3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
1BA1A 2YHYA 2P9IA 5CE3A 2WUSA 4PKIA 4M7YA 1MWMA 3VOVA 4A2AA 4WQ5A 3IUCA 4B1UB 1E4FT 2A5XA 4FWSA 1NGAA 3VF6A 2D0OA 4JHDA 3CJ1A 3QDKA 4BG9A 3D2EA 5F0XA 4FSVA 4M63C 2VWBA 5AQGA 3CQYA 4BVPA 3R6MA 3ENHA 2V7YA 5BREA 1YUWA 3FE1A 4JNEA 2QWNA 3FZMA 4BRHA 3RSEB 2EWSA 4JN4A 5AQFA 5AZIA 2Q36A 4FWPA 1ZC6A 3I33A 4NO7A 2QWPA 5AR0A 3UKUB 2QW9A 3UKRB 4B1ZA 4BG8A 3TU5A 2V7ZA 4CZKA 4BREA 1P8ZA 1GLDG 1HUXA 1WOQA 2ASOA 3CQXA 5BRHA 3DXMA 2I7PA 3EO3A 4H5TA 3ZX2A 5KPTA 5AFUA 4ISGA 2Q2RA 1X3NA 2D0PA 1QZ6A 3LM9A 3A5LC 4FOEA 2FF3B 4A62A 1Z6RA 3OHRA 2V51B 3J8AA 4BR4A 1QZ5A 1DGKN 3EKUA 3EN9A 4FPAA 4MO4A 2P9KA 4I6MA 5I9EB 1EQYA 3EL2A 3DXKB 3ZEUA 3ULEB 3O80A 4AM7A 3QFUA 1G99A 3LM2A 4H03B 4E1JA 3GBTA 1HLUA 1DKGD 3CJ7A 3WQUA 1KAXA 3U4LA 4FWRA 4CZEA 3F9MA 2QWMA 3LDOA 3CJ9A 4KBOA 3WXKA 1U6ZA 1NGDA 2FSKA 3H6EA 3LDPA 1NGFA 4ISEA 3D2FA 2E2OA 3WT0A 4H5NA 3DWLA 3JXUA 1QQOA 5EVZA 3O1BA 1V4SA 2GELA 3SJHA 2F9WA 2D4WA 1MDUB 2P9SB 5BPLA 4BC4A 5AQQA 1SZ2A 3B8AX 4BGBA 2VYPA 2QWOA 5AQXA 4AM6A 3WEEA 2A3ZA 4H0TB 2Q97A 5KQ8A 2GUPA 3R9PA 3RSEA 4BC5A 5FPNA 3H3NO 1V4TA 3A8YA 1C0GA 3ZETB 3UKRA 2P9UB 1KAYA 4H5VA 2PAVA 1BU6O 1K8KB 5FPEA 1NGJA 4WYBA 5EOYA 3VGLA 2ZGYA 1BO5O 4BR9A 2GWKA 3S41A 1KAZA 1BOTO 4FOIA 3U8XA 1D4XA 1BWFO 2I7NA 3BP8A 3HM8A 3TPQA 1QQMA 1C0FA 2P9LB 4FWNA 2CGJA 1WUAA 4H0OA 4PKGA 5AFUH 3FFKB 4BRLA 4L3QA 4ISFA 1NLVA 4BR5A 3ZX3A 4GNIA 4QS9A 1GLLO 3U9DA 3WQTA 3L6QA 2FSJA 1LCUA 5ADXA 2AP1A 4CBWA 4QS8A 4H5WA 4BC2A 3FLCO 5AQNA 5FPMA 3ULEA 4XH1A 2FXUA 3A5OC 5E84A 3VGKA 1HKBA 3GOIA 3MCPA 4CBXA 2P9NA 4EHTA 5AQKA 4BRDA 3P4IA 4CZJA 4IO8A 4FO0A 2KHOA 1GLJO 1NWKA 4IWVA 3MDQA 1U2VA 3EKSA 1TUYA 3D7EO 4JD2A 3LDQA 1TYQA 1QQNA 3AAQA 3DAWA 3AY9A 5AQJA 3VEOA 4CI6A 4BRIA 3MN5A 4FPBA 3KHYA 4FWOA 3ATUA 3DJCA 3FZFA 1H1VA 1R59O 1HPMA 4YDUC 3LL3A 3AARA 4BR7A 4MO5A 1SAZA 3FZKA 2Q0RA 1MWKA 4M7XA 4NB4A 4O8KA 3C7NA 4H0PA 3HZ6A 3CHWA 3ID8A 4A2BA 4B1XB 4FL9A 2P9PB 3VEYA 2YHWA 1RGIA 4QS7A 4CD1A 5JICA 1NM1A 3CERA 2Q1NA 2HOEA 4LC9B 1X3MA 5AQIA 2P9IB 3MN7A 3ZETA 5F1XA 4BVOA 3QICA 5LY3A 5BPMA 4MLEA 3MK6A 2FLOA 3CIPA 1YVNA 1GLAG 5E26A 3WUHA 3VERA 2E2NA 2NLXA 1S22A 4BRNA 4IXCA 2A41A 1NGGA 1S3XA 5AQPA 4K42A 5AZJA 3H45C 3MN9A 2P9LA 4A61A 3A5NC 3QMLA 5ELZA 4FWKA 4IJNA 4YDUA 3M3ZA 2GEMA 5AZIB 1NMDA 1T44A 5JLHA 1NBWA 4CD3A 3GE1A 3MMVA 2IIRA 3ZX0A 4PL8A 1YXQA 5AQUA 1T6DA 1TUUA 5ADXH 4DB3A 1DEJA 3DXMB 3CI5A 3L0QA 3BUZB 3WXIA 5AQVA 1KXPA 4Z94A 3SK3A 3VENA 3UKUA 3M6GA 4CJ7A 3H3OB 3LDLA 2DPNA 5AQLA 5EY4A 2Q31A 3IFRA 4RCHA 4XH4A 5AQTA 4BRPA 5AQZA 3KVGA 3VGMA 3ENOA 3O1WA 2E20A 3SMSA 4I6MB 2IVPA 3VF4A 2E88A 3ZEUB 1Q18A 2W41A 2V52B 5EX5A 4B1WB 2ITMA 3VEXA 3SLCA 4XH5A 4HTLA 3LDNA 1BDGA 4K41A 4Y0WA 5AQRA 4WQ4C 5BRFA 4IJAA 2YHXA 1HJOA 4H0YB 5AQOA 5BPNA 1QHAA 1BG3A 2QWQA 2UYTA 4DCHA 3VPZA 5LJWA 1JCGA 2GWJA 3UB5A 3IMXA 2ZGZA 5BR9A 1GLBG 3DXKA 3BF3A 2FF6A 4BRFA 1NGEA 5AQWA 1ATNA 3O08A 2CGKA 4CZHA 4BQZA 3FZLA 3D2FB 1MA9B 1BUPA 3L4IA 3W0LA 1NGIA 2ZWHA 3O8MA 5AQYA 4FWQA 2QM1A 3VF2A 4BROA 2NZTA 4RWTA 4HWIA 4B9QA 1BA0A 1OKJA 3VETA 3WXJA 2E8AA 3CETA 2E2PA 2E1YA 2GTDA 3CJCA 4RTFD 2W40A 3WEEB 3MN6A 3EZWA 2Q0UA 4H0VB 4BRCA 4BRKA 2CGLA 4WQ4A 2A42A 4PL7A 2P9SA 3VESA 4BR2A 2H3GX 2YCHA 3HSCA 4O5FA 3GL1A 4BGAA 3QFPA 4BRMA 3HI0A 4DQ8A 5KPZA 2YI1A 1XQSC 3HBTA 3M1FA 2AA4A 5EXWA 1JCFA 2E1ZA 1ESVA 2HF4A 2PBDA 1RFQA 1J6ZA 2P9UA 4BC3A 2A40A 1JCEA 2ZF5O 1K8KA 1HKGA 2A6AA 5BN9A 3R8EA 3FGUA 4JHDB 1IJJA 2IVNA 3FR0A 4BQLA 2QXLA 4DHYA 3O4WA 3D2EB 2FSNA 1SQKA 4GY2B 4BRQA 4CZMA 2IVOA 3ATVA 4FWMA 1NGCA 4K43A 2QWRA 3FZHA 2ASPA 1GLCG 2P9NB 3IDHA 3QBWA 3O5BA 1XC3A 2J4RA 3BEXA 3O6WA 3QBXA 3H1VX 5AQHA 4EFHA 2VCPA 1U2VB 4BRGA 3G25A 3VEWA 4JD2B 2QWLA 4MLHA 1TYQB 4BR0A 4EHUA 4CBUA 3U9ZA 3H46O 5JMVA 1NGBA 2YJEA 4F9OA 2HMPA 2BTFA 3KZBA 2NRHA 3H1QA 4CZGA 1GLFO 2BUPA 1GLEG 2CH5A 5TKYA 3CJAA 5KQDA 3VEVA 1LOTB 3HTVA 4XEIA 1ATSA 4WQ5C 1X9JA 4CZLA 3QB0A 5JLFA 3JS6A 4IZ9A 4H0XB 5AQMA 3A5MC 4EAHD 1ZBSA 5BN8A 3C7NB 4CZFA 3CJBA 3AAPA 2P9KB 1YAGA 1XUPO 3SMPA 2CH6A 4J8FA 3WXLA 3W3DA 5AQSA 1E4GT 1RDWX 2F9TA 5F2RA 4CZIA 1T6CA 1Y64A 3BF1A 1Z05A 4FWLA 4JAXA 2E2QA 4B1VA 2D1KA 5FPDA 2ASMA 1ATRA 2HF3A 4PKHA 4K25A 1HKCA 3UE5A 5LJVA 5KPRA 4C23A 1IG8A 1CZAN 1HX1A 3I8BA 3C0BA 1NGHA 3A0IX 4H5RA 3GDQA 5B8HA 2P9PA 1ZXOA 4EIAA 4B1YB 4BRAA 3GG4A 5AZJB 2OANA 2YJFA 3VEZA 5BRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZLJA 2P9IA 4A2AA 4WQ5A 4CEZA 4OKKA 4B1UB 3AVFA 4E7HA 4FWSA 2F8SA 3VF6A 4QOZB 2D0OA 2YNGA 3AO1A 2O8EA 4CGIA 3RTVA 1S1XA 1A5WA 4BG9A 5F0XA 4FSVA 3R6MA 3HPOA 3LANA 2V7YA 4LSLA 2QWNA 4H8KA 1QVFM 2EWSA 4FJ5A 5AQFA 5AZIA 2FBXA 3I33A 4R79A 1U49A 4N41A 4BE1A 4CF9A 3E01A 4NYFA 3K5LA 3UKRB 2QW9A 4BG8A 3PSFA 3AVGA 2YNHA 3DXMA 4YOVA 3EO3A 4FM1A 1KLMA 4AHCA 2Z1JA 2FBYA 1Z25A 3D0PA 4ISGA 3V9ZA 1X3NA 5J1EA 4E1MA 4B3RK 2UXDK 3G6EN 1Z6RA 1JLQA 1NJZA 4AF1A 3OYJA 1WAFA 4DR7K 4E89A 4IKFA 1HYVA 3EKUA 1XHXA 5C24A 5J2NA 3MWPA 5I9EB 1EQYA 3EL2A 4CJ3A 4AM7A 3QFUA 2O8FB 1WSFA 4H03B 1TV6A 1SS6A 1TK5A 3SYZA 4OJRA 4EZ9A 3WQUA 4QCLA 1KAXA 3KKRA 3U4LA 3SUPA 4N47A 5M1NA 1ZBFA 3CJ9A 1XMOK 4OLBA 1RDAA 1U6ZA 2O8DA 1S9GA 4W5TA 3ZT0A 3C65A 2ATQA 3LDPA 4NXMK 4PUOA 4HUEA 5M1FA 4NCAA 2E2OA 1BIZA 5EVZA 1QQOA 3ULDA 1V4SA 1VSMA 2GELA 2ZQBA 1MDUB 4AHTA 3CCLN 3E1YA 1J53A 3B8AX 1XI1A 1BL3A 3O3GA 1VQ6N 1G15A 4M3ZA 2QWOA 1J5OA 3M8QA 4LF5K 2O4IA 2Q97A 3R9PA 4JEPA 3H3NO 1RBTA 4FJGA 4JKDA 1JLBA 1KAYA 4U67L 3MEEA 5FROA 4Z0UA 4KKOA 1QSSA 1KAZA 1S9EA 4FOIA 3U8XA 3CCJN 1D4XA 1SKSA 3ITHA 3QLHA 4K8ZA 4FLXA 1JKHA 4PKGA 4B3SK 4DQQA 1NK5A 4ISFA 4KFBA 1VSJA 4DR6K 1A5VA 2IDOA 4DS4A 1GLLO 3O4NA 3WQTA 4YOWA 2AP1A 3FLCO 3ID6A 4KTWA 4DV0K 4E3SA 2GBZA 5KTQA 1MU2A 5JVGL 3NHGA 4CZJA 3IG1A 4IO8A 4LFBK 2KHOA 1T8EA 1NWKA 1TUYA 3D7EO 2HBJA 2WC9A 2KLAA 3WNHA 4C1NK 4DTSA 3K9KA 3DAWA 3QIOA 4I2QA 2Y1JA 3VEOA 1W7AA 4BRIA 4FWOA 2HHHK 3FZFA 2E4LA 1H1VA 5DM6L 2OTJN 4BR7A 3AVJA 4NB4A 4Z4FA 3G71N 3CHWA 3T3FA 1YTUA 4DU3A 3VEYA 3DLRA 4NLCA 4QS7A 4CD1A 1O13A 2HOEA 4Z4IA 2P9IB 3ZETA 1XMQK 3DRPA 3QICA 3VQ9A 1VHXA 3J80O 2D0BA 1J5EK 3V4IA 5M1QA 3WUHA 1WSGA 1TAQA 3VERA 1YF5L 3ZT4A 2O8EB 3CPWM 3U3YA 2ITGA 5HP1A 5HBMA 1NGGA 3HOTA 4Q5VA 5GAEP 5AZJA 3H45C 3SV4A 4FWKA 4YDUA 4X66K 3QIPA 3T1AA 5AZIB 1T44A 1ILYA 3GE1A 5KRTA 3KKSA 1CZBA 5AJ3K 3L3VA 1YXQA 3P83D 4CGGA 1BGXT 5AQUA 3LDSA 1S1WA 3AVIA 2HB5A 3BZCA 4Z4CA 1T03A 3DXMB 1YJNN 4FLVA 3CI5A 5C25A 3BUZB 3WXIA 2VQFK 4DQRA 3HJFA 2FBVA 3VQ8A 2HMIA 4Z94A 3SK3A 1CXQA 3VENA 1S5JA 3M6GA 3SUQA 4CJ7A 2E6LA 3ZSQA 4NYNA 3IFRA 5AQTA 4LH5A 2XY8A 2G8UA 3VF4A 1WLJA 4RG8A 3L4QA 2V52B 1NKEA 1VK0A 1FJGK 3VQCA 3LWLA 4HTLA 1WN7A 3TSUA 4K41A 1VSIA 3WNFA 1HJOA 1FKPA 4H0YB 1K6YA 5AQOA 1QHAA 1BG3A 2QWQA 3KK2A 3CCMN 3VPZA 4E7JA 1IV0A 2IOCA 4CGFA 4CEQA 3MWTA 2ZGZA 1GLBG 4IG3A 4HVJA 2FF6A 4AHRA 2O8DB 5AQWA 4I2PA 1KFSA 1KC8O 1LW0A 3AO4A 3OYLA 4QAGA 3L4IA 3KK7A 3KWGA 2ZWHA 3NF8A 4JI3K 3NE6A 4B9VA 2O8CA 2UUBK 3VF2A 4FLWA 3HXMA 1OKJA 1IBKK 3ENBA 2E1YA 3E9PA 2GTDA 2W40A 1NNEA 5SWMA 2Q0UA 4H0VB 1N6QA 4BRKA 3SI6A 2A42A 3THWA 1OH8A 1NU0A 4E1NA 2H3GX 3DOLA 4JKAA 2RF2A 4FJIA 3GL1A 1RDDA 3HI0A 1SKWA 3HBTA 4CF1A 5E41A 3AA3A 4WE1A 2AA4A 5EXWA 1JCFA 5IWAK 3CMEN 4CFDA 1ESVA 2QTDA 1DLOA 2HF4A 3IAYA 3AO3A 1RT7A 4CHQA 1JCEA 2QKKA 2A6AA 1HYSA 5BN9A 4PHTX 4LF4K 1IBMK 4JHDB 4OPHA 3AVCA 2IVNA 3FR0A 2JGUA 3MX2A 5CY4A 1YJWN 2FSNA 2IVOA 1HNXK 4FWMA 3HOSA 4K43A 5GIOA 3FZHA 4AHSA 1JL1A 3KLFA 4DTNA 1GLCG 3IDHA 4GVMA 1XC3A 2J4RA 3BY5A 1IKYA 4O0JA 3O6WA 1I94K 3NH1A 3QBXA 3SAHA 4DF4A 3G25A 4GV6A 5GADP 2QWLA 4MLHA 3CFPA 1YT3A 4DFMA 4JI0K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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