The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSEKRQHSSQDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
NSFL1 cofactor p47
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| publication title |
The SEP domain of p47 acts as a reversible competitive inhibitor of cathepsin L
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
19
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| structure length |
102
|
| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08059 | SEP | SEP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VAZ A; 1SS6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E1J A; 3K57 A; 4DG1 A; 2ITG A; 5CZ1 A; 1I39 A; 2UUB K; 5J1E A; 1BHL A; 4GKK K; 2Q2R A; 1RDW X; 3O4Q A; 2JWK A; 5AZI A; 3DMJ A; 4KHN A; 4FJN A; 3ZT2 A; 3U3G A; 2O8B A; 3T1H K; 4B9V A; 4BRI A; 1P8Z A; 5AJ3 K; 4NYN A; 3AVL A; 1FXX A; 2HF3 A; 1QSS A; 4C1N I; 4CJQ A; 1VQM N; 3SBG A; 5C2D A; 5E41 A; 3VTH A; 4DUY K; 1L3V A; 1NG9 A; 4CJS A; 3VQ7 A; 3FZM A; 2NRV A; 1WB9 A; 2KFZ A; 3JXU A; 3EE9 A; 3CMA N; 2QWP A; 1S1W A; 4FJL A; 5A2Q O; 4G9Z A; 2AJQ A; 2JGU A; 3AA5 X; 1SS6 A; 3H3O B; 4KHP K; 4CHP A; 4JI4 K; 4DMN A; 3U6F A; 3QIO A; 4Z4F A; 1VQ6 N; 4C23 A; 4H5W A; 3AO3 A; 4YOX A; 3TAQ A; 1IKY A; 2ZGZ A; 4FJ5 A; 4FK4 A; 2ZWH A; 5EU7 A; 5KRS A; 5GIO A; 1RT1 A; 1Z25 A; 3ULE A; 4PKH A; 2HBJ A; 1S22 A; 3HM8 A; 3FR0 A; 1Q9Y A; 1EX4 A; 3W3D A; 3TWH A; 3CME N; 5IT9 O; 3BZC A; 3KK7 A; 4NB4 A; 5BRE A; 3T69 A; 3VQC A; 3S3M A; 1NGD A; 3DXM B; 3M8Q A; 1FK9 A; 5JS1 A; 4ISF A; 4FJI A; 4DLE A; 3T3F A; 3F73 A; 3HST B; 2E8A A; 4JN4 A; 5GAE P; 4J2B A; 3THY B; 1ZC6 A; 1YI2 N; 2O8D B; 2QTD A; 4BG8 A; 3UKR A; 1NK9 A; 3V9Z A; 4IOX A; 5GIN A; 2HVH A; 4JKG A; 1J6Z A; 1BDG A; 1LWE A; 4FO0 A; 4JNE A; 5JLH A; 3NH0 A; 3WXI A; 4A62 A; 1JL2 A; 4BE1 A; 3MWP A; 2PFU A; 1UOC A; 4O8U A; 2GV9 A; 3OYG A; 4K0K K; 1JLA A; 3MXJ A; 3R6M A; 4CF9 A; 2Y1J A; 4DHY A; 3VGL A; 3VQ4 A; 1X9S A; 1DLO A; 4HTU A; 1CLQ A; 3KK1 A; 1HR0 K; 4QS7 A; 4GY2 B; 1E3M A; 3G6E N; 3EEQ A; 3HVR A; 1C0G A; 4LH5 A; 2VWK A; 1UA1 A; 2E6L A; 1L3S A; 3A0I X; 4RW9 A; 3RSE B; 2CGK A; 1D9D A; 4LSL A; 2ETJ A; 3T1Y K; 3EKS A; 1NGJ A; 1HKC A; 2P9S B; 5AQU A; 3OYE A; 5M1O A; 4K41 A; 1L3U A; 4XH5 A; 3VQA A; 4OGE A; 1GLL O; 2V51 B; 2ZQB A; 3NF9 A; 3SQ4 A; 2HHQ A; 2FSJ A; 2CH5 A; 4XH1 A; 1GOA A; 5AZI B; 3CCS N; 4K8X A; 2O8B B; 2LSN A; 3SK3 A; 2P9L A; 3ZSR A; 4BRD A; 3NF6 A; 4IXC A; 4DTM A; 4OO1 J; 1ILY A; 2PAV A; 4H5N A; 1VSJ A; 3QBW A; 1XI1 A; 1ASW A; 3NVM A; 4B9T A; 3N4P A; 3HO1 A; 3VOV A; 1QS4 A; 3OYI A; 4GV9 A; 2OTL N; 1C1B A; 2ZGY A; 4YOT A; 4BWM A; 3K0S A; 3EYZ A; 1IG9 A; 2VQE K; 1BO5 O; 2XO7 A; 5LL6 Z; 5B8H A; 1XNR K; 3O08 A; 3ATV A; 4FLW A; 2DPN A; 4NCG A; 5F0X A; 2ASP A; 1JXE A; 3FZK A; 4CGD A; 3V1R A; 4HUG A; 3M6G A; 4CF8 A; 1FKP A; 4DSF A; 1NOZ A; 4WFA L; 4X64 K; 1A5X A; 4FLU A; 1Y64 A; 4Y1C A; 4CFA A; 1VQL N; 5GIP A; 3M3Z A; 1HKB A; 4OX9 K; 3LPU A; 2D0P A; 4LH4 A; 4JRQ A; 4F3O A; 4IJN A; 3MDQ A; 3O5B A; 1RDB A; 5AQO A; 3K59 A; 4CK1 A; 1VQN N; 5KPZ A; 2P9U B; 5AQL A; 1D9F A; 1DT9 A; 3NE6 A; 3TTF A; 2HNY A; 5AQQ A; 1Q86 O; 4E1M A; 3CQX A; 2B4J A; 2UU9 K; 5T7B A; 4BE2 A; 5BR8 K; 1BG3 A; 1Z6R A; 3O3G A; 3UKR B; 5KPR A; 4LY7 A; 1QQN A; 2NRX A; 3UIQ A; 2P1J A; 3L8B A; 4KH4 A; 5AQV A; 4CI6 A; 3RMD A; 1LAW A; 4JKG B; 3PO4 A; 4GV6 A; 1UWB A; 4UQG A; 1S1T A; 1ATN A; 2VQF K; 1WSE A; 2OPR A; 1G99 A; 3LDN A; 3SV3 A; 2X78 A; 2F9T A; 4BC5 A; 3P4I A; 3F5T A; 3TAG A; 2P9I B; 1YT3 A; 3PIP L; 3O9Q A; 4GVE A; 5AZJ A; 3QIP A; 3VES A; 5KRT A; 2HB5 A; 2OYQ A; 3LP3 A; 4OKK A; 1CZB A; 1JCF A; 5CR4 A; 3SMP A; 4X65 K; 4F8R A; 2VWJ A; 1NGH A; 1HNW K; 2EWS A; 1U47 A; 3CQY A; 1JCE A; 1TUU A; 2VG6 A; 4KH5 A; 3ITH A; 2FBT A; 4DTU A; 3EY1 A; 3CCV N; 2CH6 A; 3K9J A; 4HTL A; 3SYZ A; 4BR2 A; 3CCL N; 3HRG A; 3CCQ N; 1BWF O; 3O9U A; 4FJ8 A; 5M1P A; 2YNG A; 4CCH A; 5D3G A; 5CHI A; 1S6P A; 3ZX2 A; 1RT2 A; 3CQ8 A; 3U9D A; 4MDA A; 2HHS A; 1LAV A; 3EZ5 A; 2E2Q A; 3WNF A; 4M3Y A; 4CZG A; 2PBD A; 4IDH A; 4LFC K; 1W0H A; 2P9L B; 3I33 A; 4IG3 A; 3CPE A; 4DQI A; 4DR6 K; 2E2P A; 1JLQ A; 4ISE A; 4WYB A; 3VQQ A; 1KC8 O; 4CER A; 5KQD A; 5EOY A; 2X6S A; 1X3M A; 5KTQ A; 3OY9 A; 4CGG A; 3ZSZ A; 3QES A; 4X62 K; 3MXM A; 3FFK B; 3D45 A; 4FWK A; 3WXM B; 2GUP A; 4N56 A; 3E9O A; 3AVK A; 4B1Y B; 4KV8 A; 3DRS A; 4ZHR A; 4FOI A; 3VMF B; 4B9S A; 4BGA A; 3TAB A; 3KWG A; 4F3T A; 1W97 L; 1X9J A; 4Z4H A; 1BIZ A; 3MEG A; 3AO5 A; 1U45 A; 3A5N C; 4CED A; 2BGG A; 1BI4 A; 1LCU A; 1RT7 A; 4NLB A; 3RVC A; 4BR7 A; 5LJV A; 4YHH K; 1WN7 A; 1HNI A; 3QNO A; 3PSF A; 1HKG A; 3J7Y P; 5AR0 A; 2GEL A; 2QEX N; 4IFE A; 2YHY A; 1VSH A; 5JMV A; 3CG7 A; 4G1Q A; 5BRH A; 2G8W A; 3ZET A; 4LFB K; 2QWO A; 3H46 O; 4BRC A; 1Q82 O; 1KCF A; 1NBW A; 4U7B A; 4H0X B; 3HPH A; 3I0S A; 4CZL A; 5AQH A; 4M3T A; 1VAZ A; 3IFR A; 5C15 A; 2OAN A; 1VQ7 N; 1KFD A; 1OVY A; 5LJW A; 3G71 N; 1QQM A; 1VSF A; 1D4X A; 1JCG A; 4DU1 A; 2YKM A; 3QML A; 3ZCM A; 2HOE A; 4H0T B; 1KFS A; 1N5Y A; 2VWB A; 3KLI A; 4B08 A; 3NAE A; 2D0A A; 4DQP A; 1NK0 A; 1VSK A; 1C1A A; 1FKO A; 4OGC A; 2VG5 A; 5AZJ B; 4DSE A; 4JD2 A; 1TK5 A; 3R8E A; 4DTO A; 4XIU A; 2FLO A; 2YHX A; 4GVM A; 3LDP A; 1RT4 A; 1NGC A; 1NK7 A; 4M41 A; 3V9U A; 4CEA A; 3BF3 A; 3V6D A; 1SKS A; 3DLR A; 1IJJ A; 4N5S A; 1XC3 A; 2FBV A; 5J2M A; 4LD0 A; 3RMC A; 1U48 A; 2Q1N A; 4RTF D; 4JKB A; 5AQN A; 4KHY A; 5EY4 A; 2Q0U A; 4DQQ A; 1VSD A; 4KHQ A; 3C6U A; 3V9W A; 3QEP A; 2V7Z A; 4O5B A; 3SZ2 A; 3K9K A; 3V4I A; 2I7P A; 4PQU A; 1QHA A; 4A5B A; 3VA0 A; 1Q8I A; 5ELZ A; 1N8R O; 4C8N A; 3H1V X; 1HX1 A; 4BAC A; 2IAJ A; 1RBU A; 1WNS A; 4IDK A; 1NOY A; 4CHQ A; 2RF2 A; 3KLH A; 3WXJ A; 3DLK A; 1NJY A; 1SL0 A; 2G8H A; 5DM6 L; 3HBT A; 3BP8 A; 1TK8 A; 2BUP A; 1B9D A; 5AQK A; 2D1K A; 2CGJ A; 4DUZ K; 1KQS M; 3NBP A; 3VEN A; 2HHT A; 3E9L A; 3ASM A; 3T1A A; 2B5J A; 4H5T A; 4CFC A; 3ZLJ A; 4CIE A; 1EQY A; 1H1V A; 2ASM A; 3NF7 A; 2VCP A; 4B3M K; 4B9U A; 1WUA A; 4LF7 K; 1SAZ A; 3AA4 A; 3VEY A; 1BI4 B; 3F9M A; 3KLE A; 4CJ7 A; 3QBX A; 4FM2 A; 2B6A A; 3DLH A; 4AM6 A; 4FWS A; 5BN8 A; 1HPZ A; 3KVG A; 4CK2 A; 3CD6 N; 4BWJ A; 4FWM A; 4YOW A; 3SQ0 A; 1HYZ A; 2HHX A; 1RTD A; 4JEP A; 1ZBS A; 3L2R A; 3THX A; 4H4M A; 4CF0 A; 4CD3 A; 3ZET B; 3DI6 A; 3DXM A; 2A5X A; 3OS1 A; 2UUC K; 2F4V K; 3FZF A; 1KAZ A; 3ZT0 A; 2WTU A; 4DR3 K; 2G8F A; 3G0Z A; 4MLE A; 4UY8 O; 2QI2 A; 1TL1 A; 1VK0 A; 4CIF A; 1TKD A; 4CEQ A; 3AV9 A; 2P5O A; 4DR1 K; 1NGG A; 5MLC Q; 3AVG A; 1SKW A; 4WQ4 C; 2W6K A; 3VQD A; 3M8P A; 1MA9 B; 1YJW N; 3C6H A; 3KJV A; 5M1K A; 1Z05 A; 3CCJ N; 1S6Q A; 4CF2 A; 1MWM A; 5HBM A; 3AAP A; 1YJN N; 3ALY A; 3UE5 A; 3AVJ A; 2HHH K; 1N33 K; 1N32 K; 2DFE A; 4JD2 B; 3TPQ A; 4BGB A; 1T6C A; 4M63 C; 4Q5V A; 1DGK N; 1ATS A; 3RTV A; 4FJ7 A; 1A5W A; 3MXI A; 2A1R A; 1VQ9 N; 3VEX A; 4Z4E A; 1NMN A; 1T8E A; 4CJK A; 2KHO A; 5HLF A; 3O3F A; 1QQC A; 2HNZ A; 3D6R A; 3R1X A; 2BH1 A; 2FBY A; 4KRF A; 2Q36 A; 3MX5 A; 4GMJ B; 4YDU A; 4H5V A; 5DMR A; 4M3W A; 3L4Q A; 4BC3 A; 2O8F A; 5M1Q A; 3CER A; 3GOI A; 1P90 A; 4HWI A; 5AQJ A; 3DRP A; 1KVA A; 2HHW A; 5EVZ A; 4ELU A; 4JK7 A; 3P5J A; 4B1W B; 3KKS A; 3MK6 A; 3D2E B; 3QO9 A; 4FJ9 A; 1LWF A; 4IWV A; 4KI6 A; 4BRE A; 3OYC A; 2VG7 A; 1GLF O; 4CK3 A; 4A59 A; 1K8K A; 2KLA A; 1WAF A; 4JI2 K; 2AP1 A; 4JYA K; 2HBM A; 2JLE A; 2YNF A; 4CJ5 A; 1Q9X A; 4KRE A; 5AQT A; 3M8R A; 5FLX O; 3AVB A; 4MO4 A; 2KQ2 A; 5C2F A; 4YOV A; 1XQS C; 3ID6 A; 4EAH D; 4PKG A; 1RT5 A; 1XUP O; 4M7X A; 3PUF A; 4DR7 K; 3WUH A; 3AGR A; 3TAF A; 3O9S A; 3DLG A; 4CFD A; 5EXW A; 4DV6 K; 3BDP A; 2H3G X; 2FXU A; 4EZ6 A; 3HT3 A; 3DM2 A; 5JS2 A; 2F9W A; 1ASV A; 3O1W A; 2DFF A; 4IEI A; 1K6Y A; 4IKF A; 3OA9 A; 4RW4 A; 4KH6 A; 4WQ5 A; 3VEZ A; 3DWL A; 5AQI A; 4N41 A; 1OH5 A; 3SQ1 A; 3OJS A; 2HST A; 4WFN L; 3ZSV A; 1XHZ A; 1EXQ A; 3HOS A; 3THX B; 1NWK A; 4FCY A; 3VN5 A; 3CJA A; 4BDY A; 4KHU A; 3RRH A; 2Q3S A; 4JK8 A; 3V1Q A; 3PV8 A; 3HP9 A; 2P9U A; 3C95 A; 3CIP A; 4FWR A; 2XRI A; 4DFM A; 3VQ6 A; 2ZJP L; 1L5U A; 5FPE A; 4H8K A; 2NRW A; 4DCH A; 4J2E A; 3P83 D; 3MN7 A; 3KD1 E; 3QIN A; 3S3O A; 4B9L A; 2E2N A; 4IFV A; 2E5L K; 3BUZ B; 4DR4 K; 1TL3 A; 3AVA A; 1S9G A; 3H3N O; 1GLE G; 5JVH L; 1T03 A; 3HPO A; 3JYT A; 3KWI A; 1JLG A; 1S1U A; 4CGI A; 1C0M A; 1N6Q A; 2PY5 A; 5C10 A; 2P9I A; 2ZM6 K; 2FSK A; 1DKG D; 5I3U A; 1YIJ N; 4KTQ A; 2D4W A; 3FZL A; 3NF8 A; 4BRH A; 4NXM K; 1REV A; 2JWL A; 4DF8 A; 4LF9 K; 4DFP A; 2O8F B; 3CCE N; 1T05 A; 1NGF A; 1WSG A; 2FF3 B; 1OKJ A; 4MLH A; 4K8Z A; 2YX6 A; 4DTR A; 5E84 A; 5JVG L; 2E1Y A; 1HRH A; 3C7N A; 1RTI A; 4AHT A; 1DEJ A; 2A1S A; 1K8K B; 1T7P A; 3LDQ A; 4AQY K; 2BTF A; 1KXP A; 1TYQ A; 1OVQ A; 3J80 O; 4C8M A; 2RN2 A; 1M90 O; 1HYS A; 4FPB A; 5HOO A; 3PLA A; 1UAX A; 3WT0 A; 5J2P A; 4F4K A; 1LOT B; 4FVM A; 1WOQ A; 5IWA K; 2GTD A; 1QE1 A; 3NGZ A; 5E26 A; 3SAH A; 3VQB A; 2XY5 A; 1VSE A; 3S9H A; 4M42 A; 4IO9 L; 1RNH A; 3ID8 A; 1LW2 A; 3D0P A; 3BF1 A; 5LY3 A; 3B6P A; 3CF5 L; 2I7N A; 4H0V B; 3DLL L; 1U49 A; 4E7L A; 2CGL A; 4IEE A; 3WNG A; 2F8T A; 4H0Y B; 4H0O A; 1QVG M; 1K73 O; 4Y1D A; 3TSP A; 2WFB A; 1XC9 A; 2G8V A; 4FYD A; 3E1Y A; 2W41 A; 3LAM A; 1RTH A; 3KK2 A; 4Z0U A; 4W5R A; 4YOY A; 1C1C A; 1HNV A; 2IGI A; 2HMP A; 2IIR A; 3VQE A; 1IKV A; 3TAE A; 4ZTF A; 1SKR A; 3I8D A; 3BZK A; 4I6M B; 3MED A; 4KPY A; 2WOM A; 3PX0 A; 4OPK A; 3GG4 A; 4J2A A; 5JIC A; 4DS4 A; 3WXK A; 3CJ7 A; 4JK9 A; 4CEB A; 4DSI A; 4JRP A; 1K9M O; 4FLY A; 1RCH A; 1VQ5 N; 4AHS A; 3THW A; 2QM1 A; 4IZ9 A; 4GNI A; 3ZSY A; 4BG9 A; 5HL7 L; 3P39 A; 1S72 N; 3ZSO A; 3CXC M; 3QET A; 4GKJ K; 2A6A A; 1EO1 A; 1YAG A; 4HHT A; 4PL8 A; 1HLU A; 3MN9 A; 3THV A; 2BE2 A; 3J7A P; 4CJ3 A; 3TTC A; 3P38 A; 1YIT N; 3JAM O; 3CET A; 1FJG K; 4BR0 A; 1U6Z A; 2QKK A; 1C0F A; 4FJG A; 3B8A X; 3KZB A; 4BRN A; 4F9O A; 4KBO A; 3RRG A; 1YHQ N; 4LFA K; 4OKE A; 5DM7 L; 3MWT A; 4BQZ A; 4N47 A; 1KLN A; 1IKX A; 2OA8 A; 3QEI A; 2P51 A; 3MN6 A; 3CM5 A; 3W0L A; 1VQP N; 5GAG P; 5KQ8 A; 1WBD A; 4FXD A; 1IBL K; 3CJ9 A; 2YI1 A; 1YTA A; 3TSU A; 3HOT A; 1ZYQ A; 4BRP A; 4CE9 A; 4WFB L; 2O4G A; 4CEO A; 3IRX A; 4FM1 A; 1NJI O; 4FWL A; 5AQR A; 1BA0 A; 3C7N B; 4I2P A; 1N34 K; 3SMS A; 3JS6 A; 3L3U A; 4E0D A; 4FWO A; 5AQP A; 3WNH A; 1VQO N; 4FLX A; 4O55 A; 1TYQ B; 3L3V A; 2OPS A; 4MQ3 A; 1GLC G; 3AVH A; 4BQL A; 1SQK A; 4FJH A; 4FZY A; 3D2F B; 4DV3 K; 2Z1G A; 4CGF A; 2DTU A; 3EN9 A; 1VQ4 N; 3SPZ A; 5C24 A; 1W2B M; 4JKE A; 2E4L A; 4CVN E; 3NVK A; 3AO2 A; 4FLV A; 2E88 A; 1HUX A; 5HRO A; 3PY8 A; 4DS5 A; 4CZJ A; 1JLE A; 4CD1 A; 1ZBL A; 1ITG A; 4O0I A; 3HK2 A; 4B8A B; 3KLG A; 3O4W A; 4EFH A; 4JKH A; 1OH7 A; 3OYJ A; 1J5O A; 3NH1 A; 4CZH A; 2OTJ N; 4CJR A; 2KZM A; 3VER A; 1U04 A; 3HTV A; 3WNE A; 3K5N A; 5TKY A; 3A5O C; 3D7E O; 4JV5 K; 4DSL A; 2R7Y A; 1HJR A; 3TAR A; 3H6E A; 1C0U A; 3KIO A; 1TK0 A; 3AGK A; 2ITM A; 4F2R A; 4YY3 K; 4WF9 L; 3NGI A; 4N76 A; 4CHY A; 3B6O A; 3T19 A; 4RW7 A; 2P9P A; 4EP5 A; 3CI5 A; 3QLH A; 1NGI A; 4MFB A; 4PKI A; 3U8X A; 2W40 A; 3HVT A; 3BEX A; 3EKU A; 4CEC A; 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