The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
KMPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEANDNTVRVTETIQRFAWRN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
35
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GX9 A; 3P31 A; 4OPH A; 3L4Q A; 3KWG A; 4OPA A; 3F5T A; 3OA9 A; 3O9U A; 2RHK A; 3O9T A; 3D6R A; 3RVC A; 3P38 A; 3O9Q A; 3O9R A; 3EE8 A; 3KWI A; 3P39 A; 3O9S A; 3EE9 A; 3M5R A; 2KKZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HVH A; 1VQ9 N; 4HUG A; 4DF8 A; 4A59 A; 2O8F A; 3NGI A; 1NGH A; 4KTW A; 1QSY A; 2HST A; 3M8R A; 2F4V K; 2EX3 A; 4EP5 A; 4N56 A; 3OJS A; 1BWF O; 2P5G A; 5H1S Q; 4JKC A; 3AVG A; 4JK9 A; 5BPL A; 3K0S A; 3T7Z A; 2G8F A; 4IEI A; 1VSD A; 1YT3 A; 2XY8 A; 1RDD A; 3EN9 A; 4DFJ A; 4HWI A; 2OTL N; 3AVL A; 3OYI A; 4FJ7 A; 3BEX A; 4DTX A; 1B92 A; 4BRC A; 1OVY A; 4DTO A; 4YOR A; 4WCE L; 2KFN A; 3O9Q A; 1X9J A; 4QAG A; 5JLH A; 2F96 A; 1CXU A; 1JCG A; 4DLG A; 4ICL A; 2ETJ A; 2O4I A; 4PL8 A; 1YAG A; 4DV6 K; 1KVB A; 3L6Q A; 4HCC A; 3CG7 A; 4FK2 A; 5K14 A; 1A5X A; 1NKC A; 2P9U B; 4DSK A; 3SAG A; 2QA4 N; 3T19 A; 1ZBH A; 3THW A; 1C0F A; 1Z6R A; 3OYD A; 1S1U A; 1VQN N; 2OCE A; 1WSF A; 1VK0 A; 1R59 O; 1Q9X A; 2JLE A; 2WC9 A; 3UB5 A; 5HRN A; 3OYN A; 4CGG A; 3AVC A; 2IVO A; 3ZSQ A; 1G99 A; 1C1A A; 4KHQ A; 3AA3 A; 5BR9 A; 4JKH A; 3O08 A; 3GBT A; 4KH5 A; 1MWK A; 2HHQ A; 1VSK A; 3OYH A; 5GIN A; 4CHQ A; 3HOT A; 2UU9 K; 3MEC A; 1TKZ A; 3T3F A; 4JHD A; 3IS9 A; 3LP1 A; 5LY3 A; 3PX6 A; 3K5N A; 1Z05 A; 3B8A X; 4LF9 K; 4DFM A; 5HP1 A; 1SKW A; 5SWM A; 1NM1 A; 2W41 A; 1K9M O; 4CJL A; 4KI6 A; 2HHX A; 3W0L A; 4AH9 A; 4JK8 A; 5BPM A; 1K8A O; 3LDL A; 3VF6 A; 4LSL A; 1DT9 A; 5FPD A; 1VQ4 N; 3THY B; 3WNH A; 3O3G A; 1GLE G; 3MCP A; 2FBT A; 1ASV A; 3QIP A; 1VSJ A; 3M6G A; 3K2P A; 3TU5 A; 4BRL A; 4GW6 A; 1BIZ A; 4R79 A; 5T7B A; 1HYV A; 4XH1 A; 1X3M A; 4CZM A; 4B3T K; 5M1N A; 4KB0 A; 4DSJ A; 4IO8 A; 1VSH A; 3E9O A; 4KTZ A; 3KWG A; 2KLA A; 4IKF A; 4CD1 A; 4J2E A; 3MMV A; 2NRX A; 3V9S A; 3RWU A; 2RHK A; 4DSF A; 3ZT3 A; 4IXC A; 1RBV A; 4Y0W A; 3OYK A; 3MN5 A; 1NK5 A; 1N6Q A; 1VQM N; 4Z4E A; 1U04 A; 2DFF A; 5AQF A; 4OKK A; 4IO9 L; 2HF3 A; 3DXK A; 1TVR A; 3LDS A; 4YOX A; 3AO4 A; 3G0Z A; 2P9I A; 4M3X A; 3C6T A; 4Z4F A; 4CER A; 4K42 A; 3OYJ A; 1DTT A; 4B1W B; 3V6D A; 2BUP A; 1FXX A; 2HBJ A; 3RR7 A; 3RRG A; 3KLH A; 4ISF A; 2HHW A; 4DV3 K; 1DTQ A; 3EY1 A; 4WQ5 C; 2AP1 A; 4GNI A; 1NJX A; 3QIN A; 1JLE A; 3J7Y P; 3VN5 A; 5GIO A; 3M8S A; 2X78 A; 3ZSW A; 1YIT N; 4DFP A; 4JLH A; 1BU6 O; 5J1E A; 3BP8 A; 3LAM A; 3UKR B; 4BR0 A; 2WFB A; 5AZI B; 4OVL A; 3MX5 A; 3AO1 A; 2CH5 A; 1NMN A; 2VG5 A; 3AA5 X; 4IFV A; 2G8I A; 1JL1 A; 5ADX H; 2EWS A; 1FW6 A; 4HVJ A; 1TK5 A; 1GLF O; 3RMC A; 1L3T A; 3HBT A; 3SJH A; 4RG8 A; 2ITM A; 2CGJ A; 4Z0U A; 2OAN A; 5AR0 A; 3U6F A; 3HJF A; 4FVM A; 3NMU A; 3QNN A; 1MDU B; 1M90 O; 4JI1 K; 1QHA A; 1ITG A; 2HHT A; 3P38 A; 3V1O A; 2YX6 A; 2ZJQ L; 4JKA A; 3RTV A; 4CIF A; 3C7N B; 3OYF A; 1RDU A; 3VGL A; 4CES A; 1L3V A; 3OTO K; 5M1P A; 4BRQ A; 5HBM A; 4OKJ A; 1CXQ A; 2GWK A; 4BG9 A; 3R9P A; 3MXJ A; 2G8K A; 1RDA A; 4KPY A; 3E9P A; 2P9U A; 2Q36 A; 3CF5 L; 4BC5 A; 1ZC6 A; 1IKY A; 4EZ6 A; 4UY8 O; 3NF6 A; 4O8U A; 2HF4 A; 4E1M A; 5KI6 A; 4FPA A; 2HNY A; 4FWQ A; 3SAF A; 5F1X A; 3MWP A; 1XNQ K; 1WSJ A; 2J4R A; 4H5N A; 4NB4 A; 3TAG A; 2YHY A; 1WLJ A; 2YCH A; 2YJE A; 3LP2 A; 4NYN A; 3OYC A; 1JJ2 M; 3V81 A; 1W2B M; 4FJH A; 4FK0 A; 2E8A A; 3LPU A; 3GE1 A; 3P31 A; 1U2V B; 4N41 A; 1SL2 A; 1OKJ A; 3LDQ A; 3ULD A; 5AQH A; 4W5N A; 1NK4 A; 1C1C A; 4AHC A; 4DKW A; 3MK6 A; 1ASW A; 3NVM A; 4BG8 A; 2XY6 A; 1SS6 A; 1IBK K; 4FJG A; 1IBM K; 1VQ8 N; 1FKP A; 1YUW A; 3PUF A; 4B8C A; 3QES A; 4B3O A; 1LW2 A; 4KBO A; 1BA0 A; 3J80 O; 3HP9 A; 4CF0 A; 3S3O A; 3DOL A; 3QEX A; 4FZY A; 3IKM A; 4F9O A; 1GLB G; 1HMV A; 1LCU A; 1GLL O; 4JEP A; 4O0J A; 3MEG A; 4YOT A; 3THY A; 3P5J A; 3M1F A; 2FSJ A; 3WNG A; 3NDK A; 4CBW A; 4K25 A; 5AQW A; 4FLT A; 1QQO A; 4PY5 A; 5FDL A; 1QTM A; 2W42 A; 3OS1 A; 1KD1 O; 2B5J A; 4FJL A; 4RW9 A; 1S9G A; 1U49 A; 4K41 A; 4M3Z A; 4CZJ A; 3C65 A; 3CC2 N; 3Q7C A; 2D1K A; 2JGU A; 5C24 A; 4BE1 A; 3G25 A; 2IAJ A; 3TSP A; 3FFI A; 2AJQ A; 3PIO L; 1OH6 A; 3O4N A; 4NYF A; 4ID5 A; 3L2U A; 3PX4 A; 4JYA K; 3MEE A; 4CJW A; 1IBL K; 3LDN A; 3SLC A; 2O8B B; 4DB3 A; 5A2Q O; 1NGJ A; 4AHT A; 5CZ1 A; 4DMN A; 4X65 K; 1BIS A; 2O8C B; 5AQT A; 5FRM A; 1LW0 A; 4J2B A; 2YNI A; 1NOZ A; 2P9L B; 4YDU C; 3VQ7 A; 3NHG A; 4I7F A; 4DV5 K; 4UQG A; 3M5R A; 3QFP A; 4M3R A; 2HMI A; 3L0Q A; 3TSU A; 1TYQ A; 1RT5 A; 1ATN A; 3O3H A; 1HKC A; 5CE3 A; 3L2R A; 1IG9 A; 2WTU A; 1VSM A; 5HLF A; 3CC4 N; 4N76 A; 2QWP A; 4KHU A; 4J2A A; 1RIL A; 3EE8 A; 4YOW A; 4GMJ B; 5LMU K; 3NCI A; 2UUC K; 2ZF5 O; 4L3Q A; 5C2D A; 4FJM A; 1X9M A; 4OPH A; 1N36 K; 4EHT A; 1HQU A; 1JLC A; 3LWL A; 4CF8 A; 3LZI A; 5E41 A; 3F2K A; 4DQI A; 2P5O A; 1YF5 L; 3C7N A; 4DTJ A; 2E2Q A; 3MN9 A; 1KC8 O; 4B3R K; 3ID6 A; 3KHY A; 3ZT2 A; 3HK2 A; 4WYB A; 4B3S K; 4CJP A; 1SAZ A; 3L2W A; 3SUN A; 3CM6 A; 3JYT A; 2FF3 B; 3LP3 A; 3NH0 A; 5M1O A; 4A5B A; 5EOY A; 4WQ5 A; 3I33 A; 4WFN L; 3HO1 A; 1VRT A; 2QI2 A; 5AQV A; 3DLR A; 1JLA A; 4Q0B A; 4ZHR A; 1OH8 A; 1VQL N; 1U4B A; 3DLK A; 2QK9 A; 3SPY A; 5BRF A; 3MDQ A; 2V51 B; 3K5O A; 4KRE A; 2YHA A; 2ZD1 A; 1J53 A; 2HHU A; 3QO9 A; 1RT2 A; 3FZM A; 1LOT B; 3PIP L; 4IWV A; 4CJ4 A; 4H5T A; 4HTL A; 4BC4 A; 4CHN A; 3EKS A; 2E1Z A; 3I0R A; 2NRR A; 3VA3 A; 4DSI A; 1KVC A; 2LSN A; 2WUS A; 3O3F A; 4CIG A; 2HNZ A; 2GEM A; 3WT0 A; 3ENH A; 4CJ7 A; 4FLW A; 2RN2 A; 5LJW A; 3KKS A; 3V4I A; 2OA8 A; 3FFK B; 2RE2 A; 2GEL A; 1DGK N; 3MXI A; 2JWL A; 5C0Y A; 1REV A; 2QWL A; 1NJI O; 4LC9 B; 1RT7 A; 2Q3S A; 4JHD B; 3Q7B A; 1KQS M; 4DQS A; 2ZJP L; 4DHY A; 3NF9 A; 1NNE A; 2O8E A; 2ZGY A; 2P9S B; 1ASU A; 3QFU A; 1MU2 A; 4ILJ A; 4RWT A; 3CET A; 2QEX N; 1UOC A; 3QNO A; 3O4Q A; 3V1Q A; 1KLN A; 3DRR A; 3ATV A; 4Z4H A; 4CEF A; 4DS5 A; 3BGR A; 4J8F A; 1WSG A; 3D0P A; 1IKV A; 1IH7 A; 4H0X B; 3DLE A; 1KAX A; 5M1Q A; 2VQF K; 1TUY A; 2H3G X; 4NO7 A; 3F5T A; 1S1V A; 5LL6 Z; 4ELT A; 2HND A; 4IFE A; 2E5L K; 3F73 A; 4LH5 A; 4M7X A; 5BN8 A; 3HPG A; 4LF4 K; 1D5A A; 4FW1 A; 4E1J A; 4FPB A; 5AFU A; 2A42 A; 3O1B A; 1JXB A; 1WSE A; 4CGF A; 4AIL C; 4E0D A; 4PKH A; 1HKG A; 3BF1 A; 2KFZ A; 3HP6 A; 4JI3 K; 3AVB A; 4KB1 A; 3DXK B; 1B9D A; 3G4S N; 1JCE A; 4BGA A; 2F9T A; 4KHW A; 3QER A; 4NCG A; 5HRS A; 3DJC A; 4CEO A; 4H0P A; 3V9Z A; 1LAV A; 4ELV A; 5JMV A; 5ADX A; 2P9L A; 2F8T A; 5C10 A; 1TUU A; 2VGN A; 3EYZ A; 4OGC A; 4OO1 J; 4X66 K; 4Q5V A; 1QZ5 A; 1EQY A; 1HNZ K; 4B9U A; 1D9F A; 3HM8 A; 3K9K A; 1JXE A; 3IUC A; 1HUX A; 4B1X B; 4AM6 A; 4BQZ A; 1WBD A; 3DLB A; 1HX1 A; 1VQ5 N; 1Y64 A; 3DOK A; 1S3X A; 2Q0R A; 1RT4 A; 1T03 A; 1Q8I A; 4JRP A; 1L5U A; 4FWP A; 2X6S A; 3I8D A; 3P4I A; 3SUO A; 3DRS A; 4CK1 A; 4CE9 A; 1BA1 A; 2IC3 A; 2P9N B; 1JLG A; 2IGI A; 2HBM A; 4ZTJ A; 3D45 A; 4CZL A; 3CCQ N; 5GIP A; 4CJS A; 3MWT A; 4HCB A; 4Z94 A; 1N33 K; 3DXM A; 4KHP K; 3FZL A; 4EFH A; 1SUQ A; 4M7Y A; 2BDP A; 2HBL A; 4B9S A; 2V52 B; 4F3O A; 3HTV A; 3AAQ A; 4CEC A; 4CHZ A; 4CEZ A; 5IWA K; 1SKS A; 4M41 A; 4H5W A; 2VG6 A; 4PWD A; 1TV6 A; 1KCF A; 2Q0U A; 3O9R A; 4MLH A; 1LWE A; 2WOM A; 3LAN A; 4ILH A; 2A5X A; 3VQD A; 1RBR A; 5BRE A; 2UYT A; 4YDU A; 2KZZ A; 1FKO A; 1NBW A; 3ZT4 A; 2GUI A; 1X1P A; 1NJW A; 1S9E A; 3MXM A; 1S1X A; 3OBW A; 2UUB K; 4OLB A; 4E19 A; 1QQC A; 3LDP A; 2IIR A; 1GLJ O; 4DR7 K; 1NGF A; 2E1Y A; 1TAQ A; 4MDB A; 3T69 A; 2KZM A; 4Z4C A; 3O80 A; 3TPQ A; 3LPT A; 3O1W A; 2Q2R A; 2ASM A; 5FPN A; 4H4M A; 1V4S A; 4NLB A; 2QWN A; 3L8B A; 3SZ2 A; 2E2O A; 3DLH A; 4NCB A; 3EL2 A; 4X62 K; 1RTJ A; 4YFU A; 4DU4 A; 4IOX A; 3O9T A; 4CK2 A; 5TKW A; 5AQO A; 1DLO A; 1D4X A; 3VQ4 A; 2HOE A; 2D0P A; 4OKE A; 3SBT A; 2Y1J A; 1W7A A; 2NRV A; 2P1J A; 4BDZ A; 4BY9 C; 4DG1 A; 4FLV A; 4E3S A; 2P9S A; 4JD2 B; 3SAH A; 3THV A; 4JKG B; 1C0T A; 3C6A A; 1EET A; 3LWM A; 1IJJ A; 4FWK A; 3ALY A; 2IVN A; 4NXM K; 1NK6 A; 1QZ6 A; 4JK7 A; 2R7Y A; 3RR8 A; 4OPK A; 3H1Q A; 3G71 N; 3D2E B; 1YJN N; 1F21 A; 3OS2 A; 4CHY A; 1WUA A; 1S22 A; 3MX2 A; 4HHT A; 4FO0 A; 1TL3 A; 1NMD A; 4RTF D; 1QSS A; 1NU0 A; 2E88 A; 2YNH A; 5KPR A; 3KIO A; 4FJX A; 4F2R A; 1A5W A; 3QEP A; 1KAZ A; 4C1N K; 2V7Y A; 2PAV A; 3AY9 A; 4QCL A; 2A6A A; 2DFH A; 3DLG A; 3B6O A; 4FJ9 A; 1VQ6 N; 3QML A; 4BRI A; 1UWB A; 4FCY A; 3RVC A; 4BDP A; 3JSM A; 3PLA A; 4BRN A; 3A2F A; 3AGR A; 1GOA A; 2OPQ A; 2OPS A; 4CI6 A; 5AZJ B; 4IG3 A; 4IZ9 A; 4QS9 A; 3FE1 A; 3K58 A; 1NJZ A; 2P9K B; 1BL3 A; 3ZSX A; 4ISE A; 4DLE A; 4YOV A; 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3VEX A; 4PKG A; 3CM5 A; 4IDH A; 4I2P A; 4YOY A; 4DR3 K; 3VMF B; 3ZX3 A; 4E7I A; 3QLH A; 3E66 A; 4CW7 B; 2QXF A; 4FWN A; 2IOC A; 2QM1 A; 4CJR A; 3T1H K; 3CQ8 A; 2IVP A; 1IV0 A; 1U48 A; 1BCO A; 1NK9 A; 4O5B A; 4XIU A; 2NUB A; 3K5M A; 4BC3 A; 4CJU A; 3VEO A; 4LH4 A; 2YNG A; 1NK7 A; 2QW9 A; 4JD2 A; 4JKG A; 3L2V A; 3VQE A; 3AVJ A; 3PSF A; 1HPM A; 3AO2 A; 1NKB A; 3E01 A; 3OHR A; 4NLC A; 4LSN A; 3VEW A; 5C25 A; 3KTQ A; 4DTS A; 3D2E A; 2O8E B; 2E2N A; 3A5N C; 4I9L A; 5LMN K; 4JS4 A; 4BAC A; 2F8S A; 5KQD A; 4N5S A; 2OZS A; 4FL9 A; 5FRN A; 3VEV A; 4C1N I; 4BGB A; 4B9V A; 4W5O A; 1SL0 A; 4BVO A; 5MLC Q; 1BHL A; 2BH1 A; 1VSF A; 4A5A A; 3PO5 A; 4FJJ A; 4DR4 K; 2EHG A; 4H8K A; 1FJG K; 1QVF M; 4DV4 K; 3KD5 E; 4QS8 A; 4AM7 A; 3OVN A; 3VTI A; 3LZJ A; 5AZJ A; 2Q1N A; 2BAN A; 4BDY A; 4FXD A; 1TKD A; 4BRE A; 2P9K A; 2QWO A; 3G10 A; 2FSN A; 2CGK A; 4GV3 A; 3R8E A; 3GDQ A; 3UKU B; 3CFP A; 5DM7 L; 2CGL A; 1C0U A; 1CZA N; 4JRQ A; 3CQY A; 3KJV A; 4CJE A; 3IMX A; 4BRH A; 5KPT A; 3S9H A; 3QIO A; 3AA2 A; 3TTF A; 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