The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
194
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structure length |
194
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Chain Sequence |
TMGSGRIFQIPEETIKCQPFECPDHFYVIDAQDFGWNHPQAHIQLWWDKDADVFYLARVWKKSENTAVQAWGAVKSWANKIPVAWPHDGHQHEKGGGEQLKTQYADAGFSMLPDHATFPDGGNSVESGISELRDLMLEGRFKVFNTCEPFFEEFRLYHRDENGKIVKTNDDVLDATRYGYMMRRFARMMRDIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Large terminase protein
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| publication title |
Structure of p22 headful packaging nuclease.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage p22
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| total genus |
58
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| structure length |
194
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| sequence length |
194
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17289 | Terminase_6C | Terminase RNaseH-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WBN A; 4DKW A; 2WC9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QDK A; 4A61 A; 1A5X A; 3KD5 E; 2F9T A; 4HHT A; 4H0Y B; 2FF3 B; 5AQK A; 3OYC A; 4YY3 K; 1QVG M; 2XHB A; 2IVP A; 2G8F A; 2B6A A; 3QEX A; 4CGH A; 5CY4 A; 4DSI A; 3D45 A; 3JS6 A; 4OLA A; 3DMJ A; 3K57 A; 5JIC A; 1C0G A; 4BDP A; 1OVY A; 4E1J A; 1SKR A; 5I9E B; 4WQ5 A; 2VG7 A; 5CR4 A; 4IKF A; 4DV5 K; 4AF1 A; 1RT4 A; 2DFH A; 4YOX A; 3VQ9 A; 1REV A; 2P9K A; 4A5B A; 3T69 A; 4B9S A; 3T1H K; 1TKX A; 4FLW A; 1TUU A; 4MDA A; 4EZ6 A; 1D5A A; 4H5R A; 5JS1 A; 3OYK A; 1BIS A; 5SWM A; 5AQF A; 3P4I A; 3S9H A; 2QWP A; 3DXM A; 3UE5 A; 3CCE N; 2DFE A; 3ID6 A; 3H1V X; 4IFY A; 2JGU A; 1M1K O; 4I7F A; 4WE1 A; 3DLE A; 2GEL A; 1SKS A; 3LDP A; 4YOT A; 1VQ4 N; 3EE9 A; 4FL9 A; 2QWN A; 4CIF A; 4CJF A; 3VEY A; 2O8D B; 4FJX A; 3ENO A; 3R6M A; 3H1Q A; 3M8P A; 2E6M A; 3U9Z A; 4CE9 A; 4ZHR A; 2FC0 A; 4C1N I; 3O9S A; 3VA3 A; 5FPN A; 4V19 S; 4IFE A; 4DTU A; 2BGG A; 5FLX O; 4BE2 A; 3HST B; 3VQ5 A; 2G8U A; 4YOW A; 5AQW A; 2AA4 A; 4KKO A; 5C42 A; 4QOZ B; 3SI6 A; 3AAR A; 3QIO A; 1C0M A; 2QWQ A; 4E7I A; 4LF8 K; 1YHQ N; 1XUP O; 1K9M O; 2QWR A; 4FO0 A; 4B3R K; 5F0X A; 3CJC A; 3FFK B; 3A5O C; 4WQ4 A; 4DCH A; 5GIO A; 5H1S Q; 2D0O A; 4K8X A; 3BY5 A; 3VEN A; 2OYQ A; 4I2Q A; 5GIN A; 1NKE A; 2HF3 A; 1IBM K; 2O4G A; 3LWL A; 4WYB A; 3CD6 N; 2VWK A; 3VN5 A; 3SPY A; 2F9W A; 4CF0 A; 4FW1 A; 1HKB A; 2O8F A; 4PY5 A; 2UXC K; 4K0K K; 3FR0 A; 5BRH A; 1C1C A; 4HTU A; 2X6N A; 3W0L A; 1QQC A; 1K73 O; 3CC7 N; 2VCP A; 2D0P A; 3EY1 A; 3C6A A; 4KTW A; 4JD2 A; 3CIP A; 1X3N A; 1WSF A; 3OYJ A; 3R1X A; 5T7B A; 2G8W A; 4BR7 A; 1YIT N; 3FZM A; 3O1W A; 2HHQ A; 3CMA N; 3NMU A; 3JAM O; 4JI1 K; 4E7H A; 4BRQ A; 2BAN A; 1HYV A; 3M8R A; 3TI0 A; 2GV9 A; 1QQN A; 2ZD1 A; 3OYB A; 3GDQ A; 2QA4 N; 4F2R A; 3PO5 A; 4O55 A; 3PSF A; 3DOK A; 3L4I A; 1N33 K; 1Q82 O; 1QSS A; 4DQQ A; 2E4L A; 5A2Q O; 1C6V A; 1O1W A; 3I0S A; 4KHS A; 5M1P A; 4YHH K; 3H08 A; 2OPQ A; 2ZJQ L; 2Q3S A; 1G15 A; 2A40 A; 3DM2 A; 3VQD A; 3QO9 A; 1HNV A; 2P5O A; 3I33 A; 5I3U A; 3A0I X; 3KHY A; 1A5W A; 3DLR A; 1QVF M; 4B3O A; 2WON A; 3N4Q A; 2LSN A; 4PWD A; 3VQ8 A; 5KPZ A; 4KHY A; 4MQ3 A; 4DTN A; 1NK4 A; 2HHS A; 1TUY A; 4KH4 A; 3AAQ A; 1ILY A; 1NGF A; 1XI1 A; 4CD1 A; 4CIE A; 3IRX A; 1Z26 A; 4K41 A; 4ID1 A; 3S3M A; 5GIP A; 3NGZ A; 4FM1 A; 4FPA A; 1HKC A; 2ASO A; 3PV8 A; 2NLX A; 1S1T A; 3EEQ A; 3I8D A; 1KXP A; 1DLO A; 2VQE K; 3A8Y A; 2B5J A; 4CI6 A; 2QKB A; 5AQS A; 3VTH A; 3MED A; 3PIO L; 4FWP A; 4WQ5 C; 4MO4 A; 3TAG A; 1HR0 K; 1MA9 B; 4FWS A; 3LL3 A; 5EX5 A; 1Q18 A; 4DF8 A; 1ATN A; 2WC9 A; 3WEE B; 4QS7 A; 2W6K A; 3NHG A; 5B8H A; 3M6G A; 5SZT A; 1VRT A; 3KLF A; 5LJW A; 1QSY A; 2I5J A; 4O5F A; 4C8L A; 1J6Z A; 3JXU A; 1YXQ A; 5CYM A; 4FJM A; 5CYQ A; 1VSI A; 4L8R B; 3OW2 M; 4CEE A; 3G4S N; 4PL8 A; 3AVG A; 4W5R A; 1IKX A; 1RGI A; 3DI6 A; 2IIR A; 1J53 A; 1WB9 A; 1OH8 A; 4U7B A; 3PX6 A; 2UUA K; 3ZSZ A; 3ZSR A; 3WNE A; 5K14 A; 3LAN A; 2F8S A; 1NGI A; 3VPZ A; 3T19 A; 2GEM A; 3MDQ A; 4B3T K; 5M1N A; 2XY7 A; 2V7Z A; 3U9D A; 1GOB A; 4IOX A; 4BDY A; 3IAY A; 4HUF A; 1RDW X; 1Q81 O; 3G25 A; 3RSE B; 1JXB A; 1OH7 A; 1VQL N; 3I8B A; 2OA8 A; 2NRT A; 1QQM A; 3SJJ A; 3B6P A; 4WQ4 C; 4UY8 O; 3A5M C; 1L3V A; 1BO5 O; 1YJN N; 3RR8 A; 1S9G A; 2BUP A; 4GNI A; 2YKM A; 3AVJ A; 4JKG A; 2Q31 A; 3VEO A; 1U48 A; 4KHW A; 4O4G A; 4GKK K; 3VF6 A; 2D0C A; 2CGJ A; 4Z4F A; 1O13 A; 1IG8 A; 4MFB A; 1UOC A; 3KLI A; 1H1V A; 1ZBI A; 4IEI A; 4N47 A; 3CCR N; 3NGY A; 4HUE A; 1U4B A; 4FW2 A; 3H3O B; 5LY3 A; 1CLQ A; 4NXM K; 3UKU B; 2IOC A; 1FKP A; 3QIN A; 3F2K A; 1YT3 A; 1ZBL A; 4HUG A; 1T03 A; 1QZ6 A; 3FFI A; 3ZET A; 4DSL A; 2VG5 A; 4FJI A; 2D5R A; 4JYA K; 5E41 A; 4FLZ A; 3LDO A; 4C8K A; 1EWQ A; 4W5N A; 1F21 A; 2QXL A; 5EU7 A; 4BR2 A; 4X64 K; 3L4Q A; 3NVK A; 4DG1 A; 4CJP A; 4CHZ A; 5ELZ A; 2F96 A; 4CEB A; 2ASP A; 3ENB A; 1VSH A; 1U2V A; 1VSK A; 1Q9Y A; 1JL2 A; 1NGD A; 4AHU A; 5EVZ A; 1HQU A; 1GLJ O; 1NM1 A; 2FXU A; 4E3S A; 3MX2 A; 2YHW A; 3F5T A; 4Q0B A; 3LZI A; 4FK0 A; 4B9U A; 1IBL K; 3SQ2 A; 3V9U A; 4KAZ A; 1U6Z A; 3CQX A; 4M7X A; 1TYQ B; 1DT9 A; 3O4W A; 3VQP A; 1NMD A; 4DSK A; 1NK6 A; 4NB4 A; 3QBW A; 3AVL A; 1JCF A; 4QS8 A; 1K8A O; 5HOO A; 1S1X A; 2O8E B; 3ZYY X; 4KBO A; 3ZSQ A; 1GLF O; 4JI0 K; 2IS3 A; 2GWJ A; 3D2E B; 3IMX A; 4DTM A; 4PL7 A; 3MX5 A; 3HO1 A; 4FWL A; 4E7K A; 5KQD A; 3LPU A; 4DFK A; 1SS6 A; 5F1X A; 4JRQ A; 4BRD A; 3TAE A; 1NJZ A; 3ZCM A; 2VGM A; 4PKG A; 2HOE A; 4RG8 A; 4A57 A; 2Q1N A; 3KLH A; 4OKE A; 1XHZ A; 1RTH A; 3P1G A; 3HP6 A; 3LP3 A; 4DR2 K; 1Z05 A; 3PO4 A; 4B1W B; 2ZF5 O; 3BEX A; 2Q0R A; 3K5M A; 4E7L A; 3FE1 A; 5KI6 A; 3TAR A; 2GUI A; 3DLB A; 4CHN A; 3DLL L; 4DR3 K; 4BAC A; 3J80 O; 4NCB A; 3QLH A; 2G8I A; 4BGA A; 2IGI A; 1T6D A; 5C10 A; 4BVP A; 3QEP A; 1WN7 A; 3DLH A; 1LWF A; 3T3F A; 1J9A A; 4O8K A; 4DS5 A; 1IV0 A; 3AO4 A; 1FKO A; 3THY A; 3OHR A; 4RW7 A; 2ETJ A; 1BHL A; 3PUF A; 4XEI A; 1BCM A; 3VGL A; 2IC3 A; 4FLT A; 1M90 O; 1I3A A; 3OYI A; 4PA1 A; 1NK9 A; 4G1Q A; 1VQ8 N; 2Z1G A; 4CF9 A; 2ZGZ A; 2GWK A; 3ALY A; 3VEV A; 4FLU A; 1BGX T; 4ELT A; 1KVA A; 2OZM A; 3WQT A; 3WQU A; 4F3O A; 1HLU A; 2PFU A; 4M3U A; 1NJX A; 4PQU A; 3O9U A; 4B1Y B; 5JMV A; 1XQS C; 1TKD A; 1ITG A; 1L3S A; 2YHX A; 1CXQ A; 1WLJ A; 3U6F A; 3TSP A; 2E2N A; 4CK1 A; 3BDP A; 3THX B; 2CGK A; 3NAE A; 3U4L A; 1RTD A; 4ILH A; 2UUB K; 1Q86 O; 3WXI A; 1JLE A; 3HK2 A; 3O8M A; 1KVC A; 2ITG A; 4FJJ A; 2ATQ A; 4FSV A; 2HVI A; 4ISF A; 5AZJ A; 1C1B A; 2IVO A; 4CEF A; 5DM7 L; 4DQS A; 2X74 A; 4B1V A; 1QS4 A; 2VYP A; 2E2P A; 4NCG A; 4KV8 A; 3ULE A; 3OS1 A; 3LM9 A; 3VF4 A; 4DQP A; 4Y1C A; 5FDL A; 3WNG A; 3NVM A; 3L2W A; 3C6T A; 4ISG A; 1C0U A; 2P9K B; 4H5W A; 3ASM A; 1CXU A; 2HHT A; 4BRP A; 4EHT A; 4B3S K; 3NFA A; 3V9X A; 4ILJ A; 3LP2 A; 3DXK A; 5HRS A; 1T05 A; 3DXM B; 4QS9 A; 4NLC A; 4FLY A; 2UXD K; 1HNX K; 4FWN A; 3WNH A; 4KRE A; 3CFO A; 1NJI O; 4CJW A; 1KLM A; 4OPK A; 4PUO A; 3AO5 A; 3IG1 A; 3OBW A; 4A62 A; 4C1N K; 3CM5 A; 1NOY A; 2IAJ A; 2P9S A; 1OH5 A; 3KK1 A; 2KTQ A; 4DFP A; 4NXN K; 2E20 A; 2KQ2 A; 2Q0U A; 4M42 A; 4J2E A; 4CJ7 A; 4IFV A; 2V52 B; 4BC3 A; 4DTS A; 4GW6 A; 3SUP A; 3F9K A; 4KRF A; 2NZT A; 4YOR A; 2A1R A; 1S9E A; 3K58 A; 2DFF A; 3L3V A; 3ISN C; 3F9M A; 1Q7Y O; 4IJA A; 2QKK A; 4BRE A; 4I9L A; 1SKW A; 1QHA A; 2BDP A; 3P39 A; 2WTU A; 5HRN A; 3ATV A; 5M1Q A; 5FRM A; 3MWT A; 4CJL A; 1WAF A; 2O8F B; 5BRD A; 1IJJ A; 2IVN A; 1ATS A; 2FSN A; 4LSN A; 3HI0 A; 4BR9 A; 3IUC A; 4BRA A; 2G8H A; 1T7P A; 3TTD A; 2P9P A; 4U67 L; 2FBY A; 4B9V A; 4JD2 B; 3SAF A; 2PYL A; 2AP1 A; 5FPE A; 1RNH A; 4B1U B; 1ZBS A; 5C25 A; 2FLO A; 1CZB A; 4AHC A; 2WFB A; 4EIA A; 3MXI A; 2HBL A; 3QB0 A; 3VER A; 3FZH A; 1IBK K; 4ILG B; 5CZ2 A; 2QWM A; 3CFP A; 3FZL A; 4W5O A; 2PYJ A; 3OYG A; 1QQO A; 4IO9 L; 2F4V K; 3ZT1 A; 4KTQ A; 4O0I A; 3CHW A; 4CJR A; 2D1K A; 1NOZ A; 3NCI A; 4A5A A; 1YVN A; 5BN9 A; 4ZTJ A; 4JKC A; 4PHT X; 3DWL A; 1MU2 A; 4CD3 A; 5FRN A; 1MWK A; 1N36 K; 4OKJ A; 3HT3 A; 5C2F A; 2I7P A; 1VSJ A; 2WUS A; 5KRT A; 2OTL N; 5J2N A; 1KFD A; 3TAF A; 4CGG A; 4N41 A; 1RBS A; 5HRP A; 4DTX A; 2NRX A; 5AQV A; 3OYN A; 2Q36 A; 1HYZ A; 1RT6 A; 3CM6 A; 4WFB L; 3SJH A; 2P9U A; 3LZJ A; 1EP4 A; 5C2D A; 3MAQ A; 2VGN A; 2XO7 A; 4FXD A; 5EXW A; 1WAJ A; 4CIG A; 3NH0 A; 1NLV A; 3C95 A; 1RDC A; 2DTU A; 4BRH A; 1D9F A; 1JLC A; 3OYM A; 4RW6 A; 1S1V A; 4WFA L; 1HKG A; 4BG9 A; 3CFR A; 3LP0 A; 2HHH K; 4DTJ A; 1X9M A; 1NGJ A; 3A5N C; 4DV7 K; 3E01 A; 2YNH A; 3CCL N; 4B1X B; 1KCF A; 1R59 O; 3AVN A; 4DUZ K; 4LF7 K; 1YTA A; 3VQC A; 2HBM A; 3CJ7 A; 3DYA A; 4CBX A; 1HPM A; 4EP4 A; 4E0D A; 4BY9 C; 3EL2 A; 3P38 A; 1EQY A; 1FXX A; 1NK7 A; 1G99 A; 4JI6 K; 4CVN E; 1WSI A; 5MLC Q; 5AQH A; 4HCB A; 1LOT B; 1YUW A; 1VHX A; 4KH5 A; 4CZJ A; 1T44 A; 3ZT2 A; 3BZC A; 3SBG A; 4O0J A; 4H03 B; 4JEP A; 4DKW A; 1LW0 A; 2DPN A; 3E1Y A; 3G6E N; 3SMS A; 3IFR A; 2QTD A; 2NRW A; 2CH5 A; 2FBT A; 3HP9 A; 4OPH A; 4CEZ A; 4DR6 K; 5AZI B; 1BCO A; 4H0O A; 3HM9 A; 3OTO K; 3VEW A; 1IG9 A; 2WOM A; 2X6S A; 3QET A; 3D2F A; 4JKH A; 1VK0 A; 2GX9 A; 4CER A; 2X78 A; 3HOS A; 4OGC A; 4DMN A; 4IJN A; 3O6W A; 3ZEU A; 3VA0 A; 4B9M A; 1GLE G; 4CHO A; 5C24 A; 3PY8 A; 1BL3 A; 2B4J A; 4JKG B; 4RW9 A; 4DR5 K; 3O3H A; 1WSG A; 1T3V A; 1ASU A; 4CFB A; 3SCX A; 1UWB A; 1NJY A; 4BRK A; 3KWG A; 1SL1 A; 2YX6 A; 4DQR A; 3HVR A; 5ADX H; 2F8T A; 1B9F A; 5KRS A; 2HMP A; 3L0Q A; 2OCE A; 5JVH L; 1TV6 A; 4Y0W A; 3AVB A; 4KO0 A; 4TSX A; 3ZET B; 1JCE A; 3CCS N; 4LF9 K; 4IXC A; 3H46 O; 3K0S A; 3J7A P; 3OS2 A; 3V9Z A; 1RDB A; 1BU6 O; 1WBD A; 2D4W A; 1WNS A; 3L6Q A; 4E19 A; 3MXM A; 1U2V B; 3AA2 A; 4DR1 K; 1UAX A; 1D8Y A; 4CGD A; 1HNZ K; 1ZBH A; 4FLV A; 2QWO A; 3DRP A; 2W41 A; 2HHU A; 3C6H A; 4CEO A; 1ESV A; 4Z0U A; 1RTJ A; 4NCA A; 4FOI A; 3C94 A; 3TTF A; 3HYF A; 4FCY A; 5EOY A; 4X66 K; 1TK8 A; 3K2P A; 2HNY A; 3C7N A; 2P9L B; 3O9Q A; 3M8S A; 1HQE A; 4M3Y A; 2GTD A; 2FF6 A; 3D6R A; 3CQ8 A; 4YDU C; 3FZK A; 3VMF B; 4RWT A; 4RTF D; 4J2D A; 3CJ9 A; 3NBP A; 5BN8 A; 3ULD A; 1RBV A; 2VWB A; 3KZB A; 3VGK A; 1WUA A; 4E1N A; 4WF9 L; 4BRC A; 1N32 K; 3LM2 A; 3PLA A; 4JK9 A; 4CZH A; 1VAZ A; 3MCA B; 3BZK A; 1JLA A; 3KKS A; 4CBU A; 3OS0 A; 3ZT3 A; 3B6O A; 1K6Y A; 1Y64 A; 2OPP A; 3KK3 A; 5GAD P; 3SUN A; 3K5L A; 1N8R O; 2VG6 A; 5D3G A; 5KGW A; 4C8M A; 3WT0 A; 1LCU A; 4CEQ A; 1I94 K; 3AVF A; 2HHW A; 1WOQ A; 4BRO A; 3QEW A; 2A6A A; 4JKE A; 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