The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
NGSSLQNADKINNGNDNDNDNDVVPSKEGSLLRCSEIWDRITTHPKYSDIDVDGLCSELMAKAKCSERGVVINAEDVQLALNKHMN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for redox regulation of Yap1 transcription factor localization.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription activator
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
AP-1 like transcription factor YAP1
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| total genus |
9
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | YAP1 redox domain. Chain B |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SSE B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CSJ A; 1BLQ A; 3EVU A; 1QV0 A; 4ETO A; 3ICB A; 5HKZ A; 1JF0 A; 5CSN A; 3CZ0 A; 2E6W A; 1DF0 A; 1PAL A; 1ZFS A; 1UHH A; 5TNC A; 1TIZ A; 1J7Q A; 4ZCU A; 2WOR A; 4MN0 A; 3D76 A; 1G8I A; 2PYQ A; 5HKW A; 3WNX B; 4C0L A; 4QJ5 B; 1SKT A; 4MZJ A; 1EG4 A; 2L2E A; 1OW4 A; 1DEL A; 4OVN F; 2JNF A; 2BBN A; 1B8C A; 1TOP A; 2FOT A; 2YGU A; 1DF0 B; 4ORB B; 3GOF A; 3I5F B; 4INX A; 3VB1 A; 1FW4 A; 4C0J A; 2MAZ A; 2I7A A; 1A2X A; 2WOS A; 3EVR A; 2EC6 C; 3JTD B; 1DGU A; 1CFD A; 5FYX A; 3SG4 A; 2P70 A; 4OV2 A; 4F7F A; 1DTL A; 2O5G A; 5DKN A; 1OQP A; 2P71 A; 1YUU A; 1Y1U A; 1S26 D; 3AAJ A; 2ISD A; 1V1G A; 1S6J A; 2M7N A; 3VRP A; 3OBV A; 1NSH A; 1Y6W A; 2WCK A; 1DEK A; 2JT0 A; 4YGD B; 4BY5 A; 1A4P A; 2KFF A; 1BJF A; 3TDI A; 4MVF A; 2HQ8 A; 1R2U A; 2G2B A; 2LMV A; 3JVT B; 1UUR A; 4YGA A; 1N2D A; 5HL1 A; 1H8B A; 1XFR A; 1QJT A; 5I2L A; 5EL2 A; 1SBJ A; 5D7F A; 2KPH A; 1IWQ A; 3GK4 X; 5AER A; 1SR6 C; 2SCP A; 2KI4 B; 2KDH A; 2HET A; 3EKJ A; 2KLE A; 1CDN A; 4L9M A; 1TN4 A; 1TUJ A; 1NP8 A; 2KAY A; 1QLS A; 3BOW A; 4USL A; 3DVK A; 4CFR A; 1B9A A; 1JF2 A; 2PRU A; 3C1V A; 2KOT A; 3VRQ A; 2BAP A; 1D1O A; 2M9G A; 1RK9 A; 3AKB A; 1M46 A; 5IBW A; 3UO9 A; 5J3X A; 2EGD A; 1BR1 B; 2LVV A; 3PJI A; 3SG2 A; 1VRK A; 4PHN A; 3EG5 B; 1F8H A; 1A75 B; 1E8A A; 3LLE A; 4MZL A; 1IQ5 A; 2M3W A; 2JNX A; 4MZK A; 5KU1 A; 3DF0 A; 1UWO A; 3I5F C; 5B8I B; 2H2K A; 1EG3 A; 1SRA A; 1W9Z A; 1KK8 B; 1MF8 B; 4BY4 A; 3SJS A; 2KBI A; 1C7W A; 4HSZ A; 3WHU B; 2OS8 B; 1PSB A; 1IGV A; 1BOC A; 5ER4 X; 1SL8 A; 5I8N A; 3OX6 A; 2M49 B; 2MA2 A; 2NCP A; 4PE0 A; 2BCB A; 3JTD C; 1JWD A; 1Y0V H; 2JT3 A; 2L0P A; 2CXJ A; 1AJ4 A; 2CCM A; 2WCB A; 2K7C A; 2OPO A; 1IQ3 A; 2L50 A; 4PHM A; 3DF0 B; 2BEC A; 1DJY A; 1LKJ A; 2PSR A; 1B7T Z; 1XVJ A; 4PHK A; 4KYN A; 4A4C A; 3S0F A; 2JPO A; 3LCP C; 4CLN A; 1FI6 A; 4HRG A; 3EK4 A; 1MHO A; 1K2H A; 3Q8I A; 1S6I A; 3CZ1 A; 1W7J B; 1K96 A; 3JVT C; 1HT9 A; 3PN7 B; 1JFJ A; 1NCX A; 1OOJ A; 5DKR A; 1F54 A; 4INW A; 1V1F A; 5K89 A; 1ALW A; 3R1O A; 2ZN9 A; 1Q80 A; 4C0K A; 1XO5 A; 2KI4 C; 3AAK A; 2WC8 A; 1YUR A; 2M8U A; 1QWV A; 4NDB A; 1NCZ A; 2AAO A; 1K9U A; 1SPY A; 1BR4 B; 2LV7 A; 1QIV A; 3S0B A; 2RGI A; 4A4B A; 2F2O A; 1K90 D; 1CDL A; 2I2R E; 1ZUZ A; 2I94 A; 1CDM A; 1CMF A; 1GGZ A; 3I5H B; 1L2O C; 3MSE B; 2FCE A; 2K2A A; 3IQQ A; 2EC6 B; 4PAL A; 3SG6 A; 4DIR A; 1XFX O; 1NIW A; 1QXP A; 3R1V A; 3DVM A; 1YX8 A; 4JKT A; 1NPQ A; 1B7T Y; 1K95 A; 1QV1 A; 2Q4U A; 3B6X A; 1DC1 A; 1KK8 C; 1JFK A; 2ZNE A; 1CNP A; 1SCM C; 2JUL A; 2P6B B; 2OS8 C; 1FBV A; 2LM5 A; 2M29 A; 2G9B A; 4ORC B; 3NGV A; 4MBE A; 2BKH B; 1NYA A; 3O4Y A; 2LP2 A; 1NUB A; 1CLM A; 1Z2C B; 2K8M B; 4M2Q A; 2QPT A; 2F8P A; 3VRN A; 1QAS A; 1RFJ A; 4MRY A; 1AK8 A; 1OMR A; 1A29 A; 1YX7 A; 1WLZ A; 2LAN A; 4QJ3 B; 3VGO A; 2KGB C; 4AQI A; 1YVH A; 1SR6 B; 2BE6 A; 2SAS A; 3CZT X; 4I5J A; 1QX2 A; 5FI7 A; 3LK0 A; 4YRU A; 2KLD A; 3RLZ A; 2Q91 A; 2KI6 D; 3PSR A; 1B47 A; 1TTX A; 1SYM A; 3DD4 A; 2LUC A; 4FTG A; 3NSO A; 3BUO B; 2H61 C; 1QS7 A; 3BUX B; 3PN7 C; 1YRU B; 2F3Z A; 1TRF A; 3SS5 A; 1K94 A; 2COL B; 3VRR A; 4NQG A; 1CFF A; 3TZ1 A; 3RM1 A; 4MEW A; 1XFU O; 1Z4H A; 3CLN A; 4YGB B; 1YTZ C; 3CGA A; 4PHJ A; 4NDD A; 1N65 A; 3ZNI A; 1JSA A; 1BU3 A; 5HLO A; 3SS4 A; 1SCV A; 3UNW A; 1U5I A; 1UHK A; 1UUS A; 2LP3 A; 2WCJ A; 2LNK A; 1QAT A; 3HCM A; 3I5H C; 3CAB A; 3DYE A; 4DUQ A; 3L47 A; 2WCF A; 2ZN8 A; 2KFG A; 1XFY O; 1TWO A; 2KYF A; 5I94 A; 2LHI A; 1OOG A; 1BOD A; 3S0A A; 2LMT A; 4QJ4 B; 2NXQ A; 1G4Y R; 1KQM B; 2HF5 A; 1F55 A; 4I5L B; 1SW8 A; 1U5I B; 3PAT A; 2QEH A; 1DJX A; 3WXA A; 2HQW A; 3O2P A; 3D73 A; 3NSL A; 1IJ5 A; 1Y1X A; 1EXR A; 1NCY A; 2L98 A; 4JD9 A; 1N0Y A; 1J55 A; 1WRK A; 1XFV O; 2MRD A; 3FWC A; 2L2C A; 4PT1 A; 4MLW A; 3O4X A; 2WND A; 3PFV A; 3RZS A; 3L4L A; 3M0W A; 2M1K B; 1A75 A; 3DVJ A; 4MRX A; 4F0Z B; 1K93 D; 1PUL A; 1PVA A; 3OP0 A; 1WDC B; 3SG3 A; 5FI2 A; 1B8L A; 4PE7 A; 2LVJ A; 1C07 A; 4HRE E; 1LS8 A; 4XYN A; 1SY9 A; 1AP4 A; 1BMO A; 1GJY A; 1CTR A; 1L2O B; 1S36 A; 3BUN B; 1DJI A; 1TCF A; 1LA3 A; 1LA0 A; 4CPV A; 4N1G A; 1OOF A; 3AKA A; 2MHH A; 1RJV A; 1PSR A; 4NDC A; 4YI8 A; 4YBH B; 3V2L A; 1IKU A; 2DOQ A; 1CKK A; 2WCM A; 1CM4 A; 1BF5 A; 4P5O E; 1SCM B; 2KBM A; 2B1U A; 3FE6 A; 1GQM A; 1SK6 D; 3CR5 X; 3KHE A; 3ZWH A; 1CDP A; 4YGE B; 2CTN A; 3DVE A; 3TDU A; 1J7O A; 1DJZ A; 2KYC A; 3NSI A; 1F4Q A; 1XFW O; 2H61 A; 1SL9 A; 3QME A; 5KTY A; 4DS7 A; 5F6T A; 2Y4Q A; 1UHI A; 2M1U A; 4FQO A; 2F3Y A; 1IRJ A; 1KQM C; 1AHR A; 2LLT A; 2KFH A; 4AOM A; 3IF7 A; 1DVI A; 1M31 A; 2ZFD A; 3A4U B; 1DQE A; 1KK7 Y; 1OOI X; 1M63 B; 2GV5 A; 2LUX A; 3HX4 A; 1EH2 A; 3CWG A; 3CYZ A; 2KAX A; 4I5K A; 1RWY A; 1J1E A; 4XJK A; 1SNL A; 1LIN A; 1F70 A; 3NXA A; 2MLE C; 3BUW B; 4IL1 A; 1WY9 A; 3PAL A; 3GK1 A; 1WDC C; 4IJ7 A; 1ODB A; 3BXK A; 3EK7 A; 2HPS A; 2LCP A; 1BG1 A; 1RTP 1; 3S0G A; 1SMG A; 1LVC D; 5CSF A; 1ZMZ A; 2QAC A; 4DRW A; 3FIA A; 3D78 A; 2BL0 B; 1GGW A; 4XJK B; 4GPL B; 3H4S E; 1G33 A; 4CFQ A; 2WCH A; 3KF9 A; 1M45 A; 1S6C A; 3PM2 A; 4DCK A; 3CTN A; 3WHT B; 1CLL A; 1HQV A; 1CMG A; 1KFX L; 1ZOT B; 1AJ5 A; 3EK8 A; 2K7D A; 3OHM B; 1XFZ O; 2QDI A; 4JPZ B; 2K2F A; 1QLK A; 1S5G Z; 2F33 A; 3CR2 A; 4GBA A; 2JTT A; 1F4O A; 1S3P A; 3IVT A; 1J7P A; 1UP5 A; 1L7Z A; 5AXI A; 2V53 A; 1REC A; 5KSZ A; 1WLM A; 4YGC B; 5I2O A; 1NX3 A; 1DGV A; 2LVK A; 4GGF C; 3I5G C; 5I2Q A; 3KEV A; 2BBM A; 1JC2 A; 4ZCV A; 4E68 A; 2OTG B; 1IIO A; 1C7V A; 4FQT A; 2Y1N A; 1J1D A; 5CPV A; 2FJU B; 1QVI Z; 1TUZ A; 3DXL A; 2WCL A; 3D75 A; 2M7L A; 4N1F A; 1OOH A; 1M39 A; 2JXL A; 3DZT A; 2JC2 A; 3D0Y A; 1MXE A; 1ALV A; 3KO0 A; 1NX2 A; 2TN4 A; 3EVV A; 2MLF C; 1TNQ A; 1OZS A; 2K7B A; 2WC6 A; 3D10 A; 3CZ2 A; 1S5G Y; 3N7H A; 1K9K A; 4JQ0 D; 3SIA A; 4P2Y B; 3S0D A; 2BL0 C; 1NX0 A; 2KAV A; 1OMD A; 2KI6 C; 2M0R A; 2JPT A; 2VRG A; 1Y1A A; 2PAL A; 2LVI A; 3D0Y B; 4OR9 B; 1XYD A; 2JZI A; 4M2P A; 1C3Z A; 1YRT B; 1AUI B; 2Y1M A; 1H4B A; 4YI9 A; 2GGM A; 1MWN A; 2K60 A; 3F45 A; 3BFB A; 2ZRS A; 3OX5 A; 1C3Y A; 3B86 A; 3B7A A; 3B88 A; 1UHN A; 2ZND A; 2LE9 B; 1MR8 A; 3BJH A; 1QTX A; 3CS1 A; 3IQO A; 3O6B A; 5AAN A; 4GFT A; 3VRO A; 1DMO A; 2GTE A; 5HLV A; 1CLB A; 1QVI Y; 3SS3 A; 3A8R A; 1P28 A; 1TNP A; 2NCO A; 1CM1 A; 2PMY A; 1QX7 A; 2JOJ A; 2L5X B; 2NLN A; 2QEO A; 1EJ3 A; 1UHJ A; 3BQ3 A; 5JJG A; 1MQ1 A; 5PAL A; 4GAO A; 2LMU A; 1KQV A; 1DJW A; 2KQY A; 2ZRT A; 1YVL A; 3I5I B; 1IH0 A; 4I5N B; 2KSP A; 2OTG C; 1F71 A; 3NSK A; 4GUK A; 2L5Y A; 3B87 A; 2IS9 A; 1KK7 Z; 1YUS A; 2H8V A; 5D3O A; 1W7I B; 2ERB A; 4PDZ A; 4WQ3 A; 3E3R A; 3SG7 A; 3PLF B; 5HYD A; 3NHT A; 2PAS A; 4WQ2 A; 5G08 A; 1K8U A; 3S0E A; 5DIC A; 2L51 A; 1S1E A; 1FI5 A; 1KFX S; 2D8N A; 1SL7 A; 1KFU L; 2FJY A; 1T14 A; 1IG5 A; 1WRZ A; 4GGF A; 4N5X A; 1YUT A; 3KPX A; 1WRL A; 2Y5I A; 1ORG A; 2PQL A; 1KSM A; 1K9P A; 1DT7 B; 2JRF A; 1PVB A; 2CBL A; 2AUC A; 3OGN A; 4MSP A; 2MBX A; 4ORA B; 2AMI A; 3OB2 B; 1A03 A; 4OCI A; 4R1E A; 1B8R A; 3DY9 A; 2M97 A; 3FWB A; 5DKQ A; 2LHL A; 3K21 A; 4OZD A; 4GGN A; 2LLU A; 4PCW A; 3LL8 B; 3GK2 A; 2JT8 A; 3FE8 A; 3I5G B; 5HKY A; 3BYA A; 4WRI A; 1XK4 A; 3OB1 B; 2K7O A; 1TNX A; 4HRH A; 2PVB A; 1KWO B; 1R6P A; 1KSO A; 3TDZ A; 3K1E A; 2MJW B; 4OKH A; 4UPG A; 4JWQ A; 3BOW B; 2L4I A; 2WC5 A; 3TS5 B; 1BT6 A; 2KHN A; 4PE4 A; 5CSI A; 5GQQ C; 4D1E A; 2LAP A; 3D77 A; 3TUY B; 2K61 A; 2CT9 A; 2BE4 A; 2FCD A; 3I5I C; 4U8D A; 3BFA A; 1CB1 A; 1GM0 A; 1MXL C; 4Q04 A; 2GGZ A; 2JTZ A; 2BNX A; 1EL4 A; 1OMV A; 2LC5 A; 2K0J A; 1QIW A; 3PM8 A; 1FPW A; 3L4A A; 1YR5 A; 2ZKM X; 1KCY A; 2I18 A; 1PK0 D; 2LLS A; 2KQ6 A; 3D74 A; 4ICB A; 3SG5 A; 5AEQ A; 1B4C A; 1ZAC A; 1SSE B; 2BCA A; 3FE9 A; 1CFP A; 3LK1 A; 3O78 A; 3R72 A; 1IJ6 A; 2JXC A; 2EHB A; 1NWD A; 2A4J A; 2JU0 A; 1J7R A; 1FF1 A; 1QX5 B; 5D69 A; 1OZO A; 5BPJ A; 2KGR A; 3CDN A; 1MUX A; 4AQJ A; 2JQ6 A; 3NHI A; 1JUO A; 4TNC A; 1OE9 B; 1LXF C; 2QEB A; 2L4H A; 2WCE A; 5ER5 A; 2F2P A; 2E30 A; 5FI6 A; 3CR4 X; 5AFP A; 2BCX A; 3R1P A; 2CNP A; 3FS7 A; 4PE1 A; 1JBA A; 3QRX A; 1B1G A; 2JWW A; 4CID A; 1AVS A; 3BUM B; 3SIB A; 1KWO C; 2KNE A; 4GNK B; 1DJH A; 1NX1 A; 1DJG A; 3TS5 C; 1CFC A; 2QEV A; 1OSA A; 2O60 A; 3EKH A; 1TCO B; 1TNW A; 1X02 A; 1RRO A; 2R2I A; 5JOL A; 3TUY C; 3BFH A; 1XA5 A; 1KFU S; 2NZ0 A; 1XK4 C; 4M2O A; 1PRW A; 2BKI B; #chains in the Genus database with same CATH homology 1SSE B;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
