The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
180
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sequence length |
658
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structure length |
657
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Chain Sequence |
SAAPARPAHPLDPLSTAEIKAATNTVKSYFAGKKISFNTVTLREPARKAYIQWKEQGGPLPPRLAYYVILEAGKPGVKEGLVDLASLSVIETRALETVQPILTVEDLCSTEEVIRNDPAVIEQCVLSGIPANEMHKVYCDPWTIGYDERWGTGKRLQQALVYYRSDEDDSQYSHPLDFCPIVDTEEKKVIFIDIPNRRRKVSKHKHANFYPKHMIEKVGAMRPEAPPINVTQPEGVSFKMTGNVMEWSNFKFHIGFNYREGIVLSDVSYNDHGNVRPIFHRISLSEMIVPYGSPEFPHQRKHALDIGEYGAGYMTNPLSLGCDCKGVIHYLDAHFSDRAGDPITVKNAVCIHEEDDGLLFKHSDFRDNFATSLVTRATKLVVSQIFTAANEYCLYWVFMQDGAIRLDIRLTGILNTYILGDDEEAGPWGTRVYPNVNAHNHQHLFSLRIDPRIDGDGNSAAACDAKSSPYPLGSPENMYGNAFYSEKTTFKTVKDSLTNYESATGRSWDIFNPNKVNPYSGKPPSYKLVSTQCPPLLAKEGSLVAKRAPWASHSVNVVPYKDNRLYPSGDHVPQWSGDGVRGMREWIGDGSENIDNTDILFFHTFGITHFPAPEDFPLMPAEPITLMLRPRHFFTENPGLDIQPSYAMTTSEAKRAV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural evidence for the semiquinone in a copper amine oxidase from Hansenula polymorpha: implications for the catalytic mechanism
rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Ogataea angusta
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| molecule keywords |
Peroxisomal primary amine oxidase
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| total genus |
180
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| structure length |
657
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| sequence length |
658
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
1.4.3.21: Primary-amine oxidase. |
| pdb deposition date | 2013-04-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01179 | Cu_amine_oxid | Copper amine oxidase, enzyme domain |
| A | PF02727 | Cu_amine_oxidN2 | Copper amine oxidase, N2 domain |
| A | PF02728 | Cu_amine_oxidN3 | Copper amine oxidase, N3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Copper amine oxidase, catalytic domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W7C A; 1D6Z A; 1OAC A; 2GU3 A; 1QAK A; 1AVK A; 1W2Z A; 1QAL A; 3X3Z A; 2CFL A; 3ALA A; 1TU5 A; 2BT3 A; 1A2V A; 2Y74 A; 2K0M A; 3X42 A; 2CFD A; 3LOY A; 1DYU A; 3MPH A; 1RJO A; 3AMO A; 1W5Z A; 1IQX A; 2CG0 A; 1W6G A; 2W0Q A; 3WA3 A; 3N9H A; 2OOV C; 3SX1 A; 1WMP A; 2CWU A; 2IA7 A; 3NQY A; 3T0U A; 2C11 A; 2Y73 A; 4BTY A; 1JRQ A; 3HI7 A; 2YX9 A; 3PGB A; 1LVN A; 2WOF A; 4KFF A; 1AVL A; 3HII A; 1IVV A; 2WOH A; 1PU4 A; 1SII A; 3NQZ A; 3KII A; 2WGQ A; 3HIG A; 4BTW A; 1IU7 A; 4KFD A; 2D1W A; 2E2U A; 1D6Y A; 4BTX A; 2OQE A; 3NBB A; 1W6C A; 2CFW A; 3AMO B; 2CFK A; 1AV4 A; 3X3Y A; 4EV5 A; 3SXX A; 1IVU A; 3K5T A; 1W4N A; 3KN4 A; 3X41 A; 1UI7 A; 2OOV A; 2E2T A; 2CG1 A; 1UI8 A; 1IQY A; 3X40 A; 3X3X A; 2CFG A; 4EXR A; 1D6U A; 1N9E A; 2ZL8 A; 1IVX A; 4KFE A; 5IW9 A; 1EKM A; 1QAF A; 2PNC A; 2WO0 A; 1SIH A; 4EV2 A; 3WA2 X; 1RKY A; 2OQE C; 1SPU A; 2C10 A; 2CWT A; 3NBJ A; 1US1 A; 1WMO A; 2E2V A; 1WMN A; 1KSI A; 1IVW A; 2CWV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4X2H A; 1W7C A; 4AQ0 A; 3WMD A; 1D6Z A; 2XSO B; 2F1B A; 5JPP A; 3D4A A; 3NUV A; 1MMX A; 4HM1 B; 3NJV A; 3U1W A; 1C7H A; 4L7K A; 1N7O A; 1TU5 A; 3IAQ A; 3KSE D; 3G6E 3; 1LOW A; 2IUJ A; 1IV7 A; 3U97 A; 1RJO A; 1Q9E A; 1PX3 A; 4GSP A; 1JYW A; 3LTB A; 1IT7 A; 1BSC A; 3F7S A; 4BTY A; 2ZXQ A; 1HN0 A; 1JN5 A; 4WYK A; 1KC8 4; 2ML6 A; 2RSX A; 3TDG A; 2Z76 A; 2AAE A; 3W7U A; 2CX1 A; 1GD3 A; 1JZD A; 1T2H A; 2E2U A; 4FNS A; 3QG0 A; 1I3F A; 2OQE A; 1YIJ 3; 3X3Y A; 2XGN A; 2XN2 A; 3QFZ A; 5E1Q A; 1W00 A; 4X2O A; 8RNT A; 2CG1 A; 1VQK 3; 3CXC 2; 1UUV B; 3SOA A; 1D6U A; 1TQS A; 1MMY A; 1FUW A; 1JKG B; 1JZ8 A; 1HYF A; 3I3D A; 1GSP A; 1QAF A; 2K3D A; 3A24 A; 1UUG B; 3E1F 1; 1EEJ A; 3S4C A; 1SPU A; 3F7X A; 1O7D D; 4FCZ A; 2WGO A; 1JJ2 2; 5AI1 A; 1FGO A; 2QGU A; 1HMW A; 4WFO A; 1HU9 A; 3MG1 A; 1N8Q A; 1BRK A; 1QX1 A; 4FMD A; 3WDG B; 1RNT A; 1ZX2 A; 3W7X A; 1NS0 A; 3D79 A; 3SX1 A; 3GZY B; 1BSE A; 2FNQ A; 1N7N A; 3WOD G; 4FNP A; 1YJN 3; 1ULJ B; 1EQK A; 2L4V A; 1BUJ A; 1JKG A; 1UCK A; 2XRX B; 2WZS A; 2HMM B; 1NSR A; 1TQV A; 2WDA A; 1BU4 A; 4OK2 A; 4XBY A; 3OWY A; 4BTX A; 2CFW A; 1AV4 A; 1F9G A; 3GRD A; 4BZE A; 1IVU A; 2H0G A; 2OOV A; 4IPB A; 3EJQ A; 1SNZ A; 1OJO A; 2BMR B; 1VQP 3; 1HXK A; 1N9E A; 4DUV A; 2CX0 A; 3JUP A; 1EKM A; 2F86 B; 1SIH A; 3SLU A; 3UJM A; 1JOV A; 3SVA A; 2WW3 A; 3FF0 A; 1R33 A; 3RRS A; 2F5W A; 4KZ1 A; 1F1S A; 3LTD A; 1OUN A; 1DMQ A; 1RW9 A; 5FW5 A; 3MWZ A; 3PCR A; 3L0R A; 1O7P B; 1OAC A; 3UL5 A; 1VQL 3; 4RNL A; 5CK6 A; 1W3Y A; 2WW2 A; 1RRL A; 3PYJ A; 1IV9 A; 2D73 A; 4FMC A; 3BUP A; 4EC6 A; 2WOF A; 1S72 3; 1RRH A; 1KQS 2; 3HII A; 2B24 B; 1V74 A; 2F7P A; 3S4B A; 3IMA B; 3CPW 2; 3CCE 3; 2OWP A; 1D6Y A; 1I8Q A; 3DGO A; 1GY7 A; 1L7K A; 2O3O A; 1I2G A; 5TGN A; 3F14 A; 1JZ6 A; 3DY5 A; 3BLC A; 1STF I; 1A90 A; 3GZB A; 3ECF A; 1W6Y A; 4AKZ A; 4H3U A; 4BIR A; 2YFN A; 2ZL8 A; 4K3A A; 3EJV A; 3CCJ 3; 1QVF 2; 3VD3 A; 1U8C B; 3K25 A; 3RDE A; 2STD A; 2Q1F A; 3LML A; 1C54 A; 4WHA A; 2Z6B A; 2YFL B; 4HOH A; 4XBT A; 8CHO A; 1BAO A; 3NBR A; 1RWH A; 3GSP A; 1N9J A; 3GWR A; 1GY6 A; 2F7R A; 5AIF A; 5KP4 A; 3G4S 3; 4HM4 B; 4LMI A; 3CCQ 3; 1TQU A; 1RCL A; 3A76 A; 3VDC A; 2OOV C; 3CCV 3; 3DX4 A; 3NQY A; 5AEW B; 1RLS A; 4EYC A; 1JRQ A; 2UUG C; 1RN1 A; 1LVN A; 2X03 A; 3FG3 A; 1V7W A; 1SII A; 4H61 A; 1Z1S A; 4HBR A; 4NPB A; 4IIA A; 3DX1 A; 1VQ4 3; 3DEC A; 3DZL A; 1B2S A; 1BNI A; 1TIJ A; 1K1X A; 3VDB A; 1AQZ A; 2OW6 A; 1X1H A; 2CIQ A; 4J5G A; 3AMO B; 1I8V A; 4J8T A; 2P09 A; 3EF8 A; 2LYX A; 3D4Y A; 3D51 A; 1N7Q A; 1X1U A; 1A2K A; 3W7W A; 2FXT A; 1YI2 3; 2WO0 A; 3SED A; 3WA2 X; 1M9G A; 3WVF A; 3FZW A; 1QVG 2; 3T2O A; 5IG3 A; 1K73 4; 3WHO A; 1PYL A; 3B4P A; 3VF1 A; 1E97 A; 1YHQ 3; 1RGA A; 1UG9 A; 4EW5 A; 7STD A; 4N6V 0; 2KF6 A; 3FGY A; 1DVC A; 1A67 A; 1ISK A; 2Y74 A; 1E3R A; 3MYT A; 3T8U A; 2RNT A; 3KFQ C; 3AMO A; 3EHC A; 2W0Q A; 3JUO A; 2CIU A; 1PFP A; 2P0M A; 4J9A A; 3AHW A; 3BGA A; 1OGZ A; 1BSA A; 2XN0 A; 3PXM A; 1JZ2 A; 5IG4 A; 2RGQ A; 3JUM A; 2H0H A; 3JVC A; 2XN1 A; 1PX4 A; 3K9M C; 5AYR B; 1WQL B; 2F4Y A; 1YJW 3; 1NB5 I; 4RBN A; 5IG5 A; 2CFK A; 3BVV A; 3WIR A; 2GBW B; 1KWI A; 1OH0 A; 1DE3 A; 2WYI A; 2YFJ B; 4N3V A; 3D3I A; 3LXU X; 4DKI A; 4RZM A; 1NSS A; 2F99 A; 3X40 A; 4EXR A; 3EJT A; 7RNT A; 1IK3 A; 1AR0 A; 5BXQ A; 3CC4 3; 3DGY A; 3MKI A; 1B21 A; 4QWT A; 1WMO A; 1CYV A; 5IF6 A; 1KSI A; 5M19 A; 4FNT A; 3DX2 A; 4J5K A; 1NS2 A; 3QK9 A; 2K54 A; 3EBY A; 4N6T A; 1W2Z A; 1RGH A; 1TTO A; 3T2Q A; 3M8C A; 4N6U A; 3FSD A; 4KT3 B; 3CME 3; 2CFD A; 4Q53 A; 1VQN 3; 2HMJ B; 3LT9 A; 1EA2 A; 1OJM A; 1HZ1 A; 4OUQ A; 3DYM A; 3LYG A; 2EAE A; 4BZG A; 1AVL A; 4N6O B; 1MWS A; 1LOH A; 2HMN B; 3OV4 A; 1DET A; 2HMK B; 1YNV X; 2C4B A; 4XM4 A; 3HIG A; 3LVT A; 3I3E A; 2WYH A; 2CQT A; 2QA4 3; 2FUQ A; 4RNT A; 2F56 A; 1LXM A; 2IUK A; 1LF9 A; 3OX9 A; 1UI8 A; 5JBS A; 2F5M A; 3EX9 A; 1OJP A; 3BUB A; 1I0V A; 3I3B A; 1JZ5 A; 3DGL A; 1LXE A; 1TP6 A; 3DX0 A; 4EV2 A; 2H0I A; 4R4K A; 1Z45 A; 3D50 A; 3JUN A; 1U5O A; 3VDA A; 1I2E A; 5A1A A; 2W03 A; 3BNE A; 1GY5 A; 2ZQ0 A; 1W2B 2; 3FG1 A; 1GMQ A; 1VQ8 3; 3K7C A; 1SQW A; 1BNE A; 1Q7H A; 1QAK A; 2R4I A; 1V58 A; 3D5I A; 1RGL A; 2BNG A; 1SAR A; 3EJP A; 1GS3 A; 2KF5 A; 1BRS A; 3BVX A; 6RNT A; 5EEO A; 5KP3 A; 1IQX A; 1FGT A; 2IY2 A; 3EN8 A; 1J0M A; 2Z7A A; 1WMP A; 1HM3 A; 4UFC A; 3EJR A; 1R4C A; 2HOH A; 3GAX A; 1O7W B; 4HZB B; 4NEI A; 2HTB A; 2BRV X; 2WOH A; 4CPK A; 1LQG C; 4G1M B; 3UL6 A; 3ROB A; 3CZJ A; 2CC3 A; 3MHE A; 3S5C A; 4STD A; 1UW1 A; 1AY7 A; 2D1W A; 3H3H A; 1RNB A; 1RWF A; 2W9Q A; 2QIY A; 1UDI I; 6STD A; 2RBI A; 1BOX A; 3VD9 A; 3Q3F A; 3WIQ A; 3T0B A; 2SAR A; 2UGI A; 4HM8 B; 2GEY A; 2B1X B; 1UUW B; 2FYV A; 1BRJ A; 4MMX B; 2MF7 A; 1TRQ A; 3BNC A; 3BNB A; 4AKY A; 3Q90 A; 4LSO A; 1X1I A; 1O7H B; 2F7O A; 1RGE A; 3KE7 A; 1BRN L; 1NDO B; 3MUZ 1; 1T2I A; 2BHM A; 1MMU A; 3KSP A; 1GYB A; 3CU3 A; 3BVU A; 1UCI A; 1NS8 A; 5CF1 A; 4OK0 A; 3RGR A; 2GU3 A; 3EN1 B; 2KXG A; 3FG4 A; 3HX8 A; 3WOE B; 1DVD A; 1A2V A; 5IEO A; 3DX3 A; 4HM3 B; 2WVX B; 1VQQ A; 1J0N A; 4BZH A; 3WA3 A; 4HKV B; 5AIG A; 3CCS 3; 4K1V A; 1PY3 A; 4EBG A; 1BSB A; 3FF2 A; 3S29 A; 1O7N B; 1L7J A; 2RCD A; 3MSO A; 1I3I A; 1IVV A; 1OJN A; 1PU4 A; 1JYX A; 1WTH A; 7GSP A; 1VQM 3; 1RN7 A; 3PZW A; 4R9L A; 2WVZ A; 2OCT A; 4HM7 B; 3ER7 A; 4J5T A; 3K5T A; 2BMQ B; 2O9U X; 3SYU A; 1FW7 A; 5IEP A; 1JB5 A; 4KTP A; 4BZF A; 1NSV A; 1OPY A; 4NRE A; 4HVN A; 2ML5 A; 5ELU A; 2WVX A; 3VGN A; 2LQV A; 3NBJ A; 1K41 A; 4HYZ A; 2BU4 A; 3J7Y d; 1B2X A; 1NSM A; 2CWV A; 1O7M B; 4K61 A; 1VQO 3; 2Z77 A; 3W7T A; 3EBT A; 3X3Z A; 2K0M A; 3X42 A; 3LOY A; 1RWA A; 3Q1N A; 1SJW A; 3H51 A; 2ALW A; 4OK4 A; 2BIR A; 5A0O B; 4GL6 A; 3OW2 2; 2EAD A; 3I56 3; 3NJX A; 4MEI A; 1JB2 A; 3QRD A; 3S27 A; 4CDL A; 1LQM B; 4HM0 B; 4CCV A; 1BGS A; 1DP0 A; 3F9S A; 4O2H A; 1RMS A; 1VQ5 3; 3NM2 A; 3CMA 3; 3SEP A; 1YVB I; 2XSG A; 5AEU B; 4ILF A; 2INX A; 4EV5 A; 1BVI A; 3G16 A; 3EJS A; 3KKG A; 4KVH A; 3VSN A; 2W04 A; 3BVW A; 1LNI A; 2GBX B; 3AFJ A; 3B4O A; 5LC7 A; 1SO0 A; 3X3X A; 1Q7Y 4; 3NV0 B; 4MMZ B; 4R1K A; 5IW9 A; 3ZFZ A; 5CA3 A; 3CCL 3; 1JZ7 A; 1B3S A; 1US1 A; 2BRW A; 3E80 A; 3VD7 A; 3CV5 A; 1CYU A; 2KCD A; 3G71 3; 1NJI 4; 1RWG A; 2JDI H; 1BNG A; 1N7P A; 3URP A; 3BLZ A; 1RHL A; 1K1Y A; 5CXO A; 1NU3 A; 1MWT A; 2V1L A; 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