The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
182
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structure length |
182
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Chain Sequence |
AERLSEEEIGGLKELFKMIDTDNSGTITFDELKDGLKRVGSELMESEIKDLMDAADIDKSGTIDYGEFIAATVHLNKLEREENLVSAFSYFDKDGSGYITLDEIQQACKDFGLDDIHIDDMIKEIDQDNDGQIDYGEFAAMMRKRKGNGGIGRRTMRKTLNLRDALGLVDNGSNQVIEGYFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase, plant protein
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| source organism |
Glycine max
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| publication title |
Unexpected structure of the Ca2+-regulatory region from soybean calcium-dependent protein kinase-alpha
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Calcium-dependent protein kinase SK5
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| total genus |
24
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| structure length |
182
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| sequence length |
182
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| ec nomenclature |
ec
2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase. |
| pdb deposition date | 2004-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00036 | EF-hand_1 | EF hand |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AK8 A; 2JOJ A; 1B9A A; 2PRU A; 3OP0 A; 1IRJ A; 2LVK A; 2WOR A; 4ORC B; 4D1E A; 1C07 A; 3O4Y A; 1BU3 A; 4I5L B; 2ZRT A; 1AJ5 A; 3BUM B; 2JU0 A; 3CLN A; 2H2K A; 5D69 A; 3OB1 B; 2KSP A; 1KK7 Z; 3SG2 A; 1B7T Y; 5AFP A; 1F55 A; 2JNX A; 3O6B A; 3CTN A; 1BLQ A; 1BOC A; 1MUX A; 1R6P A; 4QJ5 B; 1OZS A; 1MXL C; 5CSJ A; 1A75 A; 2JT3 A; 2EC6 C; 4I5J A; 1FW4 A; 2M29 A; 1ALV A; 1SR6 B; 2GGZ A; 2KFG A; 1MXE A; 2SCP A; 3SG7 A; 5CSN A; 1NX1 A; 1DJX A; 1FI6 A; 2TN4 A; 3JVT B; 1EG3 A; 1KFU S; 3NSO A; 3PAT A; 3LCP C; 4N1F A; 1J7R A; 1SKT A; 1WY9 A; 3TDZ A; 1PVA A; 3NXA A; 3K21 A; 2M7N A; 4WRI A; 1TRF A; 1U5I B; 1CM1 A; 3I5F C; 4MN0 A; 1BG1 A; 1WLM A; 3HCM A; 1EXR A; 3IF7 A; 5HKZ A; 2M49 B; 4PHN A; 5I2L A; 4MLW A; 1S6I A; 2V53 A; 1UP5 A; 3I5H B; 1QV0 A; 1XVJ A; 1W7J B; 1F8H A; 2COL B; 2F3Y A; 3EVR A; 1ZFS A; 4PE4 A; 3TS5 C; 4CPV A; 4QJ4 B; 1IKU A; 2GGM A; 2K2A A; 5AER A; 3DVJ A; 3EVU A; 2JPT A; 3VRN A; 2G2B A; 2WCF A; 2NLN A; 2MAZ A; 4AQI A; 1B4C A; 2BBN A; 2BCA A; 3BOW B; 3H4S E; 3FS7 A; 1BMO A; 2F2P A; 4YGB B; 2K7C A; 1S3P A; 2MLE C; 3SG6 A; 1M63 B; 1Y1U A; 2KFH A; 1QXP A; 2Q4U A; 3IQO A; 2BE4 A; 2ZN9 A; 4YRU A; 1QS7 A; 3SG3 A; 1NUB A; 4HRG A; 1FI5 A; 4NDC A; 2LVI A; 4JWQ A; 5I2O A; 1UHI A; 4PE7 A; 2PMY A; 4PDZ A; 1A29 A; 1FBV A; 5AAN A; 2K61 A; 2JWW A; 2BL0 C; 3CR2 A; 3FIA A; 1LVC D; 2BBM A; 3I5G B; 3OX5 A; 1NP8 A; 1KQM B; 1ZMZ A; 1DJI A; 2KGB C; 4XJK A; 4R1E A; 1MF8 B; 1M45 A; 2Y4Q A; 2KAY A; 4DRW A; 1IH0 A; 1KWO C; 2KDH A; 2BCB A; 4GAO A; 1KK8 B; 1REC A; 1K93 D; 1K9K A; 2ZNE A; 5ER5 A; 1CKK A; 1G4Y R; 5BPJ A; 1KQV A; 2OTG C; 1M31 A; 1IJ5 A; 2LHI A; 4MEW A; 4U8D A; 2L50 A; 3CS1 A; 1RTP 1; 1GGZ A; 3ZWH A; 2KQY A; 4PHJ A; 4E68 A; 4N5X A; 4AQJ A; 1UHH A; 2ZN8 A; 1CMF A; 4GBA A; 2OS8 B; 4HSZ A; 1CDP A; 2JTT A; 1QVI Y; 2VRG A; 4YI9 A; 2NCO A; 1S5G Z; 1PSR A; 1YUR A; 2CXJ A; 2O60 A; 3O78 A; 3PN7 C; 3WHT B; 1EL4 A; 2CBL A; 2NCP A; 4GNK B; 4NQG A; 1DJH A; 1CTR A; 3I5I B; 5FYX A; 1SK6 D; 2LE9 B; 2KAV A; 3EKJ A; 2KFF A; 1JF2 A; 1PSB A; 3SG5 A; 1JFK A; 1L7Z A; 2QAC A; 3JTD C; 2MRD A; 5KU1 A; 2M9G A; 4ZCU A; 2CCM A; 1S6J A; 3VGO A; 1SW8 A; 3VRP A; 4ETO A; 1J55 A; 3RLZ A; 1S6C A; 1W7I B; 3A4U B; 1V1F A; 1YUT A; 3SG4 A; 1QX2 A; 1CFF A; 2K7B A; 5D7F A; 1K94 A; 5B8I B; 1TNX A; 2LLS A; 1UHJ A; 1TCF A; 1BR4 B; 2KYC A; 4PAL A; 1B7T Z; 3FWB A; 2M7L A; 1YVH A; 2LUX A; 3TZ1 A; 4CFR A; 2LLU A; 2P6B B; 2AAO A; 3SIA A; 1IGV A; 4OV2 A; 3KHE A; 1R2U A; 2M1K B; 2FJU B; 1DGU A; 3SJS A; 4Q04 A; 3O2P A; 1N65 A; 2MLF C; 2I2R E; 1E8A A; 1Y0V H; 5HKW A; 4PE0 A; 2M3W A; 1CM4 A; 4QJ3 B; 2IS9 A; 1JSA A; 3MSE B; 2AMI A; 2F2O A; 2KBM A; 2BEC A; 2PAL A; 1CMG A; 3ICB A; 2LMT A; 1TIZ A; 2LMV A; 1GQM A; 1YR5 A; 2KI4 C; 3D0Y A; 1NX3 A; 4OCI A; 3LK0 A; 3QRX A; 2LAN A; 1EJ3 A; 2Y5I A; 2QPT A; 2M8U A; 1QIV A; 1SYM A; 1WRL A; 2EGD A; 2HQ8 A; 2LVV A; 3DF0 B; 1BF5 A; 1F54 A; 1DGV A; 2EC6 B; 1X02 A; 2FCE A; 1SL8 A; 1QX7 A; 5JOL A; 4I5K A; 1LKJ A; 2BKI B; 4YI8 A; 3SIB A; 5CPV A; 2D8N A; 4OKH A; 4JQ0 D; 3M0W A; 1CLM A; 1LIN A; 3KEV A; 2PAS A; 2KI6 C; 1K2H A; 3RM1 A; 1F4O A; 2KAX A; 1JFJ A; 2WCB A; 3BQ3 A; 2K0J A; 2LAP A; 1CFD A; 4OR9 B; 3TUY C; 1H8B A; 2E30 A; 1DTL A; 4OVN F; 1SNL A; 1A4P A; 2KQ6 A; 3I5F B; 1G8I A; 5I2Q A; 1Y1X A; 1J1D A; 1CB1 A; 2KGR A; 5ER4 X; 1BT6 A; 1SCM C; 1BOD A; 5KTY A; 1OE9 B; 1WDC C; 4WQ3 A; 1KFU L; 1NYA A; 2MA2 A; 3TS5 B; 1A2X A; 1UHN A; 3EK7 A; 1RWY A; 1DJW A; 1OMD A; 1YX7 A; 2M97 A; 2O5G A; 2JXL A; 2WOS A; 4PHK A; 1ZUZ A; 1SMG A; 1F70 A; 1XFX O; 5HKY A; 1KSO A; 1NX2 A; 1AJ4 A; 4HRH A; 4WQ2 A; 2I18 A; 3CWG A; 4AOM A; 1EH2 A; 1M46 A; 5F6T A; 3DVK A; 2CNP A; 1CDN A; 4IL1 A; 1WRK A; 1KFX L; 1YUU A; 4GGN A; 1Q80 A; 1UWO A; 2KHN A; 3NSL A; 2CTN A; 1AUI B; 2M0R A; 5J3X A; 1A75 B; 1N2D A; 1OMV A; 2WCE A; 2LP2 A; 3BXK A; 3PLF B; 1A03 A; 4N1G A; 1L2O C; 1YUS A; 2BL0 B; 3D0Y B; 2L0P A; 4MRX A; 1JWD A; 3CR4 X; 1IWQ A; 4NDB A; 1K9P A; 4DS7 A; 1GGW A; 1GJY A; 2LHL A; 1QVI Z; 2HPS A; 1OQP A; 1KWO B; 4ORA B; 1XO5 A; 2FOT A; 1CDL A; 2PSR A; 4GPL B; 1EG4 A; 1B1G A; 2OPO A; 4MVF A; 5TNC A; 2OTG B; 4PHM A; 3EVV A; 5CSF A; 1ZAC A; 1PAL A; 1C7W A; 1S26 D; 2MHH A; 1LA3 A; 2JC2 A; 1WLZ A; 1MHO A; 3BUN B; 4MZJ A; 1NCZ A; 1M39 A; 1SY9 A; 5DKQ A; 1XFW O; 1U5I A; 2F33 A; 1ALW A; 3CZT X; 1YX8 A; 2G9B A; 1DVI A; 3AAK A; 3ZNI A; 3LLE A; 2I7A A; 1F71 A; 4P5O E; 4YBH B; 3PN7 B; 1K90 D; 1J7Q A; 1TCO B; 4F0Z B; 1UUS A; 2L98 A; 2L5X B; 3OHM B; 1JBA A; 1C7V A; 1DJG A; 3C1V A; 3OB2 B; 2HF5 A; 3E3R A; 4DIR A; 2Y1M A; 4JPZ B; 1SCV A; 2Y1N A; 1B47 A; 1HQV A; 4I5N B; 5GQQ C; 1BJF A; 3JTD B; 2BKH B; 1QLS A; 1J7O A; 1SL9 A; 5HLO A; 4BY5 A; 1YVL A; 4M2P A; 2L4I A; 3AKB A; 1DF0 A; 1OSA A; 1QV1 A; 2HET A; 2WC8 A; 3BOW A; 1YRT B; 2JRF A; 2I94 A; 3NSI A; 2LM5 A; 4M2Q A; 4PE1 A; 3EK4 A; 4YGD B; 3FWC A; 4ICB A; 1NPQ A; 5IBW A; 1FPW A; 2KI6 D; 4XJK B; 3CR5 X; 3CGA A; 1IG5 A; 2BE6 A; 1AP4 A; 3BUW B; 1CLL A; 1PVB A; 1K8U A; 2F8P A; 4MSP A; 1FF1 A; 1B8R A; 2KOT A; 1TNP A; 1AVS A; 1S1E A; 1XA5 A; 1SR6 C; 1SRA A; 2K8M B; 1V1G A; 1D1O A; 3VRQ A; 2ZFD A; 2JTZ A; 3DD4 A; 2JT8 A; 4C0L A; 3OX6 A; 2L51 A; 1J7P A; 4NDD A; 1NCY A; 1KK7 Y; 1NX0 A; 4GUK A; 3JVT C; 5AXI A; 3D10 A; 1JF0 A; 2K2F A; 3AAJ A; 5JJG A; 1XFY O; 3BUX B; 1JC2 A; 1BR1 B; 1KCY A; 2JQ6 A; 1MWN A; 2E6W A; 1XK4 A; 2JUL A; 3GK4 X; 4MZK A; 1OMR A; 2LVJ A; 3WHU B; 2KI4 B; 5K89 A; 4XYN A; 2LC5 A; 1IQ5 A; 3KF9 A; 5DKR A; 4CLN A; 1PUL A; 1TNQ A; 2Q91 A; 3I5H C; 5I8N A; 4DCK A; 1LXF C; 2AUC A; 2KYF A; 1QJT A; 1F4Q A; 1TTX A; 2LP3 A; 3LK1 A; 5HLV A; 1SPY A; 3EKH A; 3BYA A; 4FQO A; 1IJ6 A; 4MZL A; 1QX5 B; 3NSK A; 2CT9 A; 2JXC A; 4YGC B; 3PAL A; 5AEQ A; 4TNC A; 4BY4 A; 1DJY A; 1K96 A; 1KFX S; 2WND A; 3AKA A; 2LCP A; 1B8C A; 1K9U A; 2H61 A; 1OOJ A; 3TUY B; 1XFV O; 4DUQ A; 1SBJ A; 4GGF A; 4MBE A; 1XFZ O; 1NCX A; 1XFU O; 1DMO A; 4HRE E; 1DF0 B; 1QLK A; 2A4J A; 2R2I A; 2L2E A; 1ODB A; 3PFV A; 3A8R A; 2JT0 A; 1SCM B; 3EK8 A; 3I5G C; 4CID A; 1WDC B; 1HT9 A; 2JZI A; 1KQM C; 4YGA A; 3DVM A; 4YGE B; 5HYD A; 1YRU B; 2L4H A; 1VRK A; 2MJW B; 2ZRS A; 1WRZ A; 1XK4 C; 2BCX A; 4PCW A; 1MQ1 A; 5PAL A; 3TDI A; 4M2O A; 1KK8 C; 2GV5 A; 2PVB A; 1QIW A; 1B8L A; 1TN4 A; 1Y1A A; 3DVE A; 2LUC A; 1S36 A; 2ISD A; 2RGI A; 1DT7 B; 1Y6W A; 1RJV A; 2NZ0 A; 1UHK A; 3IQQ A; 1CNP A; 3GOF A; 1RFJ A; 4P2Y B; 4C0J A; 1QTX A; 4CFQ A; 1RK9 A; 2EHB A; 1XYD A; 2NXQ A; 2OS8 C; 2SAS A; 1PK0 D; 2JNF A; 3TDU A; 2LLT A; 4GFT A; 5DKN A; 3KPX A; 1K95 A; 1L2O B; 1QAS A; 1RRO A; 5KSZ A; 2HQW A; 1CFP A; 3KO0 A; 1SL7 A; 3F45 A; 4L9M A; 1CFC A; 3GK1 A; 3WNX B; 1YTZ C; 1DJZ A; 2B1U A; 3I5I C; 1NSH A; 1CLB A; 2ZKM X; 1IQ3 A; 2FCD A; 1PRW A; 1KSM A; 1J1E A; 2LNK A; 1AHR A; 3DF0 A; 3VRR A; 2H61 C; 5CSI A; 3WXA A; 1NIW A; 1H4B A; 3LL8 B; 3BUO B; 3HX4 A; 1TNW A; 2KNE A; 2KBI A; 1ZOT B; 4GGF C; 1MR8 A; 3GK2 A; 4C0K A; 2K7O A; 1LA0 A; 2DOQ A; 1TOP A; 4MRY A; 2M1U A; 2K7D A; 1N0Y A; 4FTG A; 3VRO A; 5G08 A; 1JUO A; 1S5G Y; 2ZND A; 4ZCV A; 3PSR A; 4A4C A; 1NWD A; 4UPG A; 1QAT A; 2LV7 A; 1OZO A; 2MBX A; 4A4B A; 1UUR A; 4ORB B; 1G33 A; 3PM8 A; 2F3Z A; 2LMU A; 4USL A; 1CDM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AK8 A; 2JOJ A; 2QEO A; 1B9A A; 2PRU A; 3OP0 A; 1IRJ A; 2LVK A; 2WOR A; 4ORC B; 4D1E A; 1C07 A; 3O4Y A; 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