3ZT0A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt0A00
3IAYA 3CFPA 1RBRA 1HYVA 2HHQA 3O3FA 3TAFA 3DOKA 1NK0A 3OY9A 4CF9A 4CGGA 3SPZA 3DLKA 4F3OA 4AHRA 4CFDA 4CGHA 4DQRA 4CHOA 3DM2A 4KO0A 4LSNA 1XWLA 1U04A 5K14A 4AHTA 4CJ3A 4B9TA 1U47A 3PO5A 4DQIA 1T03A 5KGWA 3HL8A 2HVHA 4Y1DA 1RDAA 1K6YA 3C94A 4CGJA 1YT3A 4BE1A 3V9ZA 3G0ZA 1BIZA 4OKJA 5HBMA 4CEDA 4Z4HA 3DRPA 2EHGA 3KJVA 3QEVA 3CQ8A 4PQUA 3TANA 1JKHA 3NAEA 1S9EA 1W0HA 3VQDA 4DFKA 1VRTA 1B92A 4EZ9A 1BIUA 1ASVA 2RF2A 3VQ7A 3ZSYA 2QKKA 1J9AA 3ZSRA 1DTQA 4M42A 1EXQA 2ZQBA 3LP3A 4HUEA 2KFNA 1RDDA 3JSMA 2GUIA 3LALA 1U48A 1VSDA 2D0CA 4O55A 3RRHA 4NCBA 1ZBHA 3SUNA 2GV9A 1IKVA 4OPJA 2B5JA 1HPZA 4KV8A 1S1VA 4CESA 4Q0BA 3QO9A 2HHUA 3HPOA 2IC3A 1TK0A 3RR8A 3AVHA 3QEWA 4BWMA 1NK5A 4B9UA 4E19A 4DMNA 1IKWA 2IGIA 3VA3A 1NK9A 4HCBA 4ZTJA 2HNDA 1SV5A 2ETJA 5C25A 4BWJA 4FJ7A 2PYLA 3IS9A 4M3UA 5KTQA 1RNHA 1B9DA 3SUQA 4DQPA 4RW6A 4DSKA 1A5XA 2IOCA 2HB5A 3DOLA 4OGEA 3L2QA 4DSIA 3TAMA 1EETA 1T05A 3NCIA 5HRPA 4FW1A 2DFHA 4CF8A 4Z4CA 1LW2A 2Y1IA 3ASMA 4DF8A 3UIQA 4CHZA 3MAQA 4L8RB 4W5OA 1ITGA 3MEGA 4IFVA 4M3ZA 2G8UA 3C6TA 3RMAA 4H4OA 1D5AA 1W9HA 2OPSA 4CERA 4O0IA 4RW9A 3MXMA 1BI4A 3QESA 3SPYA 3AA3A 3OYGA 2YV0X 1DLOA 4LH4A 1HRHA 5J2MA 3QEXA 1TVRA 1RTDA 4KI4A 1S6PA 4ICLA 3QEIA 4CJQA 3OYIA 5DK5A 1JXBA 3OS1A 3SQ1A 2RKIA 3TR8A 1CZ9A 3K5OA 4PA1A 3LAKA 4M41A 2FBVA 3T1AA 3L2RA 1TKDA 3NH2A 1SL2A 3KLFA 3RWUA 3VN5A 3SV4A 4N5SA 3TARA 1TAQA 3LP2A 4IG3A 2IDOA 4I9LA 3ZSWA 1ZBIA 4FJIA 3K59A 4IG0A 1Y97A 3ZSQA 4DTNA 1VK0A 1N6QA 1U45A 2ZE2A 3LP1A 2IAJA 3VQ4A 3O3GA 3K58A 3V9SA 4E7JA 2E4LA 4OJRA 4FLYA 2Y1JA 3SUOA 4OKEA 3V9UA 1TK8A 3HSTB 1YTUA 1HNVA 3PX6A 3PV8A 3WNEA 2Z1IA 4BE0A 5FROA 1RT2A 4R5PA 3PX0A 4Z4EA 1TKTA 1KTQA 3OYCA 2B6AA 4FLZA 3A2FA 4YNQA 4DLEA 3AO1A 1XC9A 3CM6A 1RBTA 4DTPA 1NJWA 3L8BA 4LD0A 4Y1CA 3QERA 1NOZA 1RTHA 4C8LA 1WSEA 4FLXA 4RG8A 4FZZA 4O4GA 2OYQA 1S6QA 3MXIA 5C24A 1NKEA 3RMBA 4NCAA 1RBUA 3IRXA 1FXXA 3D0PA 2YHAA 2WONA 4DS4A 3H08A 3WNFA 2F8SA 1WNSA 4CJ5A 3ISNC 4PUOA 3S9HA 2XY6A 4EP5A 5I42A 5KGXA 3AO2A 3DLGA 3LZIA 3O4QA 1CLQA 4DG1A 1QTMA 4EP4A 4H4MA 1C0UA 2VG6A 5J2NA 1D9FA 2QK9A 4CIGA 4CEOA 4BDZA 1WN7A 3AVIA 1FKPA 1I3AA 3AVNA 3KKRA 3KTQA 2X78A 2OZSA 1HMVA 3MECA 4QCLA 4M3XA 5JS1A 3VA0A 4B8AB 3V6DA 3DYAA 1S1TA 3TAQA 1D9DA 4I9QA 3NBPA 3VQQA 4C8MA 4Q5VA 2R7YA 3NGYA 5J2PA 4RW4A 2HNZA 3OYHA 3BGRA 4N76A 4DTUA 3QLHA 4CEAA 4GMJB 4DFPA 3AVBA 4E7HA 2A1RA 3L2WA 3K5NA 4ZTFA 1BI4B 3PO4A 1RDBA 5HRNA 4ID1A 1SKSA 3NGIA 4E3SA 2HMIA 4BDPA 2JGUA 3AVKA 2KTQA 2G8HA 4DTMA 1XI1A 1TV6A 3KK2A 1NJYA 1RT3A 1S5JA 5E41A 4FK4A 5HRSA 1TKZA 1C0TA 2FC0A 1C1BA 1Z26A 4FLUA 1NK6A 3KD1E 3SQ4A 3AO3A 3OYLA 4FLVA 2HHSA 4ELVA 3VQBA 4JLHA 2VG7A 4PWDA 4B9VA 4DQSA 4H8KA 1J54A 2D0BA 4ID5A 1IKYA 1TKXA 4ELTA 4CJSA 1HNIA 4KKOA 4BDYA 4B9SA 2G8VA 1KRPA 3DLBA 1LV5A 3DRSA 4DLGA 4FZXC 4Z0UA 3NGZA 3B6OA 3AVGA 4GVMA 3CYMA 4W5TA 2VWJA 4HUFA 1QSLA 1MU2A 3ZSXA 1KFSA 4FJKA 4KI6A 2F8TA 1JLFA 2WOMA 1HJRA 3DLEA 2E6LA 3K57A 2YKNA 3DI6A 5T7BA 4JRQA 3TWHA 4KHNA 3K2PA 3SQ2A 4CJUA 1ZYQA 1T8EA 4KTWA 3K5MA 2JLEA 3SCXA 2X74A 4HVJA 4FJ8A 3DLHA 1BQNA 1RTJA 1GOBA 3QNNA 4DU1A 3OYEA 1HQEA 3T3FA 2E6MA 3VQEA 1UOCA 3MXJA 4W5NA 3ULDA 4E7KA 1TL1A 4DU3A 2P51A 3MEEA 3VQ6A 4FJ9A 4KHSA 4CE9A 3ITHA 2DTUA 3DMJA 3F73A 4FK2A 2OPQA 4CFBA 1NK4A 1C6VA 1KVAA 3P1GA 3HJFA 5DMRA 4E7IA 2Q3SA 2DY4A 4AHVA 5CZ1A 4CF1A 2HVIA 3QIOA 3NF6A 3I0RA 3ALYA 4YFUA 3NH1A 3S3NA 1X9MA 1S1UA 1WAJA 2BANA 1BISA 1L3UA 3NF9A 4KAZA 4O0JA 4B3OA 4B08A 1LWEA 2EX3A 4CGFA 4DFJA 1NOYA 1RT6A 4M3YA 4JRPA 3TAPA 3PX4A 1BCMA 1A5WA 5J1EA 4JS4A 3O4NA 3K5LA 4W5QA 1R0AA 4DTRA 1X9WA 4FJNA 3AVJA 1UA1A 3JYTA 1WSHA 1WSFA 2YNFA 3HP6A 4CJ4A 4JS5A 3HYFA 4CJRA 1FKOA 4IDKA 5HLFA 3SZ2A 1O1WA 1UWBA 1X1PA 1JLGA 4FJXA 1U4BA 4CFCA 3EY1A 4C8KA 4OKKA 1LWCA 2HHVA 3F9KA 4I2QA 3KD5E 1S9GA 5JS2A 3KK1A 3SJJA 1QSYA 2IS3A 3ZSOA 4HUGA 3SYZA 2YNIA 4DQQA 1ZBUA 2XY7A 3RR7A 2O4IA 3NH0A 1JLBA 2XHBA 3THVA 4KPYA 1IH7A 3HK2A 1VSHA 1JLAA 1REVA 3SQ0A 2HHTA 2GBZA 1RT4A 3T19A 3QINA 1JL2A 4CK2A 4KHWA 4Z4GA 1U49A 3V1OA 3SUPA 3AVCA 4FYDA 3ZT2A 2D0AA 2ATQA 3V81A 5KRSA 2BDPA 3M8QA 3DRRA 1BGXT 1FK9A 4MFBA 1UA0A 3LP0A 5HROA 4J2DA 3AVLA 3L3VA 3HP9A 4Z4FA 4IBNA 3U3GA 4CJVA 1EKEA 1XHXA 2YKMA 3KKSA 4N47A 2X6NA 5SWMA 4CJTA 4BE2A 3G10A 1TL3A 3AO4A 4CJEA 1RT7A 3TAGA 2FBXA 2PZSA 4NYFA 2ZD1A 3OYDA 3VQ8A 3CFRA 1KFDA 3VQAA 3V4IA 2Z1JA 4CEQA 4DTOA 1VRUA 1RDCA 3NFAA 3QIPA 4DWIA 1QSSA 1JXEA 2RPIA 1TAUA 4CJKA 3M8SA 1WLJA 1GOAA 4CJFA 2HW3A 2B4JA 2YNGA 3PUFA 3OS0A 4KHUA 2Z1HA 1NK8A 4C8OA 3MEDA 4EZ6A 1C1CA 1I39A 1RBVA 1LWFA 4QAGA 5HRRA 3C6UA 4FJGA 4FM0A 3V9WA 4AH9A 3OYMA 4C8NA 2KQ2A 3TAEA 1YVUA 3KLEA 2PYJA 1ZBFA 1NJXA 1GOCA 4CGDA 4KB1A 1HYSA 3NHGA 3QNOA 1KLNA 4KTQA 3CM5A 5CZ2A 3FFIA 3SI6A 1KSPA 1D8YA 3D45A 4CJLA 4XIUA 3VQCA 2NUBA 1RT5A 3QEPA 4J2EA 1IKXA 3WNGA 1Q8IA 1RT1A 1EP4A 3B6PA 4AHSA 4FJ5A 1KVCA 5HP1A 2G8WA 3ZCMA 3LPTA 1G15A 3NF7A 1X9SA 1SKRA 3OYNA 2LSNA 3OYFA 2G8FA 4M3RA 4DTXA 4IKFA 2O4GA 1RTIA 1ZBLA 4E7LA 4J2BA 1EX4A 4FJJA 1L3TA 5FRMA 2BE2A 3HO1A 4M45A 4FM2A 4FW2A 4RW8A 1BL3A 4CJPA 3NE6A 3KLHA 5J2QA 3RMCA 1SL0A 3M8RA 3LWLA 4CEBA 4G1QA 4AHUA 1J5OA 1WSIA 4KB0A 4I2PA 4KTZA 3DLRA 2DFEA 4LSLA 2XY5A 1VSEA 2XO7A 3ZSVA 2P5OA 3KK3A 1HQUA 1QS4A 4O5BA 4N56A 4DSEA 3QETA 1BQMA 4F4KA 3EYZA 3ZT0A 1A5VA 3NDKA 4FXDA 4DSLA 4K8ZA 2VG5A 1F21A 3V9XA 4FJMA 1SKWA 2QKBA 1BHLA 4FK0A 2YNHA 4F2RA 1SUQA 2RN2A 3CG7A 4GW6A 1QE1A 3LDSA 4FLTA 1XHZA 2PY5A 3V1QA 4LY7A 4CJWA 4AHCA 4CEZA 3OYKA 4HTUA 1JLEA 4DS5A 4DSJA 1C1AA 3BDPA 3M8PA 5CY4A 1JLCA 3HM9A 4W5RA 4ELUA 3HXMA 4BACA 1UAXA 4E1NA 3LWMA 4B9LA 5C42A 1WSJA 4ZHRA 4B9NA 1KCFA 2OA8A 3L3UA 1NK7A 4DF4A 4WE1A 1VSFA 1Z25A 3C95A 4KREA 3ZSZA 4OGCA 4CHQA 4DTJA 1ASUA 1TGOA 3VQ5A 1WAFA 3ZT4A 5KRTA 3HT3A 4PY5A 2G8IA 1VSLA 4CIEA 3EZ5A 2OZMA 1SL1A 3SV3A 3KLIA 1T7PA 3LANA 4CEFA 4KHQA 4OLBA 2F96A 3AVAA 4NYNA 1IO2A 2W42A 1IG9A 4CGIA 4CFAA 1DTTA 3ZT1A 1NJZA 4K8XA 3ZT3A 2FBTA 3AO5A 4CF2A 3OJSA 4E1MA 1RILA 3TABA 1N5YA 5SZTA 3HVTA 3VQ9A 4CCHA 1QHTA 1LAVA 1C0MA 4DU4A 3LPUA 1HYZA 3TI0A 4I7FA 3AVMA 1NKCA 4IFYA 3I0SA 1S1XA 3PY8A 1VSMA 3P83D 1TK5A 4CHNA 4MQ3A 2KFZA 1BCOA 3AA2A 4CK1A 1Q9YA 1S1WA 1WSGA 4LH5A 2G8KA 2YHBA 5D3GA 1JL1A 3IG1A 3RTVA 1LAWA 1KVBA 3AVFA 4FVMA 5FDLA 2Z1GA 2A1SA 2P1JA 1CXUA 2X6SA 5CYQA 1YTAA 2QXFA 3HPHA 4DSFA 4O44A 3U3YA 1NKBA 2KZMA 2KZZA 5CYMA 1L3VA 3RRGA 2VWKA 4E89A 1B9FA 2XRIA 3VQPA 4B8CA 1KLMA 4NCGA 1L5UA 2AJQA 4QOZB 3E01A 3LAMA 3KIOA 4E0DA 4FJHA 3AV9A 3I8DA 3LZJA 4CHPA 4J2AA 4M3TA 4KHYA 4HCCA 2I5JA 5EU7A 4AILC 4M3WA 3HVRA 3OYJA 3SNNA 3L2UA 2DFFA 4KFBA 4FLWA 2OPPA 3OYBA 4CECA 3AA4A 3RMDA 4OVLA 4CEEA 4CHYA 4RW7A 4CK3A 1ASWA 2OPRA 5KI6A 1Q9XA 4FJLA 4KRFA 4DFMA 2HHXA 3OYAA 3V1RA 1VSJA 3U6FA 4F2SA 4OLAA 2HNYA 1J53A 5FRNA 1CZBA 3OS2A 4CF0A 3L2VA 1RBSA 2ITGA 4FCYA 3S3MA 1JLQA 2P5GA 5I3UA 4FZYA 4Z4IA 4F3TA 2BGGA 2HHWA 3OVNA 4DTSA 4UQGA 1L3SA 3NF8A 1VSKA 1CXQA 4FM1A 4CIFA 4TSXA 4OPKA 3S3OA 3WNHA 4F8RA 4HHTA 3HPGA 3P5JA 2KW4A 3OJUA 3KLGA 3CFOA 1QQCA 2D5RA 1LW0A 4B9MA 1RCHA 2XY8A 4N41A 2FBYA 3AA5X 3O3HA 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TKWA 1HYVA 4EAHD 4JYAK 1ILYA 3TAFA 2YHWA 3OY9A 4CGGA 3DLKA 3DM2A 4CJ3A 4LSNA 1XWLA 4CBXA 4F3TA 2QA4N 1NGHA 1KXPA 1T03A 3A5OC 3HL8A 4Y1DA 5ADXH 3V9ZA 2V7ZA 3JXUA 4CEDA 3QEVA 4PQUA 3BF1A 4NLCA 4IXCA 4DFKA 4GV9A 2E20A 2P9PA 1ASVA 2Q97A 3CCEN 2RF2A 3ZSYA 1J9AA 5F1XA 2ZQBA 3LP3A 4HUEA 1U48A 1VSDA 2GV9A 4KV8A 3C7NA 2KKZA 4ILJA 1OH7A 1TK0A 3T7ZA 2IVNA 3QEWA 3ZX3A 2FSJA 4ZTJA 1SV5A 2ETJA 5C25A 4BWJA 2YCHA 1B9DA 1K9MO 2ASPA 2HB5A 3DOLA 1EETA 4OPAA 1JCEA 5HRPA 2DFHA 1BO5O 2BH1A 1LW2A 3TTCA 3UIQA 4CHZA 2D0OA 4Y0WA 4W5OA 3CJ9A 3K0SA 3C6TA 3RMAA 1D5AA 3MXMA 4RW9A 4H5NA 1EQYA 2F9TA 3G25A 4LH4A 1HRHA 2JWLA 2RKIA 3QBWA 4PA1A 1D9FA 3L2RA 3LAKA 2QWOA 3KLFA 3SV4A 3TARA 1DGKN 1I94K 2WTUA 4WCEL 4FJIA 2HOEA 3K59A 1Y97A 1U45A 5AQRA 2O8FB 2IAJA 5E84A 2O8BB 4C23A 4E7JA 2E4LA 5EOYA 3SUOA 3FZFA 4X64K 3HSTB 1YTUA 3PX6A 2Z1IA 4R5PA 3PX0A 3A2FA 2D0PA 1RBTA 3AGRA 1NOZA 1RTHA 1WSEA 4DQ8A 1GLJO 4O4GA 3A5MC 1NG9A 5C24A 2P9SA 3EN9A 3O9UA 2F8SA 1WNSA 4PUOA 1GLEG 4RWTA 3AO2A 3DLGA 5JMVA 3RSEA 3O4QA 3ZEUA 1QTMA 4LF7K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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