The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
|
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus phage g20c
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| total genus |
66
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1P A; 5C12 A; 3C6A A; 5M1N A; 3CPE A; 4IEE A; 4IEI A; 5M1O A; 5C2D A; 5C15 A; 5M1F A; 3C6H A; 5C10 A; 4IFE A; 4IDH A; 5M1Q A; 5C2F A; 5M1K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E6M A; 3VEV A; 2P9S A; 4PKI A; 4AHU A; 3SUP A; 1NGG A; 3H46 O; 4UQG A; 3U3Y A; 4FJX A; 2HMP A; 3QET A; 1NWK A; 1GOA A; 1JXE A; 2ZJP L; 4JI4 K; 1W2B M; 4BQZ A; 4E7K A; 4FSV A; 4CEO A; 5HRS A; 4I6M B; 1RFQ A; 2QM1 A; 1QQN A; 2QW9 A; 3AO4 A; 2O4G A; 3DLL L; 4IKF A; 5DM7 L; 3DXM A; 1BG3 A; 5I3U A; 4DS5 A; 4IG3 A; 2D0B A; 3UKU A; 1TK5 A; 1KTQ A; 4J2D A; 2PY5 A; 1QSY A; 4JKB A; 5BRF A; 3CD6 N; 5EX5 A; 3SMS A; 3A5N C; 2YI1 A; 1GLD G; 4CEA A; 4FJN A; 1C0G A; 4M3W A; 2PFU A; 4Z4F A; 1DEJ A; 2HF4 A; 3WEE B; 5HRN A; 1Q8I A; 3AAQ A; 4GKK K; 1RDB A; 4YOU A; 3LDS A; 2IAJ A; 3HSC A; 2W6K A; 3OBY A; 4RW4 A; 3V9Z A; 4A5A A; 3DRP A; 3K2P A; 3LAL A; 3OA9 A; 1A5X A; 3D2F A; 1ZC6 A; 2ASM A; 4BRD A; 1IH7 A; 4BDY A; 4OPH A; 4J2A A; 3CCM N; 2VQF K; 4FJ9 A; 4YOY A; 5AQN A; 1XWL A; 4ZHR A; 4OGC A; 4LF5 K; 3CCE N; 2A6A A; 2WBN A; 1RIL A; 3RTV A; 3M8Q A; 3DLG A; 4BR4 A; 4ID1 A; 1NJY A; 1GLE G; 1HYV A; 4IWV A; 5JIC A; 1QVG M; 4A2B A; 3SUN A; 3E9L A; 3MED A; 4GY2 B; 4O0I A; 1BIU A; 2F8T A; 3CME N; 1HNZ K; 3TU5 A; 2FBT A; 2KZM A; 4K0K K; 1XMQ K; 3L6Q A; 3L8B A; 4M63 C; 4BE2 A; 2Z1G A; 1CZA N; 2F8S A; 3G6E N; 4CGI A; 1D5A A; 3HT3 A; 1IKW A; 3HOS A; 2HMI A; 2F9T A; 4CZI A; 5GAG P; 3AY9 A; 3RMD A; 1QHT A; 3AVB A; 5C42 A; 4FJH A; 4CEQ A; 1BA0 A; 1YUW A; 1F21 A; 3GOI A; 1TL3 A; 4LF6 K; 4WQ5 C; 1KC8 O; 1BHL A; 1NOZ A; 3PX6 A; 4JI5 K; 3PX4 A; 4FO0 A; 2Q97 A; 3B6O A; 3MCP A; 4N47 A; 3CET A; 4B08 A; 2O8B B; 2HBM A; 5ADX H; 1BU6 O; 5BPM A; 5C25 A; 1WLJ A; 3MN6 A; 4DR7 K; 1J9A A; 4WQ5 A; 1V4S A; 3VQQ A; 3ENH A; 1TUY A; 1NKB A; 1R0A A; 1FK9 A; 2KFN A; 2KHO A; 1KXP A; 2O8C A; 3DLR A; 2Z1J A; 3CIP A; 2JWL A; 5BRH A; 4FLV A; 2JGU A; 3KTQ A; 3AVC A; 2VG5 A; 2F9W A; 4FLZ A; 3J7A P; 1QQM A; 2GEM A; 4FWR A; 2ITG A; 3VA3 A; 5AQH A; 2HHQ A; 4BRK A; 1YT3 A; 1RGI A; 2GX9 A; 4CFD A; 1NGE A; 3ZX2 A; 3L4Q A; 4FK4 A; 3DOK A; 3KK7 A; 3WXM B; 3O5B A; 2OCE A; 3FZM A; 1HNV A; 5KRT A; 2ZE2 A; 2HVI A; 4QS7 A; 3SI6 A; 5DMR A; 3LPT A; 3R6M A; 3O1B A; 5GIO A; 1D9F A; 4DFM A; 1QZ5 A; 3HVR A; 4DFP A; 1QSS A; 4L3Q A; 1CXU A; 3MWP A; 3VER A; 1HQU A; 4CJW A; 3NMU A; 2UXD K; 1SKW A; 1MA9 B; 4FK0 A; 3AVI A; 3KWI A; 1BQN A; 4JLH A; 3DRR A; 3DXK A; 3MXJ A; 1GLJ O; 5HRP A; 1NGD A; 3SQ2 A; 4DR5 K; 3MXM A; 3ZT2 A; 3OYE A; 2WUS A; 2DTU A; 1HX1 A; 3J7Y P; 4KB1 A; 2F4V K; 4FL9 A; 3WQT A; 3U9D A; 4CGD A; 5AZJ A; 4B9U A; 3W3D A; 5TKW A; 4HTU A; 2W6L A; 1P90 A; 3VF2 A; 4G1Q A; 4H0T B; 3QIN A; 4DTU A; 4DS4 A; 2G8K A; 1X9S A; 4K41 A; 4KKO A; 5IT9 O; 1UAX A; 1G99 A; 3EO3 A; 5LMN K; 1S1X A; 2D0O A; 2E8A A; 5HOO A; 5KPZ A; 1K73 O; 3E1Y A; 1L3T A; 1SKS A; 2HNZ A; 1Q86 O; 1U45 A; 4MDB A; 1BGX T; 1I39 A; 2YKM A; 2GWJ A; 2EHG A; 4CJL A; 4CGJ A; 4DF4 A; 3QIP A; 3NE6 A; 3AVN A; 5HLF A; 1HLU A; 4B9T A; 3GL1 A; 3AVH A; 3OYM A; 4FXD A; 1YJ9 N; 1HKC A; 4OPA A; 3ENO A; 1OKJ A; 1JLQ A; 2P9U B; 5JVG L; 1RT6 A; 4R5P A; 3TAG A; 1MWM A; 2P9L B; 2OTJ N; 2V51 B; 2UUA K; 3AAP A; 1IKX A; 2KQ2 A; 4BRE A; 1N33 K; 1EXQ A; 1TVR A; 4DQP A; 5FRO A; 4CJF A; 2O8E B; 3SZ2 A; 1Y97 A; 4LC9 B; 1S1W A; 1NK4 A; 3THW B; 3HZ6 A; 1ASV A; 3I8B A; 4FJJ A; 3ZSY A; 4IDH A; 1YXQ A; 1NU0 A; 5M1P A; 2HB5 A; 3LPU A; 4FM0 A; 4PA1 A; 4LH5 A; 2CGK A; 3DJC A; 3OY9 A; 4KB0 A; 4FJ5 A; 4J2E A; 3U8X A; 5C2D A; 4DF8 A; 1QS4 A; 2YNF A; 4HUF A; 3NDK A; 3O8M A; 1HKG A; 4C8N A; 4FVU A; 3I33 A; 4DU4 A; 4ELU A; 4DQS A; 1GLC G; 3VF4 A; 4TSX A; 2JWK A; 1NGF A; 1IO2 A; 1XNQ K; 3DI6 A; 1L3S A; 3KVG A; 5BN8 A; 1KVC A; 1JKH A; 5B8H A; 1WSG A; 3HP9 A; 4QOZ B; 1GOB A; 2YJF A; 5FPN A; 4Q0B A; 4IOA L; 4DV7 K; 4BC3 A; 2Y1I A; 1K6Y A; 3K5N A; 3C0B A; 4BG9 A; 3L2R A; 4FW2 A; 3DLE A; 3MDQ A; 4F8R A; 1WSI A; 3CCS N; 1JLF A; 3HL8 A; 5CZ1 A; 1NJW A; 3DOL A; 1L5U A; 1I3A A; 1BO5 O; 3QFP A; 4CVN E; 3ZEU B; 1X3N A; 1VSF A; 4JI1 K; 4ID5 A; 3ITH A; 2GUP A; 2RF2 A; 1N34 K; 2ZWH A; 4XIU A; 1NOY A; 2E2Q A; 4E7H A; 3NBP A; 5KPT A; 1L3V A; 4IO8 A; 4BR9 A; 3DM2 A; 4M3Z A; 4XH4 A; 4XH1 A; 1QSL A; 4PKH A; 4CF2 A; 1NK8 A; 1KCF A; 2I7N A; 2QXL A; 2P5G A; 1E4F T; 1S1V A; 4CF0 A; 4JV5 K; 1L3U A; 4LF8 K; 3SNN A; 4JEP A; 3TSU A; 4CFC A; 4M3T A; 4DTX A; 2D1K A; 4I9L A; 4CJ7 A; 4OKK A; 4DTR A; 4QCL A; 2P9P B; 2HF3 A; 3HTV A; 3VQ6 A; 2HVH A; 4FPB A; 2XO7 A; 3SUO A; 4Z4E A; 3QEX A; 1T7P A; 4DLG A; 1T3V A; 4JRP A; 1VSH A; 3THY A; 3IFR A; 2O8F A; 4KPY A; 4DHY A; 1VQ6 N; 4M3X A; 2KW4 A; 4E19 A; 1KAX A; 1U48 A; 1JLE A; 3LP0 A; 3MWT A; 3THX B; 2ZGY A; 3FFK B; 2BDP A; 1RT4 A; 1M90 O; 5FPM A; 4MFB A; 1O1W A; 2ZJQ L; 1TKZ A; 4KHN A; 3BGR A; 1IG8 A; 4XH5 A; 2VG7 A; 1FW6 A; 4IJA A; 2NRX A; 4FZX C; 3K0S A; 4JHD B; 2FSN A; 3VQ9 A; 5CHI A; 4DSI A; 4C8K A; 2FF3 B; 4FLU A; 1HNW K; 4FWN A; 1N5Y A; 4FLW A; 3CJC A; 2WC9 A; 1XNR K; 3C7N B; 3P83 D; 4PHT X; 1NNE A; 4KAZ A; 1HNI A; 2QKB A; 4I2Q A; 3AVL A; 3ATV A; 4B3O A; 2O8B A; 4H8K A; 3RVC A; 2Q36 A; 4IFV A; 3CQ8 A; 3QIO A; 3AA5 X; 1N32 K; 1QHA A; 4M7X A; 3LDQ A; 1NKC A; 1TAU A; 4JKA A; 4BRM A; 3MX2 A; 4BRC A; 4OPK A; 3DYA A; 1RNH A; 4AM7 A; 1X3M A; 4W5R A; 3QNO A; 3IG1 A; 1BDG A; 1ASU A; 1ESV A; 4U7B A; 4MO4 A; 3VQ5 A; 1ITG A; 4PL8 A; 3CQY A; 4CEF A; 1KAY A; 2YNH A; 1VQM N; 4A57 A; 1X1P A; 1VSE A; 2UU9 K; 3VQE A; 2HHU A; 3V1R A; 2NRV A; 3CCQ N; 3RRH A; 3VQD A; 2QKK A; 3PO4 A; 3ID6 A; 4CGH A; 4KHY A; 4BRP A; 2X74 A; 4DB3 A; 3QEV A; 2IIR A; 3P4I A; 1RT2 A; 5LL6 Z; 3M8S A; 4FJ7 A; 4CEB A; 1LWF A; 3VGK A; 1VQO N; 3BEX A; 3NGI A; 3R3L A; 1A5V A; 3VQ8 A; 1NK7 A; 4K42 A; 2YCH A; 1U49 A; 4KHQ A; 1DTT A; 2A1S A; 5CYQ A; 1HQE A; 3O9Q A; 1YTA A; 3LDN A; 3ZSR A; 3BF1 A; 4BRA A; 4DU1 A; 3TSP A; 3G71 N; 2ZJR L; 5JLF A; 3VQC A; 4HWI A; 1HKB A; 3HI0 A; 3WNF A; 4FLT A; 1RT3 A; 2XY5 A; 2VGN A; 4M3U A; 3V9X A; 2NUB A; 4W5O A; 4EHU A; 3RMA A; 2V7Y A; 5LJV A; 3OBW A; 4DCH A; 1KFS A; 2ZGZ A; 1S9E A; 4CIF A; 2VCP A; 3NFA A; 2PAV A; 3AVF A; 3NGY A; 1S6P A; 2DPN A; 4FWO A; 1VK0 A; 4OJR A; 3K9J A; 2P9I B; 4HUE A; 1T8E A; 4KTZ A; 2GTD A; 4ISE A; 4EHT A; 2BH1 A; 2OPQ A; 3V4I A; 3SV3 A; 4YOX A; 3KLH A; 1NBW A; 3O3F A; 4O5F A; 2UXC K; 1S6Q A; 1WAF A; 1GOC A; 4CIE A; 4DMN A; 1NGC A; 1TL1 A; 3A0I X; 5AQK A; 1TKX A; 2OAN A; 4CI6 A; 1WNS A; 3NCI A; 1T6C A; 5JVH L; 2E2N A; 3MK6 A; 4LFB K; 3EZW A; 2BTF A; 3QDK A; 4LSN A; 4NLB A; 4BDZ A; 2V7Z A; 4BG8 A; 5AFU H; 4FOI A; 1YVN A; 1RDC A; 3K57 A; 2ZM6 K; 3LAM A; 2A41 A; 2WTU A; 3HPO A; 3NH2 A; 4KFB A; 3CCV N; 3ATU A; 1ATR A; 5DM6 L; 2QWQ A; 5CY4 A; 4JI3 K; 2P9L A; 5DK5 A; 1T05 A; 4DUY K; 3EN9 A; 3DLK A; 5KGX A; 2FLO A; 4YY3 K; 1LW2 A; 2CGJ A; 2OZM A; 3O1W A; 2B6A A; 3NF7 A; 4IXC A; 3T19 A; 4NCA A; 4DG1 A; 3A2F A; 2O8E A; 3IS9 A; 2O8D A; 2CH5 A; 4B1W B; 2F7T A; 4WFN L; 1FKO A; 4FWQ A; 4CIG A; 1GLF O; 4BDP A; 3HXM A; 1NJZ A; 3H1V X; 3ASM A; 5BRE A; 1WSH A; 3CFP A; 1CLQ A; 4Z0U A; 3O4N A; 3VGM A; 1C0T A; 1TKT A; 5JLH A; 2YHA A; 1SL1 A; 1BIS A; 2Q0R A; 1KLN A; 4CD3 A; 5C2F A; 4K8X A; 1QQO A; 2H3G X; 4DTP A; 2WFB A; 4CJP A; 1ZXO A; 1G15 A; 3V9W A; 3TSQ A; 3CC4 N; 4OO1 J; 4IOC L; 3PV8 A; 3LZI A; 1HYZ A; 4Z4C A; 4NLC A; 1TK8 A; 1MDU B; 1C6V A; 3AO1 A; 3ZSQ A; 3ZLJ A; 3ZET B; 4E1M A; 2BAN A; 5EOY A; 4DUZ K; 3VEY A; 1C1B A; 5AZI B; 5HL7 L; 1K8K B; 2D0A A; 4CZL A; 5KTQ A; 3H08 A; 3TTC A; 3HPH A; 2HHT A; 2W42 A; 2A3Z A; 3L0Q A; 3QML A; 3EY1 A; 4JI0 K; 4ZTF A; 3OYC A; 1J6Z A; 4MQ3 A; 3KD1 E; 4BWJ A; 4BRF A; 1WSF A; 4CJR A; 2IVP A; 5AR0 A; 4DQI A; 4CJS A; 3NGZ A; 3K9K A; 3VMF B; 1TYQ B; 5GIN A; 2FBX A; 5BPL A; 4AHV A; 5GIP A; 3LM9 A; 5J2Q A; 1HYS A; 1BI4 A; 4CEZ A; 4NYF A; 2D5R A; 3AVG A; 3O4W A; 3H3O B; 2XY7 A; 3QNN A; 4B9N A; 3ZSV A; 3HST B; 2NRT A; 2RPI A; 3LAN A; 4AHS A; 4HTL A; 3HM9 A; 3KLG A; 4DTJ A; 1WB9 A; 4DV2 K; 4NYN A; 3VQB A; 4DTN A; 1SL2 A; 4JKG B; 2GV9 A; 3LDL A; 1VRT A; 1B92 A; 2YKN A; 3FLC O; 1O13 A; 4ISF A; 2VWB A; 5AJ3 K; 4RCH A; 3ZX0 A; 1VQL N; 4GV9 A; 4CEC A; 4B8A B; 4DV6 K; 1IV0 A; 4PUO A; 1BQM A; 2EX3 A; 3TAP A; 3EE9 A; 3V6D A; 1TV6 A; 4KHU A; 3OYD A; 1W0H A; 3M8R A; 5FPD A; 3K59 A; 2GWK A; 2P9K B; 3FR0 A; 3MEC A; 4FLX A; 3EKS A; 3V81 A; 2UUB K; 3S3O A; 4YOT A; 5AQX A; 4BRO A; 4JHD A; 4B9Q A; 5J2M A; 1C0M A; 4BAC A; 1RDU A; 2E2P A; 5D3G A; 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1R59 O; 5FPE A; 3CG7 A; 1WUA A; 5BPN A; 3D2E B; 1VQ5 N; 2FSJ A; 4JN4 A; 3VQA A; 5BR8 K; 3U4L A; 3QER A; 1OH5 A; 4O4G A; 2Z1I A; 5M1F A; 1W97 L; 1OVQ A; 4N76 A; 2XY6 A; 4AHR A; 3KJV A; 4EP4 A; 3FGU A; 1ATN A; 5BRD A; 3TAN A; 3ZCM A; 4O8K A; 2YHB A; 1EX4 A; 3OS1 A; 1SS6 A; 1VSI A; 4LY7 A; 2P51 A; 2P9I A; 4CK3 A; 5KQD A; 3SLC A; 1KD1 O; 3VTH A; 1NLV A; 1ZYQ A; 1KFD A; 2DY4 A; 3T7Z A; 4Q5V A; 1X9M A; 1HMV A; 3CI5 A; 3AVM A; 4DSF A; 3TPQ A; 3O9T A; 4I6M A; 4RTF D; 4GV3 A; 1WAJ A; 4CZJ A; 5T7B A; 1N6Q A; 3CM5 A; 4DSJ A; 2B5J A; 3SMP A; 3MN5 A; 3F2K A; 1BA1 A; 1UA0 A; 4BRN A; 2D4W A; 4H4M A; 3SBT A; 2VYP A; 1JLB A; 3QBW A; 4BRQ A; 2O4I A; 1RBT A; 4YOW A; 3CC2 N; 4DV1 K; 3PSF A; 3RR7 A; 1BCM A; 3ZX3 A; 2E88 A; 2QK9 A; 3LDO A; 4RW7 A; 4JKF A; 4H0V B; 4AF1 A; 4EIA A; 3HO1 A; 3MN7 A; 1NK0 A; 3EL2 A; 3B8A X; 3WEE A; 5HRO A; 4E0D A; 4FPA A; 3PX0 A; 1HPZ A; 3T1H K; 3W0L A; 1ZBU A; 2Q1N A; 1J53 A; 1BUP A; 3TR8 A; 1Z25 A; 3PIP L; 3C65 A; 3GBT A; 3NF6 A; 3RMB A; 4CHZ A; 4CJ5 A; 3TAB A; 4A62 A; 3MX5 A; 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