3Q8PB 1EXNA 1B43A 1TFRA 4PHEA 3PW4A 2W9BA 3RJGA 3IHQB 3IM1A 3ISCA 4G3IA 1Z00A 2ZHBA 4MFFA 2ZH8A 4PGXA 2GWSA 4DLGA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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9ICSA

Total Genus

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Chain Sequence

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