3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords integrase
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
3LP2A 3ZSOA 1D9DA 2BANA 1RTJA 4KKOA 1XHZA 3V1OA 3QEIA 4DSIA 1ASWA 4NCAA 1ASVA 4Z4GA 1Z26A 3ASMA 3E01A 3ZT2A 3C6UA 4CF9A 1XC9A 4FYDA 3HXMA 2HVHA 1VSFA 3WNFA 4EP5A 2IC3A 4F3OA 4FZYA 1KCFA 1XWLA 3QINA 3RWUA 3SUNA 1U4BA 3HM9A 4CFAA 1UAXA 3AVCA 4H4MA 1TKDA 3NAEA 1QSSA 4FJKA 3TAQA 2YHAA 1A5VA 2YKMA 2DTUA 1BCOA 1FKPA 4KHSA 5J2MA 4AHRA 4KI4A 5C25A 1X9SA 4OPKA 5CZ1A 1N6QA 3VQ6A 4CJLA 3QEWA 3HSTB 3SI6A 4DQIA 1CZ9A 1A5XA 2QXFA 4FJGA 3PV8A 4J2AA 1NOYA 4FM0A 4M3TA 1YVUA 4XIUA 3TAGA 1IKYA 4J2EA 4FJNA 1UOCA 1JLBA 2F8SA 3AVKA 3M8QA 4LSLA 3ZSRA 4B8CA 3V9XA 3PO4A 2P1JA 3AVGA 4CJEA 4B9TA 3DLEA 3L8BA 2ZE2A 1UA0A 3T1AA 2HHSA 2OZSA 5J2QA 2HNDA 4YNQA 4N56A 4NCGA 2IGIA 3AA4A 4KAZA 4IG3A 1RBTA 3ZSWA 3OY9A 1RT3A 3NH1A 1Q9YA 3NGYA 2B5JA 2IAJA 3DM2A 5D3GA 1ITGA 3A2FA 4BWJA 1VSKA 4Z0UA 2HHTA 3L3UA 2KTQA 1NJXA 4M3XA 5SWMA 4N47A 3S3OA 4FZXC 1ZBHA 3LANA 2G8VA 1S5JA 4E89A 3HVRA 3PX0A 2Z1JA 3OS2A 4CESA 4O0IA 4CJSA 4DTRA 4KRFA 3S3MA 4W5QA 1TV6A 4BDYA 4DTSA 3V9UA 1S1TA 3NF6A 4FLZA 5C24A 3SUPA 4JRQA 4F3TA 3WNHA 3SPZA 3AVFA 3LP0A 1GOCA 1NOZA 1ZBFA 3QESA 4BDZA 2VG5A 4J2DA 3AO3A 3ZSVA 3CQ8A 2QKBA 4O0JA 1HQUA 3MXIA 2ZQBA 4RG8A 1HMVA 4DLEA 4F8RA 1EKEA 5KRTA 1Y97A 4CEDA 1N5YA 2PY5A 2Z1HA 3P1GA 3DRRA 1LW0A 4PUOA 4PWDA 4E7IA 4N76A 1RT6A 1J54A 1RBRA 3ALYA 2XY7A 4OLBA 1UWBA 3PX4A 1WSIA 3AO1A 1TL3A 3DOLA 1LWCA 1RILA 3VN5A 4CGDA 3TAMA 4B9SA 3CM5A 2KW4A 2PZSA 3HJFA 3KK3A 4B9LA 3ZT4A 3QIOA 5FRMA 3THVA 2XY8A 4KO0A 4H8KA 3TARA 1DLOA 3IS9A 3DLKA 3SCXA 3KLFA 1WSGA 5EU7A 1VK0A 3DI6A 1CXUA 4JS5A 1TAQA 3QETA 4OGEA 1X9WA 3ITHA 1SKWA 1NK4A 3LDSA 3AO4A 1NKCA 4DSLA 4NCBA 3U3YA 1DTQA 4HUEA 3ISNC 3KKSA 3QEPA 1NK9A 3FFIA 1S1WA 4FJ7A 4J2BA 5CZ2A 3OYEA 5FRNA 2HHQA 4DSJA 3G10A 4CJ4A 4BE0A 1QSLA 3HK2A 3O4NA 3OYAA 3KLGA 4H4OA 2YV0X 3VQPA 3RR7A 1SKRA 4L8RB 5T7BA 1BI4B 4CEEA 1U04A 4FLTA 4FJXA 1IKWA 4ELTA 1TKZA 2HNZA 3MXJA 2G8IA 4FLXA 1TVRA 3AVIA 3V9ZA 1UA1A 1W0HA 2QKKA 3TAFA 4CIGA 3QLHA 1DTTA 1LW2A 1RCHA 1KTQA 2FBYA 2JLEA 3AVBA 2DFHA 3C95A 3LPUA 4E19A 5SZTA 3KLEA 3RRGA 3M8RA 4E7JA 3NCIA 3CFOA 1O1WA 1KRPA 1RDBA 4DFKA 4FJLA 4FLYA 4DU3A 2ITGA 3VQEA 1IKVA 3VA0A 1C0MA 1SUQA 4B9MA 3OYJA 4IFVA 5KGXA 4F2RA 4FXDA 4Z4FA 3QIPA 4ICLA 3EY1A 3LPTA 1SL2A 3VQQA 2G8HA 4MFBA 4DG1A 4EZ6A 1B92A 4O55A 3VQCA 3EZ5A 3TAEA 2RKIA 1QQCA 4CJKA 1ZBLA 2BDPA 4FK2A 1I3AA 1LAWA 3QO9A 2DY4A 1KLNA 2NUBA 3OYMA 4DQRA 3BDPA 2YNGA 1S9GA 3M8PA 2Y1IA 2PYLA 3L3VA 4DTOA 5CY4A 3OYIA 2XO7A 4IKFA 2HB5A 2ETJA 5J1EA 2IS3A 3U6FA 3KIOA 3ZT3A 1J9AA 2EX3A 3H08A 1C1AA 1WNSA 4I2QA 5HRPA 4OGCA 1TL1A 2P51A 5K14A 3OYGA 3SV3A 4DTNA 4NYFA 4CGJA 3V6DA 4JRPA 1YTUA 3HT3A 4LH5A 3K5MA 3I0RA 4KV8A 3S3NA 4KB0A 4BE1A 4KPYA 3LP3A 1JLCA 3NFAA 4LSNA 3JSMA 1D8YA 4C8OA 2OYQA 4ZTJA 5FROA 1J53A 4CF0A 4M45A 4DSEA 4OLAA 1C1CA 1RBVA 4EP4A 4O4GA 5I3UA 1VSEA 4CK1A 3NGIA 1KFDA 4C8NA 3SJJA 1TK0A 3HYFA 4CJPA 5KGWA 2XRIA 1RTHA 1YT3A 1J5OA 1WAFA 4IDKA 4E3SA 4AILC 4CGGA 3DYAA 1NKEA 1RDAA 4W5TA 3AA3A 4W5NA 2OPSA 4KTZA 3F73A 2Q3SA 1LAVA 3ZSXA 5JS2A 5HLFA 2BGGA 1RNHA 3MEDA 4B9UA 1HYZA 4YFUA 4AHTA 3NF7A 1LV5A 3VQ8A 1T8EA 4DSKA 4CEFA 4B9VA 1L3SA 4C8KA 2DFEA 1HPZA 2O4GA 2G8UA 4CFCA 3K58A 4CHOA 5C42A 3UIQA 3OJUA 3O3FA 4CE9A 4DFJA 3MXMA 2HMIA 2HHVA 1NJZA 2Z1GA 1VRTA 4DS5A 4DU1A 2DFFA 4ZTFA 1NK0A 1L3UA 1R0AA 2HHUA 3TABA 1KVBA 4CEOA 4FCYA 4QOZB 2D0BA 4CEQA 3QEVA 2WOMA 2G8FA 3CFPA 3KK2A 4FZZA 2QK9A 3I0SA 1U48A 4FJIA 1KLMA 1VSDA 1RT2A 5FDLA 4FJ8A 4CGHA 3OJSA 3RMBA 4IG0A 2D0AA 4DTPA 3NH0A 4M3ZA 2GUIA 3P5JA 1NJYA 3TWHA 3RMDA 1NK6A 4DTXA 1U49A 4QAGA 1HNVA 4CHYA 2P5GA 2FBTA 1HJRA 4NYNA 1BHLA 1WN7A 2FC0A 3NBPA 4CGFA 2YNIA 4I9QA 4DF4A 3PX6A 3DRPA 1NK8A 3V1QA 4KHNA 2AJQA 3KD1E 3L2RA 4I7FA 4Z4CA 4DWIA 2HNYA 4DQSA 4CHPA 4FK0A 3LP1A 4FM1A 4HUFA 1HYVA 1RTDA 4KTWA 3B6PA 1EETA 3OVNA 2X78A 4CJ5A 4DU4A 1XI1A 3SQ2A 3PY8A 4CF1A 3QNNA 3C94A 5E41A 1NJWA 4AH9A 1RT4A 4JS4A 4PA1A 3HVTA 2VWJA 5J2PA 4ELUA 2F8TA 1JLEA 3KTQA 4Q0BA 1G15A 1JL1A 2VG7A 3CG7A 4FLUA 4K8ZA 4DTUA 1CLQA 3VQBA 3P83D 4OVLA 5J2NA 4B3OA 1JLGA 3HPGA 1RBSA 3NF9A 3ZCMA 2ATQA 3EYZA 3TR8A 1KVAA 3K5NA 1NK5A 3DLBA 4KTQA 3L2QA 1ZYQA 3O4QA 4E7KA 4N41A 4FW1A 1JLFA 4DFPA 1GOBA 3AVHA 4GMJB 4OKJA 1TAUA 1I39A 2HHXA 3ZSQA 1JXEA 1TKXA 4W5RA 4DSFA 1RDCA 3QEXA 4AHUA 4I2PA 4LY7A 2GBZA 4OJRA 4AHSA 2D0CA 3ZT0A 4DQQA 3K5LA 1B9DA 2BE2A 4CGIA 1Z25A 3LALA 1BL3A 3S9HA 4M42A 1JL2A 4KFBA 1ASUA 3JYTA 5I42A 3CFRA 4DTJA 3C6TA 2W42A 3ZSYA 3LAKA 1TGOA 4RW6A 4ELVA 2E6LA 4AHCA 4CHNA 2P5OA 4F2SA 3AO2A 3TAPA 3SQ0A 2KZMA 3IAYA 4FVMA 3NHGA 3M8SA 1WSHA 2RPIA 1JKHA 3KD5E 2OPQA 1CZBA 2E4LA 1RT5A 3OYCA 1XHXA 3SUQA 4PQUA 3K59A 4CK3A 1QHTA 5KRSA 4TSXA 3WNGA 2XY6A 1D9FA 3CYMA 3O3HA 4OKEA 3KLIA 4WE1A 4N5SA 5HRNA 3HP6A 5KI6A 5HRSA 3SZ2A 3D45A 2O4IA 2HVIA 1WSJA 3RR8A 4CJQA 3V81A 1HQEA 1C0UA 3KJVA 1NKBA 4HCBA 4MQ3A 2VG6A 1QS4A 3SV4A 2G8KA 3IRXA 4BDPA 4CHZA 5HBMA 3DRSA 1WLJA 3CM6A 1VSHA 2OPRA 5HP1A 3SQ4A 1BCMA 3HL8A 1S1VA 4FLVA 3TI0A 1S6PA 3K5OA 3DOKA 3KKRA 3MAQA 4RW7A 1QSYA 4CERA 1ZBUA 1W9HA 3AVAA 1S6QA 4OKKA 1BIZA 2ZD1A 2I5JA 3ZT1A 1FKOA 4DTMA 3AVJA 3MECA 2A1RA 1BGXT 1SL1A 3T19A 2HW3A 4HCCA 3V9SA 4W5OA 3L2UA 2B6AA 4RW8A 1T7PA 1HRHA 3VQ4A 2FBXA 4Q5VA 5HROA 1A5WA 1C0TA 1QE1A 3NDKA 1LWEA 3AA2A 4QCLA 1GOAA 3OS1A 2X74A 4E1MA 2YKNA 5HRRA 1VRUA 4LD0A 4FJ9A 1Q8IA 4K8XA 4HHTA 5DK5A 1SL0A 3ULDA 4FJJA 4B9NA 4M3RA 3F9KA 3KLHA 3NE6A 1Q9XA 1IG9A 3HP9A 5CYQA 3OYBA 4G1QA 5KTQA 1FK9A 2XHBA 4E7HA 3L2WA 3SPYA 1SKSA 3TANA 1RT7A 3RRHA 1EX4A 4ZHRA 3I8DA 1WSEA 3PO5A 1ZBIA 2R7YA 4KREA 2FBVA 1F21A 4R5PA 1X1PA 3OYDA 1BIUA 2X6SA 3AO5A 3OYLA 4DS4A 1VSMA 4Y1CA 1T03A 3LAMA 1L3VA 1VSIA 2OZMA 3NH2A 2PYJA 4FJMA 1EP4A 2A1SA 2YNFA 4E7LA 2Z1IA 3DLRA 2G8WA 4CEBA 3T3FA 2YNHA 1YTAA 3V4IA 3VQAA 2YHBA 3K2PA 4BACA 4CF8A 4DFMA 1TK5A 3RMAA 2JGUA 4Y1DA 4HTUA 4CJFA 1MU2A 3VQDA 3OYHA 3L2VA 1REVA 4B8AB 3HPOA 3OYFA 4F4KA 2HHWA 1BISA 3WNEA 4CJVA 2OA8A 1BQNA 2KQ2A 3BGRA 1U47A 3KK1A 2VWKA 3VQ9A 3OYKA 4ID1A 2IDOA 2LSNA 1L5UA 1BQMA 1D5AA 4DMNA 1C6VA 4CHQA 4DLGA 2GV9A 4OPJA 3DLHA 4BWMA 4CJUA 2Y1JA 4M3YA 3RTVA 1JXBA 1S9EA 2EHGA 3AVMA 3MEGA 3VQ7A 3LWLA 4Z4IA 4HUGA 4CJTA 4CCHA 5JS1A 3HPHA 4DQPA 1FXXA 3V9WA 4Z4EA 2KFNA 3AA5X 5DMRA 1C1BA 4UQGA 1IH7A 1VSJA 3PUFA 4C8MA 1KSPA 4LH4A 3DMJA 1X9MA 4KHWA 4CF2A 1HYSA 1LWFA 4CFDA 3LZIA 2B4JA 3NF8A 4O5BA 3ZSZA 3SYZA 4FJHA 1CXQA 1U45A 4KB1A 2D5RA 3AV9A 4KI6A 1KVCA 4DF8A 3LZJA 4GW6A 1IO2A 1RBUA 1L3TA 4B08A 2F96A 4O44A 4CJWA 4CK2A 4CFBA 3O3GA 4CIEA 3K57A 3VA3A 3RMCA 1RTIA 3OS0A 2X6NA 4CECA 1B9FA 3U3GA 4JLHA 1BI4A 2RN2A 4I9LA 3QNOA 1KFSA 4FJ5A 1WAJA 1JLQA 4CIFA 1S1UA 1K6YA 4CEZA 4IBNA 1EXQA 1HNIA 1RT1A 1VSLA 4CJ3A 4BE2A 1T05A 4KHYA 3DLGA 3V1RA 4C8LA 2KFZA 3HO1A 2KZZA 4FK4A 1JLAA 4M3UA 3AVNA 1TK8A 4RW4A 3VQ5A 3AVLA 4AHVA 3OYNA 2E6MA 4M41A 4FM2A 3G0ZA 4M3WA 4EZ9A 4E1NA 4IFYA 1NK7A 4CJRA 2OPPA 4FLWA 3SNNA 2WONA 4Z4HA 3SUOA 4RW9A 2RF2A 3MEEA 4E0DA 4HVJA 1QTMA 3D0PA 2XY5A 1S1XA 4KHQA 4ID5A 3B6OA 3QERA 4PY5A 1TKTA 1SV5A 4CEAA 1IKXA 1WSFA 3NGZA 4FW2A 3SQ1A 4KHUA 2IOCA 1RDDA 3LWMA 3IG1A 4GVMA 5CYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9DA 1K9MO 3L4QA 1XHZA 3THXA 2UUCK 4DSIA 1ASWA 3ASMA 2HBMA 4IWVA 4BC4A 1ATNA 3C6UA 4FYDA 5M1NA 3UKRB 4M7XA 2HVHA 3QICA 4EP5A 1KCFA 3IMXA 1U4BA 4KH6A 3UKUB 4CFAA 1TKDA 1QSSA 3TAQA 2YKMA 1BCOA 1FKPA 5B8HA 1U6ZA 2NRVA 1X9SA 2OTJN 4OPKA 3CCRN 3HSTB 2V7ZA 3SI6A 3CHWA 1NOYA 4M3TA 4BRMA 2D4WA 1IKYA 1U2VB 5FPNA 3ZSRA 4B8CA 3V9XA 3VTIA 2GTDA 1VQKN 3T1AA 3CJ9A 4BRCA 3OY9A 3DM2A 3P4IA 4JKFA 1VSKA 4BWJA 1N8RO 2HHTA 2KTQA 3UB5A 1NJXA 4FZXC 3S3OA 1Q81O 3PX0A 2Z1JA 4CESA 2O8EA 4KRFA 1TYQB 3S3MA 4JHDA 4BDYA 4B1ZA 5C24A 3SPZA 1NOZA 3QESA 1Q18A 2CH5A 4PHTX 2P9SB 4O0JA 3VEXA 4MDAA 2ZQBA 3U4LA 3DRRA 2E2OA 1RBRA 2XY7A 1UWBA 5AQHA 5M1FA 1RGIA 3QIOA 3SK3A 3THVA 4B3TK 3FR0A 4DV1K 2UXCK 1GLFO 1TAQA 4IO8A 3ITHA 1OH6A 4GY2B 1NK4A 5JICA 3U3YA 2O8DB 2IIRA 3ZEUB 4J2BA 3FZHA 3CJAA 1QSLA 3THWB 4B9QA 4H4OA 3C65A 1BI4B 2QA4N 2P9LA 4FLTA 4FJXA 1K8KB 3AVIA 1W0HA 2PFUA 3TAFA 4CIGA 1DTTA 4K43A 3SNNA 3AVBA 2FBYA 2F4VK 3C95A 2DFHA 1SS6A 4JI7K 1BA0A 3EKUA 5EVZA 5KPRA 1KRPA 3CJ7A 4DFKA 2NRHA 4DU3A 1K8AO 4G9ZA 1S72N 4ILJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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