The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
182
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structure length |
182
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Chain Sequence |
PTSTGVYAPSARHMNDNQELMEWFRAVDTDGSGAISVPELNAALSSAGVPFSLATTEKLLHMYDKNHSGEITFDEFKDLHHFILSMREGFRKRDSSGDGRLDSNEVRAALLSSGYQVSEQTFQALMRKFDRQRRGSLGFDDYVELSIFVCRVRNVFAFYDRERTGQVTFTFDTFIGGSVSIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of a homolog of programmed cell death 6 protein from Leishmania major Friedlin
rcsb |
| molecule keywords |
Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Leishmania major
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| total genus |
70
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| structure length |
182
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| sequence length |
182
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-11-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13499 | EF-hand_7 | EF-hand domain pair |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VRN A; 1CDL A; 4NDB A; 1KK8 C; 2K2F A; 2LHI A; 4DRW A; 2M8U A; 3A4U B; 2LP3 A; 2JT3 A; 1S36 A; 4A4B A; 1G4Y R; 1CMG A; 4NQG A; 2M1U A; 4GGN A; 1DJH A; 1SR6 B; 2HET A; 2MLE C; 2JRF A; 2ZNE A; 1NYA A; 1L2O C; 2LAP A; 2L5X B; 1B7T Z; 1ALV A; 1K90 D; 1NX1 A; 1UUR A; 2F2P A; 2PRU A; 2KAY A; 2LMT A; 3M0W A; 3OB1 B; 1DJX A; 1SBJ A; 2KQ6 A; 1NP8 A; 2FOT A; 4C0L A; 2Q91 A; 3SIA A; 4WQ3 A; 1XVJ A; 4JWQ A; 3SG3 A; 1QIV A; 2SAS A; 3BUN B; 2Y1M A; 1WY9 A; 3E3R A; 1CLM A; 4HRG A; 3JTD C; 5AEQ A; 2LNK A; 3D0Y B; 3WHU B; 2JXL A; 3AKA A; 4I5L B; 1SYM A; 1B1G A; 4YGD B; 2I18 A; 2I7A A; 2KBM A; 1IJ6 A; 1MXE A; 2H61 C; 3VRP A; 3AKB A; 4GNK B; 1PRW A; 5J3X A; 1ZUZ A; 4FQO A; 2BKH B; 1IGV A; 3EK4 A; 3JVT C; 1KFX L; 2MBX A; 3LK0 A; 1WRK A; 4ZCU A; 3PSR A; 2GGM A; 1YRU B; 1TNP A; 1QX2 A; 3CZT X; 3EVU A; 3BOW B; 2R2I A; 2NZ0 A; 1A2X A; 2KFF A; 1QX7 A; 4PCW A; 1SK6 D; 3KF9 A; 2JQ6 A; 1OMR A; 2KGR A; 3JTD B; 2COL B; 2EGD A; 2JNF A; 4PHM A; 4ICB A; 5PAL A; 1PSR A; 1XO5 A; 2KAX A; 3FS7 A; 3NSI A; 1DJZ A; 1TOP A; 2HPS A; 3TZ1 A; 5JJG A; 1CFD A; 1IKU A; 3I5I B; 4D1E A; 3CR2 A; 1DJY A; 1XFW O; 4OVN F; 4PAL A; 5CPV A; 2KAV A; 1SCM C; 2V53 A; 1CB1 A; 3BXK A; 1IG5 A; 1WLM A; 4HRH A; 5AAN A; 1QVI Y; 1H8B A; 3IQQ A; 4C0K A; 2BL0 C; 1JF2 A; 2Y5I A; 2CCM A; 1TIZ A; 3DD4 A; 1QV1 A; 4CLN A; 1UHI A; 2K7O A; 2M97 A; 1DJG A; 3RLZ A; 1CLL A; 1BR1 B; 2BCA A; 1CDN A; 1CKK A; 2BBN A; 1AVS A; 1ALW A; 2LVJ A; 1Q80 A; 2LP2 A; 2RGI A; 1W7I B; 2AAO A; 3VRQ A; 2E30 A; 1J7O A; 1C7W A; 1QS7 A; 1S6I A; 1ZOT B; 4OR9 B; 1S1E A; 1SCM B; 2OTG C; 3QRX A; 2KBI A; 5HLV A; 4YGB B; 1N0Y A; 2MLF C; 4DUQ A; 1F70 A; 2LMV A; 4M2P A; 1TN4 A; 4AQI A; 3WHT B; 1BJF A; 2ZND A; 3GK4 X; 3SG2 A; 1TCO B; 5I2L A; 1DJI A; 4L9M A; 2M3W A; 4PE4 A; 2NCP A; 1AUI B; 3I5H C; 1N65 A; 1K9U A; 1TNW A; 1F55 A; 1K95 A; 2JOJ A; 1OSA A; 4CFR A; 1EG3 A; 3SG6 A; 1AJ5 A; 1KK7 Z; 2M1K B; 2ZKM X; 4MZJ A; 1NPQ A; 2L2E A; 3KEV A; 4GPL B; 2LHL A; 1B8L A; 2OTG B; 1YX7 A; 4CFQ A; 4DIR A; 3I5G B; 1XA5 A; 2L0P A; 2A4J A; 5KTY A; 2EC6 C; 1YX8 A; 2ZRT A; 4MLW A; 4OCI A; 4XYN A; 3KPX A; 4P5O E; 3BUM B; 2KYF A; 3LLE A; 1F4O A; 1NX3 A; 1UHJ A; 1DTL A; 4OV2 A; 2OPO A; 1FI5 A; 3SJS A; 1KQV A; 1B8C A; 1TCF A; 3I5H B; 1XFY O; 4BY4 A; 2KI4 C; 3WXA A; 2LVI A; 3GOF A; 3BUW B; 1Y0V H; 1IQ5 A; 1G33 A; 2FJU B; 2JC2 A; 2L98 A; 3BUX B; 3TDZ A; 4MZK A; 3NXA A; 3D0Y A; 1CFP A; 1KFU S; 2BEC A; 1Y1X A; 2LM5 A; 5AER A; 1LA3 A; 1PUL A; 1NCX A; 2LLU A; 5B8I B; 4YRU A; 1QIW A; 2K0J A; 1XK4 A; 1B7T Y; 3PN7 B; 2CXJ A; 4AOM A; 4DS7 A; 1SPY A; 2KYC A; 1OZO A; 3HCM A; 1REC A; 5ER5 A; 2LUC A; 4YBH B; 4UPG A; 1FPW A; 5CSJ A; 4NDC A; 1KQM C; 1S6J A; 3I5F C; 1KK8 B; 1GJY A; 2LV7 A; 1E8A A; 2JT0 A; 1OE9 B; 2MAZ A; 2BBM A; 2MRD A; 1Y6W A; 2H61 A; 5G08 A; 2KI6 D; 1BOD A; 2CNP A; 1D1O A; 2I94 A; 1DF0 B; 1M45 A; 4GFT A; 2JU0 A; 2LVK A; 3NSK A; 1XYD A; 2KGB C; 1L2O B; 1C7V A; 1SW8 A; 1CFF A; 5I2O A; 1AHR A; 4ORB B; 4TNC A; 1MQ1 A; 2ZRS A; 1NX0 A; 2MJW B; 3DVE A; 2DOQ A; 1NCZ A; 4Q04 A; 2M0R A; 2VRG A; 1SL7 A; 3I5F B; 4XJK B; 3VGO A; 1K2H A; 1KFX S; 3BQ3 A; 1JF0 A; 2M7L A; 1EG4 A; 4USL A; 2K7D A; 2M29 A; 1BF5 A; 1K9P A; 2LE9 B; 5CSI A; 1AP4 A; 2HQW A; 1GGZ A; 2L4I A; 3BUO B; 2L50 A; 1OZS A; 1RTP 1; 2ZFD A; 5D69 A; 3TS5 C; 1F71 A; 3CR5 X; 3F45 A; 2GV5 A; 3EKH A; 5HLO A; 1JWD A; 1B9A A; 1XFZ O; 3FWB A; 4PE1 A; 3FIA A; 4WQ2 A; 3LCP C; 3IF7 A; 3LL8 B; 1BMO A; 4GUK A; 3JVT B; 1J7P A; 5CSF A; 1YUU A; 1B47 A; 1CDM A; 1QAS A; 1U5I B; 3ICB A; 4HSZ A; 1NIW A; 4P2Y B; 3SG4 A; 1LIN A; 3A8R A; 2WCB A; 4GGF C; 2KNE A; 1MR8 A; 2F3Z A; 1RK9 A; 2HQ8 A; 3TS5 B; 3SIB A; 1SKT A; 1S5G Z; 3OX5 A; 1VRK A; 1JSA A; 1BG1 A; 3H4S E; 1UUS A; 4PE7 A; 3DF0 B; 4CPV A; 2M9G A; 1EL4 A; 1DGV A; 1R6P A; 4MRY A; 2H2K A; 2LLS A; 4MSP A; 1H4B A; 1B4C A; 1WRZ A; 3DVK A; 3PAT A; 1S6C A; 3KHE A; 1NWD A; 2HF5 A; 2BCB A; 3SG7 A; 2F8P A; 1K96 A; 2BL0 B; 1ZFS A; 5KU1 A; 1FI6 A; 2L51 A; 3DVM A; 4I5K A; 1QAT A; 1RRO A; 3PAL A; 2K8M B; 4MRX A; 1J7R A; 1KK7 Y; 5IBW A; 4N5X A; 2IS9 A; 3LK1 A; 2JNX A; 1AJ4 A; 2F33 A; 3PFV A; 1B8R A; 2PAL A; 1W7J B; 3OB2 B; 1YVL A; 1ODB A; 2JT8 A; 1J55 A; 1ZMZ A; 2K7C A; 1CM1 A; 4GBA A; 1LXF C; 1NUB A; 1KWO C; 1PAL A; 1WRL A; 2F2O A; 2SCP A; 2EHB A; 3TUY C; 1RWY A; 1UHN A; 2CBL A; 5D7F A; 1PK0 D; 1A03 A; 1MHO A; 1SL8 A; 2WOR A; 1LVC D; 1UHK A; 1Y1U A; 1SY9 A; 3PM8 A; 1JFJ A; 1SNL A; 2AUC A; 3OX6 A; 3C1V A; 1DJW A; 1HQV A; 2KFG A; 1X02 A; 4PDZ A; 2ISD A; 3FWC A; 3O78 A; 1NCY A; 5HKZ A; 1DMO A; 1EXR A; 1SMG A; 2WND A; 1KCY A; 1YRT B; 1K93 D; 1S26 D; 1AK8 A; 1IWQ A; 4OKH A; 1YTZ C; 2BCX A; 1NX2 A; 1LKJ A; 1DF0 A; 4YGA A; 4YGE B; 1KSO A; 5F6T A; 1YVH A; 3TUY B; 3ZNI A; 2EC6 B; 2P6B B; 1IJ5 A; 1PSB A; 1YR5 A; 2G2B A; 5BPJ A; 2PVB A; 3EVR A; 1CMF A; 5GQQ C; 1QLK A; 2K2A A; 4XJK A; 2I2R E; 1MF8 B; 1MXL C; 1M31 A; 1OQP A; 2KI4 B; 2F3Y A; 2KOT A; 1J1E A; 3BOW A; 1BT6 A; 1HT9 A; 3OHM B; 3CS1 A; 1G8I A; 3O2P A; 4E68 A; 2PAS A; 2LLT A; 1KFU L; 1XFU O; 5TNC A; 3HX4 A; 1C07 A; 1A75 B; 1TNX A; 2BE6 A; 1BLQ A; 3CWG A; 1F8H A; 2G9B A; 1SCV A; 2KFH A; 5FYX A; 1ZAC A; 3GK2 A; 2PMY A; 4YGC B; 5KSZ A; 1IQ3 A; 4FTG A; 3CLN A; 1WLZ A; 4AQJ A; 3WNX B; 3KO0 A; 2NXQ A; 3RM1 A; 1CNP A; 3EKJ A; 2O5G A; 1U5I A; 1JUO A; 3VRR A; 2Q4U A; 4I5N B; 2K7B A; 2GGZ A; 2OS8 C; 2M7N A; 1YUT A; 1XK4 C; 3CGA A; 4MEW A; 3AAK A; 1KQM B; 2AMI A; 2QPT A; 2O60 A; 2KDH A; 4PHJ A; 1OOJ A; 1QV0 A; 4NDD A; 2LVV A; 2LAN A; 1BU3 A; 2JTZ A; 2TN4 A; 3EVV A; 4N1G A; 1QTX A; 3D10 A; 4JQ0 D; 4YI9 A; 2D8N A; 5AXI A; 3CTN A; 1IH0 A; 3GK1 A; 3OP0 A; 1CM4 A; 2M49 B; 1SL9 A; 2JWW A; 3DF0 A; 4ZCV A; 1QLS A; 1QXP A; 5CSN A; 4HRE E; 3AAJ A; 2LCP A; 4ETO A; 3I5I C; 2WCF A; 1A4P A; 2OS8 B; 3NSO A; 2FCD A; 3O4Y A; 1NSH A; 2WC8 A; 1GGW A; 4GGF A; 1DVI A; 1F54 A; 3VRO A; 3CR4 X; 4M2O A; 5HKW A; 1JC2 A; 1TRF A; 1PVB A; 1XFV O; 5JOL A; 5HYD A; 1S5G Y; 3EK7 A; 4U8D A; 2ZN8 A; 5DKR A; 4ORA B; 1FBV A; 1QJT A; 4MN0 A; 2FCE A; 2PSR A; 1DGU A; 2BE4 A; 4PHN A; 1S3P A; 1Y1A A; 1BOC A; 4N1F A; 1R2U A; 1EH2 A; 4C0J A; 3ZWH A; 1YUS A; 2K61 A; 2ZN9 A; 4R1E A; 2KI6 C; 4MZL A; 1K9K A; 1K8U A; 2JXC A; 4DCK A; 3TDI A; 1EJ3 A; 1BR4 B; 2B1U A; 3DVJ A; 3NSL A; 1QVI Z; 4PE0 A; 3MSE B; 1JBA A; 1FF1 A; 2JZI A; 2Y4Q A; 1L7Z A; 1LA0 A; 3SG5 A; 5I2Q A; 2MA2 A; 2CTN A; 5HKY A; 4GAO A; 4M2Q A; 1FW4 A; 2NLN A; 1CFC A; 2QAC A; 3EK8 A; 1YUR A; 1K94 A; 1TNQ A; 1SRA A; 3I5G C; 1IRJ A; 1PVA A; 5DKQ A; 1GQM A; 2Y1N A; 4QJ5 B; 1WDC C; 1M39 A; 1CLB A; 2L4H A; 2E6W A; 5AFP A; 4IL1 A; 1V1G A; 1V1F A; 1CTR A; 1TTX A; 4QJ3 B; 4PHK A; 5K89 A; 2KQY A; 1UWO A; 2CT9 A; 2JUL A; 5ER4 X; 4BY5 A; 2WOS A; 5DKN A; 2WCE A; 1QX5 B; 1DT7 B; 4ORC B; 1RFJ A; 1F4Q A; 1A75 A; 2MHH A; 2JPT A; 1MUX A; 2LC5 A; 1OMV A; 4F0Z B; 4I5J A; 1J1D A; 1XFX O; 4A4C A; 1KSM A; 2JTT A; 2LUX A; 1CDP A; 2LMU A; 2KHN A; 1KWO B; 1UP5 A; 4JPZ B; 1N2D A; 1WDC B; 3BYA A; 1RJV A; 1UHH A; 1M46 A; 2BKI B; 4MBE A; 5I8N A; 3PN7 C; 1OMD A; 1SR6 C; 2KSP A; 1A29 A; 1M63 B; 3K21 A; 4QJ4 B; 4WRI A; 3PLF B; 4CID A; 3TDU A; 3IQO A; 1JFK A; 3O6B A; 1J7Q A; 2NCO A; 4MVF A; 4YI8 A; 1MWN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VRN A; 1CDL A; 4NDB A; 1Z4H A; 1KK8 C; 2K2F A; 2LHI A; 5D3O A; 2M8U A; 4DRW A; 3A4U B; 2LP3 A; 2JT3 A; 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