The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
110
|
structure length |
110
|
Chain Sequence |
MISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S rRNA
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| publication title |
Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M1K O; 3CCL N; 3CCE N; 5GAD P; 3CMA N; 3CXC M; 1YI2 N; 3G4S N; 3G6E N; 1OVY A; 2ZJQ L; 1VQ8 N; 1YJW N; 1QVG M; 2QA4 N; 5JVG L; 3CCM N; 2OTJ N; 3I56 N; 3CCS N; 1S72 N; 5DM7 L; 4WCE L; 1M90 O; 5GAG P; 1QVF M; 4IO9 L; 1K73 O; 3CPW M; 2QEX N; 1YJ9 N; 1VQ6 N; 1Q81 O; 5GAE P; 1KQS M; 4UY8 O; 1KC8 O; 3CC7 N; 3OW2 M; 5JVH L; 4U67 L; 1YIT N; 1VQ9 N; 1JJ2 M; 1VQN N; 3CD6 N; 4WFN L; 1K8A O; 2OTL N; 4WF9 L; 3PIO L; 1VQM N; 3G71 N; 1VQK N; 3CCV N; 1N8R O; 3CC4 N; 5DM6 L; 3CCR N; 1KD1 O; 3CME N; 3CF5 L; 3CC2 N; 1Q82 O; 5MLC Q; 1VQL N; 3J7Z O; 5HL7 L; 3CCJ N; 4IOA L; 4IOC L; 1YHQ N; 1VQ4 N; 1W2B M; 4WFA L; 4WFB L; 1YIJ N; 2ZJP L; 1Q7Y O; 1Q86 O; 3DLL L; 3I55 N; 1VQP N; 1NJI O; 1VQ5 N; 5GAH P; 2ZJR L; 3CCQ N; 1VQ7 N; 1VQO N; 5H1S Q; 3CCU N; 1K9M O; 3PIP L; 1YJN N; 1ILY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TSX A; 2Z1G A; 4I9L A; 4E7H A; 1RBV A; 3VQ6 A; 3MN7 A; 4CZK A; 1VSJ A; 4FJ8 A; 2X78 A; 1QSL A; 4YDU C; 1S6Q A; 4JD2 A; 2QA4 N; 4FPB A; 4HHT A; 4CIE A; 1NGI A; 3FLC O; 3VGK A; 3HXM A; 1IKY A; 4LF6 K; 4BG9 A; 1MWK A; 4CZF A; 1Q8I A; 3AO4 A; 3T1Y K; 4C8N A; 2F8S A; 1Z26 A; 3A5O C; 4CE9 A; 4NCA A; 4CBU A; 1XNQ K; 3BGR A; 2XY7 A; 5HRR A; 2OPR A; 3ZSX A; 3ALY A; 3BDP A; 4BRG A; 2NRW A; 3R6M A; 3NH0 A; 4HCC A; 3CD6 N; 1U47 A; 3KJV A; 5FPM A; 5J1E A; 4IJA A; 4NCG A; 4DTJ A; 3RRH A; 5BPN A; 1VQK N; 1REV A; 1SL1 A; 4QS7 A; 1YF5 L; 4JI3 K; 4BRO A; 1O1W A; 3E9O A; 3THW A; 3V1O A; 5AZI B; 1V4S A; 3HM9 A; 1S1X A; 4B1Z A; 3RRG A; 1JLB A; 4CEB A; 5MLC Q; 2DFE A; 1U48 A; 2WBN A; 3AVN A; 4KTZ A; 4WQ4 A; 3KD1 E; 1HYZ A; 1T6C A; 1VSM A; 3QER A; 2OPP A; 3L2R A; 1TKD A; 4KPY A; 1XNR K; 3MK6 A; 3SMP A; 1VQ4 N; 3VQE A; 2QKB A; 4Q5V A; 4PY5 A; 1NMN A; 3TSQ A; 1TKT A; 4XH5 A; 4H0T B; 1IKV A; 4OJR A; 3DLL L; 1HNX K; 3AVG A; 3ZYY X; 1NJW A; 3KK7 A; 4ISG A; 3QEI A; 3LP1 A; 1I94 K; 2WC9 A; 5SWM A; 2FXU A; 2JWL A; 5H1S Q; 2KTQ A; 4A59 A; 4X62 K; 1MDU B; 4CF0 A; 4CJV A; 4PWD A; 2X6S A; 3TTC A; 3CG7 A; 4BR7 A; 4FWM A; 3DLB A; 2DFF A; 5HOO A; 4Z4G A; 2DFH A; 4FOI A; 2PY5 A; 3HJF A; 4W5R A; 4K0K K; 3V9W A; 5EXW A; 3ZT0 A; 5AQW A; 2HMI A; 1XMO K; 4IJN A; 5ADX H; 1LAV A; 4BC2 A; 1S72 N; 1NGD A; 4HUG A; 4NXM K; 3LPU A; 4Z94 A; 1M90 O; 3SAH A; 2GWJ A; 2AP1 A; 4YOY A; 4J2B A; 4GV9 A; 4CBW A; 4IZ9 A; 5KI6 A; 1H1V A; 2NRH A; 3ZSY A; 4CGH A; 1ESV A; 4W5Q A; 4CJE A; 3VQP A; 2Q36 A; 3FZF A; 5I9E B; 4CK3 A; 4LF8 K; 1T05 A; 3TAR A; 4PL8 A; 4FLW A; 3U3G A; 3HPO A; 4EAH D; 1RTD A; 2F4V K; 4DQS A; 3J7A P; 1IV0 A; 4MO5 A; 1TUU A; 1RBU A; 4NYN A; 3CC4 N; 2FBX A; 1Z6R A; 2V7Y A; 4JYA K; 1IBK K; 1JLE A; 4DS5 A; 3TAN A; 1KRP A; 3CC2 N; 1ASU A; 5JLF A; 5CYQ A; 1BGX T; 4YOV A; 4DSE A; 1DLO A; 1RT5 A; 3OJU A; 2GUI A; 4DTM A; 1VK0 A; 3NH2 A; 2IVO A; 4RTF D; 2UXC K; 2F8T A; 5JS2 A; 3UKR B; 3ZT1 A; 3KVG A; 3RTV A; 1U2V A; 1YT3 A; 4DR4 K; 1B9D A; 3SAG A; 3CFR A; 4ISE A; 1TYQ B; 1HYV A; 4CZE A; 1VQ5 N; 2OPQ A; 2G8V A; 3R9P A; 5I42 A; 4FJM A; 3MN9 A; 4AHS A; 3CCU N; 4OKJ A; 3O6W A; 4PUO A; 3GE1 A; 4IEI A; 4DR5 K; 4DSI A; 4FJN A; 3DLG A; 4JKF A; 4LH5 A; 4Z4C A; 2VQF K; 2A40 A; 4J8F A; 3AVK A; 3QIN A; 1OH6 A; 5KQ8 A; 4BE0 A; 1NK7 A; 3VTH A; 3PSF A; 3NE6 A; 2O8E B; 3SUN A; 4A5A A; 2BH1 A; 3S9H A; 4NYF A; 4PQU A; 4B1W B; 5LMN K; 4BR2 A; 5GAG P; 4AF1 A; 4DR7 K; 4X65 K; 1ATS A; 2A5X A; 3M1F A; 3VQQ A; 1XUP O; 1JLA A; 3QNO A; 3V4I A; 1KQS M; 1I39 A; 5M1K A; 1HKC A; 3P39 A; 4EIA A; 3MEC A; 1WB9 A; 1XHZ A; 3TAP A; 3CJA A; 1BL3 A; 3AO3 A; 4CEQ A; 1TYQ A; 4BRF A; 2HHW A; 1C6V A; 2NRZ A; 4KI4 A; 4CZH A; 1BIZ A; 3VQ9 A; 2KQ2 A; 1BU6 O; 5AQT A; 1DEJ A; 4H5W A; 1D8Y A; 1QQC A; 2P9K B; 1NKB A; 3L2W A; 5J2P A; 4JKG B; 3TI0 A; 4ZTF A; 1T44 A; 3EYZ A; 1WSJ A; 3VQ5 A; 4CJQ A; 3DRP A; 2HHU A; 2V7Z A; 4BRQ A; 1RDB A; 1NGC A; 3K59 A; 3RMB A; 3LDP A; 1S1W A; 3C6U A; 4FVM A; 4O8U A; 4Z0U A; 1D9F A; 3AVA A; 3S3N A; 2JGU A; 3ZSQ A; 2O8E A; 2XY5 A; 1RGI A; 3HK2 A; 3AA5 X; 5C2D A; 3IMX A; 1DTQ A; 4DQP A; 3CM5 A; 4LD0 A; 3OHR A; 3AA2 A; 4KRE A; 3NGZ A; 4FWP A; 3LPT A; 3LAL A; 3J8A A; 4NO7 A; 4K25 A; 3MXM A; 3L4I A; 4NLC A; 3O3H A; 3AVM A; 4CHP A; 3EZW A; 4DR3 K; 3A0I X; 1FK9 A; 3VQ8 A; 4F3T A; 2AA4 A; 4X64 K; 3Q7B A; 4OGE A; 4IO8 A; 1QZ5 A; 3OYN A; 2RHK A; 3QIO A; 3VQD A; 4KV8 A; 4K42 A; 3UB5 A; 1T03 A; 4ELV A; 1YJW N; 2P9K A; 3ZET B; 5AQJ A; 2YJE A; 2Q2R A; 4FXD A; 3HI0 A; 3VEO A; 3FZM A; 3ULD A; 4B9Q A; 4DSJ A; 5GIO A; 3ZX3 A; 4EFH A; 3TU5 A; 3NBP A; 3WXK A; 4O55 A; 4FL9 A; 5LJW A; 1G99 A; 4BR5 A; 3AAR A; 5DMR A; 3CPE A; 2D1K A; 3AAQ A; 1NK0 A; 5KRS A; 3KD5 E; 4OPA A; 5BPL A; 4BRH A; 1RT4 A; 1KLN A; 4DV6 K; 4U67 L; 4B9U A; 4CED A; 1YIT N; 4IG3 A; 1EXQ A; 4FM0 A; 3HOS A; 3O9T A; 2YHW A; 4KHU A; 1C0M A; 3SJJ A; 1LV5 A; 3A2F A; 3L2U A; 2A3Z A; 4AHU A; 1TUY A; 3FZL A; 3C65 A; 1Q18 A; 1RTH A; 1NJY A; 4H0X B; 3ZCM A; 5C2F A; 2IGI A; 2O8D A; 4H5V A; 1NK4 A; 1W2B M; 1D4X A; 4CZL A; 3ZET A; 3KZB A; 1SKS A; 5CZ1 A; 2G8F A; 4KHY A; 1SZ2 A; 1Q7Y O; 3ID8 A; 2QWQ A; 3DM2 A; 3DRS A; 2FSN A; 3MWT A; 1KTQ A; 5M1P A; 1RT7 A; 4DQI A; 1FKP A; 4RW4 A; 4BRC A; 3SQ0 A; 3AV9 A; 4QAG A; 5EOY A; 2FSK A; 4YOT A; 3BY5 A; 1K9M O; 1RT6 A; 4GW6 A; 4O44 A; 4FLV A; 3QEW A; 1N36 K; 3EE8 A; 4JKE A; 3VEN A; 1S5J A; 2P9I B; 4FK2 A; 5EY4 A; 4ID1 A; 3WXM B; 5AQN A; 3MEG A; 2HMP A; 3CCE N; 3PX4 A; 2CH6 A; 2D5R A; 4BRM A; 1VQ8 N; 2ZGZ A; 1JCG A; 3M3Z A; 2YNG A; 4NLB A; 4KRF A; 4B3S K; 4N47 A; 2PAV A; 3CCS N; 4JI8 K; 1ZC6 A; 3PO4 A; 4OPH A; 3IFR A; 3HP6 A; 3TPQ A; 3A5N C; 3TAQ A; 2IOC A; 3AO5 A; 1RBT A; 1WBB A; 1SS6 A; 4EHU A; 1IO2 A; 2BDP A; 4CIG A; 3RWU A; 3NHG A; 1YUW A; 1LOT B; 4CW7 B; 2HVH A; 4JEP A; 1QQO A; 1RDW X; 4IDK A; 4E1J A; 4WQ4 C; 4NCB A; 4FLU A; 3LZI A; 3F2K A; 3KKS A; 2VGN A; 3LM9 A; 2ASP A; 3VF6 A; 3MN6 A; 2YHY A; 3G71 N; 3VQ7 A; 3K5L A; 1HPM A; 3GDQ A; 3EN9 A; 4GVM A; 3W0L A; 1X9J A; 1J53 A; 4RW8 A; 3UKU B; 5AFU H; 3NF7 A; 4JS5 A; 5HLF A; 1GLJ O; 2UYT A; 2P9I A; 3ZX2 A; 5FPE A; 4BWJ A; 1R59 O; 1HKG A; 4CFD A; 1X1P A; 2ASO A; 4BGA A; 3U9Z A; 3F9M A; 3AVF A; 4FJ5 A; 2O4G A; 3OYH A; 1YIJ N; 5BRF A; 4BDP A; 5AQF A; 1SKR A; 2KFN A; 2F9W A; 4CI6 A; 4JI1 K; 4N5S A; 4E89 A; 3AAP A; 3LZJ A; 1HPZ A; 1EP4 A; 2HHV A; 3CQX A; 1L3V A; 4JKC A; 3EEQ A; 4M3W A; 1K6Y A; 5GAH P; 2UUC K; 4K43 A; 3HO1 A; 3U4L A; 1HR0 K; 3FR0 A; 4G1Q A; 4B9N A; 2YHA A; 1GLL O; 3M8P A; 3O5B A; 5AQH A; 1JL1 A; 3LWL A; 4FW1 A; 4Y1C A; 3H1V X; 2ZM6 K; 5HRP A; 2Q0U A; 4IEE A; 4YNQ A; 2OZM A; 1C0U A; 1LWF A; 3FFI A; 3LL3 A; 2QWO A; 1TKX A; 4DMN A; 1BA1 A; 3CXC M; 1ZBL A; 3ZEU B; 3G6E N; 1BHL A; 2KZZ A; 2ETJ A; 3SMS A; 1OH7 A; 4DKW A; 4JHD B; 4CJW A; 5JVG L; 2QK9 A; 2D0B A; 4B3O A; 4CFB A; 1XWL A; 2E1Y A; 3A5L C; 4Z4F A; 3DYA A; 3ZLJ A; 3VES A; 2E2N A; 1TK8 A; 5AQS A; 3HPH A; 1Y64 A; 2YHX A; 2YNH A; 3ITH A; 3O4Q A; 4C8M A; 3D0P A; 1VQ6 N; 1VSF A; 3OYF A; 2NRR A; 4W5N A; 3NAE A; 3A5M C; 5GAE P; 4BE1 A; 3SNN A; 2DTU A; 2DY4 A; 1WSH A; 3P38 A; 1T3V A; 1D9D A; 3P5J A; 3ZSV A; 3NH1 A; 4FOE A; 3WQT A; 2HHT A; 5LJV A; 1B9F A; 4FWQ A; 4CJR A; 1C0F A; 1LAW A; 4DR2 K; 3MXJ A; 3SJH A; 4GV6 A; 3CI5 A; 1N8R O; 2F96 A; 1QQM A; 4OLB A; 3CCR N; 3QDK A; 2IAJ A; 1A5X A; 4HVJ A; 1HQE A; 3HT3 A; 4XEI A; 1S1T A; 5BR8 K; 4CJT A; 3H08 A; 1BCM A; 3ZEU A; 1ZBH A; 1KXP A; 1KFS A; 4B9M A; 5C25 A; 1NGE A; 4CF1 A; 3JS6 A; 3IAY A; 3EE9 A; 2Y1I A; 1B92 A; 1JLQ A; 4M3R A; 3E1Y A; 4BC4 A; 1X3N A; 3TSU A; 3S3M A; 2ZE2 A; 1HUX A; 4BDZ A; 4KAZ A; 3T19 A; 4A2B A; 3WT0 A; 1EWR A; 3RR8 A; 3R3L A; 2QTD A; 4FVU A; 3JAM O; 1BO5 O; 4KH6 A; 3O4W A; 4F4K A; 5M1O A; 3PIP L; 3OYJ A; 1WSG A; 1NNE A; 2KKZ A; 3AVC A; 1EET A; 3VEW A; 3HSC A; 3G4S N; 4DU1 A; 5FPN A; 3TAF A; 3P4I A; 3VN5 A; 4JS4 A; 3CCM N; 2D0P A; 2XY6 A; 5ELZ A; 2OTJ N; 2ITM A; 3HL8 A; 2W6L A; 3I56 N; 3LP0 A; 3TAG A; 2NRT A; 4FLY A; 4DSF A; 5AQV A; 3OVN A; 2PZS A; 3AVH A; 5SZT A; 4FJ9 A; 5E84 A; 1CZ9 A; 1SUQ A; 2V52 B; 5BPM A; 3VQC A; 4J2A A; 4BRK A; 2GX9 A; 1Z25 A; 4FJX A; 3MWP A; 5JVH L; 4W5O A; 4WQ5 C; 4M3U A; 2I7P A; 4JKD A; 3D2E B; 4M3X A; 1WAJ A; 3OBY A; 5AZI A; 3C7N B; 1VSE A; 3JSM A; 4IOX A; 4WF9 L; 4HUE A; 1WAF A; 1HNV A; 3F5T A; 3H6E A; 3H46 O; 3O8M A; 2VG6 A; 1X9W A; 4CHQ A; 4B9T A; 4NB4 A; 4A2A A; 3HST B; 4CER A; 5LY3 A; 1FJG K; 3AA4 A; 5HBM A; 3T3F A; 4FLZ A; 2XRI A; 1K8K B; 4CEZ A; 4CHY A; 1NOZ A; 5CZ2 A; 3VA0 A; 5AZJ B; 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4WE1 A; 3CF5 L; 1E4G T; 1WSI A; 4HUF A; 4CJS A; 1T7P A; 4F2S A; 1XC3 A; 2Z1I A; 3AA3 A; 5EX5 A; 4AH9 A; 3NDK A; 1WSF A; 2IC3 A; 4H5T A; 3QEX A; 4XH4 A; 4B3R K; 4IOA L; 2FBT A; 3FZH A; 4CJ7 A; 1BOT O; 4JNE A; 4I7F A; 4IWV A; 4FYD A; 2HNZ A; 4MFB A; 2IS3 A; 3JYT A; 4BQL A; 3L8B A; 2YV0 X; 1Q86 O; 1QHT A; 2P9S B; 4IXC A; 4ELT A; 1HMV A; 1VHX A; 3IDH A; 4A5B A; 3C6T A; 1HYS A; 3TAE A; 5J2M A; 3G0Z A; 1SKW A; 1WUA A; 2A6A A; 3LM2 A; 4IDH A; 4EZ6 A; 3CIP A; 2D4W A; 3HRG A; 4DSK A; 1N34 K; 2RN2 A; 4F3O A; 2ATQ A; 3ZSO A; 1C1C A; 1S22 A; 1HNI A; 4KBO A; 4ID5 A; 3QEV A; 1T8E A; 1D5A A; 1KLM A; 3CMA N; 2JWK A; 4BVP A; 2P9L B; 1QTM A; 2D0O A; 3H1Q A; 2XO7 A; 1N5Y A; 3K9J A; 4FLX A; 3NGY A; 4CD3 A; 3LAK A; 1MU2 A; 1HJR A; 4I6M B; 2AJQ A; 4N76 A; 4JK9 A; 3NMU A; 3GG4 A; 3KLE A; 4B3M K; 1SQK A; 3U8X A; 4LC9 B; 3FGU A; 3DLE A; 3I0R A; 4OX9 K; 4B1Y B; 3SK3 A; 4L8R B; 1JCF A; 3VEV A; 2E1Z A; 4UY8 O; 1GOA A; 2E2O A; 3I8D A; 4KB1 A; 3SYZ A; 1P90 A; 2QWR A; 5KTQ A; 4HWI A; 4DFP A; 4JKG A; 3PY8 A; 2P9S A; 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