4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
1S1VA 2YHBA 3M8PA 4CF8A 1KRPA 1TAQA 4W5OA 3ULDA 1ZBLA 3VQDA 1UAXA 3IS9A 2JGUA 4FK4A 4CGDA 1BQMA 1RTJA 4QCLA 1FKOA 3HXMA 4M3ZA 3ZSQA 1RBUA 1SKRA 3RMCA 1S1TA 2OYQA 1RTIA 4ID1A 4K8ZA 2OPPA 2WOMA 1C0UA 1WAFA 3P5JA 3SV4A 4DTMA 4KHSA 4N76A 1XI1A 3KKSA 4O44A 1QE1A 4CJQA 2P5GA 1QSLA 3AVLA 3OYJA 1I3AA 2IGIA 3TANA 4AH9A 3LAMA 4DWIA 1SL2A 4DSKA 3SCXA 4EZ6A 2A1SA 4YNQA 1T8EA 3EZ5A 1VSMA 4KO0A 2G8WA 4CF0A 3KJVA 5KTQA 4IBNA 4IG3A 4I9LA 2YHAA 4CEOA 3PX4A 4L8RB 4JRPA 3NBPA 4BDYA 2DFHA 4LH4A 4FCYA 3JYTA 3M8QA 1KLMA 3ZSWA 4KI4A 3OYDA 4FLTA 3AO5A 3OJSA 1TK8A 3HPGA 4JLHA 3SYZA 1T05A 4QOZB 3LWLA 1HYVA 3VA0A 1VSDA 3P1GA 4DU4A 4EZ9A 1NJYA 3KK2A 3MECA 1SKSA 4DS4A 1ASWA 4M45A 1LWFA 1LAWA 4N56A 1TK5A 3K58A 1C1AA 4TSXA 1IG9A 3LPUA 2D5RA 1GOCA 4DG1A 3TR8A 3NF8A 3M8SA 3RRGA 4CEDA 4CJ4A 5J2QA 4AHUA 4F2RA 4I9QA 3DLEA 4FW2A 2ZE2A 1RDAA 1S1UA 5J2MA 1ZBUA 1SL0A 4K8XA 1YTUA 3NH2A 3ZSVA 4CJPA 2DY4A 4LD0A 4C8LA 4KPYA 1TKZA 4FK2A 1RDDA 4CJRA 2IOCA 3C94A 3KK1A 2Q3SA 1VSJA 1QSSA 1TAUA 1SKWA 1ASVA 1S5JA 4H4OA 3MXIA 1QHTA 1MU2A 1RBTA 1O1WA 1BQNA 1TKXA 3L2WA 4NCGA 3NAEA 3VQEA 5C42A 3VQ6A 4CJUA 1ITGA 4KB0A 1BCMA 4M3TA 2IS3A 4JRQA 3RMAA 3WNGA 1VSLA 4CHPA 3NH0A 4DTNA 1JKHA 3AVIA 3DOKA 4I2QA 3NGYA 4CHZA 4Y1DA 5I3UA 4Z4EA 3NDKA 4KTWA 5E41A 2YKMA 1U4BA 2FBYA 1NK0A 2X6NA 4PA1A 1S1WA 1TL3A 1JLEA 3QEIA 4FK0A 3DRRA 1D5AA 4OKEA 4CJEA 3HJFA 1TKTA 4C8NA 5KI6A 3O4NA 4RW7A 1U48A 1C1CA 1CXUA 4M3YA 1QSYA 3NGZA 5SZTA 2ZD1A 1NK5A 1L3TA 4Y1CA 1VSHA 1NJXA 1LW0A 1QTMA 4KREA 1CZBA 1WSHA 4O4GA 3SUQA 3MXMA 1F21A 1U47A 2YNIA 3EYZA 1RT6A 3TARA 5HRPA 3OYBA 2X78A 4R5PA 1LAVA 4KTZA 4ELTA 4E1NA 3RMDA 1RBVA 1EXQA 4CFDA 3V9XA 3TI0A 1GOBA 3IRXA 3AVJA 3K2PA 4Z4HA 3U3YA 1W9HA 4FJ5A 2YKNA 4E1MA 3NE6A 3TAGA 1IKVA 1Z25A 1XWLA 4ZTJA 1D9DA 2HHSA 1BI4B 1EKEA 1IKXA 3AO3A 1L5UA 3SV3A 5FRNA 4BACA 4RG8A 1BHLA 4CK2A 3MAQA 1D9FA 3A2FA 3OYMA 3L2QA 1NKCA 4FW1A 2G8IA 1NKEA 4XIUA 4RW8A 4FJXA 1KVAA 4DSLA 2KZMA 3ITHA 2G8HA 4DSFA 2DFFA 3HYFA 3TAFA 4HUGA 4CECA 4DSJA 2P5OA 3LP1A 3T1AA 4F4KA 4H8KA 3V1QA 1J53A 4AHRA 4FJ9A 1BIZA 3AA5X 4FZZA 3DM2A 4CJSA 3O3FA 2F8SA 3M8RA 1JLBA 3TABA 4KKOA 2E6LA 4N5SA 4M3XA 2OPSA 2GUIA 4CHNA 3TWHA 1HYSA 1VSIA 1KTQA 2KZZA 1NK4A 3L2VA 4FJLA 2JLEA 2YV0X 1WAJA 4FJJA 1XHZA 4EP5A 5HRSA 4KI6A 5KGXA 4BE0A 4CJ3A 2E4LA 1FKPA 3L3UA 3OY9A 3K59A 4O0JA 4CERA 3LALA 2AJQA 4M42A 3MEEA 1RCHA 3QETA 4FM0A 3RWUA 3HVRA 2D0CA 4CF2A 3LWMA 2X74A 2ATQA 3L2RA 1VSFA 4B08A 2ITGA 4CFBA 5FRMA 2IC3A 3VN5A 3S9HA 2HNDA 4I7FA 5CYMA 2KW4A 3NHGA 4IG0A 3OYHA 1VSKA 1HMVA 1X9WA 3DRSA 3HPHA 4B9LA 4F2SA 4FJHA 1WSIA 2Z1HA 3AVGA 2BANA 2P51A 1KFDA 3LP0A 4OPJA 3OS1A 3SZ2A 3PX6A 4KRFA 4CHOA 3LPTA 4CGIA 4FLYA 5K14A 1TKDA 3AVMA 4C8OA 4DTSA 3VQCA 3DLHA 3LANA 4AHTA 3LZJA 3T3FA 3PV8A 4B9VA 1YT3A 1T03A 3FFIA 4UQGA 1T7PA 2WONA 1HJRA 4CF1A 4FLZA 4BDPA 2XRIA 1G15A 4CE9A 4B8CA 3OYKA 3SUPA 1BIUA 2NUBA 5FROA 4NCBA 3HSTB 3MXJA 4Z4CA 4DQQA 4CEAA 1W0HA 4CEQA 4E89A 2EHGA 1C0MA 3KIOA 4KV8A 3ZSOA 4N47A 3RTVA 1VSEA 4CJ5A 2G8KA 4M3RA 3O4QA 3WNEA 1DTTA 3AVNA 3ZSRA 3OYIA 4FZXC 3L2UA 1CLQA 3TAEA 2HHTA 1S1XA 4DSEA 4PQUA 4RW4A 1C0TA 1SUQA 4ICLA 4W5TA 3RR7A 2XY8A 1FK9A 3VQ9A 2FBTA 4CIGA 1WSEA 3K5MA 4B9TA 2Z1JA 1LW2A 1R0AA 3AVCA 1Q8IA 2FBXA 4FM2A 3BDPA 2OA8A 3CG7A 3NF9A 1L3UA 1ZBIA 3P83D 3OYEA 1B92A 4DU3A 4DFPA 3CM6A 2PYJA 2DTUA 1CXQA 3ZT0A 2A1RA 4FJKA 4W5QA 2EX3A 5HROA 1JLCA 3SQ0A 2VWJA 5FDLA 4E7LA 3NH1A 2RPIA 1WLJA 2YNFA 4BWJA 4DTXA 4FJGA 1TV6A 4Q5VA 2G8UA 4HUFA 4CJTA 4E7JA 3AVKA 4JS4A 4BE2A 4GW6A 4ELUA 3LP3A 4DQIA 2HW3A 5SWMA 3AVAA 4DQRA 3HL8A 1IO2A 4QAGA 4FM1A 3G10A 3ZSZA 2PYLA 4B3OA 4MFBA 1NK8A 4B9NA 4IKFA 2D0AA 4G1QA 3ZT2A 2FC0A 4CGFA 3SQ2A 2B4JA 1HYZA 5C25A 3KLEA 4CJKA 4DQPA 2F8TA 3DMJA 3U3GA 3OYFA 5KGWA 4CEBA 1N6QA 2HMIA 1NK6A 3VQAA 2VG6A 3OYNA 4AHSA 1IKYA 2XY5A 2VG5A 1ZBHA 1Q9XA 4CESA 3ALYA 5CZ2A 1UA1A 1J54A 2GBZA 3I0RA 5T7BA 3H08A 2F96A 3AO1A 1QQCA 4AHCA 1X9SA 2O4GA 3KKRA 5D3GA 1S6PA 4J2BA 4CIEA 4CHQA 4CJWA 1RT7A 1CZ9A 1A5VA 1EX4A 3CQ8A 1IH7A 3SQ1A 4DTJA 1C6VA 2Y1IA 1SL1A 4CEZA 3SJJA 1X1PA 1HNIA 4BWMA 2QK9A 2HHXA 4CEFA 2IDOA 2D0BA 2OZMA 1KFSA 3ISNC 1RTDA 4HTUA 4OVLA 3BGRA 3D45A 3HT3A 5CYQA 3KTQA 3KLFA 3ZT4A 2E6MA 3HP6A 4PUOA 3WNHA 4CIFA 3TAMA 1RT4A 4HCCA 1NJWA 4DTUA 4KFBA 1UOCA 1TK0A 2HHQA 3CFPA 3NF6A 1RDBA 3QINA 4FJNA 4CGHA 1RBSA 3CFRA 4EP4A 4DF8A 4M3UA 3NFAA 4DU1A 4CCHA 1HNVA 3CM5A 4DFKA 1BI4A 1J9AA 4LH5A 3OJUA 3HPOA 3DLGA 3AVHA 4B9UA 4AILC 1WSJA 3UIQA 4E7IA 2HNZA 3V4IA 3TAPA 5I42A 4OKKA 5DMRA 2HHVA 3K5NA 3DLBA 4DLEA 2YNGA 4YFUA 1YVUA 2KTQA 3T19A 3AO4A 4AHVA 3K5LA 2RF2A 3L3VA 4DLGA 3CYMA 3PUFA 1NKBA 3E01A 4HCBA 4KHQA 4LSLA 1TL1A 4B8AB 4CEEA 3I0SA 2FBVA 3QIOA 3B6OA 4IDKA 1BGXT 2I5JA 3RR8A 3SPYA 1HQEA 4DFMA 3S3NA 1RT1A 1BL3A 3KLHA 1Y97A 1RT3A 3KLIA 3O3GA 3ZT1A 1D8YA 1HPZA 1WN7A 1JLAA 3DYAA 1JLFA 4ELVA 4DF4A 2RN2A 3VQPA 3ZSXA 3PO4A 3CFOA 3NCIA 3AA3A 4HUEA 3ZT3A 2P1JA 2HHUA 2HNYA 1TGOA 1BISA 1KVCA 4FVMA 2Z1GA 2G8FA 4KHWA 4ZTFA 1WNSA 4E19A 4KTQA 1X9MA 4DTRA 2LSNA 4LSNA 2XO7A 4JS5A 3NF7A 3V6DA 2OZSA 2XY7A 4PWDA 2O4IA 3K57A 1QS4A 2BE2A 3V9SA 3AA2A 1B9FA 5HBMA 3V1RA 3O3HA 3MEGA 4OLAA 4CFCA 4FZYA 2OPRA 3QESA 3DRPA 3SNNA 2PY5A 1Q9YA 4WE1A 1DLOA 4E3SA 5J2PA 3PX0A 1EETA 4FLVA 3HP9A 5HRNA 2KFZA 4CJLA 1NK7A 4DS5A 1ZBFA 2ETJA 3B6PA 3SQ4A 2HVHA 1LWEA 1B9DA 2R7YA 3QNOA 4O55A 3QNNA 1Z26A 4E0DA 4FYDA 1NOZA 1RT2A 2RKIA 2Z1IA 3VQ4A 1LWCA 1L3VA 4FLUA 1UWBA 4HVJA 3SUOA 4GMJB 4NYNA 1JL2A 1ZYQA 4OKJA 3QEVA 2PZSA 2YNHA 3HVTA 4FJMA 4FXDA 1YTAA 4BDZA 4IFYA 1S9EA 4OGCA 5J1EA 2B6AA 3TAQA 3PY8A 1VRUA 1RILA 2QXFA 3KD5E 4Z4IA 4IFVA 3DLRA 1BCOA 4W5NA 3THVA 3IAYA 1S9GA 1FXXA 1EP4A 4KB1A 1I39A 1S6QA 4DTPA 1NOYA 2QKKA 3F73A 3OYCA 4F8RA 1WSGA 4Z4GA 4KHUA 3S3MA 3K5OA 1KVBA 3QIPA 2KFNA 3DLKA 3KK3A 5CY4A 3VQ5A 3D0PA 3VQQA 3HO1A 1HQUA 2VG7A 4J2EA 3VQ7A 3DOLA 3ZCMA 4CGGA 4ZHRA 3V81A 4CJVA 2ZQBA 3QO9A 4CK3A 3KLGA 3DI6A 5JS1A 1RBRA 3SPZA 4CF9A 3HM9A 1JXBA 2XY6A 4H4MA 3OVNA 4C8KA 4J2AA 4FJ7A 3LAKA 4B9MA 1JXEA 4KAZA 3QEPA 3AA4A 3OS0A 2QKBA 3AO2A 3V9ZA 4OGEA 1KCFA 5EU7A 4M41A 1LV5A 2BGGA 5CZ1A 4Q0BA 4C8MA 3QLHA 4OJRA 4DQSA 2BDPA 4OPKA 4B9SA 2KQ2A 4HHTA 1J5OA 3NGIA 3VQBA 3ZSYA 4FJ8A 1NK9A 4E7KA 3V1OA 5J2NA 3SI6A 5HLFA 1REVA 4DTOA 3QEXA 2HHWA 3C95A 3S3OA 3ASMA 5HP1A 4Z0UA 3U6FA 2G8VA 3RMBA 1JLQA 1K6YA 3OS2A 2XHBA 3HK2A 4E7HA 3V9UA 4NCAA 2DFEA 3VQ8A 2IAJA 1U04A 4CFAA 1NJZA 3MEDA 3AVBA 3LDSA 3IG1A 4BE1A 3PO5A 2VWKA 1DTQA 1UA0A 1KLNA 4RW9A 1TVRA 1RT5A 4J2DA 3SUNA 2GV9A 1A5WA 3QEWA 1L3SA 2X6SA 4FLXA 4Z4FA 1VK0A 4MQ3A 3WNFA 4CHYA 3KD1E 3OYAA 4FLWA 2B5JA 4I2PA 1GOAA 5DK5A 3I8DA 3JSMA 3C6UA 4LY7A 1U49A 1RTHA 4O5BA 1WSFA 5KRSA 4W5RA 3OYGA 4CGJA 3OYLA 3RRHA 4F3TA 3V9WA 4KHNA 4NYFA 1ASUA 4O0IA 1XHXA 3AV9A 3VA3A 3G0ZA 1JL1A 3LP2A 1VRTA 2HB5A 5JS2A 4FJIA 3C6TA 1C1BA 1JLGA 3L8BA 3EY1A 4GVMA 2W42A 4DFJA 1KSPA 4F3OA 4RW6A 4CK1A 5HRRA 4KHYA 1N5YA 4DMNA 1U45A 1A5XA 4OLBA 1HRHA 3LZIA 2Y1JA 4PY5A 1RDCA 4DSIA 4N41A 4M3WA 1RNHA 1SV5A 1IKWA 5C24A 1XC9A 2HVIA 2OPQA 3F9KA 4ID5A 3QERA 4CJFA 3AVFA 5KRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI0K 5C2FA 3M8PA 4CF8A 1TAQA 3ULDA 1NGBA 1UAXA 2JGUA 1Q82O 3SBGA 1BQMA 4CGDA 4YOXA 3W0LA 4QCLA 1FKOA 5KQ8A 3ZSQA 1SKRA 1RTIA 3SV4A 3A5OC 5F0XA 2UU9K 3LAMA 4DSKA 3SCXA 2A1SA 3OTOK 4YNQA 3VPZA 4DV4K 1VSMA 3H3NO 3CXCM 4IBNA 1TYQA 4JRPA 3NBPA 3UKUA 1YIJN 4DR6K 4FCYA 3JYTA 3J81O 1OKJA 4FPAA 3M8QA 4FWSA 1N32K 1OH8A 1TK8A 3HPGA 2WC9A 5AQLA 1T05A 1HYVA 1Z6RA 3VTHA 4QS8A 1ASWA 4M63C 1LWFA 3WT0A 4IFEA 2GWKA 5BREA 1NGGA 2HHTA 1GOCA 2ZE2A 2VWBA 1S1UA 5J2MA 3MX2A 4KPYA 1TKZA 2F7TA 1QSSA 4JN4A 3C94A 2Q3SA 1VSJA 3R8EA 1S5JA 1QHTA 4ILGB 1MU2A 1TKXA 3L2WA 3VQ6A 1IBKK 1VQMN 3PLAA 1BCMA 3ZETA 3RMAA 3WNGA 2WFBA 3VESA 3NH0A 5LJWA 1U4BA 5CE3A 3HJFA 1GLBG 4C8NA 3O4NA 4RW7A 4A2AA 5ADXA 1CXUA 4A5BA 2NRVA 5F1XA 1L3TA 1VSHA 3D6RA 1CZBA 1WSHA 3MXMA 1U47A 1RT6A 5HRPA 4R5PA 3CI5A 3W3DA 4CFDA 3QB0A 1IKXA 3AO3A 3C65A 4BACA 4RG8A 2NNWA 2ZWHA 4U67L 2NRRA 4IEEA 3L2QA 1NKCA 2O8FB 1NKEA 4XIUA 3VERA 3WEEB 1KVAA 2KZMA 4NXMK 3ITHA 3TAFA 3HYFA 4DSJA 2P5OA 4AHRA 4JI2K 3SLCA 1IBMK 4WQ5C 3O3FA 4CZJA 4QS7A 4KKOA 4N5SA 2OPSA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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