4BGAA

Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 95
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA01
1E4FT 3LM2A 3MCPA 3BF1A 3FZKA 2IVOA 1BOTO 2V7ZA 3ZX3A 2ZGYA 5AQFA 4CZFA 1NGIA 3O1WA 2ZF5O 4A2AA 4PKGA 5E84A 1NGGA 4BRMA 5BN9A 3CJ9A 1NBWA 1KAZA 3L6QA 1BDGA 3VF6A 1D4XA 1MWKA 1T44A 4XH4A 3FGUA 5BRFA 3QFUA 5F2RA 1NGJA 5AQNA 2E2OA 3U8XA 3VPZA 1HKGA 1TUUA 4Z94A 2V52B 4A2BA 1Y64A 4BR5A 4BRCA 3UKUA 3IUCA 2P9UB 3KHYA 2ASMA 5AFUH 3R9PA 2HF3A 3LDOA 5AQTA 3VEWA 4YDUA 1NGAA 3HI0A 1KAXA 2NRHA 4B9QA 2QWPA 3ZETB 2GWJA 3DJCA 2CH5A 1Q18A 5AQHA 2I7NA 1Z6RA 3L0QA 3U9ZA 2I7PA 5AQSA 4WQ5C 5AQMA 1BA0A 3ZETA 5AQQA 4FWSA 4NO7A 1MDUB 3W0LA 5CE3A 1NWKA 4FPBA 2H3GX 2CH6A 2FSJA 3O6WA 4J8FA 1GLFO 4CBXA 5E26A 3HBTA 3LDQA 4QS9A 1JCEA 4B1UB 1H1VA 3VF2A 4CJ7A 4BVOA 1NLVA 2EWSA 3HTVA 1QQOA 3D2FB 3GE1A 3M3ZA 1TYQB 4GNIA 4CD3A 5FPMA 3FZHA 3SK3A 3D2FA 4BRGA 4MLHA 3IMXA 1TYQA 4H0XB 1KXPA 2YJEA 1SAZA 4B1XB 1ATSA 2E1YA 1T6CA 2IVPA 3MN7A 3O8MA 2YHXA 1G99A 3U9DA 1QZ5A 2PBDA 4QS7A 4ISEA 4PKHA 3G25A 3DAWA 2GELA 1JCGA 3SLCA 1BUPA 4K25A 3AARA 5EVZA 4FOEA 4IJAA 1R59O 4BQLA 3D7EO 4PL8A 4M7YA 5BRHA 3TU5A 3VEXA 1OKJA 2IIRA 4BRFA 1BU6O 4JN4A 5AQJA 5EXWA 3H3OB 2A40A 1NGEA 3A5NC 3DXKA 4CI6A 4E1JA 1NMDA 1RFQA 4B1WB 1DKGD 1V4SA 4DCHA 5B8HA 5EY4A 1T6DA 3QDKA 5AZJB 3O80A 2E20A 3O5BA 5KPZA 1GLEG 3HZ6A 2YHWA 1S22A 3ULEB 1P8ZA 5AQRA 1E4GT 1ZBSA 1NGHA 3ID8A 5I9EB 3EO3A 1BO5O 2KHOA 4GY2B 3JS6A 3CJCA 3A5OC 1U2VB 3ULEA 3FZLA 3OHRA 2QM1A 3ATUA 3JXUA 3M1FA 2OANA 4A62A 4CZIA 1U2VA 2AA4A 2P9IB 1SZ2A 2GWKA 2ZGZA 4L3QA 4WQ4A 5BPLA 4H5TA 2ASPA 3HSCA 1X3MA 3H3NO 1GLCG 4H0OA 2P9IA 3QBXA 3S41A 2J4RA 4LC9B 2E8AA 4H5VA 3VESA 3AAPA 3H1VX 1NGBA 3VGKA 2A3ZA 1SQKA 4RTFD 5AQKA 4JAXA 2Q2RA 2E88A 4BC4A 1QQMA 3IDHA 2CGLA 4A61A 4BG8A 4WYBA 2UYTA 2F9WA 2P9UA 5AQPA 4M7XA 3CETA 4IWVA 1GLDG 5KPRA 5LJWA 3FFKB 1NGCA 4YDUC 1LCUA 2QWQA 2P9NB 5JLFA 3WT0A 4CZHA 3A0IX 2FF6A 5FPEA 4K43A 4BQZA 1IG8A 4CD1A 2FF3B 2E2PA 1HLUA 2BTFA 3VERA 2FSKA 3SMSA 4MLEA 2F9TA 3VGMA 5BREA 1CZAN 4QS8A 3GBTA 5AQOA 2QWLA 3GDQA 5ADXH 3CERA 1ATRA 4XH5A 4BRLA 1XUPO 2AP1A 1HJOA 4DHYA 4BC2A 5AQWA 2D0PA 4CZEA 3ENOA 1XQSC 3FZFA 4F9OA 4I6MB 4CZJA 4DB3A 4FWNA 4JHDB 5LJVA 2YHYA 2V51B 2FLOA 1GLAG 4FOIA 2YI1A 3WXLA 3LDNA 3LDLA 4I6MA 4JHDA 3R8EA 3U4LA 4FL9A 1JCFA 2CGKA 3QB0A 4BR0A 5AQVA 2CGJA 4BRIA 3HM8A 3O1BA 3D2EB 3KVGA 4O8KA 3VGLA 4FWPA 5EX5A 3UKRB 4PKIA 3GOIA 1J6ZA 4H0YB 3D2EA 3EL2A 3LM9A 4KBOA 3UKRA 3FR0A 2Q0RA 1RDWX 3LL3A 2PAVA 5AQIA 1C0GA 4AM7A 1TUYA 2W41A 2HF4A 3FE1A 3WQUA 1ESVA 3CI5A 4BRQA 5FPNA 3BUZB 2A41A 4EFHA 1IJJA 3RSEB 4Y0WA 4ISGA 4FWRA 4EIAA 5AQLA 3SJHA 3CJ1A 5AZJA 1DGKN 3UB5A 3C7NB 4JNEA 1X9JA 4O5FA 3WXJA 4AM6A 5BPMA 5AFUA 4BR4A 2QWOA 3AY9A 3F9MA 3MMVA 4BRHA 3C7NA 1C0FA 4H5RA 5AQZA 1QHAA 2QW9A 4JD2B 2P9PB 3ZEUB 4EAHD 2P9KB 4BRPA 2W40A 3VEOA 3A5LC 3QBWA 3C0BA 1QZ6A 3CHWA 3MN6A 3CQYA 4H0VB 2A6AA 3VEZA 4BR9A 4RWTA 4FWKA 4H0PA 2P9PA 4JD2A 3ZEUA 5BRDA 2BUPA 1BG3A 4MO4A 4FSVA 4MO5A 2VCPA 3CQXA 4WQ4C 1HKBA 2GEMA 3H46O 3GL1A 1WUAA 1BWFO 3O08A 4IO8A 5KQDA 1YVNA 4FO0A 4CZKA 1LOTB 3EN9A 2YCHA 4BG9A 4BREA 5ADXA 1WOQA 4BR2A 5AZIB 4RCHA 4M63C 1RGIA 5AQGA 3KZBA 4K41A 2HOEA 5BR9A 5AQUA 2ITMA 4CBWA 5AZIA 3UKUB 2FXUA 4CZLA 1ATNA 4BRAA 4H5NA 3WXKA 3L4IA 2E2NA 3BP8A 5FPDA 2P9SB 2D4WA 1NGDA 3EZWA 5F1XA 4BRDA 3FZMA 2Q31A 2P9NA 4WQ5A 4EHUA 3ENHA 4FWMA 1HUXA 1YAGA 3J8AA 4H0TB 4HWIA 5AQXA 4C23A 2P9SA 4NB4A 4BVPA 3MN9A 5BN8A 3CJAA 3VF4A 2Q1NA 1NM1A 2GTDA 2E2QA 2DPNA 1K8KB 3ZX2A 3CIPA 3VETA 5TKYA 3H45C 1EQYA 3QICA 3VEVA 1GLLO 1KAYA 2GUPA 1K8KA 5JICA 3H1QA 3CJ7A 2QWNA 3WQTA 3FLCO 2HMPA 3ZX0A 4B1ZA 3IFRA 2QXLA 3M6GA 5KQ8A 2FSNA 4K42A 4HTLA 3SMPA 4XEIA 4XH1A 2D1KA 4BRNA 3UE5A 2Q0UA 3DXMB 1HKCA 3MN5A 2P9LB 3VOVA 4CZGA 2ASOA 2V7YA 2QWMA 5JMVA 3VEYA 3DXMA 2P9LA 3R6MA 2NZTA 2E1ZA 4BGBA 4BC5A 1YXQA 3VENA 4H03B 1V4TA 1X3NA 4IXCA 5AQYA 3ATVA 3I33A 4CBUA 4B1VA 1HX1A 1YUWA 5AR0A 4BR7A 3B8AX 3WUHA 1DEJA 1ZXOA 2NLXA 1U6ZA 3GG4A 3EKUA 1MA9B 3H6EA 3BF3A 4CZMA 4FWLA 2IVNA 2D0OA 3WEEB 1HPMA 1GLJO 1XC3A 3MDQA 1GLBG 5LY3A 5JLHA 3P4IA 3QMLA 3TPQA 1QQNA 3QFPA 4FPAA 2A42A 3DXKB 4FWQA 3WEEA 2A5XA 3BEXA 2VWBA 3CJBA 5F0XA 3RSEA 1NGFA 4BRKA 2WUSA 2Q36A 1Z05A 4IJNA 4BGAA 4H5WA 3LDPA 4EHTA 2VYPA 4IZ9A 2YJFA 3A8YA 3EKSA 3O4WA 1MWMA 3WXIA 4BROA 4DQ8A 5BPNA 4PL7A 4FWOA 1ZC6A 2Q97A 5KPTA 4ISFA 5ELZA 3I8BA 1S3XA 4B1YB 4BC3A 5EOYA 3W3DA 2QWRA 2P9KA 1BA1A 3MK6A 3A5MC 3AAQA 2ZWHA 3DWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TABA 3RMCA 3EZ5A 3SUOA 3RMBA 4PKGA 3ZT4A 3ZT3A 1FJGK 1QHTA 3DLKA 1KAZA 4W5TA 4JI3K 4PUOA 2FBTA 1D4XA 4O44A 4UY8O 1T44A 3FGUA 5F2RA 1NGJA 4LH5A 3PO5A 1HKGA 2V52B 3BDPA 2OZMA 4U67L 4FCYA 5DM6L 2DY4A 1FW6A 4BR5A 3IUCA 2P9UB 3KHYA 2ASMA 5T7BA 3R9PA 2HHTA 2BANA 4B9QA 3DJCA 5AQHA 2I7NA 4BWJA 4DTUA 5AQSA 3CMAN 4FJXA 4KB1A 5AQMA 5AQQA 4FWSA 4NO7A 1NWKA 1JLGA 1Q86O 4J8FA 4DU1A 4QS9A 4ELTA 4WE1A 3ISNC 3VF2A 4CJ7A 4BVOA 3V1QA 1BIZA 1NLVA 1HNWK 1LAWA 3V9XA 3HTVA 1QQOA 3OYGA 4AHVA 3C94A 3OA9A 1TYQB 4KH5A 3I0SA 4O8UA 4CD3A 3PO4A 3AVIA 1KC8O 1TKDA 4MLHA 1NK6A 2YJEA 5M1FA 1SAZA 2PZSA 1S1VA 3MN7A 3O8MA 4HUEA 3CFPA 3AVGA 5K14A 4KREA 2QEXN 4A5AA 2PBDA 1QSLA 4QS7A 3KK7A 4ISEA 4PKHA 4BE0A 4DQQA 3M8RA 2GELA 5EVZA 1JJ2M 4CVNE 3TU5A 4OO1J 2W6KA 3AV9A 5AQJA 5HOOA 4JK7A 3NH0A 4I2PA 1FKOA 4E1JA 4MQ3A 4R5PA 1X1PA 3VQ4A 3SUNA 2E4LA 5LMNK 4Z4HA 3KD1E 1T6DA 3ZYYX 1L5UA 1RBTA 1HYZA 3AA4A 4CJUA 1SV5A 4CHOA 4Z4CA 3ZT1A 1KVBA 4CEBA 3MWPA 1KVAA 3WNEA 3EO3A 3OJUA 3I8DA 1I94K 1ASWA 4TSXA 4C1NK 3ULEA 4DWIA 1WSJA 5HRNA 1YF5L 4OVLA 3ATUA 3JXUA 4A62A 2XO7A 1U2VA 1W9HA 2GWKA 4L3QA 1FK9A 1N34K 4IBNA 4CF0A 1YI2N 2O8BA 1NKCA 3H3NO 3O9TA 1GLCG 1KLMA 2X6NA 3QBXA 1QVGM 1Y97A 1RNHA 3S41A 4R79A 2J4RA 4RW9A 3OYCA 2HW3A 3IG1A 4KH4A 3CQ8A 2A3ZA 1YJ9N 4CGFA 3K9KA 4M41A 3ZLJA 3LZIA 3EE8A 5CY4A 4PA1A 4CHZA 1ILYA 5C2DA 3TWHA 4DQPA 4CF1A 3KLGA 4FJMA 1GLDG 3DLGA 4CJ3A 3FFKB 1NGCA 4KV8A 4H4OA 5JLFA 1KQSM 4DR2K 4FW1A 4OX9K 1HLUA 5KGWA 4YOUA 3VERA 2FSKA 4KFBA 4MLEA 2GBZA 3DRRA 4YOVA 5BREA 3VQQA 3HP6A 1JL2A 4CJFA 4DHYA 1XUPO 1F21A 4KKOA 2WC9A 2ETJA 5AQWA 2D0PA 4CJSA 4WFAL 4L8RB 1XQSC 4I6MB 4JLHA 1MU2A 3QLHA 4WF9L 2V51B 2W42A 4CHNA 3P1GA 2XHBA 2YI1A 4IFYA 3WXLA 4ID1A 1VK0A 4B9VA 3LDNA 4M3XA 4CECA 3LAMA 5M1QA 2KLAA 1JCFA 2CGKA 1KSPA 2UU9K 4HVJA 4QOZB 3O1BA 4CGHA 2UXBK 4O8KA 2OA8A 3NF7A 4FWPA 3HOTA 1RDUA 3J81O 1BIUA 4GV3A 4KBOA 4JI2K 1N33K 2DFEA 3LL3A 1GOBA 4DUZK 5DM7L 5AQIA 4DTOA 1C0GA 5C10A 3T1HK 1ASUA 4DF8A 3DYAA 1JLAA 1ESVA 3V1RA 3EY1A 5JS2A 3KKRA 4NCBA 5GIOA 1C6VA 1IJJA 2BGGA 4IG0A 3KTQA 3AVLA 1VQPN 2EHGA 1TAUA 4WCEL 4W5QA 1C1AA 3AO5A 1DGKN 3AVNA 3OYAA 3CCJN 1VSLA 2XY7A 1BGXT 4M45A 4YOXA 5AFUA 4BR4A 3S3OA 4BRHA 4CE9A 3OYBA 2ZD1A 4EZ6A 4H0VB 1QZ6A 1XWLA 2A6AA 3VEZA 3ZEUA 3K0SA 4AHCA 1QSYA 2DTUA 2BUPA 4MO4A 2B6AA 4CEDA 2HBJA 1VSJA 1BCOA 3C95A 2VCPA 4WQ4C 4JRQA 1HKBA 2RHKA 4CGJA 3E9PA 2DFHA 4ZHRA 3NGZA 5CYMA 3NBPA 4CF9A 4OPJA 1NK5A 2WTUA 4FXDA 3B6OA 1YIJN 2HOEA 3V6DA 5JS1A 5BR9A 5AQUA 4CBWA 1LWCA 4KI4A 1WAJA 4AILC 2IS3A 3L4IA 4CJLA 4M3YA 4M3ZA 1C0TA 2PFUA 2F7TA 5FPDA 1L3VA 4YNQA 5C0YA 1NGDA 3EZWA 4DSKA 3S9HA 2Q31A 4JI1K 1VSDA 3ENHA 4H0TB 2O8CB 1XMQK 2HSTA 4BVPA 5BN8A 3CJAA 4Z4EA 2Q1NA 1NM1A 2GX9A 2DPNA 4CJEA 1Q81O 1K8KB 3OY9A 3CIPA 5KTQA 5TKYA 5J1EA 3P38A 3TSPA 3H45C 3QEVA 2GUPA 1KFDA 4JKGB 1UOCA 1BI4A 3WQTA 1BL3A 1Q8IA 2O8FA 4B8AB 2YNGA 1KFSA 3IFRA 2QXLA 3M6GA 4K42A 1GOCA 4XH1A 4BRNA 2G8KA 4DQIA 4N56A 4CZGA 1S1XA 5JMVA 1S9GA 3VEYA 2P1JA 3K59A 1C0MA 4BGBA 1E3MA 3OBWA 4FLYA 4BC5A 4CHYA 4CBUA 3I33A 3ENBA 4FZXC 4BE1A 3B8AX 1DEJA 1C0UA 3H6EA 3GG4A 3EKUA 4CJVA 2F8SA 3G4SN 3AVBA 4FWLA 2IAJA 3VMFB 3DRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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