3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
4MO4A 4O5FA 5AQWA 3CETA 5AR0A 1ATNA 2VCPA 3ID8A 5BN9A 4A2BA 3ENOA 3ENHA 4EAHD 2QWNA 2CH6A 4H5TA 3ZX3A 1ESVA 2GTDA 5EX5A 2Q31A 3U9DA 5AQZA 3CERA 3FLCO 4FWNA 2P9KA 1BDGA 2PBDA 4BRKA 3VGLA 4FOIA 3VPZA 2YHYA 1JCEA 4LC9B 4PL8A 5B8HA 1MWMA 3RSEB 3H6EA 1TUYA 1BA1A 3MMVA 1SAZA 4K43A 3BF1A 2QWMA 3KHYA 4BVPA 2CGLA 4DCHA 4L3QA 3CJCA 2QWPA 2QWRA 3GBTA 1D4XA 3S41A 5BPMA 4K42A 3FZFA 3MK6A 3H1VX 1T44A 3H3NO 3CJ1A 5EVZA 4AM6A 4CD3A 2ASPA 3VF2A 2P9IA 4RCHA 1HPMA 2BUPA 1V4SA 1QZ5A 3FGUA 4XH1A 3L4IA 4NO7A 5AQMA 4MO5A 3VENA 2P9UA 3QDKA 4H0YB 5TKYA 3J8AA 2Q97A 5BN8A 4JD2B 3VETA 5F2RA 2P9PB 4WQ4C 5I9EB 1X9JA 2I7PA 4IWVA 3SLCA 3GOIA 2AA4A 2QW9A 5KPTA 1QZ6A 5AQHA 2KHOA 3RSEA 4PL7A 2QWQA 1HKGA 1GLBG 3H46O 3QBWA 4JHDB 5AZJB 3IDHA 3QFUA 3VF4A 5F0XA 3HZ6A 4HTLA 1QQMA 1BOTO 3O08A 4H03B 3O8MA 3L6QA 3MN9A 1S22A 5E26A 4H5RA 3SJHA 5AQKA 3GE1A 2F9TA 3CJBA 5JICA 5AQQA 3M6GA 3QFPA 1OKJA 4JN4A 3IMXA 5BPNA 4K25A 3VOVA 1H1VA 3BEXA 2FLOA 5JLHA 1K8KB 3D2EB 1JCFA 4CI6A 4CZHA 4BGBA 3BUZB 3FZHA 4CZMA 3CJAA 1T6CA 2CGJA 4JD2A 3ZEUB 2V51B 2FXUA 3MN7A 4EHUA 5EOYA 2NRHA 1JCGA 4CBUA 3TU5A 3EN9A 1X3MA 3M3ZA 5JLFA 3HBTA 5ELZA 3HTVA 2Q36A 4B1ZA 4E1JA 2P9SA 3D2FB 4B1VA 1DGKN 4B1WB 4JHDA 1NGHA 3OHRA 5AZJA 4KBOA 3TPQA 2P9LA 4PKHA 2A3ZA 4DB3A 2GUPA 2W40A 4BRPA 5LJWA 4I6MB 4BRAA 1U2VB 3VEZA 5AQJA 3QBXA 2QXLA 3O6WA 3G25A 4WQ4A 3AAQA 4A62A 3LL3A 4CBWA 5LJVA 2NLXA 2QM1A 1C0FA 2P9NB 2A6AA 3D2EA 5AQIA 4BC4A 3QMLA 3M1FA 2GELA 2YI1A 3FE1A 2F9WA 3FZLA 4EIAA 2ZGZA 3LM9A 5AQYA 2ZWHA 4FWLA 4Y0WA 4YDUA 5FPMA 3EKUA 3R6MA 2AP1A 3CJ9A 3VGKA 3JS6A 4RTFD 3ZETB 4CZJA 4BREA 4IXCA 3D2FA 4Z94A 2CGKA 1HJOA 3DXKA 2ASOA 2D1KA 3U9ZA 1BO5O 2E2OA 4A61A 5BRDA 1TYQB 3I8BA 4CD1A 3BP8A 1XUPO 4IZ9A 1LCUA 2E2QA 1Z6RA 1MA9B 2D0PA 2PAVA 1NGCA 5KPZA 4B1YB 5AZIB 4CZKA 1GLAG 3VGMA 4BRFA 3ATVA 4BRIA 4BGAA 3VF6A 2E1ZA 5F1XA 2IVOA 3CQYA 4BRQA 1E4FT 3C0BA 5KPRA 5JMVA 2P9NA 2ASMA 1DEJA 3DAWA 4BG8A 1EQYA 3B8AX 3FZKA 4BRNA 5FPDA 1NGJA 5E84A 5BR9A 4J8FA 4XH4A 5EY4A 2GWKA 3R8EA 5BREA 1YAGA 5AQTA 3SMSA 3UKRB 2E2PA 3EL2A 3ZETA 2GEMA 4ISFA 1WUAA 4JAXA 3MN5A 3FR0A 3SK3A 2FSJA 3VEVA 3WEEB 5AQOA 4QS7A 4YDUC 2EWSA 4BVOA 3AY9A 4H5VA 2DPNA 4IO8A 2IVPA 3UKUB 3EO3A 2VWBA 2A5XA 4PKGA 5AZIA 1QQNA 1NGIA 4FWOA 5FPNA 3LDPA 3FFKB 4BR4A 2E8AA 3LDLA 4MLHA 3HM8A 2FF3B 4WYBA 2WUSA 4DHYA 3MCPA 4PKIA 1LOTB 3A5OC 4FSVA 2H3GX 5AQPA 2BTFA 4BR5A 1HUXA 4A2AA 2GWJA 2YHXA 4BROA 3KZBA 2HF3A 3U8XA 3SMPA 2P9PA 4H0OA 1ATSA 3WQUA 1RFQA 4BQLA 5AQRA 4FWRA 5BPLA 3ZX2A 3O1BA 4MLEA 3H1QA 1C0GA 4C23A 4CJ7A 4M7YA 4BC5A 3ATUA 1GLFO 2I7NA 4B1XB 1P8ZA 1HKBA 5AQNA 3WEEA 3VEOA 4AM7A 5FPEA 3A8YA 2OANA 3DXMB 4BRHA 3UKUA 1QQOA 3A5NC 4BR9A 4XEIA 1J6ZA 1RDWX 3P4IA 2HF4A 4FWKA 5BRFA 1NGFA 1X3NA 1CZAN 3VEYA 1GLLO 1NGAA 1BA0A 1K8KA 1RGIA 5AQUA 3BF3A 2E88A 1TUUA 1IG8A 2E1YA 1E4GT 3A0IX 3VERA 3ZX0A 2V7YA 3R9PA 3O5BA 3U4LA 3ZEUA 3GL1A 3CHWA 2CH5A 4FOEA 4H0PA 3W0LA 3UB5A 2P9IB 5AQLA 4IJAA 3GDQA 3GG4A 2P9UB 4BG9A 4BR2A 4FWMA 3AAPA 4FPAA 4CZLA 4CZGA 5AQVA 3H45C 1IJJA 1GLEG 4BC3A 3JXUA 1NLVA 3CIPA 5KQ8A 2NZTA 4BRGA 2Q0UA 3WQTA 4H0TB 2E20A 3MDQA 3VEXA 4CZIA 5ADXA 1BG3A 3C7NB 2HOEA 4H0VB 1XC3A 1ZC6A 3DXMA 2UYTA 4I6MA 1QHAA 3F9MA 1U2VA 2QWOA 4XH5A 1BUPA 3DJCA 4EHTA 3WUHA 1MWKA 4JNEA 1KXPA 3L0QA 2IIRA 4BRDA 4BR0A 3WT0A 3O80A 3WXKA 1YXQA 1NGGA 1R59O 1HKCA 5LY3A 1U6ZA 3MN6A 1ZXOA 4H5NA 4BRMA 3VEWA 5AFUA 2J4RA 4QS8A 3FZMA 4ISEA 3VESA 1HX1A 2D4WA 5AQGA 5KQDA 4NB4A 4WQ5A 3W3DA 4O8KA 3ULEB 3LDQA 4K41A 4B9QA 3CQXA 5EXWA 1T6DA 1Q18A 1ATRA 3A5MC 1V4TA 4FWPA 1DKGD 2VYPA 4HWIA 1GLJO 1TYQA 4BRCA 1XQSC 3WXJA 2IVNA 1KAYA 3DWLA 1G99A 3LDOA 3O1WA 4QS9A 3C7NA 3H3OB 2P9SB 4F9OA 1GLCG 5ADXH 1S3XA 4M7XA 3EKSA 2YJEA 2FSNA 4BC2A 4ISGA 2Q1NA 4CZEA 2A42A 1SZ2A 2D0OA 2P9LB 2YJFA 2ZF5O 4GNIA 4FPBA 4FWSA 4H0XB 1NGEA 2A40A 2V52B 1Z05A 4BQZA 4FL9A 4DQ8A 3O4WA 2YCHA 1GLDG 3AARA 4BR7A 5AFUH 2YHWA 4CZFA 4RWTA 2QWLA 4FWQA 1NWKA 1SQKA 3CJ7A 1NGDA 1Y64A 3IUCA 5AQSA 3UKRA 3ULEA 2E2NA 4GY2B 4IJNA 2W41A 3WXLA 4EFHA 1BWFO 3A5LC 4CBXA 2P9KB 1NMDA 1WOQA 3QICA 3IFRA 3HI0A 4WQ5C 1HLUA 2Q2RA 5AQFA 5AQXA 1NM1A 3UE5A 3LDNA 1KAZA 4BRLA 4H5WA 4B1UB 3WXIA 2FSKA 2V7ZA 3DXKB 5BRHA 1MDUB 3CI5A 5CE3A 1BU6O 3EZWA 1YUWA 3I33A 2HMPA 2Q0RA 2ZGYA 4FO0A 1YVNA 1NGBA 1ZBSA 1KAXA 2A41A 3KVGA 3LM2A 1NBWA 2ITMA 2FF6A 3QB0A 4M63C 3D7EO 3HSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAPA 5AQWA 4DSKA 3CETA 5HROA 5AR0A 4I2PA 4OVLA 3THWB 4M3TA 2O4IA 4EAHD 1Z25A 4CJUA 4N76A 2QWNA 4H5TA 1ESVA 2OPQA 1CXQA 3U9DA 3CERA 4FWNA 3HP6A 1OVYA 2YHYA 1JCEA 5SWMA 1IBLK 3LAKA 4YOUA 2QA4N 2HHUA 3RSEB 4X66K 2OYQA 3MMVA 3BF1A 4BVPA 2CGLA 2QWPA 3GBTA 1D4XA 4IEEA 1X1PA 1NKCA 5DM6L 3OA9A 3MK6A 2O8FB 4M3YA 1GOBA 1EP4A 1U45A 1ASVA 1WSJA 5DM7L 3FGUA 1TK8A 4H0YB 1B9DA 1EWQA 2FBVA 3BY5A 3AVBA 3J8AA 1U49A 4KHYA 2Q97A 4FYDA 3A2FA 1RNHA 1KVBA 3VETA 4GKKK 5F2RA 1S6PA 5I9EB 1X9JA 3F5TA 3NH0A 4CHQA 3THYB 1VSIA 2G8UA 2QWQA 1GLBG 4BY9C 3MAQA 1KD1O 1JL1A 5AZJB 1KLNA 3HRGA 3O08A 1OH5A 3KD5E 3OYKA 5AJ3K 3AVFA 3P83D 5E26A 1FW6A 1JLEA 4PQUA 4C8MA 3M6GA 1O13A 2DFEA 3QFPA 3TTDA 3SPZA 5KGXA 5J2NA 3J7AP 3LP1A 1R0AA 1H1VA 1ZBFA 3AVLA 1M90O 1JCFA 3D2EB 1NKEA 3SBTA 4CI6A 3J7ZO 1NK0A 1RT2A 4DTUA 1S5JA 4JD2A 1P90A 3MN7A 2VG6A 3EN9A 3HL8A 4KH6A 5ELZA 2Q36A 5JS1A 2P9SA 1HYZA 4FJ7A 3D2FB 4BE0A 3J7YP 4B1VA 1BHLA 4B1WB 3T3FA 3OHRA 1RBUA 4KBOA 2O4GA 4AHVA 2DY4A 4PHTX 4CJRA 2WOMA 4YOVA 1F21A 1VQMN 1BQNA 3VQPA 4BRAA 4FZXC 2HBKA 3G25A 4NLBA 4WQ4A 1C0UA 4OKJA 3C95A 3IKMA 1TL3A 4DU3A 4DV6K 4LFAK 2IDOA 2GELA 4FM2A 2F9WA 3VQ8A 2ZGZA 3J81O 2HHHK 4CGFA 2AP1A 1TKZA 4N47A 4RTFD 3ZETB 1NK4A 1S1TA 4FCYA 1J53A 1LAVA 1Z26A 2F7TA 3DMJA 4CVNE 1VRUA 3O9QA 4JK7A 4DV4K 1U48A 2E2OA 5BRDA 4W5TA 1TYQB 3I8BA 4CD1A 3LP0A 4EP4A 1J54A 3L2UA 2D0PA 1HNIA 4CGHA 5AZIB 3PO5A 1FXXA 1S1XA 3P31A 4BRIA 4WFBL 3VF6A 2UUCK 4CHYA 4IOCL 3LP2A 3DOLA 1E4FT 1Y97A 4M3WA 4LF4K 2ASMA 2HNDA 4J2BA 1EQYA 3B8AX 4FZYA 5BR9A 4IKFA 2KZMA 4MDAA 1S1WA 4XH4A 5EY4A 3DI6A 5JVGL 3TAFA 2F4VK 1W0HA 4B3MK 1W7AA 3TSUA 4ISFA 5C25A 5HRPA 5LMUK 1IBMK 1KVAA 1NOZA 5AQOA 3OYIA 1NK7A 4CJWA 3QNOA 4CGDA 3SQ2A 4DF4A 2HVHA 2DPNA 4IO8A 2IVPA 3OS0A 3C6HA 3EO3A 4PKGA 5GAHP 4DLGA 4FWOA 3BZKA 2BDPA 4KB1A 4WYBA 2XY5A 3D6RA 3ZSVA 1IKXA 2QXFA 4PKIA 3E9OA 1S9EA 4FK0A 1VSFA 2EHGA 2O8DB 1SV5A 1SKSA 2X6NA 3NF9A 4CFAA 4JKGA 3KZBA 5C24A 1NMNA 2KLAA 3VA0A 3NF8A 4DF8A 4FLWA 5GADP 4BC5A 1WLJA 1RT4A 1XMOK 4O44A 5MLCQ 1P8ZA 2HNYA 4CJSA 4AM7A 2UUBK 4KTQA 3A8YA 3IS9A 3DXMB 2YX6A 4BRHA 4YFUA 3LDSA 3CMAN 2RHKA 5KRSA 3DM2A 2G8IA 1GLLO 1BA0A 2YV0X 1K8KA 1RGIA 5AQUA 4M3RA 4UY8O 4ELUA 2E88A 1IG8A 4GV6A 4DMNA 3A0IX 2AJQA 4C1NK 3O5BA 1YTAA 4GMJB 3C94A 2CH5A 4FOEA 4E1MA 2P9IB 3HYFA 1OH7A 5AQLA 1Q8IA 3VQ9A 3RWUA 3GG4A 2P9UB 4BG9A 4CJVA 4FWMA 3KK2A 3AAPA 4FPAA 3OYBA 4LH5A 5AQVA 4CJ5A 4OGCA 5IWAK 1NLVA 1J9AA 3DLEA 2Q0UA 5HOOA 3WQTA 1YTUA 2E20A 4CHOA 1S1VA 4CW7B 1RCHA 1BG3A 1XC3A 4I6MA 2UYTA 3HXMA 4FJLA 1U2VA 4EHTA 2OZMA 3WUHA 3I0RA 4PWDA 3L0QA 2IIRA 4ZTFA 1N32K 2YNIA 5JVHL 1R59O 1HKCA 5LY3A 2BGGA 1U6ZA 4XIUA 1NG9A 1D9DA 4KHWA 5GIPA 4G9ZA 3SAGA 4KO0A 4DQQA 3VESA 1HX1A 4CHZA 3ZT4A 4NB4A 3W3DA 4WQ5A 4O8KA 3ULEB 1RILA 3CQXA 4ILGB 4YOWA 4J2EA 1EX4A 1RDDA 1TK5A 4FWPA 4DR7K 4X62K 4DFJA 1RBVA 4Y1DA 4JKCA 5CYQA 1X9WA 2DTUA 4JS4A 2IOCA 1HNZK 1ZBLA 1K9MO 5ADXH 1J5OA 2YHBA 4O8UA 2F8SA 1SKWA 2YJEA 4Z4GA 4OGEA 2Q1NA 4H4OA 1RT7A 3MWTA 4EZ6A 3TSPA 2GV9A 4K8XA 1HQUA 4FL9A 4DQ8A 3O4WA 1GOCA 4JK8A 4U7BA 2YHWA 4FM1A 2QWLA 4CJFA 1SQKA 2HMIA 1VQON 4LF8K 4IJNA 4CGGA 3TWHA 2W41A 4V19S 1BWFO 4H8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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