4CIEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 146
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cieA00
3L2VA 2BANA 3VQQA 4KHUA 3FFIA 4CEZA 3OS2A 3H08A 4YNQA 3AVKA 4DFMA 3RMBA 4DTJA 1C0MA 3F9KA 4HUEA 4NCGA 4DF4A 3SNNA 4CJFA 4KTWA 5HRNA 4LSLA 4DTXA 1JXEA 2HNDA 3SZ2A 1NK5A 3RWUA 1RBRA 3AO4A 1FK9A 4DQPA 1S1VA 2WOMA 3NCIA 2Z1JA 3QNOA 2G8HA 1RT3A 1S5JA 3OYBA 3QEWA 1WSGA 3SCXA 1S1TA 5SWMA 4ICLA 3LZIA 2XY5A 3VQ5A 3EZ5A 4I9QA 3QESA 5I42A 1U48A 1B9DA 5EU7A 1XHZA 4C8LA 3NGZA 1NKEA 3V4IA 3DI6A 3SUQA 2A1RA 4CECA 5J2PA 3LAMA 1RTIA 4AHUA 1SKSA 2I5JA 1S1UA 1QTMA 4FK2A 4DTUA 4FLYA 1QSYA 4DWIA 3HVRA 4FLVA 3G0ZA 2KFZA 1QE1A 3QO9A 3WNGA 3V9UA 3LP0A 4CK3A 4OGEA 1NK6A 1GOBA 1HYVA 4H4MA 4C8OA 2QKBA 1UOCA 2VG6A 4LD0A 1R0AA 3P1GA 1XI1A 1J53A 3QEIA 3NF8A 4IKFA 1LAVA 4FJGA 4KI4A 3V1RA 1TAUA 3VA3A 4DTRA 4CK1A 4FJ5A 3QINA 2ZD1A 3SQ2A 2X6SA 4J2DA 5JS1A 2XY8A 3ZSRA 2D0CA 1TAQA 1VSEA 2YKNA 1QQCA 4FCYA 2IS3A 4DU4A 1Z25A 2Z1GA 3EY1A 4DQQA 4FJ8A 2P5GA 1VRTA 4LH5A 1RBVA 3MXMA 3VN5A 3F73A 4DSJA 4M45A 5HLFA 3OS1A 3OYJA 1LWEA 3NH2A 2FC0A 4DTNA 1VSIA 2RPIA 4BE0A 4DS5A 4CF8A 4C8KA 4BDZA 3C6UA 4JS4A 4B9TA 1L3VA 3HVTA 3V1QA 1SKRA 1KLNA 4KAZA 3CQ8A 1J9AA 1EKEA 2GBZA 3VQ9A 1J54A 3QLHA 5KGWA 2GUIA 4W5NA 3HP9A 1IH7A 2Y1JA 4FJJA 2D5RA 4Y1CA 3U3GA 3DYAA 3RRHA 3ZT1A 1KVBA 2HHQA 1BGXT 1F21A 3AO1A 3CFOA 5KTQA 1LV5A 1UA1A 2DY4A 3WNFA 3CM6A 3V9SA 4B9SA 4B9VA 4KFBA 1L3UA 1RNHA 1TGOA 3HPOA 1BISA 4Z4CA 3THVA 3AA3A 2LSNA 4ID1A 1NOYA 4B9UA 4CEQA 3ZSOA 4PUOA 3VQDA 1UAXA 3AV9A 5FRMA 3T3FA 3RR8A 4B8CA 4CIFA 3IAYA 4FW2A 3VQAA 1ASVA 3SPYA 2D0BA 1TKTA 4KV8A 3S3OA 5FDLA 3OY9A 2FBVA 4RW9A 2F8SA 1EXQA 2IAJA 3TAMA 4E1MA 2F96A 1GOAA 3ZT4A 3VQCA 4KHQA 1LWFA 4BWMA 3KLGA 1S9EA 4ZTFA 4GVMA 3OS0A 2R7YA 2B4JA 4KPYA 4Z4IA 4CEDA 5HRPA 5DMRA 1VSFA 3TR8A 4I7FA 1WSHA 3O3GA 5J2QA 4M3RA 4W5TA 1QHTA 3I0RA 1ZBLA 4AHCA 1KFDA 1U4BA 4N76A 1JLAA 3WNHA 1YTUA 4DSEA 3QETA 1DLOA 3ZT0A 4M3UA 3ZSVA 1FKOA 3DLKA 1NJWA 2PYJA 3SYZA 4DQRA 4YFUA 3RTVA 4BE2A 4DLEA 3M8RA 4CFCA 4PA1A 3OYLA 4CESA 1D9DA 1I39A 4CCHA 3CYMA 4ELVA 3OYDA 3HK2A 2XY7A 4RG8A 4L8RB 4N41A 1B9FA 3T19A 4CGFA 4E1NA 2Q3SA 3OYFA 3EYZA 1LW2A 4FLWA 1WAFA 1T7PA 1BCOA 1NKCA 3VQ4A 4KTQA 1B92A 3AVNA 2PZSA 2HVIA 3MEGA 4RW4A 4QCLA 3LWMA 2E6LA 4OPJA 3TAQA 4HTUA 3AVIA 3DRSA 4ZHRA 4DSFA 1JXBA 2YV0X 2OPRA 1RDAA 4CF1A 1W9HA 4FW1A 4CF0A 4J2AA 2G8WA 2ETJA 1JL1A 3V9WA 2EHGA 3ASMA 1TK8A 4RW7A 4C8MA 3ZSZA 1CZ9A 4OKEA 1BI4B 4IFVA 3QERA 1Z26A 3LDSA 3NF9A 2G8UA 4KREA 2OPSA 2AJQA 3MEDA 3KLEA 3DM2A 4CJRA 3QIOA 1BI4A 1JLCA 1T8EA 1CLQA 4O4GA 2ITGA 4O0IA 3HT3A 5SZTA 4FM2A 3WNEA 1Q9YA 2HHTA 3ULDA 5C25A 2QKKA 2DTUA 4E7KA 4NYNA 1HJRA 3AVCA 3HM9A 2RKIA 4CHZA 1ZBUA 3PV8A 1RT2A 3RMDA 3ZT3A 1Q8IA 1S1XA 4LH4A 4W5QA 3L3UA 4BACA 4E0DA 1KTQA 2OZSA 1S6PA 1IKWA 4DU1A 1NK4A 3AA4A 4B3OA 3KIOA 3HPHA 3SPZA 1RCHA 3CFPA 3ZSQA 1JL2A 3TABA 1EP4A 4E7IA 1C0UA 1RTJA 5C24A 5J1EA 2G8FA 4JRPA 3NF6A 3JSMA 4ELUA 3G10A 1WNSA 4KB0A 4HCBA 1HQUA 3LALA 3LPTA 3RMCA 4DS4A 1DTTA 3QEVA 1ASUA 4J2EA 5HRSA 3ZSYA 3M8SA 4DG1A 4MQ3A 1XHXA 4O44A 1JLFA 1DTQA 3OYCA 1REVA 5HP1A 1XC9A 3VQBA 2HHVA 2QXFA 2RF2A 3B6OA 3E01A 4FLZA 1SL1A 4ELTA 2JGUA 3AVAA 3NGIA 4KHNA 1BQNA 1IG9A 4DTSA 4KO0A 1X9MA 1A5XA 3M8QA 1WSJA 3C95A 1N6QA 3OYGA 3TWHA 3M8PA 1HNIA 3VQPA 2IOCA 2X78A 4OLBA 1LAWA 1NOZA 3D45A 5J2MA 4JRQA 3SQ0A 1RBTA 3DRRA 4FJKA 4CK2A 1KCFA 1O1WA 1SV5A 1VSJA 2YNHA 1FKPA 2PY5A 2FBTA 1BL3A 1NK0A 4Z4FA 1RT4A 4OPKA 1CXQA 3MAQA 3SI6A 1JKHA 5I3UA 2G8VA 5K14A 4N5SA 2GV9A 4OKJA 4DTOA 4IG0A 1KRPA 4BDPA 2OZMA 4H8KA 3SV3A 1D5AA 1YVUA 4N56A 4DF8A 3D0PA 4IG3A 1QSLA 4FYDA 1TKZA 4CHPA 3KJVA 4B9NA 4FK4A 1QS4A 3SUNA 4ZTJA 1NJYA 3B6PA 1WSEA 4CJPA 4E19A 4I9LA 4BE1A 3HP6A 3V81A 3AVHA 3KD5E 3U3YA 3DLRA 1NKBA 1BQMA 1EX4A 3ZSXA 4HVJA 4I2QA 1KVCA 3OJUA 1NJZA 2BGGA 2EX3A 3A2FA 1TKDA 3DRPA 2D0AA 2FBYA 3SV4A 3NF7A 4M3WA 4CGIA 3IG1A 4CJUA 4FJ7A 3NAEA 1EETA 3AO3A 4GW6A 4JLHA 1G15A 4CHNA 3L8BA 3NH1A 3JYTA 3CFRA 4DFJA 3AVLA 3ZCMA 4F3OA 1C1BA 2YKMA 4R5PA 2HVHA 2P1JA 3OYHA 1W0HA 3NHGA 3RR7A 4IDKA 4C8NA 3NBPA 3P5JA 4CEEA 3KKRA 2KFNA 1ZYQA 3KLFA 4K8ZA 4KHWA 4AHSA 2ZQBA 4FJXA 3ISNC 2G8IA 3KLHA 4E7LA 4DTMA 4KTZA 1L3SA 2E4LA 2FBXA 5E41A 5FRNA 1HYSA 2G8KA 1T05A 4DSIA 4Z4EA 4CJTA 2X74A 3PY8A 3O3HA 4J2BA 5KI6A 3I0SA 3TI0A 1QSSA 1NK9A 4OGCA 4AHVA 2OYQA 1HQEA 4E7JA 4FZYA 1BIZA 2XRIA 3VQ7A 4AH9A 2HHWA 4DSLA 3LZJA 2W42A 4NCBA 1TK5A 4I2PA 1IKXA 1A5WA 1RT5A 3T1AA 4M3YA 2O4IA 1C1AA 3LP1A 1JLBA 1I3AA 4QAGA 4FZZA 4PWDA 4CJQA 1SUQA 4BDYA 2RN2A 1RT7A 1IO2A 3HSTB 4CIEA 4W5RA 1X9SA 3DLHA 4M3TA 3MXJA 1WSIA 4DQIA 1SL2A 3TAGA 4UQGA 2O4GA 4QOZB 4DMNA 1NK7A 4O0JA 3QNNA 4FJHA 3ITHA 3QIPA 2BE2A 2ZE2A 5CY4A 3K5NA 4DSKA 2KW4A 4B9MA 3IS9A 1U47A 3KD1E 3PO5A 1UA0A 3UIQA 3K58A 3AVGA 3K59A 3SJJA 1IKYA 1D8YA 1ITGA 4CERA 2X6NA 2NUBA 4B08A 1HRHA 4B8AB 4N47A 3S3NA 1HMVA 1C6VA 4XIUA 3SUPA 4FM1A 3S3MA 4OKKA 4FJNA 4CGJA 4M42A 4FJ9A 4FJMA 3L3VA 4TSXA 4HUGA 4OJRA 3VQEA 1S1WA 4RW8A 2A1SA 3AO5A 3ALYA 2KQ2A 2Z1HA 4ID5A 3PX4A 3KKSA 3O3FA 4Z0UA 2XO7A 3OYMA 3AA5X 5HRRA 2VWJA 3CM5A 1CZBA 1JLQA 3PX0A 2P51A 4FZXC 5D3GA 4KHSA 2B5JA 4CJWA 1KFSA 3HYFA 4M3XA 1IKVA 4DQSA 5FROA 2XY6A 1FXXA 4F2SA 1VSKA 4E89A 1A5VA 4Z4GA 1ZBHA 4Z4HA 3V9XA 2IC3A 1LW0A 5HROA 1MU2A 2VWKA 3KK1A 3NDKA 2Y1IA 4KB1A 4CFDA 2PYLA 4KI6A 3OJSA 2HNZA 4KRFA 4CHQA 3HO1A 3AA2A 1C1CA 4FVMA 3ZT2A 3LP3A 4CGGA 4M3ZA 4O55A 5KGXA 4HCCA 3NH0A 1RDBA 3NE6A 3VQ6A 3V9ZA 1ASWA 3AVBA 3K5OA 3PO4A 1TL3A 3VA0A 2KTQA 3IRXA 2YHBA 1CXUA 1TVRA 3LPUA 3VQ8A 4CJEA 4EP4A 4CHYA 1SL0A 4Q5VA 3PUFA 4CJLA 3TARA 1L5UA 1RT1A 4E7HA 3AVMA 4MFBA 4AHRA 4CJ3A 1VK0A 5CYQA 4O5BA 3KTQA 2P5OA 2B6AA 1VSDA 1RT6A 2YNIA 2XHBA 1T03A 1S6QA 4DLGA 2E6MA 3C94A 3TAFA 1RBUA 4LY7A 3U6FA 1VSLA 3SQ4A 4JS5A 3RRGA 1WSFA 4LSNA 2HHSA 1RDDA 4FLTA 4BWJA 1JLGA 3HPGA 3OYEA 2IDOA 2HNYA 3DLEA 4IFYA 3TAPA 1BIUA 2DFHA 1K6YA 4CGDA 1U45A 4IBNA 1X9WA 1N5YA 3O4NA 1XWLA 4NYFA 3OYIA 4Y1DA 3TANA 1RDCA 5KRTA 4CFAA 4NCAA 3V1OA 4E3SA 1UWBA 4CFBA 3K57A 4FLUA 1WAJA 3C6TA 4CJ5A 3NGYA 3P83D 4GMJB 5C42A 1TV6A 1BCMA 3KLIA 2OA8A 4F3TA 4HUFA 4PQUA 5J2NA 4AILC 4B9LA 3OYKA 4HHTA 4DU3A 5CZ1A 2VG5A 1VSMA 1YT3A 4OLAA 5HBMA 1C0TA 4F8RA 1HYZA 3AVJA 3K5LA 1NK8A 1Q9XA 3K2PA 3HL8A 3OYAA 2HMIA 4EZ6A 2F8TA 2YNGA 3NFAA 3ZSWA 4W5OA 3CG7A 4OVLA 3MXIA 4DFKA 1RTDA 2OPQA 2ATQA 1LWCA 4H4OA 4AHTA 3MECA 1Y97A 1VSHA 4CJVA 2BDPA 1RBSA 5JS2A 1KSPA 4FK0A 3LANA 2HHXA 4CEAA 1HPZA 1RTHA 3QEXA 4FJIA 3I8DA 4CIGA 3O4QA 2WONA 4CF9A 4Q0BA 4RW6A 4CEFA 3BGRA 3LP2A 1KLMA 1GOCA 3KK2A 3DMJA 4G1QA 1TK0A 1D9FA 4FM0A 3BDPA 4K8XA 1X1PA 4DFPA 4PY5A 5DK5A 1YTAA 3HJFA 3OVNA 2VG7A 3L2QA 5KRSA 4KKOA 1VRUA 4FLXA 3LWLA 3AVFA 4CE9A 3V6DA 1TL1A 5T7BA 2KZZA 4CHOA 3LAKA 3RMAA 1NJXA 2DFFA 1WN7A 5CYMA 1S9GA 2YNFA 2HB5A 3L2UA 2YHAA 4F4KA 3SQ1A 3KK3A 5CZ2A 2Z1IA 3MEEA 1ZBFA 2IGIA 3QEPA 4CGHA 1SKWA 4KHYA 2QK9A 4CJ4A 3DOKA 1WLJA 1TKXA 1BHLA 4CEBA 3SUOA 1U49A 1JLEA 3DOLA 3K5MA 4CF2A 3OYNA 1HNVA 2DFEA 4CJKA 1L3TA 3TAEA 4EZ9A 1ZBIA 3DLGA 4DTPA 4M41A 3DLBA 1RILA 4FXDA 2OPPA 3L2WA 4WE1A 1J5OA 2HW3A 4FJLA 4EP5A 1U04A 3L2RA 2JLEA 3PX6A 4CJSA 4F2RA 2KZMA 1KVAA 3S9HA 4CEOA 3HXMA 2HHUA 3AO2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7TA 3L2VA 2HBMA 3VQQA 5IWAK 4KHUA 3OS2A 3AVKA 3RMBA 2Q0RA 1C0MA 1TUYA 3F9KA 1NGCA 4NCGA 4KTWA 4JKDA 3H1VX 1RGIA 3NCIA 4RWTA 1Y64A 1S5JA 1Q82O 1S1TA 3LL3A 4K25A 3QESA 1B9DA 4C8LA 3V4IA 3GL1A 4WQ4A 2I5JA 4DTUA 2UYTA 2YHXA 5AFUA 5AQPA 3G0ZA 1X9JA 2KFZA 3QO9A 1HKGA 3MX5A 5ELZA 4H4MA 5EY4A 3THWA 1KXPA 1BU6O 1J53A 2P9LB 3AGRA 3QEIA 3NF8A 4B3SK 1LAVA 1JCEA 3V1RA 3VA3A 4CK1A 4J2DA 4JV5K 3SQ2A 3FZLA 3CJ1A 1I94K 2XY8A 2D0CA 1VSEA 2CH6A 3O08A 1IJJA 3VMFB 4ILJA 1HKCA 2IS3A 4MLHA 4PKIA 2P5GA 4LH5A 1RBVA 3ATVA 4DSJA 4M45A 4F9OA 4DTNA 2KZZA 3R1XA 4DS5A 2YI1A 5C12A 4JS4A 4UY8O 3HVTA 1SKRA 4KAZA 3CQ8A 1XNQK 1EKEA 3VOVA 4H0OA 2Y1JA 4FJJA 4CBUA 4FO0A 2HHQA 3ZT1A 4FWRA 3BP8A 3CFOA 4B9VA 1IG8A 3QFUA 1L3UA 1TGOA 2LSNA 1HLUA 4Z94A 1TKTA 3S3OA 1G99A 4RW9A 1EXQA 4E1MA 3K9KA 2B4JA 5DMRA 5J2QA 1WSHA 2E8AA 4M3RA 3I0RA 1NGFA 4H5TA 3G6EN 3I55N 3ZETA 4FPAA 3ZSVA 3C7NB 1CZAN 3DLKA 2PYJA 4DQRA 4BE2A 5AZJB 5GIPA 3KWGA 4CESA 4CCHA 3CYMA 2XY7A 3J7ZO 1GLCG 3MN7A 4CGFA 3OYFA 3VTHA 4E1NA 2Q3SA 1LW2A 5AQGA 1T7PA 4A5AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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