The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
SPEIMKNLSNNFGKAMDQCKDELSLPDSVVADLYNFWKDDYVMTDRLAGCAINCLATKLDVVDPDGNLHHGNAKDFAMKHGADETMAQQLVDIIHGCEKSAPPNDDKCMKTIDVAMCFKKEIHKLNWVPNMDLVIGEVLAEV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Consequences of the pH-induced Conformational Switch in A.polyphemus Pheromone-binding Protein: Mechanisms of Ligand Release
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pheromone-binding protein
|
| molecule tags |
Pheromone binding protein
|
| source organism |
Antheraea polyphemus
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| total genus |
28
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01395 | PBP_GOBP | PBP/GOBP family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | Pheromone/general odorant binding protein domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DYE A; 3FE8 A; 2WCL A; 3L4L A; 4FQT A; 5EL2 A; 1QWV A; 4INX A; 3R1V A; 1GM0 A; 1XFR A; 2QDI A; 2QEV A; 3CAB A; 1OOF A; 2H8V A; 3R1O A; 1C3Z A; 3B88 A; 4PT1 A; 3CYZ A; 4JD9 A; 2FJY A; 1OOH A; 3DZT A; 3CZ0 A; 3S0B A; 3BJH A; 3Q8I A; 2WC6 A; 1DQE A; 3S0G A; 1TWO A; 2WCH A; 2QEB A; 1OW4 A; 1OOI X; 3PJI A; 2L2C A; 2ERB A; 3NHI A; 3OGN A; 3FE9 A; 3D78 A; 3NHT A; 3S0A A; 3N7H A; 4OZD A; 2KPH A; 3S0F A; 3V2L A; 2WCM A; 1T14 A; 2WCK A; 3CZ2 A; 2WCJ A; 3S0D A; 3DXL A; 2QEH A; 3D74 A; 1ORG A; 3FE6 A; 2WC5 A; 3DY9 A; 1LS8 A; 2QEO A; 3L4A A; 3BFB A; 3RZS A; 3VB1 A; 2PQL A; 3BFH A; 3D77 A; 3QME A; 3D76 A; 3R72 A; 2GTE A; 3K1E A; 2P71 A; 2P70 A; 3L47 A; 3D73 A; 4INW A; 3BFA A; 3B6X A; 5DIC A; 1P28 A; 3NGV A; 3R1P A; 3B87 A; 3B7A A; 1C3Y A; 3CZ1 A; 3D75 A; 2JPO A; 3B86 A; 4F7F A; 1OOG A; 1TUJ A; 3CDN A; 3S0E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OQP A; 2YGU A; 1DJI A; 1DJH A; 1K8U A; 3OP0 A; 1F54 A; 2FCD A; 1CNP A; 3OB2 B; 3TZ1 A; 1B47 A; 2KI4 B; 1DGU A; 4IL1 A; 1DJY A; 2RGI A; 4INX A; 2I7A A; 3DD4 A; 1MXL C; 1SNL A; 3WHU B; 1GM0 A; 2QDI A; 1QIV A; 1TOP A; 3EVV A; 4N1F A; 2K7B A; 1QLK A; 4PCW A; 2BEC A; 2QEV A; 4OVN F; 2JNF A; 3RLZ A; 2K7D A; 1GJY A; 3JTD C; 3O2P A; 1UP5 A; 4XJK A; 1MHO A; 1KFU L; 1PVA A; 2FJY A; 1NSH A; 1J1E A; 2LUX A; 3BOW B; 3KO0 A; 1XFZ O; 4MBE A; 1AJ5 A; 1S26 D; 1QX5 B; 3O6B A; 4QJ5 B; 5JOL A; 2EHB A; 5FI6 A; 1DGV A; 1S1E A; 2KOT A; 4NQG A; 1SR6 B; 4PE7 A; 3PM8 A; 2WC6 A; 4M2Q A; 2NZ0 A; 2CBL A; 1F55 A; 5K89 A; 1PSB A; 1YX8 A; 4OR9 B; 3IQQ A; 1CM4 A; 2BL0 B; 2KLD A; 1F4O A; 2L2C A; 1NCY A; 3CTN A; 1LKJ A; 1JF0 A; 2ERB A; 2K2F A; 3OHM B; 3C1V A; 4PE1 A; 3TDI A; 1J1D A; 4GUK A; 4U8D A; 5I2L A; 1H4B A; 3NXA A; 1YVH A; 1MWN A; 2EGD A; 3TUY C; 3NHT A; 3SG2 A; 1PSR A; 2D8N A; 2TN4 A; 3NSO A; 1SK6 D; 1WDC C; 3NSI A; 1OMV A; 3VRQ A; 1XA5 A; 2KPH A; 3V2L A; 3CZT X; 1QXP A; 3KPX A; 2WCM A; 1OZS A; 4PHN A; 3ZWH A; 5KTY A; 2BCA A; 1OSA A; 5AEQ A; 2WND A; 4ZCU A; 3PM2 A; 3CZ2 A; 2M3W A; 2JXC A; 2K8M B; 4CPV A; 3I5I B; 2QEH A; 2Y5I A; 4DIR A; 2DOQ A; 4N1G A; 3I5F B; 2MLF C; 2EC6 B; 4YGE B; 2WC5 A; 1IIO A; 1YRU B; 1UWO A; 2WCB A; 2WC8 A; 1K93 D; 2ZRS A; 1EG3 A; 1TNP A; 2BNX A; 2GGZ A; 2PMY A; 1L2O B; 2QEO A; 5F6T A; 4QJ3 B; 2F2O A; 1QS7 A; 3VRR A; 1MR8 A; 3EKJ A; 1H8B A; 5B8I B; 3I5H B; 4E68 A; 3LK0 A; 2FCE A; 4DRW A; 2M0R A; 1B8R A; 3CR5 X; 1E8A A; 3E3R A; 4YGC B; 3EK7 A; 3BUM B; 2KBI A; 2JTZ A; 1IQ5 A; 3EKH A; 1R6P A; 1BU3 A; 1AHR A; 3PN7 C; 4DS7 A; 1Q80 A; 4PE0 A; 1CTR A; 3SG3 A; 2NCP A; 1BOD A; 1NP8 A; 2GTE A; 2KAV A; 2BKH B; 1JFJ A; 3K1E A; 1EL4 A; 2JWW A; 3D0Y B; 2BCX A; 2P71 A; 3EK8 A; 1J7P A; 5IBW A; 5DKR A; 2F3Y A; 3D73 A; 3UO9 A; 4FTG A; 2L5Y A; 2JOJ A; 2KFG A; 2LHI A; 1Y1X A; 1MXE A; 3SS3 A; 1B7T Z; 1ZUZ A; 2KQY A; 5HLO A; 4C0J A; 1KK8 C; 3JTD B; 2R2I A; 1RK9 A; 3B7A A; 1KSM A; 1YUR A; 2Y4Q A; 3CZ1 A; 4MZJ A; 2F2P A; 1K95 A; 2LM5 A; 3B86 A; 4F0Z B; 2LNK A; 3FIA A; 1WRL A; 1TIZ A; 5AFP A; 2H61 A; 5HKW A; 4YGA A; 1IKU A; 4A4B A; 1SMG A; 3SG7 A; 2K7C A; 3FE8 A; 3ZNI A; 2WCL A; 3CS1 A; 2B1U A; 1CKK A; 4ORA B; 4USL A; 2OPO A; 1HT9 A; 3A4U B; 1YX7 A; 5ER4 X; 3EVU A; 1FF1 A; 2ZNE A; 1F4Q A; 1NX2 A; 2PYQ A; 5I94 A; 2M97 A; 5I8N A; 1TNX A; 1B1G A; 2BAP A; 1LA3 A; 2ZND A; 2H8V A; 1RWY A; 3R1O A; 2KDH A; 1EXR A; 2ZN9 A; 1K9K A; 3CYZ A; 4PT1 A; 4YI8 A; 2KAX A; 3EK4 A; 3LL8 B; 1OOH A; 2CT9 A; 1YRT B; 3UNW A; 3PAT A; 1F70 A; 1SCM C; 1UHH A; 2HET A; 2JTT A; 1QJT A; 4NDB A; 1CMF A; 2KGR A; 3S0B A; 1CFF A; 1Y6W A; 3BJH A; 3DVE A; 2KFH A; 1S5G Y; 1PRW A; 3Q8I A; 2KQ6 A; 2LAN A; 2HQ8 A; 2QEB A; 2WCH A; 5D7F A; 1TUZ A; 4GPL B; 1OZO A; 4M2P A; 1OOI X; 2LUC A; 1YUT A; 2KYF A; 2L4I A; 1K9U A; 2L0P A; 2LHL A; 2O5G A; 4C0L A; 2HF5 A; 1LVC D; 5CSN A; 3D0Y A; 3NHI A; 3OGN A; 1S36 A; 3H4S E; 2LAP A; 2M9G A; 3FE9 A; 4GGN A; 1DF0 A; 4PHK A; 3CWG A; 2CTN A; 3D78 A; 2F33 A; 3LLE A; 2KAY A; 2VRG A; 2M7L A; 1KQM C; 3I5G C; 1EG4 A; 2HQW A; 1IGV A; 1SBJ A; 4YGB B; 5HKY A; 1C7W A; 1XK4 A; 1CB1 A; 3GK4 X; 3BUO B; 1S6I A; 1DJG A; 1M45 A; 3M0W A; 2KSP A; 1SL7 A; 1AP4 A; 2OTG C; 3PN7 B; 1CDP A; 4NDD A; 1KFX S; 1XFX O; 3TS5 C; 4AOM A; 3EG5 B; 2JT0 A; 3D74 A; 5I2O A; 1ORG A; 3K21 A; 3SG6 A; 2AMI A; 1DMO A; 1Z2C B; 5I2Q A; 3DY9 A; 1AJ4 A; 1CMG A; 1NX3 A; 1CLB A; 4ICB A; 1U5I B; 4JKT A; 3AAK A; 4AQI A; 1K96 A; 2JT8 A; 3SIB A; 4A4C A; 5D3O A; 4CFQ A; 1KK8 B; 2PVB A; 1A75 A; 1CFD A; 1UUR A; 5AER A; 1YR5 A; 2O60 A; 1OMD A; 2KLE A; 4JWQ A; 1TN4 A; 1M46 A; 1AK8 A; 3QRX A; 4MEW A; 2OS8 C; 5CPV A; 4PDZ A; 3MSE B; 4R1E A; 4MN0 A; 3R72 A; 2CNP A; 2LVJ A; 1JF2 A; 3PSR A; 1BLQ A; 1CLM A; 2GGM A; 2PSR A; 1TCO B; 3WHT B; 2HPS A; 3NSK A; 1SKT A; 3EVR A; 3GK1 A; 4Q04 A; 1QV0 A; 1LIN A; 1D1O A; 2M7N A; 1ZMZ A; 1OMR A; 3BFA A; 4MVF A; 1IJ5 A; 2LE9 B; 3B6X A; 3SIA A; 1XYD A; 4HRE E; 1IG5 A; 1S6J A; 3HCM A; 1P28 A; 1GQM A; 1UHN A; 2I18 A; 2NLN A; 3AKA A; 1EH2 A; 1S5G Z; 4PHJ A; 1CM1 A; 3AAJ A; 1C07 A; 1KWO B; 4C0K A; 1QAS A; 3IVT A; 4M2O A; 4CFR A; 1Y1U A; 2K2A A; 1SCV A; 2KHN A; 2L5X B; 3CLN A; 4OKH A; 1AUI B; 3BOW A; 2L2E A; 1K94 A; 1G8I A; 1NCZ A; 1PUL A; 2QPT A; 5CSF A; 3SG5 A; 2Y1N A; 2K61 A; 3PLF B; 2FJU B; 4GAO A; 1SSE B; 2MAZ A; 2KI4 C; 3PAL A; 3L4L A; 5PAL A; 2V53 A; 4DCK A; 2ISD A; 2I94 A; 5EL2 A; 2LMU A; 4GGF A; 1W7J B; 1ALW A; 2MA2 A; 3R1V A; 1XFR A; 3VRO A; 1ODB A; 2M8U A; 4UPG A; 1G4Y R; 1M63 B; 1A29 A; 1MF8 B; 4CLN A; 1UHK A; 3CAB A; 1OOF A; 1RFJ A; 3D10 A; 1JBA A; 1C3Z A; 1AVS A; 1PK0 D; 3B88 A; 4WRI A; 3AKB A; 3I5G B; 3DZT A; 1FI6 A; 2PAS A; 2Q4U A; 1WRK A; 4MRX A; 5FI2 A; 1UUS A; 3BXK A; 1YUS A; 1JFK A; 2K60 A; 4FQO A; 1JUO A; 1XFY O; 4ORB B; 3VGO A; 1JWD A; 2LMT A; 1CLL A; 3DF0 B; 2OTG B; 1DQE A; 3S0G A; 1RRO A; 1TWO A; 2BL0 C; 1YVL A; 1OW4 A; 1TNW A; 1KFU S; 4IJ7 A; 1F8H A; 3PJI A; 1K90 D; 3DVM A; 4I5N B; 1NIW A; 2F8P A; 1QV1 A; 1J7R A; 1XFV O; 1CFC A; 1EJ3 A; 1FBV A; 2A4J A; 3JVT C; 3WXA A; 2COL B; 2QAC A; 1Y0V H; 1ZAC A; 1DC1 A; 1SL8 A; 3CR2 A; 1B4C A; 1BOC A; 4XJK B; 4ETO A; 3S0A A; 5AXI A; 1YUU A; 2JXL A; 2WOS A; 3TUY B; 2PAL A; 4MRY A; 5HYD A; 3FWC A; 3S0F A; 1WDC B; 3BUN B; 2LLU A; 1XFU O; 3O4X A; 4P2Y B; 1FW4 A; 2H61 C; 2M49 B; 2JT3 A; 3GK2 A; 1T14 A; 2OS8 B; 1N65 A; 3CR4 X; 3BYA A; 3I5I C; 1L7Z A; 4GBA A; 5JJG A; 2WCJ A; 1GGW A; 1KK7 Y; 2ZFD A; 3DXL A; 5CSI A; 3S0D A; 3I5F C; 2G2B A; 2SCP A; 2M1K B; 4WQ2 A; 2LVK A; 3KHE A; 1WRZ A; 4L9M A; 3VRN A; 2LV7 A; 2F3Z A; 1SY9 A; 3OX5 A; 1C7V A; 1KCY A; 1QX2 A; 2K7O A; 1LS8 A; 4HRG A; 3OB1 B; 1N2D A; 1W7I B; 1NCX A; 4TNC A; 1A03 A; 5KU1 A; 3O4Y A; 2SAS A; 4MLW A; 4BY4 A; 3RZS A; 2JNX A; 3VB1 A; 3BFH A; 2L4H A; 3DVK A; 1J7O A; 1QAT A; 1GGZ A; 3D76 A; 3A8R A; 2AUC A; 2LVV A; 1XO5 A; 1DJZ A; 3NSL A; 2LP3 A; 1YTZ C; 1RJV A; 1V1F A; 2JQ6 A; 1PAL A; 3TDZ A; 3KEV A; 1BG1 A; 3KF9 A; 2JC2 A; 1KSO A; 4YBH B; 1DT7 B; 1BR4 B; 1FI5 A; 2BE6 A; 4JPZ B; 5CSJ A; 4DUQ A; 3DF0 A; 5KSZ A; 2BBM A; 2ZRT A; 1VRK A; 1CDN A; 5D69 A; 1SW8 A; 3VRP A; 1B8C A; 4D1E A; 3L47 A; 4INW A; 1J7Q A; 3BUW B; 3FS7 A; 1X02 A; 1TNQ A; 1WY9 A; 1BT6 A; 2KI6 D; 1XK4 C; 4KYN A; 1DEL A; 3LK1 A; 3NGV A; 2MBX A; 2L50 A; 1ZOT B; 1HQV A; 1ZFS A; 2MJW B; 2L51 A; 3B87 A; 4WQ3 A; 1MUX A; 3OBV A; 1A2X A; 3D75 A; 1B7T Y; 4PAL A; 1R2U A; 3SG4 A; 1NYA A; 2Q91 A; 4F7F A; 1BMO A; 2FOT A; 2KFF A; 3PFV A; 4JQ0 D; 4XYN A; 4YRU A; 1Y1A A; 1WLM A; 2NXQ A; 1XVJ A; 2WCE A; 3LCP C; 3SS5 A; 1B8L A; 5G08 A; 3CDN A; 3S0E A; 1IWQ A; 1IRJ A; 2KNE A; 1K9P A; 3DYE A; 4MSP A; 4AQJ A; 2WOR A; 4FQT A; 1REC A; 4N5X A; 1PVB A; 1QWV A; 1KQV A; 1BF5 A; 2NCO A; 3JVT B; 1LXF C; 2JU0 A; 3IF7 A; 1TRF A; 2LP2 A; 2MLE C; 1Z4H A; 1M31 A; 3OX6 A; 3F45 A; 1QVI Y; 4HRH A; 4JD9 A; 1KK7 Z; 3CZ0 A; 2Y1M A; 5J3X A; 1NWD A; 1SCM B; 3SS4 A; 1DEK A; 2MHH A; 1TCF A; 2BE4 A; 5GQQ C; 3ICB A; 5HKZ A; 1DJW A; 2P6B B; 2KGB C; 1MQ1 A; 3IQO A; 4MZK A; 1DVI A; 1LA0 A; 2LLS A; 1NX0 A; 3BQ3 A; 1OE9 B; 4QJ4 B; 5BPJ A; 2JZI A; 1J55 A; 1BJF A; 4MZL A; 4PE4 A; 1U5I A; 3N7H A; 4BY5 A; 2GV5 A; 1KFX L; 1CFP A; 4OZD A; 1CDM A; 3O78 A; 4ORC B; 1KQM B; 4YGD B; 2JRF A; 1JSA A; 4P5O E; 1SL9 A; 4I5L B; 4OV2 A; 1TTX A; 2ZKM X; 1IJ6 A; 2WCK A; 1SR6 C; 2LLT A; 1NPQ A; 2LC5 A; 1BR1 B; 4GFT A; 4YI9 A; 2H2K A; 2KYC A; 5DKQ A; 1RTP 1; 3GOF A; 3CGA A; 4GGF C; 2LCP A; 3TS5 B; 1SRA A; 1G33 A; 1S6C A; 2MRD A; 3FE6 A; 1F71 A; 5HL1 A; 1A4P A; 4I5K A; 1DF0 B; 2JPT A; 2BKI B; 4HSZ A; 1S3P A; 2JUL A; 4GNK B; 1UHI A; 2ZN8 A; 3L4A A; 3BFB A; 2E6W A; 3HX4 A; 1NX1 A; 2IS9 A; 1V1G A; 2M1U A; 3DVJ A; 1ALV A; 1N0Y A; 1QTX A; 4PHM A; 1K2H A; 1QLS A; 1M39 A; 2CXJ A; 2PQL A; 3D77 A; 4I5J A; 2LVI A; 3QME A; 1WLZ A; 2E30 A; 5FYX A; 5ER5 A; 3RM1 A; 1DTL A; 1DJX A; 4OCI A; 5AAN A; 2KI6 C; 1SPY A; 2LMV A; 1W9Z A; 2AAO A; 5HLV A; 1B9A A; 1XFW O; 1OOJ A; 2EC6 C; 2P70 A; 2KBM A; 4NDC A; 2WCF A; 1FPW A; 2L98 A; 1QVI Z; 1IQ3 A; 2PRU A; 3FWB A; 2BBN A; 1A75 B; 1QX7 A; 1L2O C; 5DIC A; 1NUB A; 3R1P A; 3TDU A; 3BUX B; 5DKN A; 3I5H C; 1KWO C; 2K0J A; 1UHJ A; 1CDL A; 2M29 A; 3WNX B; 3SJS A; 4CID A; 1C3Y A; 2BCB A; 2JPO A; 5FI7 A; 5TNC A; 1OOG A; 1TUJ A; 1IH0 A; 1JC2 A; 2G9B A; 4ZCV A; 1SYM A; 1QIW A; 2I2R E; 2CCM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3DYE A; 3FE8 A; 2WCL A; 3L4L A; 4FQT A; 5EL2 A; 1QWV A; 4INX A; 3R1V A; 1GM0 A; 1XFR A; 2QDI A; 2QEV A; 3CAB A; 1OOF A; 2H8V A; 3R1O A; 1C3Z A; 3B88 A; 4PT1 A; 3CYZ A; 4JD9 A; 2FJY A; 1OOH A; 3DZT A; 3CZ0 A; 3S0B A; 3BJH A; 3Q8I A; 2WC6 A; 1DQE A; 3S0G A; 1TWO A; 2WCH A; 2QEB A; 1OW4 A; 1OOI X; 3PJI A; 2L2C A; 2ERB A; 3NHI A; 3OGN A; 3FE9 A; 3D78 A; 3NHT A; 3S0A A; 3N7H A; 4OZD A; 2KPH A; 3S0F A; 3V2L A; 2WCM A; 1T14 A; 2WCK A; 3CZ2 A; 2WCJ A; 3S0D A; 3DXL A; 2QEH A; 3D74 A; 1ORG A; 3FE6 A; 2WC5 A; 3DY9 A; 1LS8 A; 2QEO A; 3L4A A; 3BFB A; 3RZS A; 3VB1 A; 2PQL A; 3BFH A; 3D77 A; 3QME A; 3D76 A; 3R72 A; 2GTE A; 3K1E A; 2P71 A; 2P70 A; 3L47 A; 3D73 A; 4INW A; 3BFA A; 3B6X A; 5DIC A; 1P28 A; 3NGV A; 3R1P A; 3B87 A; 3B7A A; 1C3Y A; 3CZ1 A; 3D75 A; 2JPO A; 3B86 A; 4F7F A; 1OOG A; 1TUJ A; 3CDN A; 3S0E A;
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