3CCR | Genus

Total Genus 47

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ribosome
molecule keywords	50S ribosomal protein L2P
publication title	Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant. pubmed doi rcsb
total genus	47
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-02-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
N	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	3ccrN00

4WFAL 3CXCM 4WFNL 3CCEN 3CF5L 1YJNN 1VQ8N 3G4SN 3G6EN 4UY8O 3J7ZO 2OTLN 1Q82O 3PIPL 1VQKN 3CCMN 4WF9L 1VQLN 1VQ4N 1VQ5N 3CCVN 3CCSN 3CC7N 1ILYA 3CCQN 3CPWM 1YIJN 3PIOL 4IOAL 1KQSM 4IOCL 5MLCQ 1Q7YO 1KC8O 3CCRN 2ZJPL 4IO9L 1JJ2M 1VQNN 1M90O 1OVYA 5H1SQ 1Q81O 5JVGL 5HL7L 2ZJRL 1VQ6N 3CMAN 5GAHP 4WCEL 3CCUN 1VQON 3G71N 3CMEN 1YJWN 1QVGM 2QA4N 2QEXN 1YHQN 1N8RO 5DM7L 1VQPN 1VQ7N 1VQ9N 1YI2N 1M1KO 3CCLN 5DM6L 5GAEP 3I56N 3CD6N 1Q86O 1KD1O 1YITN 4U67L 3CC2N 2ZJQL 1K9MO 1W2BM 3CC4N 1S72N 3DLLL 5JVHL 1QVFM 5GAGP 1YJ9N 3OW2M 1NJIO 2OTJN 1K73O 4WFBL 1K8AO 3I55N 5GADP 1VQMN 3CCJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1C0UA 3ZSWA 1FKPA 3C65A 4MO4A 4BRGA 3MXMA 1VQ8N 3HI0A 4AH9A 3VQ8A 4CGHA 4PY5A 5CYMA 5FRNA 2E2QA 1YF5L 4CD1A 4K25A 5JLFA 1NOYA 4GKKK 3QETA 4KKOA 4CJQA 4F9OA 3ULEB 3EEQA 4A2AA 3HPGA 2RN2A 4CJSA 4CHOA 4M45A 4FJ8A 4I9QA 4EZ6A 5KQDA 4BC4A 4IDKA 3WXLA 2HF3A 4CJUA 2EWSA 3HK2A 4C1NI 2JLEA 5E26A 4AHUA 1KC8O 3P1GA 1X9MA 4G9ZA 4BRCA 4KFBA 4WQ5C 4CHZA 3MN9A 4E7JA 5BRFA 1S1TA 4BRPA 3V9SA 1MU2A 1HQEA 1D9FA 1VSMA 4IFYA 2HHQA 1RBVA 3OA9A 4X64K 2OA8A 1VQ6N 5GAHP 5HBMA 1ZBLA 3VQCA 3A5OC 1RT6A 4JKEA 1C6VA 1JLCA 3PO4A 4RWTA 2I5JA 4CGGA 1HKGA 1SS6A 3AO3A 1DT9A 1TKTA 1RBRA 4H8KA 3VF2A 3TAFA 3P38A 5M1FA 4NO7A 5FLXO 3TAMA 3ID6A 3MEGA 3LZIA 3PY8A 3SI6A 3CIPA 4JI5K 4BRKA 5I9EB 3CJ7A 3WT0A 4GW6A 2HHVA 1ZC6A 3VQPA 4FWSA 4B9UA 3TAGA 4B9MA 4PWDA 3OYAA 3ZT4A 2BDPA 5AFUA 5EX5A 2WBNA 1C0GA 4QOZB 2XHBA 3LAKA 4LSNA 3MWTA 4J8FA 3CJBA 2GELA 4UQGA 1J9AA 5C10A 3CXCM 4E7HA 2IIRA 4BACA 4CF8A 1W7AA 4KH6A 1ZYQA 5LJVA 3SCXA 4PA1A 4FWNA 3MMVA 4KRFA 2OTLN 1QQCA 2IGIA 1Q82O 1NGAA 2NRVA 3FFKB 5I3UA 1BQNA 2OPRA 1OH7A 3MX2A 2ZF5O 3M8RA 4DTXA 3NGYA 4QS9A 4BREA 4TSXA 3CCSN 3PX4A 1QS4A 4DFPA 2X74A 2NRRA 4FZXC 1S22A 2HVHA 1RDUA 2GBZA 4ID1A 1KQSM 1Y64A 4J2AA 4FZYA 1V4TA 3IAYA 1FKOA 1LV5A 3HBTA 3VQDA 4KHNA 2E8AA 3DWLA 3DOKA 1HLUA 2X6SA 3S9HA 4YHHK 4B9LA 1QSYA 4H0VB 3MCPA 4AILC 3CJCA 4JK7A 2ZGZA 4NXNK 2W40A 3DRPA 2QWQA 4RG8A 2HHSA 4DV7K 3O6WA 4DTRA 1ASWA 1VQON 1XMQK 4OVLA 1XUPO 3TANA 4H03B 4FJHA 4CEFA 3RWUA 1JCFA 3H3OB 1XHZA 3TSUA 5FPDA 3K5MA 2ATQA 2VG6A 4JI7K 1LWFA 4H4MA 4AHSA 3NVMA 3AGRA 1DTTA 2BH1A 3AAQA 5C15A 1LAVA 3CQXA 3SPYA 2NZTA 2ZE2A 1O1WA 4CFBA 3KK3A 3O4WA 4FWKA 1NNEA 1NK7A 4FJXA 2Q36A 3CC4N 5M1OA 2W42A 2NRZA 4HUFA 2O8FA 1LCUA 4WQ4A 2F8SA 4CJRA 4CIGA 2HMPA 1W97L 1CZ9A 5J2MA 3KD1E 5C24A 3CYMA 2VG7A 5GADP 3HO1A 1KAXA 4NXMK 2P9KB 2KHOA 4K8XA 4B8AB 2CH5A 4GVMA 4XH5A 2BTFA 3M8SA 3C6HA 4CZJA 3L2RA 1U48A 3WXMB 3QB0A 3OVNA 4GMJB 3C7NA 3LL3A 5FDLA 4DR6K 3QINA 1SL1A 2OZSA 3PSIA 3OBYA 2UUAK 4JD2B 2OYQA 1NK5A 1WB9A 4B9QA 3KK2A 1BDGA 3KKSA 2I7PA 3DJCA 2WFBA 3AVFA 4DTMA 3SQ2A 1SKWA 4DHYA 2BANA 3VN5A 3DLEA 3R1XA 3MEDA 4E89A 1E4FT 4ELUA 1EWQA 1NJWA 3SQ4A 2D5RA 5BN8A 4WYBA 4X62K 3B8AX 1ZBSA 3JYTA 3VF6A 1QE1A 1HNIA 4RW8A 1ATSA 5CYQA 1RBSA 1KFSA 2KZZA 1VHXA 1JJ2M 3OS1A 1N5YA 3SPZA 4JN4A 5FROA 4NYFA 3WXIA 4RW6A 5F1XA 3FFIA 4K0KK 2G8UA 4JRPA 2F96A 1EO1A 4CJ7A 1T03A 3KWIA 1S3XA 3ENHA 3QBWA 2AP1A 3OYFA 3B6OA 5DM7L 3UE5A 2FXUA 4OPKA 5BPLA 4FSVA 4K42A 1RT1A 2P9UB 4CFCA 1BIUA 4BRMA 4FLWA 3U4LA 4JKCA 4FW1A 4O8KA 3LWLA 4U67L 1HKBA 4E7KA 1K9MO 1VSIA 3OYNA 3LANA 2QWOA 2OZMA 1SAZA 2NRWA 1S72N 2V52B 3UKRB 3RRGA 5AZIB 4LF5K 4IXCA 1NKCA 4CGFA 1IJJA 1JL1A 1I94K 2UUBK 1YTAA 2HBLA 3WUHA 4OPJA 4Q0BA 2E4LA 3UKRA 1L3UA 5J1EA 5AZIA 2VQEK 2NUBA 3I33A 4ZHRA 4BY9C 1SV5A 2FBXA 1RGIA 3VF4A 4E3SA 3MN5A 1BA0A 3OYBA 1XHXA 4KH4A 3AVHA 3NF8A 5KPZA 3G4SN 3J7ZO 4I6MB 3OYEA 4OLBA 3QEXA 1JKHA 4A5AA 4ELVA 4XIUA 1XI1A 5BRDA 3CG7A 4JKGA 4F3OA 3F5TA 4IOXA 3NE6A 1CZAN 4O8UA 3WNHA 4A62A 1NK0A 1FJGK 4O4GA 4AM7A 3MDQA 4LFBK 1KAZA 4IWVA 4Y1DA 5ADXH 4ELTA 3PIOL 4IOAL 3CI5A 5AQSA 2CGJA 2HHXA 1ITGA 3T19A 4YFUA 3AVNA 1ZBFA 3THYB 4CJTA 2GUIA 4IEIA 3ZSVA 5TKYA 1ZXOA 3W3DA 5BR9A 2BUPA 2IVNA 4JI0K 3ULDA 5AQLA 3NH1A 3FLCO 4O44A 4BDYA 2W41A 4DTJA 3Q7BA 1DEJA 1YJWN 3OHRA 4OGCA 2IVPA 4CGDA 4C8OA 4FWQA 3DLGA 4HTUA 3WNEA 1LWCA 1VQPN 4KHWA 2WOMA 3P39A 5BRHA 2WC9A 4CJ5A 3LDPA 4RW9A 5EVZA 2HHTA 5DM6L 3OYHA 3L2VA 1NK9A 4KTQA 3AV9A 4O0JA 2WUSA 2DY4A 1JLBA 4C23A 3E66A 1L3VA 5AZJB 3V1RA 4FJJA 2Q0UA 3FR0A 1VSFA 2IVOA 5GAGP 1S1VA 5AQOA 4B9TA 3MXIA 4QS7A 1U4BA 4DR2K 1TUYA 4BRAA 1QSSA 4DQSA 5AQUA 4A57A 4GV6A 3HTVA 2YJFA 4M3WA 4I2PA 3IFRA 4ZTJA 1VSHA 3HP6A 4H0YB 4CFDA 2QWMA 4FO0A 3UKUA 3DLHA 2D0PA 1B92A 1JXEA 2QWLA 4CBUA 1LAWA 2QXFA 3MAQA 3VTIA 4MLEA 4BG8A 3K5OA 3O9TA 3V9UA 1BIZA 1NKEA 2A6AA 4E19A 1HMVA 2IDOA 3KVGA 3CCQN 3SV4A 4BE1A 2GV9A 4DQIA 1KRPA 4FYDA 5AQFA 1LOTB 5FPNA 4KREA 3TWHA 4M3YA 2UXBK 3A5NC 3F9MA 2W6KA 2WTUA 1A5VA 4Y0WA 3VETA 4IO9L 1T8EA 3FE1A 1OH6A 2G8WA 3K2PA 3VA0A 4DV4K 2GUPA 3VGLA 3AA4A 3SQ0A 4FVMA 4X66K 1YVNA 3DXKB 1LW0A 4O0IA 4DF8A 1LW2A 1WSJA 3P4IA 4YNQA 2YHYA 4JHDB 3HZ6A 3OJSA 5I42A 4O5FA 1QQOA 1YXQA 4JI3K 4MDBA 2IAJA 3VQQA 4M3ZA 2DTUA 2E1YA 1QHAA 1UAXA 1RTJA 3IKMA 3HT3A 4JHDA 1FK9A 1XQSC 1OH8A 4C8LA 1KVCA 3KLHA 3IDHA 3OYGA 4DKWA 2HVIA 3DOLA 3I56N 3HSCA 3TAPA 3WQUA 4M41A 2D0AA 3AO2A 1TKXA 5HRRA 3NH0A 3O9QA 3O3GA 4HCBA 4KTWA 2G8IA 4JK9A 3GL1A 2O8DA 4KHQA 4PKHA 1QQMA 3M5RA 3KWGA 3R9PA 4DR5K 3SAFA 4W5TA 5KTQA 3GG4A 1ESVA 3U9DA 3O1BA 4CZMA 1HQUA 4L3QA 3OYLA 1DTQA 3QIOA 1W0HA 4CJPA 3O4NA 4PHTX 1R59O 3L2WA 1HKCA 5KGWA 1SUQA 2P1JA 4BWJA 1GOCA 3PIPL 4H5VA 1BOTO 4CBWA 1NU0A 1VQLN 1S9GA 4FWMA 3NVKA 3CCVN 4DQPA 3FZHA 2YX6A 1IBMK 1D5AA 3HL8A 3CM5A 4DU4A 3HSTB 4FM0A 4GV9A 3S41A 4BRDA 1NGIA 5CZ2A 2QWPA 1I39A 4HUGA 3PV8A 1ASUA 4J2DA 3AVIA 4BC3A 5T7BA 1YTUA 2CGKA 3L3UA 5IT9O 5BN9A 3ENBA 3J8AA 3RSEB 1VSDA 3C94A 1RDCA 1RCHA 2O8EB 3D45A 4CEEA 2A1SA 3QEWA 3AO1A 3K9KA 4FM1A 1OKJA 1EETA 1G99A 3OY9A 3L8BA 1Q9YA 5J2NA 2O8EA 2Q3SA 3QDKA 5M1QA 4CZLA 1KCFA 3ULEA 2R7YA 2PBDA 3C6UA 3ZSZA 1NGHA 1EWRA 5AQPA 3LZJA 2P9SB 4MQ3A 4YORA 3S3NA 4DUZK 1HNXK 2VWJA 3ZT2A 2QWNA 4JAXA 3G25A 4JEPA 3QESA 1C1CA 3BGRA 3EY1A 3VEZA 1TL1A 5A2QO 4FM2A 3O5BA 3SV3A 1QTMA 3AVCA 1KVBA 3FZKA 3MXJA 4WQ5A 4JLHA 3SLCA 5CE3A 4FOEA 1NJYA 4KHPK 1WSGA 3AVLA 2FBVA 4FJ7A 4BE2A 1J6ZA 3ISNC 1Q8IA 5JS1A 1JLGA 3M1FA 4GVEA 1WBDA 4LD0A 4K43A 4BDPA 4JI6K 2E5LK 3QIPA 1KLMA 3UIQA 3KKRA 1VQKN 1WSIA 4RW4A 4M42A 5GIPA 3DYAA 4FWLA 3ZSQA 3SYZA 2P9NB 4FOIA 1RT7A 3VESA 1RTDA 2PAVA 1IKXA 4LH4A 4H4OA 2Y1JA 4FJ5A 4MDAA 2CH6A 2P9NA 1NGEA 1IG8A 4CVNE 4YY3K 4BQZA 3LM2A 4FK4A 2ZJPL 4M3TA 2NLXA 4FLXA 4YOXA 3QMLA 1T6DA 4B1VA 5J2QA 4DS4A 1WUAA 2KZMA 5BPNA 4RW7A 3M6GA 5JVGL 2F7TA 2KKZA 4DLGA 1HX1A 2Q97A 4IJAA 4C8NA 3CCUN 3DLKA 3BEXA 1BG3A 5KQ8A 3QERA 1DGKN 1XMOK 1TK0A 3HYFA 1CXUA 2RF2A 4DQRA 3F9KA 3ZEUB 1SQKA 2P9LB 2UYTA 4FWRA 4DQ8A 4ICLA 1TK8A 3LDOA 2XY8A 3ALYA 4Q5VA 3SMSA 1N36K 4C8KA 1A5XA 3V81A 2Z1HA 3G10A 1RFQA 4KO0A 3J7YP 1U45A 3SMPA 3GE1A 3VQ4A 5EY4A 1IBLK 1JLFA 3TU5A 4Y1CA 1BUPA 3AY9A 1RDAA 2XY6A 4BROA 1TKZA 3RMAA 4FXDA 1WSFA 5HRPA 1Z25A 3T1AA 3DM2A 2VGNA 4DFJA 3VQ5A 2V7YA 1RT2A 1I3AA 2NNWA 3HPOA 4F8RA 3TTCA 3A5LC 1JCEA 2Q1NA 3ZX2A 3U9ZA 3KLEA 3THVA 4JI1K 1HUXA 4MFBA 4LF4K 2HBJA 2UXCK 1N32K 4LF6K 1WBBA 3ZSXA 3KK7A 4CIEA 4KH5A 3EYZA 3VEVA 1GLEG 3VQBA 4CBXA 2YJEA 3T1HK 2V51B 4WF9L 1WNSA 3HOSA 4B3TK 2O4IA 4CEZA 4CF1A 4E1MA 3K9JA 4BC5A 4BQLA 1VQ4N 4KV8A 3LDLA 2ETJA 4FL9A 4XEIA 3W0LA 1TV6A 2D4WA 1QHTA 3BUZB 3P31A 1VSEA 1RTIA 1BHLA 4HUEA 3DLBA 4BRIA 2E88A 5LJWA 5FRMA 5BR8K 3KLGA 2P9KA 1A5WA 4LH5A 1HR0K 3V1OA 3Q7CA 5AR0A 5CZ1A 4OJRA 4BRNA 5KRTA 3K5NA 3CJAA 4KBOA 4YOYA 3KZBA 4DB3A 4DSKA 1X1PA 4QCLA 3ZETB 2FSJA 5H1SQ 1C0TA 5AQTA 4JD2A 4IZ9A 4YOVA 4YDUC 2VCPA 2AA4A 5CR4A 3L0QA 3ZETA 3AVBA 3O9RA 3O4QA 4B9NA 3R3LA 4NLBA 1U49A 4Z0UA 3ZLJA 5LL6Z 3RRHA 1HYZA 1X3NA 3DRRA 3L4QA 4DTOA 3LWMA 2JGUA 4B08A 4NCBA 1YI2N 3TPQA 2KQ2A 4IEEA 5JMVA 4CFAA 2EX3A 4DS5A 5GINA 4DU3A 3DXMB 2ITGA 4JKFA 2QK9A 3KHYA 3FZFA 4JI2K 4DF4A 4GKJK 1W2BM 1U6ZA 4JKAA 2HMIA 4H5RA 4EAHD 5BREA 1T05A 1NJXA 3RR8A 3AVJA 3WQTA 3E9LA 3I55N 4FCYA 3TAQA 3CFPA 2FBTA 4DR4K 3U3YA 3HM9A 3NFAA 1QZ5A 2YNGA 1BU6O 1OVQA 4RCHA 5JICA 2JWKA 4CZHA 1WAFA 1U47A 3M8PA 2P9IB 1J5EK 2P9UA 5E84A 4DV6K 2IOCA 2VQFK 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5TKWA 4H5WA 1LWEA 4CK3A 4LF8K 3T3FA 3CPEA 4MO5A 1IV0A 2Q31A 4DSEA 4FJIA 4KI4A 4DR3K 2NRHA 2QWRA 3C6TA 5AQXA 1D8YA 1EP4A 2OPPA 1GLBG 3HXMA 4LC9B 3JS6A 4ISEA 3KJVA 1RTHA 3AVGA 5AJ3K 3NGZA 3H6EA 2F4VK 3U8XA 4JKBA 1TYQB 3DI6A 4AHTA 5C2FA 3J80O 3K5LA 4CHQA 4OKEA 1ATNA 3HVTA 1QSLA 1HYVA 2RPIA 4FJNA 1IO2A 1NLVA 3D2EB 1IKWA 4K8ZA 5AQVA 3DXKA 4DLEA 3THXB 3EL2A 3D0PA 3VGMA 1YAGA 5GIOA 3V9ZA 4LF7K 3SJHA 1BISA 4FW2A 3O3HA 4BR4A 1K73O 3THXA 3K0SA 4NYNA 2DFFA 1NG9A 1N34K 2BE2A 3NDKA 3R8EA 2E1ZA 1BO5O 1ZBIA 3NCIA 4DV0K 4B3RK 4JK8A 4UY8O 3VOVA 4Z94A 4HTLA 4NLCA 2J4RA 2HSTA 4CJ4A 4EZ9A 3CCMN 2YCHA 1B9DA 4B3OA 4DTPA 4CZEA 3O9UA 2HF4A 3ZSYA 2HBKA 4B1YB 1TVRA 4HCCA 2XY5A 4FPBA 5AQIA 1BCOA 3QNNA 2PYJA 1HNZK 3CFRA 5MLCQ 3SAHA 3C6AA 3OYJA 2Z1IA 4F4KA 3H08A 1J53A 1VQNN 4DV5K 1DLOA 2F8TA 4FJMA 4W5QA 2E2OA 1X9JA 1N6QA 1KSPA 3H1QA 4J2BA 3D2FB 3K58A 2EHGA 3OS0A 3OYKA 3U6FA 2Q0RA 2YHXA 2B4JA 1Z26A 3SZ2A 4FWPA 4OGEA 4CCHA 2QA4N 3D2FA 4DSLA 4W5NA 4FJKA 1BA1A 5LMNK 1NOZA 4DG1A 4WE1A 5KI6A 3AA3A 1RNHA 1M1KO 1XWLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C0U A;  3ZSW A;  1FKP A;  3C65 A;  4MO4 A;  4BRG A;  3MXM A;  1VQ8 N;  3HI0 A;  4AH9 A;  3VQ8 A;  4CGH A;  4PY5 A;  5CYM A;  5FRN A;  2E2Q A;  1YF5 L;  4CD1 A;  4K25 A;  5JLF A;  1NOY A;  4GKK K;  3QET A;  4KKO A;  4CJQ A;  4F9O A;  3ULE B;  3EEQ A;  4A2A A;  3HPG A;  2RN2 A;  4CJS A;  4CHO A;  4M45 A;  4FJ8 A;  4I9Q A;  4EZ6 A;  5KQD A;  4BC4 A;  4IDK A;  3WXL A;  2HF3 A;  4CJU A;  2EWS A;  3HK2 A;  4C1N I;  2JLE A;  5E26 A;  4AHU A;  1KC8 O;  3P1G A;  1X9M A;  4G9Z A;  4BRC A;  4KFB A;  4WQ5 C;  4CHZ A;  3MN9 A;  4E7J A;  5BRF A;  1S1T A;  4BRP A;  3V9S A;  1MU2 A;  1HQE A;  1D9F A;  1VSM A;  4IFY A;  2HHQ A;  1RBV A;  3OA9 A;  4X64 K;  2OA8 A;  1VQ6 N;  5GAH P;  5HBM A;  1ZBL A;  3VQC A;  3A5O C;  1RT6 A;  4JKE A;  1C6V A;  1JLC A;  3PO4 A;  4RWT A;  2I5J A;  4CGG A;  1HKG A;  1SS6 A;  3AO3 A;  1DT9 A;  1TKT A;  1RBR A;  4H8K A;  3VF2 A;  3TAF A;  3P38 A;  5M1F A;  4NO7 A;  5FLX O;  3TAM A;  3ID6 A;  3MEG A;  3LZI A;  3PY8 A;  3SI6 A;  3CIP A;  4JI5 K;  4BRK A;  5I9E B;  3CJ7 A;  3WT0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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