The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J7Y P; 4LFA K; 1XNR K; 4YY3 K; 5FLX O; 5AJ3 K; 2UUB K; 2VQF K; 5LMU K; 1N36 K; 4DV3 K; 4K0K K; 1XMO K; 4JV5 K; 4LFC K; 3JAM O; 4JI4 K; 5A2Q O; 4YHH K; 2E5L K; 1IBL K; 4JI1 K; 4DR1 K; 3T1H K; 2F4V K; 4NXN K; 4DV7 K; 4DUZ K; 4B3M K; 4DR7 K; 5LL6 Z; 4JI6 K; 4JI8 K; 4DV4 K; 4JYA K; 4LF9 K; 4X65 K; 4X66 K; 2VQE K; 3T1Y K; 4LF6 K; 4JI3 K; 4JI2 K; 2UXC K; 4DV0 K; 4DR2 K; 1J5E K; 4LF8 K; 4JI0 K; 1N33 K; 4DV1 K; 4B3T K; 4CVN E; 2UXD K; 4NXM K; 1XMQ K; 1HNX K; 2HHH K; 4OX9 K; 2UXB K; 4DR6 K; 5IWA K; 4LF7 K; 4V19 S; 2UUC K; 4KHP K; 1FJG K; 5LMN K; 1IBM K; 1HR0 K; 1I94 K; 4GKK K; 4DV2 K; 3J7A P; 4LF5 K; 2UUA K; 4AQY K; 4LFB K; 4B3S K; 4JI5 K; 3J81 O; 1N32 K; 4B3R K; 1N34 K; 4LF4 K; 4DV6 K; 5BR8 K; 4DR5 K; 1HNW K; 3OTO K; 2ZM6 K; 5IT9 O; 4GKJ K; 4DUY K; 4X62 K; 1HNZ K; 4DR3 K; 4DR4 K; 4CW7 B; 4DV5 K; 4X64 K; 1XNQ K; 3J80 O; 4JI7 K; 2UU9 K; 1IBK K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L6Q A; 1LOT B; 3W3D A; 5AJ3 K; 3ISN C; 2HBJ A; 2RE2 A; 5CR4 A; 4IO8 A; 1TL1 A; 1L5U A; 2KTQ A; 1VSH A; 3CER A; 4B9V A; 1WSH A; 3THX A; 3O9Q A; 5KTQ A; 4ILH A; 3MWT A; 4DSE A; 5CYQ A; 4CJK A; 1RBS A; 1XWL A; 3D2F B; 4WQ4 A; 1DT9 A; 3LM9 A; 5GIP A; 3TAE A; 3O9T A; 3M6G A; 4C8L A; 1BHL A; 3SQ2 A; 1WB9 A; 3WT0 A; 4H8K A; 1JLQ A; 3AO5 A; 5C2D A; 3OYF A; 3FZM A; 2GUP A; 3PX6 A; 4CZE A; 1S6Q A; 1TKT A; 4NLB A; 1HUX A; 5AQJ A; 3TTF A; 4E7I A; 3CPE A; 3QFP A; 1EX4 A; 2NNW A; 1DLO A; 4Z4E A; 3WXJ A; 4WYB A; 2LSN A; 3RSE A; 3CJB A; 2O8D A; 2HBL A; 4CJ7 A; 3VET A; 4EHT A; 3O4W A; 5BN8 A; 5E41 A; 1HNV A; 3B8A X; 3EY1 A; 3ULD A; 4DTO A; 3C95 A; 1FW6 A; 3LDP A; 3SAH A; 1WLJ A; 4M3T A; 4ID5 A; 1Q81 O; 3K5L A; 3SQ1 A; 4DV2 K; 1W2B M; 2NUB A; 1JLB A; 4IOX A; 4H4M A; 1D9D A; 4JI5 K; 3BF3 A; 3VTI A; 3N4P A; 5EX5 A; 2VG5 A; 3CCE N; 1G15 A; 4EZ9 A; 2ITG A; 4YDU A; 2P9P B; 1FKP A; 1HNZ K; 1HKC A; 3BP8 A; 3D2E A; 3V9U A; 4DR4 K; 2E2O A; 1QHA A; 3HP9 A; 1WBB A; 2Z1G A; 4B1X B; 2VWB A; 2YNI A; 2HVH A; 1NGA A; 4RW6 A; 3RMC A; 2IIR A; 2FBV A; 1D5A A; 4KKO A; 4KPY A; 1JLA A; 1GLB G; 4ZTJ A; 3I8B A; 4CHY A; 4B1V A; 2I7N A; 2WTU A; 5F0X A; 1UA1 A; 5AQN A; 3AVG A; 4A61 A; 1VSM A; 3VQ9 A; 1L3S A; 2BGG A; 4BG9 A; 4C8K A; 3SV3 A; 3UB5 A; 3L2V A; 4E7H A; 2FBX A; 3F9M A; 4DCH A; 2KFZ A; 1OKJ A; 4DQQ A; 1JL2 A; 3IFR A; 1LAW A; 4FJ7 A; 4KV8 A; 4AH9 A; 2D0B A; 3VQD A; 3A8Y A; 3NH2 A; 1RTD A; 2NRZ A; 1VSK A; 3V1Q A; 1JKH A; 1UA0 A; 4RW8 A; 2HVI A; 4C23 A; 4DUZ K; 1VQN N; 2FBY A; 4CZK A; 4W5R A; 4N47 A; 3BF1 A; 1QZ5 A; 3P38 A; 3O9S A; 2EHG A; 2PY5 A; 3LPT A; 3E66 A; 2IVO A; 4HVJ A; 5AQK A; 3RRG A; 3LP0 A; 1RDA A; 1O1W A; 5HOO A; 4F8R A; 4DQ8 A; 4FJI A; 1RDC A; 2V52 B; 4LF8 K; 5E26 A; 3U9Z A; 4CZI A; 3F73 A; 5GAG P; 3ZT0 A; 5AZI A; 4FLY A; 4YOR A; 1BO5 O; 1K8K A; 3THY B; 3F5T A; 4M7X A; 4PKG A; 1LWC A; 4M7Y A; 4EAH D; 1TYQ A; 4LSL A; 4LF7 K; 3SI6 A; 1YUW A; 1GOC A; 4O44 A; 4A62 A; 4FZY A; 1I94 K; 5FRN A; 3RRH A; 3NF6 A; 3MCA B; 1X9J A; 4KH4 A; 3WNG A; 4AQY K; 3SZ2 A; 4B3S K; 1VRU A; 2B6A A; 1S72 N; 4DWI A; 1N32 K; 2OAN A; 1NGJ A; 1NGI A; 1BCM A; 4A2A A; 4GY2 B; 3SUO A; 1VSE A; 1KVB A; 1YXQ A; 3GBT A; 1LW0 A; 2YJF A; 3KHY A; 4DUY K; 3E9O A; 4BR2 A; 4BRD A; 3WXL A; 3EZ5 A; 3MXJ A; 4M42 A; 1F21 A; 3K57 A; 1TV6 A; 2OPQ A; 2QWM A; 3P4I A; 1T8E A; 4NYF A; 3R3L A; 3CM5 A; 3O9U A; 4IWV A; 3UKU B; 1ZXO A; 3K9K A; 4KHW A; 4W5O A; 4CJS A; 4AIL C; 2X6N A; 1BU6 O; 5M1P A; 5AR0 A; 4RW4 A; 4E3S A; 3KTQ A; 4UY8 O; 4CJU A; 3EE9 A; 4O5F A; 5HRP A; 2F96 A; 3DRR A; 3KKS A; 1T03 A; 1A5X A; 3H3O B; 4FLU A; 4E0D A; 4W5N A; 5AFU A; 5A2Q O; 4BRI A; 3CCM N; 3ZT3 A; 1YJ9 N; 4M3R A; 2W6L A; 2E5L K; 4CHN A; 4JI1 K; 4DKW A; 3T1H K; 1SQK A; 2CGJ A; 2RKI A; 1OH5 A; 2GEM A; 4CHP A; 3HZ6 A; 2ZGY A; 3HVR A; 4BGA A; 3T7Z A; 3WQT A; 3CCU N; 1WSG A; 3O4N A; 5KQD A; 1GLE G; 2G8U A; 4CIG A; 4BR5 A; 4CZH A; 2D4W A; 2W41 A; 3DAW A; 2E6M A; 4BRK A; 2A40 A; 3LDS A; 4B3T K; 4AM7 A; 4BR7 A; 3K59 A; 1JLC A; 3U3G A; 4QS9 A; 1VSL A; 4EP5 A; 4OGE A; 4FLT A; 4V19 S; 4CJQ A; 4KHP K; 1HYS A; 2QWP A; 3NBP A; 4FLV A; 2PFU A; 4J2E A; 3O3G A; 4B1U B; 5D3G A; 1EET A; 3J7A P; 3WXM B; 5HBM A; 4B9N A; 4FJN A; 5SZT A; 3S3M A; 1RGI A; 2F9W A; 3L4I A; 1HPM A; 3K0S A; 1QQM A; 3TI0 A; 2NZT A; 1IKX A; 4C8N A; 2NRT A; 3VEO A; 2HNZ A; 4KI4 A; 3P1G A; 2Q0R A; 4UQG A; 2BUP A; 4FXD A; 4Z0U A; 3AO2 A; 3AO4 A; 3TAB A; 3ZSV A; 4XH5 A; 3WNH A; 3RMA A; 2P9P A; 3AVB A; 1X1P A; 2DFH A; 1NGE A; 4BQL A; 4MO4 A; 2A42 A; 1OH8 A; 4PHT X; 3OW2 M; 2AA4 A; 3M8R A; 2E6L A; 1RT2 A; 1YVN A; 3CHW A; 3DYA A; 3GDQ A; 1EQY A; 3AA4 A; 2GWK A; 2HST A; 3SNN A; 3IMX A; 4B9U A; 1QZ6 A; 1RT1 A; 1EWQ A; 4LC9 B; 2UUB K; 4GV9 A; 2ETJ A; 4H0T B; 4BAC A; 1VSI A; 4KAZ A; 3NGZ A; 4CGH A; 1KVA A; 3DLH A; 4YHH K; 1S1U A; 2YHX A; 5GAH P; 3IKM A; 3NCI A; 4DU4 A; 2A41 A; 3U8X A; 4OLB A; 4JI6 K; 3NAE A; 3MCP A; 2GTD A; 2OTL N; 3KK7 A; 3ZX2 A; 1LWF A; 2O4I A; 4B8C A; 3B6P A; 3M8P A; 3HO1 A; 3CC2 N; 1WSF A; 1FKO A; 1S6P A; 4AM6 A; 1LWE A; 1WNS A; 3GE1 A; 3HM9 A; 1TKD A; 5BR9 A; 4DS5 A; 1J9A A; 3VMF B; 2DY4 A; 4NXM K; 2RPI A; 1VQK N; 4MDA A; 1ZBF A; 4OX9 K; 4QS7 A; 4FSV A; 3IS9 A; 3TAM A; 3CFO A; 3IUC A; 4FJM A; 3NH0 A; 2AP1 A; 3LDQ A; 1KXP A; 4CBU A; 4FLX A; 2G8W A; 5BN9 A; 5HP1 A; 4E1M A; 5AQL A; 1RFQ A; 4CED A; 3RSE B; 3J81 O; 1P8Z A; 4BE2 A; 1RTI A; 3CFP A; 2HMI A; 1NJZ A; 3O3H A; 3DM2 A; 4DFM A; 3UE5 A; 4DTR A; 2WBN A; 4ELU A; 3VQP A; 1ESV A; 4CGD A; 4CJR A; 5M1N A; 1E4G T; 4JS5 A; 3TSU A; 1NGC A; 3VF4 A; 1ZYQ A; 1RT7 A; 3QIC A; 4B9T A; 3AVA A; 3E1Y A; 2NRW A; 5FDL A; 2HW3 A; 2ZJP L; 4L8R B; 4PY5 A; 4H0P A; 3UKU A; 4GV6 A; 4FWO A; 4B9S A; 3NE6 A; 4MLH A; 5BPM A; 4IXC A; 3ZEU B; 4CZG A; 5CYM A; 2Q31 A; 4J8F A; 4C8O A; 1QVF M; 4E1J A; 3JXU A; 1D4X A; 3OYG A; 3FLC O; 3NF9 A; 4BWJ A; 2IC3 A; 3ZSW A; 1VQ6 N; 5TKW A; 2ZQB A; 3DWL A; 2Z1J A; 4AF1 A; 5LL6 Z; 2YNF A; 2G8I A; 3WQU A; 1BA1 A; 3LWL A; 1VSJ A; 3ID6 A; 1X9S A; 1JLG A; 4X65 K; 3OYC A; 3PX4 A; 2VQE K; 1CXQ A; 3T1Y K; 1T05 A; 4JI2 K; 4WFB L; 4DF8 A; 4FOE A; 3OYD A; 1VQL N; 4JS4 A; 1K8A O; 4BR9 A; 1VRT A; 2E2P A; 3CJA A; 2XY8 A; 1XI1 A; 2ZJQ L; 4FVM A; 2HHS A; 2FXU A; 4BRH A; 4RWT A; 3OS1 A; 2O4G A; 3TAN A; 1VQ7 N; 1K73 O; 4FJG A; 4DR6 K; 2PYL A; 2HHQ A; 3SUQ A; 3QEV A; 5I9E B; 1RBV A; 5MLC Q; 3PUF A; 3NHG A; 5KPT A; 3NF8 A; 4WQ4 C; 2FC0 A; 4IFE A; 4U67 L; 3BZK A; 4NB4 A; 3G10 A; 4QAG A; 4LFB K; 4BR4 A; 3SCX A; 3QIO A; 3U6F A; 4H0X B; 2YKM A; 1TAU A; 3TTD A; 1JCG A; 5C0Y A; 2VWK A; 1YI2 N; 1EXQ A; 3DLG A; 3T1A A; 1I39 A; 4X62 K; 4BC2 A; 3ZT1 A; 3MXM A; 3HVT A; 3MN6 A; 2D0C A; 3DLK A; 3SV4 A; 3ATV A; 4LSN A; 3AVL A; 4E1N A; 4CHZ A; 3AVI A; 2OPS A; 3RMB A; 3R6M A; 2H3G X; 5CE3 A; 4DSI A; 1Q86 O; 2GX9 A; 3VQ6 A; 4R5P A; 4PL7 A; 4BVP A; 4YY3 K; 4BRG A; 1BOT O; 3RMD A; 2OPR A; 5LMU K; 2NRH A; 4ISG A; 4DV3 K; 2QEX N; 2XY7 A; 1N6Q A; 3RR8 A; 4FM0 A; 2KZZ A; 2OA8 A; 2IAJ A; 4B1W B; 1Z25 A; 3SUN A; 1QVG M; 5ADX H; 5GAE P; 4R79 A; 2XO7 A; 4YDU C; 1WN7 A; 3DJC A; 2VG6 A; 3NVK A; 4BRM A; 3M1F A; 3MMV A; 1YT3 A; 2ATQ A; 4QCL A; 1S9G A; 1JCF A; 2HBK A; 4JI3 K; 1QQO A; 5KGX A; 3AV9 A; 3NFA A; 2P9S A; 1WBD A; 5BRF A; 3V1R A; 3QO9 A; 1UOC A; 3ZYY X; 5BRE A; 3C65 A; 4CVN E; 1XQS C; 1IKW A; 5AQG A; 1J5O A; 5J2M A; 3QB0 A; 1G99 A; 3VA3 A; 4M45 A; 1IV0 A; 2UXB K; 4IDH A; 1LCU A; 1ATN A; 3AVJ A; 5IWA K; 1KLM A; 4CJL A; 3PIO L; 5C42 A; 5FRO A; 4I9Q A; 3WXK A; 3ITH A; 3DI6 A; 4K8Z A; 3V4I A; 1VSF A; 4IZ9 A; 4CEO A; 3VA0 A; 1TL3 A; 4Y1C A; 1JLE A; 3AO1 A; 4CZF A; 2Q1N A; 1WUA A; 5AQQ A; 4LY7 A; 3K58 A; 3VGM A; 4HWI A; 4LH5 A; 1SUQ A; 4MFB A; 1NK7 A; 3I0S A; 4RW9 A; 3V6D A; 2OZM A; 4M41 A; 4A57 A; 1DKG D; 5FPM A; 3MWP A; 4YOV A; 1KAZ A; 1U49 A; 4GKJ K; 5AQY A; 3DLB A; 3RWU A; 3P83 D; 1NBW A; 2HHV A; 2QKK A; 3H08 A; 2P9I B; 4FZX C; 3IAY A; 4M3Z A; 1NK0 A; 3ZSY A; 1HJR A; 2CGK A; 4KH6 A; 4DV5 K; 1S3X A; 3CG7 A; 4HCC A; 2CH6 A; 1Z05 A; 2RF2 A; 4KTW A; 3TU5 A; 1YF5 L; 4ELV A; 2A6A A; 1KTQ A; 3EEQ A; 3E9P A; 1RIL A; 5GAD P; 4DG1 A; 5AQO A; 1VK0 A; 3ZEU A; 3THW A; 4FOI A; 3MED A; 1N5Y A; 2PAV A; 3HYF A; 1IG9 A; 4B8A B; 2VGN A; 3KIO A; 3LWM A; 1DEJ A; 4DLG A; 4AHT A; 2QWR A; 5JIC A; 5TKY A; 2X74 A; 1RDW X; 4DSJ A; 3C6H A; 5JLH A; 2F8S A; 1SKR A; 2KW4 A; 5KGW A; 2O8F B; 1ASV A; 4DTS A; 1Z26 A; 1C1B A; 3AVH A; 4KHS A; 1W97 L; 2Q97 A; 5JLF A; 4CJ5 A; 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3D6R A; 1HJO A; 4I7F A; 3ENB A; 2FLO A; 1ZC6 A; 3QFU A; 3KJV A; 5LJW A; 1NOZ A; 4M3X A; 4C1N I; 1MWK A; 4E7J A; 4FM2 A; 2QWO A; 2V7Y A; 4ILG B; 5BRH A; 1H1V A; 4BDY A; 3ZT2 A; 4JAX A; 3HI0 A; 3ENH A; 4Z4F A; 2FF3 B; 5EVZ A; 4TSX A; 4EHU A; 3DOK A; 2KQ2 A; 4ID1 A; 5HRS A; 3A5O C; 5E84 A; 3KD5 E; 4XIU A; 3A5L C; 4BRC A; 3G25 A; 1BCO A; 1A5W A; 3IDH A; 3SAF A; 3O1B A; 5AQP A; 4BDP A; 5T7B A; 3L3U A; 4IEE A; 1HRH A; 3VEY A; 4I9L A; 2V7Z A; 4B3R K; 5DMR A; 1NKC A; 5AQT A; 4DTP A; 1K9M O; 2A1S A; 4F3O A; 4KTZ A; 4BQZ A; 4FJ5 A; 4O8K A; 3KZB A; 2E4L A; 3CCS N; 3DLR A; 3QEW A; 3TSP A; 4JRP A; 1IG8 A; 4J2A A; 4DFP A; 3MAQ A; 4YOT A; 2P9I A; 1IJJ A; 1L3U A; 1NNE A; 3BY5 A; 2EX3 A; 1ILY A; 4OKK A; 5F2R A; 1RTJ A; 3FFK B; 3HJF A; 1WSI A; 3SAG A; 4B1Y B; 3WEE A; 1HQE A; 3ZCM A; 1YIJ N; 1D9F A; 3SPY A; 5CZ2 A; 3BUZ B; 5FPE A; 3ALY A; 3DRS A; 1X9W A; 4LH4 A; 1YTA A; 3P5J A; 2B5J A; 2P9K A; 1DTT A; 2FF6 A; 4CJP A; 1IKY A; 4IJA A; 4MDB A; 3T69 A; 1OVY A; 2NRR A; 2W6K A; 1YVU A; 1WAJ A; 1RDB A; 4M3W A; 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