1IH7A

High-resolution structure of apo rb69 dna polymerase
Total Genus 303
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
303
sequence length
903
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 303
structure length 897
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ih7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ih7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ih7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ih7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ih7A03
3LP2A 3VQEA 1QSYA 1Q8IA 4CHOA 3C6UA 1SUQA 4XIUA 4ID5A 1IG9A 1XWLA 2VG7A 1JLQA 3NH1A 3HO1A 4W5NA 1T05A 3OS0A 3O3HA 1S6PA 4LSNA 2E6LA 3ZSRA 3QIOA 3L2QA 3AVAA 3K5MA 3WNHA 3V9ZA 4M3XA 4CJSA 3I0RA 4F4KA 3VQ8A 3JSMA 3SYZA 2G8UA 1D8YA 1HYVA 3V1QA 4E3SA 2LSNA 3RMDA 4FZXC 1LAWA 4CGGA 2VG5A 1Y97A 4M41A 3PX4A 1JLAA 1ZBIA 3OY9A 4B9UA 3NH2A 3RR7A 3S9HA 4HCCA 4B8AB 3L3UA 4Z4IA 1TL1A 4BDZA 1VSMA 1KSPA 3AVKA 2B6AA 3EY1A 4J2AA 4FLWA 3FFIA 5KRSA 3V9WA 4R5PA 5J2MA 1UOCA 3NAEA 4UQGA 1VSLA 1MU2A 4IBNA 4O5BA 3KLIA 4DTMA 4Z0UA 2XHBA 4B3OA 3AA3A 3LAMA 4BWJA 3HPOA 1BI4A 4FJMA 1JXEA 4TSXA 4W5RA 4JS5A 3PX6A 4G1QA 4O0JA 3QETA 3ZT3A 2IC3A 1FKPA 4KHNA 1C0UA 4FJ9A 1GOBA 3TAGA 1RT2A 4FJKA 3CYMA 5DMRA 2PZSA 4ELUA 4I7FA 4GW6A 1HQUA 2G8IA 4CESA 4DQRA 2O4GA 3OJUA 4J2BA 3AVBA 1I39A 4DQQA 2HNYA 4OLAA 4QCLA 4C8NA 3U3GA 4PY5A 1UA1A 1RDBA 4CHPA 1RBVA 1ZBHA 1NK8A 1CXUA 1RBRA 4FXDA 3NDKA 4DTJA 1IKWA 2IGIA 3U6FA 5I3UA 2HNDA 3NF8A 3RTVA 4DLGA 3S3MA 1S6QA 2X6SA 1TKTA 1HMVA 3AVNA 4C8LA 4C8OA 2P1JA 2BGGA 4CFDA 3CFPA 4O55A 2G8FA 4KB0A 1UAXA 1TKZA 1S1XA 2IOCA 1QE1A 1BL3A 4M3YA 4MQ3A 3WNGA 4CJWA 3HP6A 4DSLA 2RPIA 3NGIA 1ASWA 3L2WA 3ZSYA 3DLGA 2FBXA 3K5LA 5KGXA 2PYJA 5D3GA 2HHQA 3MEGA 3OS2A 1Q9YA 3OYAA 1BIZA 3VQ4A 4E1NA 4AHCA 4IFVA 1RNHA 2P51A 4E1MA 1IKXA 1EETA 2B4JA 1NK4A 2PY5A 1IKYA 3SUNA 2Q3SA 3IS9A 4PA1A 2IS3A 4M3UA 3VQCA 1KLMA 3RMBA 1JLEA 3P5JA 3AVGA 1L5UA 2JLEA 4AHVA 3NGYA 2Y1IA 5I42A 1WSHA 3AA5X 4E7IA 1KTQA 3QEIA 4FW1A 5FDLA 5KGWA 4LH5A 4I2PA 4CEEA 1T7PA 1X9SA 3NF9A 1TKXA 1C1AA 1SL0A 4L8RB 3AVCA 4ELTA 4CJTA 3M8SA 1X9MA 4KFBA 4DTXA 3HP9A 1A5XA 1BHLA 1ASVA 3AO4A 1TAQA 2YNFA 4CECA 4CGDA 2Z1JA 4FJGA 1NKEA 4B9MA 3AVFA 4CHYA 1CLQA 3EYZA 1WAFA 1DTQA 3LAKA 3EZ5A 1EX4A 1W0HA 2YHBA 3V4IA 1U45A 3HL8A 2FBYA 4DU3A 4CEAA 4F8RA 2F8SA 2HMIA 3LANA 2P5OA 1RDDA 3ZSOA 4DTOA 3LWMA 4K8XA 3QNNA 1R0AA 1NK5A 4CJKA 3MEEA 3HT3A 2XY7A 2HW3A 4B8CA 3LP1A 3K5NA 3OYDA 4CF1A 4IFYA 4HVJA 1QTMA 4AHRA 2DFHA 4FK0A 1HRHA 3IRXA 4LD0A 4BE0A 4DS4A 1GOCA 4DQSA 3SQ2A 1NOZA 1YVUA 1D5AA 3KD5E 3G10A 4YFUA 3RMCA 2BANA 3DLRA 4GVMA 1VRUA 2KZMA 2KFZA 1TGOA 3ITHA 3V9XA 3QEWA 1HNIA 1K6YA 1KVCA 1EKEA 4CK1A 4CEFA 5HRNA 4DSEA 4ZHRA 3S3NA 3S3OA 4CEOA 4CJEA 3D45A 3AV9A 3HYFA 1ZBUA 3CG7A 3PX0A 1QSLA 4DWIA 4O4GA 3QEXA 5J2QA 4Z4FA 4CFCA 3TAFA 4W5TA 2HVHA 4M3RA 1U49A 1RT4A 4CIGA 3KLEA 1T8EA 4B9LA 2KTQA 5FRMA 1UA0A 4E0DA 3NGZA 5C24A 3DRRA 5HBMA 2Z1HA 4I9QA 4RW6A 1ASUA 3MXJA 3AA2A 1WN7A 3QO9A 4LH4A 3NH0A 3OYGA 3MECA 2HVIA 4KAZA 1JL2A 4FJLA 5KRTA 3MEDA 1NK0A 3HVRA 4DTPA 4FLXA 4DTSA 2D0CA 3VQQA 4FJ8A 1LWEA 3DRPA 4CJFA 1BCOA 5J1EA 3RRHA 3TANA 4Z4EA 4QOZB 4PQUA 4CGFA 2P5GA 2GV9A 3C95A 4B9SA 1LW0A 3AO2A 4CEDA 3T3FA 3TWHA 2DY4A 1RT1A 1G15A 1X1PA 3AA4A 4H4OA 3C94A 4CEZA 1KFSA 1S1TA 2JGUA 1RDAA 2OZSA 2XRIA 4OLBA 5KI6A 3SI6A 1SKSA 4DFKA 3AO1A 4OPJA 4KHSA 3VQDA 3O4QA 4CHNA 2XY6A 2AJQA 5JS1A 4FM2A 1BIUA 1C0MA 4FW2A 2ZD1A 3PO5A 4YNQA 2ETJA 3PY8A 4I2QA 4CJRA 5C42A 1U48A 3V1OA 3M8QA 3DRSA 1KFDA 3KKRA 1WSGA 4JLHA 2FC0A 5JS2A 3I8DA 2YKNA 4FJXA 4FJ5A 2VG6A 4CFAA 1B92A 3AO3A 4B9TA 3HPGA 2ATQA 1SKWA 3O3FA 2RN2A 3E01A 3OYCA 4DQPA 1RDCA 4Q0BA 1SL2A 4FLTA 3M8PA 4CEBA 4CJ4A 4DSKA 3TAQA 3P83D 5HRSA 3OYFA 4EZ9A 4JRQA 2YV0X 1XHZA 4CGJA 3KK2A 4E89A 4NYFA 1WSJA 3QEPA 3KJVA 3NBPA 1RILA 4OJRA 4Z4HA 3ZT1A 3DMJA 2YNIA 3VQBA 4CJQA 1TK0A 4Y1DA 3PO4A 4KTQA 4JS4A 3DLHA 3LZJA 4DTUA 2NUBA 4HUEA 3ISNC 4EP4A 4CFBA 2F96A 3V1RA 1JLBA 1D9FA 2D5RA 3OS1A 1LV5A 4F2RA 4W5OA 5CYQA 3K59A 1C1BA 3MAQA 4N76A 4C8KA 2HHUA 2XO7A 2D0AA 4RW9A 4N41A 4KHQA 4ID1A 1RT6A 3QINA 3KTQA 3KD1E 3SQ4A 1FXXA 1LW2A 1EXQA 1S1UA 2D0BA 2KQ2A 3SCXA 3NF7A 5KTQA 1RBSA 3BGRA 3F73A 3TAMA 3PV8A 3QEVA 4NCBA 4FZZA 3HK2A 1IH7A 1HQEA 4H8KA 2DTUA 4OGCA 3OYBA 2X78A 3K58A 4ZTFA 2G8HA 3O4NA 4AHSA 1S9GA 2E4LA 1KRPA 2IDOA 1N6QA 1A5WA 3CFRA 4OPKA 2HB5A 5J2PA 1RBUA 2X74A 4DU1A 3OYMA 3TR8A 2I5JA 1SL1A 3HM9A 1TKDA 1J9AA 1B9FA 3LZIA 2ZQBA 1J53A 2HHWA 3QESA 5HRPA 2YNHA 1HJRA 1C0TA 3QNOA 1CZBA 4DG1A 1RTHA 1A5VA 4W5QA 3WNFA 2GUIA 1J54A 1NOYA 4IDKA 3ZT4A 3DYAA 4KHYA 3HPHA 1VSFA 3UIQA 1LWFA 4Y1CA 4M3TA 3ALYA 1RTDA 2W42A 4FCYA 4WE1A 4CF9A 4HCBA 2Z1IA 5HP1A 3DLKA 4ICLA 4CIFA 3SQ1A 4M42A 3OVNA 1L3VA 3RR8A 3ZSWA 2IAJA 4B9VA 4CJLA 3LPUA 1QS4A 2GBZA 1X9WA 4IG3A 1XC9A 1QQCA 4CEQA 2BE2A 3HXMA 3LALA 2HHSA 3RMAA 3WNEA 3T19A 4BWMA 1BQMA 4B08A 1QHTA 4DFJA 3VQ7A 1L3SA 3K5OA 1KLNA 1RTIA 4FK2A 3SNNA 3L2VA 1WSFA 4FLVA 3DOKA 1IKVA 2YHAA 1BQNA 1S9EA 1ITGA 4Q5VA 1RT5A 3VA3A 3MXIA 2O4IA 4Z4CA 3TARA 1UWBA 2DFEA 4CJPA 3M8RA 4ELVA 2YKMA 1VK0A 4O44A 4CGIA 3CM5A 3KK3A 2DFFA 1CZ9A 4N56A 3ZSVA 4NCGA 5CYMA 4HHTA 3DLEA 1JLFA 2QK9A 3D0PA 3ZT0A 4KRFA 3SQ0A 1C6VA 4CJUA 4DSFA 1YTAA 1JL1A 3TABA 4CK3A 3AVMA 1LWCA 3H08A 4DLEA 2OYQA 1LAVA 1DTTA 3RRGA 3SPYA 4N5SA 4CJ3A 3NFAA 4CF8A 2A1SA 3L3VA 4M3ZA 1VSDA 3V9SA 4B9NA 4MFBA 4KREA 4KI6A 4HTUA 2B5JA 2G8KA 1RBTA 1NK6A 5FRNA 1IO2A 5EU7A 4FJJA 1QSSA 3VN5A 4E7HA 4CCHA 4IKFA 4J2EA 1NKBA 4DS5A 1RTJA 2R7YA 1U47A 4KTZA 3OYLA 4FZYA 3VQ6A 3HJFA 2HHXA 4KB1A 4FYDA 1BI4B 3L2UA 3KIOA 3VA0A 4KTWA 5DK5A 3CFOA 1SV5A 1TL3A 3L2RA 3KK1A 4M45A 4NYNA 3KLFA 3SV3A 4OKEA 4CHZA 3NF6A 1VRTA 4RG8A 2OPSA 1VSHA 4RW8A 2X6NA 4H4MA 4N47A 1WSEA 4RW4A 3SZ2A 3DM2A 3OYKA 4BACA 3NHGA 4F3OA 4KV8A 1ZBFA 1EP4A 4I9LA 2QXFA 3ASMA 4OGEA 3OYEA 2PYLA 3LPTA 4AILC 4AHTA 4CERA 4CK2A 4PWDA 4DU4A 3C6TA 3ZSXA 3TAEA 1VSEA 1VSJA 3AVIA 5HLFA 3V6DA 2ZE2A 1BGXT 2QKBA 4OKKA 4ZTJA 4FJIA 4KHUA 2ITGA 4F2SA 3OJSA 3K2PA 3VQ5A 3VQPA 3B6PA 2E6MA 2Z1GA 5SZTA 1SKRA 1JLCA 4C8MA 1XHXA 2KW4A 3P1GA 4IG0A 2G8VA 3THVA 4LSLA 4KI4A 1FKOA 2OPQA 1JKHA 4DSJA 1S5JA 2VWJA 3SPZA 3IG1A 4DFPA 3SUQA 3CM6A 4M3WA 1RT7A 3RWUA 1Z25A 3LDSA 2EX3A 1WSIA 3LP0A 1KCFA 4BE1A 3ZSQA 4KHWA 3TAPA 1L3UA 1TVRA 5HRRA 5T7BA 1HYSA 2HNZA 3V9UA 1FK9A 1GOAA 2EHGA 4DF8A 3OYJA 3DI6A 1S1WA 3KKSA 1NJZA 3PUFA 4PUOA 2RKIA 5CZ1A 4EZ6A 1C1CA 1S1VA 1VSKA 1RCHA 4EP5A 1REVA 4DTNA 2FBVA 1NJYA 1NJWA 3V81A 1BCMA 1CXQA 3T1AA 4DTRA 1NK7A 4CIEA 3F9KA 3AVJA 4CE9A 4NCAA 3SUPA 1Q9XA 2KFNA 2WOMA 3IAYA 3QLHA 3VQAA 3QERA 4KO0A 5E41A 1NK9A 2FBTA 1BISA 3U3YA 4E7LA 4DFMA 4CHQA 1TK5A 3NE6A 3CQ8A 1W9HA 2OA8A 3ZCMA 4HUGA 4QAGA 1B9DA 1YT3A 3AO5A 3VQ9A 5CZ2A 5K14A 1KVBA 4FVMA 1F21A 4AH9A 4CGHA 3O3GA 3JYTA 3ULDA 2HHTA 2XY5A 4BE2A 1TAUA 1WLJA 3B6OA 4KKOA 4KPYA 1VSIA 4FLZA 3OYNA 4RW7A 1HNVA 3I0SA 1DLOA 3QIPA 1U4BA 5C25A 3KLGA 3BDPA 3OYHA 3L8BA 1JXBA 4GMJB 4K8ZA 4LY7A 4FM1A 2A1RA 1JLGA 4F3TA 3HSTB 4CJVA 4JRPA 5J2NA 4FJNA 1TK8A 3AVHA 3AVLA 1NKCA 1KVAA 4OVLA 2QKKA 4BDYA 2XY8A 1NJXA 3MXMA 1L3TA 4Z4GA 2OPPA 2WONA 2YNGA 2RF2A 4CF2A 2G8WA 5SWMA 4OKJA 4AHUA 4FJHA 1T03A 3G0ZA 3DLBA 4FLYA 5CY4A 1D9DA 3HVTA 4CJ5A 2OPRA 1Z26A 4BDPA 3SUOA 2OZMA 4FLUA 1U04A 1HPZA 3SV4A 3OYIA 4DF4A 2BDPA 1WAJA 4DSIA 4HUFA 1J5OA 3ZT2A 5FROA 3NCIA 3LP3A 1ZYQA 1TV6A 3DOLA 1XI1A 3ZSZA 3KLHA 3K57A 2VWKA 3LWLA 1ZBLA 2F8TA 4J2DA 1WNSA 4E19A 4E7JA 4DQIA 4FK4A 1N5YA 2HHVA 2Y1JA 4FJ7A 1RT3A 4O0IA 3TI0A 5HROA 3A2FA 1I3AA 4E7KA 1HYZA 1YTUA 3SJJA 4CF0A 4FM0A 4DMNA 1O1WA 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FM1 A;  2A1R A;  1JLG A;  4F3T A;  3HST B;  4CJV A;  4JRP A;  5J2N A;  4FJN A;  1TK8 A;  3AVH A;  3AVL A;  1NKC A;  1KVA A;  4OVL A;  2QKK A;  4BDY A;  2XY8 A;  1NJX A;  3MXM A;  1L3T A;  4Z4G A;  2OPP A;  2WON A;  2YNG A;  2RF2 A;  4CF2 A;  2G8W A;  5SWM A;  4OKJ A;  4AHU A;  4FJH A;  1T03 A;  3G0Z A;  3DLB A;  4FLY A;  5CY4 A;  1D9D A;  3HVT A;  4CJ5 A;  2OPR A;  1Z26 A;  4BDP A;  3SUO A;  2OZM A;  4FLU A;  1U04 A;  1HPZ A;  3SV4 A;  3OYI A;  4DF4 A;  2BDP A;  1WAJ A;  4DSI A;  4HUF A;  1J5O A;  3ZT2 A;  5FRO A;  3NCI A;  3LP3 A;  1ZYQ A;  1TV6 A;  3DOL A;  1XI1 A;  3ZSZ A;  3KLH A;  3K57 A;  2VWK A;  3LWL A;  1ZBL A;  2F8T A;  4J2D A;  1WNS A;  4E19 A;  4E7J A;  4DQI A;  4FK4 A;  1N5Y A;  2HHV A;  2Y1J A;  4FJ7 A;  1RT3 A;  4O0I A;  3TI0 A;  5HRO A;  3A2F A;  1I3A A;  4E7K A;  1HYZ A;  1YTU A;  3SJJ A;  4CF0 A;  4FM0 A;  4DMN A;  1O1W A;  2KZZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JHA A;  5A2Q O;  2ZWH A;  3ZEU B;  3C6U A;  4ID5 A;  1IG9 A;  2VG7 A;  3A5N C;  3NH1 A;  4W5N A;  2JQT A;  3L2Q A;  3AVA A;  4M3X A;  2W6L A;  4F4K A;  4GKJ K;  1FZ1 E;  1D8Y A;  2QWN A;  1HYV A;  1ATN A;  2O8E B;  2OVP B;  5AQU A;  4YOX A;  4FZX C;  3NH2 A;  3RR7 A;  3V7D B;  3CCV N;  4HCC A;  1FZ6 E;  4B8A B;  3C6P B;  3L3U A;  2MW2 A;  4Z4I A;  1TL1 A;  1KSP A;  3AVK A;  2B6A A;  4MDA A;  2PFU A;  4R5P A;  2JPN A;  1UOC A;  4UQG A;  1VSL A;  4LC9 B;  3FLC O;  4B3O A;  3O5B A;  1I94 K;  4FJM A;  4W5R A;  3PX6 A;  1RFQ A;  4ISE A;  4G1Q A;  4H5T A;  2E20 A;  2IC3 A;  1YUW A;  4CZE A;  5KQD A;  1GOB A;  3GBT A;  3R9P A;  1NGA A;  4OPA A;  4GKK K;  5AQM A;  4LFB K;  3A5M C;  1UA1 A;  3U6F A;  5HOO A;  4DLG A;  2X6S A;  2P1J A;  2BGG A;  4CFD A;  2BH1 A;  3ID8 A;  4DV0 K;  2IVN A;  4KB0 A;  1UAX A;  1TKZ A;  1BL3 A;  2HF3 A;  5LJW A;  3NGI A;  5D3G A;  3ZSY A;  3LD8 A;  3OS2 A;  1Q9Y A;  1BIZ A;  1MTY G;  1BWF O;  1EET A;  1NK4 A;  2HBK A;  2ASP A;  1N32 K;  3A5L C;  3A8Y A;  3WXI A;  2ITM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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