The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
MDVKVNLPASTSTPQPRPEKPVYLSVKADNSMFIGNDPVTDETMITALNALTEGKKDTTIFFRADKTVDYETLMKVMDTLHQAGYLKIGLVGEETAKAK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
Biopolymer transport exbD protein
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| publication title |
The solution structure of the periplasmic domain of the TonB system ExbD protein reveals an unexpected structural homology with siderophore-binding proteins.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
14
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| structure length |
99
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| sequence length |
99
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PFU A; 2JWL A; 2JWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ILH A; 3MWT A; 3T1H K; 3KD1 E; 4CHZ A; 3ASM A; 4FJN A; 5B8H A; 4ILG B; 3L2Q A; 4JI1 K; 3OYK A; 1OH5 A; 1Z26 A; 2Q97 A; 3R8E A; 3RMA A; 2FLO A; 1M1K O; 3NVM A; 1KVA A; 3HYF A; 2E5L K; 4CF0 A; 1NLV A; 3CD6 N; 2HBK A; 2UYT A; 3CC7 N; 5FPD A; 5M1Q A; 1QS4 A; 4M3T A; 3M8Q A; 4NLC A; 4WQ4 A; 4B9L A; 4JLH A; 4K25 A; 3N4P A; 4FLY A; 3LPT A; 1TGO A; 3SYZ A; 4JI7 K; 4FWQ A; 3U4L A; 2AA4 A; 4FWR A; 3W0L A; 3B6O A; 3GOI A; 3TTF A; 4NLB A; 3M8S A; 1L3S A; 2HHX A; 1RFQ A; 3MX5 A; 3UKU B; 4PQU A; 4KHS A; 2WTU A; 4B1Z A; 4DS5 A; 1D8Y A; 3FZH A; 4DTP A; 2YNH A; 4DUY K; 2E6L A; 4CJ7 A; 1T6D A; 4FJ7 A; 5E26 A; 5AQZ A; 3ZX2 A; 3HSC A; 3ZX3 A; 4CER A; 4WYB A; 1RT7 A; 1BCO A; 1X3M A; 4C8N A; 3D6R A; 4KHW A; 3QES A; 1XC9 A; 3OYM A; 4GV9 A; 1MA9 B; 1I39 A; 4JRQ A; 3TSU A; 1QQN A; 1GLJ O; 3KK3 A; 4QOZ B; 1YVU A; 3L2R A; 1BWF O; 3UIQ A; 1WSE A; 4FLV A; 3U6F A; 3TAR A; 4K0K K; 4IFY A; 4Y0W A; 2XO7 A; 3DOK A; 3K5N A; 1HNV A; 3O9U A; 5TKY A; 1NMN A; 2P51 A; 4CJE A; 4LSL A; 2HVI A; 2QTD A; 3M1F A; 2Q0R A; 4O8U A; 3NF6 A; 3RVC A; 4B9M A; 1CZB A; 2HBM A; 4O55 A; 4CK3 A; 2CGK A; 2HHW A; 3ITH A; 4DTS A; 3AAP A; 3KVG A; 4DV3 K; 5AQI A; 1KLN A; 4AHS A; 1RTI A; 3R3L A; 4FWK A; 3TI0 A; 4CJU A; 4F2R A; 4JNE A; 3HRG A; 1S3X A; 1NGB A; 3DLH A; 1YHQ N; 4B1V A; 3QBW A; 4ID1 A; 1A5V A; 1HPM A; 3HVR A; 1WB9 A; 4W5Q A; 3K2P A; 5GAE P; 3CG7 A; 2NUB A; 1JXB A; 4H0V B; 1JCG A; 4B9Q A; 4CEF A; 2DFH A; 3O1W A; 1JL1 A; 3THY B; 3O08 A; 3D2E B; 4MO5 A; 4PA1 A; 5AQP A; 3T1Y K; 4B8A B; 3NVK A; 4FJ5 A; 4B1U B; 3I33 A; 5C24 A; 4PKH A; 1SAZ A; 2HST A; 1O13 A; 4KTQ A; 4DFM A; 4CJR A; 4KAZ A; 1BG3 A; 1C0G A; 3PV8 A; 3FFK B; 4WQ5 C; 4ELV A; 1ZBL A; 1I94 K; 3QFP A; 4CHN A; 4B1W B; 4Q0B A; 2VGN A; 2D0B A; 3THX A; 1T8E A; 1TAU A; 4YFU A; 3OVN A; 2QWO A; 4DQP A; 4N41 A; 3HP9 A; 2PFU A; 4OKE A; 3KLH A; 5KPT A; 4KH4 A; 1UA0 A; 5AQJ A; 1K73 O; 3VGK A; 4E0D A; 3U9Z A; 3VEO A; 3TAG A; 3ZET A; 2VCP A; 1RT4 A; 2YJF A; 2Z1I A; 2VWB A; 5AQT A; 3ZEU B; 1HKC A; 3EYZ A; 1GOB A; 1BA0 A; 4ID5 A; 4O5B A; 3HK2 A; 4M41 A; 2NRV A; 1S1X A; 4MO4 A; 4Z4H A; 1LW0 A; 3ULE A; 4M7Y A; 3K57 A; 2Q36 A; 5AQN A; 2E2O A; 1ATR A; 4MQ3 A; 5EU7 A; 5EOY A; 3A0I X; 3TTD A; 1JXE A; 5JVG L; 3H45 C; 3OBW A; 4LSN A; 1C0U A; 5LJV A; 3HVT A; 3L2V A; 4DLE A; 4R5P A; 4NXN K; 4JHD A; 1HX1 A; 1NGF A; 4C1N I; 2E1Y A; 2YCH A; 3OS0 A; 3SPY A; 5F0X A; 1C1A A; 2OCE A; 3GL1 A; 5F2R A; 4CBX A; 1NK7 A; 4FM2 A; 1IBM K; 5J1E A; 1QQO A; 1XHZ A; 4BAC A; 3O9T A; 1U45 A; 2AP1 A; 4W5T A; 2O8E B; 4CES A; 2FBT A; 3VF4 A; 4Z0U A; 4FXD A; 2NRR A; 4RCH A; 1LAV A; 3V9Z A; 2YNF A; 1ZYQ A; 4E1J A; 4JI8 K; 3PO5 A; 1DT9 A; 4CZE A; 2P9N B; 4ELU A; 4FZY A; 3C94 A; 1NGI A; 1TK5 A; 3VEV A; 2XY8 A; 4GV3 A; 2D1K A; 4MDB A; 4K41 A; 4ZTF A; 1NJY A; 1BGX T; 1DTQ A; 3THV A; 3VF6 A; 1KD1 O; 4FJ9 A; 5AQR A; 2RE2 A; 4GKJ K; 4KV8 A; 2OZS A; 1C0T A; 2HW3 A; 4CJV A; 3OYN A; 3ZT0 A; 4CGG A; 4XEI A; 3LAL A; 3WXL A; 3AV9 A; 4DLG A; 4YOX A; 1NOY A; 1BL3 A; 2KZZ A; 3ID8 A; 1VQ6 N; 1SZ2 A; 2RHK A; 3LM2 A; 3P83 D; 3TAB A; 4CEQ A; 1BI4 A; 4LF8 K; 1N5Y A; 4KB1 A; 3SUP A; 3SJJ A; 2O8D A; 3ATU A; 2X78 A; 4AHV A; 2PZS A; 4JRP A; 1W0H A; 3DWL A; 4QS9 A; 1JLF A; 4WE1 A; 5EX5 A; 3VES A; 3V9U A; 4M42 A; 2HVH A; 4AQY K; 2UUC K; 1A5X A; 4JI5 K; 2F4V K; 1SL1 A; 3E1Y A; 3THW B; 3NBP A; 3KLI A; 3BZK A; 4EHU A; 4B1X B; 2G8U A; 3MEG A; 4ISE A; 5AQF A; 4DV5 K; 2F7T A; 5AQH A; 3CJB A; 5GIP A; 3ATV A; 4I2P A; 1NK8 A; 3F9M A; 3IFR A; 4CEO A; 3AA4 A; 5BPL A; 2Q1N A; 4IFE A; 1S6Q A; 3K9K A; 4EP5 A; 5AJ3 K; 1HPZ A; 3MK6 A; 5AQW A; 4FLW A; 3QEI A; 1RBV A; 1HR0 K; 5IWA K; 1LWC A; 4IXC A; 4BRQ A; 3AVH A; 3AAQ A; 2YHW A; 3DM2 A; 4FJL A; 1U47 A; 3QEP A; 4DQI A; 4F4K A; 4WFA L; 2NNW A; 4AHU A; 1GLB G; 1HRH A; 1RBR A; 1E4F T; 2YNG A; 1UAX A; 2P9L B; 3O5B A; 4PKG A; 2OAN A; 4GVM A; 2ZJP L; 3CCM N; 4U7B A; 5DK5 A; 3O8M A; 4CJQ A; 1WUA A; 4F8R A; 1IKW A; 4K8X A; 4IEI A; 1VK0 A; 4JKG B; 4DV6 K; 4KRE A; 5HL7 L; 3GDQ A; 3CCE N; 3T19 A; 2E88 A; 1IG9 A; 3OYL A; 3I0S A; 3TU5 A; 5JLF A; 1BO5 O; 4H03 B; 4DTN A; 2FSN A; 1YIJ N; 5K14 A; 4Q5V A; 3R6M A; 3NGY A; 4BG9 A; 5LY3 A; 5FRN A; 4DFP A; 1VQN N; 4I7F A; 2HB5 A; 3R9P A; 4CJL A; 1RTD A; 1ASV A; 4JN4 A; 3HJF A; 3EN9 A; 3WNE A; 2CH5 A; 2GUP A; 1RCH A; 3CME N; 1VSL A; 1G99 A; 3VA3 A; 1L3V A; 2ZGY A; 3D2F B; 3GBT A; 1HJR A; 3TPQ A; 4FPB A; 4JKD A; 1RNH A; 3CMA N; 3PX6 A; 1NM1 A; 3TAQ A; 4IWV A; 3ZT2 A; 3OYB A; 3S3M A; 3KLG A; 4JD2 B; 1NWK A; 3MN9 A; 4LD0 A; 2H3G X; 1XUP O; 1WSI A; 3C95 A; 4CI6 A; 3J81 O; 3DXM B; 4JK8 A; 3U3G A; 4LF4 K; 2KHO A; 5KRT A; 3VQQ A; 4KH6 A; 3QBX A; 3VEN A; 3ZLJ A; 1TV6 A; 3TR8 A; 1G15 A; 4CJF A; 1HNW K; 5BRE A; 3EY1 A; 1B9F A; 3OYI A; 3DMJ A; 4XH1 A; 3NH2 A; 4FLU A; 5JS1 A; 2OPP A; 3NF8 A; 2P9S A; 2HHH K; 1X1P A; 3VQB A; 4BRO A; 1GLE G; 2P9U A; 3QIO A; 5CR4 A; 3QLH A; 2HF3 A; 4FW2 A; 1X9J A; 2XRI A; 3OTO K; 3AGK A; 3RMC A; 3P38 A; 3M8R A; 5LMU K; 3H1V X; 3HT3 A; 1OVQ A; 3LAM A; 4CIE A; 1QSL A; 1T7P A; 2IC3 A; 1K9M O; 5C15 A; 2V7Y A; 1SV5 A; 1E3M A; 4BRL A; 3TAN A; 4CZK A; 2B6A A; 4NCB A; 3E66 A; 3HP6 A; 4RW8 A; 1LAW A; 5KQD A; 1X9S A; 3FGU A; 2XY5 A; 4DSE A; 4KI6 A; 4CJ4 A; 1LWE A; 3OYA A; 4JYA K; 5DM7 L; 3DLE A; 3IAY A; 4FWO A; 2P9I B; 4CZG A; 4K43 A; 4N56 A; 1BIZ A; 1C1B A; 2IGI A; 3WXJ A; 2ZQB A; 3F5T A; 4DTO A; 4CFB A; 3P1G A; 4DQQ A; 1A5W A; 2GWK A; 1S9E A; 4J8F A; 3JS6 A; 1CXU A; 2F96 A; 1EET A; 1X9M A; 4EHT A; 1S1W A; 4CGD A; 4JKE A; 1QTM A; 3VMF B; 2BAN A; 5BN8 A; 2HHU A; 1OH6 A; 1X3N A; 4CK2 A; 4FVU A; 2UU9 K; 5I42 A; 2VG7 A; 2NLX A; 4B1Y B; 1XMO K; 1S5J A; 3C6A A; 4DU3 A; 1TAQ A; 1VQ9 N; 4M3R A; 3ZSW A; 3HOT A; 1VQK N; 5CHI A; 5AZJ A; 1ZBF A; 4YOT A; 3NH1 A; 1CZ9 A; 2D0P A; 4JK9 A; 3M6G A; 3D45 A; 4BRN A; 2ZE2 A; 4ISG A; 1VAZ A; 3IDH A; 3ZYY X; 1TL3 A; 1BCM A; 3B6P A; 4DTJ A; 2WC9 A; 3KWG A; 4CHY A; 3SJH A; 3SNN A; 3AVB A; 4HCB A; 1EKE A; 4GVE A; 4DR1 K; 3CJA A; 4E89 A; 4IJN A; 1WSH A; 4CBU A; 1YXQ A; 3CYM A; 4ISF A; 4FPA A; 5AQK A; 3ZSX A; 4H5W A; 2E8A A; 2JGU A; 3DYA A; 3E9L A; 1T44 A; 2CGL A; 3O4N A; 2X74 A; 4E7L A; 1NJW A; 2W6L A; 2VG5 A; 4QAG A; 1YJN N; 2XHB A; 3MDQ A; 3WEE A; 4L8R B; 2A41 A; 1J5E K; 4H5V A; 2XY7 A; 2IDO A; 5FPE A; 2X6N A; 4OO1 J; 3L4Q A; 4JKH A; 4IBN A; 1VSE A; 4H4O A; 1NBW A; 4LF5 K; 2F9T A; 1Z6R A; 3V81 A; 1NGE A; 3MN6 A; 1SL0 A; 3VTH A; 1RT2 A; 4DUZ K; 4NB4 A; 3CPE A; 1NK9 A; 2WFB A; 4QCL A; 4BRK A; 2NRX A; 2IVN A; 4EZ9 A; 3EL2 A; 2XY6 A; 2VWK A; 1WNS A; 1YUW A; 4C8O A; 3RR8 A; 4WQ5 A; 3VQD A; 3ZET B; 4FJM A; 1HNI A; 1XQS C; 4KO0 A; 2QKK A; 2DTU A; 3AAR A; 3O9Q A; 2GEL A; 3VQ5 A; 3ALY A; 3KK2 A; 3QIP A; 4KB0 A; 1NGJ A; 2G8H A; 4NCG A; 2BTF A; 4YNQ A; 3FE1 A; 3PIP L; 3JXU A; 3TSP A; 4DR2 K; 1E4G T; 3CJ1 A; 3EKU A; 3OYH A; 4JHD B; 3QML A; 3DLR A; 2VWJ A; 3EO3 A; 1K8K B; 5BRF A; 3VEW A; 1D9D A; 4I2Q A; 4CIG A; 1GOC A; 4OKK A; 4FSV A; 3MEC A; 2BUP A; 2Q2R A; 1VSF A; 4BWM A; 1TUU A; 4PKI A; 4HUE A; 1R0A A; 4BG8 A; 1SKR A; 3BDP A; 2QI2 A; 3C6U A; 3T3F A; 4E19 A; 3NHG A; 2VYP A; 2P9P A; 3CJ9 A; 3EEQ A; 3C65 A; 4KRF A; 3ZSZ A; 4J2D A; 3C6T A; 4OVL A; 4XH4 A; 5M1F A; 2HHQ A; 2IVP A; 3CER A; 3HOS A; 2GUI A; 1OVY A; 1X9W A; 1FKP A; 3UB5 A; 3QO9 A; 1U2V A; 1T6C A; 3H3O B; 2VQE K; 2YX6 A; 4Y1C A; 5ADX A; 1L5U A; 4BR0 A; 2E20 A; 3NAE A; 4FK2 A; 1WN7 A; 4CED A; 4HVJ A; 3KZB A; 4IOA L; 4BC3 A; 5C42 A; 3O3F A; 4B3M K; 2PY5 A; 4KTW A; 2KTQ A; 3HM8 A; 2G8V A; 5MLC Q; 1NKB A; 4Z4I A; 1NKC A; 3OYF A; 2F9W A; 2WON A; 3WXI A; 4DR3 K; 3RTV A; 5KPZ A; 4B9T A; 1JL2 A; 5CZ2 A; 3VN5 A; 3O9R A; 2QXL A; 3BGR A; 2F8T A; 3NF7 A; 1OKJ A; 4WF9 L; 3P39 A; 4CGJ A; 2O8D B; 2PBD A; 4ZHR A; 3CCQ N; 3SV4 A; 2B4J A; 3MXM A; 2O8B A; 4M7X A; 4IEE A; 3SI6 A; 4HCC A; 1N34 K; 5AZI A; 1D5A A; 1S6P A; 4RW4 A; 3HPO A; 4R79 A; 3K5M A; 3UE5 A; 1XMQ K; 3RSE B; 2DY4 A; 3QNO A; 3IKM A; 3DLG A; 1SKW A; 1VSD A; 4WQ4 C; 4DSI A; 4FLZ A; 2BE2 A; 3DOL A; 3VQE A; 4F9O A; 3FZF A; 1N33 K; 3MCA B; 3V9W A; 3CXC M; 2Y1J A; 2W6K A; 4V19 S; 5C0Y A; 5HRP A; 4DV2 K; 1XNQ K; 2I5J A; 4I9L A; 2RN2 A; 3C7N A; 4AM6 A; 3ENH A; 4KHY A; 1N8R O; 5ELZ A; 1Q86 O; 1LV5 A; 3A2F A; 4PUO A; 3K58 A; 2V7Z A; 4LFB K; 2I7N A; 4OPJ A; 5HRR A; 1VQL N; 3FZK A; 3L8B A; 1D9F A; 4LH5 A; 1FKO A; 1HLU A; 3RR7 A; 4DQS A; 3EKS A; 3UKU A; 4DSK A; 5DMR A; 3CC4 N; 1QQC A; 4ZTJ A; 5HLF A; 4I9Q A; 4BE0 A; 2HNZ A; 4XH5 A; 2NRH A; 4IG0 A; 1U49 A; 4KKO A; 3CCJ N; 3OYG A; 1KRP A; 3KKR A; 5GAH P; 4FYD A; 3MXI A; 4C8K A; 5J2N A; 1S72 N; 1S9G A; 2HMI A; 4MLE A; 2IS3 A; 1QVG M; 1U4B A; 3KK7 A; 2A1S A; 3FFI A; 3UKR B; 4W5R A; 4B08 A; 5F1X A; 5CYM A; 3LDL A; 4IO8 A; 4DHY A; 5AQL A; 4FWN A; 3WNH A; 3V1Q A; 5AQV A; 1KVB A; 5C10 A; 5D3G A; 2A6A A; 3IMX A; 5LMN K; 5HOO A; 2O8F B; 2A5X A; 4IDK A; 4DQR A; 4BC5 A; 4MLH A; 1JLE A; 1WSJ A; 2GBZ A; 3CM6 A; 4DFK A; 4EZ6 A; 2YNI A; 2E2P A; 4CIF A; 1IO2 A; 1NJZ A; 3CQX A; 4LFA K; 3AO3 A; 3G25 A; 1HQE A; 3MEE A; 5KI6 A; 5ADX H; 2OZM A; 2GV9 A; 2QWP A; 3OBY A; 1YJ9 N; 3HBT A; 1VQ7 N; 4K8Z A; 2HF4 A; 1TK0 A; 3L3V A; 2Y1I A; 3U8X A; 3I8B A; 1V4T A; 1EP4 A; 1RDC A; 4OPH A; 4GW6 A; 4JI3 K; 2WBN A; 1VQ8 N; 1DTT A; 4OX9 K; 1J9A A; 4CF8 A; 3KJV A; 3M5R A; 3SAF A; 4FK0 A; 4BQZ A; 1RT5 A; 4DKW A; 1V4S A; 4KTZ A; 4BY9 C; 4IZ9 A; 1GOA A; 2QA4 N; 2YHA A; 3VEX A; 1IJJ A; 3RRH A; 2Z1J A; 2BDP A; 4PL8 A; 2LSN A; 3V1R A; 3TAM A; 5KTQ A; 1M90 O; 3L3U A; 3ZT1 A; 3CIP A; 4MFB A; 5BR8 K; 4GMJ B; 1NMD A; 3PX4 A; 3R1X A; 3ZSQ A; 1RDD A; 4BRP A; 3ZSO A; 2E2N A; 4DSJ A; 4O0J A; 3DXK B; 3PY8 A; 3SAG A; 3HXM A; 4FZZ A; 4CVN E; 5FPM A; 4HTU A; 4B9V A; 2X6S A; 4AHT A; 4BDY A; 4LC9 B; 4BR4 A; 1KC8 O; 2UXB K; 4KBO A; 3L2U A; 2DPN A; 3TAE A; 4OPA A; 4H5T A; 3JYT A; 1RTH A; 1N6Q A; 3N4Q A; 3SUN A; 1NK6 A; 3LAK A; 4EFH A; 3TTC A; 4B9U A; 1HQU A; 4O4G A; 4FL9 A; 4C8L A; 1C0F A; 1BIU A; 5AR0 A; 4IO9 L; 4BQL A; 3QFU A; 1RIL A; 4FO0 A; 2GTD A; 1FW6 A; 2AJQ A; 1BU6 O; 4BC2 A; 1KFD A; 1L3U A; 2NZT A; 1LOT B; 4HHT A; 3ZSY A; 3HPG A; 3QB0 A; 4KHQ A; 4FCY A; 3DI6 A; 1VSK A; 4BGB A; 3S41 A; 1NK5 A; 5AZJ B; 4OGE A; 4BRI A; 4DSF A; 5JS2 A; 4BRE A; 2NRT A; 4EP4 A; 3S3N A; 5EVZ A; 2VQF K; 2G8F A; 3SQ2 A; 2O8E A; 4BE2 A; 3IUC A; 5T7B A; 4B3O A; 4DR6 K; 2FC0 A; 3FLC O; 3RMB A; 4HWI A; 4DTM A; 5E41 A; 3MWP A; 3ISN C; 2RPI A; 1S1T A; 3BUZ B; 4DR5 K; 3OYJ A; 1IBK K; 1ZBI A; 4E1N A; 1QZ6 A; 1NGC A; 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