4U67L

Crystal structure of the large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in l22
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
publication title The Ribosomal Protein uL22 Modulates the Shape of the Protein Exit Tunnel.
pubmed doi rcsb
total genus 20
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4u67L01
1KC8O 3OW2M 1QVFM 1YJWN 2OTLN 1K8AO 3CPWM 5DM6L 4U67L 5H1SQ 2ZJRL 3PIPL 3CMAN 3CXCM 1VQKN 2ZJQL 1YHQN 1W2BM 5GAGP 1M1KO 3CCQN 1ILYA 5HL7L 3CCUN 1NJIO 1Q86O 3J7ZO 1VQ6N 5DM7L 3CCJN 3CC4N 5GAHP 3CCEN 3G4SN 1YJ9N 5MLCQ 4WFNL 3G71N 3CCVN 1VQ7N 4WFBL 5JVGL 3I55N 1S72N 1VQ8N 1YJNN 2ZJPL 1K9MO 5GAEP 1QVGM 1KD1O 1VQON 3CC2N 5GADP 3CCMN 2OTJN 3CCRN 4WFAL 4IOAL 1K73O 1VQ5N 1Q82O 4IO9L 3CF5L 2QA4N 4WF9L 3CCSN 1VQ9N 1OVYA 1VQPN 4UY8O 3I56N 5JVHL 1JJ2M 3CMEN 4WCEL 1YIJN 1Q7YO 1KQSM 3DLLL 1YI2N 3CCLN 1VQ4N 1M90O 1VQLN 2QEXN 3CC7N 4IOCL 1VQMN 1N8RO 1VQNN 1YITN 3G6EN 3CD6N 1Q81O 3PIOL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSGA 4HUGA 1FK9A 1WSJA 5AQRA 3UB5A 1FKPA 2E2PA 1NKEA 3PSIA 1YVNA 4GVMA 1SZ2A 3D2EA 2P9PB 4R79A 3LPTA 1OH5A 3LZJA 1ZYQA 3KZBA 5GAGP 1S3XA 2VG7A 2E2OA 4OGEA 3VQDA 3OY9A 4KTZA 4B9NA 3HM9A 4ICLA 3SQ0A 1ILYA 1P90A 4H03B 3VGKA 2V52B 1NK9A 1L3VA 1VQ6N 3LDNA 3AA2A 3CCJN 3TABA 2P9PA 4Z94A 4FWLA 1TKTA 4CCHA 1HYZA 3EZ5A 1J54A 1FKOA 4JKBA 3SMPA 4HHTA 5AZJB 3W3DA 4XH5A 3N4QA 4N47A 3SYZA 4CFCA 3VQEA 4DG1A 3L3VA 3VQ8A 3NGZA 1NMDA 4KPYA 2EHGA 1HNIA 3H3NO 3KD5E 4FZZA 4FK2A 4DWIA 3CC2N 5B8HA 3H6EA 5ELZA 4B3RK 3PX6A 1JKHA 2A41A 3HJFA 2YNFA 1BA1A 4B3SK 1RGIA 4FYDA 2HW3A 4FWPA 2P9NB 2AP1A 4IEIA 1KXPA 3E01A 1HYSA 1OVQA 1N5YA 1WBBA 3TARA 1VSDA 3VGMA 4W5OA 3GG4A 4H8KA 3SUPA 1KVBA 1YUWA 2QTDA 1C6VA 4K25A 2P9NA 2G8HA 3H1QA 2BE2A 4F3OA 4JK8A 3AA4A 3R9PA 2ATQA 3CHWA 1T6CA 5CYQA 4FO0A 2VG5A 3AVIA 4CEFA 1RTJA 4DMNA 1NGCA 2Z1IA 2ASOA 4CEQA 1LW2A 2O8BB 1XNRK 1XNQK 2VQFK 4CJWA 3CQ8A 4L3QA 4EAHD 2PY5A 3HO1A 4ZHRA 4BR5A 2RKIA 2ZJRL 5M1FA 3O9TA 4XEIA 4DV4K 1ZBHA 3AA3A 4BVOA 1RT7A 1LWCA 3NF9A 5M1KA 1N36K 3CJ1A 4FJIA 3CCQN 3O9UA 4CEZA 2O8BA 1Y97A 4OGCA 3V1RA 3DLBA 3E1YA 1REVA 1D4XA 2F7TA 3H45C 3OYJA 3P5JA 3ID6A 1HNXK 1K6YA 3WQUA 3VA3A 1DTTA 3CFPA 3G4SN 2F4VK 1EO1A 3PX0A 4C23A 3LANA 3VEOA 4CJRA 2IVOA 1BI4A 2FXUA 3SUNA 1BIZA 2BH1A 3I55N 1QQOA 3R6MA 4BR2A 4BRKA 4E7LA 4OPHA 3VEXA 1IBLK 3AV9A 2QXFA 4HUEA 3CETA 1IKWA 4JKGA 4CJLA 2Q97A 4B9TA 4BRMA 1JLEA 4M7YA 3ALYA 4CHPA 4CFBA 4UQGA 1X9JA 4NXNK 3M8PA 2OTJN 3OJSA 1K73O 1J5OA 4WQ4C 5E84A 2OPQA 1TL1A 3C65A 4BC4A 3PO4A 3I8DA 3BDPA 2XY7A 4KAZA 4ISFA 2E4LA 2O8EB 3M5RA 2YCHA 1S9EA 3TTFA 1NJZA 2ETJA 3MCPA 2I7PA 2FF6A 3NBPA 2I5JA 4FWRA 1JJ2M 2QKBA 1Z25A 1DEJA 1RT5A 1WBDA 3HT3A 2E6LA 3RR7A 3O4QA 3BF1A 4JI5K 5CHIA 1VQLN 2V51B 4FLTA 4IJAA 5M1NA 5AQUA 4M3XA 2QWPA 1YITN 2PAVA 3TAPA 3HSTB 2OPRA 3CD6N 3ZETB 4Q5VA 4HVJA 1U6ZA 4MLHA 4ISEA 4CD3A 3AVKA 5M1OA 4BRLA 2AJQA 1HJOA 3ZSYA 3VEVA 2BDPA 3VQ6A 4AHRA 1BISA 3I8BA 3I0SA 1WUAA 3NF6A 5C24A 1YHQN 3ZETA 5C42A 2OPSA 3MWTA 3ZT3A 1SKRA 3IG1A 3QEXA 4FJ7A 4CEBA 3OVNA 1OH6A 4KHPK 3O1WA 1EWQA 1E3MA 1BQMA 1QQNA 1X9WA 3A5MC 4JNEA 4O55A 1GLAG 4E7JA 4PY5A 4QOZB 4W5RA 2FBTA 3G10A 3CCVN 4FLUA 4DCHA 4Z4EA 3L0QA 4WFBL 3E9PA 3EE8A 3FZHA 2FBXA 5AQWA 2GWKA 1BGXT 4FLZA 1RT1A 3RRGA 3SAGA 4I9LA 4PUOA 1HUXA 1JLGA 4LH4A 3P38A 3V9XA 4KHNA 1DGKN 2CGJA 1U04A 4CGJA 1CZ9A 3KD1E 3SJHA 2UUBK 3NVKA 4PKIA 4B8CA 1X3MA 4FJHA 5AZIB 4JK9A 4IDKA 2GELA 2J4RA 4KHSA 3MCAB 5JS2A 3K9KA 4F4KA 2F8TA 3WXJA 3DLKA 4K8XA 2X6SA 1K8KB 1TV6A 4BY9C 3EY1A 4BGBA 3M1FA 4CHZA 1G15A 2HHVA 1S22A 4WE1A 2VWKA 3O3FA 3ASMA 5AZIA 4IG3A 3NF7A 5KQDA 1NWKA 3AO5A 3IFRA 5FPNA 3KWIA 3RMAA 4BR4A 3BZKA 4QAGA 3VQ4A 1NK5A 3PIOL 3L6QA 1LWEA 4Z4CA 3I0RA 1NGAA 1SQKA 4B3TK 1QVFM 3SBGA 3VQ9A 4FM2A 3LM9A 4B1VA 3VQCA 3DOLA 1SAZA 3NVMA 2B4JA 4O4GA 4AM6A 3L2QA 3CXCM 1S5JA 2UUAK 3Q7CA 4B1YB 4JAXA 2A5XA 5AR0A 3DYAA 1O13A 1HJRA 1TK8A 3A5NC 3AVNA 2O8DB 3L2RA 3A2FA 1RBSA 3ZEUA 5DK5A 2HHQA 4KKOA 5HRSA 3UKRB 3JXUA 1DTQA 5GAHP 3CCEN 1JL2A 3DRSA 4IOXA 1E4FT 5AQKA 3AVLA 4YY3K 1T03A 1ASVA 1CXQA 2EX3A 3WQTA 2NZTA 4DTJA 5HOOA 5EOYA 3O8MA 4ELTA 3TAQA 3CJAA 2E2QA 1FXXA 3OHRA 2WOMA 5IT9O 2ZWHA 1QVGM 1E4GT 5I3UA 1NG9A 4FW1A 2WONA 2HNYA 3HP6A 2PZSA 3CI5A 4BRAA 4KV8A 2A40A 2FBYA 4DFKA 4N76A 4CZLA 1MWMA 2HBLA 2JGUA 3SV4A 4M41A 4CEEA 2JWKA 1QSLA 5EXWA 1UA1A 4N5SA 3LP2A 5JS1A 2GUIA 4CJKA 1NGFA 1VQ9N 1RDCA 4JK7A 1NK0A 2FF3B 4DU1A 5F0XA 4LSNA 2NLXA 3LP1A 2OZMA 1J9AA 2P5GA 4HTLA 1U48A 4OLBA 4H5NA 3ZSXA 4BQZA 5DMRA 1GLCG 5TKYA 4X66K 1QSSA 2HHWA 4TSXA 4CBUA 4CERA 4DR5K 3DRPA 1JLAA 4FJNA 4CD1A 3AO3A 3S3NA 4CZEA 4A62A 1IJJA 1HYVA 3IDHA 3QBWA 1QZ5A 4JKEA 2FBVA 3T19A 2D0OA 2HF3A 2H3GX 3U9DA 4JS4A 3VTIA 3RSEB 3SPYA 3AY9A 5FPEA 4HTUA 3O6WA 3MMVA 2CGKA 3HSCA 2O4GA 3AARA 1L3UA 2HVHA 2R7YA 1Y64A 4CJSA 5HL7L 3ULEA 4KH5A 3O9RA 3V9SA 2BUPA 4FPBA 4DTUA 3C6TA 3RSEA 1P8ZA 2OCEA 3CC4N 4NO7A 3SMSA 3LAMA 5ADXH 4G9ZA 4M45A 1XMQK 4Z4FA 1NK4A 2CGLA 5CYMA 3AGKA 4PQUA 1U45A 3VEZA 1F21A 3D7EO 1B9DA 4F2RA 1C0UA 3GL1A 1S1VA 3FR0A 4NB4A 3OYDA 4DF4A 4DFPA 2ZGYA 3VEWA 3MN9A 1T3VA 2XO7A 1L5UA 3EKUA 4Z0UA 4DSIA 3EN9A 1Z05A 4JRQA 1HPMA 4H5VA 1TUUA 3ATUA 3NH0A 4CZKA 4DSKA 4DTMA 2F9WA 5AFUH 2DFFA 5AQHA 4KHYA 3VQAA 4KHWA 5SWMA 3BZCA 3DXKB 4MQ3A 4B9SA 1JLBA 1ITGA 3I56N 4BC5A 3LP3A 2Q1NA 1RNHA 1ZC6A 1HNVA 3AVFA 3NGIA 2G8IA 4CEAA 4M42A 4OPAA 3SCXA 4DUYK 2QEXN 4NXMK 1RT6A 3THXB 3D2FA 1BG3A 3QMLA 5KPZA 2CH5A 4BWMA 3CJ7A 1DLOA 3OYHA 4E19A 2IVPA 4BREA 1O1WA 3P4IA 4CK2A 1NJYA 2Q36A 3QNNA 3THXA 2KLAA 4LH5A 4HCCA 3V4IA 4RG8A 1EX4A 3OYGA 1VRUA 5AQVA 3EZWA 1TAQA 3LPUA 1J5EK 3C94A 2Q0RA 2VQEK 5J2PA 1KAZA 4BE2A 4FJXA 3T1HK 2RE2A 1NK7A 3NH1A 4BACA 2O4IA 3LDLA 1G99A 3A8YA 4J2EA 3J7ZO 2QW9A 1QZ6A 3IKMA 1BWFO 3U9ZA 3VGLA 4CZFA 5A2QO 4BRPA 2QKKA 4CESA 3LL3A 3FE1A 1JCFA 2FSKA 4A5BA 2YKNA 2FSNA 1QQMA 5FPDA 4DTNA 1N33K 4BR0A 3LAKA 4DV0K 4Q0BA 4JKCA 4EHUA 2WUSA 4CIEA 4DU3A 3L2UA 1K9MO 2YHYA 2LSNA 1U49A 4FLYA 4EP4A 3T3FA 3HVRA 3WNHA 4WYBA 2DFEA 2YHXA 1IG9A 2IS3A 1GLDG 5BN8A 4QCLA 1KCFA 5CY4A 3SI6A 5AQTA 4ILHA 1N6QA 5HRRA 1GLBG 3CQXA 4DR4K 3VENA 3D45A 4FPAA 1SS6A 4GW6A 1QHAA 2W6LA 4B1ZA 3S41A 1XQSC 1C1AA 4UY8O 4YOWA 4RCHA 5AZJA 4OPJA 1NU0A 4FJ8A 4O8KA 4CJVA 2YJEA 4BGAA 3CCLN 2FLOA 4YOTA 2KW4A 3K5LA 1KLMA 3KWGA 5JICA 5LJWA 4FSVA 4CEOA 3KK2A 4E1JA 3G6EN 2E5LK 4E7IA 4DHYA 2ZGZA 4CGFA 1KC8O 1T44A 4YOYA 2Q0UA 3NMUA 3U3YA 3EEQA 1GOAA 4BRHA 3IAYA 1ATSA 4MO4A 1WAJA 2YV0X 1LAWA 2ZD1A 4ID5A 3AVGA 4FWOA 1W2BM 1HX1A 4IEEA 1A5XA 4E7KA 4JI0K 2A1SA 2D1KA 5FLXO 1KLNA 2XHBA 4PL7A 3E9LA 5M1QA 5AQFA 3O4WA 4JKFA 3M8QA 4FJ5A 4FJKA 2P9LB 3O4NA 3R1XA 3HK2A 1NJWA 3O9SA 3H1VX 3TWHA 4C8NA 2KHOA 2A1RA 1SL2A 1VQ8N 2HHXA 3KJVA 2P9UB 2BANA 2WFBA 1OKJA 4BDYA 1BQNA 5GAEP 1NKBA 4CECA 4U7BA 1EKEA 5C10A 3S9HA 1Q18A 4CGIA 3NCIA 3WNEA 3U6FA 4W5NA 4DSFA 3IRXA 4J2BA 5AJ3K 3AA5X 5FPMA 4DS5A 1WSFA 2P9UA 4C8KA 4DKWA 2IDOA 2B5JA 3HPGA 3L8BA 4FLVA 1N32K 3QEPA 3ZT1A 3SAFA 2Z1GA 2O8CB 1VQPN 4MDAA 5BR9A 4FK0A 2P9IB 4EIAA 3K58A 3ISNC 4BG8A 3TTDA 2Z1JA 3T1YK 4BQLA 2YI1A 3EE9A 5J1EA 3MAQA 3FFIA 3LZIA 4EZ6A 3THWB 3ENBA 4IFVA 3SNNA 3NF8A 4RW8A 2YJFA 4Z4GA 3MN5A 2O8CA 4DR3K 4CJ3A 2QWLA 5C12A 1JXBA 3AVCA 2P9IA 2HSTA 4M3YA 4J2DA 1S1TA 1KTQA 2PYJA 3OW2M 2YHWA 2O8FB 4AILC 3Q7BA 2OTLN 4KTQA 3F2KA 3P39A 4ISGA 3QBXA 4BC3A 4DR1K 2KQ2A 1W97L 1TAUA 1HQUA 2RF2A 4B1UB 3K5OA 2O8EA 1OH7A 4BRDA 3TAEA 4CJUA 3OYAA 1TK5A 3HI0A 3O5BA 2O8FA 3TR8A 4FW2A 3E66A 3TI0A 2GV9A 3ENOA 1RDAA 4OPKA 3ZSWA 2IAJA 2HHHK 4NLBA 5FROA 4M3ZA 4OX9K 4G1QA 3THYB 2HMPA 5LMNK 1JLQA 1CXUA 4H0XB 3J81O 5TKWA 1NKCA 1RFQA 2D5RA 5BPLA 5MLCQ 4KI4A 3LDOA 3V9ZA 2XY5A 3KTQA 1GLFO 2CH6A 4MDBA 3C7NB 4CJPA 3ITHA 4KO0A 3KK3A 4AF1A 1IKVA 3AAQA 1NNEA 3THYA 1TL3A 5J2NA 1ZXOA 1KD1O 2HBMA 4CVNE 4CZJA 4K8ZA 4FJGA 2ASMA 1Z26A 1QE1A 2F9TA 3TSQA 3THVA 2ZE2A 1VSIA 2VGMA 4B9MA 1U4BA 4ZTFA 3AVBA 3AO1A 3PV8A 2YNGA 1H1VA 2Z1HA 4B08A 3B6PA 1WSEA 3OS2A 1U2VB 4DFJA 2HHSA 4JD2B 1YF5L 1YIJN 4A61A 3QO9A 3VQQA 3KVGA 3K5MA 5AQMA 4XH1A 3FZLA 3FLCO 3VOVA 4H0PA 3ZT0A 4IO8A 3IMXA 1TYQB 3MK6A 4GKKK 4KRFA 1CZBA 3TTCA 3ZT2A 3AO4A 3M3ZA 4GNIA 2YNHA 4AHCA 1KFDA 3ZX3A 3BY5A 3QFPA 1C0MA 3B8AX 3L3UA 2YNIA 4BE1A 4B9VA 1I94K 4BR9A 4BG9A 3H46O 1ASUA 1WN7A 4M7XA 1LW0A 3V9UA 3H3OB 4BRGA 3SZ2A 4CJTA 1RBVA 3LWMA 1MDUB 3WT0A 1T05A 3O08A 4DFMA 1NGDA 2QM1A 4BRFA 5F2RA 1K8KA 4CW7B 1NJIO 2D4WA 5AFUA 5KPTA 4DR6K 5DM7L 5AQSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WSG A;  4HUG A;  1FK9 A;  1WSJ A;  5AQR A;  3UB5 A;  1FKP A;  2E2P A;  1NKE A;  3PSI A;  1YVN A;  4GVM A;  1SZ2 A;  3D2E A;  2P9P B;  4R79 A;  3LPT A;  1OH5 A;  3LZJ A;  1ZYQ A;  3KZB A;  5GAG P;  1S3X A;  2VG7 A;  2E2O A;  4OGE A;  3VQD A;  3OY9 A;  4KTZ A;  4B9N A;  3HM9 A;  4ICL A;  3SQ0 A;  1ILY A;  1P90 A;  4H03 B;  3VGK A;  2V52 B;  1NK9 A;  1L3V A;  1VQ6 N;  3LDN A;  3AA2 A;  3CCJ N;  3TAB A;  2P9P A;  4Z94 A;  4FWL A;  1TKT A;  4CCH A;  1HYZ A;  3EZ5 A;  1J54 A;  1FKO A;  4JKB A;  3SMP A;  4HHT A;  5AZJ B;  3W3D A;  4XH5 A;  3N4Q A;  4N47 A;  3SYZ A;  4CFC A;  3VQE A;  4DG1 A;  3L3V A;  3VQ8 A;  3NGZ A;  1NMD A;  4KPY A;  2EHG A;  1HNI A;  3H3N O;  3KD5 E;  4FZZ A;  4FK2 A;  4DWI A;  3CC2 N;  5B8H A;  3H6E A;  5ELZ A;  4B3R K;  3PX6 A;  1JKH A;  2A41 A;  3HJF A;  2YNF A;  1BA1 A;  4B3S K;  1RGI A;  4FYD A;  2HW3 A;  4FWP A;  2P9N B;  2AP1 A;  4IEI A;  1KXP A;  3E01 A;  1HYS A;  1OVQ A;  1N5Y A;  1WBB A;  3TAR A;  1VSD A;  3VGM A;  4W5O A;  3GG4 A;  4H8K A;  3SUP A;  1KVB A;  1YUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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