The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
142
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sequence length |
444
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structure length |
437
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Chain Sequence |
TTADRASEFLGGLFNSLTERGRSQPMSGDELIALSETLLSRRGEASGVALAASLLAGYEAADEDDKLAFLDALAEQFGPDLAELNTAIEAFRADASAEATGELLRAAEPRRQELIRRLNHAPGGTAALVKMREAVLARIAAHPQLRHVDDDFVHLFTSWFNRGFLVLQRIDWTTPANILEKIIRYEQVHTIHDWDDLRARLAPPDRRCYGFFHPRLVDEPLIFVEVALTKDSPAAIAPLLDLEREPIAASDATTAVFYSISNTQQGLAGISFGNFLIKQVVEEIKRELPNVQTFVTLSPVPGFAKWLKRERDNPDSTLLDASARTALEALDTPNWFDDADTADRLKPIVLQLAAAYFLQAKGPNGRPLDPVARFHLGNGARLDRLNFLGDRSPNGMRQSHGLMVNYLYALGDIEANHEALFERGQIAAASAVRKLVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of malonyl-coenzyme a decarboxylase provide insights into its catalytic mechanism and disease-causing mutations.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Malonyl-CoA decarboxylase
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| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Rhodopseudomonas palustris
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| total genus |
142
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| structure length |
437
|
| sequence length |
444
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
4.1.1.9: Malonyl-CoA decarboxylase. |
| pdb deposition date | 2013-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05292 | MCD | Malonyl-CoA decarboxylase C-terminal domain |
| A | PF17408 | MCD_N | Malonyl-CoA decarboxylase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Aminopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KSA A; 4KSF A; 4KS9 A; 4F0X A; 2YGW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FAI A; 4A37 A; 1R43 A; 4FD7 A; 2DF5 A; 4B5O A; 2EO8 A; 3HWC A; 3MN8 A; 1RJ4 A; 4B12 A; 4MHD A; 4X28 C; 4DUK A; 4HKS A; 1JQI A; 4PXE A; 4UFV A; 3TZ2 A; 5H84 A; 5FVJ A; 4BD9 A; 4UIA A; 2B5G B; 4CYQ A; 2C12 A; 3N0R A; 2B58 A; 2G3T A; 4B6Z A; 3CXS A; 5HMN A; 2JLM A; 4RS2 A; 3I3G A; 1Y7R A; 4HNX B; 1YK3 A; 4NGS A; 2PE3 A; 4FWU A; 3PFD A; 3CZX A; 2V8G A; 3CDX A; 5E96 A; 3D6B A; 1HEE A; 2G3A A; 2A4N A; 3TZ5 A; 3F29 A; 4NEX A; 4NGN A; 4IUS A; 4JIZ A; 1IY7 A; 5B6B A; 2B3U A; 2J7A A; 5LYL A; 2AO2 A; 1P4N A; 3CT9 A; 4M3S A; 2PIY A; 1N71 A; 2Q43 A; 2J8N A; 3VKH A; 3NF4 A; 3R9G A; 4MCQ A; 5KTC A; 1VKC A; 1LOK A; 3LG1 A; 3JRU A; 1S7L A; 2BSW A; 3FF3 A; 2E0A A; 2F7V A; 3FYN A; 3TX8 A; 4M9A A; 4M6I A; 4PK2 A; 3S7W A; 1Z8L A; 2B4B A; 4KOS A; 4R57 A; 4QUS A; 3SXQ A; 2BOA A; 3CPA A; 4KOT A; 2Q7S A; 3UY5 A; 4MFQ A; 4AB7 A; 2F6L A; 3I9S A; 2AFO A; 3B3T A; 4AI6 A; 3RZA A; 4R76 A; 1UDY A; 1YX0 A; 4E01 A; 4AXV A; 4N5F A; 2CJ6 A; 1YGH A; 4CAE A; 3FX6 A; 1FS8 A; 1FT7 A; 3GYA A; 3RO0 A; 3VKG A; 1Z8W A; 4MPN A; 5A28 A; 2ABZ A; 5G20 A; 1OBR A; 2QIR A; 4OLL A; 2AJ6 A; 3B96 A; 2RF7 A; 4JZ0 A; 4MBU A; 5F48 A; 1B6B A; 2R05 A; 4KSF A; 3SI2 A; 2R03 A; 3RAM A; 2ZEN A; 2FP1 A; 3DGV A; 4DZY A; 4F0X A; 4NGQ A; 3VWD A; 3B3W A; 3I1U A; 4A94 A; 5DWN A; 1Y8N A; 4FD6 A; 4FF2 A; 2BU2 A; 4XPK A; 2AFZ A; 2PJ3 A; 4BBH A; 4E0A A; 3BI0 A; 5G1Z A; 1YLO A; 2YYJ A; 2HUZ A; 2PJA A; 3TOA A; 2AFM A; 3P2F A; 4YGO A; 3G8W A; 3A9L A; 3D67 A; 2DDH A; 1GKZ A; 2BO9 A; 4Y49 B; 3OWC A; 3LD2 A; 2KCW A; 2RDZ A; 1MJB A; 3D2P A; 4PSW A; 2Q8G A; 1CX8 A; 3P2H A; 4FZ4 A; 3Q22 A; 3CXQ A; 3FJU A; 2ZOG A; 1XFZ A; 3KAS A; 3GQT A; 2D29 A; 4B13 A; 1QQ9 A; 1YW6 A; 4HKR A; 4OP4 A; 3FVL A; 1WK4 A; 2EUI A; 4P10 A; 4JJX A; 4MFP A; 4Y49 C; 4QC6 A; 5LRK A; 1Y8P A; 3F8K A; 5JH9 A; 3X0Y A; 1RXT A; 5M4M A; 4OKO A; 2JIF A; 3B2Y A; 2PVW A; 3GUX A; 3CRK A; 4L8A A; 2P6G A; 1IVH A; 4V25 A; 8CPA A; 4L38 A; 1ZG8 A; 3RKH A; 1K8T A; 4UCM A; 3HLP A; 5JQ4 A; 1XIX A; 3F0A A; 2GE3 A; 5EBV A; 1S7K A; 4ZI6 A; 4NGM A; 3PBE A; 1Z8T A; 5BWA B; 2B4D B; 4NSQ A; 1SC5 A; 1GYT A; 1I21 A; 3WC6 A; 1YVK A; 3D4U A; 4QB9 A; 4FF1 A; 5K8M A; 1SK6 A; 4ZXV A; 2R0N A; 3D9G A; 1M44 A; 3C2P A; 2DPS A; 4YU9 A; 1Y9K A; 2PR1 A; 4H81 A; 2REF A; 5K3H A; 2VI7 A; 3B3V A; 4OC1 A; 2IQ6 A; 5JM6 A; 3TO7 A; 3EY5 A; 2GBB A; 4MY0 A; 3FMC A; 4C2Z A; 2YYI A; 4LX9 A; 3LWU A; 4IHM A; 4L3X A; 2P6E A; 2OR0 A; 3SXN A; 3TO9 A; 3PZJ A; 6CPA A; 1W07 A; 1LFW A; 5K8N A; 2PJB A; 2J9A A; 4L89 A; 2G0B A; 2R0M A; 2NSM A; 1OZP A; 1GJV A; 4JYW A; 3QAH A; 4G1P A; 3WT4 A; 4AKG A; 3R96 A; 4H2K A; 2EK9 A; 2PR8 A; 4TWE A; 4KOV A; 3TZ0 A; 5JPH A; 1FS7 A; 2P6F A; 3R7K A; 4JD6 A; 4MI4 A; 2GU2 A; 2PRQ A; 2GIV A; 2C27 A; 2ZEL A; 4UEZ A; 5CPA A; 5HH1 A; 1RTQ A; 2CJ4 A; 1PCA A; 2Q4Y A; 4KOX A; 1PUA A; 3WR7 A; 1Z5R A; 5M4K A; 3PB6 X; 2BTZ A; 3X29 A; 4KCF A; 4X8I A; 1F57 A; 5AGE A; 1NSL A; 2BU6 A; 2PJ1 A; 4RI1 A; 4KS9 A; 3D7G A; 4HNY B; 3ISZ A; 2O53 A; 2JBJ A; 2YYM A; 4UCP A; 1MK4 A; 2RC4 A; 1Z9U A; 4L1F A; 2Q44 A; 5H86 A; 4HNW B; 3MDE A; 2ZEG A; 2RB7 A; 4KVX A; 3IGR A; 5G21 A; 3IFE A; 2NYQ A; 5AG5 A; 3D9F A; 1F2O A; 3H8E A; 2Z3N A; 4P44 A; 2PJ8 A; 5KTD A; 3WC7 A; 1QDB A; 5LRG A; 4H6Z A; 4XPD B; 3S9N A; 4LQS B; 2VBQ A; 4MFJ A; 1ZLH A; 1XE4 A; 4PQA A; 2PJ7 A; 4P4J A; 1R3B A; 1CG2 A; 5I4M A; 4C7H A; 2IJZ A; 3RBU A; 1GKX A; 2FL4 A; 4A2Z A; 5HVG A; 4JIO A; 3IWG A; 5ELY A; 4XPD C; 1I1D A; 2CY2 A; 4Q38 A; 3FNC A; 2ZEO A; 5HXD A; 4CAF A; 3B3C A; 4MMO A; 3NA6 A; 1BPM A; 4W9U A; 2ZXV A; 3MDD A; 4FBE A; 4I49 A; 2GAN A; 3FB3 A; 4P4I A; 2A1T A; 2JBK A; 2POK A; 5M4P A; 2IX5 A; 2UXW A; 5K3G A; 1FY7 A; 4P4D A; 4AVC A; 2CTB A; 2HB6 A; 2GRE A; 1XEB A; 2XEJ A; 3S6G A; 2CXA A; 2ZPA A; 1X90 A; 5AG4 A; 1XMB A; 2OT4 A; 2RFQ A; 4MFK A; 2YYG A; 4QBJ A; 1SIR A; 2REE A; 1XFY A; 4KUB A; 1Y0Y A; 3LGQ A; 1J4J A; 4KVM E; 2FVG A; 3H5Z A; 3D7H A; 1CPX A; 1M1D A; 2PJ5 A; 3D8P A; 2F5I A; 2PJ2 A; 3SI1 A; 4R9M A; 2Q04 A; 1JM6 A; 3FH4 A; 2ZDX A; 4F6A A; 4HKF A; 4ORF A; 3W6X A; 2FIW A; 4ZY2 A; 4ZY1 A; 3MPJ A; 3G3S A; 4K30 A; 3AFE A; 4NXL A; 3EO4 A; 4AG7 A; 2Z10 A; 3GKR A; 5AG6 A; 1X91 A; 2J8R A; 2XEF A; 4MCP A; 4NGP A; 4K3N A; 4CS0 B; 1K93 A; 3PGP A; 2WUU A; 2QVP A; 4M6G A; 1QSM A; 4CAX A; 4P13 A; 3PBB A; 3D66 A; 4KOU A; 2OEV A; 4LQG A; 2PG0 A; 3UBR A; 1IU8 A; 3BNH A; 3D68 A; 2Z1Q A; 3N7Z A; 4OME A; 5DWM A; 2O28 A; 4DYO A; 3PP9 A; 3MXL A; 4II9 A; 3N5F A; 3WAB A; 4CGO A; 2AZE A; 4OIW A; 3MRU A; 2XQR B; 1CP6 A; 4CGN A; 3FED A; 3W91 A; 1UKW A; 2X7B A; 3JVN A; 4U9Z A; 1S7N A; 2R1I A; 3C46 A; 4H89 A; 3II9 A; 2Z3O A; 3TTB A; 1VHE A; 4HR3 A; 4R7M A; 5F47 A; 3WC5 A; 2VZZ A; 2ZDY A; 3C3L A; 2YYK A; 3AFF A; 3K9T A; 1IS2 A; 1CBX A; 4OC3 A; 2RFH A; 4A30 A; 1GHE A; 1K4J A; 3UU9 A; 1IYK A; 4NF1 A; 2QR4 A; 3D2M A; 4PXB A; 3OWM A; 2VXK A; 4FF4 A; 2Q51 A; 1R57 A; 3S9M A; 3T90 A; 5K3I A; 3BJ8 A; 5CBM A; 1L0C A; 5IV0 A; 2YNC A; 1HDQ A; 4ONW A; 1TXR A; 3ZJ0 A; 1CPS A; 4J3G A; 4LQ6 A; 3D9E A; 4DOY A; 4CRY B; 4BIN A; 1CM0 A; 2ARH A; 2XS1 A; 4MCR A; 1Y0R A; 3TCV A; 2VZY A; 5K8P A; 4CYN A; 3TOR A; 2V8D A; 1XJO A; 1SQH A; 1TF9 A; 3JTK A; 1IOI A; 5EC4 A; 1Y8O A; 2XS8 A; 3DLJ A; 2FS5 A; 4E00 A; 2CX9 A; 2ODF A; 5F46 A; 2WBI A; 5K3J A; 2ZW6 A; 5EMI A; 2G9D A; 4UFW A; 1M4I A; 1VHS A; 3R1K A; 3D2R A; 2HV2 A; 4IK2 A; 4R8F A; 3KI9 A; 3R9E A; 3VWE A; 4AVB A; 1S5K A; 1X10 A; 4PPZ A; 2VR0 A; 1V0C A; 2VIG A; 2WPX A; 2VL1 A; 2FCK A; 2BU8 A; 1VIX A; 3TO6 A; 2PJ9 A; 5LYI A; 4GS4 A; 2V8V A; 1I12 A; 4X3R A; 1QSO A; 4ONU A; 1XFW A; 3LAC A; 4KZT A; 1XFU A; 3PFE A; 1QSN A; 4UF4 A; 3PB7 X; 4KUA A; 3S6K A; 4LQQ B; 4DNC A; 4A38 A; 5J6A A; 4JXQ A; 3ISX A; 2ZED A; 4CAW A; 4WWV A; 2OZH A; 4UBR A; 4W9Y A; 3CRL A; 1WWZ A; 1YQE A; 1BPN A; 2ZEP A; 2ZAF A; 4M85 A; 1IID A; 2BU7 A; 4JEK A; 2IX6 A; 1NSA A; 4U5Y A; 2NMT A; 3L1T A; 1ELM P; 4C2X A; 1BOB A; 4X2T A; 4KOR A; 1LRZ A; 1RJ1 A; 4Q0T A; 5IX3 A; 2PSW A; 2QJ8 A; 1R2J A; 4ZYQ A; 5J1Q A; 3FBU A; 4CGL A; 3LOD A; 3L2N A; 4G97 A; 2ZEH A; 2I3C A; 1PU9 A; 2OB0 A; 1FS9 A; 2PRB A; 4F8Z A; 3IEH A; 5M4N A; 2XEG A; 4EME A; 2BEI A; 3BNJ A; 4R6T A; 3DDD A; 5A27 A; 2JBS A; 4XVX A; 1M4L A; 3RYO A; 2GFQ A; 3GLJ A; 4IAV A; 2WZN A; 2Z3L A; 2V8H A; 4OO2 A; 5BRK A; 2PVV A; 4YFJ A; 1SIQ A; 4NCZ A; 2OJQ A; 3NH8 A; 1MJ9 A; 4OID A; 4CYO A; 2ZW7 A; 4ZBG A; 4ZX8 A; 4PK3 A; 3GB0 A; 5D8N A; 1X8Z A; 4Q1O A; 1PYT B; 1XBU A; 3B8G A; 2ZO5 A; 4MHP A; 4JLY A; 2Z11 A; 2JEV A; 2CNS A; 4A32 A; 2Z3M A; 3GIU A; 3B7I A; 2D4O A; 4R87 A; 2PCU A; 2C6G A; 3B3S A; 1XMT A; 2O4H A; 5ISV A; 1FNO A; 1S7F A; 4QVT A; 4MFZ A; 1XOV A; 2FSR A; 3FO3 A; 4E8O A; 3IWW A; 2BUE A; 1YME A; 3VH9 A; 1YR0 A; 2BU5 A; 3IU2 A; 7CPA A; 5DS0 A; 4UFX A; 4A33 A; 2OH1 A; 4DJL A; 1BO4 A; 3PB8 X; 3D7D A; 3NH4 A; 1EGE A; 3P4T A; 4MFL A; 3SI0 A; 4F9V A; 2IL4 A; 1LVC A; 3CE2 A; 1BUC A; 4A95 A; 5B5V A; 3KR5 A; 3FXT A; 5K8O A; 1VGY A; 2QML A; 1S3Z A; 3S6H A; 3CPX A; 1BAV A; 1TF8 A; 1EGD A; 1IOF A; 1LCP A; 5THW A; 3GY9 A; 5LYD A; 1JQG A; 4BMH A; 3TZ4 A; 3Q23 A; 1Y7E A; 3TOB A; 1U8V A; 1ZG7 A; 2EK8 A; 4O5M A; 3S9L A; 4Q4U A; 2AE6 A; 2CJ7 A; 2JDC A; 4MP2 A; 4E2A A; 4CYP A; 3T9Y A; 2WYR A; 1ARM A; 2AFS A; 2WPW A; 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1Q7L A; 4XNH C; 4NGT A; 4X28 A; 4UEF A; 3OIB A; 4KOW A; 4C68 A; 2E81 A; 4RM7 A; 4FD5 A; 2Y0M A; 3IO1 A; 3BLN A; 3BHX A; 2B3V A; 3KKW A; 3NFZ A; 4MRI A; 4PV6 A; 2ZEE A; 2PJ4 A; 3GM6 A; 1MJA A; 2C1C A; 3RNZ A; 4A31 A; 1ZLI A; 3PFO A; 2ZKJ A; 2Q0Y A; 1IGB A; 2PJC A; 2PDO A; 4KSI A; 1AYE A; 1UFH A; 4R3L A; 4AKI A; 1NMT A; 4XPL A; 3SHP A; 2ZOF A; 2B5G A; 4O23 A; 2ANP A; 4H85 A; 4FUU A; 3KHZ A; 3IWE A; 3QNV A; 4KVO E; 3D9D A; 4Q36 A; 4CGM A; 2K5T A; 1F2P A; 4NJR A; 4P45 A; 1P0H A; 2DVL A; 5J71 A; 1X12 A; 5BRM A; 2XEI A; 3TTH A; 2CJ5 A; 3MKH A; 1Q2C A; 4PXC A; 1YW4 A; 4EFD A; 1M4G A; 3M9V A; 1CP7 A; 1XFO A; 1S26 A; 3VAT A; 5I0C A; 3X0X A; 2PO4 A; 1EE3 P; 3DR8 A; 2PIZ A; 1TKH A; 2D4P A; 2R7H A; 4P79 A; 3EOM A; 4OC5 A; 1AUG A; 3R9F A; 3IIB A; 2ZEF A; 3D3S A; 2HQY A; 1ARL A; 4CGP A; 1NE9 A; 4AKH A; 1S60 A; 2EBH X; 3GNC A; 3NE8 A; 1YRE A; 4QIC A; 2CF4 A; 3PRT A; 3SJF A; 2OR4 A; 5J8F A; 2CNM A; 4NFR A; 5C88 A; 1Q2Y A; 1A2Z A; 1RP3 A; 2EC5 A; 3BXM A; 4AVA A; 3H4Q A; 3FCJ A; 4NXY A; 2Z3P A; 1XRY A; 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