4CFAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfaA00
3HYFA 3DLKA 5HRSA 2JGUA 3K5MA 3OYIA 4N47A 4B9UA 4UQGA 4CHYA 4CCHA 2HHVA 1ZBLA 3ALYA 3EY1A 4E7KA 3SQ2A 3HPGA 3ZT4A 1C0UA 1VSMA 3TWHA 2WOMA 4BE0A 3CYMA 3AVGA 3OYDA 3T19A 3DRRA 4C8KA 3THVA 1TL1A 4CEBA 4ZHRA 3QEIA 3ZT3A 4ELVA 1C0TA 3MEDA 2BDPA 3TABA 4LH4A 4CHZA 3LP0A 2VG7A 1U48A 3AVAA 4CGGA 3VQCA 3KLEA 2B4JA 5HLFA 3KLIA 3S3OA 1IKVA 1T8EA 3PY8A 4J2BA 3A2FA 5HRNA 2Z1IA 1S1XA 2Y1IA 4FJNA 4N5SA 3AVBA 4B08A 4FYDA 4CEDA 4PWDA 2YKMA 1IKYA 4AHUA 1A5WA 1TKDA 3V9UA 1NK8A 4KPYA 3NGZA 2RPIA 4B9NA 1Q9XA 3LWMA 4W5OA 4OKJA 1LW0A 3CFRA 1KVAA 4OKEA 4BACA 4PQUA 1ITGA 4Z0UA 3ZSZA 4Y1DA 3OYMA 1SL0A 2QKBA 3AVCA 1JLQA 1VRUA 3QIOA 3WNHA 3SPZA 1RDBA 3MAQA 1J9AA 5HP1A 1L5UA 5J2MA 1QSYA 1S6QA 3C94A 4O44A 4J2EA 4CEOA 4KHNA 1SL1A 4NCBA 1ZBHA 1CZBA 3NE6A 5I3UA 1RTIA 1KSPA 2LSNA 1NOZA 3LALA 4KTQA 3VQ4A 4DFJA 3DRPA 2OA8A 4IKFA 4CEAA 3KJVA 4HHTA 1EXQA 3PUFA 4WE1A 3NF7A 1S9GA 3AVNA 1GOAA 1NK5A 2HHQA 2Z1JA 4CJTA 1NJXA 4RG8A 4M41A 3PX4A 4DFKA 1RDDA 2BGGA 4DSKA 5HROA 4N76A 3RR7A 1RTDA 3DLEA 3G0ZA 1JXBA 3QNNA 5FRNA 4O5BA 1Q8IA 2DFFA 3P1GA 4IFVA 3FFIA 4M3RA 1VSIA 2B6AA 3NH0A 3LANA 3KD5E 4M3ZA 4W5QA 4E7LA 2XO7A 2WONA 4C8NA 4E0DA 4L8RB 2YKNA 4CGFA 4GMJB 4Q5VA 3SQ1A 4DS4A 3L8BA 4CF2A 1BHLA 1WSGA 2VG6A 4DTMA 4KI4A 1SL2A 3LWLA 3M8QA 2DFHA 1RNHA 2YHBA 4FCYA 2R7YA 3SPYA 1NK6A 2G8VA 1KRPA 4HCBA 3AVFA 5C24A 3KK1A 3SQ4A 4M3YA 4Q0BA 4CF8A 4KI6A 1A5VA 4FJ9A 3VQAA 1LWFA 2A1SA 4NYFA 4FJGA 2VWJA 2F8SA 5KRTA 1S1VA 1TL3A 2Y1JA 2HNYA 3SUNA 3G10A 4CJSA 1YT3A 4KHYA 1B92A 3C6UA 4FK2A 3SUPA 4ELUA 3RMCA 1S9EA 3T3FA 3P83D 2OZMA 2HHWA 2YNFA 4O4GA 4CFDA 1RT5A 1HYSA 4GW6A 2HHXA 3SZ2A 3KK2A 4E7JA 4CK2A 4W5TA 1FXXA 3TAGA 5C25A 3OYFA 2I5JA 1S1TA 4OGEA 3M8SA 4IFYA 1KFSA 3VQ9A 4CGHA 2F96A 4FXDA 3HK2A 4AHCA 1BI4A 3ITHA 1XC9A 1RILA 4EP4A 3RMBA 1X1PA 1C1BA 1JL1A 3V81A 2VG5A 3K58A 1BIZA 4AHSA 3O4QA 2DY4A 1WSJA 5CYMA 4KHWA 1BCMA 2KZMA 1WLJA 2FBXA 2FBVA 1HQUA 3TAMA 3AO1A 3VQPA 1WNSA 2ZE2A 5HRRA 3L2UA 4JRQA 3NAEA 1XI1A 3HP9A 1BI4B 4OGCA 3V1OA 3RRGA 4C8OA 3K5OA 4FJJA 3LP2A 2FBYA 3V6DA 1CZ9A 3M8PA 5K14A 4CJQA 1Z26A 4LY7A 3SV4A 3CM6A 3EZ5A 4DS5A 3HT3A 1SKSA 1L3VA 3HSTB 1RT7A 3SYZA 3SCXA 4J2AA 3PX6A 4H4OA 4HUGA 2E6MA 4DQQA 3AVMA 2X6SA 4Z4GA 4CJEA 3O3HA 3OY9A 2KQ2A 5T7BA 4LSLA 3SV3A 3QO9A 1C6VA 5CYQA 4DSEA 1HPZA 1CXUA 1KVCA 3HL8A 4FLUA 1TKZA 2OPPA 1T7PA 3VQDA 3QEPA 1RT1A 1SUQA 3ISNC 3AO3A 3K59A 2G8FA 2OPRA 3KKRA 4DTUA 3QEXA 1RTJA 1VSEA 2O4GA 4DSIA 5KGXA 4JRPA 4CK1A 4DQRA 1UAXA 4KHUA 1RBSA 3HP6A 4KB0A 1WN7A 2EHGA 4KREA 4KO0A 1X9SA 4NCAA 3LAMA 4CHOA 1GOBA 1ZBFA 4DTSA 3RRHA 2XY7A 1N5YA 1U4BA 4CE9A 2XRIA 3KLGA 2QK9A 4N41A 2RF2A 1W9HA 4CERA 3HVRA 1DTTA 2KZZA 4CFCA 3OYEA 4FLXA 3OJSA 4AHRA 4DQPA 5FDLA 1VRTA 3KLFA 3QERA 5FROA 5J1EA 1D5AA 4CJ4A 5J2QA 2XY5A 1HMVA 4M3TA 3C6TA 3QINA 1ZBUA 4HUFA 2YNHA 3OYKA 3AO5A 4B3OA 1BCOA 2VWKA 4IG3A 4FJXA 3S9HA 1WAFA 3LP3A 4CF0A 4Z4HA 4CHQA 1NJWA 3KD1E 4KTWA 3VA3A 3OYGA 1S6PA 2E6LA 4B9MA 1WSEA 3WNGA 4XIUA 4H8KA 4DG1A 5KRSA 4CIEA 3U3GA 3QNOA 3TAQA 3L3UA 3RR8A 3AVIA 1VSHA 1NKCA 1ASWA 4DTJA 1NKEA 2KW4A 4F2SA 4CJ5A 4DTNA 2PY5A 1DTQA 1RT6A 1SV5A 4LH5A 4M3UA 1TK5A 4ID1A 3P5JA 3WNEA 4O0IA 3ZSQA 2XY6A 3OS0A 4DQSA 3V9XA 1JLFA 3UIQA 2HHUA 1NK9A 1K6YA 4DU3A 4G1QA 4EP5A 4FLYA 3NHGA 4CJ3A 4E7IA 3V9WA 2G8HA 3NH1A 1RCHA 2HHTA 4HTUA 3D45A 4BWMA 4OVLA 4E89A 2ETJA 4DF4A 1KLMA 1KCFA 2D5RA 3NF6A 3SNNA 4N56A 4ZTJA 1J5OA 1CLQA 1LW2A 3MXJA 3TAEA 5J2PA 3VQ7A 1TVRA 1WSHA 3HM9A 1NJYA 4KAZA 4J2DA 4BE2A 3VN5A 4CFAA 3TANA 1W0HA 4DFPA 4DQIA 1UOCA 3B6OA 3ZSXA 4F2RA 4CECA 4W5NA 3AV9A 3IRXA 1REVA 1LAVA 1HNVA 4JS4A 3HVTA 1S1WA 3V1RA 3AO2A 3LZIA 2FC0A 4CEFA 4CJPA 4HVJA 3DMJA 3IAYA 2HNZA 3I0SA 4KKOA 3B6PA 2X78A 4K8ZA 3KTQA 1VSKA 1WAJA 4NYNA 3AVKA 3NGYA 3ZSVA 4DTRA 4F8RA 2HVHA 4CHNA 1HNIA 3DI6A 1TK0A 4F3TA 1QSSA 2XY8A 4BWJA 1XWLA 3AVHA 3AA4A 4QAGA 3AA3A 3LAKA 4RW4A 3BDPA 3O3FA 2PYJA 3OVNA 1JLCA 3OYLA 2ITGA 1RTHA 2IOCA 3LPUA 4MQ3A 1HRHA 1TAQA 2HB5A 4DSJA 1UA1A 1HYVA 3AA2A 3QETA 3MXMA 4CJLA 3U6FA 1RT4A 2P5GA 4OLAA 4CF9A 4CJRA 1UA0A 4Z4EA 2Q3SA 1BGXT 3DYAA 3AO4A 1TK8A 4B9TA 2O4IA 1EP4A 4FJ8A 1IO2A 2OYQA 3DOKA 5C42A 4O0JA 3L2WA 1X9MA 4B9LA 1S1UA 3BGRA 4PA1A 3QIPA 1JLGA 3VA0A 4FLZA 2HHSA 3SUQA 1WSIA 5J2NA 3DLHA 4NCGA 3PO4A 1J53A 5HRPA 4C8LA 4DTXA 1KVBA 3QLHA 4DLEA 1G15A 3OYBA 1NK0A 4AHVA 4FLTA 4OKKA 2YNIA 3L2VA 4FM0A 3TAPA 4Z4CA 2HW3A 4BDZA 4BDYA 3TI0A 2G8WA 3HXMA 4K8XA 3CQ8A 1L3SA 1LV5A 4DTPA 4DSFA 2HMIA 4DU4A 4HUEA 5JS2A 3LPTA 1HQEA 4OPJA 3VQ5A 4FZXC 2IS3A 1RDAA 4FJLA 3NF9A 5KGWA 1T03A 2GBZA 3DM2A 4C8MA 3JSMA 2W42A 1FKOA 5CY4A 3KKSA 4KFBA 4ICLA 3DLRA 4CJKA 3I8DA 3RWUA 4IBNA 3OJUA 1TGOA 4RW7A 4CESA 3OYHA 2EX3A 1NJZA 2Z1GA 4I7FA 2NUBA 3ZSOA 3DLGA 3C95A 2KTQA 4CEZA 1JL2A 2KFZA 1VSFA 1RT2A 1QS4A 1RBRA 1RBTA 4BE1A 3V9ZA 4OJRA 4Z4FA 1SKRA 1Y97A 3U3YA 3E01A 4FZZA 3LDSA 2GUIA 4FJHA 1TAUA 4O55A 4CF1A 4FJ5A 4E7HA 1D9DA 4QCLA 1JLBA 2YNGA 1X9WA 4CEQA 4FK0A 3MEGA 4FM2A 1JLEA 3QEVA 3ULDA 3ASMA 3OS2A 2RKIA 4CIGA 5FRMA 2G8IA 4B8AB 4M3XA 1GOCA 1S5JA 4F3OA 4H4MA 3ZSWA 1NKBA 4PY5A 1VK0A 4YNQA 3AVLA 3DRSA 4CFBA 3JYTA 3S3MA 2PYLA 1J54A 1LWEA 1U04A 3AVJA 4KTZA 4AHTA 4ELTA 2YHAA 3VQBA 1TKXA 1BQMA 5DMRA 3KIOA 3NCIA 1BISA 2JLEA 1CXQA 4E19A 1L3TA 3VQ8A 5I42A 2HVIA 4CEEA 3MECA 3NF8A 1IKXA 1LWCA 4FLWA 2D0CA 4CK3A 3V4IA 1RBVA 2OPSA 4AILC 3SJJA 3ZT0A 4R5PA 1UWBA 1HYZA 3K5LA 3VQ6A 2OPQA 3S3NA 3NBPA 5SZTA 1RT3A 4DMNA 3CFOA 2G8KA 4EZ6A 5CZ2A 2GV9A 4M3WA 1QSLA 2RN2A 4OLBA 3SUOA 1B9FA 4CGIA 3TARA 1U47A 2D0BA 1TV6A 3D0PA 2ATQA 4FW2A 1N6QA 3MEEA 2DTUA 1BIUA 3HPOA 3HO1A 4FJKA 3MXIA 4KV8A 3SQ0A 3KLHA 2BE2A 5CZ1A 4CJVA 2PZSA 4KRFA 1YTAA 2KFNA 1QE1A 2B5JA 1I3AA 4JLHA 1KFDA 4CGJA 3KK3A 2XHBA 3RTVA 4FJMA 3H08A 3V9SA 1VSLA 1O1WA 2QXFA 2OZSA 4I2PA 1LAWA 3F9KA 4IG0A 4M45A 4CJUA 3M8RA 4FJIA 4PUOA 3L3VA 2IAJA 4Z4IA 1C1CA 4DTOA 1VSDA 1BQNA 4OPKA 1NK4A 1EETA 1C0MA 2IC3A 2G8UA 5SWMA 3O4NA 1A5XA 1I39A 4E3SA 4KHSA 1XHXA 1FKPA 1JXEA 3DOLA 4FZYA 2ZD1A 2BANA 5KI6A 4DF8A 3PV8A 4FK4A 3ZSYA 4KB1A 2E4LA 4RW6A 3HJFA 2X6NA 2ZQBA 1ZBIA 4CHPA 1U49A 1JLAA 5E41A 3F73A 1YTUA 4CIFA 1ASUA 1C1AA 3IS9A 3K5NA 1FK9A 4JS5A 3L2RA 3QEWA 5EU7A 4CGDA 4DLGA 2D0AA 2IDOA 4RW9A 2AJQA 3OS1A 4B8CA 3QESA 1D9FA 1ZYQA 4LSNA 1BL3A 3PO5A 2P5OA 4E1MA 4YFUA 4B9SA 1T05A 3K57A 3WNFA 4KHQA 3NFAA 3DLBA 1QHTA 1QTMA 4F4KA 3CG7A 2A1RA 1QQCA 4EZ9A 2QKKA 2HNDA 4HCCA 1ASVA 2P1JA 4TSXA 1L3UA 3V1QA 4BDPA 5D3GA 3SI6A 1YVUA 3VQQA 3RMDA 4ZTFA 4FJ7A 5DK5A 4AH9A 5HBMA 4DU1A 1IG9A 3RMAA 1DLOA 3OYNA 1B9DA 3CM5A 1MU2A 1XHZA 4FW1A 1JKHA 1F21A 3AA5X 3OYCA 3L2QA 1SKWA 4FLVA 2DFEA 1Z25A 4CJWA 1RBUA 1KLNA 4B9VA 5JS1A 4FVMA 1RDCA 1IKWA 3EYZA 3TAFA 4W5RA 1IH7A 1EX4A 4I9LA 4RW8A 3OYJA 4MFBA 4I9QA 1D8YA 1VSJA 3T1AA 4Y1CA 1NK7A 2Z1HA 4M42A 3TR8A 3NGIA 2X74A 4FM1A 2F8TA 3K2PA 3NDKA 4DFMA 4GVMA 4LD0A 1TKTA 3O3GA 4IDKA 5KTQA 2YV0X 3LP1A 4DWIA 3HPHA 4E1NA 2IGIA 1WSFA 2P51A 3IG1A 3ZCMA 3OYAA 1Q9YA 1KTQA 3LZJA 4DSLA 4CJFA 4ID5A 3VQEA 4I2QA 1NOYA 3PX0A 1U45A 3CFPA 3NH2A 3ZT1A 3ZSRA 3I0RA 4QOZB 1R0AA 2FBTA 1EKEA 1HJRA 3ZT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IJAA 3CQYA 1N34K 1ZBLA 3ALYA 4MDAA 1VSMA 1IG8A 4BE0A 3OYDA 3THVA 3CETA 4DQ8A 3ZX0A 1C0TA 2BDPA 3Q7CA 5CR4A 3LP0A 5F2RA 2VG7A 4CGGA 3VQCA 3KLEA 3S3OA 1S1XA 2Y1IA 4LF6K 4FYDA 4B08A 2E20A 4AHUA 3V9UA 3RVCA 5IT9O 3LWMA 4W5OA 4M63C 4LFAK 1NMNA 3L0QA 4Z0UA 3IKMA 3OYMA 1XNRK 1JLQA 3WNHA 1L5UA 5J2MA 4LF9K 1S6QA 2HF3A 4J2EA 4K0KK 1KSPA 4DR2K 1GLFO 3DRPA 3M1FA 3LM9A 3FR0A 3WXLA 1S9GA 1NK5A 3PX4A 4DFKA 1RDDA 5GAEP 3RR7A 2DFFA 4M3RA 1VSIA 1T6DA 3VTIA 1RDWX 3BEXA 5KQ8A 4C8NA 4E0DA 4QS8A 5LMNK 3SQ1A 1WSGA 4FCYA 2R7YA 3D7EO 3DXMA 5JICA 4KI6A 4FJ9A 1HX1A 4NYFA 3ZX2A 1S1VA 4JKCA 4EFHA 2GELA 3G10A 4CJSA 1SS6A 3CCVN 4O8UA 1WBBA 2HSTA 3AAPA 4H5WA 3EN9A 2HHXA 1HYSA 3OW2M 2WFBA 3KK2A 3OYFA 1S1TA 4DB3A 4IFYA 2ZJRL 3I8BA 3HK2A 3ITHA 1XC9A 1X1PA 3V81A 3K58A 4LFBK 2ZM6K 1WSJA 5CYMA 2KZMA 3DAWA 1WLJA 3TAMA 3AO1A 5HRRA 4MLEA 1XI1A 1BI4B 4OGCA 3CI5A 3K5OA 3O80A 3LP2A 4CJQA 3SV4A 3LM2A 1FW6A 1VHXA 3HT3A 1SKSA 5HOOA 3PX6A 3QDKA 3AVMA 3THYB 4CJEA 3O3HA 3ENHA 2KQ2A 2P9PB 2YCHA 1C6VA 5CYQA 3VPZA 1HPZA 1KVCA 3HL8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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