The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
180
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structure length |
180
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Chain Sequence |
KNSKLKQDTIDRLTTDTYFTEKEIRQWHKGFLKDCPNGLLTEQGFIKIYKQFFPDGDPSKFASLVFRVFDENNDGAIEFEEFIRALSITSRGNLDEKLHWAFRLYDVDNDGYITREEMYNIVDAIYQMVGQQPQTEDENTPQKRVDKIFDQMDKNHDDRLTLEEFREGSKADPRMVQALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interference of the complex between NCS-1 and Ric8a with phenothiazines regulates synaptic function and is an approach for fragile X syndrome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
FREQUENIN 2
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| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| total genus |
70
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| structure length |
180
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| sequence length |
180
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
| A | PF13499 | EF-hand_7 | EF-hand domain pair |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5I2L A; 1B47 A; 1TN4 A; 1PSB A; 3ZNI A; 2Q4U A; 2QPT A; 4JQ0 D; 1MXL C; 3SG7 A; 1K93 D; 2L51 A; 2CTN A; 2KI6 C; 3WNX B; 1SW8 A; 1G33 A; 4IL1 A; 3NSI A; 3O2P A; 1B8R A; 3RM1 A; 2K7C A; 1GQM A; 4QJ3 B; 1Y6W A; 5F6T A; 5K89 A; 2M1U A; 4AQI A; 2H2K A; 4WRI A; 2M97 A; 1Q80 A; 4PHN A; 3K21 A; 1KK8 C; 2M0R A; 1NCX A; 1WRL A; 1CB1 A; 2ZRT A; 1SBJ A; 4PDZ A; 3VRR A; 1K95 A; 3BYA A; 3SJS A; 1S5G Z; 2LHI A; 2JTT A; 1XO5 A; 3DVJ A; 1S1E A; 4NQG A; 3EK4 A; 3LL8 B; 5KSZ A; 3JVT B; 2CBL A; 2OTG C; 2V53 A; 1K2H A; 1N65 A; 1K90 D; 1M31 A; 1NCZ A; 3AAK A; 1MWN A; 2O60 A; 1R6P A; 1R2U A; 3PAL A; 1XFU O; 3LCP C; 2KFG A; 1SR6 B; 1F4O A; 2BBN A; 1SCM B; 3VRO A; 5B8I B; 4C0K A; 2JT3 A; 1QLK A; 1DTL A; 1YRU B; 1CKK A; 4ORC B; 4USL A; 3I5I B; 2KOT A; 2LCP A; 4PE7 A; 2BKI B; 4WQ2 A; 5J3X A; 2CCM A; 1K9K A; 2L2E A; 3CGA A; 3NSL A; 3VRN A; 1B8C A; 2MA2 A; 5AAN A; 2E6W A; 3I5G C; 2WCB A; 2OS8 C; 3AKB A; 1XVJ A; 4GUK A; 1RWY A; 2M3W A; 3F45 A; 1QXP A; 1TNP A; 4D1E A; 2JXL A; 4N1G A; 3M0W A; 1OMR A; 2I7A A; 1ZOT B; 4MSP A; 2I94 A; 5ER4 X; 1S26 D; 5CSN A; 2LM5 A; 3NXA A; 2BL0 C; 1BMO A; 2KBI A; 1YX8 A; 3HX4 A; 1QV0 A; 3BOW B; 5G08 A; 1A2X A; 3IQQ A; 1WDC B; 1GGW A; 3EK7 A; 3SIA A; 1JF2 A; 1UHK A; 5HKZ A; 1BJF A; 1N2D A; 2E30 A; 2LVI A; 1DGV A; 2NCO A; 4N5X A; 5HYD A; 1QAS A; 4GBA A; 2MAZ A; 2MLE C; 1BU3 A; 2LMU A; 1MF8 B; 3IF7 A; 2K2F A; 2PSR A; 1TNX A; 2HQ8 A; 1YTZ C; 2KI4 C; 4ORB B; 2H61 C; 4C0J A; 1B8L A; 3I5F C; 1RTP 1; 1DJZ A; 1F55 A; 2LAP A; 5CSF A; 1QJT A; 2LAN A; 3QRX A; 1QV1 A; 2KFH A; 1PVA A; 1KSM A; 1KSO A; 4DUQ A; 1K9U A; 1KFX S; 1JC2 A; 2WCE A; 1KK8 B; 3LLE A; 1EL4 A; 4ZCV A; 1WRZ A; 2K7O A; 4CLN A; 1EH2 A; 3WXA A; 1EG4 A; 3OHM B; 3BUN B; 1S6I A; 4AQJ A; 2NLN A; 3SIB A; 2JWW A; 4PAL A; 1UUR A; 2DOQ A; 1G4Y R; 1NPQ A; 2KQ6 A; 2GGM A; 1YUU A; 2EC6 C; 3VRQ A; 1XA5 A; 3C1V A; 1J7P A; 1M46 A; 1LA3 A; 1Y1U A; 1IGV A; 2JRF A; 2KAY A; 2SCP A; 1XFY O; 4YGC B; 1DF0 A; 1OMV A; 2ZN9 A; 4XJK B; 2WOS A; 3KPX A; 1LA0 A; 2PRU A; 3VGO A; 4YGE B; 2ZFD A; 3DVK A; 1CM1 A; 1SNL A; 1FI5 A; 1KFU S; 1CMG A; 2H61 A; 1ZAC A; 2RGI A; 3BUX B; 1DJH A; 3JTD C; 2WCF A; 1A03 A; 4MZL A; 2WND A; 1J1D A; 2FCE A; 2Y4Q A; 3TUY C; 1K8U A; 3I5G B; 3CR2 A; 1IWQ A; 1TTX A; 2OS8 B; 3CWG A; 1Y1X A; 2VRG A; 1J1E A; 5DKR A; 2JQ6 A; 1CM4 A; 1DJX A; 2FCD A; 4MZK A; 4PHM A; 1Y1A A; 1KCY A; 4PCW A; 1B1G A; 2HET A; 1EJ3 A; 1OZO A; 2BL0 B; 4MRX A; 1W7J B; 2F2P A; 5DKN A; 1PAL A; 2JC2 A; 3DVE A; 1JFK A; 2ISD A; 4MVF A; 4WQ3 A; 4QJ4 B; 3PSR A; 1KQM C; 4DCK A; 1CDN A; 1SMG A; 3BXK A; 1V1G A; 1ZMZ A; 1MHO A; 3BOW A; 1SL9 A; 2L0P A; 1QVI Y; 4BY5 A; 2KI6 D; 1J7R A; 2KBM A; 1S6C A; 2KYF A; 1OSA A; 1DF0 B; 1JSA A; 1K9P A; 2LC5 A; 2ZNE A; 2I2R E; 1EXR A; 1PVB A; 4ORA B; 1GJY A; 5HKW A; 4JPZ B; 2LVV A; 4PE1 A; 1YUT A; 2K2A A; 3D10 A; 1DMO A; 2KI4 B; 2BKH B; 4MBE A; 1AJ5 A; 4GGF C; 1IRJ A; 3I5F B; 1C07 A; 3SG6 A; 2PMY A; 3OB2 B; 5IBW A; 1M45 A; 1J7O A; 3TS5 C; 4MRY A; 2CT9 A; 2LLT A; 2BEC A; 1JF0 A; 1CFF A; 1EG3 A; 1KK7 Y; 2OPO A; 2KHN A; 4ETO A; 3KEV A; 2NXQ A; 1IQ3 A; 1BLQ A; 3FWC A; 2LMT A; 1QLS A; 5DKQ A; 1L2O C; 1G8I A; 5CSJ A; 3CTN A; 4FQO A; 1UWO A; 1OMD A; 5PAL A; 1BR1 B; 1MXE A; 2IS9 A; 1AHR A; 2GGZ A; 1OOJ A; 1F70 A; 1CMF A; 1K96 A; 1S3P A; 2F8P A; 3CLN A; 2A4J A; 2EC6 B; 1DVI A; 1LXF C; 1B7T Y; 1XYD A; 2MJW B; 2Y1M A; 3EVU A; 4N1F A; 2Y5I A; 3FS7 A; 4YBH B; 5I2O A; 1QX2 A; 1RJV A; 4HSZ A; 1CLB A; 1TCO B; 3O6B A; 5HLV A; 4DIR A; 4YI9 A; 1C7V A; 1KFX L; 2HF5 A; 4QJ5 B; 2JPT A; 3A4U B; 4XJK A; 1OQP A; 2LE9 B; 2LLU A; 3EVV A; 2BCB A; 1A75 A; 1VRK A; 3TZ1 A; 3A8R A; 1KQV A; 1QAT A; 1CLM A; 2JZI A; 2BE6 A; 2LNK A; 4OVN F; 4GGF A; 1V1F A; 3JTD B; 4I5N B; 4Q04 A; 4E68 A; 1F8H A; 1XK4 C; 2L4H A; 5AXI A; 1M39 A; 2LP2 A; 1TOP A; 1WLM A; 2MBX A; 3TUY B; 2JT0 A; 5I8N A; 4PE4 A; 1PRW A; 4F0Z B; 3DD4 A; 1ZFS A; 1SK6 D; 3O4Y A; 1NX3 A; 1A29 A; 2CXJ A; 2JUL A; 4ICB A; 2HQW A; 4A4B A; 1JWD A; 2KYC A; 1NSH A; 3GK1 A; 2F2O A; 2LMV A; 1BT6 A; 1A4P A; 5CSI A; 4AOM A; 1DT7 B; 3PM8 A; 1LIN A; 1NX0 A; 4FTG A; 2K8M B; 3LK0 A; 1SRA A; 1SL8 A; 2B1U A; 3SG3 A; 1AJ4 A; 3AAJ A; 4MLW A; 3PFV A; 1KFU L; 1RFJ A; 1AUI B; 1KWO C; 3BUM B; 2M29 A; 2ZKM X; 1F71 A; 4YGD B; 1KQM B; 2KGR A; 1TNW A; 1JFJ A; 1NIW A; 1CLL A; 3BUW B; 1K94 A; 2M8U A; 4U8D A; 1UHI A; 1LVC D; 2LP3 A; 1ZUZ A; 1DJG A; 2P6B B; 2AMI A; 1CTR A; 3GK4 X; 4L9M A; 1YVL A; 1UUS A; 2LHL A; 2MRD A; 3PN7 B; 4C0L A; 1Y0V H; 1D1O A; 1UHH A; 1A75 B; 2M7N A; 1YVH A; 1F4Q A; 4UPG A; 2I18 A; 3ZWH A; 5CPV A; 3WHT B; 1GGZ A; 3IQO A; 3TS5 B; 2L50 A; 2AAO A; 3TDU A; 4PE0 A; 3OX6 A; 3ICB A; 1QS7 A; 2M49 B; 1TIZ A; 2BE4 A; 2PAL A; 5I2Q A; 1FF1 A; 2AUC A; 2LUX A; 3KHE A; 4OCI A; 4ZCU A; 2ZRS A; 1SCV A; 1L2O B; 3LK1 A; 1H4B A; 2KNE A; 1TRF A; 2D8N A; 3CS1 A; 5FYX A; 4M2Q A; 2JT8 A; 1QX5 B; 1NP8 A; 1U5I A; 2MLF C; 3MSE B; 4I5L B; 4OV2 A; 1CDM A; 3NSO A; 3WHU B; 1FBV A; 1IQ5 A; 1J7Q A; 1IJ6 A; 1BF5 A; 3EKH A; 3CZT X; 2KAV A; 1IJ5 A; 1S6J A; 3TDZ A; 2TN4 A; 2R2I A; 2MHH A; 3KF9 A; 1IH0 A; 3PLF B; 1BR4 B; 1NCY A; 2G9B A; 1L7Z A; 4M2P A; 4DRW A; 1YUR A; 2KSP A; 2O5G A; 5HLO A; 2K61 A; 2KDH A; 4MEW A; 2LVK A; 3AKA A; 2CNP A; 3PN7 C; 1M63 B; 1RK9 A; 4BY4 A; 2WC8 A; 1CFC A; 5D7F A; 1PUL A; 3HCM A; 4P2Y B; 2KFF A; 2FJU B; 5AEQ A; 3EKJ A; 4HRG A; 4HRH A; 1FPW A; 3O78 A; 1DGU A; 4YI8 A; 3DF0 B; 4GFT A; 1ODB A; 4NDB A; 3I5H C; 3TDI A; 4OKH A; 3KO0 A; 2L4I A; 2K7D A; 1BG1 A; 1SPY A; 5AFP A; 1U5I B; 2JNF A; 1QVI Z; 2FOT A; 4MZJ A; 3OP0 A; 1NX1 A; 2BCA A; 1PSR A; 1KWO B; 3SG4 A; 5JJG A; 1BOD A; 2L5X B; 4PHJ A; 1NWD A; 1DJI A; 4GPL B; 4OR9 B; 3D0Y A; 4JWQ A; 3RLZ A; 1CDP A; 4CPV A; 2GV5 A; 5KU1 A; 3VRP A; 1DJW A; 2F3Z A; 1LKJ A; 3FWB A; 1QTX A; 1UP5 A; 4TNC A; 5D69 A; 3E3R A; 1X02 A; 1OE9 B; 2BBM A; 1H8B A; 1CDL A; 2BCX A; 1FI6 A; 2KQY A; 5BPJ A; 2Y1N A; 2M7L A; 1F54 A; 1XFW O; 2ZND A; 1KK7 Z; 1YR5 A; 1IKU A; 1ALW A; 3OX5 A; 4R1E A; 3EK8 A; 2JNX A; 3FIA A; 5TNC A; 5KTY A; 4I5J A; 2G2B A; 2LUC A; 3OB1 B; 4HRE E; 2COL B; 2K7B A; 1N0Y A; 1JUO A; 4GAO A; 2SAS A; 4YGA A; 1CNP A; 1OZS A; 1ALV A; 1SKT A; 2WOR A; 1NUB A; 3DVM A; 4YRU A; 1CFD A; 4PHK A; 3JVT C; 2NZ0 A; 4NDC A; 1B7T Z; 4GNK B; 5GQQ C; 2EGD A; 3GOF A; 1WLZ A; 3GK2 A; 1YUS A; 1S36 A; 2ZN8 A; 2F3Y A; 4CID A; 4P5O E; 1B9A A; 3CR4 X; 1QIV A; 4DS7 A; 2LV7 A; 3EVR A; 3D0Y B; 4M2O A; 1SR6 C; 1AK8 A; 1SCM C; 1CFP A; 1NX2 A; 1MQ1 A; 1FW4 A; 1YX7 A; 1IG5 A; 1WY9 A; 4A4C A; 1MUX A; 2LVJ A; 1TCF A; 3H4S E; 3I5I C; 2KAX A; 4YGB B; 1PK0 D; 1HQV A; 5AER A; 3CR5 X; 5HKY A; 2JOJ A; 2M1K B; 3PAT A; 4CFQ A; 1SYM A; 1TNQ A; 1XFX O; 1QIW A; 1WRK A; 2EHB A; 1E8A A; 2LLS A; 3NSK A; 1W7I B; 1SY9 A; 2F33 A; 1AVS A; 2Q91 A; 1C7W A; 1YRT B; 2KGB C; 2L98 A; 2NCP A; 3SG2 A; 4MN0 A; 1MR8 A; 1AP4 A; 3SG5 A; 1XK4 A; 1SL7 A; 5JOL A; 3BUO B; 1BOC A; 2JXC A; 2K0J A; 2OTG B; 1DJY A; 1J55 A; 2M9G A; 1JBA A; 2QAC A; 3I5H B; 4I5K A; 1UHN A; 1XFZ O; 2PVB A; 4GGN A; 3DF0 A; 3BQ3 A; 2JTZ A; 1QX7 A; 1RRO A; 1UHJ A; 4NDD A; 5ER5 A; 2JU0 A; 2PAS A; 1B4C A; 1NYA A; 1HT9 A; 1REC A; 1S5G Y; 1XFV O; 1WDC C; 4XYN A; 4CFR A; 2HPS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5I2L A; 1B47 A; 1TN4 A; 1PSB A; 3ZNI A; 2Q4U A; 2QPT A; 3FE8 A; 4JQ0 D; 1MXL C; 2QDI A; 3SG7 A; 1K93 D; 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