3DLRA

Crystal structure of the catalytic core domain from pfv integrase
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
186
structure length
155
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGSLLQEIRTSLYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 155
sequence length 186
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3dlrA00
3SNNA 1RDAA 2P1JA 1EKEA 3LAKA 4O4GA 3LDSA 1BL3A 3OVNA 2EX3A 4CECA 3K5MA 4FVMA 4B8CA 1TKZA 3JSMA 1TK8A 4CHNA 3OS2A 2QKBA 2PYLA 4DU4A 3AA3A 3HO1A 2D0BA 4DFKA 3TAGA 4C8KA 2IS3A 1IKVA 4FM2A 3S3OA 2G8VA 3O3GA 5KRSA 3KD5E 1VRTA 3DM2A 4Z0UA 2A1SA 1MU2A 1WAJA 4N76A 3VQBA 1TK0A 3U6FA 1JLQA 4CIFA 3RMBA 4CF0A 4IBNA 5HRRA 1C1BA 4RW8A 3SUPA 1RT7A 3L2RA 3TAMA 3ZSWA 3CFRA 1NK0A 1ZBFA 3EY1A 4FM1A 3OYBA 4B9TA 3MEEA 3V4IA 3E01A 3LAMA 4CHOA 5CZ2A 3QEWA 4LSLA 3OYKA 3VA0A 4DTPA 3C95A 4CGJA 3ZSZA 4FYDA 2X74A 2KFZA 4H8KA 3WNFA 3ITHA 2HNDA 4DFJA 1EX4A 3M8PA 4NCAA 1TVRA 4I2QA 1KRPA 3AVHA 1TL3A 4DTMA 3TI0A 2I5JA 1C0UA 2RKIA 4DU1A 1QSLA 2OYQA 4DMNA 3AVNA 1RBUA 4CHYA 3SI6A 2F8TA 1HNVA 4O44A 3SJJA 4M3WA 2HNYA 2PY5A 4E1MA 1RT2A 2Z1JA 3V1RA 1YVUA 1U48A 5KGXA 4KHQA 4BE1A 4HUEA 4FLVA 5J2PA 4N5SA 4W5TA 5KRTA 2GBZA 5HLFA 2YNGA 4DSIA 1IKYA 2B4JA 4FJGA 3KLGA 3BGRA 3ZT1A 1JL1A 3NF6A 3THVA 1D5AA 4KTWA 3MAQA 2P51A 3OYJA 2YKNA 1KFDA 3VQQA 4F2RA 1WSEA 3ZSOA 4C8NA 3ZT3A 4AHUA 4YNQA 3EYZA 4C8MA 1UAXA 4DSFA 4CJ4A 3V9UA 3LWMA 3TWHA 1LAWA 4AILC 3NF7A 4FJXA 4M3ZA 2HHTA 4IDKA 3TANA 4DSEA 1LWFA 3AA5X 3OS1A 4CEOA 3RMAA 3TAPA 4FK4A 4Z4EA 1ASUA 1TK5A 1NOZA 4H4OA 1QTMA 1NK6A 1VSJA 1RDCA 1U4BA 3RR8A 3M8RA 2IOCA 4OVLA 4KREA 2HHWA 4DS4A 2F96A 4NYFA 5KTQA 4DQSA 4WE1A 1RCHA 1TKXA 3AVKA 4FZXC 5D3GA 3SV3A 2KFNA 4JRQA 4GVMA 1RT3A 3T3FA 1XHZA 3SUOA 3ZSRA 1NJWA 2BDPA 3KTQA 1L3VA 4KAZA 3VQ5A 5SZTA 4IKFA 4Z4GA 1C1AA 4DQRA 1T05A 3LP1A 1FXXA 4DLEA 1JLFA 1S9EA 1UOCA 4DFPA 4K8ZA 4BE0A 1ZBHA 3HYFA 4E7KA 2A1RA 3C6TA 1IKWA 1J5OA 1QSSA 2X78A 4IFYA 4BWMA 4CIEA 3CFPA 1N6QA 3HSTB 4CERA 3SZ2A 3V9XA 3NH1A 4LY7A 4NCGA 2OA8A 3KLHA 4DSKA 4OLAA 3V1OA 1JL2A 1EETA 3NH0A 3SQ0A 1ASVA 3OYMA 4BACA 3VQEA 2HB5A 3K59A 4AHCA 1ZYQA 1JLEA 3NAEA 3G0ZA 4OKJA 1C1CA 3I0RA 1SL1A 2NUBA 4C8OA 3OYLA 3SQ2A 3CFOA 3VA3A 3RRGA 1J9AA 1S6QA 4FJLA 4AHSA 1U49A 4CCHA 4M41A 1JLBA 1SL0A 4GW6A 4JRPA 1X9WA 2HHXA 4KRFA 3AA2A 1VRUA 3VQ7A 4BDZA 3IRXA 1S1UA 4CGGA 3KD1E 3KK1A 4DFMA 4KPYA 5JS1A 4E0DA 3RR7A 3HPHA 3K5OA 1VSDA 1RT6A 4I7FA 1NK7A 2XY7A 5KI6A 3TABA 3C6UA 4FJJA 3QNOA 4DSLA 1D9DA 3ZSVA 4KI6A 4CJQA 3QIOA 3V9ZA 3ZSXA 2YNIA 1L3UA 1SV5A 3PX0A 4LSNA 1S5JA 1XWLA 1NK8A 1SKWA 1SKSA 2Y1IA 4L8RB 4KB0A 4Q0BA 1A5XA 4UQGA 4E1NA 3M8QA 4FJNA 1QHTA 4AH9A 1QQCA 1R0AA 3LP3A 4B9MA 3HM9A 4CFDA 1RBVA 3FFIA 2ZE2A 3OYDA 3AO1A 2QXFA 4OJRA 1HPZA 4KB1A 4I2PA 2B5JA 2ZQBA 4PUOA 1QS4A 4DTOA 1VSHA 4ELUA 2VWKA 4DSJA 2YHAA 4B8AB 3PX4A 1BQMA 3AO4A 2XRIA 4IFVA 4AHVA 1VSEA 4RW9A 1HQUA 4M3RA 1RT1A 5JS2A 5I3UA 1NKCA 3T19A 4DU3A 5HRNA 1RBRA 1WN7A 2JGUA 3NBPA 3SUNA 4DWIA 1HNIA 4W5RA 3OYNA 3PUFA 3PX6A 3LALA 1REVA 2X6SA 2KW4A 1Y97A 1C0TA 4FLWA 1U47A 1I39A 1BIZA 4DTRA 2YHBA 1CXUA 4CJPA 2VWJA 1N5YA 4B9LA 4ZTJA 3L2WA 4LH4A 4CJ5A 5CY4A 1NOYA 4QOZB 2X6NA 1EP4A 5C25A 3QETA 4KHWA 4FJ8A 5CZ1A 4KTQA 2O4GA 1KVBA 2DFFA 4MQ3A 4RW4A 2JLEA 4E7HA 1RBSA 2R7YA 1GOAA 1J54A 3CQ8A 4OLBA 4OGEA 4CK3A 3KKSA 4E89A 1IO2A 3TR8A 3NGYA 3WNEA 4I9QA 4LD0A 4OKEA 3RRHA 3L3UA 3KIOA 5C24A 3LP2A 1D8YA 4J2DA 2O4IA 4FJKA 4HUGA 3CM6A 1NKBA 2P5GA 4G1QA 4CF1A 3SPZA 4ZTFA 4HTUA 1U04A 4DG1A 1LWCA 4O0IA 3SQ1A 4F3TA 2PZSA 4CF9A 1CZ9A 2DFHA 4CJUA 4OPKA 2YNFA 1LW0A 4FK2A 1TKDA 1TKTA 4DF8A 4W5NA 1Z26A 3KKRA 1ZBLA 2E4LA 2Z1HA 2IAJA 1RT4A 1X9MA 4J2BA 5EU7A 4CJKA 2ATQA 1I3AA 3RMCA 1LAVA 3VQ8A 4CEFA 4FZZA 3OYIA 2E6MA 3LWLA 4J2EA 1IH7A 3DMJA 4KI4A 3DLKA 3QIPA 1LWEA 4CFAA 4DTXA 2HHQA 3MECA 4CFBA 4OPJA 4BDPA 3ISNC 3AO5A 2RN2A 1BCMA 3AVJA 3H08A 4NYNA 3V6DA 2VG7A 2WOMA 1DLOA 2FC0A 3IAYA 4CHZA 1DTTA 2EHGA 1B92A 4CGFA 4H4MA 1WLJA 4QAGA 1FK9A 1S1XA 3OJUA 3B6PA 3K5LA 4BWJA 3K58A 4BDYA 2HVHA 3P5JA 3DOLA 2GV9A 1CLQA 3NH2A 1LV5A 5DK5A 4CESA 3ALYA 4EP4A 4AHTA 2HNZA 2D5RA 4KKOA 1TL1A 4E19A 4DTUA 2XY8A 1KSPA 1RDDA 4FJ9A 2Q3SA 1QE1A 3ULDA 1NJYA 2P5OA 3AVGA 4ZHRA 3HXMA 1RTJA 1SL2A 4HCCA 3DI6A 4RW6A 4XIUA 4B9VA 4DS5A 4F4KA 1WSJA 3AVBA 4B9SA 3RMDA 3I8DA 3DRPA 3L2VA 4JS5A 4DLGA 1YT3A 1T03A 1IG9A 3QO9A 1NK4A 1KLNA 2ETJA 4FZYA 1YTUA 2G8IA 1GOCA 1SKRA 2YV0X 4Y1CA 3SV4A 1RTIA 4HCBA 1T7PA 4B3OA 3NGZA 3SYZA 1X1PA 4CJ3A 4FXDA 4W5QA 4FLUA 1L3TA 1BIUA 2Z1IA 2WONA 4CEDA 1VSFA 4J2AA 3AO2A 3AVCA 3KK3A 3F73A 4Z4CA 2HW3A 3QINA 3ZT4A 4FCYA 3VQAA 4FM0A 1QSYA 1WSFA 3G10A 3KLIA 4MFBA 4CK2A 1NKEA 4M3TA 2BE2A 3LZJA 1L3SA 4DQIA 1NK9A 1TAUA 3VQ4A 4CJFA 2HVIA 4GMJB 1KLMA 4ELVA 5HP1A 3PY8A 2OZMA 4M3YA 3O3FA 3IS9A 4CJRA 2OZSA 4E7JA 1X9SA 4CEEA 4CEQA 3NHGA 1RBTA 1S6PA 4O55A 4B08A 3OS0A 3KLEA 4F3OA 3MEGA 3OYGA 2E6LA 3NCIA 1W0HA 3L3VA 3PO5A 3CM5A 4OGCA 4B9NA 4CJSA 4ICLA 4CJVA 4K8XA 5E41A 1HYVA 2FBXA 3D0PA 4O5BA 3HP6A 3AO3A 4FK0A 3O3HA 1K6YA 2DFEA 3AVLA 1ZBIA 2B6AA 3TARA 4KHUA 1BCOA 3QEIA 4RG8A 5FROA 4M3UA 3HL8A 1XC9A 1NJXA 1B9FA 5CYQA 4DF4A 4CE9A 4M3XA 3SQ4A 1VSKA 4QCLA 4DTJA 1UA1A 3S9HA 2YNHA 3LZIA 2HHVA 3LPTA 4HVJA 4KHSA 3QERA 2VG6A 2Y1JA 2XY5A 4CJTA 1XHXA 2OPRA 3EZ5A 4JS4A 3TAFA 1FKOA 1UWBA 3B6OA 1FKPA 3QEVA 4DTNA 3O4NA 4KTZA 3V9WA 3DLBA 3ZCMA 4FJ7A 4Z4IA 2IC3A 3CYMA 1HYSA 2GUIA 2ITGA 3F9KA 5DMRA 4CHQA 5I42A 1TAQA 2BANA 4CJWA 5HRPA 3BDPA 4CGHA 2G8WA 3HP9A 1KCFA 1RT5A 3ASMA 4FJHA 1HRHA 3DOKA 4F2SA 4FJIA 3P83D 1Z25A 4HHTA 1S1WA 4E3SA 3HK2A 3PO4A 1S1VA 1VK0A 4KO0A 1BHLA 4CJLA 3VQ9A 4OKKA 4KHYA 1ASWA 1TGOA 4RW7A 3VQ6A 4YFUA 4E7LA 3S3NA 1D9FA 2YKMA 3AA4A 5C42A 4HUFA 4CF8A 3MXMA 5J2NA 3M8SA 3MXJA 4Q5VA 4C8LA 2KZMA 2OPPA 1J53A 1KVAA 4CEBA 4EZ6A 2XHBA 3DLGA 5FDLA 3OYHA 4DQQA 4DQPA 1EXQA 1WNSA 4FW2A 4PY5A 1KTQA 4PA1A 2Z1GA 3IG1A 3VN5A 3NDKA 3U3YA 4KHNA 3ZSYA 2IGIA 3NFAA 3V81A 3RTVA 3AV9A 4CIGA 1NJZA 4CK1A 3U3GA 3C94A 1YTAA 2OPSA 4N41A 2G8UA 5FRMA 1B9DA 4CGDA 3VQDA 1RTDA 4Y1DA 3MEDA 2AJQA 1O1WA 4M42A 3AVFA 1CZBA 3DLRA 1KVCA 4CF2A 3VQCA 1CXQA 1BI4A 5K14A 4M45A 3T1AA 4CEAA 3OY9A 3SCXA 1BISA 1JLCA 4CEZA 1HYZA 3HT3A 3K57A 4F8RA 1T8EA 3NF8A 4AHRA 4CHPA 2HHSA 2VG5A 1DTQA 2KQ2A 5J1EA 3VQPA 3OYEA 2PYJA 1HJRA 1WSHA 4IG3A 5SWMA 4FLYA 2IDOA 1JLGA 2RF2A 4IG0A 4FLTA 3TAEA 1JLAA 5KGWA 1F21A 3QNNA 2HHUA 3UIQA 3OJSA 2XY6A 4CGIA 3I0SA 2FBTA 1BI4B 1LW2A 4KV8A 3JYTA 1S9GA 2DTUA 4ID1A 3DYAA 4R5PA 2HMIA 4KFBA 3NF9A 3DRRA 1G15A 3AVAA 3V9SA 5FRNA 2F8SA 4ID5A 1JXBA 3HVRA 1HMVA 1SUQA 3QLHA 1WSIA 3L8BA 1KFSA 1U45A 2G8KA 1JKHA 4EP5A 3K5NA 3DLEA 4FJMA 3HJFA 2KTQA 3LANA 4TSXA 4Z4HA 3DRSA 1C6VA 3L2UA 4FLXA 2QK9A 3A2FA 1BQNA 4EZ9A 2ZD1A 4N56A 3KJVA 4PQUA 2FBYA 3OYCA 5J2QA 1VSMA 3AVMA 2RPIA 3DLHA 3P1GA 3HVTA 3KLFA 3CG7A 1IKXA 1ITGA 1BGXT 1WAFA 3WNGA 4FLZA 3SUQA 3SPYA 1RNHA 4BE2A 1W9HA 5HBMA 4PWDA 3NE6A 3HPGA 4FJ5A 3ZT2A 1RDBA 4JLHA 2D0CA 2XO7A 4DTSA 4CFCA 1Q9XA 1TV6A 4ELTA 5CYMA 2W42A 2BGGA 3MXIA 3K2PA 2KZZA 4Z4FA 3PV8A 3D45A 3OYFA 3V1QA 3WNHA 3LP0A 3QEXA 1VSLA 1WSGA 4E7IA 2QKKA 3TAQA 5HRSA 2LSNA 3L2QA 1NK5A 1GOBA 3ZSQA 1S1TA 1VSIA 3ZT0A 3HPOA 3AVIA 5J2MA 1RILA 1ZBUA 1HQEA 4NCBA 1JXEA 3LPUA 4I9LA 1C0MA 3KK2A 5T7BA 3OYAA 1L5UA 1UA0A 2D0AA 4N47A 2OPQA 1Q9YA 4W5OA 1A5VA 5HROA 1RTHA 2FBVA 1A5WA 3QESA 1XI1A 1Q8IA 2G8FA 2G8HA 3RWUA 2DY4A 4CJEA 4O0JA 4B9UA 3QEPA 4FW1A 4LH5A 3NGIA 3O4QA 3S3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SNNA 3LAKA 3LDSA 2EX3A 4BVOA 4CVNE 4DR5K 5AQOA 5JICA 4BREA 3IDHA 5AFUH 1IKVA 4FM2A 3S3OA 2G8VA 1YITN 5KRSA 4N76A 3MCPA 4FPBA 4X65K 2A41A 2GWJA 5HRRA 2AP1A 3SUPA 4JEPA 1P8ZA 1YXQA 3CQYA 1NK0A 4K41A 4LFAK 3OYBA 3HOTA 4B9TA 5AQQA 3CCQN 3E01A 3QEWA 4FYDA 3ZETB 2X74A 3WNFA 3ITHA 1TVRA 1KRPA 3AVHA 1TL3A 2OYQA 2O8FB 4DMNA 1RBUA 3SI6A 2F8TA 3SJJA 4DV6K 1OH5A 3V1RA 3AGRA 5KGXA 3VEXA 4K43A 5KRTA 4DSIA 4KH5A 1JL1A 1P90A 2NRTA 2UU9K 3VQQA 4BR7A 3WXKA 3UKRB 3ZSOA 4YNQA 2HSTA 3LM2A 5B8HA 4FOIA 1LWFA 3TAPA 4BC4A 4DV2K 4JI1K 1NOZA 2EWSA 4QS9A 4QS8A 4G9ZA 1NK6A 1VSJA 3RR8A 4OVLA 4FWSA 2HHWA 4DQSA 2F96A 1NGBA 1TKXA 2P9UA 4FZXC 1XHZA 1RT3A 5GAGP 4KAZA 4Z4GA 4IOCL 1C1AA 1T05A 1FXXA 5AQIA 3ZX2A 1W2BM 1S9EA 4XH5A 4A62A 3HI0A 1QZ6A 4NXNK 4CERA 1M90O 3KK7A 2IVPA 3N4PA 3NH1A 3HOSA 3ULEB 3CMEN 1EETA 3NH0A 1BUPA 1H1VA 3OYMA 3LDPA 4FWQA 3QB0A 4AHCA 1ZYQA 3VGLA 4NXMK 1C1CA 1K73O 2NUBA 4ILGB 4BC3A 3CFOA 3RRGA 4AHSA 3M6GA 4A57A 4M41A 3WQTA 4JK9A 4GW6A 3VQ7A 2AA4A 1S1UA 4HWIA 5AQXA 5FPEA 1VQ9N 1VQ5N 3K5OA 1RT6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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