The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
LKTDFDNPRWIKRHKHMFDFLDINGNGKITLDEIVSKASDDICAKLEATPEQTKRHQVCVEAFFRGCGMEYGKEIAFPQFLDGWKQLATSELKKWARNEPTLIREWGDAVFDIFDKDGSGTITLDEWKAFGKISGISPSQEDCEATFRHCDLDNSGDLDVDEMTRQHLGFWYTLDPEADGLYGNGVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Luminescent protein
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| source organism |
Obelia longissima
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| publication title |
Structures of the Ca2+-regulated photoprotein obelin Y138F mutant before and after bioluminescence support the catalytic function of a water molecule in the reaction
doi rcsb |
| molecule keywords |
Obelin
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| total genus |
80
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
| A | PF13202 | EF-hand_5 | EF hand |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5JJG A; 3SJS A; 2LLS A; 3DD4 A; 1GJY A; 2QPT A; 1SL8 A; 1S6J A; 4Q04 A; 1MXL C; 4GGN A; 3WXA A; 1A75 A; 1AJ4 A; 1KQV A; 1A29 A; 2KSP A; 2BBN A; 2BL0 B; 3CGA A; 1K8U A; 4DIR A; 1TOP A; 1S5G Y; 1REC A; 3EVU A; 4MZL A; 1BJF A; 2Y1M A; 3HCM A; 4ZCV A; 1CMF A; 1M46 A; 1TNX A; 2E6W A; 2FJU B; 4PHJ A; 4ZCU A; 3ZWH A; 1DT7 B; 2TN4 A; 4PDZ A; 2FCD A; 2JOJ A; 1S5G Z; 5KTY A; 3IF7 A; 1K95 A; 4E68 A; 1F4Q A; 3FWB A; 4PHK A; 1SY9 A; 1A75 B; 3SG4 A; 2KI6 C; 4ICB A; 3TDZ A; 1BOC A; 1IQ3 A; 1ZUZ A; 2KYC A; 5I8N A; 2HF5 A; 2MBX A; 2F3Z A; 3IQO A; 3VRO A; 5BPJ A; 3SIB A; 1XK4 C; 2AMI A; 4YGA A; 1K9U A; 3PAT A; 1JC2 A; 4AQJ A; 1DJH A; 4M2P A; 4D1E A; 2LNK A; 3EKJ A; 2CTN A; 3CLN A; 3BXK A; 4M2Q A; 4OR9 B; 5JOL A; 2KAV A; 4I5J A; 4GNK B; 1HQV A; 1JSA A; 1CDP A; 1TNP A; 1FI5 A; 1YVH A; 3GK2 A; 3NXA A; 1PSR A; 1M31 A; 2BL0 C; 1BG1 A; 1QS7 A; 4HRE E; 1QV0 A; 4YBH B; 1DJY A; 2KAY A; 3VRN A; 1QVI Y; 3SG2 A; 2H2K A; 1SL9 A; 1TCO B; 2L0P A; 5D69 A; 1KCY A; 2JT0 A; 1JFK A; 2G9B A; 1K94 A; 2JNF A; 1CFF A; 4GPL B; 2GGM A; 1Y1U A; 1QVI Z; 3WHU B; 2L50 A; 2LC5 A; 1KK7 Z; 2BCB A; 1YR5 A; 4IL1 A; 2LP3 A; 3SIA A; 3WNX B; 2LLU A; 2VRG A; 4DUQ A; 1CFD A; 1SRA A; 1PUL A; 2F2P A; 2WCF A; 5I2O A; 4OKH A; 1BOD A; 1WDC B; 4PE0 A; 1LXF C; 1Y1A A; 1NYA A; 1PAL A; 3A4U B; 4JPZ B; 4CFQ A; 1OE9 B; 2L5X B; 2LE9 B; 1SR6 B; 2WC8 A; 1DJW A; 4UPG A; 1MWN A; 1IH0 A; 4R1E A; 1QAT A; 1B8L A; 5D7F A; 1UHI A; 5AEQ A; 5AFP A; 2I7A A; 4XYN A; 2KFG A; 2EGD A; 3DVM A; 2V53 A; 1S6C A; 1CLB A; 1SCM B; 3A8R A; 3FWC A; 3I5G B; 1OQP A; 1WRZ A; 3KEV A; 1K96 A; 2JXC A; 2JPT A; 3I5I B; 2HPS A; 4MVF A; 2D8N A; 2QAC A; 4PHM A; 1B7T Y; 2EHB A; 1CM1 A; 1FW4 A; 3EK7 A; 4N5X A; 1KWO C; 2K7C A; 2KDH A; 2Y1N A; 2LP2 A; 1XK4 A; 3PM8 A; 3AKA A; 2LV7 A; 1G33 A; 1MUX A; 1JF2 A; 1N0Y A; 1NP8 A; 1LA3 A; 2AUC A; 2KGB C; 2MHH A; 1KSO A; 2O5G A; 3GK4 X; 1F70 A; 1RWY A; 2BKH B; 5AER A; 1CDM A; 1L2O B; 1SYM A; 1ALW A; 1G8I A; 1CLM A; 1IWQ A; 1EJ3 A; 1PVA A; 1QAS A; 1C7W A; 4GFT A; 2JTZ A; 2MLE C; 3BUN B; 4FQO A; 3VGO A; 3KPX A; 1DJG A; 4GUK A; 4MLW A; 1TTX A; 2LMU A; 5ER5 A; 1WDC C; 4U8D A; 5FYX A; 4A4B A; 1K2H A; 1QX5 B; 4GGF C; 2NCP A; 1H4B A; 1SR6 C; 1SMG A; 4OV2 A; 1EXR A; 5G08 A; 1S36 A; 1IQ5 A; 4BY5 A; 5HLV A; 1IRJ A; 3EKH A; 1OMR A; 1IJ6 A; 1BT6 A; 4WRI A; 3LCP C; 4CID A; 3D0Y A; 3O6B A; 2LCP A; 1SCM C; 3I5G C; 1N65 A; 3BUW B; 3GOF A; 3I5I C; 2FOT A; 1BR1 B; 2CT9 A; 2BKI B; 1J7O A; 1ZFS A; 5IBW A; 1BU3 A; 2KFH A; 5HKZ A; 1UWO A; 1MR8 A; 4A4C A; 4BY4 A; 1H8B A; 5TNC A; 2OS8 C; 5CSN A; 1B9A A; 1D1O A; 2JT3 A; 3BOW A; 1DJI A; 4AQI A; 2LAP A; 2K0J A; 1K9P A; 3I5H B; 1J7P A; 1NCZ A; 1QIV A; 3O4Y A; 2OPO A; 1L2O C; 3VRQ A; 3D0Y B; 4MEW A; 3NSK A; 1JFJ A; 1KFU S; 2PAL A; 1YTZ C; 1QJT A; 4C0J A; 1CDL A; 1EG4 A; 3PAL A; 1Y6W A; 3CTN A; 1K90 D; 5DKQ A; 1YUS A; 2JUL A; 3NSL A; 2JTT A; 3OX6 A; 1XFZ O; 3E3R A; 4N1F A; 2MLF C; 3CS1 A; 1NCX A; 4HSZ A; 1J1D A; 2LVJ A; 2LM5 A; 3BOW B; 1S3P A; 4PE4 A; 4CLN A; 1FF1 A; 4NDB A; 1LKJ A; 2KYF A; 3FS7 A; 1OMD A; 1JWD A; 2RGI A; 4OVN F; 1GGZ A; 1YRT B; 4CFR A; 2K2A A; 4QJ5 B; 2FCE A; 4PHN A; 1Y1X A; 1OSA A; 2KQ6 A; 1KWO B; 2MAZ A; 4GGF A; 1J7R A; 1NX3 A; 2WOS A; 1GGW A; 3O2P A; 1B8C A; 2F33 A; 3LL8 B; 2KQY A; 2Y4Q A; 3DVE A; 1YVL A; 2Q91 A; 3I5H C; 4I5L B; 1F8H A; 1NUB A; 1RRO A; 1AUI B; 1ZAC A; 2M49 B; 1SKT A; 4FTG A; 1NSH A; 2G2B A; 1QTX A; 1R2U A; 1EH2 A; 4YI9 A; 1YUR A; 1XYD A; 2M8U A; 4DRW A; 1CB1 A; 1FPW A; 2K7B A; 1DJZ A; 1KFU L; 2MA2 A; 2BE4 A; 2LVK A; 2PAS A; 1V1G A; 3RLZ A; 1KSM A; 4YGC B; 1WLZ A; 1NX0 A; 1DJX A; 3CZT X; 3ZNI A; 2I2R E; 3F45 A; 4XJK A; 1IG5 A; 2LAN A; 3OB2 B; 1NX2 A; 3BQ3 A; 2HQW A; 1F4O A; 5J3X A; 1OMV A; 1NIW A; 1ALV A; 3OHM B; 4F0Z B; 1AP4 A; 1CDN A; 1A03 A; 5HKY A; 1M39 A; 2CCM A; 1SW8 A; 1Q80 A; 1S26 D; 1AVS A; 3EK4 A; 3D10 A; 1RFJ A; 1PRW A; 2SAS A; 1WY9 A; 3DVK A; 2LHI A; 1IJ5 A; 2OS8 B; 1CNP A; 1OZS A; 1XFW O; 1B7T Z; 2NLN A; 1MF8 B; 4XJK B; 3BUM B; 1NPQ A; 1TNQ A; 3IQQ A; 5DKR A; 1UHK A; 2KBM A; 1OZO A; 3OP0 A; 3CR4 X; 3AAK A; 1M63 B; 2KGR A; 2COL B; 2R2I A; 3DF0 B; 2GGZ A; 2M29 A; 1ODB A; 4CPV A; 3WHT B; 5I2Q A; 1EG3 A; 2PSR A; 1CTR A; 1B8R A; 3AKB A; 4MZK A; 2LVV A; 3MSE B; 1TIZ A; 2F8P A; 1OOJ A; 2ZKM X; 3ICB A; 3OB1 B; 5PAL A; 4YGE B; 1K9K A; 3VRP A; 5B8I B; 3LK0 A; 1XFX O; 2M7N A; 5KSZ A; 1W7J B; 4P5O E; 4PCW A; 1QV1 A; 3GK1 A; 3BUX B; 3TUY C; 4ORC B; 3TDI A; 1C07 A; 3VRR A; 2M9G A; 3KF9 A; 1X02 A; 1UHJ A; 1UUS A; 2Y5I A; 1DF0 A; 1DTL A; 2EC6 B; 5I2L A; 2ZFD A; 2LHL A; 3BYA A; 2KI4 C; 1WLM A; 3SG5 A; 2LMT A; 3PFV A; 3O78 A; 5DKN A; 2JZI A; 4USL A; 1Y0V H; 1NWD A; 1S6I A; 2GV5 A; 1F54 A; 5HYD A; 2PRU A; 2CBL A; 2Q4U A; 2JQ6 A; 3CWG A; 1IKU A; 2F2O A; 2K2F A; 4QJ3 B; 2ISD A; 1RK9 A; 1M45 A; 2LUX A; 4QJ4 B; 1LA0 A; 1TRF A; 4DCK A; 1U5I A; 1UHH A; 2HET A; 2JT8 A; 2NZ0 A; 1BLQ A; 1KFX L; 3I5F B; 4MRY A; 2M97 A; 2L51 A; 1BMO A; 1HT9 A; 1BR4 B; 2SCP A; 2KHN A; 1PSB A; 1DF0 B; 4YI8 A; 1A4P A; 5AXI A; 1B47 A; 2LLT A; 3CR5 X; 1XFU O; 2WCE A; 4DS7 A; 4OCI A; 4MRX A; 1YRU B; 5ER4 X; 2O60 A; 3RM1 A; 1DGU A; 3SG3 A; 1VRK A; 2M1U A; 2JC2 A; 1KK8 B; 2JXL A; 4JWQ A; 3SG6 A; 2JRF A; 2BCX A; 2L4H A; 1WRK A; 1A2X A; 4M2O A; 5CSF A; 3LLE A; 2ZNE A; 5CSJ A; 4ETO A; 1RJV A; 1PVB A; 1U5I B; 3JVT B; 1QX7 A; 2BCA A; 3JTD B; 3SG7 A; 2PVB A; 3C1V A; 4ORB B; 1CM4 A; 2AAO A; 2EC6 C; 2CXJ A; 2M1K B; 2ZRS A; 1AK8 A; 2E30 A; 4I5N B; 1N2D A; 2KAX A; 1UUR A; 1YX8 A; 3EK8 A; 4PAL A; 1V1F A; 4P2Y B; 3NSI A; 3PN7 C; 1JF0 A; 2B1U A; 4NDC A; 5HLO A; 2H61 C; 1CFP A; 1LIN A; 4TNC A; 4ORA B; 2KFF A; 5CPV A; 2JNX A; 5F6T A; 2WCB A; 4WQ2 A; 1MHO A; 1YX7 A; 3TZ1 A; 1KQM B; 1SL7 A; 2IS9 A; 2M3W A; 2K7D A; 2ZN9 A; 3KO0 A; 1DMO A; 1XFY O; 3I5F C; 2P6B B; 2L2E A; 3PLF B; 1ZOT B; 4NDD A; 1QLK A; 2NCO A; 4MSP A; 1C7V A; 1J1E A; 1TCF A; 2A4J A; 1CLL A; 2KOT A; 2F3Y A; 1F71 A; 3KHE A; 1ZMZ A; 1KK7 Y; 1XO5 A; 1WRL A; 2ZND A; 2KBI A; 1F55 A; 5K89 A; 4HRG A; 1B4C A; 1SK6 D; 1QLS A; 3DVJ A; 1KK8 C; 4MN0 A; 1QX2 A; 2I18 A; 1CFC A; 3FIA A; 3TS5 B; 1FI6 A; 3NSO A; 5AAN A; 1XA5 A; 1GQM A; 1XVJ A; 1UHN A; 2PMY A; 3OX5 A; 3HX4 A; 3TUY B; 4C0L A; 1UP5 A; 2M0R A; 1SBJ A; 2OTG B; 3JVT C; 3JTD C; 2LVI A; 4L9M A; 4JQ0 D; 2I94 A; 3DF0 A; 1JBA A; 2BEC A; 2L98 A; 2WOR A; 3QRX A; 4WQ3 A; 3H4S E; 4YRU A; 1IGV A; 2KI4 B; 1DGV A; 2ZN8 A; 2BBM A; 1CKK A; 3CR2 A; 4AOM A; 2LUC A; 1NX1 A; 1L7Z A; 2LMV A; 2KNE A; 1QXP A; 3EVV A; 1MQ1 A; 4HRH A; 1KFX S; 2MRD A; 4GBA A; 4MZJ A; 1TNW A; 3AAJ A; 2M7L A; 2KI6 D; 3BUO B; 4MBE A; 1MXE A; 1G4Y R; 1KQM C; 3LK1 A; 2NXQ A; 2JWW A; 2L4I A; 4PE7 A; 1YUU A; 1R6P A; 5GQQ C; 2K7O A; 1TN4 A; 1J55 A; 2HQ8 A; 2ZRT A; 1SCV A; 5CSI A; 3EVR A; 1SPY A; 4I5K A; 1AJ5 A; 5HKW A; 1CMG A; 2H61 A; 4PE1 A; 4NQG A; 1AHR A; 3K21 A; 4N1G A; 2JU0 A; 1W7I B; 1XFV O; 3TS5 C; 1FBV A; 1LVC D; 1QIW A; 1J7Q A; 2BE6 A; 1E8A A; 1K93 D; 3PSR A; 1EL4 A; 1NCY A; 5KU1 A; 2OTG C; 1RTP 1; 4GAO A; 3TDU A; 4YGD B; 1SNL A; 2MJW B; 4C0K A; 1DVI A; 1PK0 D; 2K8M B; 3M0W A; 2CNP A; 4YGB B; 1JUO A; 2DOQ A; 1B1G A; 2K61 A; 1BF5 A; 1S1E A; 2WND A; 1YUT A; 3PN7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JJG A; 3D76 A; 3SJS A; 3DXL A; 2LLS A; 3DD4 A; 1GJY A; 2QPT A; 3BFH A; 1SL8 A; 1S6J A; 4Q04 A; 1MXL C; 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