4OPKA

Bh-rnaseh:2'-sme-dna complex
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 38
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opkA00
3RWUA 4UQGA 2P5GA 3KLGA 4BACA 3SUOA 2KFNA 3TAMA 3T19A 3BGRA 4CEZA 4CFDA 4DTUA 1T7PA 3DMJA 3NH1A 1WSHA 1S1TA 1UA0A 1NK7A 1X9SA 2G8WA 4Z4HA 4W5RA 4BWMA 4LH5A 3SUNA 1C1CA 1U45A 1HPZA 2O4GA 5I3UA 4N47A 1RNHA 2GUIA 1CXUA 2Y1JA 4KI6A 5CZ1A 4K8ZA 4I2PA 4CFAA 4KB0A 1J54A 1LW2A 1FK9A 4B9UA 2HW3A 1NK4A 4O5BA 1BL3A 4N5SA 2IC3A 3L2RA 3QEXA 1HQEA 4Z4GA 4FM1A 2HMIA 4CJUA 3V9WA 3H08A 4Z4EA 2WOMA 5CY4A 3NH0A 1NKBA 1UOCA 3HXMA 3VA3A 4F8RA 1REVA 4DSKA 3LP1A 4TSXA 3TAQA 1WAJA 4CEAA 4E19A 2QKKA 4E0DA 3AVJA 4KO0A 2KZMA 4JRPA 5DMRA 2B4JA 4W5QA 4FLUA 4ID1A 4RW7A 4HUFA 4B9NA 2DFFA 1A5VA 1QHTA 4DMNA 5CYQA 1WLJA 3CYMA 3IS9A 4B3OA 3V9ZA 2KQ2A 3KKRA 1SKSA 4CIFA 3ZSZA 3AVBA 1KCFA 3TARA 1L3SA 2QXFA 3OYKA 4FZZA 1Z25A 2OPQA 2HHTA 2E4LA 3O4NA 3F73A 3BDPA 1C0UA 5C42A 4KPYA 4JS4A 4QAGA 4FJ7A 3KTQA 3NCIA 1TK0A 2IS3A 1S1UA 3DI6A 5FROA 3C95A 4DG1A 4H4MA 1MU2A 4CEFA 5HLFA 4RW8A 3OY9A 4NCGA 3NHGA 1D5AA 1BI4A 5HRNA 3AVLA 4GMJB 3OYAA 4XIUA 3OYGA 4CHQA 3V9XA 3D0PA 3PY8A 3UIQA 1JKHA 1U4BA 4QCLA 3AVFA 3KIOA 1IKVA 1LAWA 4OVLA 4O55A 4KB1A 4ELTA 1KVCA 4BDZA 3AVAA 3I0SA 1VSEA 1HQUA 3DM2A 4HUGA 1SL1A 2Z1IA 4OKKA 3QEWA 3LWMA 3T3FA 3SUPA 1VRTA 1KTQA 3AVGA 3E01A 3S3MA 4FM2A 1DLOA 3LZIA 2HNZA 1LWCA 4FW1A 1CZBA 3MEEA 3M8SA 4IG0A 4IG3A 3DLKA 4DU3A 4DSFA 4KHYA 2VG6A 3SPYA 3VN5A 4J2EA 4CGDA 4KHNA 3V1QA 4I9QA 4Q5VA 3NF8A 1NJZA 3ZT2A 1L3VA 1F21A 1RT1A 4HUEA 2Y1IA 4B9LA 3IRXA 1IO2A 4KTWA 4GVMA 1KLNA 4M3WA 2I5JA 1Z26A 3HP9A 3LP2A 3G10A 3P5JA 4BE2A 3QEIA 1RT2A 2OPSA 3HO1A 3RRHA 2WONA 3KLIA 4N56A 2OZSA 4RG8A 4GW6A 2PZSA 3RR7A 3TWHA 2YNGA 4DQQA 1JLGA 1S1WA 2JLEA 4QOZB 2O4IA 1O1WA 1BI4B 2B6AA 3JYTA 4PY5A 3WNEA 4IBNA 1JLFA 1SUQA 2JGUA 4PA1A 3KK1A 2A1SA 1BCOA 4CGJA 4CHPA 3L3VA 5FRNA 4B9VA 1JLEA 1ASUA 3HVRA 1XC9A 2A1RA 5K14A 1XWLA 3ZSOA 1YTUA 3MECA 4M3RA 1L5UA 4Z4FA 2QK9A 1C6VA 5HROA 2LSNA 4FLZA 4F2RA 1HNIA 4YFUA 4DTNA 3TAEA 4FJ5A 4CF9A 4CHOA 3OJSA 4MQ3A 4NCAA 4H8KA 4HCBA 3OS0A 4B9SA 4E7IA 2KW4A 1KRPA 4F4KA 1RTJA 2VG5A 3HK2A 3NDKA 3AA2A 4LSLA 4CJRA 2HHQA 4M3UA 4CIGA 3NGYA 4MFBA 4BE1A 4J2BA 4KTZA 4LSNA 3L3UA 4DQRA 1L3TA 4W5NA 3VQDA 2GBZA 2D0BA 2YHBA 4FK4A 4DTSA 3QLHA 3TABA 1D9DA 4YNQA 1IKWA 1UWBA 2YKMA 4DFMA 4PUOA 2DFEA 3AO1A 1RT3A 1LAVA 5EU7A 3VQBA 3OYMA 5KGWA 3LZJA 4FJXA 3V4IA 1VSDA 3RMDA 3AV9A 3DOLA 4FLVA 3TAPA 1KFDA 3VQ4A 3OYHA 4DTXA 4JLHA 4NYFA 3MXMA 4AH9A 4BDYA 2YHAA 4EZ6A 3OYJA 4M3XA 1JLQA 3VQ7A 4KHWA 3OYNA 3FFIA 1HNVA 4FJJA 1QE1A 3B6OA 1I3AA 4BE0A 2XY6A 1U48A 5KTQA 2GV9A 3HM9A 4CJKA 4DLEA 3K5NA 1TK5A 4B9MA 3TR8A 5HRPA 4PQUA 3AVMA 3QEVA 3OVNA 4KV8A 2RPIA 3HPGA 1WNSA 4CEBA 2Z1JA 3VQ5A 3P83D 3V1OA 5HBMA 3AO2A 5JS2A 3AVKA 1ZBUA 4CGGA 2HHXA 4I9LA 3O3FA 1EETA 2BGGA 4C8OA 3NE6A 4AHTA 4PWDA 4B8AB 4KKOA 1IG9A 1RT4A 3HJFA 3OYIA 3LAMA 1Q9YA 2ZQBA 2P51A 1C0TA 1LWFA 3VA0A 3DRPA 4CE9A 1C0MA 4AHSA 3ZSYA 2RKIA 3MAQA 4Z0UA 2ZE2A 1NJXA 2G8UA 4DSLA 3OJUA 4E7LA 3SI6A 1KVBA 1RCHA 4AHUA 2PYLA 3G0ZA 1WSJA 5E41A 3S3NA 3C94A 1BIZA 4DLGA 3L2UA 1EX4A 1EP4A 1WSGA 5JS1A 3T1AA 2HNYA 4FK0A 4KAZA 4FM0A 1BGXT 1S1XA 3MEDA 1QSYA 1B9DA 3LDSA 2HHUA 4DTOA 1RBRA 3HL8A 3KKSA 3AVCA 4CJVA 1QS4A 1WSFA 1YT3A 3KLEA 3K57A 1ZBLA 1X9WA 1D8YA 1KSPA 1T03A 1RBVA 4J2DA 3NAEA 3VQ9A 3LP3A 3SNNA 4DF4A 2HB5A 4DFJA 4C8MA 4DTRA 2BDPA 3OYEA 3DOKA 3RMAA 2PY5A 3CFRA 3RMBA 4KFBA 2OYQA 5CZ2A 1RTIA 5KRSA 1G15A 1S5JA 1RILA 3KD5E 3VQPA 3K59A 1IKXA 1EKEA 3NF7A 3MXIA 1BCMA 3EY1A 2OPPA 3CM5A 4OKJA 3IAYA 2ITGA 3ULDA 4J2AA 2G8VA 4ZTFA 1JLCA 4FYDA 4CGIA 3L2QA 1A5XA 4KHUA 2F8TA 4DFPA 3PX4A 4B9TA 1HYZA 1BQNA 4AHVA 1RT5A 1TAQA 1C1AA 2FC0A 4N41A 1SL2A 1VSLA 3AO3A 2VG7A 3SZ2A 4KREA 1UA1A 1S6QA 2VWKA 3V6DA 4CJ3A 2QKBA 1SKWA 1VSFA 2RF2A 1DTTA 1LWEA 4H4OA 5DK5A 4CJTA 5SZTA 4OPJA 4O0IA 1B9FA 1WSIA 1VSMA 1WAFA 1ZBFA 3PX6A 4OJRA 3OYLA 3RMCA 3LPTA 5C25A 3NF9A 1ITGA 4HCCA 3ZSRA 5D3GA 4W5OA 4ZTJA 1SV5A 3AVNA 5HP1A 3PX0A 4DSJA 3TAGA 4CJFA 3LP0A 4IDKA 4FJKA 1YTAA 1R0AA 3AVIA 1J5OA 1RT6A 4DU4A 4Z4CA 2P5OA 4FJNA 2Z1HA 3NF6A 3MXJA 3V9SA 1QSSA 4K8XA 3HYFA 1WN7A 4RW6A 4E7KA 1KVAA 4IKFA 1VK0A 3A2FA 2YNFA 3NGIA 3OYDA 3SQ2A 1NK0A 2G8KA 4OKEA 3CG7A 4CJSA 4FLWA 3TAFA 4FXDA 4FJLA 3SQ1A 3L2WA 4ELVA 3M8RA 4R5PA 1A5WA 2OA8A 3SYZA 4EP5A 4CF2A 1FKPA 3AO4A 4OGCA 4OPKA 3HPHA 4IFYA 5KRTA 1NKEA 4Q0BA 5J2PA 2HHVA 4RW4A 1RDAA 2XHBA 1TK8A 3KLFA 3ZT4A 4CERA 1IKYA 3VQ8A 2KTQA 1TVRA 3V1RA 3RRGA 2Q3SA 3ZSWA 4F3OA 2F96A 3ALYA 2X6NA 4M41A 4DTMA 1U04A 3PV8A 1HYVA 4KRFA 4DQPA 3DRSA 3VQ6A 3QESA 1VSHA 2FBVA 3DYAA 1JL1A 4CJLA 1NJWA 1RDDA 1XHXA 4CEQA 4FLTA 1T8EA 4FJIA 3QERA 1NKCA 4C8KA 1RBSA 4FVMA 2NUBA 3HPOA 4FLXA 4CJ4A 1BHLA 4FJ8A 1NOZA 3KLHA 1N5YA 1U49A 1UAXA 4O44A 1QTMA 4C8LA 3HSTB 4DFKA 3U6FA 3CM6A 2YV0X 4ID5A 1L3UA 4M3TA 3EYZA 3NBPA 3C6UA 3DLGA 1TL3A 3ZT3A 2XY7A 1CXQA 3OS2A 2YNIA 1XI1A 2E6LA 3IG1A 4BWJA 3SQ0A 1S9EA 2G8IA 4CEOA 4AILC 4AHRA 1RTDA 3KJVA 5J1EA 4CCHA 2OPRA 4M45A 3K5LA 3QETA 1K6YA 1J53A 2FBYA 3C6TA 1FXXA 1HJRA 1RTHA 4C8NA 1ZYQA 1HRHA 4DQIA 1VSIA 3K5OA 4O0JA 2W42A 4JRQA 3V9UA 4E1MA 3SUQA 4DS5A 3RR8A 2FBXA 4CK1A 4OLBA 2HHSA 1RBTA 3O4QA 3RTVA 1BQMA 3THVA 3ZT0A 1RDCA 1X1PA 3I8DA 4CHZA 1N6QA 3ZSXA 4G1QA 4M42A 3O3GA 2PYJA 3SV3A 4E3SA 3DRRA 3PUFA 3O3HA 1KFSA 3NFAA 4DQSA 4DWIA 4FJ9A 1S9GA 3SPZA 2YKNA 3TANA 1C1BA 4ZHRA 3ZT1A 4I7FA 3WNFA 4CHNA 4I2QA 1GOBA 4E89A 4EZ9A 3LALA 1NK9A 1ASWA 2G8HA 1DTQA 3QNNA 3PO5A 2IGIA 4FW2A 4KI4A 2KFZA 4W5TA 4CEDA 1FKOA 3K5MA 1QQCA 3LWLA 3ITHA 2XO7A 1NOYA 2YNHA 3QINA 1JXBA 2ZD1A 2BANA 2OZMA 3QO9A 2AJQA 1JLAA 5J2NA 3TI0A 2X78A 3WNGA 2DTUA 2IOCA 2HNDA 4HHTA 2E6MA 1ASVA 2FBTA 3ASMA 1HYSA 2F8SA 4CK3A 3PO4A 1RT7A 3AO5A 4FJMA 1NK5A 3VQAA 2B5JA 3QIOA 4CF8A 4FJGA 4FJHA 2D0AA 1TKXA 3OS1A 3SQ4A 1NK6A 1ZBIA 1YVUA 3ZSQA 1GOCA 1KLMA 4FZYA 1XHZA 3CFPA 3QIPA 5I42A 3K58A 4F2SA 1TKDA 4Y1DA 3SCXA 2P1JA 4CIEA 4M3YA 1B92A 4CJEA 1VSJA 4BDPA 1BISA 2X6SA 1TL1A 3AA5X 1W0HA 3SV4A 2ATQA 2XRIA 4CGHA 4CHYA 1S6PA 3S9HA 3MEGA 3KK2A 4FCYA 2ETJA 4CESA 2R7YA 3WNHA 3V81A 2D5RA 4KHQA 5SWMA 4CJ5A 4E7HA 1SL0A 3M8QA 4KHSA 1J9AA 4OLAA 2X74A 3HT3A 4KTQA 2D0CA 2HVIA 1IH7A 3QEPA 3D45A 5KI6A 4CJPA 4FK2A 3NH2A 2VWJA 3EZ5A 2Z1GA 3DLBA 3NGZA 1TV6A 1Q8IA 3AA4A 4FLYA 3AA3A 3VQEA 1VRUA 4B08A 4CJQA 1LW0A 4DTJA 4CF0A 1X9MA 3LAKA 4ICLA 5KGXA 4L8RB 1D9FA 1WSEA 1NK8A 1CLQA 1TGOA 3CQ8A 4Z4IA 3U3YA 1QSLA 1S1VA 1TAUA 2HVHA 4FZXC 4DSIA 5CYMA 4CF1A 1CZ9A 5C24A 1RBUA 3SJJA 4B8CA 4DTPA 5HRRA 3U3GA 1JLBA 2RN2A 4M3ZA 1I39A 4LH4A 2G8FA 5FRMA 1GOAA 3DLRA 3P1GA 4AHCA 3CFOA 2IAJA 1Q9XA 3OYBA 4F3TA 3QNOA 2HHWA 4DSEA 1VSKA 3DLHA 4RW9A 1TKZA 1RDBA 2XY8A 4CGFA 3KD1E 1ZBHA 1JL2A 3LANA 4O4GA 3VQCA 4EP4A 5T7BA 3JSMA 1EXQA 4IFVA 3S3OA 4CJWA 3I0RA 3OYCA 3L8BA 5J2QA 4CEEA 4LD0A 1W9HA 2DFHA 3HVTA 3M8PA 2IDOA 4DF8A 1U47A 1T05A 4N76A 5J2MA 2EX3A 4NYNA 3AVHA 3ZCMA 1TKTA 1NJYA 1BIUA 1HMVA 2EHGA 3F9KA 4LY7A 4DU1A 4CFCA 4E1NA 4HVJA 4ELUA 2DY4A 3B6PA 1Y97A 5FDLA 3ZSVA 4Y1CA 3HP6A 3L2VA 4DS4A 4WE1A 2BE2A 2XY5A 4NCBA 3VQQA 1SKRA 4JS5A 3K2PA 4CFBA 4HTUA 1LV5A 1JXEA 4OGEA 4CK2A 3OYFA 4CECA 3DLEA 3ISNC 5HRSA 2KZZA 3KK3A 3LPUA 4E7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UQGA 1MA9B 2E8AA 3TAMA 3O9SA 4MLEA 3E9OA 4ILJA 1NK7A 1WSHA 1X9SA 4CZEA 2D0OA 4N47A 1CXUA 4K8ZA 4CBUA 3Q7CA 2PBDA 1J54A 1FK9A 4K42A 3MX2A 2E88A 5EY4A 3BP8A 2JWKA 4CJUA 3V9WA 4B3MK 2WOMA 3O4WA 1KAXA 3NH0A 1XMQK 3LP1A 1RDUA 1WAJA 4CEAA 1WB9A 2UUAK 4OPHA 3J81O 2B4JA 4JI4K 3CCQN 2DFFA 4DMNA 3PIPL 3KHYA 2NNWA 3V9ZA 2KQ2A 3WUHA 4NLCA 3TARA 4FZZA 1K8AO 1NJIO 2OPQA 1BDGA 5BN9A 4KPYA 3R9PA 5C42A 4DHYA 4V19S 4QAGA 1NNEA 4EAHD 1S1UA 5FROA 4K25A 3NHGA 1D5AA 5HRNA 5JLHA 5CR4A 3V9XA 3E1YA 3PY8A 4WQ4A 3PIOL 1IKVA 2W6LA 1HQUA 1DKGD 2AA4A 5AQFA 4B1YB 3T3FA 2Q0UA 4FM2A 4FW1A 3MEEA 4DUYK 3VEVA 5B8HA 4F9OA 1OKJA 2UXBK 1Q18A 1K8KB 3VN5A 1NGFA 4I9QA 4BRHA 1NJZA 1F21A 2Y1IA 3IRXA 4M3WA 4FL9A 1Z26A 2QTDA 1RT2A 3HO1A 4RG8A 4DQQA 1S1WA 3CCUN 1BI4B 4WQ5A 3JYTA 1NMNA 1DEJA 3CJ7A 3QBWA 3L3VA 1ASUA 1XWLA 1GLFO 3B8AX 5HROA 4F2RA 1C0FA 5C0YA 3CETA 3OJSA 1VQON 4HCBA 3CIPA 5C2DA 3NDKA 5KPTA 1MWMA 3ULEA 1C0GA 5AZIB 3L3UA 2D0BA 5AQTA 3QLHA 1N34K 3VGKA 4YNQA 1D9DA 3AO1A 1V4SA 3MCPA 4H03B 5EU7A 4IOAL 3DOLA 4GV3A 4IXCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KK2 A;  1SQK A;  2ETJ A;  1TUY A;  2FSN A;  4KHQ A;  1HKG A;  3ZET B;  1SL0 A;  4MO4 A;  4KHS A;  4OLA A;  2O8F A;  3HT3 A;  3VF6 A;  4NXN K;  3WXJ A;  4H0V B;  5KPR A;  4FK2 A;  2VWJ A;  1TV6 A;  3AA4 A;  4HTL A;  1BA0 A;  3VQE A;  4B08 A;  1X9M A;  3LAK A;  4ICL A;  1KQS M;  2YI1 A;  4A57 A;  3U3Y A;  1S1V A;  4DSI A;  1TYQ A;  4H0P A;  2VQF K;  3CCM N;  5HRR A;  1JLB A;  2RN2 A;  4PHT X;  4LH4 A;  4AHC A;  3DJC A;  2NRT A;  3OYB A;  1E4G T;  4F3T A;  4DSE A;  1TKZ A;  2UU9 K;  1ZC6 A;  5BRH A;  4EP4 A;  3I0R A;  3OYC A;  1I94 K;  4GNI A;  4LD0 A;  1W9H A;  3M8P A;  1U47 A;  3HM8 A;  3JAM O;  5J2M A;  2EHG A;  3FZM A;  4DU1 A;  4E1N A;  4HVJ A;  3A8Y A;  1ATN A;  3ZSV A;  5BPM A;  1BUP A;  3VQQ A;  4JS5 A;  2A40 A;  3K2P A;  1HPM A;  1G99 A;  3KVG A;  4CK2 A;  4JKA A;  2Q2R A;  3CCE N;  3DLE A;  3ISN C;  5HRS A;  2KZZ A;  3KK3 A;  3AAR A;  1VQ8 N; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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