1B9DA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 143
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9dA00
3KK3A 1VSIA 4DMNA 1UA1A 1VRUA 3NH0A 2QKBA 5HP1A 2PZSA 3C6UA 2YHAA 4B9MA 2AJQA 2HW3A 2W42A 1NK8A 4IDKA 3RR8A 3RMAA 3KLHA 4ELTA 3VQBA 4ID5A 2XY6A 3HT3A 1RBVA 3NH1A 2P5GA 1NK9A 5CYQA 4B9UA 4RW8A 3K5NA 5CY4A 2ETJA 3F73A 1XWLA 3HYFA 4ZTFA 2VG6A 1HQEA 5CZ1A 3SQ0A 1FXXA 1WSIA 4CEQA 4CGFA 2JGUA 1TK5A 3F9KA 4CJQA 3PX4A 5HRSA 2NUBA 4FLUA 4Z0UA 4N47A 4M3ZA 2QK9A 1JL1A 3RMDA 4FK2A 4C8MA 4PA1A 4B9VA 4F2RA 1RBRA 4KTQA 3V9ZA 4DSLA 4OGCA 4M45A 4GMJB 3NAEA 3AVHA 4KTWA 3MECA 1Q9YA 5CZ2A 2HHSA 1K6YA 2DFFA 1RTHA 4FZZA 1RBUA 1HMVA 3V9XA 2OYQA 5K14A 3B6PA 4FZYA 3KLEA 5FROA 4AHRA 1RT5A 3QEWA 4IBNA 3HPHA 4CF1A 1X9MA 3QEVA 4ID1A 2YV0X 1JLFA 1RTJA 3AO1A 1ZYQA 3KLFA 2XY5A 4PWDA 1X9WA 1S1XA 3ASMA 1Y97A 1DTTA 4DFKA 4FJNA 1S1VA 1ZBHA 2WONA 1TKZA 4N41A 3VQPA 4ICLA 3U3GA 2HVHA 3AVMA 4LD0A 3HK2A 3RR7A 3OYAA 4RW4A 1XHXA 1KLMA 3AVLA 1S1UA 4F8RA 3H08A 3SPYA 3HVRA 1KVCA 4KB1A 1HNIA 1JLEA 3O3HA 3RRHA 2OPSA 4RW9A 1RTDA 1YTUA 3U3YA 1KFSA 5FRMA 2KZZA 4E1NA 4M3WA 1N6QA 3CM5A 4CJTA 4CHYA 1C1AA 5HRNA 4EZ9A 4FM0A 4CHQA 1HQUA 4YNQA 4DU4A 3MEGA 3SI6A 5HROA 3CQ8A 1ASWA 1QSSA 2WOMA 4B8CA 2E4LA 2GBZA 1NK0A 4B8AB 1U04A 3K57A 2F8TA 3PO4A 5SZTA 4CFBA 1VRTA 3L8BA 3NE6A 3SV3A 4FM2A 3OJSA 1RCHA 1RT3A 2B6AA 4IFVA 1TL1A 3T1AA 3NF7A 2A1SA 3V1QA 4CGIA 1CXUA 2IAJA 2DFHA 1RT2A 4DS5A 1U47A 4PUOA 3KTQA 4DSFA 1JLAA 4FLTA 3V9UA 4DTJA 4IKFA 4KPYA 3WNGA 4CE9A 2FBYA 4CHPA 4N5SA 3AVGA 3MXJA 3LZIA 4LSLA 1HJRA 3NBPA 4CF0A 4DTNA 1X9SA 4J2AA 2D0AA 1TK0A 1QTMA 2HHVA 1C0MA 5KRSA 4CJ4A 3QLHA 3RMCA 3V6DA 4FXDA 2YHBA 1XHZA 4CJEA 4DFJA 1IKYA 2HB5A 3NF8A 4WE1A 3LP3A 4OJRA 3AO2A 4F4KA 3VQQA 4OLAA 4HHTA 2FBVA 1EX4A 5HBMA 4AHUA 1T8EA 4EZ6A 3CFPA 1W0HA 4E3SA 4AHCA 3L3UA 3O3FA 3QETA 3SJJA 1RT1A 2Z1HA 3OYKA 3L2RA 2RF2A 2E6MA 1C0TA 1W9HA 3V9SA 3FFIA 4B3OA 4KRFA 1IO2A 4IG3A 1SV5A 3AVNA 1NJYA 4FJXA 2ZE2A 4KO0A 4L8RB 3SUNA 3K5OA 2X78A 5J1EA 1CZ9A 4CGGA 3DRSA 3M8PA 5KI6A 2JLEA 2D0BA 1GOCA 3DMJA 1L3UA 4I9QA 4OLBA 4BDYA 1NKBA 1NKCA 1TKTA 3VQ9A 2XHBA 2OA8A 4DLGA 4CHZA 1F21A 3IG1A 3TR8A 2XO7A 3QEXA 1BGXT 1S9GA 2EHGA 3QO9A 4O0JA 5C25A 4DSJA 4K8ZA 4KREA 2XRIA 4B9LA 3KJVA 5HRPA 3ZSWA 2YNFA 2G8VA 3ZCMA 4F3OA 1VK0A 3M8RA 4E7LA 2IOCA 2A1RA 3TAFA 3QIPA 1TAUA 1JXBA 3NGYA 3ZSQA 4JS5A 3OYNA 1NJXA 1KVAA 2G8UA 3NF6A 4M3TA 4CK2A 4FLXA 3SCXA 3ISNC 4F3TA 5T7BA 4CERA 4CESA 1A5WA 2PY5A 1ITGA 1JLQA 4R5PA 4KFBA 1L3VA 4PQUA 3AVFA 1HYSA 4BE2A 3VQEA 3TAQA 3LP0A 2Y1JA 4W5QA 4BWJA 4AHVA 2DY4A 1BCOA 2O4IA 4HVJA 4DG1A 3CG7A 2KQ2A 4FLVA 3HP9A 4CEZA 1I3AA 1WSEA 1SKSA 1T05A 4H8KA 4M3XA 1VSFA 4JRQA 3ITHA 3LWMA 1N5YA 2HNDA 3VQDA 1KLNA 4FJJA 2QXFA 1KCFA 1GOAA 4CIGA 1EP4A 1RDCA 3LDSA 2G8HA 4FJHA 1EETA 1T7PA 3ZSXA 3AV9A 1ZBIA 4J2EA 3TWHA 3KLIA 2LSNA 4CGDA 5KGXA 3OYEA 3SZ2A 3QESA 1NK7A 1C1CA 3AVCA 2G8KA 4E0DA 4FK0A 1RBSA 4HUFA 1S6PA 1YVUA 4H4OA 3KD5E 3ZT1A 3ZT2A 3AVIA 4DFPA 4KI4A 5KGWA 1X1PA 5I3UA 3AA3A 1WSHA 4DU1A 2VG7A 5HRRA 1Q8IA 3ZT3A 5C42A 4YFUA 3EZ5A 4JS4A 1WAJA 3U6FA 1C6VA 4M3RA 1QSLA 4E89A 2Y1IA 1L3TA 3P83D 4QOZB 4Y1CA 1T03A 1FK9A 2ZD1A 1VSLA 4DQIA 2KFZA 4CFAA 4CJUA 3S3MA 4K8XA 1TKXA 4W5NA 1S6QA 4OPJA 1D5AA 4ELVA 3DYAA 4J2BA 5FRNA 2R7YA 1C0UA 2RKIA 1DTQA 3V4IA 3OS0A 1SL1A 2F8SA 3WNFA 5J2MA 4F2SA 4CHNA 1NJWA 3S9HA 3MXMA 4M3UA 3OYLA 3LPUA 1XC9A 1JKHA 5I42A 3B6OA 4KB0A 3BDPA 2YKNA 1QE1A 1NK5A 1TL3A 3WNHA 4M3YA 4I9LA 2VWKA 4HUEA 4FLZA 3SUQA 3VQAA 4OKEA 4DTXA 5J2NA 1LAWA 1Q9XA 2F96A 4J2DA 1A5XA 2Z1IA 3VA0A 4DQRA 4NCAA 4FYDA 5J2QA 1RDAA 1G15A 1C1BA 1RTIA 1LWFA 3L2QA 3OS1A 1S1TA 3L2UA 1B9FA 3NF9A 4CEOA 1RILA 3C95A 3M8QA 3KLGA 3CFRA 1D9DA 2BGGA 4ZHRA 1CZBA 3O4QA 4CEDA 3ZSZA 3OYFA 4EP4A 3DLRA 3C6TA 4DF4A 1Z26A 1UWBA 3G0ZA 3OYHA 4DTSA 4DFMA 2FBTA 4TSXA 5KRTA 4CJFA 4CEAA 4Z4CA 1ZBFA 3OJUA 1BIZA 3OYMA 4UQGA 3HPOA 4DSKA 3LZJA 1TVRA 1KTQA 4FJ9A 2DFEA 3KIOA 2BE2A 3QINA 4FVMA 1YTAA 1REVA 2HNZA 4FW1A 4IG0A 1NJZA 1IG9A 3K59A 1U4BA 3SUOA 1SKWA 4FLYA 1BL3A 3QIOA 1U48A 3NGIA 4AHSA 4KHQA 4W5RA 2G8FA 4CF8A 5DMRA 4DTRA 3T3FA 4PY5A 3PX0A 1BQNA 4CJSA 4CEFA 1QQCA 4OPKA 5J2PA 1NKEA 5C24A 4Z4EA 1NOZA 3KK1A 4GVMA 4CJ5A 4CJWA 2VWJA 3MXIA 3D0PA 3LANA 3LAMA 4KHYA 4Z4GA 1VSMA 1IKWA 1FKPA 3PUFA 3VQ4A 4Z4IA 4JLHA 4B9TA 4BWMA 1B92A 1ASUA 5DK5A 3ZT0A 4KV8A 1NK6A 4FJGA 1SUQA 2D5RA 3KKSA 4CEBA 4I2QA 2Z1GA 3O4NA 3RWUA 4FLWA 4FJ7A 4RW7A 2B5JA 4E7JA 1O1WA 3AO3A 4CJKA 3JSMA 4Q0BA 3AO4A 2BDPA 3ZSYA 3TI0A 4DTUA 1LV5A 1JXEA 1KVBA 3CFOA 3DRRA 3OYJA 1B9DA 1U49A 4DSIA 4CK1A 2OPRA 3DLEA 2D0CA 3LPTA 3VQ6A 2ATQA 3VQ7A 4CGHA 4FJ8A 4DQSA 4KI6A 1J53A 4QAGA 1VSJA 4AHTA 3OS2A 1JLGA 4ZTJA 2VG5A 1RDBA 3NDKA 1J54A 4KHSA 4FJLA 1WNSA 1CLQA 4Z4HA 4B08A 3EY1A 4BDPA 3A2FA 3ZT4A 3I0SA 3NHGA 3NFAA 2DTUA 3TANA 2IGIA 2GUIA 4O5BA 1Z25A 4O4GA 1WSGA 4MQ3A 4KAZA 3IS9A 3E01A 1EXQA 1QHTA 3ZSOA 1QS4A 2X74A 3TARA 1JLCA 4CIEA 4DTPA 2P5OA 1VSKA 4JRPA 4C8LA 4NCBA 4NYNA 3V9WA 2P51A 3AA2A 2HHUA 3HSTB 3OYIA 3SYZA 2KZMA 3DLHA 1UAXA 4AH9A 3NGZA 3LWLA 4FZXC 3SQ2A 4KHUA 4BE0A 2OZSA 4DLEA 4FM1A 1LAVA 1WAFA 2KTQA 3NCIA 2HHTA 4H4MA 2GV9A 3V1RA 2KW4A 3SQ4A 4FW2A 1XI1A 1R0AA 5KTQA 3K5LA 4DQPA 3HJFA 2RN2A 3AO5A 1HNVA 3IAYA 1YT3A 3DM2A 1BQMA 3MEEA 3QNNA 3VQCA 3HXMA 2EX3A 4KTZA 1TK8A 4CFCA 4CCHA 4DS4A 2YNHA 3AVKA 4NCGA 3PV8A 3AVJA 3TAMA 4CJ3A 4CF9A 2IC3A 3OY9A 1VSEA 1BISA 2Z1JA 3C94A 3ULDA 4DF8A 3SNNA 2HHWA 2O4GA 2HMIA 2G8IA 1SL2A 2E6LA 3V81A 4XIUA 1NOYA 3I0RA 3T19A 4CJLA 4HUGA 2KFNA 3THVA 4I2PA 1RBTA 3TAEA 3VA3A 3QEIA 2FBXA 1HYVA 4HCCA 4C8KA 2XY7A 2X6SA 1RT4A 1S9EA 3OVNA 2IS3A 1RDDA 3AVBA 1BIUA 2I5JA 5EU7A 2G8WA 4KHWA 4BACA 3OYDA 3HM9A 1U45A 3DOLA 1CXQA 4BE1A 1HYZA 4C8NA 3ZSRA 3OYBA 5SWMA 3D45A 3AA5X 4CEEA 4FCYA 1SL0A 3ALYA 3LAKA 3K2PA 3P1GA 3NH2A 3LP2A 4LH5A 3DLGA 2OZMA 2YKMA 4DTOA 2OPQA 3SUPA 2RPIA 4W5TA 1WSJA 2IDOA 3HL8A 3WNEA 1RT6A 4CIFA 3OYCA 3TAPA 2PYLA 4OGEA 4O55A 3KD1E 4OKJA 4FJ5A 3DI6A 1TAQA 1S1WA 2YNIA 3BGRA 3SV4A 1GOBA 5E41A 2Q3SA 1KFDA 3K5MA 4EP5A 1WSFA 3KKRA 3KK2A 3PX6A 1L5UA 1BI4A 1A5VA 3CM6A 3IRXA 3VQ8A 3AA4A 3S3NA 2HVIA 3O3GA 4E7HA 3VN5A 4CGJA 3QEPA 3MAQA 3SQ1A 4DTMA 2ITGA 4C8OA 4ELUA 3LP1A 4CJVA 2OPPA 4DU3A 4CECA 4CJPA 2XY8A 3RMBA 4I7FA 4KKOA 4G1QA 4DSEA 1ASVA 1TV6A 1IKVA 4E1MA 1BI4B 4O44A 1KRPA 4M42A 1J9AA 4W5OA 2PYJA 1ZBUA 4CHOA 3L2WA 3TAGA 1L3SA 2ZQBA 1D8YA 5D3GA 4Y1DA 2X6NA 3S3OA 4OKKA 3MEDA 3M8SA 1UOCA 4B9SA 5CYMA 5JS1A 3RRGA 2HHXA 2P1JA 3DOKA 1QSYA 2BANA 4E19A 1TKDA 1BHLA 1DLOA 1LW0A 1BCMA 4LH4A 3RTVA 3TABA 4DWIA 1I39A 1S5JA 4NYFA 1JLBA 4FJKA 4LY7A 4OVLA 1LW2A 4CFDA 3V1OA 4CF2A 3K58A 2HHQA 3L3VA 3HVTA 3LALA 4CJRA 1RNHA 4N76A 2QKKA 4FJMA 4Z4FA 4HTUA 1ZBLA 3VQ5A 3L2VA 2HNYA 5FDLA 1TGOA 3ZSVA 1D9FA 4B9NA 4FJIA 1IH7A 3P5JA 3SPZA 1SKRA 1JL2A 4Q5VA 4FK4A 3HP6A 1VSHA 1RT7A 1HRHA 3UIQA 1FKOA 3DLKA 1IKXA 1WLJA 4E7KA 1LWCA 3HPGA 3G10A 3HO1A 2YNGA 4M41A 1LWEA 1MU2A 1NK4A 4N56A 4IFYA 3AVAA 1EKEA 3PY8A 4QCLA 4O0IA 4MFBA 4LSNA 3QERA 3I8DA 5JS2A 4GW6A 3PO5A 1VSDA 1KSPA 4RW6A 3JYTA 1J5OA 4RG8A 4AILC 4E7IA 2B4JA 5HLFA 1WN7A 3OYGA 4HCBA 4KHNA 4DQQA 3DLBA 1HPZA 4BDZA 4CK3A 2FC0A 3QNOA 3DRPA 3EYZA 3CYMA 1UA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA1A 1VRUA 2QKBA 1VQ4N 3R6MA 5TKYA 3D2EA 3KLHA 4H0XB 4JD2A 3NH1A 2HBMA 1NNEA 1JCEA 5CYQA 3HYFA 4ZTFA 1WSIA 3PX4A 3EEQA 4FLUA 4N47A 4FK2A 4PA1A 4IOCL 1RBRA 4DSLA 4M45A 1QQNA 4GMJB 1NWKA 3MK6A 2W41A 4PKHA 1K6YA 4FZZA 4B1WB 2OYQA 3KLEA 5FROA 3ZLJA 3QEVA 4LFAK 3CCJN 2FF6A 3R8EA 4K42A 5GADP 1JLFA 4FWLA 4FJNA 3QFUA 2NNWA 1DTTA 4DFKA 2E1YA 4DKWA 2E5LK 3HM8A 3MX2A 4JI1K 3U3GA 2HVHA 3RR7A 3AAQA 4QS8A 1XHXA 1KLMA 4RW4A 3H08A 3SPYA 2YHWA 1KVCA 3HVRA 4B1VA 1JLEA 3RRHA 2OPSA 4DR5K 1YTUA 3U3YA 3S41A 2KZZA 4M3WA 1IBMK 3CM5A 4EZ9A 4CHYA 4J8FA 4YNQA 4DU4A 3MEGA 4CBWA 3UE5A 2GBZA 4CZFA 4YOUA 5AZJB 1VRTA 4CFBA 3L8BA 3MWTA 3SV3A 4IFVA 4LF8K 1TL1A 2A1SA 3SBGA 1C0GA 1CXUA 4CGIA 2IAJA 3THXB 4H5TA 4DS5A 3UKRA 1U47A 1JLAA 4DHYA 1HJOA 1HJRA 1NMNA 5M1FA 3QLHA 3RMCA 4JYAK 1Q81O 2IVOA 2P9SB 4CJEA 2F7TA 1NJIO 2CGLA 3TTDA 3NF8A 3LP3A 3IDHA 4OJRA 4F4KA 1MA9B 2FBVA 1EX4A 5HBMA 1W0HA 3QETA 3CYMA 4CZMA 2Z1HA 2O8EA 3GBTA 5CHIA 3E9OA 4B3OA 4IG3A 4OPAA 2KHOA 1NGJA 2UXCK 4FJXA 2ZE2A 4PKIA 4L8RB 3SUNA 2WC9A 5J1EA 4NLCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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