1ZBIA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbiA00
4FJJA 2F8SA 4KB0A 4PQUA 4F3TA 3RMBA 4C8NA 3S3OA 4DQSA 2RPIA 4RW8A 4KHUA 3DLGA 3VQDA 3L2VA 3C6UA 1U04A 2NUBA 3RMCA 4N5SA 2D5RA 1C0UA 2B4JA 2HHVA 3L3VA 3L2WA 4FM2A 2A1RA 1U48A 3RR8A 4DU4A 3DOKA 1KVAA 1IKVA 3OYNA 4M42A 1KCFA 5FROA 3PX0A 1TAUA 3HYFA 3MECA 4LSNA 3DM2A 4CIGA 1D5AA 1JXBA 3HP6A 4DTOA 2GV9A 2Y1JA 1L3UA 4Y1CA 2PYLA 3HT3A 2QXFA 4MQ3A 3CQ8A 3AO3A 3ZT0A 1EX4A 5C42A 3TAQA 1S5JA 3V4IA 1LW2A 5FDLA 3D0PA 2Z1HA 1DTQA 4CEAA 1ZBFA 3C6TA 4CJEA 2W42A 1SL2A 4B9SA 2QKBA 4EZ6A 1VSHA 2X78A 2G8HA 4ELTA 3PY8A 1C1AA 4LH5A 1HRHA 2KQ2A 4BWMA 1QE1A 3CG7A 4CHOA 3HO1A 1RTIA 2KZMA 1NKCA 1HMVA 1D9DA 1NKBA 3KJVA 3WNEA 1D9FA 3AA5X 3L3UA 1FKPA 4CF9A 3TABA 5JS2A 1ZBLA 1SV5A 4H4MA 3MXIA 4FJIA 4RG8A 3KLIA 1WSFA 3VQQA 1HYZA 4NCBA 4CJPA 1F21A 4CHPA 2XY7A 2HHUA 1BQMA 2DFEA 1T8EA 1JXEA 3CYMA 4ZHRA 1TK0A 3LAKA 1VSMA 2G8FA 1TKDA 4ELUA 1ZYQA 1WSJA 4B3OA 2G8VA 4FZYA 1YTUA 5HP1A 3IG1A 2ZQBA 1Z25A 4CF1A 4W5RA 3QNOA 1Q9YA 1YVUA 4CJTA 3CFRA 1SL0A 3OYCA 3M8RA 3QERA 5C24A 3RRGA 4ID1A 1TKTA 1TVRA 1QHTA 4OJRA 3RTVA 4E1MA 1L3TA 1BI4A 3ZSRA 4CERA 1SKRA 4RW7A 1JLFA 1TL1A 3LPTA 2Y1IA 1KSPA 4C8KA 1VK0A 2RN2A 4CFDA 3PO4A 3HM9A 3QESA 4CEBA 3EY1A 1TK8A 2O4GA 4NCGA 2BE2A 3AVBA 4AHCA 4KHQA 1CXUA 3V9UA 4F3OA 2HW3A 3OYIA 1NK5A 3ZT1A 4FCYA 4FJGA 3HPOA 1CZBA 1WSIA 2OPQA 4AHVA 5KRTA 3NH2A 4FLWA 4BDZA 3G0ZA 4E19A 4CECA 3V9WA 3CM6A 4E7KA 3DOLA 1FK9A 3P1GA 1B9FA 4CJUA 4CEZA 3SYZA 2B6AA 4F2RA 4FJMA 2DY4A 1S1UA 4CGHA 4H8KA 3EYZA 5CZ1A 4DQPA 4I2PA 4N41A 3H08A 3QNNA 3SUOA 1NK7A 4BE0A 4NYNA 1ZBHA 3V1QA 2QK9A 4DQRA 2G8KA 3HJFA 3HXMA 1IO2A 3ZSZA 3OJUA 4HCBA 1LWFA 1BGXT 2Z1IA 3DLRA 4CEQA 3NAEA 4JS4A 4ELVA 1S1WA 3O3FA 4DFKA 3V9XA 1QQCA 1GOAA 1EKEA 3SJJA 1RDDA 1WN7A 4FM0A 1RDCA 4EP4A 2HB5A 3AVGA 3O4QA 4N56A 2HMIA 2PY5A 2G8WA 3SZ2A 4IKFA 3UIQA 2GBZA 4RW9A 4E0DA 2X74A 1W9HA 3AVFA 3D45A 3LAMA 2DFFA 1KVBA 3KK1A 4Z4GA 4CGIA 1TL3A 4GMJB 1RBRA 3AVNA 5KGWA 4M3RA 1CZ9A 1BI4B 1NK4A 3KK2A 4M41A 3QEWA 1C1CA 4J2DA 4NCAA 4ID5A 4ICLA 4OKEA 3SCXA 3NHGA 3KKSA 4FJKA 3V6DA 1X9MA 3O4NA 1RDBA 2XHBA 2F8TA 4CHNA 3QIPA 4BDPA 3NCIA 4HVJA 3AO5A 4BWJA 2RF2A 5I3UA 4CF8A 3VA3A 2BDPA 3OYMA 4I7FA 3QEIA 4B9UA 4FYDA 1TKZA 3TR8A 3OYGA 2HHWA 3AVMA 5DMRA 4F2SA 4CJFA 4W5OA 1UA1A 1L3SA 4CF2A 4B9TA 1RT3A 3OYHA 2BANA 1GOCA 4R5PA 3QETA 1S1VA 1U49A 4CK3A 1WLJA 5HRNA 1NJWA 2BGGA 5JS1A 1TKXA 1K6YA 4JRPA 5CYQA 4FJ7A 2P1JA 1JLBA 4BACA 3L8BA 5SZTA 4DF8A 1HYSA 1D8YA 4KFBA 3U3GA 3FFIA 4CJ4A 1LWEA 2D0BA 5J2NA 4LD0A 4CCHA 3RWUA 4W5QA 1BIUA 5KTQA 1YT3A 3HVTA 3OYEA 4I9QA 3AVHA 3VA0A 4KTWA 3MXMA 1HYVA 5HLFA 1A5XA 4CJ3A 3V9ZA 2OZSA 4FJ8A 4DG1A 1EXQA 4WE1A 3QIOA 1U45A 4FK0A 2HVIA 3QEPA 3K2PA 2IGIA 4CEDA 1NK0A 2PYJA 4HHTA 3K57A 4BE2A 1S6PA 1Y97A 3NF8A 4FLVA 1JLEA 3M8QA 4Z4CA 3TAGA 3K5MA 4KI6A 1IKYA 1RBUA 2IAJA 4OPJA 4M3XA 3OYBA 3PX6A 4J2EA 3IRXA 5EU7A 3KLEA 3TI0A 3U3YA 2G8UA 4DS4A 3MEEA 3F73A 1IKXA 4ZTFA 3MXJA 4DSJA 4FK2A 2Z1JA 1X1PA 1TK5A 1A5WA 3RMAA 1T05A 2JLEA 3A2FA 1KVCA 3NGZA 3ZSOA 3NH1A 4KHYA 4DU3A 2R7YA 1DTTA 3CM5A 2F96A 3RRHA 3CFOA 4KTZA 3OYLA 1JLGA 2E6LA 1KRPA 1NK6A 4E7JA 4ZTJA 4FVMA 1UA0A 4N76A 2P5GA 3NE6A 3DLBA 4FXDA 2YNFA 4FW2A 1FXXA 2FC0A 3K59A 4DFJA 1SL1A 3DLHA 4F8RA 3ULDA 3SQ2A 5I42A 3ZSQA 1C0TA 1TAQA 4IFYA 4KRFA 3V1OA 2KTQA 4OGCA 3RMDA 3NFAA 2AJQA 4DTRA 1XHZA 4DU1A 4O0JA 1U47A 1N5YA 1XHXA 4O5BA 4DTUA 3LP0A 2IDOA 3VN5A 4FJHA 4C8LA 5FRMA 1REVA 3HPGA 2YKMA 1QS4A 4W5NA 3P83D 3LANA 1J54A 3T19A 3NH0A 2QKKA 4DLGA 4FJLA 1T7PA 3THVA 3B6OA 4IBNA 1WSGA 2HNDA 1BCOA 3T3FA 2HHTA 1KFSA 4CJSA 2YV0X 2JGUA 3LALA 3QLHA 3MEGA 2OA8A 2XY6A 2KFZA 1WNSA 3SI6A 3DLEA 1IH7A 1RT2A 1RT5A 2YNIA 2YKNA 3ZSXA 4CHYA 3L2QA 2B5JA 5KGXA 3QO9A 5SWMA 4DWIA 1LW0A 1VSJA 4DMNA 4FLZA 1VSEA 3QEVA 2OPRA 3ZSVA 3TAFA 3NF6A 3E01A 4FM1A 4C8MA 1N6QA 3DRRA 5E41A 1WSHA 2D0CA 5HRRA 4FLUA 3WNFA 4UQGA 4DQQA 3B6PA 1S1XA 4FW1A 4OPKA 5KRSA 3OS2A 3LWMA 4HTUA 4DTXA 2HNZA 4J2AA 4DTPA 1WSEA 4KI4A 4B8AB 1TV6A 4Z4HA 3AA4A 4KPYA 4CFBA 4CIFA 3TAEA 4KTQA 4B9LA 1LAWA 2WONA 2XY8A 2OYQA 4M3UA 3NDKA 2VWJA 4CEEA 4CGDA 4FZXC 4PUOA 4O55A 3VQ7A 1DLOA 3M8PA 1NK8A 1RBSA 3HVRA 2WOMA 4HCCA 4DSFA 4E7HA 1JL1A 5J2QA 4I2QA 4B9NA 1HPZA 4C8OA 4HUFA 2YHAA 5CY4A 3V9SA 4DTMA 3SPZA 2KFNA 2ETJA 2VG5A 4KO0A 1B92A 3AVCA 1KLMA 3AV9A 2FBTA 1BHLA 3NGYA 4CIEA 3OS1A 1NJYA 3PV8A 1BIZA 1W0HA 1L5UA 2KZZA 5T7BA 4YNQA 1HNIA 2X6NA 4Z0UA 4DFPA 3SPYA 5CZ2A 4O44A 4FJ5A 4CGJA 1QTMA 2G8IA 3SQ4A 2EX3A 1RTJA 4DTJA 2Z1GA 1I3AA 3ZT4A 3HP9A 4BE1A 3O3HA 1LV5A 1EP4A 1U4BA 4M3TA 1S6QA 1ASWA 4JRQA 1BCMA 4CJVA 2O4IA 1BISA 4CJRA 3SUQA 1CLQA 3VQ4A 4KREA 1XWLA 1G15A 3KLHA 4DTSA 3KKRA 3MEDA 3K5OA 2FBVA 3VQAA 4AHTA 3PO5A 1VRTA 1HJRA 3KD1E 1KFDA 3KLGA 3EZ5A 3CFPA 4OGEA 4CEFA 1NJZA 4KB1A 4RW6A 2RKIA 4CE9A 2IC3A 3OYDA 4N47A 2DFHA 1VSFA 3ZSYA 3ZSWA 5HRSA 3AVLA 3LDSA 3HSTB 3LP1A 1RBTA 3WNHA 4HUEA 4M3WA 1QSSA 1C1BA 1UOCA 4QAGA 3TARA 1ITGA 3HL8A 4Y1DA 4CESA 5FRNA 3L2RA 4CHZA 3JYTA 1RT4A 4E7IA 1LWCA 3ITHA 4LY7A 4OKJA 2YHBA 3AVKA 3OY9A 4KAZA 2KW4A 3F9KA 2HHXA 2XRIA 2EHGA 3NF7A 3SQ1A 1RDAA 1VSIA 4QOZB 3JSMA 3ZT2A 5DK5A 4CJQA 4DSIA 3QEXA 1SUQA 5HBMA 3TAMA 3HK2A 1CXQA 1ZBUA 3AO4A 4CFAA 1S9GA 2VWKA 1RNHA 4JS5A 1X9WA 1A5VA 2LSNA 1XI1A 3NF9A 3M8SA 3AO1A 1ASVA 2IOCA 1S9EA 1HQUA 4CF0A 3KK3A 4AILC 4E3SA 5HRPA 4BDYA 1VRUA 4MFBA 4O0IA 3BGRA 3DI6A 4DTNA 5KI6A 1ZBIA 1NJXA 4FLXA 4FLYA 2D0AA 1C6VA 1GOBA 4JLHA 5J2PA 3DMJA 3TAPA 5CYMA 4DSEA 2HHQA 4FJNA 3C94A 4E1NA 3I8DA 4CGFA 4QCLA 3LP3A 4EZ9A 1JKHA 2GUIA 3K5NA 1HQEA 4IDKA 5D3GA 1HNVA 1O1WA 4XIUA 4KHWA 2HHSA 3TWHA 4IG0A 1Q8IA 4CEOA 1S1TA 4AHUA 1NOYA 3IAYA 1EETA 1Q9XA 3KTQA 4M3ZA 4PY5A 4M3YA 4OLAA 4CJ5A 4KKOA 3SQ0A 4CJLA 3SUNA 1SKWA 1QSYA 3DLKA 2XY5A 4Z4FA 3AVAA 2XO7A 3LP2A 4B08A 5C25A 1B9DA 3OJSA 1C0MA 3OYAA 3VQPA 4HUGA 4OLBA 4RW4A 4LH4A 3OS0A 3DRPA 1IG9A 3I0RA 1XC9A 3IS9A 4CHQA 2I5JA 1ASUA 1JLQA 4Q5VA 3DRSA 1Z26A 4DFMA 4CJKA 3MAQA 1UWBA 4FLTA 4DLEA 4CK1A 2YNHA 3VQ9A 3WNGA 3LZIA 1VSLA 2OZMA 1JLCA 3ZCMA 3L2UA 2ITGA 3OYKA 1RT7A 3PUFA 1BQNA 1MU2A 3T1AA 4CJWA 3LPUA 4YFUA 3NGIA 3PX4A 1J5OA 4B9MA 2PZSA 3AA2A 1RTDA 3RR7A 4KHNA 2P51A 4LSLA 4OVLA 4EP5A 2HVHA 1RT1A 1RT6A 3I0SA 1J9AA 4OKKA 4Z4EA 4IFVA 4FK4A 2E4LA 5J2MA 4GW6A 5J1EA 1R0AA 1QSLA 3HPHA 2VG7A 3DYAA 3BDPA 1SKSA 3S3MA 2YNGA 2FBYA 4AH9A 1JL2A 1IKWA 1YTAA 1RTHA 4DS5A 1I39A 3P5JA 3NBPA 5HROA 4CGGA 3VQ6A 4M45A 3LZJA 3S9HA 4K8XA 3KIOA 2E6MA 4FJXA 4E7LA 4F4KA 2P5OA 1VSKA 3G10A 4B9VA 4AHSA 4CK2A 1KTQA 4J2BA 3TANA 3KD5E 4AHRA 1KLNA 4Z4IA 4DSKA 5K14A 3ASMA 4IG3A 3C95A 4DF4A 2IS3A 1NOZA 4PWDA 1RILA 1WAJA 2OPSA 3VQCA 4FJ9A 3AO2A 1BL3A 2A1SA 3AA3A 1RCHA 4G1QA 4FZZA 1TGOA 1FKOA 4I9LA 3ZT3A 4K8ZA 2FBXA 3O3GA 3VQ5A 4TSXA 1NK9A 1WAFA 3OYJA 2OPPA 3VQBA 1L3VA 1JLAA 3VQ8A 3LWLA 4PA1A 3K58A 2HNYA 3ISNC 3SNNA 4L8RB 3KLFA 3SV3A 1J53A 1LAVA 4CFCA 4B8CA 3OYFA 3SUPA 4O4GA 3K5LA 2ZD1A 2Q3SA 4NYFA 1T03A 4DQIA 2X6SA 1UAXA 2DTUA 3U6FA 4E89A 1VSDA 1X9SA 2ZE2A 2ATQA 3SV4A 4DSLA 1RBVA 1NKEA 4Q0BA 4H4OA 3VQEA 4KHSA 3V81A 4W5TA 4KV8A 3V1RA 4GVMA 2VG6A 3AVIA 3AVJA 3OVNA 3S3NA 3QINA 3ALYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJJA 2F8SA 5BR9A 3S3OA 2QWRA 2YX6A 2D5RA 2B4JA 1ZXOA 4DU4A 4CZLA 1IKVA 3D7EO 4M42A 1KCFA 5FROA 4LSNA 4CIGA 1EX4A 4K25A 1MWMA 1VQ9N 5DM6L 2W42A 3J80O 1SL2A 2QKBA 1VQON 1GLDG 2G8HA 4DR5K 4BWMA 3HO1A 3CG7A 4DR3K 2KZMA 1NKCA 3G25A 1D9DA 1NKBA 2OTJN 5FPEA 5JS2A 1SV5A 4H4MA 3FGUA 5IWAK 4OX9K 1GLCG 3IFRA 1TKDA 2P9UB 5I9EB 1YTUA 3IG1A 1Z25A 1Q9YA 1XMQK 4Y0WA 2Q97A 4NXMK 1YVUA 3DXKA 3OYCA 2E88A 3QERA 5JVHL 3RRGA 4ID1A 3ID6A 1TVRA 4OJRA 1L3TA 2V7ZA 4ILHA 4JEPA 1IJJA 3HM9A 1TK8A 4KHQA 2BE2A 1CXUA 3OYIA 1NGIA 1NK5A 3ZT1A 4FCYA 4FJGA 3NH2A 2Q1NA 1NU0A 4BDZA 4E19A 2AA4A 3PSIA 3WEEA 5KPZA 3VPZA 4PKIA 1FK9A 3P1GA 4CEZA 4CJUA 4X66K 1HNXK 3SYZA 4CBXA 2B6AA 4FJMA 1KQSM 4DQPA 1NGGA 5BREA 2W6LA 4AQYK 5JICA 5KPRA 4B3MK 4DQRA 3PSFA 1Q18A 1IO2A 3UE5A 4KH4A 1LWFA 4CEQA 3V9XA 1E3MA 1QQCA 1GOAA 3SJJA 3AVGA 3O4QA 2IIRA 1WBBA 5M1FA 4DV0K 2VGNA 3O9TA 2DFFA 3CXCM 3CCLN 1HPMA 5KGWA 1CZ9A 1NK4A 3KK2A 4NCAA 1C1CA 1KAYA 4MLEA 3G4SN 1ILYA 2XHBA 1ZBSA 4CZGA 4JKGA 4BDPA 2RF2A 4H03B 4CF8A 3VA3A 1YHQN 2BDPA 4B9UA 4FYDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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