The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
161
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structure length |
160
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Chain Sequence |
MDDIYKAAVEQLTEEQKNEFKAAFDIFVLGAEDGSISTKELGKVMRMLGQNPTPEELQEMIDEVDEDGSGTVDFDEFLVMMVRSMKDDSKGKSEEELSDLFRMFDKNADGYIDLDELKIMLQATGETITEDDIEELMKDGDKNNDGRIDYDELEFMKGVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Effects of Phe-to-Trp mutation and fluorotryptophan incorporation on the solution structure of cardiac troponin C, and analysis of its suitability as a potential probe for in situ NMR studies
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
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| total genus |
28
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| structure length |
160
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| sequence length |
161
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
| A | PF13499 | EF-hand_7 | EF-hand domain pair |
| A | PF13833 | EF-hand_8 | EF-hand domain pair |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K90 D; 1SMG A; 3SIA A; 3HX4 A; 5G08 A; 1QX7 A; 1W7J B; 4GPL B; 4N5X A; 1KK8 B; 1CFC A; 1EXR A; 1ALV A; 1DVI A; 1U5I A; 2GGZ A; 3BUN B; 1OSA A; 3NSK A; 1H4B A; 1DJX A; 1RRO A; 1MHO A; 3EKJ A; 4ICB A; 4DRW A; 5KU1 A; 2M3W A; 4JPZ B; 5J3X A; 4P5O E; 2PSR A; 2L4I A; 2COL B; 2M7L A; 4FQO A; 1QX5 B; 2OS8 B; 3JTD C; 1S6I A; 5HKW A; 2MLF C; 3O4Y A; 1QTX A; 1EJ3 A; 1KK7 Y; 3I5H B; 3KEV A; 5HKY A; 2EGD A; 2JTZ A; 2KSP A; 3I5F C; 2HET A; 4GBA A; 2FOT A; 4PHM A; 2M8U A; 1S6J A; 1LA3 A; 1JSA A; 1DF0 B; 1WDC C; 2B1U A; 4WRI A; 4A4B A; 3SG7 A; 3GK4 X; 4M2P A; 2CNP A; 1GGZ A; 1KSO A; 1EL4 A; 1OMR A; 3PAL A; 1IQ3 A; 1LIN A; 3VRP A; 2HF5 A; 2LLT A; 3CLN A; 1QXP A; 3CR2 A; 3TS5 C; 1A03 A; 1DJH A; 2JXL A; 1VRK A; 2K61 A; 3EKH A; 3DF0 B; 2AMI A; 3O2P A; 2LUX A; 3KHE A; 2LP2 A; 2KAV A; 1LA0 A; 1KK8 C; 1K2H A; 2PMY A; 2ZRT A; 1REC A; 3GK1 A; 1TCO B; 4MZK A; 4DCK A; 4YGD B; 3D10 A; 1QAS A; 3RLZ A; 4PE0 A; 4I5N B; 1UHI A; 5AXI A; 5AFP A; 2KQY A; 2KI6 D; 1FF1 A; 1QIW A; 3OX6 A; 3PSR A; 2OS8 C; 4OKH A; 1SBJ A; 5DKN A; 3WXA A; 1CMF A; 2NZ0 A; 2Q91 A; 3I5H C; 2ZNE A; 4YI8 A; 1TCF A; 1AJ5 A; 1S1E A; 3SG4 A; 1K95 A; 4GGN A; 2I18 A; 1RTP 1; 2IS9 A; 2PVB A; 1PRW A; 3KPX A; 3NSI A; 3O6B A; 2LP3 A; 1J7Q A; 4MLW A; 5AAN A; 3AKA A; 1YX8 A; 1B7T Z; 1YTZ C; 4OR9 B; 1MUX A; 1K9P A; 2K7D A; 5D7F A; 1AP4 A; 4ORB B; 1H8B A; 1KQV A; 1A75 B; 1PVA A; 1NCZ A; 1K93 D; 4USL A; 4UPG A; 3JVT B; 1KFU S; 2WND A; 1BOD A; 3LLE A; 2MAZ A; 1M46 A; 1K96 A; 1YVH A; 3C1V A; 1ZMZ A; 3KF9 A; 1FI5 A; 1UHN A; 1SNL A; 1DJG A; 5AER A; 2CXJ A; 3FWB A; 2JQ6 A; 4TNC A; 1DF0 A; 2F3Y A; 2KBI A; 2M7N A; 2V53 A; 2GGM A; 1DGU A; 1X02 A; 3LK0 A; 3WHU B; 2NLN A; 1EG4 A; 3TDI A; 2LVI A; 3PFV A; 3VRO A; 1JC2 A; 5F6T A; 1LXF C; 1ZOT B; 2F33 A; 2WC8 A; 2WOS A; 1M45 A; 3AAK A; 1Y0V H; 1SR6 B; 5FYX A; 1F55 A; 2ZFD A; 1N0Y A; 3DD4 A; 1HQV A; 2KOT A; 5K89 A; 2JXC A; 1MR8 A; 2JNX A; 3DF0 A; 3M0W A; 2L2E A; 2WCE A; 3PM8 A; 1QV1 A; 1IQ5 A; 1IWQ A; 1FBV A; 1BG1 A; 2ZRS A; 4IL1 A; 4BY4 A; 1F8H A; 1A29 A; 1C7W A; 2LLS A; 2K7O A; 2M1K B; 1B47 A; 2JUL A; 2M1U A; 1F71 A; 4GNK B; 4PHK A; 4YGC B; 3F45 A; 2KAY A; 1NP8 A; 2LLU A; 3VRQ A; 1CKK A; 1G33 A; 1ODB A; 3DVK A; 2BCA A; 1SL9 A; 3JVT C; 4NDC A; 5HLO A; 3RM1 A; 2F2P A; 1KK7 Z; 2KFG A; 2Q4U A; 1IH0 A; 2M49 B; 4YI9 A; 5HKZ A; 1NWD A; 1XYD A; 1YX7 A; 1OZO A; 1TNW A; 3OB1 B; 4PHN A; 1JWD A; 1UHH A; 1L2O B; 4M2Q A; 2ISD A; 2L4H A; 3OB2 B; 2K2A A; 4BY5 A; 1IGV A; 1SY9 A; 2JC2 A; 2KGB C; 4ORA B; 3GK2 A; 1BF5 A; 5CSF A; 2G9B A; 2LVK A; 1MF8 B; 1SR6 C; 1NCX A; 1YUS A; 1BR4 B; 2JT0 A; 1HT9 A; 1F70 A; 2HPS A; 2LMU A; 3D0Y B; 5HLV A; 1QV0 A; 3EK4 A; 1R2U A; 2BCB A; 1GQM A; 1PK0 D; 5AEQ A; 2H2K A; 2H61 C; 4GAO A; 3GOF A; 1BT6 A; 2E30 A; 3BXK A; 1L7Z A; 4D1E A; 1DGV A; 2CCM A; 4DUQ A; 1CMG A; 1G8I A; 1LVC D; 1PAL A; 5GQQ C; 1SK6 D; 4CFQ A; 2MJW B; 1QS7 A; 5JOL A; 1K94 A; 4PE7 A; 2LAN A; 1QAT A; 1R6P A; 2LHL A; 2QPT A; 4AQJ A; 1KFX L; 2O60 A; 4HRE E; 4AOM A; 2JRF A; 1OQP A; 2FCE A; 3SG3 A; 4C0L A; 1J7P A; 3BOW B; 3BUO B; 1S5G Z; 1SL7 A; 5CPV A; 4PAL A; 1J7O A; 1N65 A; 2LUC A; 1L2O C; 5I8N A; 1TOP A; 5CSI A; 5KTY A; 4PDZ A; 2KBM A; 1CLB A; 1OMD A; 2F8P A; 2KAX A; 1F4O A; 3CR4 X; 1CDL A; 1YRT B; 4WQ3 A; 3OX5 A; 2MHH A; 1TIZ A; 2D8N A; 2H61 A; 4MVF A; 2LNK A; 4QJ4 B; 1FW4 A; 1CLL A; 2AUC A; 2F3Z A; 2NCO A; 2ZN9 A; 2JT8 A; 1BLQ A; 1A2X A; 1XO5 A; 1DJI A; 3VGO A; 1UHK A; 2L98 A; 2BL0 B; 1FI6 A; 1KWO B; 2FCD A; 4ZCV A; 2KFH A; 2CTN A; 5HYD A; 1YUT A; 4GGF C; 4U8D A; 1DJZ A; 2ZN8 A; 2EC6 B; 3WHT B; 4CFR A; 1NX3 A; 4DIR A; 1XFW O; 1RK9 A; 5KSZ A; 1ZUZ A; 2JPT A; 2CBL A; 1A4P A; 3IQQ A; 1QJT A; 5D69 A; 3ZWH A; 1ALW A; 4YRU A; 4XYN A; 4JWQ A; 1J1E A; 1NX0 A; 1CDM A; 1Q80 A; 4MRY A; 2L5X B; 1ZFS A; 1PSR A; 4PCW A; 2KQ6 A; 1C07 A; 1SCM B; 2KI4 B; 3AAJ A; 4YBH B; 4XJK B; 1RJV A; 3DVM A; 1IJ5 A; 3CZT X; 1E8A A; 4HSZ A; 2AAO A; 3TDZ A; 3VRR A; 1QVI Z; 2CT9 A; 3SIB A; 2LVV A; 1NX1 A; 4MZL A; 5BPJ A; 4WQ2 A; 2WCB A; 1EG3 A; 1CLM A; 3BUX B; 3CTN A; 2BL0 C; 3ICB A; 2LVJ A; 1B8C A; 1SW8 A; 1KWO C; 1Y1X A; 2KGR A; 1YRU B; 3BOW A; 3E3R A; 3IQO A; 1DJY A; 1XK4 C; 2P6B B; 3KO0 A; 4CPV A; 1BJF A; 2M9G A; 3EVV A; 4N1F A; 4I5L B; 4PE4 A; 2EC6 C; 2F2O A; 2E6W A; 1OOJ A; 4MZJ A; 1BMO A; 1IG5 A; 4ZCU A; 1S3P A; 3WNX B; 3NXA A; 1XFY O; 2OPO A; 2NCP A; 1KFX S; 1W7I B; 2KNE A; 3BQ3 A; 4QJ3 B; 2BE6 A; 2Y4Q A; 1AK8 A; 1QLK A; 1SCM C; 1WRZ A; 3EK8 A; 1SRA A; 4MSP A; 5B8I B; 1JF0 A; 1YR5 A; 1WLM A; 2KI4 C; 1S6C A; 4CLN A; 4HRG A; 4PE1 A; 1B9A A; 3SG6 A; 1AUI B; 4QJ5 B; 3BUW B; 1NIW A; 3H4S E; 2SCP A; 1YUU A; 2KDH A; 4F0Z B; 3NSL A; 1XK4 A; 3SJS A; 2KYC A; 2M97 A; 1Y6W A; 1UP5 A; 2L0P A; 3O78 A; 4YGB B; 5DKQ A; 1YVL A; 4ETO A; 4NDB A; 2JU0 A; 2K2F A; 1S26 D; 2A4J A; 1B8L A; 3PAT A; 1JFJ A; 1A75 A; 4Q04 A; 1RFJ A; 1NCY A; 3BYA A; 4MEW A; 1DMO A; 1GJY A; 2I7A A; 1CDP A; 2LAP A; 1XFV O; 2BKH B; 1D1O A; 1K9K A; 1G4Y R; 1OZS A; 2PAL A; 1CFD A; 2FJU B; 4HRH A; 1CM1 A; 2KFF A; 3OP0 A; 4MN0 A; 4XJK A; 3NSO A; 3ZNI A; 4CID A; 1CFF A; 2OTG B; 1K9U A; 4JQ0 D; 2JNF A; 1LKJ A; 3MSE B; 2JT3 A; 4GFT A; 1UUR A; 2MBX A; 1C7V A; 1CDN A; 1B4C A; 1NPQ A; 1SL8 A; 1NUB A; 4OVN F; 2LHI A; 2HQ8 A; 2PRU A; 1ZAC A; 2R2I A; 1XFX O; 4AQI A; 4I5K A; 1B1G A; 3TZ1 A; 1PVB A; 3CGA A; 2K0J A; 3OHM B; 5ER5 A; 4MRX A; 2RGI A; 2JOJ A; 3LK1 A; 4YGA A; 2SAS A; 1KQM B; 1B8R A; 5I2L A; 1IKU A; 5DKR A; 1J1D A; 1WY9 A; 2ZND A; 2M0R A; 2MRD A; 1XFU O; 3EVR A; 4A4C A; 2BCX A; 3FWC A; 3PN7 B; 4ORC B; 4C0K A; 1AHR A; 1J55 A; 1YUR A; 4M2O A; 3TDU A; 5I2O A; 1JFK A; 2K7B A; 1Y1U A; 3DVE A; 3I5I B; 1DTL A; 1JUO A; 1AJ4 A; 1CNP A; 4C0J A; 2O5G A; 2OTG C; 1CB1 A; 1F54 A; 4I5J A; 2L50 A; 1RWY A; 2JTT A; 2KYF A; 1MXE A; 1AVS A; 2K8M B; 1QLS A; 1FPW A; 3LL8 B; 3EK7 A; 1JBA A; 5IBW A; 2MA2 A; 2BKI B; 2K7C A; 1PSB A; 2L51 A; 3I5G B; 2Y1M A; 2PAS A; 4OV2 A; 1S36 A; 2JWW A; 2KI6 C; 3K21 A; 2BBM A; 1WRK A; 3SG5 A; 1OE9 B; 2LM5 A; 3TUY B; 3D0Y A; 2EHB A; 1SPY A; 2LMV A; 1KSM A; 4OCI A; 3CS1 A; 2LCP A; 4L9M A; 3VRN A; 1BR1 B; 1S5G Y; 1KQM C; 5CSJ A; 1IJ6 A; 1U5I B; 2LMT A; 1M63 B; 3A8R A; 4GUK A; 2WOR A; 1QX2 A; 2GV5 A; 2KHN A; 1N2D A; 1J7R A; 2ZKM X; 4GGF A; 1NX2 A; 3CWG A; 3QRX A; 4DS7 A; 1SKT A; 2VRG A; 4NQG A; 1V1F A; 3DVJ A; 3PN7 C; 5JJG A; 1NYA A; 2NXQ A; 5I2Q A; 4PHJ A; 5ER4 X; 2HQW A; 1PUL A; 3I5I C; 3LCP C; 4MBE A; 3IF7 A; 1CFP A; 1JF2 A; 1SCV A; 1UHJ A; 1MQ1 A; 3CR5 X; 3A4U B; 1XFZ O; 1F4Q A; 2LC5 A; 4N1G A; 1CM4 A; 1TRF A; 1MWN A; 1M31 A; 2I2R E; 3HCM A; 2BE4 A; 1EH2 A; 1MXL C; 1TNP A; 3PLF B; 3I5G C; 1TNX A; 2TN4 A; 2LV7 A; 1DT7 B; 1B7T Y; 2G2B A; 3TUY C; 1KCY A; 2Y5I A; 3EVU A; 1BOC A; 2LE9 B; 2JZI A; 3SG2 A; 1TN4 A; 3JTD B; 1WLZ A; 1GGW A; 1BU3 A; 2DOQ A; 1XVJ A; 1IRJ A; 4P2Y B; 1V1G A; 3BUM B; 3FIA A; 3I5F B; 1CTR A; 2WCF A; 1TNQ A; 5CSN A; 1WDC B; 5PAL A; 2Y1N A; 1OMV A; 4E68 A; 1UUS A; 1Y1A A; 2M29 A; 4R1E A; 1WRL A; 2I94 A; 1DJW A; 1M39 A; 1QVI Y; 2BEC A; 2QAC A; 2MLE C; 1SYM A; 1QIV A; 2BBN A; 4NDD A; 4YGE B; 1UWO A; 1K8U A; 1KFU L; 3TS5 B; 4FTG A; 3FS7 A; 3AKB A; 1TTX A; 1NSH A; 1XA5 A; 5TNC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DEL A; 1K90 D; 5HL1 A; 1SMG A; 3IVT A; 3SIA A; 3HX4 A; 5G08 A; 1QX7 A; 1W7J B; 4GPL B; 3S0D A; 4N5X A; 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