4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease H1
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
source organism Halobacterium salinarium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
1T8EA 2YV0X 3D0PA 3KD1E 2F96A 2W42A 3S3OA 4FK2A 4KHUA 3MEDA 3MXMA 3L3UA 3K5OA 3SZ2A 3AO2A 1UWBA 3RMBA 3T3FA 4K8ZA 1MU2A 4FLVA 1D8YA 3AVFA 3OJUA 1RCHA 3NF8A 4OKKA 3QLHA 4Z0UA 4CK3A 3RMDA 2VG6A 1W0HA 1S1TA 4O44A 4FJ7A 4H4MA 1VSDA 3LANA 1RT5A 4KPYA 3TAMA 1VSFA 2D5RA 2XHBA 1RBRA 3AA5X 3VQAA 1FXXA 4ZTJA 4CF2A 2KQ2A 4I2QA 2HNYA 4RG8A 4CK1A 1RT1A 4BDYA 2BE2A 1VSEA 2EHGA 3EZ5A 1RTJA 2YKMA 3OYNA 3OYBA 4J2AA 4HHTA 1LW2A 2HHTA 2HHVA 4DMNA 1HYSA 3LWMA 4I2PA 3L2UA 1J5OA 3HYFA 2GBZA 3ZSWA 3PX4A 3K58A 1VSIA 3DM2A 4C8OA 2HVIA 3VQQA 3LZJA 4CJ4A 3DYAA 4YFUA 3DI6A 3KK1A 3G10A 1RILA 4E7IA 3T1AA 3AVBA 1IKXA 4RW8A 4MFBA 3AVHA 4OKJA 4KB1A 2RKIA 2HNZA 3VQCA 3OJSA 3AO4A 3L8BA 1U47A 4WE1A 3KK3A 3K59A 3T19A 3VN5A 3VA3A 3SUOA 5I3UA 1X9MA 4HUGA 2VG5A 5EU7A 2BDPA 3TABA 3C6UA 4GVMA 4RW4A 1JLFA 3I0SA 3KIOA 3AV9A 2XY5A 4E7HA 3TI0A 3DOLA 3U3GA 2YNGA 3QO9A 1X9WA 2HNDA 5C25A 1QSLA 1CZBA 4L8RB 3D45A 4C8KA 3V1OA 4F3OA 1QE1A 3VQPA 3KLHA 3V9UA 4FVMA 4W5TA 3SUQA 1S1WA 2VG7A 4N5SA 3QEPA 1Q9XA 2JLEA 4PY5A 3M8QA 4E19A 3K5NA 4KV8A 1I3AA 4CEQA 4FW1A 3MAQA 1SL2A 4BACA 4CEBA 3KTQA 1XHZA 1BGXT 1SUQA 2O4IA 1CLQA 3IG1A 2IC3A 1F21A 1J54A 4IDKA 2HW3A 1S5JA 2KFZA 3VA0A 3NBPA 3NE6A 4DQRA 3OVNA 4CGIA 1KFSA 4KAZA 4CGGA 5E41A 2PY5A 5I42A 1JLQA 3DLBA 3RWUA 2KTQA 1A5WA 3O3GA 4BWMA 4CJQA 1IG9A 4CFBA 4CEDA 3TAEA 5SWMA 4CERA 1BISA 3P5JA 4HUFA 4E7LA 2F8TA 3AO5A 4B9LA 3KKSA 2OPSA 3VQ5A 4M3XA 1VSLA 1WAJA 3K57A 4FZYA 3PX6A 1LAWA 1TGOA 1B9DA 3AVCA 1ASUA 2Z1GA 3QNNA 5C42A 3OYAA 4KO0A 4FYDA 1NK7A 3DRSA 1TVRA 1Z25A 1S6PA 2A1RA 1JKHA 4BWJA 3ZT3A 3NDKA 1NJWA 1BHLA 4Z4CA 1NK8A 3HP9A 4BE1A 4MQ3A 3LP3A 3F9KA 1WSHA 5KTQA 4CJUA 3NH2A 3MEEA 3OS0A 1NJXA 3PO5A 5KRTA 1BL3A 3LWLA 3O4NA 4HTUA 3L2QA 3RRGA 4NCAA 4DFMA 1KVBA 1FKPA 2Y1JA 3G0ZA 4FLYA 1C1AA 4KRFA 4GW6A 4CFCA 4FJ9A 2G8UA 3M8PA 4KREA 3AVJA 1VRTA 4FJGA 2HVHA 1BQMA 3AO1A 3HPGA 1CXQA 5HLFA 3SPZA 4CJWA 1VSMA 5J1EA 1C0MA 2AJQA 1TKTA 2O4GA 3IRXA 3L2RA 2OPPA 1IH7A 1RNHA 4DQIA 4E1MA 1VSHA 4CEZA 4W5OA 4EP4A 3V4IA 3KLFA 2IOCA 3V9WA 3TARA 3P83D 2R7YA 2B5JA 3VQEA 3DOKA 4NCBA 2XY6A 4PA1A 3LALA 4FJJA 4OVLA 2WONA 3V81A 4M42A 3NCIA 3O4QA 1NK6A 4RW9A 1YTUA 2P1JA 5CYMA 1S1XA 4CJRA 4FK0A 4OLBA 1O1WA 3QEIA 3NF9A 4N76A 3KJVA 1L3SA 3CFPA 1R0AA 4DLGA 4NYFA 2D0CA 5DK5A 3SQ1A 4N41A 3VQ7A 4KB0A 3NHGA 3SQ4A 1RDDA 4DSFA 1GOAA 5FRMA 2HB5A 1BIZA 3WNEA 1BI4A 4BDZA 1IKWA 3CM6A 4CEOA 2DY4A 3QNOA 1KVCA 3OYHA 1Z26A 3ZCMA 4CFAA 1A5VA 4DWIA 2RPIA 4Z4GA 4BE0A 4FLUA 1LW0A 3WNHA 1SV5A 4AHUA 4FLWA 4DFKA 4FZXC 1HQUA 1RDAA 4CJEA 4FM0A 2QKBA 5JS2A 3LP0A 2FBVA 1BCOA 4CGJA 4FJ8A 2EX3A 2FBTA 4H8KA 4LY7A 4CJPA 4FJNA 3OYGA 3DLHA 3SUNA 4M3RA 3SV4A 1EX4A 4CJVA 3ZT1A 2QKKA 4ELVA 1I39A 3V1QA 1RT7A 4RW6A 1VRUA 3TWHA 4Q0BA 1WN7A 4FJ5A 1N6QA 1WSFA 3M8RA 2X6NA 4LH5A 1WSGA 4B9NA 4DF8A 2HHSA 4Z4EA 4W5NA 1GOBA 3KLIA 3LPUA 1RTDA 1T03A 1NKCA 3AA4A 2OZMA 3UIQA 1DLOA 3RR7A 3AVKA 3B6OA 4ID5A 2ZD1A 3OYDA 1DTQA 2Q3SA 3L2WA 4FLXA 1NK9A 2XY8A 3K5MA 4CHOA 3SV3A 2PZSA 1RTIA 1QQCA 1JLGA 4JRQA 2GUIA 1WSJA 3OYKA 4F2RA 1LAVA 4I7FA 3NFAA 4E7JA 3PUFA 3ZT2A 4CF1A 1RBUA 3HT3A 5HROA 3DLRA 3BGRA 1T05A 1RT6A 1TK8A 4FZZA 3L3VA 4CJSA 4DTPA 3MXJA 4E3SA 4HVJA 3AVNA 4RW7A 4CJ5A 3LDSA 4M3WA 3HK2A 3AA3A 3ALYA 4TSXA 3KLEA 1KSPA 1JLBA 3U6FA 5HP1A 1RT2A 1S9GA 1JLCA 2Z1JA 1LWCA 1GOCA 1KVAA 4FJIA 4DU1A 3U3YA 4M3TA 4CIEA 4B9UA 1REVA 4AHRA 2XO7A 3MECA 4KHNA 3TAFA 3B6PA 2X78A 1JL2A 4Z4FA 2GV9A 5CYQA 1RTHA 1WLJA 2DFHA 4FCYA 3SNNA 1QTMA 1HJRA 3QERA 2B6AA 1C6VA 1BI4B 1KFDA 3P1GA 1EP4A 2F8SA 3WNFA 1WSIA 4ZHRA 3AVMA 1CXUA 2YHAA 3I8DA 4CFDA 1L5UA 4R5PA 4JRPA 4CF8A 3RMCA 4FJKA 2A1SA 4XIUA 4IFYA 3H08A 3NGIA 1JLAA 1U49A 2ZE2A 3CM5A 4FM1A 2ATQA 5HBMA 2IDOA 4O0JA 5HRNA 5J2MA 3OS1A 2ITGA 1XHXA 1QSYA 2KZMA 3ITHA 5KGXA 1TK5A 1SKRA 1C1CA 4DTSA 5CZ2A 3V9XA 3C94A 2YNFA 4LSLA 4UQGA 4FW2A 3LPTA 2X74A 1HRHA 1IKVA 4B08A 4Y1CA 1B9FA 4IG0A 1KLNA 5C24A 4M45A 3SQ2A 1ITGA 2VWJA 1KRPA 3LP1A 2ETJA 4GMJB 1ZBHA 1S9EA 3OYFA 4K8XA 4QOZB 3AVGA 4ELTA 4CHYA 3V9ZA 4KI4A 3O3FA 3QINA 1TAQA 4CESA 3OS2A 1S1VA 1N5YA 3A2FA 2IGIA 4AH9A 3OYMA 3ZT4A 2OA8A 1K6YA 3IS9A 1DTTA 3AVIA 4FLTA 1XI1A 4ZTFA 3K2PA 3BDPA 2OYQA 3KD5E 4QCLA 4DS5A 3JSMA 4Z4HA 2OPRA 1NOYA 2Z1IA 1T7PA 4KHSA 3E01A 4BE2A 4DSEA 1BQNA 1J9AA 1TKZA 4CJTA 4B9TA 3QEVA 3KK2A 4B9SA 1LWEA 4DQQA 4CHZA 1NK4A 3HL8A 1WSEA 4DSLA 4FJHA 1UAXA 3WNGA 3PX0A 2HHQA 1TL3A 3SQ0A 4J2BA 1U48A 3HPOA 4CEFA 4DFPA 3THVA 1LV5A 4KFBA 3PO4A 3VQ4A 4CECA 4E1NA 4B9MA 2G8IA 4OKEA 3ZSQA 1QSSA 4F2SA 1JXBA 4E7KA 1D5AA 1YT3A 2D0BA 2Y1IA 4ID1A 4W5RA 3SJJA 3HSTB 2NUBA 2OPQA 2YNHA 4EP5A 4DTJA 4HCCA 4FLZA 5J2NA 2ZQBA 1HPZA 1YTAA 4O0IA 3TAQA 3CYMA 3JYTA 1KTQA 3FFIA 3LAMA 1D9DA 1EETA 3TAPA 2KFNA 3DLKA 1ZBFA 1EKEA 3CFRA 4NYNA 2YKNA 3IAYA 3V9SA 4CJKA 2DFFA 4DTNA 1NK0A 1RT4A 4DFJA 3OY9A 4KHQA 4DS4A 4FK4A 1BIUA 4N56A 1ASVA 4CIFA 1EXQA 1TK0A 4B3OA 4M3YA 4DU4A 3ZSRA 1XC9A 3ZSOA 3MXIA 2E6MA 3HJFA 4N47A 4OGEA 3PY8A 2P5GA 1C1BA 4KTZA 1RT3A 4CCHA 4G1QA 3SYZA 4OLAA 1L3TA 2KW4A 1FKOA 4H4OA 3C6TA 2G8KA 3M8SA 3OYJA 4PQUA 1SL1A 4J2DA 1YVUA 3O3HA 4ICLA 3C95A 2HMIA 3DLEA 3OYLA 3HM9A 4C8LA 4ELUA 4HCBA 4CF9A 1XWLA 2BGGA 5FROA 1Y97A 3VQBA 3AVAA 1RDCA 2IS3A 1TL1A 2FBXA 4I9LA 4B8CA 4DTOA 3V1RA 1RBSA 3VQ8A 1FK9A 2QXFA 3RTVA 4DSJA 4I9QA 3DRPA 4M41A 4DTRA 3AA2A 4M3ZA 1ZYQA 3QIOA 2P51A 4LD0A 1G15A 5HRSA 4O4GA 3CG7A 4CF0A 1ZBLA 4PUOA 3S3MA 3LZIA 5J2PA 2HHXA 2QK9A 5HRRA 1B92A 1QHTA 1VSJA 4KTWA 3VQDA 4DG1A 3DLGA 1JLEA 3SPYA 2P5OA 4KKOA 4PWDA 4O55A 4B8AB 1S6QA 1A5XA 2VWKA 3V6DA 3TAGA 2PYJA 2DTUA 1UA1A 1HYZA 4OPJA 3OYEA 4C8MA 5T7BA 3F73A 4JS4A 2OZSA 4FJMA 3RMAA 3ASMA 1X9SA 2D0AA 4DQSA 3OYIA 4B9VA 1D9FA 4Z4IA 2RN2A 2E4LA 4CEEA 1VK0A 3KKRA 1SL0A 2G8HA 4F4KA 3HPHA 2IAJA 4DTUA 3QEXA 3AO3A 5JS1A 1HNIA 3RR8A 3I0RA 2PYLA 2HHUA 4CHQA 1SKWA 4IG3A 4E0DA 4HUEA 3SI6A 5HRPA 2G8WA 4IFVA 5K14A 3KLGA 4KI6A 1Q9YA 1HYVA 4IKFA 1QS4A 3OYCA 3EY1A 1IO2A 3ZT0A 3ZSYA 2JGUA 4KHYA 1NKBA 1U04A 2XY7A 1RBVA 2DFEA 3LAKA 1VSKA 2BANA 3ZSZA 1LWFA 1NKEA 3QIPA 4DSIA 3SCXA 5KRSA 4OPKA 1NOZA 4Y1DA 3CFOA 4NCGA 2WOMA 4CGFA 4JLHA 4AILC 3QEWA 1NJZA 4DQPA 3HP6A 1TV6A 4CJ3A 3NF6A 4JS5A 4KHWA 5FDLA 2G8VA 4QAGA 4YNQA 4DTMA 4CE9A 5SZTA 1U45A 2X6SA 1C0UA 3VQ6A 1TKDA 1TAUA 2Z1HA 4IBNA 3DRRA 1KLMA 4DTXA 5CZ1A 1NK5A 4LSNA 4CIGA 4CJFA 4AHVA 3HXMA 1RBTA 4BDPA 1U4BA 2XRIA 1CZ9A 2YNIA 3AVLA 2I5JA 5CY4A 4AHTA 4CHNA 3EYZA 3NAEA 4DLEA 4OJRA 4CGHA 3S9HA 4EZ6A 1SKSA 1S1UA 3ULDA 1L3VA 4CHPA 1J53A 4KTQA 2LSNA 4E89A 5FRNA 3HVRA 3PV8A 1Q8IA 1IKYA 2FC0A 5KGWA 2B4JA 4EZ9A 1ZBUA 4CJLA 1L3UA 3NGZA 4LH4A 3SUPA 1WAFA 3CQ8A 5J2QA 3TR8A 1ZBIA 1HQEA 3DMJA 1W9HA 4AHCA 3L2VA 4C8NA 4FJXA 4CGDA 2FBYA 1JXEA 1ASWA 2YHBA 1UA0A 3S3NA 1BCMA 1HMVA 3NF7A 4CK2A 4Q5VA 3NH1A 4F3TA 4DU3A 1KCFA 1HNVA 1WNSA 3ZSVA 2G8FA 3HVTA 1NJYA 4FM2A 4M3UA 5KI6A 4AHSA 3HO1A 3ZSXA 3TANA 4DSKA 2KZZA 3VQ9A 3NH0A 4OGCA 3QESA 1RDBA 3LP2A 3RRHA 4F8RA 1UOCA 1X1PA 3MEGA 1C0TA 4CEAA 3K5LA 4DF4A 4J2EA 2HHWA 2E6LA 4W5QA 1JL1A 5DMRA 4FJLA 5D3GA 3ISNC 1TKXA 4FXDA 3NGYA 4O5BA 3QETA 2RF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T8EA 2YV0X 4QS9A 4HTLA 4KHUA 3O8MA 3AO2A 4CK3A 1NGHA 3QBWA 3CCJN 1YXQA 5M1NA 4H0PA 3T7ZA 4YOUA 2E2PA 4ZTJA 4CF2A 4BVPA 4PKGA 3BEXA 3AAQA 4WQ4A 4CZIA 1OVQA 3WEEB 1LW2A 2FLOA 5AQOA 3IMXA 3K58A 4G9ZA 5CR4A 4JI3K 5GIPA 3JS6A 2IVOA 4YFUA 1GLAG 2VYPA 3DI6A 3G10A 3KK1A 1ESVA 4MFBA 3AVHA 3FZLA 3U8XA 2RKIA 2HNZA 4DB3A 2ZJRL 4WE1A 5BREA 4DV1K 2BDPA 4HUGA 2VG5A 1OH8A 1QQNA 4BR5A 4RW4A 3F5TA 4PL8A 2XY5A 3TI0A 3U3GA 3QO9A 2EWSA 2FF6A 3VGKA 4F3OA 3ZETB 4B3SK 4BGAA 2VG7A 2GWJA 5F2RA 4NXMK 4E19A 3K5NA 4CEQA 3J7YP 3F9MA 2O4IA 3IG1A 3LDPA 2HW3A 4BRFA 3NE6A 4DQRA 3OVNA 1YI2N 1QZ6A 3C65A 2PY5A 4X62K 4BR9A 3DLBA 1TUYA 4BWMA 1IG9A 4H5TA 3VTIA 5SWMA 2F8TA 3T1HK 4CVNE 3ATVA 3KKSA 2I7NA 4KH4A 1P8ZA 4Y0WA 3ENBA 5EVZA 1LCUA 2A1RA 5LJVA 1JKHA 4BWJA 4IFEA 3ZT3A 2GELA 5B8HA 1NK8A 3F9KA 5KTQA 5KRTA 4IOAL 4HTUA 2KHOA 4NCAA 1Z6RA 4BG8A 4FLYA 1C1AA 3EEQA 3D2FA 1KC8O 1RDUA 2HMPA 3M8PA 1DKGD 4KREA 1VRTA 1BQMA 1XMQK 3SPZA 1C0MA 3FE1A 4DQIA 4E1MA 2VGNA 3ZYYX 2VWBA 1R59O 4EP4A 3V4IA 3KLFA 3V9WA 3P83D 4A62A 4NCBA 3PSIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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