5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
1S9GA 4DTOA 3ITHA 5C42A 4F2SA 2OA8A 1KLNA 1ZBHA 1NOZA 1RBSA 4WE1A 2F8TA 1TV6A 2KQ2A 2X6SA 1Z26A 3P5JA 4M3ZA 3SUNA 4K8ZA 4FM2A 1RT4A 1EP4A 3I0RA 3LPTA 4M41A 3MEDA 5KTQA 1UOCA 4JS4A 4CJ5A 4DLEA 4KFBA 4DQSA 1L3VA 2G8HA 1ZBLA 4FLWA 3O3HA 1NK4A 1SUQA 3M8PA 4OLBA 1BQNA 4O55A 4FLVA 3QIPA 1J5OA 5JS2A 2HNZA 3DLRA 4DTUA 4B8AB 2WONA 3AO3A 4XIUA 3VQ5A 2AJQA 5HBMA 3NHGA 2I5JA 4BE2A 1K6YA 4KHSA 5CZ2A 5SZTA 4FJJA 3OYIA 3MXJA 4J2EA 1U48A 4CHYA 3VQCA 2KFZA 4CEQA 4C8NA 4CERA 4DSFA 4DSLA 4FJIA 1XHXA 4I2QA 1TAQA 3KLEA 3PV8A 3KKSA 4N47A 4CJKA 3LWLA 4FZYA 3KD5E 3DRSA 4CIGA 2VG7A 3CQ8A 1CLQA 1RDDA 1HYSA 2IOCA 4M45A 1Z25A 4EP4A 1TK5A 3OS0A 1WSGA 1WN7A 1T05A 4FZXC 1KTQA 1RT7A 3VQ9A 4OKKA 3PO4A 5HLFA 2JGUA 3S3NA 1TAUA 4DU1A 3L2UA 1GOBA 3O4QA 5DMRA 4CF8A 1JLFA 3QO9A 2Z1IA 5HRSA 2YNHA 1TK0A 4CJPA 3DLGA 3V9SA 4CE9A 3IG1A 1NJZA 5EU7A 2Q3SA 4EZ6A 3NDKA 1FKOA 4LH4A 3C6UA 3OYDA 1VRUA 3OYEA 1U45A 3OJSA 4B9NA 4CGIA 1Q9XA 1ASWA 4FJ7A 1RTDA 1VSJA 3ZSYA 2W42A 4CF0A 1T03A 2PZSA 4CK3A 2WOMA 4B9UA 3AA5X 5KRTA 2QK9A 4HHTA 1SKSA 3U3GA 3HSTB 1IKVA 4M3XA 3QERA 4B9LA 5C25A 3C6TA 2BGGA 1C1AA 1CZBA 4M3TA 3NE6A 3EZ5A 2B6AA 3VA3A 1NK8A 3VQ7A 4AHVA 3HK2A 2HHVA 4FZZA 1RTJA 5CYMA 3B6OA 5DK5A 3MECA 4KO0A 5T7BA 1JLBA 1LWEA 4K8XA 3AV9A 2R7YA 1S6QA 2XO7A 4E0DA 3L2VA 2YV0X 4IFYA 1EX4A 2G8KA 4FJMA 4OLAA 3K2PA 4J2BA 3LP0A 2YNFA 2HHWA 4HUFA 4F3OA 1YTAA 4BE1A 2GV9A 5CY4A 4CJRA 2KW4A 3P1GA 1SV5A 4RG8A 1IH7A 2OPQA 3P83D 4Z4FA 3CM5A 4EP5A 4BWJA 1ITGA 3KIOA 4DFKA 4Q0BA 1BI4A 4E7HA 3V1QA 3G10A 4RW7A 1WSHA 3NH1A 1HNIA 2OPSA 4ZHRA 4E89A 5HRNA 4CJLA 2G8VA 4Z4IA 4EZ9A 5D3GA 3SPZA 1RDAA 3LANA 3AA2A 3HL8A 4G1QA 1HYVA 4JS5A 1NK7A 2P5GA 1C0MA 3OYBA 4O0JA 4Z4GA 4Y1DA 4CFDA 2YNIA 2DY4A 3KD1E 2YKNA 2XY5A 3SQ4A 1NKCA 1KFSA 2Y1JA 2RF2A 4CGHA 3V9UA 2G8WA 3OYKA 1KSPA 4OGCA 3OYAA 1S1WA 3NH0A 3SZ2A 3NCIA 4CJUA 3HXMA 1I39A 3QNOA 4Z4CA 1B9DA 4DQQA 3V81A 2KZMA 3MAQA 3HJFA 2O4GA 4FXDA 1VSHA 2DFEA 4CEAA 4KHYA 5KI6A 3RMDA 4CGDA 3NGIA 3SYZA 3QEXA 4F2RA 3DLKA 2A1RA 4KTWA 4KHNA 4JRPA 1QSYA 4CHNA 2P1JA 4BWMA 3NF7A 3NF6A 4AHUA 1BHLA 4CEBA 2OZSA 2FBYA 1RT6A 1SL0A 4DTJA 3G0ZA 1NJWA 4KTZA 1VSMA 4B08A 1SL1A 3ISNC 4I7FA 5KRSA 3AO5A 1RNHA 3KK2A 1WSFA 2YHBA 1IO2A 4CF2A 4KB0A 1DTTA 3ZSVA 2O4IA 3LDSA 3K57A 3PX6A 5CYQA 4KTQA 3NBPA 4FK0A 4C8KA 3T3FA 1S9EA 4CJ3A 1VSDA 4CFBA 3DMJA 4Q5VA 4DTXA 4DFMA 4C8OA 3UIQA 3AVAA 3SV4A 4DTMA 3KTQA 1RBRA 3KLIA 3TR8A 2OYQA 1F21A 3U6FA 2FBVA 2IDOA 1SKWA 3RR8A 3KLFA 1WSJA 1N5YA 3L8BA 5J2PA 3CFOA 4M42A 3HO1A 4M3YA 3BGRA 3PY8A 4AILC 1U49A 3CYMA 2IGIA 3L2WA 4KKOA 4DS5A 4N76A 1TVRA 3AA3A 4RW8A 4CFAA 4DFPA 3CG7A 3OYMA 2HMIA 4BACA 4DG1A 1Q9YA 1FKPA 4CJSA 4ZTJA 3LP3A 2DFHA 1U47A 3WNHA 3MXIA 1L5UA 1ZBIA 3SQ2A 3VA0A 4E1NA 4I2PA 4OKEA 4FJHA 4FK4A 1KLMA 4PA1A 1U04A 1VSFA 1GOCA 3LALA 1ZYQA 4FJGA 2PYLA 1BISA 3FFIA 3NGZA 4E7IA 3D45A 4R5PA 4CESA 3OYNA 5HRRA 3VQ8A 3KK1A 3AVMA 2HNDA 1X9MA 3PO5A 1LWCA 4KV8A 3AVGA 1J9AA 3DLEA 3WNGA 2DTUA 3LAMA 4LSNA 1N6QA 1G15A 4L8RB 4QOZB 4DTRA 4B9MA 4ELTA 1RDCA 3IS9A 4E3SA 1GOAA 4E1MA 3TAEA 3AA4A 4AHRA 3KK3A 3RMAA 3MXMA 2HB5A 2B4JA 2HVIA 3DLBA 3L2RA 1SL2A 3ULDA 1KVAA 1DLOA 1BIUA 3DM2A 2OPRA 4O0IA 4KI6A 3JSMA 4O44A 3SQ1A 4FM0A 1KVCA 4NCGA 3EY1A 3RMBA 2PYJA 4FW2A 3KLGA 3DYAA 3ZSZA 3ZT4A 4FLUA 3T19A 4CK2A 1MU2A 5HP1A 3HM9A 4B8CA 1LW2A 3SUPA 3OS2A 2F8SA 4NYFA 4W5QA 1W9HA 4QCLA 1A5VA 1BI4B 3VQAA 3LPUA 1HMVA 2ZQBA 4TSXA 1YT3A 3RR7A 4RW6A 2ZD1A 4M3RA 2XY6A 4DQRA 3AVKA 4E7KA 3RWUA 4W5NA 1RBVA 1BL3A 4AH9A 4YFUA 5I42A 3TAMA 4YNQA 3ZT0A 3SI6A 3TI0A 1NKBA 2D0BA 1X9WA 1T8EA 4ELUA 1JLAA 2B5JA 4NCAA 1TL3A 4ICLA 3A2FA 1IKWA 1RT2A 3V9XA 4B9TA 4FYDA 1R0AA 1W0HA 4DF8A 1BQMA 4DTPA 3PX4A 1BCOA 5KGXA 3M8RA 1DTQA 1S1UA 1QS4A 5FRNA 1WLJA 1XI1A 1WAJA 4OJRA 3DLHA 2D0AA 4AHTA 3VQPA 4CJVA 2NUBA 4LSLA 3OYGA 4BDYA 4DF4A 1L3TA 4C8LA 3AVNA 4BE0A 4FCYA 4FJNA 4ELVA 1RCHA 3HT3A 3VQQA 2EHGA 3CFRA 3LP2A 3HYFA 4CCHA 3C95A 4PY5A 1CXUA 4N5SA 3TWHA 3F73A 5J2NA 2XRIA 1TKTA 3VQBA 4AHSA 4DTSA 1HQEA 1NKEA 3RTVA 1X9SA 3VQ4A 4MFBA 1JLQA 3OY9A 3V6DA 1KVBA 2HHUA 4CJEA 4DSKA 3QLHA 1IG9A 4W5RA 1WSIA 3QIOA 2YNGA 1UAXA 1Q8IA 3LZIA 2Z1JA 1VSKA 3U3YA 4DTNA 3O4NA 2HHTA 1CXQA 3OYLA 1Y97A 3QEIA 3LZJA 4I9LA 1KRPA 4M3UA 2HHXA 1VSEA 4RW9A 1X1PA 3VQ6A 3VN5A 1XWLA 4PUOA 3OS1A 4E7JA 1S6PA 1VSIA 4HUEA 5FRMA 4H4MA 2BE2A 3EYZA 2G8FA 4J2AA 1JL1A 1RTHA 4KRFA 3OYCA 3KKRA 4OKJA 4CIFA 2A1SA 3HPGA 3ZCMA 3ZSXA 1L3SA 2KTQA 1U4BA 1I3AA 4ID1A 2RKIA 4DQPA 1NOYA 4CK1A 1LV5A 4ZTFA 3QEVA 4DFJA 2GBZA 1RT5A 2RN2A 4DS4A 2P51A 4QAGA 5FDLA 3K59A 1J54A 1EKEA 1EETA 1NK9A 3IAYA 1BGXT 3ZT3A 2EX3A 3L3UA 3V9ZA 4IKFA 4H8KA 4DSEA 1UA1A 1XC9A 3SQ0A 2HVHA 2X6NA 4FLTA 2RPIA 3CM6A 3TAGA 2D0CA 3ZSOA 1C0UA 2DFFA 3AVIA 3OYHA 4GVMA 3SPYA 1S5JA 2ETJA 1C1CA 4Z0UA 4B9VA 3K5OA 3O3GA 1D5AA 3F9KA 4CEZA 4KI4A 4FJ9A 1TL1A 2X78A 5CZ1A 4N56A 1WNSA 3NH2A 2YKMA 2D5RA 4OGEA 4FLZA 4F4KA 4CFCA 2E4LA 1LAVA 1VSLA 1TKZA 4CGJA 3OYFA 1D9FA 2BDPA 2KZZA 4HVJA 5C24A 1B92A 4FW1A 3L3VA 3K5NA 3O3FA 4AHCA 4CIEA 4C8MA 2VG6A 5SWMA 3NAEA 1QTMA 1JLGA 3AO4A 3OVNA 1B9FA 1QE1A 2Z1GA 4CJWA 4DU3A 2GUIA 3VQDA 2PY5A 1T7PA 4DMNA 4B3OA 4B9SA 4NYNA 4MQ3A 4CJQA 4O5BA 1HRHA 1QSLA 3PUFA 1YTUA 2VWKA 1RT1A 3L2QA 1FXXA 2YHAA 3H08A 4CGFA 1XHZA 1HYZA 3DI6A 2XHBA 3I0SA 4FLYA 2Z1HA 1SKRA 4OVLA 1D8YA 1EXQA 3THVA 1A5WA 3K58A 3S3OA 4CECA 3SV3A 1JLEA 3HVRA 3S3MA 2F96A 1VK0A 2BANA 1TK8A 3V1OA 3KJVA 4M3WA 1L3UA 4FM1A 1BIZA 4CJTA 3TAFA 1HNVA 3NGYA 2XY7A 4KHUA 2QXFA 3V9WA 4KPYA 1RBUA 3ASMA 1HPZA 1TGOA 4O4GA 3IRXA 3AO2A 4CEDA 4Z4EA 3RRGA 4IFVA 4UQGA 1RBTA 4HUGA 3AO1A 3LWMA 1ASUA 4HTUA 4F3TA 1J53A 3PX0A 1ASVA 1JXEA 3ZSWA 4CEFA 3AVFA 4CGGA 1S1XA 3ZT1A 3QEPA 1UA0A 2XY8A 1QSSA 3QNNA 3SNNA 1VRTA 3AVHA 3K5MA 2OZMA 4FJXA 1C6VA 2ZE2A 3VQEA 3QETA 4PWDA 1JXBA 4DSIA 3KLHA 2ITGA 3HPHA 2E6LA 2FC0A 1ZBFA 4NCBA 3LP1A 4DWIA 4KHWA 3ZSQA 3JYTA 4KREA 4RW4A 1FK9A 1BCMA 5J2MA 2HHQA 1LWFA 3HP9A 2IS3A 2HNYA 4CJ4A 4W5TA 2G8IA 3ZSRA 1QHTA 3M8SA 4FJKA 1LAWA 3AVLA 1QQCA 3C94A 4LD0A 4CHQA 1IKYA 3LAKA 4HCBA 4PQUA 1HQUA 1RT3A 4W5OA 2IC3A 3CFPA 2Y1IA 4IDKA 1NK5A 4KAZA 1S1VA 4H4OA 5KGWA 1C0TA 2G8UA 1JKHA 2LSNA 3TANA 2HW3A 3MEGA 3QEWA 4J2DA 3E01A 3T1AA 3HPOA 5FROA 1S1TA 3QESA 4DU4A 3K5LA 1KCFA 1ZBUA 2IAJA 3ALYA 5K14A 3BDPA 4E19A 4FJ5A 1HJRA 4KB1A 4FK2A 3WNEA 2E6MA 2QKKA 4FJLA 4HCCA 1RILA 1NK0A 4CHZA 1IKXA 1A5XA 4IG3A 1WAFA 3RMCA 4KHQA 2KFNA 5JS1A 3DOKA 3HVTA 5I3UA 3AVCA 1CZ9A 3OJUA 4IG0A 3HP6A 4CEOA 5E41A 3TABA 3TARA 1NJYA 2VG5A 4JLHA 1REVA 1RDBA 3NFAA 3WNFA 4OPJA 5HROA 1NK6A 4I9QA 2FBXA 4FLXA 1NJXA 1TKDA 4DLGA 2HHSA 1LW0A 4BDPA 4CHPA 5J2QA 1O1WA 3SUQA 2VWJA 4CF1A 3AVBA 3TAQA 4IBNA 4LY7A 4GW6A 3D0PA 3SCXA 2X74A 3SJJA 3V4IA 3DRPA 3S9HA 3DOLA 3V1RA 4Z4HA 4LH5A 4F8RA 3I8DA 1TKXA 4CHOA 3MEEA 3AVJA 3ZT2A 2FBTA 4JRQA 3DRRA 4GMJB 1JLCA 4CF9A 1C1BA 1KFDA 2OPPA 3QINA 4Y1CA 2P5OA 2QKBA 1YVUA 1D9DA 3B6PA 4E7LA 3SUOA 4CJFA 4OPKA 4BDZA 4N41A 3NF9A 1UWBA 4DQIA 1JL2A 2JLEA 4ID5A 3OYJA 3M8QA 1RTIA 4DSJA 4CEEA 5J1EA 4FJ8A 3RRHA 3NF8A 3TAPA 1WSEA 5HRPA 4FVMA 2ATQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S9GA 3S41A 1KLNA 1NOZA 1W97L 2F8TA 4M3ZA 3ZEUA 3T1HK 4K8ZA 4FM2A 2HF3A 1KAZA 1EP4A 1YJ9N 5KTQA 4DQSA 4JS4A 2NRXA 4KFBA 1HNZK 2G8HA 3VGLA 3B8AX 1QQOA 2W40A 3O3HA 4I6MA 1BQNA 1TYQA 4LC9B 1IBMK 3DLRA 4J8FA 1M1KO 3AO3A 1HNWK 4BE2A 4KHSA 5CZ2A 5SZTA 3U8XA 3G25A 5BR9A 3MXJA 4CERA 2RE2A 1MWKA 3ZETB 4FZYA 3DAWA 3A5OC 3OTOK 1MA9B 1VQLN 4M45A 4EP4A 1Z25A 1TK5A 3ZX2A 4BRFA 1T05A 3CJ7A 3LL3A 1KTQA 3PO4A 2JGUA 3I33A 4JKFA 1TAUA 3ZLJA 3BF1A 3O4QA 4CF8A 1JLFA 4IXCA 4JKEA 2QEXN 2E8AA 3DLGA 1XNRK 4EZ6A 1FKOA 4LH4A 3C6UA 3OYEA 4FJ7A 3OJSA 4CGIA 4Y0WA 1Q9XA 1EO1A 4CF0A 1GLFO 2YJFA 3R1XA 2WOMA 4B9UA 2QK9A 4DR1K 4PKHA 3U3GA 1IKVA 1RDWX 2B6AA 3VA3A 4AHVA 3CHWA 3CCUN 2YV0X 2V7YA 1EX4A 4FJMA 3RVCA 5FPMA 4HUFA 4BE1A 4CJ7A 3QICA 2A41A 1XMQK 4Z4FA 1ATNA 3GBTA 4B1YB 1VQ5N 3DXMA 3G10A 3NH1A 4DQ8A 2OPSA 5KQ8A 2JWLA 5HRNA 4CJLA 4Z4IA 5AQRA 1I94K 1U2VA 3SPZA 4G1QA 4JHDA 4JS5A 1NK7A 2P5GA 4JN4A 4O0JA 1ZXOA 3A8YA 4Y1DA 3SAGA 3KD1E 3SQ4A 1NKCA 2Y1JA 2RF2A 4CGHA 3V9UA 5BPNA 3OYAA 3CCSN 3SZ2A 3NCIA 1B9DA 2QA4N 3V81A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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