The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
111
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structure length |
111
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Chain Sequence |
b'KAQQEERLEGINKQFLDDPKYSNDEDLPSKLEAFKVKYMEFDLNGNGDIDIMSLKRMLEKLGVPKTHLELKRLIREVSSGSEETFSYSDFLRMMLGKRSAILRMILMYEEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray Structures of the Microglia/Macrophage-specific Protein Iba1 from Human and Mouse Demonstrate Novel Molecular Conformation Change Induced by Calcium binding
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Allograft inflammatory factor 1
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| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Metal binding protein
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| total genus |
38
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B8L A; 2F33 A; 3E3R A; 3M0W A; 2JT3 A; 2ZRT A; 1DT7 B; 3NSI A; 2Y5I A; 2L2E A; 2ZN9 A; 4MZJ A; 1WY9 A; 1ZAC A; 2VRG A; 1ZOT B; 2OTG B; 1F55 A; 2ZKM X; 3PN7 C; 3PSR A; 1B1G A; 2K8M B; 3EVV A; 2O5G A; 1LVC D; 1EG4 A; 2MHH A; 2K2F A; 1WRL A; 1TTX A; 2KI4 C; 5CSJ A; 1B8C A; 1K8U A; 2KGB C; 5GQQ C; 3SJS A; 5JJG A; 1MR8 A; 5TNC A; 2BKH B; 2OS8 B; 4M2Q A; 5AFP A; 1DJG A; 3MSE B; 3PLF B; 1BF5 A; 2WOR A; 1SR6 B; 2Y4Q A; 1JFK A; 1NYA A; 4YGA A; 4MVF A; 4A4B A; 2JU0 A; 2BE4 A; 1KFX S; 4FQO A; 1DF0 A; 1QV1 A; 4NDC A; 2E6W A; 1K2H A; 4ORA B; 1OE9 B; 4XJK B; 3ICB A; 1OMV A; 4MZK A; 4U8D A; 1BR4 B; 1KQM C; 1KSM A; 1J7Q A; 1BMO A; 2L4I A; 1L2O C; 1F4O A; 1CM4 A; 2PRU A; 4I5J A; 4UPG A; 5HLV A; 3K21 A; 1AJ5 A; 2PMY A; 3ZWH A; 1C7W A; 1J55 A; 3TUY B; 4ZCV A; 3OHM B; 3FWC A; 4MEW A; 2COL B; 3BUO B; 4DUQ A; 2LE9 B; 3PAT A; 5KSZ A; 4N1F A; 1YUT A; 1SY9 A; 1DJH A; 5F6T A; 3CTN A; 2MLE C; 5KTY A; 1IGV A; 4PHJ A; 2E30 A; 2L5X B; 3AAK A; 2MA2 A; 4YI9 A; 1SL9 A; 2NZ0 A; 1M63 B; 2BL0 B; 2JC2 A; 5BPJ A; 2P6B B; 1U5I A; 1FI6 A; 1MXE A; 5CSI A; 2CTN A; 2FJU B; 1CMG A; 1KFX L; 1G8I A; 2CBL A; 1JBA A; 1W7J B; 1OMD A; 3A4U B; 2CT9 A; 2M7L A; 4FTG A; 1S6J A; 1KQV A; 4NDB A; 1S3P A; 4C0J A; 4OVN F; 2F8P A; 1CTR A; 1OMR A; 4DCK A; 3FIA A; 3CS1 A; 1IKU A; 2L50 A; 3IF7 A; 4M2P A; 2KAY A; 1CB1 A; 3VRR A; 1SBJ A; 1DJW A; 2BCB A; 3BUM B; 1KK8 C; 1C07 A; 2M3W A; 1J1E A; 4JQ0 D; 4CFR A; 1CLM A; 1OOJ A; 3HX4 A; 1SCV A; 3NXA A; 1K9U A; 1IQ5 A; 5CSF A; 3EK7 A; 1FBV A; 1PAL A; 2BCA A; 2F2P A; 1QJT A; 1HQV A; 5B8I B; 1J7O A; 1SYM A; 2IS9 A; 4ETO A; 1PSR A; 1UHH A; 1N0Y A; 2GV5 A; 1WRZ A; 3KEV A; 1Y1X A; 4ORC B; 3TZ1 A; 1JFJ A; 1DMO A; 3BUX B; 1F8H A; 1KK7 Z; 2JRF A; 1QLK A; 2I2R E; 3NSO A; 5I2L A; 1GGZ A; 1PVB A; 1WDC C; 1YUU A; 2MAZ A; 2RGI A; 2AAO A; 1JF0 A; 3TDZ A; 2NCO A; 1TIZ A; 4YI8 A; 2WND A; 2ZRS A; 1TNX A; 1F71 A; 1OSA A; 1K96 A; 1A75 A; 2JXL A; 2M97 A; 2MJW B; 4YRU A; 1G4Y R; 1SK6 D; 1KWO B; 1MXL C; 3CR2 A; 3SG7 A; 4GUK A; 3I5G B; 2CNP A; 1DJZ A; 1R2U A; 2QAC A; 4E68 A; 2V53 A; 1SNL A; 2JZI A; 3BYA A; 5ER4 X; 2L4H A; 3VRQ A; 3DVM A; 5I2O A; 1Y1U A; 1C7V A; 3OX6 A; 3AKA A; 2LUC A; 1GQM A; 3GK4 X; 1L7Z A; 2KI4 B; 1M31 A; 1NWD A; 4QJ4 B; 2LLT A; 5PAL A; 4ZCU A; 4GBA A; 4YGE B; 4C0K A; 3CR4 X; 3TS5 C; 4MZL A; 2LLU A; 3A8R A; 4C0L A; 2GGM A; 4PE4 A; 1Y0V H; 2KDH A; 1NX1 A; 2JPT A; 1XYD A; 1PK0 D; 2K61 A; 1WRK A; 2KOT A; 2WC8 A; 1EL4 A; 2TN4 A; 2DOQ A; 2HQW A; 3IQQ A; 3SG3 A; 2ZNE A; 1FI5 A; 5D7F A; 2JTZ A; 4OV2 A; 4PAL A; 2LV7 A; 2BE6 A; 1DJX A; 3SG4 A; 2KBM A; 2HPS A; 2HET A; 3SIA A; 2WCE A; 4ORB B; 1BLQ A; 3GK1 A; 1UHI A; 2BBN A; 3EVU A; 3JTD B; 2KFG A; 1QVI Y; 2KQ6 A; 1LA3 A; 2G2B A; 3OP0 A; 1CFC A; 2KBI A; 1SPY A; 1W7I B; 2FCE A; 3LLE A; 1NIW A; 3KHE A; 3ZNI A; 3KPX A; 2JNF A; 4YGB B; 1YVL A; 1IWQ A; 4HRH A; 5AER A; 1MHO A; 2EHB A; 2WCB A; 4QJ5 B; 1OZO A; 1DF0 B; 1A4P A; 3NSL A; 2MLF C; 2Q4U A; 2H61 C; 4MRX A; 1QS7 A; 4OR9 B; 4DIR A; 1SCM C; 4HRG A; 3RM1 A; 3CWG A; 2I18 A; 2KI6 C; 1J1D A; 1HT9 A; 3WHT B; 1J7R A; 2ZN8 A; 4CID A; 4P2Y B; 2OTG C; 3EVR A; 4PHK A; 5ER5 A; 1UHN A; 1IJ5 A; 3CLN A; 2JWW A; 1CKK A; 1CMF A; 5I8N A; 3KF9 A; 1OQP A; 3BOW A; 1EXR A; 3VRP A; 3D10 A; 2QPT A; 1CDM A; 1X02 A; 1IJ6 A; 1S1E A; 2OS8 C; 1S26 D; 5AXI A; 2PAL A; 3JVT C; 4DS7 A; 1FF1 A; 2K7O A; 4QJ3 B; 2M1K B; 1IG5 A; 1SR6 C; 3BXK A; 5IBW A; 1PVA A; 1U5I B; 1DGU A; 2LMT A; 3EKJ A; 5G08 A; 1MWN A; 4PE1 A; 3SIB A; 1G33 A; 1AHR A; 3DD4 A; 2HQ8 A; 4AQJ A; 1LXF C; 1KFU S; 4L9M A; 3I5F B; 2LCP A; 2NCP A; 5DKQ A; 2B1U A; 5HLO A; 4MLW A; 4XYN A; 1NCX A; 1RK9 A; 1CFF A; 2KAX A; 2K0J A; 1PSB A; 2LP3 A; 1UUS A; 3LK1 A; 2BKI B; 5D69 A; 1E8A A; 4I5N B; 5JOL A; 1RJV A; 4AQI A; 2LVK A; 4HRE E; 3TUY C; 2LM5 A; 1EH2 A; 1QV0 A; 3LK0 A; 4OKH A; 4BY5 A; 2M49 B; 4F0Z B; 2JUL A; 1JF2 A; 1NX0 A; 4GAO A; 5HKW A; 1SKT A; 1QAT A; 1NUB A; 2KSP A; 1S36 A; 1S5G Y; 2LUX A; 3TDI A; 1EJ3 A; 1XFX O; 1QLS A; 2BL0 C; 1YRT B; 4MBE A; 3I5I B; 4PE7 A; 4M2O A; 1QAS A; 2MRD A; 2O60 A; 3BUW B; 3WNX B; 1JUO A; 2MBX A; 1V1G A; 3I5H C; 2LAP A; 2ZFD A; 1GJY A; 3F45 A; 1ZMZ A; 2D8N A; 2G9B A; 3H4S E; 1ZUZ A; 5AEQ A; 1SW8 A; 4PDZ A; 5DKN A; 5K89 A; 1VRK A; 1TNP A; 1XFW O; 3BQ3 A; 3PM8 A; 4USL A; 2OPO A; 2EC6 B; 2EC6 C; 1UP5 A; 1CDN A; 3DF0 A; 1BOC A; 1IQ3 A; 1XA5 A; 1QXP A; 1NX2 A; 2Y1M A; 1S6C A; 1A75 B; 1N65 A; 2F2O A; 2KFF A; 1LIN A; 1LKJ A; 1NPQ A; 2JOJ A; 3O6B A; 1TRF A; 2NLN A; 1IH0 A; 3PN7 B; 1CLB A; 3DVJ A; 2M8U A; 1NP8 A; 1J7P A; 2FCD A; 1H8B A; 1YUR A; 4PHN A; 3CGA A; 1SRA A; 2KHN A; 2M29 A; 1TNQ A; 2BEC A; 3AKB A; 1UUR A; 5HYD A; 2LLS A; 2L51 A; 2LVV A; 4N1G A; 5AAN A; 4N5X A; 1XK4 C; 2L98 A; 1YRU B; 2AUC A; 4P5O E; 3VRO A; 1BJF A; 1WLZ A; 1DGV A; 3CZT X; 3PAL A; 3O78 A; 1M45 A; 2JTT A; 2LVJ A; 1XFY O; 2LMU A; 3KO0 A; 3D0Y A; 1OZS A; 2H61 A; 3LCP C; 1F54 A; 1CFP A; 1CLL A; 4PE0 A; 2WOS A; 4GFT A; 1BG1 A; 2HF5 A; 1K93 D; 1KQM B; 1YX7 A; 3CR5 X; 4PCW A; 4I5L B; 1L2O B; 1JC2 A; 1QIV A; 1SCM B; 1KWO C; 4CPV A; 1JWD A; 2CXJ A; 3I5G C; 4A4C A; 2M9G A; 1XFZ O; 2LNK A; 2Q91 A; 4HSZ A; 1WLM A; 1XVJ A; 1B4C A; 1B9A A; 4GNK B; 2KYC A; 1YTZ C; 1MUX A; 4GPL B; 1XFV O; 1B7T Z; 3SG6 A; 1AP4 A; 4WRI A; 3RLZ A; 2ZND A; 2WCF A; 2SAS A; 1RTP 1; 2PVB A; 3DVK A; 3JVT B; 4NDD A; 2BCX A; 1UHJ A; 2KQY A; 3HCM A; 1MQ1 A; 1ALV A; 1M46 A; 1K9P A; 4XJK A; 2A4J A; 1AK8 A; 4MN0 A; 1MF8 B; 2Y1N A; 3EKH A; 4YGC B; 2KGR A; 3IQO A; 2M1U A; 1CDL A; 5I2Q A; 1TCO B; 4PHM A; 1AVS A; 2KI6 D; 2LAN A; 3QRX A; 2LVI A; 3GK2 A; 1R6P A; 2JXC A; 4GGN A; 4I5K A; 2K2A A; 1RWY A; 2F3Z A; 3JTD C; 1RFJ A; 2JNX A; 3BOW B; 4WQ3 A; 1A03 A; 1NCZ A; 1DVI A; 2AMI A; 1KK8 B; 1ALW A; 1N2D A; 1K9K A; 4IL1 A; 1KSO A; 3TDU A; 2R2I A; 3FWB A; 2LC5 A; 1KK7 Y; 1FPW A; 3OB2 B; 4AOM A; 1CFD A; 1DJY A; 1YR5 A; 2I7A A; 2LHL A; 2PSR A; 3BUN B; 1BOD A; 1QX2 A; 1QVI Z; 3LL8 B; 4JPZ B; 4D1E A; 1K95 A; 1YX8 A; 1K94 A; 1F4Q A; 3EK4 A; 3VGO A; 3SG2 A; 1UHK A; 2GGZ A; 2KYF A; 1S6I A; 3EK8 A; 3I5H B; 1QX5 B; 4YBH B; 1NSH A; 1QTX A; 3WHU B; 5FYX A; 1WDC B; 1K90 D; 2SCP A; 3O4Y A; 3AAJ A; 3SG5 A; 1BT6 A; 2I94 A; 4OCI A; 4GGF A; 1ZFS A; 1V1F A; 1B8R A; 1TNW A; 1ODB A; 2JQ6 A; 3OB1 B; 4Q04 A; 2LHI A; 5KU1 A; 4CFQ A; 1AJ4 A; 1SMG A; 5HKZ A; 1CDP A; 2KNE A; 2M0R A; 3DVE A; 1XFU O; 4NQG A; 2EGD A; 1H4B A; 1YUS A; 1Y1A A; 2BBM A; 2L0P A; 5HKY A; 1KFU L; 1XK4 A; 1XO5 A; 2M7N A; 3TS5 B; 1QIW A; 3I5F C; 1REC A; 4MRY A; 2F3Y A; 4BY4 A; 1A29 A; 1BU3 A; 1GGW A; 3GOF A; 2CCM A; 2JT0 A; 1TCF A; 4GGF C; 2LMV A; 1CM1 A; 1B47 A; 3OX5 A; 3DF0 B; 4R1E A; 1YVH A; 1M39 A; 4TNC A; 1IRJ A; 2KFH A; 1DTL A; 1AUI B; 3PFV A; 1SL7 A; 5CPV A; 4YGD B; 1KCY A; 1CNP A; 2K7C A; 1LA0 A; 2PAS A; 1B7T Y; 3FS7 A; 1F70 A; 2H2K A; 1RRO A; 3C1V A; 3O2P A; 2FOT A; 1BR1 B; 1NX3 A; 1A2X A; 1SL8 A; 4MSP A; 1QX7 A; 5J3X A; 4CLN A; 1JSA A; 4WQ2 A; 2JT8 A; 1FW4 A; 1D1O A; 2NXQ A; 3I5I C; 1TOP A; 1DJI A; 1Q80 A; 2KAV A; 1UWO A; 1PRW A; 1EG3 A; 5CSN A; 3VRN A; 3NSK A; 2ISD A; 2K7B A; 4DRW A; 2K7D A; 1NCY A; 1Y6W A; 1PUL A; 1TN4 A; 2LP2 A; 3D0Y B; 4JWQ A; 4ICB A; 3WXA A; 1S5G Z; 5DKR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1B8L A; 2F33 A; 3E3R A; 3M0W A; 2JT3 A; 2ZRT A; 1DT7 B; 3NSI A; 2Y5I A; 2L2E A; 2ZN9 A; 4MZJ A; 1WY9 A; 1ZAC A; 2VRG A; 1ZOT B; 3K1E A; 2OTG B; 1F55 A; 2ZKM X; 3PN7 C; 3PSR A; 1B1G A; 2K8M B; 3EVV A; 5FI7 A; 2O5G A; 2KLE A; 1LVC D; 1EG4 A; 2MHH A; 2QEH A; 2K2F A; 1WRL A; 5D3O A; 1C3Y A; 1TTX A; 2KI4 C; 5CSJ A; 1B8C A; 1K8U A; 2KGB C; 5GQQ C; 3BFH A; 3SJS A; 5JJG A; 1MR8 A; 5TNC A; 2BKH B; 2OS8 B; 4M2Q A; 5AFP A; 1DJG A; 3MSE B; 3PLF B; 1BF5 A; 2WOR A; 1SR6 B; 2Y4Q A; 1JFK A; 1NYA A; 4YGA A; 4MVF A; 1SSE B; 2JU0 A; 4A4B A; 2BE4 A; 1KFX S; 4FQO A; 1DF0 A; 1QV1 A; 3OGN A; 4NDC A; 2E6W A; 1K2H A; 4ORA B; 1OE9 B; 4XJK B; 3ICB A; 1OMV A; 4MZK A; 3S0G A; 4U8D A; 1BR4 B; 1KQM C; 1KSM A; 1J7Q A; 1BMO A; 2L4I A; 1L2O C; 1F4O A; 1CM4 A; 2WCH A; 2PRU A; 4I5J A; 1DQE A; 4UPG A; 5HLV A; 3K21 A; 1AJ5 A; 2PMY A; 3OBV A; 3ZWH A; 1C7W A; 1J55 A; 3TUY B; 4ZCV A; 3OHM B; 3FWC A; 4MEW A; 2COL B; 3BUO B; 4DUQ A; 2LE9 B; 2YGU A; 3PAT A; 5KSZ A; 4N1F A; 1YUT A; 3R1O A; 1SY9 A; 1DJH A; 5F6T A; 3CTN A; 2MLE C; 5KTY A; 1IGV A; 4PHJ A; 2E30 A; 2L5X B; 3AAK A; 2MA2 A; 4YI9 A; 1SL9 A; 2NZ0 A; 1M63 B; 2BL0 B; 2JC2 A; 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