The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
KSPEELKGIFEKYAAKEGDPNQLSKEELKLLLQTEFPSLLKGPSTLDELFEELDKNGDGEVSFEEFQVLVKKISQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the negative allostery between Ca(2+)- and Mg(2+)-binding in the intracellular Ca(2+)-receptor calbindin D9k.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN, INTESTINAL
|
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Bos taurus
|
| total genus |
24
|
| structure length |
75
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| sequence length |
75
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
| A | PF01023 | S_100 | S-100/ICaBP type calcium binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NX2 A; 2LM5 A; 4GGN A; 3CGA A; 2VRG A; 4AQI A; 1KWO C; 1JF0 A; 2MRD A; 3JTD B; 1L2O B; 3OP0 A; 3FWC A; 2LUX A; 3DF0 A; 4QJ3 B; 1QX5 B; 2LMT A; 1XFY O; 4YI8 A; 1TN4 A; 2ZN8 A; 1B7T Y; 1YVL A; 2LUC A; 1F8H A; 2MHH A; 1S36 A; 1CM4 A; 1PRW A; 4HRH A; 1K2H A; 4PAL A; 2L2E A; 1CNP A; 3BUX B; 3VRP A; 2PRU A; 4M2Q A; 3BUN B; 3SG7 A; 1SL9 A; 1J7P A; 4P5O E; 1GQM A; 1FW4 A; 1XVJ A; 1U5I B; 1ZUZ A; 2K7O A; 1F70 A; 1KCY A; 1B47 A; 1YTZ C; 1MF8 B; 4XJK A; 5GQQ C; 2M7L A; 1YUT A; 3A4U B; 2O5G A; 2LLS A; 5CPV A; 1K9K A; 4GGF C; 1G33 A; 1KQM C; 1K93 D; 1KFU L; 2KGB C; 4AOM A; 2HQW A; 2K8M B; 3M0W A; 1JWD A; 1M31 A; 2KBM A; 4QJ5 B; 1J1E A; 2AMI A; 1AUI B; 1IRJ A; 1HQV A; 2LC5 A; 1SL7 A; 2TN4 A; 4GAO A; 4YRU A; 1DF0 A; 3CR5 X; 1DF0 B; 4A4B A; 2JT0 A; 1SCV A; 3EK4 A; 5G08 A; 5I2Q A; 2L51 A; 4NQG A; 4CPV A; 4OVN F; 2PSR A; 1F71 A; 2JT8 A; 3PLF B; 2K61 A; 2BL0 B; 1XFU O; 5AER A; 4PHN A; 1G4Y R; 2CT9 A; 1WDC C; 2WCE A; 3JVT B; 3PN7 C; 1XFZ O; 4YGE B; 1CLB A; 4MLW A; 5DKR A; 3FIA A; 1LA3 A; 3CR4 X; 4ORB B; 3AKA A; 1QV1 A; 4DCK A; 3BQ3 A; 4HRE E; 5KTY A; 1TNX A; 2QPT A; 4CFR A; 3FS7 A; 4BY4 A; 1S5G Z; 3VRQ A; 1JSA A; 4CID A; 1KSO A; 1N2D A; 2BBN A; 3F45 A; 3OHM B; 1N65 A; 1TTX A; 1G8I A; 3NSK A; 4I5K A; 1KFX S; 1MUX A; 1ZMZ A; 1BOD A; 5BPJ A; 2MA2 A; 3QRX A; 4PE0 A; 5KSZ A; 4PDZ A; 1QXP A; 3OB1 B; 2EC6 B; 3EK7 A; 1QLS A; 5CSJ A; 4CLN A; 5IBW A; 2KOT A; 2I2R E; 2JQ6 A; 2KI4 C; 3DD4 A; 5CSI A; 2LLU A; 1Y0V H; 1MXL C; 1S6I A; 1V1G A; 2L4H A; 3I5F C; 3LLE A; 2KI6 C; 2PAL A; 3EVV A; 2JZI A; 2BKH B; 4C0L A; 1AP4 A; 2PAS A; 3TDI A; 1SNL A; 2V53 A; 1BOC A; 1R2U A; 2KFG A; 1CLM A; 3DVJ A; 5ER4 X; 1DJI A; 2JWW A; 4NDC A; 1RWY A; 4I5L B; 3EKJ A; 1YR5 A; 2K0J A; 3MSE B; 2E30 A; 2EHB A; 4XYN A; 1BR1 B; 3VRR A; 2NXQ A; 1SR6 C; 2K7D A; 2KAV A; 1S3P A; 3BUM B; 4ZCV A; 2BEC A; 2KQY A; 2K2F A; 2KQ6 A; 1AJ5 A; 1N0Y A; 5HLO A; 4YI9 A; 1FI5 A; 3AKB A; 1CFC A; 2LVI A; 4ETO A; 1SCM C; 1IKU A; 1HT9 A; 2L98 A; 3TDU A; 1LIN A; 3LK0 A; 4P2Y B; 1A03 A; 1KQV A; 2K7C A; 1DJH A; 2ZN9 A; 2Y1M A; 1FBV A; 2JUL A; 1CFP A; 1QJT A; 1QIW A; 1SW8 A; 1B9A A; 1SL8 A; 2EGD A; 1CMF A; 1NPQ A; 2JRF A; 1SPY A; 3WHT B; 3TZ1 A; 2BBM A; 2KYC A; 2SAS A; 1B1G A; 1Y1X A; 4U8D A; 1NUB A; 1TNQ A; 1B7T Z; 1KWO B; 2JTZ A; 3RM1 A; 1IQ5 A; 2GV5 A; 2M49 B; 2LVJ A; 2M1U A; 2Y1N A; 2GGM A; 5JJG A; 1NWD A; 2F3Y A; 1R6P A; 1J7R A; 3FWB A; 4DS7 A; 1QX7 A; 1LA0 A; 2RGI A; 1JBA A; 2I94 A; 2BCA A; 2DOQ A; 1UUS A; 3DF0 B; 3NSL A; 2PVB A; 4OV2 A; 2WC8 A; 5F6T A; 1BU3 A; 4GFT A; 1DTL A; 1K9P A; 1NYA A; 1BG1 A; 4MZL A; 3GK4 X; 1PK0 D; 2KDH A; 4PCW A; 1QAT A; 3VRN A; 4MZK A; 3ZNI A; 1B8L A; 2JU0 A; 4USL A; 5DKN A; 1OMD A; 2SCP A; 1DGV A; 1NCY A; 4GNK B; 3TS5 C; 1CFD A; 3I5H C; 2ZKM X; 1WLM A; 2GGZ A; 3H4S E; 5D7F A; 1D1O A; 1CM1 A; 1KK7 Y; 2CTN A; 3PM8 A; 3D0Y A; 2KAX A; 5KU1 A; 4GGF A; 4XJK B; 1OZS A; 1KQM B; 1NCZ A; 3SJS A; 2G9B A; 1PVB A; 5HYD A; 2LNK A; 2KGR A; 4PHJ A; 2OPO A; 1QIV A; 2A4J A; 1IJ6 A; 4A4C A; 3AAK A; 2BCB A; 2BE6 A; 1J55 A; 1QX2 A; 4WRI A; 2Y4Q A; 1CMG A; 2F8P A; 2M0R A; 2JXC A; 4MZJ A; 1DT7 B; 1EH2 A; 1YVH A; 4DIR A; 2JNF A; 4MEW A; 2KNE A; 4C0K A; 1CLL A; 4L9M A; 4HSZ A; 2ISD A; 3KF9 A; 1K9U A; 1WDC B; 2JOJ A; 4YGA A; 3ZWH A; 1DMO A; 4PHM A; 4TNC A; 4WQ3 A; 2ZRS A; 1RRO A; 3DVM A; 1ZAC A; 3PN7 B; 4MRX A; 3I5I C; 3GK2 A; 1V1F A; 1A75 A; 3BYA A; 1EG3 A; 3OB2 B; 5D69 A; 2P6B B; 2Q91 A; 2D8N A; 2MBX A; 2HPS A; 3E3R A; 1FI6 A; 4OR9 B; 1UP5 A; 1NX3 A; 2ZND A; 4MN0 A; 1TNW A; 1K95 A; 2WCF A; 5AFP A; 1SK6 D; 3KO0 A; 2Y5I A; 3IF7 A; 2O60 A; 2QAC A; 2MLE C; 4MVF A; 2FOT A; 5I2L A; 2F3Z A; 3WXA A; 3VRO A; 1XYD A; 3VGO A; 3NXA A; 2E6W A; 1BMO A; 1RFJ A; 3TDZ A; 2KI4 B; 3GOF A; 4GUK A; 1MWN A; 2ZFD A; 3SG2 A; 1Y1U A; 3I5F B; 2KHN A; 2LAN A; 4CFQ A; 1IH0 A; 1S6J A; 1XFW O; 2MAZ A; 1DJX A; 4ORC B; 1XFV O; 1XFX O; 4MRY A; 3ICB A; 3O2P A; 1OMR A; 1RJV A; 2NCP A; 2HF5 A; 2M97 A; 3CZT X; 2OS8 C; 1SR6 B; 1Q80 A; 3K21 A; 2JNX A; 1WRZ A; 4JQ0 D; 2M3W A; 1B8R A; 2KFF A; 1A4P A; 2WCB A; 1YUR A; 4R1E A; 3RLZ A; 1DJG A; 4E68 A; 1OZO A; 1JFK A; 1QTX A; 3LK1 A; 1XK4 A; 2WND A; 5CSN A; 5PAL A; 2BCX A; 1DJW A; 1SCM B; 2ZNE A; 1XK4 C; 3CR2 A; 1UHH A; 1ODB A; 1H4B A; 1ALW A; 2LP2 A; 1VRK A; 3I5G C; 2F2P A; 4MSP A; 1F55 A; 2COL B; 2OTG C; 2JT3 A; 1BJF A; 2LLT A; 4F0Z B; 1CKK A; 1UWO A; 2I18 A; 1K90 D; 1MXE A; 3LCP C; 4DUQ A; 5HLV A; 1B8C A; 1QAS A; 4FTG A; 1C7V A; 4N1F A; 1S26 D; 1EL4 A; 4OKH A; 3TUY C; 1W7I B; 1TCF A; 1EXR A; 3IQQ A; 1BF5 A; 2HET A; 2H61 C; 1YUS A; 2L4I A; 1M39 A; 2KSP A; 3HX4 A; 1IWQ A; 3O78 A; 3O4Y A; 1TRF A; 1M45 A; 2FCD A; 2JC2 A; 1AHR A; 1KK8 C; 2AUC A; 1QVI Y; 1K8U A; 2KBI A; 1IQ3 A; 1IGV A; 1QS7 A; 3EK8 A; 1MHO A; 2M9G A; 1REC A; 1YRT B; 2FJU B; 3D10 A; 1KFU S; 1WLZ A; 3GK1 A; 1DJY A; 1KK7 Z; 1BLQ A; 3SIA A; 1UHI A; 5FYX A; 4N5X A; 2AAO A; 4M2P A; 4I5J A; 4DRW A; 3KHE A; 3O6B A; 3TS5 B; 2LHI A; 3I5H B; 1YX8 A; 3CLN A; 4YBH B; 5I2O A; 2FCE A; 1MR8 A; 4UPG A; 1TNP A; 4JPZ B; 2NCO A; 1H8B A; 1J7O A; 1Y6W A; 1PAL A; 2LVV A; 3SG4 A; 3D0Y B; 5DKQ A; 1IG5 A; 3JTD C; 1E8A A; 1L2O C; 1RTP 1; 1LXF C; 2I7A A; 4NDD A; 1YUU A; 1TCO B; 1CDP A; 1SRA A; 4ZCU A; 1AK8 A; 1SBJ A; 2PMY A; 5I8N A; 1L7Z A; 1ZOT B; 3SIB A; 1SMG A; 3PFV A; 4HRG A; 2CXJ A; 2MJW B; 4QJ4 B; 2L0P A; 2G2B A; 3EVR A; 2LMV A; 1S1E A; 1NP8 A; 3EKH A; 1CFF A; 3CS1 A; 1GGW A; 1U5I A; 1MQ1 A; 3A8R A; 1WRL A; 1AVS A; 1SKT A; 2L50 A; 1S6C A; 1UUR A; 1JFJ A; 2M29 A; 3I5I B; 2IS9 A; 1GGZ A; 5JOL A; 1WRK A; 5ER5 A; 1PSR A; 1LVC D; 2M8U A; 1A75 B; 3BXK A; 1JUO A; 2B1U A; 2HQ8 A; 1CDM A; 1DJZ A; 2JPT A; 3BUO B; 1BT6 A; 5HKW A; 4PE4 A; 2JTT A; 2JXL A; 2F2O A; 4D1E A; 2NZ0 A; 1CDL A; 5B8I B; 1DVI A; 4C0J A; 3WHU B; 1F4Q A; 2WOS A; 1JC2 A; 3DVE A; 1A2X A; 3SG6 A; 3CTN A; 2CCM A; 3NSO A; 3OX6 A; 2KI6 D; 2BL0 C; 2M1K B; 5TNC A; 1M46 A; 4YGC B; 1K96 A; 1FF1 A; 4FQO A; 3JVT C; 1ZFS A; 1DGU A; 1LKJ A; 2L5X B; 2WOR A; 3AAJ A; 1TIZ A; 1OE9 B; 1YX7 A; 4MBE A; 4PE7 A; 2OS8 B; 4WQ2 A; 4OCI A; 1J1D A; 1EG4 A; 1W7J B; 3DVK A; 4IL1 A; 4Q04 A; 5AAN A; 5K89 A; 1C07 A; 1XO5 A; 3KPX A; 1NSH A; 3BUW B; 2MLF C; 2LE9 B; 1XA5 A; 1F54 A; 1Y1A A; 1YRU B; 4GBA A; 4GPL B; 4AQJ A; 1OMV A; 3BOW A; 3C1V A; 3BOW B; 2H2K A; 4I5N B; 4PHK A; 3SG3 A; 2EC6 C; 1S5G Y; 3I5G B; 1NIW A; 1SY9 A; 1AJ4 A; 1SYM A; 2OTG B; 1CDN A; 2CBL A; 1F4O A; 1K94 A; 1EJ3 A; 1BR4 B; 2K7B A; 2LAP A; 3EVU A; 1OOJ A; 1RK9 A; 4BY5 A; 2LMU A; 2BE4 A; 1TOP A; 2LP3 A; 2BKI B; 1OQP A; 2LV7 A; 1QLK A; 5CSF A; 3TUY B; 2KYF A; 1UHJ A; 3NSI A; 2M7N A; 1KFX L; 1WY9 A; 1M63 B; 1UHK A; 2R2I A; 2K2A A; 5HKZ A; 2H61 A; 2F33 A; 1QVI Z; 5HKY A; 2KFH A; 5AEQ A; 2LHL A; 4YGD B; 4N1G A; 1J7Q A; 3IQO A; 2LVK A; 1OSA A; 3OX5 A; 1CB1 A; 3PAT A; 3WNX B; 4ICB A; 2NLN A; 3SG5 A; 4ORA B; 1C7W A; 2CNP A; 1NX1 A; 1KK8 B; 3CWG A; 1CTR A; 1A29 A; 3PAL A; 4JWQ A; 1ALV A; 5J3X A; 1NX0 A; 1GJY A; 1NCX A; 1X02 A; 1UHN A; 2ZRT A; 1IJ5 A; 1PSB A; 1PUL A; 1PVA A; 3HCM A; 1QV0 A; 3LL8 B; 4PE1 A; 1KSM A; 2KAY A; 5AXI A; 2LCP A; 3KEV A; 1JF2 A; 4YGB B; 1B4C A; 1FPW A; 2Q4U A; 3PSR A; 4NDB A; 4M2O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O4X A; 1NX2 A; 2LM5 A; 4GGN A; 3CGA A; 2VRG A; 4AQI A; 1KWO C; 1JF0 A; 2MRD A; 1C3Z A; 3L4L A; 3JTD B; 1L2O B; 3OP0 A; 3FWC A; 2LUX A; 3DF0 A; 4QJ3 B; 1IIO A; 1QX5 B; 2LMT A; 1XFY O; 4YI8 A; 1TN4 A; 3DXL A; 2ZN8 A; 1B7T Y; 1YVL A; 2WCL A; 2LUC A; 1F8H A; 2MHH A; 1S36 A; 1CM4 A; 1PRW A; 4HRH A; 3SS3 A; 2KLD A; 1K2H A; 4PAL A; 2L2E A; 1CNP A; 3D78 A; 3BUX B; 3VRP A; 2PRU A; 4M2Q A; 3BUN B; 3SG7 A; 1SL9 A; 3NGV A; 4P5O E; 1GQM A; 1J7P A; 3S0F A; 1FW4 A; 1W9Z A; 2JPO A; 1XVJ A; 1U5I B; 4INW A; 1ZUZ A; 2K7O A; 1F70 A; 5FI6 A; 1KCY A; 1B47 A; 1YTZ C; 1MF8 B; 4XJK A; 5GQQ C; 2M7L A; 1YUT A; 3A4U B; 2O5G A; 2LLS A; 5CPV A; 1K9K A; 4GGF C; 1G33 A; 1KQM C; 1K93 D; 1KFU L; 2KGB C; 4AOM A; 2HQW A; 2K8M B; 3M0W A; 1JWD A; 1M31 A; 1C3Y A; 2KBM A; 4QJ5 B; 1J1E A; 2AMI A; 1AUI B; 1IRJ A; 1HQV A; 3B88 A; 4KYN A; 2LC5 A; 1SL7 A; 2TN4 A; 4GAO A; 4YRU A; 1DF0 A; 3CR5 X; 1DF0 B; 4A4B A; 2JT0 A; 1SCV A; 3EK4 A; 5G08 A; 5I2Q A; 2L51 A; 4OZD A; 4NQG A; 4CPV A; 4OVN F; 2PSR A; 3BFH A; 1F71 A; 2JT8 A; 3PLF B; 2WCJ A; 2K61 A; 2BL0 B; 3CZ2 A; 1XFU O; 5AER A; 4PHN A; 1G4Y R; 2CT9 A; 1WDC C; 2WCE A; 3R72 A; 3CZ1 A; 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