The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
381
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structure length |
368
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Chain Sequence |
MINFDTSLPTSHMYLGSDMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPHVMVMLIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVREREAHFGTTAEIYAYREEQEYGIETVKVKAIGRQRFKVLEIRTQSDGIQQAKVQILPERVLPSTMSAVQLQSLSRRHIRAFRQWWQKYQKRKFHCASLTSWPPWLYSLYDAETLMERVKRQLHEWDENLKDESLPTNPIDFSYRVAACLPIDDALRIQLLKIGSAIQRLRELDIMNKTSLCCKQCQDTEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYIHETLTVYKACNLNLSGRPSTEHSWFPGYAWTIAQCRICGNHMGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Ddb1-Crbn E3 Ubiquitin Ligase in Complex with Thalidomide.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein/protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1
|
| total genus |
96
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| structure length |
368
|
| sequence length |
381
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF02190 | LON_substr_bdg | ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain |
| B | PF03226 | Yippee-Mis18 | Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | LON domain-like | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A | Peptide methionine sulfoxide reductase. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M65 A; 2KZN A; 4V31 A; 2K8D A; 4CI2 B; 2KV1 A; 4V30 A; 4V2Y A; 3MAO A; 3LJC A; 4CI3 B; 4TZ4 C; 3WX1 A; 4TZC A; 3HCG A; 2ANE A; 3HCH A; 3CEZ A; 3E0M A; 4V2Z A; 3WX2 A; 4TZU A; 3CXK A; 3HCJ A; 4CI1 B; 1ZBO A; 1L1D A; 5AMH A; 3HCI A; 3E0O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LF8 T; 2V6Y B; 1E1H B; 2KZ7 B; 4IIJ E; 3A5X A; 3HJW A; 3TLW A; 2QYW A; 2LHR A; 1U4Q A; 3PE0 A; 5LMN T; 4ZI3 C; 2CHO A; 5CA0 E; 4WZX A; 5FMN A; 2WDR A; 4A5X A; 5DJQ C; 5JRC A; 1X79 A; 3UFG A; 3AAA B; 4Z91 A; 4LMK A; 4LF5 T; 3W15 B; 4LFA T; 2F4V T; 3ZJ1 A; 4PJJ A; 5HEJ A; 1M62 A; 3N9Q A; 4ZZC A; 5JDG A; 2VL8 A; 5H6Q B; 2WWV A; 3OPC A; 3ABV A; 4EYY R; 1HXR A; 4HE8 A; 2QFD A; 2MTQ A; 3C98 B; 2XQ6 A; 3AA1 B; 2FJB A; 5LOV E; 4UXN B; 4EAH A; 4DR2 T; 3NRX A; 3NBX X; 3CQG B; 3HAX A; 1FWQ A; 1IJ6 A; 1DU2 A; 3ANW B; 4YTM A; 4JYA T; 2Q9Q C; 2E2A A; 2H88 A; 1KFY A; 2A2F X; 4TWF A; 1IBK T; 2X67 A; 4UVA B; 1QSD A; 3AXJ A; 5LCY A; 2NOX A; 2JQK A; 2JRK A; 2LT3 A; 3NRY A; 4M1P A; 4O8S A; 4IE7 A; 4UR9 A; 3CXK A; 5J0Z A; 2IHR 1; 4ZI2 D; 4BJN A; 2K9A A; 3PUA A; 3I9W A; 4C90 A; 4KI0 F; 5HXR A; 2E9X C; 3UU6 A; 3ZC0 A; 3UQ7 A; 3HCH A; 2KWH A; 1W0B A; 5AQL B; 1ZE2 A; 5KX5 E; 3TLT A; 4KHZ F; 4B3S T; 2E9X B; 3VHL A; 1VOM A; 4QXC B; 3ZN0 B; 4YSY A; 4X5T A; 3ONJ A; 4N78 D; 2L3L A; 1SGV A; 2CBJ A; 4LF7 T; 2GK9 A; 4GYR A; 3UUB A; 5JRE A; 4H9R C; 4ZOL E; 4H63 V; 2XPK A; 4HWC A; 2M6B A; 2KLQ A; 4V1A v; 4ZZB A; 2QVA A; 4V31 A; 3O4X E; 2XZE A; 3WAK A; 4J2C A; 2W0G A; 3OTO T; 5AQF B; 2LOY A; 2LM9 A; 1UX4 A; 2P9B A; 4LMJ A; 2A9U A; 3AEE A; 4XZC A; 4JUY A; 1WYC A; 5JRC B; 4C91 A; 3KV4 A; 1LVF A; 3BQI A; 3U3I A; 1CHU A; 2J47 A; 3R84 B; 2XQA A; 2B78 A; 5LBQ B; 3P3K A; 2APO A; 3D79 A; 2BBJ A; 3AE8 A; 4HFB A; 4CZZ B; 2WU5 A; 5AQS B; 4EZ4 A; 4LF6 T; 4DMV A; 3V5S A; 3P8C D; 5LYJ E; 4I55 E; 5ABE A; 4HFE A; 4LML A; 4YSX A; 3CQX C; 3N2K E; 3MZK B; 4NXN T; 2W00 A; 3LWR A; 2LOP A; 4P0A A; 1Y01 A; 2LSK A; 4A56 A; 3C0K A; 5IHY A; 3CK6 A; 2XM1 A; 4U2Y A; 2I0M A; 3AXJ B; 4YHH T; 4U31 A; 3LFM A; 1E7P A; 2V5D A; 2CBI A; 5AQM B; 4YTN A; 5HYA A; 4KHP T; 3ZYM A; 4X1Y E; 3LG7 A; 1WXW A; 1UK5 A; 4AKR B; 3G06 A; 2W4X A; 5GON E; 4Z8X A; 3EDV A; 3AE9 A; 1KF6 A; 3RGL A; 4A2V A; 4U7I A; 4UV8 B; 5HXE A; 3C4X A; 2ES0 A; 4DMG A; 3FXE B; 2KWI B; 3F31 A; 3HKC E; 3IUW A; 2CCQ A; 2WMO A; 4CI2 B; 2XY8 B; 4F6R C; 3SS1 A; 1XWM A; 1T7S A; 4X66 T; 3CML A; 2RFK A; 1HNZ T; 5F3J A; 3RH3 A; 3HCI A; 2XAF B; 3E22 E; 3EHZ A; 3K1S A; 4NUU A; 5H6R B; 2XJ7 A; 2IUB A; 2XAS B; 3P4S A; 1WXX A; 3RYH E; 2KSR A; 2BVL A; 3M6U A; 2AB4 A; 2HN1 A; 4BPB A; 5AQN B; 2Q9Q D; 4DV5 T; 2JQH A; 5BR8 T; 2C5K T; 2WP9 A; 4COF A; 1XNQ T; 1XDP A; 3QB5 K; 4QX7 B; 4U74 A; 1IBL T; 2EHO D; 2UXB T; 4B3R T; 1T72 A; 3H37 A; 1HNX T; 4IDP A; 3OBV E; 3N9L A; 1D0X A; 2C5J A; 3KFW X; 3LSV A; 2E9X D; 2YEV C; 3HCJ A; 2KND A; 2X9X A; 5JDF A; 3PTR B; 1HFA A; 4ASK A; 1L0V A; 2BKP A; 4ADZ A; 5IYZ E; 2J5T A; 4JI8 T; 5LJM A; 3HKD E; 3TLV A; 4PNI A; 4LFC T; 2ZM8 A; 3C4W A; 3LWO A; 2J5V A; 1QUU A; 4GOU A; 4QXB B; 3MAC A; 2X0Y A; 4HTE A; 3CPZ A; 2WB5 A; 3RKO A; 3T1H T; 2BS3 A; 3RIF A; 1R3F A; 4EGW A; 3AA0 B; 4QH4 A; 5FXV A; 3KVB A; 1WRD A; 3IEE A; 5LJN A; 2DP9 A; 2FJA A; 1KNP A; 4Q1T A; 3FB2 A; 5LHG B; 3FBL A; 1JNZ A; 1T98 A; 3BQK A; 5J1G A; 2WAU A; 4PFO A; 3F57 A; 2XQ9 A; 4IE0 A; 2NP9 A; 5A1L A; 4E7S A; 2BKN A; 2H7O A; 1MIW A; 1HTJ F; 2ZLY A; 4NIQ A; 3ZT5 A; 4QX8 B; 2NWB A; 1YQ3 A; 3VKG A; 4YFS A; 4PJL A; 3ZD7 A; 3JC6 C; 4H9Q C; 4PK4 A; 2BG9 C; 3K3Q C; 2JQ9 A; 2CWO A; 4ZS3 A; 1MMN A; 3N9P A; 3M6X A; 2ANE A; 2PFV A; 2L8K A; 4ERR A; 3LK2 B; 2V7K A; 1MIV A; 5F98 A; 2NW8 A; 3EDU A; 3QB5 A; 4BJM A; 1G73 A; 5EK3 A; 4DO0 A; 3OYZ A; 3A7M A; 3UT5 E; 1NWM X; 2D0T A; 4OFZ A; 3O1I A; 2DNX A; 4CN1 A; 4CN4 A; 4DUY T; 2RQA A; 4YY3 T; 4U7Y A; 3NCU A; 2RP4 A; 1D1C A; 1MNE A; 2BZB A; 3ZSS A; 1SQW A; 5L3E B; 3LRR A; 3UU3 A; 4I0U A; 3Q5X A; 3PJA J; 4ISS A; 3ZT6 A; 4AQF C; 2LLY A; 2MYS A; 2MPK A; 4A98 A; 2E5L T; 1J2B A; 1SHZ C; 3LWV A; 1BR2 A; 2YK0 A; 5CA1 E; 2V1D B; 4HWI B; 3MAO A; 5LXT E; 2I6H A; 3P4R A; 4YSZ A; 5AQG B; 3MJX A; 4WW0 A; 3VSE A; 3L09 A; 2E5V A; 3Q5W A; 5JDL A; 2FU5 A; 4QHO A; 4K0K T; 4X20 E; 2P38 A; 3RX6 A; 3RC3 A; 1VRB A; 4DID B; 2YKS A; 3PUV F; 1GQE A; 2IDO B; 4PFP A; 2PJQ A; 1X9B A; 5L2L A; 4ZHQ E; 3ETU A; 2XSB A; 2DCF A; 3PU3 A; 2C5I T; 2D5U A; 2ZM2 A; 5AQP B; 2UUB T; 4DR4 T; 2LSG A; 1VCS A; 3RYF E; 3C50 A; 4AKL A; 2XAH B; 2LRL A; 2YDQ A; 3B57 A; 5ABG A; 3AAI A; 4B6X A; 2VKH A; 2RMJ A; 1H7C A; 2KT9 A; 1U5P A; 1M7K A; 4QWN B; 4UEM A; 5AMH A; 4IE6 A; 4A97 A; 3CX8 B; 1WFD A; 2KZN A; 3H3M A; 5LHI B; 2LKG A; 4YJ3 E; 2C0S A; 3ZLI A; 5LP6 E; 3DP7 A; 4K0U A; 5F9F A; 4E7Z A; 3OKQ A; 3FXD B; 4TUY E; 5EK4 A; 1IJ5 A; 2UU9 T; 4AY2 A; 3LDF A; 5KMG P; 1K8W A; 3C64 A; 3Q5D A; 3P50 A; 4X62 T; 3U78 A; 2UXD T; 5C8Y E; 5FNV E; 4AQY T; 1WR0 A; 3QUJ A; 2ACX A; 4AKI A; 4QH1 A; 2RA1 A; 3KV6 A; 1YZ1 A; 4I4T E; 3IA3 A; 2KIN B; 3N2G E; 1UCU A; 4JI1 T; 2LKH A; 3I0Q A; 3ZMV B; 4AXP A; 3I9Y A; 3ZC1 A; 2ACZ A; 3OG8 A; 2VQF T; 3H3A A; 1KEY A; 4UF0 A; 5DAB A; 3AVS A; 4MHC A; 3PUY F; 4AI6 A; 4YJ2 E; 3SRZ A; 3UU5 A; 2NTX A; 1NEN A; 1S04 A; 1ZL3 A; 3AB3 B; 5AQK B; 3JC6 D; 1N34 T; 4OHF A; 5E3H A; 4IDZ A; 1MMD A; 3QOF A; 4Q25 A; 3O1J A; 2YU2 A; 3FZH B; 3ZKR A; 1XDO A; 2WY2 A; 4EIW A; 1MND A; 4IL4 A; 2JQQ A; 4WBO A; 3AEG A; 3Q9D A; 5HCJ A; 1WCR A; 2M6I A; 3FAC A; 1ZOY A; 5L47 A; 4OK0 A; 4ZI7 E; 3N9M A; 4PAG A; 4KUM B; 1YQ4 A; 4AIS A; 3HI2 A; 2IW5 B; 2D9D A; 2QGS A; 3N9O A; 2CE7 A; 1UX5 A; 4CXW A; 1UUS A; 1SA0 E; 3ZCJ A; 3RIU A; 2X66 A; 3DJB A; 4V2Z A; 3UUN A; 4P09 A; 2UXN B; 2X51 A; 3ZMT B; 3RF1 A; 3RKG A; 5JQG E; 3K3O A; 4JLE A; 2Z0T A; 3RRC A; 4EEB A; 3J7Y q; 2AS0 A; 4TNV A; 1US7 B; 5LGU B; 3ZPO A; 2LM2 A; 3AE5 A; 1IBM T; 4YHJ A; 1HF8 A; 2JIW A; 3ZV0 C; 2Z6E A; 5F9H A; 3PUW F; 1OED A; 2XQ4 A; 2LE8 A; 4DV4 T; 4CI3 B; 1MMA A; 1S94 A; 2XQ7 A; 2UUA T; 1FMW A; 1OWA A; 3PJA A; 4U2Z A; 5LGT B; 2XAQ B; 1LRZ A; 3ZYL A; 3PUQ A; 1J5W A; 3M65 A; 3OJA A; 5JR9 A; 4ZI3 D; 2CA5 A; 1XNE A; 3ZJ2 A; 2EY4 A; 5ABF A; 5HEO A; 3QK6 A; 2OA5 A; 3IF8 B; 4PW8 A; 3UFE A; 4FJO A; 3AA6 B; 4UF0 B; 4HN9 A; 2W4R A; 4B3T T; 2XQY A; 5AQQ B; 3M3Z B; 5JDH A; 1BR0 A; 4JV5 T; 2H89 A; 5FXZ A; 1ZV4 X; 4O2A E; 3GA8 A; 3ZMS B; 2YU1 A; 5L4E A; 3LRN A; 2YN6 A; 3IBP A; 3L39 A; 2ZM6 T; 1I94 T; 2E8I A; 2DWG A; 3EUH A; 3RYC E; 2WWU A; 4MBQ A; 2OV9 A; 3SFE A; 2LSI A; 2LHN A; 5ADX L; 4B3M T; 2KWB A; 4Z90 A; 1YKE B; 2I59 A; 4IST A; 3PUR A; 3WX1 A; 3RIA A; 3SFD A; 5LMU T; 2H3R A; 4AIU A; 3M6W A; 5L3C B; 3ZT7 A; 2IAK A; 2V6X A; 3EVY A; 5J2U E; 1J5E T; 2CWW A; 2XUE A; 4IHJ E; 2XAJ B; 1D1A A; 2CX0 A; 3ONX A; 2QA7 A; 5L3D B; 3P4Q A; 5L3G B; 3LWQ A; 4ILU A; 2LEH A; 3LK3 B; 4TZ4 C; 3NWI A; 2XQ3 A; 3GMI A; 2RPA A; 2X0H A; 2H7V C; 2VQE T; 3DTO A; 4JI7 T; 3GA3 A; 2FJD A; 4QH5 A; 5AQT B; 4CI1 B; 2XSA A; 5M4Y A; 2VKD A; 3E0O A; 2MAW A; 4V30 A; 5FVL A; 2WS3 A; 2A3D A; 2IC6 A; 1WYB A; 3PUS A; 5JTG A; 2CX1 A; 1N36 T; 5FKY A; 1OED B; 5BMV E; 2R6G F; 1ZE1 A; 1MMG A; 2W66 A; 3M4X A; 1O3X A; 4IRE A; 1J1J A; 2HPJ A; 2LOS A; 1WK2 A; 5HXC A; 1HS7 A; 3KBT A; 3MA9 A; 1D1B A; 5F8P A; 2LSJ A; 3C51 A; 4DR5 T; 1IT8 A; 2MOZ A; 3CIR A; 4BAY B; 1WLX A; 5JR9 B; 3P4P A; 5ABF B; 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