The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
118
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structure length |
118
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Chain Sequence |
PDWVPPEVFDLVAEDKARCMSEHGTTQAQIDDVDKGNLVNEPSITCYMYCLLEAFSLVDDEANVDEDIMLGLLPDQLQERAQSVMGKCLPTSGSDNCNKIYNLAKCVQESAPDVWFVI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Queen bee pheromone binding protein pH-induced domain swapping favors pheromone release
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Pheromone binding protein
|
| source organism |
Apis mellifera
|
| molecule keywords |
Pheromone-binding protein ASP1
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| total genus |
38
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| structure length |
118
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| sequence length |
118
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01395 | PBP_GOBP | PBP/GOBP family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | Pheromone/general odorant binding protein domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TUJ A; 1XFR A; 2WCJ A; 2P70 A; 3BFH A; 3S0A A; 3CZ1 A; 2PQL A; 4JD9 A; 3BFA A; 2QEH A; 2ERB A; 1OOF A; 3L4A A; 2P71 A; 3R1O A; 4PT1 A; 3DXL A; 3FE8 A; 3S0B A; 2KPH A; 3CAB A; 2WCL A; 1OOH A; 3QME A; 3NGV A; 3BJH A; 3R1V A; 1T14 A; 1QWV A; 1TWO A; 3D76 A; 1OW4 A; 3FE6 A; 3L47 A; 4INX A; 2WC6 A; 3V2L A; 3B87 A; 1P28 A; 3BFB A; 5DIC A; 3S0G A; 4OZD A; 3D75 A; 3NHI A; 3S0E A; 3NHT A; 3R72 A; 3Q8I A; 2QEV A; 1OOG A; 2L2C A; 2JPO A; 5EL2 A; 3DYE A; 3L4L A; 4FQT A; 3FE9 A; 3D78 A; 1C3Z A; 3CZ2 A; 4F7F A; 3N7H A; 3PJI A; 2FJY A; 2GTE A; 3D74 A; 2QEO A; 1C3Y A; 3DY9 A; 4INW A; 1GM0 A; 3B86 A; 2WCH A; 3CYZ A; 2QDI A; 1OOI X; 1LS8 A; 3D77 A; 2WC5 A; 3VB1 A; 3OGN A; 2H8V A; 3RZS A; 2WCM A; 3B6X A; 3CDN A; 3K1E A; 3S0F A; 3CZ0 A; 3DZT A; 2WCK A; 3B7A A; 3B88 A; 3S0D A; 2QEB A; 1ORG A; 3D73 A; 1DQE A; 3R1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OKH A; 5D3O A; 2MJW B; 2YGU A; 3OX6 A; 2K7B A; 5DKN A; 2LUX A; 1A2X A; 1A75 A; 1LXF C; 2EC6 B; 2Y5I A; 1QX7 A; 1XFR A; 5J3X A; 1UWO A; 3FWC A; 2WCJ A; 1CLL A; 1M31 A; 5KTY A; 2LP3 A; 3BFA A; 4DUQ A; 1EG4 A; 1AVS A; 2F2P A; 4TNC A; 2PAS A; 2ZKM X; 2KFF A; 4WQ2 A; 1DC1 A; 1CM4 A; 2LHL A; 3CR5 X; 3LK1 A; 2R2I A; 4N1G A; 1S6C A; 3I5G C; 4GAO A; 1B1G A; 1UUR A; 3TDZ A; 1IRJ A; 1IIO A; 2MRD A; 3JTD B; 2KNE A; 1SKT A; 1FI6 A; 1X02 A; 1XFU O; 5IBW A; 1SYM A; 1JF2 A; 2OTG B; 4JWQ A; 1QTX A; 1OMV A; 5JJG A; 2K61 A; 2LLT A; 2CTN A; 2WOR A; 1OZS A; 3NSK A; 3SJS A; 4CFR A; 1Y0V H; 2L4H A; 1MWN A; 3I5F B; 5AAN A; 3OP0 A; 1A75 B; 4OCI A; 3BJH A; 1S26 D; 1K2H A; 4L9M A; 1IJ6 A; 3VRO A; 4C0K A; 1CM1 A; 1DGU A; 3BUO B; 3RM1 A; 1AK8 A; 1T14 A; 4QJ5 B; 2LVI A; 5JOL A; 1TCO B; 1C07 A; 1SL7 A; 3BOW A; 2KAV A; 3UNW A; 1M46 A; 2GGM A; 2ZRT A; 1QLK A; 2ZN8 A; 1DJW A; 2BEC A; 2JT8 A; 1XK4 C; 1TNX A; 1DJZ A; 2WC6 A; 1YUS A; 4ICB A; 2F2O A; 4PAL A; 4AQI A; 1Y1X A; 3WHU B; 5FI6 A; 4M2Q A; 1QIV A; 1LA3 A; 1DEK A; 5TNC A; 3O78 A; 1KFU L; 3CLN A; 1XK4 A; 3LL8 B; 2EHB A; 2QAC A; 1KFX S; 2F8P A; 2L2C A; 2VRG A; 4Q04 A; 1SPY A; 3PN7 B; 2E6W A; 2O60 A; 1BG1 A; 1B9A A; 1UUS A; 1W7I B; 3I5H C; 2V53 A; 4MSP A; 1PRW A; 3AAK A; 4U8D A; 1YVL A; 2IS9 A; 1S6J A; 2L5X B; 2LV7 A; 4FTG A; 1WY9 A; 4E68 A; 3VGO A; 4YGA A; 5GQQ C; 1XVJ A; 1E8A A; 2NCO A; 2LCP A; 3BYA A; 4YI9 A; 2K7C A; 3SS3 A; 4FQT A; 3SS5 A; 3FE9 A; 2KDH A; 1XFX O; 3BOW B; 1IGV A; 1C3Z A; 2FCE A; 4MEW A; 3CZ2 A; 2KI4 C; 4UPG A; 2KBM A; 2CT9 A; 4HRH A; 2H61 C; 1V1F A; 1C7W A; 1PK0 D; 1TNP A; 3BUX B; 4PE7 A; 3MSE B; 1BJF A; 2M7N A; 4CID A; 3TS5 B; 1GM0 A; 1A4P A; 2WCH A; 1XFZ O; 3CTN A; 2QDI A; 4IL1 A; 1PVA A; 4YGC B; 4YRU A; 2B1U A; 4N1F A; 3DF0 B; 2Q91 A; 3TUY C; 1J55 A; 1MUX A; 1WRZ A; 4NDB A; 3CR2 A; 1CB1 A; 1JBA A; 2F3Z A; 1RFJ A; 4MVF A; 1QV1 A; 2WCM A; 3VRQ A; 2JT0 A; 1N2D A; 4MZL A; 2GV5 A; 3B6X A; 1QXP A; 2Y1N A; 1NIW A; 2M7L A; 1K9K A; 4YGE B; 4KYN A; 3A4U B; 1OOJ A; 1KWO C; 3S0F A; 2KLE A; 2KYC A; 3BUN B; 3O4Y A; 2WCK A; 1H8B A; 5HL1 A; 1OQP A; 3I5H B; 1K93 D; 3SG2 A; 5K89 A; 5HYD A; 4GFT A; 2GGZ A; 1G33 A; 2JTT A; 2KAX A; 2LAP A; 1OZO A; 2LC5 A; 4NQG A; 4PHJ A; 1WRL A; 4QJ4 B; 2CNP A; 2M3W A; 4USL A; 4PE0 A; 3BFH A; 2RGI A; 3S0A A; 2K7O A; 1GQM A; 4F0Z B; 2KI4 B; 1ALV A; 1TTX A; 1NWD A; 2LP2 A; 2ERB A; 2QEH A; 1CNP A; 1GGW A; 1K95 A; 2M1U A; 1SCM C; 4WQ3 A; 1TRF A; 3O2P A; 3JVT C; 3R1O A; 4PT1 A; 2LHI A; 3OB1 B; 3DXL A; 1NSH A; 1DJI A; 3S0B A; 3TUY B; 1YUU A; 1B8C A; 1QVI Y; 2KPH A; 2L2E A; 2M1K B; 4M2P A; 3CAB A; 1YRT B; 2JXL A; 3H4S E; 3O4X A; 1WRK A; 2JU0 A; 2L4I A; 3I5I C; 1OOH A; 3IVT A; 4A4C A; 1DMO A; 1KK7 Z; 2BL0 C; 2LLU A; 3QME A; 2PMY A; 3NGV A; 3DVM A; 3ZNI A; 1UHK A; 1CTR A; 3WXA A; 1KWO B; 2K8M B; 4AQJ A; 1YR5 A; 3CS1 A; 2PAL A; 3PAL A; 2SCP A; 2KYF A; 2HET A; 1OE9 B; 2PRU A; 5HLV A; 2O5G A; 1G4Y R; 1QWV A; 1TWO A; 2DOQ A; 3LK0 A; 1S6I A; 3EVU A; 1OW4 A; 3CR4 X; 1SK6 D; 1CDL A; 1LVC D; 1S5G Z; 4I5J A; 5AFP A; 4FQO A; 1NX2 A; 1J7R A; 1F4O A; 1PUL A; 2M0R A; 5AER A; 2LVV A; 1FBV A; 1ALW A; 1IJ5 A; 2E30 A; 3D75 A; 1JSA A; 3AKA A; 2LMT A; 3NHI A; 3SG4 A; 1BR1 B; 2I2R E; 1DGV A; 1K9P A; 1KSO A; 2NCP A; 3NHT A; 2WC8 A; 2D8N A; 3ZWH A; 2HQ8 A; 1WLZ A; 1Y6W A; 1VRK A; 4R1E A; 3GK1 A; 1EG3 A; 5EL2 A; 1UHH A; 2Q4U A; 3NXA A; 4HRE E; 1SR6 B; 2WOS A; 1AHR A; 3IQO A; 1WDC C; 2KQ6 A; 2BAP A; 5CSN A; 5D7F A; 5HKW A; 3I5I B; 3SIA A; 1Y1A A; 2AUC A; 1B47 A; 1QJT A; 3WHT B; 2MBX A; 2BL0 B; 4PHK A; 2HPS A; 3A8R A; 3D78 A; 3FS7 A; 5AXI A; 1KQV A; 5CSF A; 1R6P A; 1K94 A; 1NPQ A; 2LM5 A; 2PYQ A; 3PJI A; 2FJY A; 1ODB A; 3D74 A; 3PM2 A; 4GBA A; 1NP8 A; 3DY9 A; 1ZMZ A; 4INW A; 5HKZ A; 1YRU B; 3CYZ A; 5D69 A; 4I5K A; 1OOI X; 4DS7 A; 4YBH B; 1TNW A; 1K8U A; 1LS8 A; 1NX0 A; 2JNX A; 2ZND A; 3D77 A; 3PFV A; 4I5N B; 3OGN A; 3LCP C; 1NCZ A; 1FI5 A; 3I5G B; 2H8V A; 3CZT X; 1J1D A; 2WCE A; 4OV2 A; 4ORA B; 1IH0 A; 1F71 A; 4JPZ B; 2NXQ A; 1MXL C; 2JRF A; 2KLD A; 1Z2C B; 3BQ3 A; 5ER4 X; 3CDN A; 4BY5 A; 2L5Y A; 1K90 D; 1NX3 A; 2MAZ A; 3CZ0 A; 2LMU A; 3C1V A; 3OBV A; 2JC2 A; 1B8L A; 1PSB A; 3B88 A; 2QEB A; 1ORG A; 4QJ3 B; 3BXK A; 1FW4 A; 1J7Q A; 1F70 A; 1SCV A; 1LIN A; 4HSZ A; 4CLN A; 3CGA A; 1KK8 C; 3E3R A; 1YX7 A; 4YI8 A; 2G2B A; 4GUK A; 4YGD B; 3TDU A; 2FCD A; 2LNK A; 1OMR A; 1OSA A; 3AKB A; 4ETO A; 1NX1 A; 3F45 A; 1QIW A; 2P70 A; 2ZNE A; 5FYX A; 1IQ3 A; 3CZ1 A; 1F55 A; 2H61 A; 4OVN F; 2KOT A; 2PVB A; 1SW8 A; 1CFD A; 2P71 A; 3SG6 A; 1BR4 B; 2M8U A; 3DVK A; 2PSR A; 1AJ5 A; 5FI2 A; 1QLS A; 3TDI A; 4PE1 A; 2KFG A; 3D10 A; 1EXR A; 4MN0 A; 3EK4 A; 1RWY A; 1QS7 A; 4WRI A; 1DEL A; 1Z4H A; 2WCL A; 4ORB B; 4GPL B; 3AAJ A; 5HLO A; 4MRX A; 1L2O C; 1S3P A; 4DCK A; 5BPJ A; 1XFY O; 1C7V A; 2NLN A; 2G9B A; 5B8I B; 2LVJ A; 3KHE A; 2KI6 C; 1QAT A; 1K9U A; 2JXC A; 1B7T Z; 2OS8 C; 1MXE A; 1N0Y A; 1RTP 1; 4M2O A; 2EC6 C; 1W9Z A; 4MZK A; 4GGN A; 3D76 A; 1AJ4 A; 2SAS A; 1SRA A; 2K60 A; 3FE6 A; 1SSE B; 1UHN A; 3V2L A; 2LVK A; 1JC2 A; 1KCY A; 1TNQ A; 4DRW A; 1JUO A; 2K0J A; 2L50 A; 4XJK A; 1CKK A; 2LAN A; 1CLM A; 2LLS A; 1RJV A; 2EGD A; 2KFH A; 2L0P A; 3FIA A; 1RRO A; 3S0E A; 1S5G Y; 3EKJ A; 2BCA A; 2Y4Q A; 3Q8I A; 1K96 A; 1TUZ A; 2QEV A; 1KQM C; 1DJX A; 3JTD C; 4DIR A; 5KU1 A; 2JPO A; 1NYA A; 1SNL A; 5I2O A; 4GGF C; 3BUW B; 1SY9 A; 2FOT A; 1WLM A; 2OTG C; 2MHH A; 1F8H A; 2ZFD A; 4ZCV A; 2JQ6 A; 3IQQ A; 3NSO A; 1ZOT B; 1YX8 A; 5DKQ A; 4D1E A; 4A4B A; 1V1G A; 3I5F C; 1HQV A; 1D1O A; 2MA2 A; 4GGF A; 1CMF A; 1HT9 A; 1XFV O; 4F7F A; 1DT7 B; 1JWD A; 1A29 A; 3PLF B; 3KEV A; 4P2Y B; 3O6B A; 2GTE A; 1JFJ A; 2QEO A; 1QX5 B; 2JWW A; 2OS8 B; 4XJK B; 2K2A A; 1MF8 B; 1SCM B; 1XA5 A; 1ZAC A; 3HCM A; 3JVT B; 2KGR A; 1EJ3 A; 1DTL A; 1OMD A; 3EK7 A; 1MR8 A; 3RZS A; 2BNX A; 3SG7 A; 1ZFS A; 1J1E A; 3EKH A; 2COL B; 1QVI Z; 1TIZ A; 2H2K A; 3SG5 A; 1NCY A; 2KHN A; 3PN7 C; 3EG5 B; 3K1E A; 1CDM A; 1DVI A; 4I5L B; 4MBE A; 1KFX L; 1M63 B; 3QRX A; 1KQM B; 3SS4 A; 2JOJ A; 3EVR A; 3VRP A; 3NSL A; 3B7A A; 5CSJ A; 2QPT A; 3D73 A; 3OHM B; 1L7Z A; 2LMV A; 4ZCU A; 1MQ1 A; 3KPX A; 3SG3 A; 4CFQ A; 5HKY A; 1QV0 A; 3HX4 A; 4HRG A; 3WNX B; 3UO9 A; 3KO0 A; 2MLE C; 2AAO A; 2JPT A; 2WCF A; 1TUJ A; 2BCB A; 4NDC A; 4AOM A; 2CBL A; 1S36 A; 2BBN A; 2I7A A; 1BF5 A; 1DF0 A; 1CDN A; 1FPW A; 2KGB C; 2PQL A; 1IQ5 A; 1TN4 A; 2HQW A; 4JD9 A; 3VRR A; 2KI6 D; 5PAL A; 3ICB A; 3TS5 C; 3L4A A; 1OOF A; 4GNK B; 1UHJ A; 1IG5 A; 3IF7 A; 3EVV A; 1CDP A; 3GK2 A; 5ER5 A; 1ZUZ A; 3FE8 A; 2KSP A; 1LKJ A; 4PCW A; 1CFP A; 3K21 A; 2M49 B; 4N5X A; 1FF1 A; 4YGB B; 1PVB A; 4CPV A; 2A4J A; 1DJG A; 2P6B B; 2AMI A; 4C0L A; 1N65 A; 1U5I A; 2ZRS A; 3DF0 A; 4MZJ A; 2K7D A; 1B4C A; 1QX2 A; 5I2L A; 3VRN A; 1CMG A; 2KAY A; 1WDC B; 3DVE A; 5KSZ A; 2L51 A; 3M0W A; 1UHI A; 4MLW A; 3FWB A; 4XYN A; 3SIB A; 1F4Q A; 3DD4 A; 3RLZ A; 1J7O A; 1F54 A; 1GJY A; 2M97 A; 1Y1U A; 3R1V A; 1BLQ A; 1R2U A; 1DF0 B; 3EK8 A; 4C0J A; 1KFU S; 1B8R A; 1EL4 A; 2M9G A; 2NZ0 A; 3OB2 B; 1CFC A; 1H4B A; 1PSR A; 3L47 A; 4INX A; 1TOP A; 2F33 A; 1B7T Y; 1W7J B; 1NCX A; 1EH2 A; 5G08 A; 1JFK A; 3B87 A; 2K2F A; 1BOC A; 1G8I A; 1P28 A; 3BFB A; 1QAS A; 5DIC A; 2JUL A; 3PAT A; 5FI7 A; 4OZD A; 3S0G A; 1YVH A; 1GGZ A; 1BT6 A; 1PAL A; 5I94 A; 1CFF A; 2MLF C; 2Y1M A; 3KF9 A; 3R72 A; 2LE9 B; 2KBI A; 1OOG A; 1U5I B; 1KSM A; 2BBM A; 1DJY A; 2JZI A; 4PHN A; 4NDD A; 4OR9 B; 5CPV A; 5DKR A; 1TCF A; 1J7P A; 1S1E A; 4PHM A; 1JF0 A; 1BOD A; 2FJU B; 1KK7 Y; 1M45 A; 3D0Y A; 5I2Q A; 4IJ7 A; 4P5O E; 3GK4 X; 2LUC A; 2M29 A; 3DYE A; 3L4L A; 1KK8 B; 1SL9 A; 5AEQ A; 1AP4 A; 2BKI B; 2I18 A; 1AUI B; 5CSI A; 2CCM A; 4JQ0 D; 1M39 A; 3PM8 A; 3TZ1 A; 3N7H A; 4MRY A; 5I8N A; 1IKU A; 1SL8 A; 3CWG A; 1C3Y A; 2WND A; 3B86 A; 1YUR A; 1LA0 A; 1RK9 A; 4JKT A; 3GOF A; 2ISD A; 2F3Y A; 3LLE A; 1CLB A; 2TN4 A; 1SBJ A; 1SMG A; 2BE4 A; 2CXJ A; 1NUB A; 2WC5 A; 3VB1 A; 2HF5 A; 4PE4 A; 1BMO A; 1REC A; 2ZN9 A; 3DVJ A; 3BUM B; 2JTZ A; 3NSI A; 2JT3 A; 2OPO A; 2BKH B; 3OX5 A; 4BY4 A; 1UP5 A; 2L98 A; 2JNF A; 1XO5 A; 3D0Y B; 5F6T A; 1L2O B; 1Q80 A; 1YUT A; 1YTZ C; 2BCX A; 4ORC B; 3PSR A; 1XFW O; 1IWQ A; 2WCB A; 3DZT A; 1MHO A; 2BE6 A; 1SR6 C; 3S0D A; 1A03 A; 1DQE A; 1BU3 A; 4PDZ A; 3R1P A; 2KQY A; 2I94 A; 1XYD A; 1DJH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1TUJ A; 1XFR A; 2WCJ A; 2P70 A; 3BFH A; 3S0A A; 3CZ1 A; 2PQL A; 4JD9 A; 3BFA A; 2QEH A; 2ERB A; 1OOF A; 3L4A A; 2P71 A; 3R1O A; 4PT1 A; 3DXL A; 3FE8 A; 3S0B A; 2KPH A; 3CAB A; 2WCL A; 1OOH A; 3QME A; 3NGV A; 3BJH A; 3R1V A; 1T14 A; 1QWV A; 1TWO A; 3D76 A; 1OW4 A; 3FE6 A; 3L47 A; 4INX A; 2WC6 A; 3V2L A; 3B87 A; 1P28 A; 3BFB A; 5DIC A; 3S0G A; 4OZD A; 3D75 A; 3NHI A; 3S0E A; 3NHT A; 3R72 A; 3Q8I A; 2QEV A; 1OOG A; 2L2C A; 2JPO A; 5EL2 A; 3DYE A; 3L4L A; 4FQT A; 3FE9 A; 3D78 A; 1C3Z A; 3CZ2 A; 4F7F A; 3N7H A; 3PJI A; 2FJY A; 2GTE A; 3D74 A; 2QEO A; 1C3Y A; 3DY9 A; 4INW A; 1GM0 A; 3B86 A; 2WCH A; 3CYZ A; 2QDI A; 1OOI X; 1LS8 A; 3D77 A; 2WC5 A; 3VB1 A; 3OGN A; 2H8V A; 3RZS A; 2WCM A; 3B6X A; 3CDN A; 3K1E A; 3S0F A; 3CZ0 A; 3DZT A; 2WCK A; 3B7A A; 3B88 A; 3S0D A; 2QEB A; 1ORG A; 3D73 A; 1DQE A; 3R1P A;
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