3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
3CCLN 1N8RO 1YHQN 4WF9L 3CCVN 1VQ4N 3DLLL 3CXCM 5JVGL 5HL7L 4WFAL 1VQ6N 4IOCL 1YJWN 1VQ8N 1YJNN 2ZJQL 1VQPN 1Q81O 5GAGP 1KQSM 2QEXN 3CCQN 1VQ9N 1JJ2M 3G71N 2OTJN 3CMEN 3OW2M 3CCMN 3CD6N 5MLCQ 1YI2N 1M90O 4IOAL 1YITN 3CPWM 4WCEL 3CF5L 5H1SQ 3CCUN 2ZJPL 5JVHL 2ZJRL 3PIOL 3CC4N 1YJ9N 1W2BM 5GAHP 1KD1O 1M1KO 1VQNN 3CC2N 4WFBL 4WFNL 4U67L 1S72N 4UY8O 3I56N 1YIJN 1OVYA 5GADP 3CCEN 1Q82O 3CCJN 2OTLN 1K9MO 1VQKN 3G6EN 3CCSN 5GAEP 3J7ZO 5DM6L 3CC7N 1K73O 1K8AO 1Q86O 1VQON 1KC8O 1QVGM 1Q7YO 3I55N 1ILYA 3G4SN 5DM7L 3CMAN 3PIPL 1VQ5N 1NJIO 2QA4N 1VQ7N 3CCRN 4IO9L 1QVFM 1VQMN 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTRA 4OPHA 3ZLJA 5BN9A 3QFUA 4O4GA 3LZJA 1DTQA 3UIQA 3SI6A 2E2NA 4O5FA 3KK1A 4WFAL 1NGHA 4IOCL 1UA0A 3KZBA 3MEGA 4JI8K 4OLAA 1RBTA 4IFYA 2E4LA 4NLBA 4KHWA 1S9EA 3DYAA 4LF8K 4KHNA 4EAHD 1KQSM 2YNFA 4XH4A 4IFVA 3QEPA 4QAGA 1RTHA 5HP1A 2IC3A 1S1VA 1ZBLA 4GVEA 1RBSA 1RT7A 2O8FB 1O13A 2X78A 4LH4A 2O8BA 3P31A 5M1KA 3IKMA 1U4BA 3NFAA 4CF0A 3PX0A 3SUNA 2O8BB 4CW7B 3W3DA 4LFAK 2D0CA 2GEMA 4M3RA 1ATNA 1RT6A 4IDHA 3BZKA 3Q7BA 4CIEA 4CJ4A 4KI4A 3MEEA 4M3XA 4CK2A 1QQNA 4OGEA 3K57A 5GADP 4BC4A 1RTIA 3U6FA 5B8HA 3BDPA 3H45C 3LL3A 4JK7A 4YOYA 3JSMA 3ULEA 3T7ZA 4CZKA 3LDNA 4KTQA 4PKHA 4FJLA 1XNRK 3ULEB 1L5UA 4N41A 1K8AO 4DCHA 3O9RA 1MA9B 4RW4A 3AY9A 5EXWA 1Q7YO 2F96A 1GLLO 1U49A 4JHDB 1NOZA 3D45A 3LALA 1I3AA 3VN5A 1RFQA 3TU5A 4KHPK 3OYIA 3KLHA 4LF9K 4NCBA 3RR7A 4O5BA 4CZFA 3O9UA 5BRFA 3H1QA 3C94A 3THWA 1ITGA 4WF9L 3EYZA 1S22A 3WNGA 1XMOK 3QB0A 1BQMA 4C1NI 3N4QA 1VQ6N 1D5AA 1XQSC 1KVAA 3MMVA 3PY8A 4DTOA 2YHAA 3LANA 3HYFA 3SV4A 1NK4A 3L2RA 1Q81O 3P39A 3J7AP 1VQ9N 4DV5K 1JJ2M 3I8BA 3T1AA 3C6HA 4ICLA 2QKBA 2D0PA 5KPZA 4RW7A 1UA1A 5AR0A 3SYZA 4BWMA 1LCUA 5E41A 4CHQA 4YNQA 3SUOA 4OKJA 3O4NA 2QWQA 4CZGA 1B9DA 4W5QA 3QBXA 5J2PA 4YY3K 1NM1A 3T19A 3SZ2A 1QS4A 4CHOA 5J2QA 4CJEA 3K59A 4FXDA 1JXBA 1DLOA 3OYMA 4BROA 4FM1A 1ESVA 1IV0A 5AJ3K 3TAGA 4NO7A 2OPRA 1YVUA 3R1XA 4KV8A 1O1WA 1YIJN 4BRGA 4B9NA 3A5NC 2P9LB 2IS3A 4ISEA 4PY5A 2W6LA 2O8EA 1XMQK 1VSDA 2NRHA 5M1QA 4OJRA 4IOXA 3GG4A 2ITMA 5CHIA 2Q2RA 1Q86O 3K58A 3V1QA 2D0OA 4X62K 1QVGM 3O9SA 5J2MA 3VTHA 2Q97A 1UOCA 1QZ5A 3RTVA 3A8YA 1L3TA 1SL1A 3C95A 3JXUA 3M8QA 3QICA 3V9SA 3HP6A 5ADXH 3OTOK 4DKWA 1VQMN 3VQDA 1OH8A 1S1UA 3HT3A 2HHQA 1C1CA 5CZ1A 2QWOA 1HYVA 2FBYA 1S3XA 4FJKA 3AVMA 4L3QA 3E66A 4IJAA 3P1GA 4I6MA 3VGMA 3A5LC 4WYBA 1A5XA 1YAGA 4PKGA 4CBUA 3U9ZA 1CZBA 2FF3B 4I6MB 3NVKA 3TSQA 1YJNN 4X64K 4LC9B 5AQIA 4BR9A 3WXKA 2UYTA 3L3UA 1LOTB 4DV3K 3L2QA 2Q0RA 4AH9A 4CGJA 4CECA 2ZGZA 4H8KA 3CD6N 1YI2N 5J1EA 3F9KA 2P9KB 1KSPA 1D4XA 3FFIA 1ZBUA 4EP4A 4NYFA 2ZJPL 4HTUA 4RG8A 4FOIA 4OX9K 4KHUA 2HBLA 2F9WA 3C7NA 3ZX3A 1J6ZA 1TKTA 4K41A 1VSLA 2E88A 4ELUA 4NCGA 1YJ9N 4F3OA 3MXMA 3C7NB 3EEQA 3E01A 3OYNA 1TYQA 5AQXA 3FFKB 1TKDA 4IZ9A 3KKRA 3EE9A 3VERA 1RDBA 5CZ2A 3I56N 1IO2A 1VSIA 5CR4A 2I7NA 4BRMA 4KH6A 4CF1A 3NF8A 4B1WB 1SKRA 3IUCA 3CIPA 5FLXO 2OCEA 1VQKN 1VSFA 2LSNA 3VQBA 3AO3A 3RMBA 3P4IA 1RDCA 5DK5A 1VQON 4DQPA 3I33A 5FPEA 2JLEA 3G10A 3WEEA 3O9QA 2OPQA 3K5OA 4FLXA 4H5TA 3G4SN 4AM7A 4CGIA 1IKWA 3LDOA 3WEEB 1W97L 2QA4N 5KQDA 1NK6A 3HOTA 2A5XA 4MDAA 4C8KA 3O8MA 4FM0A 4H4MA 2HVIA 1N34K 4GW6A 4H0OA 1VSKA 4FWQA 4MLHA 1C0MA 2OZMA 2KKZA 1IBKK 4CJRA 4QCLA 1C0TA 2BH1A 4Z94A 3KHYA 5C2DA 1NKBA 3AO4A 4FJMA 1NKEA 2KZMA 4FW1A 4A5BA 3S3OA 3KLIA 5BR9A 3HSTB 3M8RA 3AVIA 3D7EO 2KLAA 4DR5K 4FJ5A 1YUWA 4I9QA 3VQ8A 4CF8A 2A3ZA 3FZMA 4CHYA 4JKBA 4CIGA 3S9HA 3WXMB 1LAWA 4JI0K 4PQUA 2F8TA 3M8SA 2OA8A 2PFUA 4MDBA 3SMSA 1NGGA 2HNYA 2HOEA 3MN6A 1HLUA 1IKXA 2YNHA 1S1WA 4BACA 3T1YK 1JL1A 2E5LK 2VQEK 4IEEA 3GBTA 2GUPA 1IKVA 4XH5A 4YHHK 1YT3A 1VSMA 2VWKA 3EZWA 3WNFA 5HRSA 3H3NO 5JLHA 2ZM6K 4DF8A 4KBOA 3CCEN 2FSJA 5AQVA 1Q82O 4B1VA 1FKPA 4LD0A 3HSCA 1QQMA 3D6RA 4CJUA 4WE1A 3IRXA 3CFOA 1VSHA 3THXA 1JKHA 1KC8O 3NBPA 4DTMA 3CJCA 3KLFA 3Q7CA 1ILYA 5HROA 3THXB 1BISA 3NCIA 4BE1A 1ATSA 4CEZA 4FM2A 2B6AA 5AQJA 4K43A 3MN5A 3VQAA 4OPKA 1VRUA 2QWNA 3G25A 2G8VA 3TSUA 1QVFM 3CCLN 3OYKA 1HKCA 1X1PA 4JKGB 5AQTA 2GWJA 4Z4IA 4B1YB 3CCVN 3P83D 2F8SA 3CM5A 3VEWA 4CJQA 2PYJA 4HWIA 3J7YP 4RW6A 2BUPA 2Z1HA 4CFAA 4CJ3A 3PO4A 2X6SA 3RR8A 4ISFA 3NH1A 2IOCA 1S5JA 3VF2A 1TKZA 5C25A 4LY7A 4DG1A 3CFRA 2ATQA 1J5OA 2KHOA 2Q0UA 4DS4A 1GLFO 4CIFA 4B1XB 4DTSA 4IG0A 5T7BA 3VQ9A 2YHWA 3KD5E 1BDGA 1ZBFA 3PIOL 5KRTA 3PLAA 5AQWA 5AQHA 5AQNA 4B9UA 3T69A 3LP1A 2CH5A 2QXFA 1H1VA 4QS9A 2VYPA 3CJ1A 1M1KO 1LWFA 4RW8A 4G9ZA 3PX4A 5AQLA 4CHZA 3TAMA 2HW3A 2IVPA 5AFUH 3H6EA 1QSYA 3VEZA 2VG6A 3ZSYA 4I2PA 4Y1DA 4IEIA 4B3TK 1HNWK 3V9UA 5DM6L 4YOTA 1XHXA 3OVNA 1Y97A 3RVCA 1JCGA 4E7HA 2NUBA 4DR2K 2A1RA 4CK3A 1QSSA 2BDPA 4E7LA 5HRRA 1WLJA 1DGKN 3LZIA 1C0FA 1NJIO 4CEEA 1P90A 3VQ4A 3BF3A 5TKYA 1BGXT 3U4LA 4CEDA 2PZSA 4CFCA 4CFDA 3QETA 2QWLA 2ZWHA 1TK0A 3BEXA 4FJXA 4C8OA 4C23A 4FYDA 3RWUA 3N4PA 4KB0A 3B8AX 3NHGA 1WAFA 5F1XA 1LWEA 1RBVA 3A5OC 4LSNA 3O6WA 1VQ8N 1ATRA 3QLHA 1C0GA 4JKEA 3R6MA 4H0TB 3J81O 3MX2A 4PUOA 3OS1A 3OYGA 1U47A 3AA3A 4I7FA 4EHTA 5CYQA 3HK2A 3ZT1A 1QHTA 1WSGA 3GE1A 1L3SA 1ZBSA 4K8XA 3O08A 3U8XA 1FJGK 4FLYA 4LF5K 1SV5A 4Z4GA 1QE1A 4KRFA 1K6YA 4DR1K 5BR8K 2W42A 3QDKA 3AAPA 4IWVA 2IDOA 4PKIA 4DQ8A 4M63C 2XHBA 1HKGA 4NLCA 4YORA 1NJWA 3U3GA 1Z26A 2P9SA 3B6PA 3ZSZA 4WFBL 3SAHA 1EQYA 2HNZA 5AZJA 1GOCA 1K8KA 2QWRA 3SCXA 2P9SB 1BQNA 4BRQA 5FDLA 5AZJB 1N33K 5FPMA 4FPBA 4N76A 4CBXA 4BG8A 3L4IA 4JK8A 1W7AA 3G6EN 3SUQA 4B08A 4FK4A 5M1FA 3SPYA 4CJFA 3VEOA 3VPZA 1NGAA 1L3VA 5CYMA 3ZEUA 3KWGA 3EY1A 2Q1NA 2VG5A 4O8KA 3DLBA 2O8DA 3UB5A 3CMAN 4KAZA 4M7XA 3P5JA 2NRXA 3SBGA 3V81A 3ZEUB 4JI1K 4BRPA 4FWPA 4KTZA 1NMDA 3CCRN 3I8DA 1GLAG 3LP2A 4F9OA 3L4QA 2OZSA 4LFCK 2QXLA 4ILHA 3QEWA 2QWPA 3FLCO 4YOWA 3O3FA 3E9OA 1WAJA 3GOIA 3NE6A 4FLTA 2PBDA 3JAMO 4CI6A 1C6VA 4E1JA 3QIPA 3BF1A 4A62A 1L3UA 3AVFA 4CJPA 2D5RA 4AM6A 2BGGA 4B9LA 3ZSWA 4OLBA 4BR5A 3SPZA 3QERA 3O1WA 5EU7A 2HB5A 1A5WA 1U04A 3M1FA 3WT0A 5GAGP 5JS1A 4H5NA 4KHQA 2FBTA 3MX5A 1HR0K 1XUPO 4E7JA 2NNWA 5BREA 2VWJA 3FZHA 2VGNA 1NK5A 3UE5A 4JS5A 2YX6A 1RDDA 3THWB 1T6CA 4FO0A 4J2EA 3OYLA 2HSTA 1GOAA 2XY5A 3SQ4A 5H1SQ 4NCAA 1P8ZA 4FL9A 3CCUN 4DS5A 5BPLA 4FWKA 4NB4A 3THYA 1X9SA 1WSJA 1KFSA 2RN2A 5GIOA 4JAXA 1NG9A 4DLEA 3V9ZA 5KPTA 4ZTJA 3AV9A 1XWLA 4KB1A 2HF4A 1OH5A 1JLCA 1RNHA 2QM1A 2Z1IA 3H08A 3QINA 1Q9YA 5EOYA 3WUHA 1NJZA 3CJ9A 1TL3A 2HHWA 4AHUA 4FWRA 4BRNA 4LH5A 4FVUA 4FLUA 1WUAA 3F2KA 4BVOA 2DFEA 4JKHA 3ENOA 1D9FA 3TTCA 2HVHA 1HNVA 3VEYA 1K9MO 3ZT2A 1RBUA 3BUZB 3CC7N 1K73O 1B9FA 3H1VX 1HQEA 3AVBA 1S6QA 2ZD1A 3CI5A 2DTUA 5BPMA 4JD2A 4CZIA 1XHZA 4EZ6A 1LWCA 2QI2A 3AVLA 2HBJA 4JLHA 4CZMA 4JD2B 5F2RA 3H46O 1KLMA 5AQPA 3O3GA 3EKSA 3HRGA 3MK6A 4DV4K 3NGYA 2P51A 5J2NA 1NKCA 3O5BA 3KWIA 4NYNA 4JI5K 4IO9L 4Z4HA 3ZSVA 3BP8A 4DV0K 4KPYA 1HPZA 3A2FA 2IVOA 2O8EB 1LV5A 2A6AA 1U6ZA 2UUAK 4PWDA 4FJJA 5HL7L 4BRFA 5AQGA 4GV9A 3DLHA 5C10A 2NLXA 1VHXA 2O4IA 4FW2A 4L8RB 4G1QA 1EO1A 1GLJO 1TK5A 3BZCA 5C15A 3VGKA 4M3TA 1S1XA 4U7BA 4CF9A 4RWTA 1WSFA 2FXUA 2OYQA 3OW2M 4B3RK 2KTQA 3DWLA 1HYZA 4DR7K 3HPOA 4BC5A 3MAQA 3HO1A 2IVNA 2FLOA 3DOKA 4H0VB 3LDPA 3CF5L 4DSLA 3KK7A 5AQUA 5IWAK 2PAVA 2JGUA 3QNNA 5KPRA 2V7ZA 1NK8A 4ILJA 3F9MA 1KAZA 4CFBA 4FCYA 4FPAA 1XNQK 3ZX0A 3CC4N 1ASUA 2D1KA 5LY3A 4FJGA 5D3GA 2FBVA 4FWLA 2HMIA 3M6GA 2UXCK 4BR4A 1ZBIA 4DSIA 2OPSA 3TAQA 3M5RA 4B9MA 3HZ6A 1NK0A 1DKGD 4BDYA 1FW6A 3BY5A 2AA4A 4B9TA 1BA1A 4K25A 4DUZK 1JLGA 3OBYA 1EKEA 4B9SA 3NGIA 2QKKA 1KVCA 3O4WA 3PO5A 2XY8A 3WXJA 4LF7K 4B9VA 3QO9A 4CZLA 3ENBA 3PV8A 2GX9A 2P5GA 1TYQB 1BI4A 3HVTA 4HVJA 1NGIA 1NNEA 2WONA 3HOSA 4HUFA 4BWJA 1TAUA 3AVCA 4R79A 1C1AA 4WQ5C 4CERA 3TAPA 1BI4B 2A41A 4DTNA 5SZTA 2GELA 1VSEA 4DQRA 3O9TA 4CJ5A 1SL2A 3RMDA 1C0UA 1B92A 4DF4A 1YHQN 3V9XA 1U48A 1KRPA 1BG3A 2E2OA 2Q31A 3DXKA 3V9WA 1BWFO 3ZSXA 3R8EA 3HM9A 4FJ7A 4B1ZA 3DXKB 3S3MA 1DTTA 4DTXA 2CGKA 4N47A 5LMUK 4E19A 2GTDA 4FK0A 4Z4EA 1JLEA 1HNIA 3L8BA 1CLQA 4ILGB 2HNDA 4YDUC 3CMEN 3PX6A 3AA2A 4CJVA 3HPGA 4IDKA 4FWSA 1M90O 3VMFB 4W5TA 3CPEA 2YKMA 1N5YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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