The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
163
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structure length |
157
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Chain Sequence |
SGLVPGSDIDATQLQGLLNQELLDMFSLDECRSLVALMELKVNGRLDQEEFARLWKRLVHYQHVFQKVQTSPGVLLSSDLWKAIENTDFLRGIFISRELLHLVTLRYSDSVGRVSFPSLVCFLMRLEAMAKTFRNLSKDGKGLYLTEMEWMSLVMYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Human Calpain 13
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Calpain 13
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| total genus |
53
|
| structure length |
157
|
| sequence length |
163
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VRK A; 1UP5 A; 2QAC A; 2HPS A; 1K2H A; 1NP8 A; 4NDC A; 2AUC A; 2BE6 A; 4Q04 A; 1AJ4 A; 2JT8 A; 4I5N B; 3EKJ A; 3MSE B; 4BY4 A; 2EC6 C; 2E30 A; 3PN7 B; 4YRU A; 2I7A A; 1SBJ A; 1SK6 D; 2M49 B; 3CS1 A; 1TCO B; 2LP3 A; 3PM8 A; 5ER4 X; 1PUL A; 2WCB A; 3BUO B; 1JWD A; 1CLL A; 3VRP A; 4A4B A; 1CFD A; 1S5G Z; 1RK9 A; 5I2O A; 1NPQ A; 5PAL A; 2AMI A; 1ALV A; 1LIN A; 1OMD A; 4MRX A; 1OSA A; 1NUB A; 2L4H A; 4N5X A; 1KK8 B; 1QAS A; 4QJ5 B; 4XYN A; 1NCZ A; 3NXA A; 4GGF C; 4PE1 A; 1C07 A; 1UHN A; 3VRO A; 1L7Z A; 1TTX A; 3WHU B; 1EL4 A; 3AAJ A; 4M2O A; 2L50 A; 3H4S E; 3KEV A; 1CFC A; 1LA3 A; 1DJI A; 2H61 C; 1SY9 A; 3JTD B; 2K7D A; 1KFX S; 1KK7 Z; 3NSK A; 3WHT B; 2CCM A; 1BLQ A; 2PAS A; 3BOW B; 1K93 D; 1MXE A; 5AAN A; 1A29 A; 1QIV A; 1XYD A; 2KHN A; 2L2E A; 4P5O E; 3SG5 A; 3D0Y B; 1XFV O; 2BCA A; 1PSR A; 2CNP A; 4ZCV A; 1Y1X A; 2K61 A; 1XFW O; 4GAO A; 2M7L A; 2F3Y A; 5K89 A; 2WC8 A; 5CSI A; 3SG7 A; 4F0Z B; 2LVK A; 4MEW A; 4ORC B; 1CFP A; 1K9K A; 1WDC C; 1M46 A; 1SKT A; 5TNC A; 4QJ4 B; 1IKU A; 4PAL A; 2F2O A; 3KO0 A; 3PAL A; 4MVF A; 1HT9 A; 3I5H B; 3AKA A; 4D1E A; 4DS7 A; 1JF2 A; 1GGZ A; 1IGV A; 1YVL A; 4PCW A; 1KQM B; 3LLE A; 1B47 A; 1A4P A; 2K2F A; 4R1E A; 1S6C A; 5CSN A; 2L98 A; 2HQW A; 3EK4 A; 2ZN9 A; 4JPZ B; 3I5F C; 2JRF A; 1KQM C; 1RJV A; 3CWG A; 1C7W A; 1NX2 A; 1DT7 B; 1SR6 C; 1IJ6 A; 1BJF A; 1YUR A; 1IQ5 A; 1RRO A; 1DGU A; 1GQM A; 1QX2 A; 3NSI A; 5HKW A; 4P2Y B; 2QPT A; 4MZK A; 2M1U A; 1J1D A; 3OB1 B; 3KHE A; 4XJK A; 5AER A; 2KI4 B; 1YUU A; 1YX8 A; 4ORB B; 5B8I B; 3M0W A; 1MWN A; 5JJG A; 1JSA A; 1EH2 A; 3IQQ A; 1OE9 B; 1UHI A; 1TNW A; 1KWO B; 5KSZ A; 1B8C A; 3FIA A; 1TIZ A; 1YRT B; 1A75 B; 1KFU S; 3A4U B; 2MHH A; 1R2U A; 2KOT A; 1ALW A; 1XK4 C; 3CLN A; 2GV5 A; 5CPV A; 2I94 A; 1KSM A; 1U5I A; 4ETO A; 4ORA B; 1ZFS A; 2JPT A; 1BG1 A; 1DGV A; 1YUT A; 4I5J A; 1NX0 A; 1J1E A; 5AEQ A; 3PAT A; 3BQ3 A; 1Y1A A; 3NSL A; 4PHM A; 4A4C A; 3DF0 A; 2SAS A; 1OMR A; 1FBV A; 2G9B A; 3WNX B; 1CDM A; 3O2P A; 1XFZ O; 1KFX L; 2JNF A; 1DF0 A; 4GUK A; 1MUX A; 1D1O A; 3PLF B; 1SRA A; 2ZRS A; 2MAZ A; 4DCK A; 3TS5 C; 2M1K B; 1UUS A; 3KPX A; 5CSF A; 4AQJ A; 1ODB A; 4OV2 A; 4MRY A; 3IF7 A; 1DJX A; 2LP2 A; 2OTG B; 2JNX A; 4YI8 A; 3VGO A; 2LE9 B; 3I5I B; 2F33 A; 2KAY A; 3A8R A; 4I5K A; 3TDZ A; 1IJ5 A; 2KFF A; 4HRH A; 1TOP A; 4CLN A; 1QIW A; 4ZCU A; 2OTG C; 1S1E A; 3BUX B; 4HRE E; 3PN7 C; 1DJZ A; 1QVI Y; 2L0P A; 4PE0 A; 1N2D A; 2ZKM X; 1EXR A; 3OP0 A; 2Q91 A; 2TN4 A; 1LA0 A; 2BKI B; 2KGB C; 2JUL A; 2JXC A; 2NXQ A; 3OHM B; 5G08 A; 1DMO A; 3LK0 A; 1NCX A; 1AVS A; 2LMV A; 4WQ2 A; 2JU0 A; 1UHJ A; 1WRK A; 2ZFD A; 2NLN A; 2JT0 A; 5BPJ A; 4GGN A; 3K21 A; 2LVI A; 5D7F A; 2WND A; 3CR2 A; 1CM1 A; 1B4C A; 1PVA A; 1NX1 A; 1WY9 A; 2LHL A; 1KK8 C; 3BUW B; 4YGA A; 5I2L A; 2O60 A; 3RM1 A; 1CKK A; 4FQO A; 1KCY A; 1CMF A; 3DVJ A; 4L9M A; 1H8B A; 2JT3 A; 2KAX A; 4AOM A; 2AAO A; 1OZS A; 2LMT A; 1BR1 B; 2KYF A; 3OX6 A; 1NCY A; 3O4Y A; 3JTD C; 2ZRT A; 1M39 A; 4BY5 A; 1PK0 D; 4IL1 A; 1DJY A; 4N1G A; 1S26 D; 2F8P A; 2MLF C; 1LVC D; 1CLM A; 1L2O B; 3GK1 A; 1NIW A; 4TNC A; 4C0K A; 1QTX A; 3DVM A; 1LKJ A; 2NZ0 A; 4GGF A; 1TN4 A; 5ER5 A; 3GK4 X; 5AXI A; 1NX3 A; 5KU1 A; 5DKQ A; 2JXL A; 1SCM B; 1MQ1 A; 2F2P A; 1KFU L; 4ICB A; 1L2O C; 2JZI A; 2M3W A; 3TDI A; 2GGZ A; 3CR5 X; 3CR4 X; 2H61 A; 3VRR A; 1RTP 1; 1DTL A; 1F4Q A; 1SYM A; 2ZNE A; 1FI5 A; 2LUX A; 1MF8 B; 3DD4 A; 4JWQ A; 3CGA A; 4YBH B; 5IBW A; 5HKY A; 2FJU B; 2JTT A; 3LL8 B; 3I5H C; 3JVT B; 3OB2 B; 1N0Y A; 1CDP A; 3RLZ A; 3FWC A; 1SCV A; 3I5G B; 1SL8 A; 3BUM B; 1DJH A; 4NDD A; 2M97 A; 1J7O A; 3EK8 A; 1B7T Z; 2Y4Q A; 2LMU A; 3JVT C; 4YGC B; 1KSO A; 1QX5 B; 1CFF A; 1EJ3 A; 2HET A; 2NCO A; 3I5G C; 4OR9 B; 4XJK B; 1CMG A; 2L4I A; 4DIR A; 3BUN B; 2WCE A; 1YTZ C; 1B1G A; 2Y1M A; 4QJ3 B; 2KYC A; 3O6B A; 2L51 A; 3AAK A; 1ZUZ A; 4PHN A; 5GQQ C; 1QS7 A; 2M29 A; 4MZJ A; 4MN0 A; 1K8U A; 2M7N A; 5J3X A; 1OMV A; 2K7C A; 2O5G A; 2PVB A; 2R2I A; 5DKN A; 4YGD B; 3IQO A; 2JWW A; 2LAP A; 1FPW A; 1WLZ A; 1MR8 A; 2KI4 C; 2H2K A; 4MZL A; 1NYA A; 2JQ6 A; 4HRG A; 1JF0 A; 2K0J A; 1U5I B; 4PHK A; 4C0L A; 1J7R A; 4DUQ A; 1N65 A; 1XFU O; 1KWO C; 3HX4 A; 4PDZ A; 1WRZ A; 2FCD A; 3ICB A; 1TNQ A; 1PRW A; 3DF0 B; 1J55 A; 3EK7 A; 1UHK A; 1CNP A; 1B8R A; 2P6B B; 1W7J B; 4OCI A; 4DRW A; 1BMO A; 3SG6 A; 2LNK A; 1QAT A; 4OKH A; 2B1U A; 1YUS A; 1AJ5 A; 2COL B; 3CTN A; 2LVV A; 2LM5 A; 2LLU A; 1XFX O; 1DF0 B; 2KQ6 A; 1ZMZ A; 2G2B A; 2IS9 A; 4CID A; 3LCP C; 1QLK A; 2KSP A; 2PMY A; 2L5X B; 1PVB A; 1FW4 A; 1REC A; 4E68 A; 1IH0 A; 2KAV A; 1AHR A; 1S6J A; 3SIA A; 1TCF A; 4GNK B; 3TUY B; 3EVV A; 1CDN A; 1CTR A; 1K9U A; 1XK4 A; 2KI6 C; 2Q4U A; 4HSZ A; 1UWO A; 2K7O A; 2BCX A; 1F8H A; 2LLS A; 3SG3 A; 1QVI Z; 2WOR A; 3WXA A; 1G33 A; 1F54 A; 1BOD A; 2KFH A; 1QV0 A; 2MA2 A; 2BL0 B; 1V1F A; 1GJY A; 3SG4 A; 1J7Q A; 3I5I C; 4GFT A; 1M63 B; 3NSO A; 5I2Q A; 1LXF C; 1JUO A; 1IG5 A; 4JQ0 D; 1B9A A; 1CB1 A; 3EKH A; 2I2R E; 1BR4 B; 1Y1U A; 2PRU A; 1CDL A; 1NWD A; 1JBA A; 2M9G A; 1EG4 A; 2EC6 B; 5HKZ A; 5HLV A; 1PSB A; 1BT6 A; 2PSR A; 4CFR A; 4UPG A; 2KFG A; 2HQ8 A; 1OQP A; 1HQV A; 2LCP A; 4NQG A; 3HCM A; 2Y5I A; 1A03 A; 4MLW A; 2CBL A; 2K7B A; 5I8N A; 2KGR A; 1F70 A; 2MBX A; 1AUI B; 2SCP A; 2FCE A; 4YGB B; 1BOC A; 4GPL B; 1M45 A; 4FTG A; 3FS7 A; 1S5G Y; 1ZOT B; 3VRQ A; 1E8A A; 1QX7 A; 1K94 A; 1WRL A; 2BEC A; 3BYA A; 3PSR A; 2LHI A; 1GGW A; 3CZT X; 1TRF A; 2KQY A; 1PAL A; 1S3P A; 1WLM A; 1OZO A; 1FF1 A; 3EVR A; 1JFK A; 1JFJ A; 4N1F A; 1RFJ A; 1RWY A; 2CTN A; 4C0J A; 2K2A A; 2K8M B; 3LK1 A; 1SCM C; 1XA5 A; 1YRU B; 3BXK A; 4M2P A; 1SL9 A; 2DOQ A; 4OVN F; 2ISD A; 2Y1N A; 4AQI A; 2JC2 A; 1MHO A; 2EGD A; 1MXL C; 1QXP A; 2F3Z A; 2CXJ A; 3SJS A; 1KK7 Y; 2LV7 A; 4NDB A; 2WCF A; 1B8L A; 3VRN A; 1SL7 A; 1R6P A; 1NSH A; 3BOW A; 1QLS A; 1QV1 A; 1WDC B; 1TNP A; 1UUR A; 3ZNI A; 1X02 A; 3D0Y A; 3KF9 A; 3EVU A; 2BBM A; 1XO5 A; 1OOJ A; 1S6I A; 1BF5 A; 1SPY A; 4USL A; 1K9P A; 2D8N A; 1K90 D; 3D10 A; 1DVI A; 1SW8 A; 1AP4 A; 1DJG A; 1XVJ A; 2KI6 D; 1XFY O; 3TDU A; 3DVE A; 3I5F B; 2BCB A; 1CLB A; 3E3R A; 4YI9 A; 2LUC A; 4PE7 A; 3AKB A; 1IRJ A; 1UHH A; 4U8D A; 1M31 A; 1S36 A; 1SR6 B; 2I18 A; 2LAN A; 4PHJ A; 4MBE A; 1G4Y R; 2M0R A; 2LVJ A; 1SMG A; 4CPV A; 1FI6 A; 2PAL A; 1IQ3 A; 2BE4 A; 1BU3 A; 1DJW A; 2OS8 B; 5CSJ A; 2OPO A; 2BKH B; 5FYX A; 1B7T Y; 3DVK A; 2KNE A; 3F45 A; 2KDH A; 1JC2 A; 1CM4 A; 1TNX A; 2ZND A; 4CFQ A; 2OS8 C; 2ZN8 A; 3ZWH A; 1F55 A; 2LLT A; 1YX7 A; 2MRD A; 1F71 A; 5F6T A; 3OX5 A; 4MSP A; 3QRX A; 4I5L B; 1K96 A; 1ZAC A; 1YR5 A; 4WRI A; 1G8I A; 2EHB A; 2BBN A; 3O78 A; 2VRG A; 2KBI A; 5KTY A; 1C7V A; 2MJW B; 3SIB A; 4GBA A; 1EG3 A; 1Y0V H; 1Y6W A; 4YGE B; 5D69 A; 2E6W A; 1IWQ A; 2M8U A; 4M2Q A; 5DKR A; 1YVH A; 2LC5 A; 3TZ1 A; 1F4O A; 3C1V A; 2KBM A; 1W7I B; 1AK8 A; 3TUY C; 1A75 A; 5JOL A; 2JTZ A; 1KQV A; 2MLE C; 2NCP A; 1K95 A; 3FWB A; 5AFP A; 5HYD A; 2V53 A; 4PE4 A; 1J7P A; 3PFV A; 4WQ3 A; 2HF5 A; 1V1G A; 2WOS A; 2FOT A; 3GK2 A; 1H4B A; 2GGM A; 1QJT A; 2CT9 A; 1A2X A; 3TS5 B; 5HLO A; 3GOF A; 2RGI A; 3SG2 A; 2BL0 C; 2JOJ A; 2A4J A; 1Q80 A; 1SNL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VRK A; 3CAB A; 5DIC A; 1UP5 A; 2QAC A; 2HPS A; 3RZS A; 1NP8 A; 1K2H A; 4NDC A; 2AUC A; 2BE6 A; 4Q04 A; 1AJ4 A; 2JT8 A; 4I5N B; 3EKJ A; 3MSE B; 4BY4 A; 2EC6 C; 2E30 A; 3PN7 B; 4YRU A; 2I7A A; 1SBJ A; 3N7H A; 1SK6 D; 2M49 B; 3CS1 A; 1TCO B; 2LP3 A; 3L4A A; 3PM8 A; 5ER4 X; 1PUL A; 2WCB A; 3BUO B; 1JWD A; 1CLL A; 3D74 A; 3VRP A; 4A4B A; 1CFD A; 3CZ1 A; 1S5G Z; 1RK9 A; 5I2O A; 1NPQ A; 5PAL A; 2AMI A; 1TUZ A; 1ALV A; 3R72 A; 1LIN A; 1OMD A; 4MRX A; 1OSA A; 1NUB A; 2L4H A; 4N5X A; 1KK8 B; 1QAS A; 4QJ5 B; 4XYN A; 1NCZ A; 3NXA A; 4GGF C; 4PE1 A; 3V2L A; 1C07 A; 1UHN A; 3NHI A; 3VRO A; 1L7Z A; 1TTX A; 3WHU B; 1EL4 A; 2QEO A; 3AAJ A; 4M2O A; 2L50 A; 3H4S E; 3KEV A; 1CFC A; 3CZ0 A; 1LA3 A; 1DJI A; 2H61 C; 1SY9 A; 3JTD B; 2K7D A; 1KFX S; 1KK7 Z; 3NSK A; 3WHT B; 2CCM A; 1BLQ A; 2PAS A; 3BOW B; 1K93 D; 1MXE A; 5AAN A; 1A29 A; 1DEL A; 1QIV A; 3B86 A; 1XYD A; 2KHN A; 2L2E A; 4P5O E; 3SG5 A; 3O4X A; 3D0Y B; 1C3Z A; 1XFV O; 2BCA A; 1PSR A; 2CNP A; 4ZCV A; 1Y1X A; 2K61 A; 1XFW O; 4GAO A; 2M7L A; 2F3Y A; 5K89 A; 1T14 A; 2WC8 A; 5CSI A; 3SG7 A; 4F0Z B; 2LVK A; 4MEW A; 4ORC B; 1CFP A; 1K9K A; 1WDC C; 1M46 A; 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