The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
|
sequence length |
296
|
structure length |
295
|
Chain Sequence |
QPWKALDAEQALYVYKRCYEDHLPSGSDRKTYMTLWNAWRLEPNDAITHCYAKCVLTGLQIYDPQENAFKSDRIPVQYQAYKTITQSKQKEVTEYQKALAAANAKSGSCVDLYNAYLPVHNRFVNLSRQLYHGTVEGAAKIYAAMPEIKQKGESFHAYCEKRAWKGNKQSEWKNGRRYKLTGSPELKDAIDCIFRGLRYMDDTGLKVDEIVRDFNLINKSELEPEVRSVLASCKGSEAYDYYVCLVNSRLKQHFKNAFDFHELRSADYAYLLRKVYENPEKVKEEMKKLNTTVHF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The function and three-dimensional structure of a thromboxane a(2)/cysteinyl leukotriene-binding protein from the saliva of a mosquito vector of the malaria parasite.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D7 protein
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Anopheles stephensi
|
| total genus |
112
|
| structure length |
295
|
| sequence length |
296
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01395 | PBP_GOBP | PBP/GOBP family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | Pheromone/general odorant binding protein domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | Pheromone/general odorant binding protein domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3D78 A; 1XFR A; 3CYZ A; 3NHI A; 3DXL A; 4F7F A; 3B88 A; 3L47 A; 2WC6 A; 2WCL A; 3FE6 A; 3S0B A; 3CZ0 A; 3S0A A; 1DQE A; 1OW4 A; 3R1P A; 3S0E A; 3QME A; 3Q8I A; 1TWO A; 2WCK A; 3B7A A; 3K1E A; 2P70 A; 1C3Z A; 3NGV A; 3D73 A; 2FJY A; 1ORG A; 1OOI X; 3L4L A; 3S0G A; 1OOH A; 2PQL A; 3D74 A; 1TUJ A; 2WCH A; 2QEH A; 3VB1 A; 2WCJ A; 3V2L A; 2JPO A; 3N7H A; 3BFB A; 3L4A A; 2QEB A; 2WC5 A; 1T14 A; 5EL2 A; 1C3Y A; 1QWV A; 3FE8 A; 1GM0 A; 4OZD A; 3R72 A; 3NHT A; 2ERB A; 3B6X A; 4INX A; 2QEV A; 4INW A; 2QDI A; 2QEO A; 3OGN A; 3BFH A; 3PJI A; 4JD9 A; 3D77 A; 3S0F A; 5DIC A; 3R1V A; 2H8V A; 1OOF A; 3D75 A; 1OOG A; 1LS8 A; 3BJH A; 4FQT A; 3RZS A; 3S0D A; 1P28 A; 3DZT A; 3CAB A; 3B86 A; 2P71 A; 3CZ2 A; 3FE9 A; 4PT1 A; 3CZ1 A; 2GTE A; 3R1O A; 3BFA A; 2KPH A; 3DY9 A; 3DYE A; 3B87 A; 2L2C A; 3D76 A; 3CDN A; 2WCM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CLL A; 4PCW A; 1JC2 A; 3AAK A; 1JF0 A; 4MBE A; 3FS7 A; 4AQI A; 3I5F C; 4JPZ B; 3LK1 A; 2H2K A; 1CMF A; 4MVF A; 2BAP A; 2LVK A; 2CCM A; 3M0W A; 1CFF A; 5BPJ A; 1DF0 B; 1R2U A; 3SG7 A; 1B8L A; 1E8A A; 1BJF A; 1LIN A; 3TS5 B; 4QJ5 B; 1CDN A; 2WC6 A; 1TNX A; 1K9K A; 1JF2 A; 3CR4 X; 3JVT B; 3ZWH A; 2WCL A; 1IJ5 A; 2M49 B; 3S0B A; 3I5G B; 1KQM B; 4WQ3 A; 1QLK A; 1UUR A; 4WRI A; 3BOW B; 2JT3 A; 3CZ0 A; 1GQM A; 3S0A A; 3R1P A; 5AAN A; 1TIZ A; 1QV0 A; 2KFH A; 2LAP A; 1TWO A; 3A4U B; 3B7A A; 1UHK A; 1PAL A; 1YVL A; 2P70 A; 1C3Z A; 1NYA A; 1IWQ A; 1F71 A; 1B47 A; 2CNP A; 1MHO A; 1K93 D; 3I5I B; 1ORG A; 1SW8 A; 1TNP A; 4UPG A; 2KGR A; 3L4L A; 3VRP A; 2F3Y A; 2LMV A; 4JKT A; 5PAL A; 1CFC A; 4HRG A; 2GGZ A; 5DKR A; 2JNX A; 1TCF A; 2LV7 A; 4GGF A; 2JPO A; 4I5J A; 2LLT A; 1XFZ O; 1Z2C B; 3NSI A; 2KLE A; 5EL2 A; 4N1F A; 4GFT A; 1S5G Y; 2K7O A; 2JZI A; 1DJH A; 2WCF A; 3CR5 X; 3FE8 A; 1GM0 A; 1QLS A; 1B7T Y; 3OBV A; 1IH0 A; 1SCM C; 4C0J A; 4OV2 A; 1TOP A; 2G9B A; 2ZNE A; 4OZD A; 2ZRT A; 1FF1 A; 2FOT A; 2ERB A; 1S6I A; 3PM8 A; 1N2D A; 4OVN F; 3SG4 A; 1S5G Z; 3SIA A; 1OZO A; 2MLF C; 2HQW A; 3CTN A; 4NDC A; 1B7T Z; 3OGN A; 1QIW A; 4YGC B; 1RWY A; 4A4B A; 1S6C A; 1JFJ A; 2F2P A; 1NX2 A; 1XFU O; 1JUO A; 3EKJ A; 3TS5 C; 1K9U A; 1PK0 D; 2LLU A; 1YRT B; 3JVT C; 3S0F A; 2KQ6 A; 4ORA B; 1CDP A; 2NZ0 A; 1FPW A; 2H8V A; 3UNW A; 3I5G C; 1BR4 B; 1KQM C; 2KDH A; 1EJ3 A; 1YUS A; 3WNX B; 5HKZ A; 1OOG A; 1YX8 A; 5FI6 A; 1MUX A; 1QAT A; 4QJ3 B; 1EG3 A; 1J1E A; 1LS8 A; 3TUY B; 2BKI B; 3BJH A; 4CFQ A; 5HL1 A; 1LVC D; 4FQT A; 2JOJ A; 5B8I B; 4M2O A; 3S0D A; 1QTX A; 1SSE B; 4YGB B; 2BCX A; 2JTT A; 2K7D A; 2K7C A; 1UHI A; 1P28 A; 3HX4 A; 3I5I C; 2KSP A; 2KGB C; 3SG2 A; 2JNF A; 2L50 A; 3NXA A; 3JTD B; 1WDC B; 4GUK A; 1DMO A; 2P71 A; 2TN4 A; 3FWC A; 5FI2 A; 1S6J A; 2H61 A; 3OB1 B; 5CPV A; 4BY5 A; 3CZ1 A; 1V1F A; 1K94 A; 1ZFS A; 3VGO A; 3OHM B; 4XJK B; 3GOF A; 2K61 A; 1TNW A; 2M0R A; 1KSM A; 2JTZ A; 2LC5 A; 3GK4 X; 5JOL A; 1DJG A; 1OMD A; 5CSI A; 1F70 A; 1A29 A; 3B87 A; 1ZMZ A; 1S3P A; 2LLS A; 4MN0 A; 3D76 A; 5HLO A; 1Y6W A; 1J7R A; 2L51 A; 2L98 A; 3D78 A; 5D7F A; 4DS7 A; 1RRO A; 3PM2 A; 1LA3 A; 2L2E A; 1W9Z A; 2BCA A; 2HET A; 2L0P A; 1EH2 A; 3NHI A; 3TDI A; 4C0L A; 2K0J A; 2LVI A; 3B88 A; 2L5X B; 4MEW A; 3L47 A; 2JPT A; 5I2O A; 1JWD A; 4YRU A; 4MSP A; 4JWQ A; 1X02 A; 4YI9 A; 3PAL A; 1F54 A; 1NX0 A; 1G8I A; 1WLM A; 1K9P A; 2Y1M A; 5AEQ A; 3VRR A; 2HPS A; 5ER5 A; 3GK1 A; 1J7P A; 1MXL C; 2LVV A; 4PE1 A; 4DUQ A; 1J7O A; 2M97 A; 3S0E A; 3Q8I A; 1Z4H A; 1DEK A; 2LAN A; 3K1E A; 3TUY C; 5GQQ C; 1YRU B; 2LP2 A; 5HLV A; 2HF5 A; 3VRN A; 2CBL A; 1S26 D; 3D73 A; 4ZCU A; 3BQ3 A; 3OX6 A; 3TDU A; 3NSO A; 4PHN A; 1KWO B; 2LMU A; 2FCE A; 2I7A A; 2LVJ A; 2OS8 B; 1BF5 A; 4MRY A; 1BG1 A; 3PLF B; 3JTD C; 1WDC C; 2KYF A; 1BMO A; 1L2O C; 3KEV A; 2Y5I A; 5HKW A; 3VB1 A; 5FI7 A; 3H4S E; 2O5G A; 1BU3 A; 1J1D A; 1YVH A; 1CFD A; 4GNK B; 1DJY A; 1Q80 A; 1S36 A; 2BNX A; 4A4C A; 4WQ2 A; 1CNP A; 1T14 A; 3NSK A; 1FI6 A; 1NCY A; 2KAX A; 1QXP A; 2M9G A; 2QPT A; 3D0Y A; 5KTY A; 1C3Y A; 3O4Y A; 4USL A; 3EVR A; 4M2P A; 2R2I A; 1F4O A; 4I5K A; 4OKH A; 5D69 A; 2JUL A; 2MBX A; 1IQ3 A; 4PHJ A; 3NHT A; 2KBI A; 2BKH B; 2JQ6 A; 2MA2 A; 2GGM A; 2BE4 A; 2KOT A; 4INW A; 3IVT A; 2QDI A; 4CFR A; 4R1E A; 1PUL A; 1Y1A A; 3O6B A; 4MRX A; 2KI4 B; 3PJI A; 2BCB A; 3C1V A; 1ZAC A; 3D77 A; 1K2H A; 1Y0V H; 1CM4 A; 2DOQ A; 3ICB A; 3R1V A; 1M63 B; 4AQJ A; 1OOF A; 3TZ1 A; 1OSA A; 2KI6 C; 2Y4Q A; 1UHH A; 2NXQ A; 4MZK A; 1CB1 A; 1DVI A; 2JT0 A; 2BE6 A; 1K8U A; 4YGD B; 2LUC A; 4GBA A; 1H8B A; 1IIO A; 1UHJ A; 1S1E A; 1YUT A; 3VRO A; 1DJW A; 1RK9 A; 3CAB A; 2GV5 A; 1JFK A; 2PMY A; 2OS8 C; 1QAS A; 1ZUZ A; 3FE9 A; 4NQG A; 1XFY O; 2WOS A; 1DJZ A; 1XO5 A; 4AOM A; 3LCP C; 2WCB A; 1BLQ A; 3DVJ A; 4ICB A; 2GTE A; 3OX5 A; 2ISD A; 1IJ6 A; 1DJI A; 3OB2 B; 1TNQ A; 1FW4 A; 2I2R E; 3BFA A; 3DY9 A; 3CR2 A; 2F33 A; 1J7Q A; 1K95 A; 1N0Y A; 2WCE A; 2ZFD A; 3BUW B; 4DRW A; 2BEC A; 1WRK A; 1N65 A; 1RFJ A; 2L2C A; 4U8D A; 4OCI A; 2IS9 A; 5K89 A; 1LA0 A; 1M45 A; 2EC6 B; 2LNK A; 1JSA A; 1MXE A; 1ODB A; 1GGW A; 1NCX A; 3AKA A; 4C0K A; 1CM1 A; 2A4J A; 5KU1 A; 3CYZ A; 1CDL A; 1XK4 C; 2L4H A; 3SS3 A; 3CLN A; 1KK7 Y; 1U5I A; 2SAS A; 2ZRS A; 4MZJ A; 4F0Z B; 3DXL A; 2KI6 D; 2OTG B; 3KHE A; 2VRG A; 2V53 A; 4GGN A; 4I5L B; 1F55 A; 3EG5 B; 1SCV A; 2KI4 C; 1IKU A; 1WRZ A; 1G4Y R; 2L4I A; 4YBH B; 1DF0 A; 5J3X A; 2L5Y A; 1KK7 Z; 3NSL A; 1DTL A; 1F4Q A; 2F3Z A; 1VRK A; 2WND A; 4E68 A; 1DQE A; 2KYC A; 1A4P A; 5CSF A; 1JBA A; 1UWO A; 1M39 A; 1ZOT B; 1QJT A; 1SRA A; 2LE9 B; 5I2L A; 3F45 A; 1MWN A; 3UO9 A; 1IGV A; 1K90 D; 2FJY A; 2COL B; 1OOI X; 5I94 A; 1PVA A; 3PAT A; 4YGE B; 5DKQ A; 3SS5 A; 1OOH A; 2PQL A; 2Q4U A; 2JC2 A; 3DF0 A; 2D8N A; 1MF8 B; 2YGU A; 4YGA A; 4ORC B; 3IQQ A; 1A03 A; 3V2L A; 1AK8 A; 5I8N A; 3WHT B; 2Y1N A; 2K2A A; 3N7H A; 3SIB A; 4DCK A; 3BFB A; 2CXJ A; 1IG5 A; 1GGZ A; 2QEB A; 4YI8 A; 5F6T A; 1BOC A; 2EGD A; 1SL7 A; 1QVI Y; 1SL9 A; 1TCO B; 1NSH A; 3EVU A; 2M7N A; 2LM5 A; 1F8H A; 2LHL A; 4TNC A; 1SNL A; 4D1E A; 1UHN A; 2KAY A; 1KQV A; 1Y1X A; 1LXF C; 1QVI Z; 2QEV A; 4PE0 A; 1KK8 B; 2KQY A; 1EXR A; 2EHB A; 2QEO A; 2K8M B; 3BFH A; 1QIV A; 2FJU B; 3TDZ A; 1KCY A; 1SY9 A; 4N5X A; 2OTG C; 4JD9 A; 1WY9 A; 1YR5 A; 1NWD A; 2PRU A; 4MLW A; 4OR9 B; 3PN7 B; 4PAL A; 3ZNI A; 4IL1 A; 3LLE A; 1V1G A; 4JQ0 D; 4HSZ A; 2KBM A; 2PYQ A; 4BY4 A; 2F8P A; 2FCD A; 1NCZ A; 2RGI A; 2AAO A; 3DVK A; 5CSN A; 3MSE B; 1AVS A; 1Y1U A; 1QV1 A; 2JT8 A; 2K60 A; 1C7V A; 1AJ4 A; 2E30 A; 1KFX L; 1U5I B; 3EK4 A; 2MJW B; 3RZS A; 1SBJ A; 4ORB B; 2WC8 A; 1CLB A; 1SMG A; 1OZS A; 3DVE A; 3KO0 A; 1AUI B; 1FI5 A; 2NLN A; 1PVB A; 4P2Y B; 1R6P A; 2Q91 A; 3DZT A; 4GAO A; 1QX7 A; 3B86 A; 3WXA A; 2BBN A; 1B1G A; 2SCP A; 4GGF C; 1KFX S; 3CZ2 A; 3KF9 A; 3EK8 A; 1SL8 A; 1C07 A; 2MHH A; 1ALV A; 1DJX A; 2LP3 A; 4L9M A; 1TN4 A; 4Q04 A; 3BUO B; 1WRL A; 2CT9 A; 3SG5 A; 4P5O E; 1A75 A; 1YUU A; 3LL8 B; 1DC1 A; 3I5H B; 2LCP A; 2ZND A; 4NDD A; 5D3O A; 4XJK A; 2OPO A; 2I94 A; 3AAJ A; 1OOJ A; 1EG4 A; 1HQV A; 1AP4 A; 4FTG A; 3CDN A; 3CS1 A; 5ER4 X; 4HRE E; 2NCO A; 3DF0 B; 1J55 A; 2M29 A; 3BUN B; 1XFR A; 2KFF A; 1EL4 A; 1ALW A; 4PHM A; 2QAC A; 2M1U A; 2KLD A; 1KK8 C; 1MR8 A; 2F2O A; 1IQ5 A; 2KFG A; 4F7F A; 1B9A A; 1QX2 A; 1KWO C; 2HQ8 A; 1K96 A; 1DT7 B; 1CDM A; 1W7I B; 3BUM B; 3SG6 A; 1BT6 A; 2KNE A; 1CMG A; 1B4C A; 1TUZ A; 3FE6 A; 4HRH A; 3SS4 A; 3BXK A; 3BUX B; 3PN7 C; 1OQP A; 5AXI A; 1DGU A; 1TTX A; 1PRW A; 1XA5 A; 4XYN A; 1SR6 B; 3FIA A; 2M7L A; 1OW4 A; 1PSR A; 1QS7 A; 2M1K B; 1LKJ A; 3QME A; 1A2X A; 1SPY A; 3PSR A; 1NX3 A; 5G08 A; 1D1O A; 4PE7 A; 1B8C A; 2WCK A; 4IJ7 A; 1UP5 A; 3AKB A; 1SK6 D; 3CWG A; 3NGV A; 2BL0 B; 1YUR A; 1AHR A; 1KFU L; 3QRX A; 2H61 C; 3O78 A; 1MQ1 A; 3S0G A; 1CFP A; 1FBV A; 3D74 A; 4NDB A; 1TUJ A; 2WCH A; 5CSJ A; 1CLM A; 2MLE C; 1GJY A; 2QEH A; 5AER A; 5IBW A; 2CTN A; 2WCJ A; 4GPL B; 2PAS A; 2LHI A; 3BYA A; 5HYD A; 3CZT X; 3FWB A; 1UUS A; 1KFU S; 3D0Y B; 3O4X A; 5DKN A; 2E6W A; 1REC A; 3D10 A; 3L4A A; 5FYX A; 4CLN A; 4N1G A; 2BBM A; 5KSZ A; 1CTR A; 1G33 A; 4KYN A; 2WC5 A; 3HCM A; 3I5H C; 2G2B A; 3LK0 A; 1QWV A; 1NX1 A; 3O2P A; 1NIW A; 1L7Z A; 1XVJ A; 3BOW A; 1RTP 1; 1NUB A; 3I5F B; 1XFX O; 3R72 A; 2K7B A; 1XFV O; 1BR1 B; 3B6X A; 3E3R A; 4INX A; 3GK2 A; 1OE9 B; 1BOD A; 1XYD A; 1L2O B; 1RJV A; 1SYM A; 2KHN A; 1WLZ A; 1QX5 B; 3CGA A; 1A75 B; 3OP0 A; 1AJ5 A; 3DVM A; 1XK4 A; 2NCP A; 1M46 A; 3IF7 A; 2MRD A; 1W7J B; 5TNC A; 5HKY A; 4PDZ A; 2LMT A; 5DIC A; 4CPV A; 3D75 A; 1YTZ C; 2JWW A; 3K21 A; 4QJ4 B; 2AUC A; 2JXL A; 4PE4 A; 1SR6 C; 2B1U A; 2P6B B; 1B8R A; 1SKT A; 1KSO A; 1OMR A; 1PSB A; 3RM1 A; 4M2Q A; 2ZN9 A; 2K2F A; 2ZKM X; 1C7W A; 3RLZ A; 4CID A; 3DD4 A; 1IRJ A; 2PVB A; 2PAL A; 1DEL A; 2EC6 C; 4PHK A; 2MAZ A; 3PFV A; 2BL0 C; 4FQO A; 1HT9 A; 1OMV A; 3WHU B; 2M3W A; 2KAV A; 1XFW O; 4I5N B; 2ZN8 A; 5AFP A; 4PT1 A; 1DGV A; 2LUX A; 3EK7 A; 1H4B A; 2JU0 A; 2O60 A; 2M8U A; 2AMI A; 1YX7 A; 3SJS A; 5I2Q A; 1NPQ A; 2PSR A; 4ETO A; 3IQO A; 2I18 A; 3KPX A; 5JJG A; 1NP8 A; 2JRF A; 3R1O A; 4MZL A; 1CKK A; 1M31 A; 2KPH A; 4DIR A; 3SG3 A; 1TRF A; 3VRQ A; 2WOR A; 2JXC A; 3DYE A; 3A8R A; 3EVV A; 4ZCV A; 1SCM B; 3EKH A; 2WCM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3D78 A; 1XFR A; 3CYZ A; 3NHI A; 3DXL A; 4F7F A; 3B88 A; 3L47 A; 2WC6 A; 2WCL A; 3FE6 A; 3S0B A; 3CZ0 A; 3S0A A; 1DQE A; 1OW4 A; 3R1P A; 3S0E A; 3QME A; 3Q8I A; 1TWO A; 2WCK A; 3B7A A; 3K1E A; 2P70 A; 1C3Z A; 3NGV A; 3D73 A; 2FJY A; 1ORG A; 1OOI X; 3L4L A; 3S0G A; 1OOH A; 2PQL A; 3D74 A; 1TUJ A; 2WCH A; 2QEH A; 3VB1 A; 2WCJ A; 3V2L A; 2JPO A; 3N7H A; 3BFB A; 3L4A A; 2QEB A; 2WC5 A; 1T14 A; 5EL2 A; 1C3Y A; 1QWV A; 3FE8 A; 1GM0 A; 4OZD A; 3R72 A; 3NHT A; 2ERB A; 3B6X A; 4INX A; 2QEV A; 4INW A; 2QDI A; 2QEO A; 3OGN A; 3BFH A; 3PJI A; 4JD9 A; 3D77 A; 3S0F A; 5DIC A; 3R1V A; 2H8V A; 1OOF A; 3D75 A; 1OOG A; 1LS8 A; 3BJH A; 4FQT A; 3RZS A; 3S0D A; 1P28 A; 3DZT A; 3CAB A; 3B86 A; 2P71 A; 3CZ2 A; 3FE9 A; 4PT1 A; 3CZ1 A; 2GTE A; 3R1O A; 3BFA A; 2KPH A; 3DY9 A; 3DYE A; 3B87 A; 2L2C A; 3D76 A; 3CDN A; 2WCM A;
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