The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF6 K; 2UUB K; 4GKJ K; 4CVN E; 2UUA K; 4DV4 K; 1HNZ K; 3OTO K; 5FLX O; 4AQY K; 4LFB K; 4DV5 K; 4JI4 K; 4DV6 K; 4B3R K; 2ZM6 K; 4CW7 B; 5LMN K; 4LF9 K; 3J81 O; 4DR3 K; 5LMU K; 1IBL K; 3J7Y P; 1J5E K; 4V19 S; 3J7A P; 4B3S K; 2F4V K; 4DR4 K; 4LF8 K; 4JI6 K; 4NXM K; 4DR2 K; 1I94 K; 4LF7 K; 5A2Q O; 4GKK K; 1XMQ K; 4DV7 K; 4YHH K; 4JYA K; 4DV0 K; 5LL6 Z; 4DV1 K; 2UXC K; 2UUC K; 4LFC K; 1HNX K; 2E5L K; 1XNQ K; 4DR6 K; 2UU9 K; 1N36 K; 4JI0 K; 2VQE K; 1XMO K; 4X65 K; 3T1Y K; 5IWA K; 1FJG K; 5IT9 O; 4LF5 K; 4JI2 K; 4JI7 K; 4LFA K; 4JI1 K; 4DUY K; 1N34 K; 4K0K K; 1N33 K; 4OX9 K; 1XNR K; 4X62 K; 2VQF K; 2UXB K; 4JI8 K; 4B3T K; 5AJ3 K; 4X66 K; 3T1H K; 1N32 K; 3JAM O; 1IBM K; 4B3M K; 3J80 O; 1HNW K; 4DR1 K; 4DV3 K; 4JV5 K; 4JI3 K; 4YY3 K; 4DR5 K; 4X64 K; 4LF4 K; 2UXD K; 1HR0 K; 1IBK K; 2HHH K; 4NXN K; 4KHP K; 4JI5 K; 4DV2 K; 4DR7 K; 5BR8 K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ASP A; 2NRH A; 1VQM N; 3V1O A; 1RTH A; 4H0Y B; 3KLI A; 4JS5 A; 4A61 A; 3WXK A; 2D1K A; 4A57 A; 3OTO K; 3SMP A; 4LFB K; 3CCE N; 2OAN A; 4OPJ A; 2O8E B; 5GIP A; 1BA0 A; 3VQD A; 3HZ6 A; 3G6E N; 4JK7 A; 5BPL A; 4FJN A; 4DSF A; 4CW7 B; 4NB4 A; 3A5N C; 3J8A A; 1U4B A; 4CJL A; 1XUP O; 1HNV A; 4JRP A; 1L3V A; 3PY8 A; 1NK6 A; 2DFH A; 3TI0 A; 3SUP A; 4ILH A; 2Z1J A; 4CZL A; 5C15 A; 4QS7 A; 3M8R A; 3VQ5 A; 1N8R O; 1SL1 A; 3OYM A; 2QXL A; 3TAR A; 5E84 A; 3CFR A; 2XY6 A; 2HF4 A; 2QI2 A; 1U2V B; 3C65 A; 4FJ5 A; 1NK8 A; 3F73 A; 1TVR A; 4M3W A; 3GE1 A; 1OH6 A; 4X65 K; 4IO9 L; 3AGR A; 2OZS A; 3ISN C; 5JIC A; 3C94 A; 1HYZ A; 4W5Q A; 3HRG A; 2YHW A; 5FRM A; 1BI4 B; 3SV4 A; 3QDK A; 3CPE A; 4K0K K; 1B9D A; 1EX4 A; 4JKC A; 4WQ5 A; 4FJI A; 1N32 K; 1NGI A; 1JLA A; 4HTL A; 3C6U A; 4H0O A; 4O5F A; 2X78 A; 4BAC A; 1ATR A; 4Y0W A; 3U9D A; 3QET A; 4DQS A; 5BRH A; 3THW B; 1EQY A; 1NK7 A; 2OTL N; 1CXU A; 1ZBH A; 1IKY A; 2DTU A; 3TAG A; 2EWS A; 1C1C A; 1S1U A; 2JWL A; 4AH9 A; 4DR7 K; 2YJE A; 4JHD B; 3HOS A; 4FW2 A; 1LW2 A; 1GOB A; 3FZM A; 3QB0 A; 1BHL A; 3HP9 A; 3OYK A; 2UUA K; 4M3U A; 3GOI A; 4AQY K; 3A0I X; 3QEW A; 3EE9 A; 4DV5 K; 5FPM A; 1SAZ A; 4KAZ A; 3HO1 A; 1VQP N; 1WAF A; 3TAQ A; 1D9D A; 1JXE A; 4KI6 A; 1HMV A; 3VF6 A; 3HOT A; 4CFB A; 2IGI A; 2VG7 A; 3EO3 A; 4KB1 A; 3J7A P; 2KHO A; 2G8F A; 4DQI A; 3L8B A; 3ZX0 A; 2QKK A; 1SKS A; 5KQ8 A; 1E4F T; 4LF7 K; 2E8A A; 3SI6 A; 3VQ6 A; 1D9F A; 3QEX A; 4YHH K; 5LL6 Z; 4JKB A; 4DV1 K; 3EE8 A; 1RGI A; 1JL2 A; 3SQ4 A; 2NRR A; 4B9M A; 2ZJP L; 3BZC A; 2G8H A; 1C0G A; 4UY8 O; 1RBV A; 3HSC A; 4CZJ A; 1HQU A; 5BPN A; 5IWA K; 4DWI A; 4DTU A; 3FGU A; 4IOX A; 2ITM A; 1ITG A; 2KQ2 A; 4CFD A; 1IG9 A; 4LSN A; 3AAP A; 5SZT A; 4DSL A; 5C42 A; 3AO4 A; 4M3T A; 1TK8 A; 2AP1 A; 5BR9 A; 4B1Z A; 3WNF A; 3I0R A; 4DUY K; 3CCS N; 3CJ1 A; 3SCX A; 1T8E A; 3EEQ A; 4B1X B; 4CER A; 2A41 A; 1J9A A; 3L2R A; 1YTA A; 2ZGY A; 1BO5 O; 5JS2 A; 4HCB A; 2IDO A; 3K5M A; 1GLA G; 3K5N A; 1HRH A; 1K6Y A; 3HJF A; 3VQA A; 3PIO L; 4IFV A; 1O1W A; 1RFQ A; 2E2P A; 3O80 A; 4FSV A; 3L2W A; 1WB9 A; 4ISE A; 4CEO A; 3AV9 A; 3OS1 A; 2F96 A; 5KPZ A; 2D0P A; 3MN6 A; 4FJX A; 3A8Y A; 4A5B A; 4YOY A; 4EZ9 A; 4EHT A; 3O4Q A; 5MLC Q; 3MMV A; 1J6Z A; 4KKO A; 4CIE A; 4FLV A; 4XEI A; 1CXQ A; 4JLH A; 3WNH A; 3RR8 A; 2ZJR L; 3L3U A; 4DUZ K; 3DXK B; 4WFA L; 3O6W A; 5AQP A; 2NUB A; 3NBP A; 5J1E A; 4LF6 K; 3QES A; 2P51 A; 3TR8 A; 4E1M A; 3NCI A; 2HMP A; 2Q31 A; 4I6M A; 4DTX A; 1CZ9 A; 2HBM A; 4AM7 A; 4Z4F A; 2RHK A; 1VRT A; 4FK4 A; 2E1Y A; 3QIO A; 2Z1I A; 3MN5 A; 4CJK A; 4E7H A; 5AQZ A; 1J5E K; 3L4I A; 4G1Q A; 5GAE P; 5KI6 A; 3AO2 A; 4DU3 A; 1JLQ A; 1QQM A; 1MDU B; 3KK3 A; 3NF8 A; 3IS9 A; 1E3M A; 3VEY A; 1JLE A; 4IJN A; 3OA9 A; 4CGG A; 4ID1 A; 1T7P A; 3DAW A; 3H1V X; 1RT3 A; 5M1K A; 4O5B A; 1RTD A; 1C0M A; 4KBO A; 1Y97 A; 4CF8 A; 3KWG A; 3R9P A; 5J2M A; 3CCL N; 3CQX A; 1MWM A; 3O4W A; 4NCG A; 3F2K A; 1HUX A; 3ALY A; 4YOR A; 1BIZ A; 4ISF A; 2OPP A; 1S1W A; 2QWQ A; 5C12 A; 2HBL A; 1N33 K; 4CD3 A; 1NOY A; 4B3T K; 2B6A A; 2VWB A; 4BG9 A; 3BF3 A; 1NGD A; 1VSF A; 3DXM A; 4DSJ A; 4JI3 K; 2GBZ A; 2P1J A; 1H1V A; 4B9S A; 1WSI A; 3AAR A; 4DR5 K; 4X64 K; 3U4L A; 3ZSX A; 1KSP A; 4YOT A; 2HVI A; 1HLU A; 1C6V A; 1NJZ A; 1X9W A; 1SL0 A; 1QSS A; 4FWR A; 4DTJ A; 1TK0 A; 4FWL A; 1KAX A; 1JCE A; 3CET A; 2XHB A; 2FXU A; 2DFE A; 4M3R A; 3BF1 A; 4E7L A; 4BRH A; 3RSE A; 4FJK A; 3OW2 M; 2Y1J A; 4H0T B; 5CHI A; 3G10 A; 4CJF A; 3ZLJ A; 4OO1 J; 4CZG A; 3AVK A; 4KHY A; 1HNZ K; 3ZET A; 5FLX O; 3WXJ A; 5CR4 A; 2PYJ A; 4XH1 A; 1RT1 A; 1VSL A; 3TAN A; 4JD2 B; 4C8N A; 5KRS A; 3HM9 A; 1IBL K; 3HM8 A; 1NKE A; 4C8K A; 2X74 A; 4CK2 A; 2O4I A; 4B9V A; 1QSL A; 2NRX A; 3VET A; 4FJJ A; 4FJL A; 1T44 A; 5FRO A; 4CHQ A; 5AQI A; 2W6K A; 3F9K A; 4O4G A; 3VEN A; 4CEZ A; 4C1N K; 2NRZ A; 4E7K A; 1JLF A; 5BN9 A; 1YIT N; 4FWN A; 1XNQ K; 4DR6 K; 3C7N B; 3NF6 A; 4O0I A; 2R7Y A; 3CME N; 3O08 A; 3NHG A; 4BRP A; 1U48 A; 3DOK A; 2A40 A; 3MEC A; 3OBW A; 3AA2 A; 3D2E A; 1VQ8 N; 3UKR B; 3E01 A; 1XC9 A; 3S3O A; 3OYJ A; 4CEA A; 4KRE A; 1B9F A; 3M8P A; 4BRL A; 2XY5 A; 1RT2 A; 3AA4 A; 3VQ9 A; 3CJC A; 3EZW A; 4DS4 A; 3OS2 A; 3U3G A; 3VOV A; 4CGF A; 5AQS A; 2G8I A; 1NG9 A; 1UAX A; 2VG5 A; 4WQ5 C; 4EFH A; 1NKB A; 3SUN A; 1CZB A; 1YJW N; 4B1W B; 1NNE A; 4NLB A; 3MX5 A; 2KLA A; 3J80 O; 1HNW K; 4BC5 A; 2Q2R A; 1X1P A; 4DHY A; 4MDA A; 3DLR A; 1B92 A; 3WQT A; 4BY9 C; 2RKI A; 1ASW A; 1W9H A; 5KRT A; 4LF4 K; 2F8T A; 3W0L A; 1LCU A; 4B1V A; 3VES A; 3MWT A; 4I2Q A; 1TK5 A; 1NGH A; 5CY4 A; 1NGG A; 3A5M C; 1REV A; 2HHV A; 2B4J A; 1O13 A; 5AQR A; 1X3M A; 4IEI A; 4BVO A; 4B9N A; 5HRO A; 1U2V A; 4AIL C; 4BRC A; 1S5J A; 3MXM A; 1S9G A; 3T1A A; 3T7Z A; 1RDA A; 3EKU A; 2W42 A; 3VTI A; 3PO5 A; 4WF9 L; 4RWT A; 1Q9Y A; 5LJV A; 5LMU K; 1VAZ A; 4FM1 A; 4ILJ A; 2FLO A; 2GEL A; 3NGZ A; 5KGX A; 4B08 A; 1BI4 A; 2I7N A; 5JMV A; 2CGJ A; 4FLY A; 2ZJQ L; 4CZE A; 3AO5 A; 2A1R A; 5FPD A; 5LY3 A; 4CIF A; 4Q0B A; 4DV7 K; 2YX6 A; 1FKP A; 1C0F A; 4WCE L; 2UXC K; 3K9K A; 4BQZ A; 4H8K A; 1SZ2 A; 1HNX K; 4BRF A; 1GLF O; 2YNH A; 2WC9 A; 3THX A; 4CJ3 A; 2NRV A; 2P5G A; 4TSX A; 3ZSY A; 4EZ6 A; 4JI0 K; 3ZSQ A; 4W5O A; 3UKU B; 4RG8 A; 2IVP A; 2D0A A; 2FBV A; 4CJ5 A; 4O8K A; 2G8V A; 1WNS A; 2HB5 A; 4JI2 K; 3FZL A; 3WXM B; 4JHD A; 4IFE A; 5E41 A; 4XIU A; 4KHN A; 4FVU A; 4WQ4 A; 4QS9 A; 3LDS A; 4E7J A; 3RSE B; 1CLQ A; 3S3N A; 3K9J A; 2UXB K; 2E1Z A; 4BRE A; 4JKF A; 4JKH A; 1BG3 A; 2QWP A; 3SQ0 A; 4BVP A; 1V4S A; 4M3Z A; 3AVC A; 1TL3 A; 4IG3 A; 1HYS A; 3ENO A; 1G15 A; 3OHR A; 3BP8 A; 2FBX A; 3DRR A; 3FFI A; 3NDK A; 2QWM A; 4OVL A; 4BWM A; 3OJS A; 4DU4 A; 4MO5 A; 3ULD A; 3CC4 N; 3VGK A; 4FPB A; 1VSI A; 4JKG B; 3M8S A; 4H03 B; 2Q0U A; 4CJ7 A; 1VQ4 N; 4FLT A; 4DS5 A; 4NLC A; 1SL2 A; 3NH1 A; 1EWQ A; 3CJB A; 3EYZ A; 1X9J A; 3AGK A; 2XRI A; 4IJA A; 2P9L A; 3T69 A; 1WBB A; 3D2E B; 2QXF A; 5HL7 L; 4BG8 A; 3ZSO A; 3J81 O; 2FSK A; 4CBX A; 4K8X A; 4U7B A; 3SK3 A; 3QFU A; 1KFS A; 3U9Z A; 2ASO A; 1TUY A; 4UQG A; 1YT3 A; 2IOC A; 3SAG A; 4A5A A; 3PSF A; 4JS4 A; 3V6D A; 2BUP A; 4BRM A; 2FSJ A; 1HNI A; 3KKS A; 5K14 A; 4CZH A; 3AVB A; 4CF2 A; 2NNW A; 3PIP L; 3PSI A; 4HCC A; 4DF4 A; 4BC4 A; 1XQS C; 2G8W A; 3V9U A; 5I3U A; 2HST A; 4F8R A; 2LSN A; 4E7I A; 1C1A A; 4LH5 A; 4DTP A; 2P9I B; 3A5O C; 1SV5 A; 4FWK A; 4LH4 A; 3PO4 A; 4ELV A; 4RW8 A; 1QQO A; 2V52 B; 3Q7C A; 4GMJ B; 2HOE A; 4F4K A; 3PX6 A; 3DXK A; 1YF5 L; 2E2O A; 2VG6 A; 4FO0 A; 4OKE A; 4Z4C A; 3OYA A; 3Q7B A; 3C0B A; 3NGI A; 5AQJ A; 4DFM A; 4CJQ A; 5AZI A; 2Z1H A; 2O8D B; 2EHG A; 1DTT A; 2P9P B; 2KTQ A; 4YOV A; 3A2F A; 2WUS A; 2FF6 A; 4PKI A; 2G8U A; 5HRS A; 5CZ1 A; 4PWD A; 1QTM A; 4F9O A; 3C6A A; 3CPW M; 4JN4 A; 1JJ2 M; 3LM9 A; 2XY7 A; 1SKW A; 3CCR N; 4I7F A; 3G71 N; 4FZX C; 3CM5 A; 3ZSR A; 1I3A A; 2YI1 A; 3QEV A; 4FJ7 A; 4GKJ K; 3O4N A; 3THX B; 2OPS A; 2XY8 A; 4YOU A; 2HHU A; 1VHX A; 5KGW A; 4CED A; 3H46 O; 2A3Z A; 1BWF O; 3O8M A; 3MAQ A; 3VQE A; 2ZM6 K; 4GVM A; 2HF3 A; 2CGL A; 3DLL L; 3CJ7 A; 1OH8 A; 5M1O A; 4Z4H A; 1WSH A; 4JI6 K; 2E88 A; 1T6D A; 3PX4 A; 2Q36 A; 1XMQ K; 1HPM A; 1YXQ A; 4OLA A; 2UYT A; 1BGX T; 2QKB A; 1D4X A; 5CZ2 A; 4CEE A; 5AFU A; 1NBW A; 1LWF A; 3V4I A; 2E5L K; 4FWO A; 1YUW A; 1L3S A; 4N47 A; 4LY7 A; 3O3F A; 3GL1 A; 1OVQ A; 1L3U A; 1WOQ A; 2P9U A; 2HNZ A; 5J2P A; 1T05 A; 3LPT A; 2YJF A; 4BRA A; 1KD1 O; 3HPH A; 2JWK A; 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5TKW A; 1KVC A; 3HVT A; 3FZH A; 5KTQ A; 2Q3S A; 4RW6 A; 1BDG A; 3L3V A; 3FE1 A; 1YIJ N; 1WAJ A; 4XH4 A; 3NFA A; 4M3Y A; 3CYM A; 4F3O A; 1FKO A; 5F1X A; 1WSE A; 1TKT A; 5C0Y A; 4JI1 K; 1TKX A; 5KPT A; 3QNN A; 2QWR A; 4WQ4 C; 4CZF A; 4KHS A; 4ELT A; 1RBT A; 3O3H A; 3WUH A; 3ZEU A; 4OPH A; 3R6M A; 1RCH A; 3DWL A; 3HBT A; 3MCP A; 1WLJ A; 3GBT A; 2OPQ A; 3R1X A; 2RN2 A; 4J2D A; 2JGU A; 3OYI A; 3H3N O; 4CEB A; 4A59 A; 2P5O A; 5JVG L; 3S9H A; 5J2N A; 3KD5 E; 3KLE A; 3O5B A; 3CC7 N; 3WNE A; 2F9W A; 1U47 A; 4O44 A; 1TUU A; 3RWU A; 1RBS A; 3LM2 A; 4PL7 A; 5ADX H; 3MDQ A; 2A5X A; 3VF2 A; 1BA1 A; 5CYM A; 1J53 A; 5AQL A; 1UOC A; 4HUG A; 2ASM A; 5AQW A; 1W7A A; 3K0S A; 4MO4 A; 3CF5 L; 4DV4 K; 1M1K O; 3IUC A; 3UKU A; 4F2R A; 1LWC A; 2D4W A; 4CF9 A; 4WFB L; 1YVU A; 2P9U B; 4CEQ A; 2O8F B; 3LAL A; 3K2P A; 4EP5 A; 1ZYQ A; 1NK0 A; 3CCV N; 3LL3 A; 1JCF A; 2IIR A; 4O55 A; 4B9U A; 2GEM A; 1IJJ A; 3EL2 A; 1NGF A; 3MWP A; 4ZHR A; 4E19 A; 1A5X A; 4B9Q A; 1UA0 A; 3ENB A; 3UB5 A; 3ASM A; 1VQN N; 4DV0 K; 3HXM A; 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